大学院情報学研究科
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2024/03/09 更新
博士(理学) ( 1994年3月 東京大学 )
理学修士 ( 1991年3月 早稲田大学 )
工学士 ( 1989年3月 早稲田大学 )
統計力学
数理生物学
複雑系
多様性
統計力学
数理生物学
自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 / 数理生物学
自然科学一般 / 数理物理、物性基礎 / 統計力学
自然科学一般 / 数理物理、物性基礎
複雑系の数理
名古屋大学 情報学研究科 教授 副研究科長
2023年4月 - 2025年3月
名古屋大学 情報学研究科 教授 複雑系科学専攻・専攻長,情報学部自然情報学科・学科長
2022年4月 - 2023年3月
国名:日本国
名古屋大学 大学院情報学研究科 複雑系科学専攻 教授
2019年4月 - 現在
名古屋大学 大学院情報学研究科 複雑系科学専攻 教務入試委員
2019年4月 - 2021年3月
名古屋大学 大学院情報学研究科 複雑系科学専攻 多自由度システム情報論 教授
2017年4月 - 現在
核融合科学研究所 招へい教授
2017年4月 - 2019年3月
国名:日本国
国際高等研究所 高等研プロジェクト「総合コミュニケーション学」 共同研究員、プロジェクト代表
2014年4月 - 2017年3月
国名:日本国
名古屋大学 情報科学研究科 教授
2013年4月 - 現在
国名:日本国
大阪大学 サイバーメディアセンター 招へい教授
2013年4月 - 現在
国名:日本国
名古屋大学 情報科学研究科 教授
2013年4月 - 現在
大阪大学 サイバーメディアセンター 招へい教授
2013年4月 - 現在
名古屋大学 情報科学研究科 教授
2013年4月 - 現在
総合地球環境学研究所 「地域環境知形成によるコモンズの創生と持続可能な管理」プロジェクト 共同研究員(コアメンバー・理論グループリーダー)
2011年10月 - 現在
総合地球環境学研究所 「地域環境知形成によるコモンズの創生と持続可能な管理」プロジェクト 研究員
2011年10月 - 2017年3月
国名:日本国
大阪大学 サイバーメディアセンター 准教授
2007年4月 - 2013年3月
国名:日本国
ハーバード大学 進化動力学研究所(在外) 客員研究員(在外)
2003年10月 - 2004年8月
国名:アメリカ合衆国
大阪大学 サイバーメディアセンター 助教授
2000年4月 - 2007年3月
国名:日本国
ハーバード大学 生物化学科(学振海外) 客員研究員(学振海外)
1996年8月 - 1998年8月
国名:アメリカ合衆国
大阪大学理学部 助手
1994年4月 - 2000年3月
国名:日本国
東京大学 理学系研究科 相関理化学専攻
1991年4月 - 1994年3月
国名: 日本国
早稲田大学 理工学研究科 物理学及び応用物理学専攻
1989年4月 - 1991年3月
国名: 日本国
早稲田大学 理工学部 応用物理学科
1985年4月 - 1989年3月
国名: 日本国
日本微生物生態学会
2023年9月 - 現在
日本生態学会
2001年8月 - 現在
日本数理生物学会
1992年10月 - 現在
日本物理学会
1989年7月 - 現在
日本数理生物学会 会長
2023年1月 - 2024年12月
団体区分:学協会
The 8th China-India-Japan-Korea Conference on Mathematical and Theoretical Biology Vice Chair
2023年1月 - 2023年7月
団体区分:学協会
日本物理学会 第79~80期代議員
2023年3月 - 2025年3月
団体区分:学協会
日本数理生物学会 副会長
2022年1月 - 2022年12月
団体区分:学協会
日本数理生物学会 2020年度大会委員長
2019年6月 - 2020年9月
団体区分:学協会
日本数理生物学会 研究奨励賞選考委員会委員
2019年1月 - 2019年12月
団体区分:学協会
Japanese Society for Mathematical Biology Chairman, the Akira Okubo Prize Committee
2018年1月 - 2020年12月
団体区分:学協会
独立行政法人大学入試センター 物理第一部会委員
2014年4月 - 2016年3月
団体区分:政府
2024年3月 一般社団法人社会基盤情報流通連絡協議会アーバンデータチャレンジ(UDC)2023実行委員会 岐阜ロゲ ver.2.0
NPO岐阜aiネットワーク
2023年4月 日本物理学会 Cavity法によるタンパク質デザインII
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
2023年3月 名古屋大学教養教育院
時田恵一郎
2023年3月 一般社団法人社会基盤情報流通連絡協議会アーバンデータチャレンジ(UDC)2022実行委員会 岐阜ロゲ
岐阜ロゲ(岐阜aiネットワーク)
Young Author Award at the AROB-ISBC-SWARM2023
2023年1月 The International Society of Artificial Life and Robotics (ISAROB) Protein Design based on A Novel Hypothesis of Protein Evolution
Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita
2022年3月 一般社団法人社会基盤情報流通連絡協議会アーバンデータチャレンジ(UDC)2021実行委員会 伝統産業xITで美濃焼の地域ブランディングを推進する活動
CODE for GIFU(岐阜aiネットワーク)
2022年3月 一般社団法人社会基盤情報流通推進協議会アーバンデータチャレンジ(UDC)2021実行委員会 岐阜ブロック
岐阜ブロック(岐阜aiネットワーク)
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network and effects of tyrosine hydroxylase using structural sensitivity analysis 査読有り
Shun Sawada, Kei Tokita
Proceedings of the International Conference on AROB-ISBC-SWARM 2024 2024年1月
Protein Design based on A Novel Hypothesis of Protein Evolution 査読有り
Tomoei Takahashi, George Chikenji and Kei Tokita
Proceedings of the Joint Symposium of AROB-ISBC-SWARM 2023 頁: 1343 - 1348 2023年1月
May’s dream: the interactions in biological networks were random matrices after all 査読有り
Kei Tokita
Proceedings of the Joint Symposium of AROB-ISBC-SWARM 2023 頁: 1398 - 1401 2023年1月
The cavity method to protein design problem 査読有り
Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita
Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment 2022 巻 頁: 103403-1 - 103403-14 2022年10月
ベイズ学習による格子タンパク質模型のデザイン 招待有り 査読有り
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
日本シミュレーション学会誌「シミュレーション」 41 巻 ( 3 ) 頁: 158 - 163 2022年9月
Lattice protein design using Bayesian learning 査読有り
Tomoei Takahashi George Chikenji Kei Tokita
Physical Review E ( 104 ) 頁: 014404 2021年7月
時田恵一郎
名古屋大学情報学研究科年報 Informatica 2 巻 頁: 85 - 90 2021年
生物進化の渋滞モデルと種個体数分布 査読有り
時田恵一郎, 佐藤純
第26回交通流と自己駆動粒子系シンポジウム論文集 ( 26 ) 頁: 1 - 4 2020年12月
田口優真,時田恵一郎
京都大学数理解析研究所考究録 ( 2166 ) 頁: 72 - 76 2020年7月
アリ・アブラムシ系の個体群ダイナミクス -共生と捕食のスイッチング
中井貴生,時田恵一郎
京都大学数理解析研究所講究録 ( 2166 ) 頁: 54 - 58 2020年7月
相利的な非線形進化力学系での捕食やコストがもたらす多型の創出
中井 貴生, 乾 陽子, 時田 恵一郎
日本物理学会講演概要集 75.1 巻 ( 0 ) 頁: 2805 - 2805 2020年
時田恵一郎
名古屋大学情報学研究科年報 Informatica 1 巻 頁: 2 - 5 2020年
ソーシャルボットの検出:言語非依存性の特徴量とボット集団の定量化
杉森真樹, 笹原和俊, 時田 恵一郎
人工知能学会全国大会論文集 第32回全国大会(2018) 頁: 1P2-05-1 - 1P2-05-4 2018年6月
Relative species abundance of replicator dynamics with sparse interactions 査読有り
Tomoyuki Obuchi, Yoshiyuki Kabashima and Kei Tokita
Journal of Statistical Mechanics 頁: 113502 2016年11月
Multiple peaks of species abundance distributions induced by sparse interactions 査読有り
Tomoyuki Obuchi, Yoshiyuki Kabashima and Kei Tokita
Physical Review E 94 巻 頁: 022312 2016年8月
Dynamic stability and chaotic multispecies-coexistence in a food web mode 招待有り 査読有り
Kei Tokita
Advances in Science, Technology and Environmentology (ASTE, Waseda University) 頁: 000 2015年2月
Properties of ecosystems those are vulnerable during eco-fusion 査読有り
Katsuhiko Yoshida, Kei Tokita
Scientific Reports 5 巻 頁: 7939 2015年1月
Analytical theory of species abundance distributions of a random community model 招待有り 査読有り
Kei Tokita
Population Ecology 57 巻 ( 1 ) 2015年1月
GPGPU simulations of 2D lattice neutral models in ecology 査読有り
Takeshi Oura and Kei Tokita
Journal of Physics: Conference Series 454 巻 頁: 012038 (7pages) 2013年
Species-area relationship for power-law species abundance distribution 査読有り
Haruyuki Irie and Kei Tokita
International Journal of Biomathematics 5 巻 頁: 1260024 (9 pages) 2012年5月
Rank abundance relations in evolutionary dynamics of random replicators 査読有り
Physical Review E 78 巻 頁: 031924 (11 pages) 2008年9月
Statistical mechanics and stability of a model eco-system 査読有り
Yoshimi Yoshino, Tobias Galla and Kei Tokita
Journal of Statistical Mechanics 頁: P09003 (24 pages) 2007年9月
Statistical mechanics of relative species abundance 招待有り 査読有り
Kei Tokita
Ecological Informatics 1 巻 頁: 315-324 2006年11月
Species abundance patterns in complex evolutionary dynamics 査読有り
Kei Tokita
Physical Review Letters 93 巻 頁: 178102 (4 pages) 2004年10月
Emergence of a complex and stable network in a model ecosystem with extinction and mutation 査読有り
Kei Tokita and Ayumu Yasutomi
Theoretical Population Biology 63 巻 頁: 131-146 2003年
Large-Dimensional Replicator Equations with Antisymmetric Random Interactions 査読有り
Tsuyoshi Chawanya and Kei Tokita
Journal of Physical Society of Japan 71 巻 ( 2 ) 頁: 429-431 2002年
Dynamical Equation Approach to Protein Design 査読有り
Kei Tokita, Macoto Kikuchi and Yukito Iba
Progress of Theoretical Physics Supplement 138 巻 頁: 378-383 2000年
Creative Complex Systems 国際共著
Atsushi Yamauchi, Kei Tokita, Toshiyuki Namba, Tae-Soo Chon( 担当: 分担執筆 , 範囲: Short Notes on Theories of Species Diversity)
Springer 2021年10月 ( ISBN:978-981-16-4457-3 )
Transformations of Social-Ecological Systems
Sato, T., Chabay I., Heigeson, J. eds.( 担当: 共著)
Springer 2019年1月
地域環境学
佐藤哲 編,菊地直樹 編( 担当: 共著)
東京大学出版会 2018年1月 ( ISBN:978-4-13-060320-1 )
岩波 生物学辞典 第5版
巌佐庸・倉谷滋・斎藤成也・塚谷裕一(編集)( 担当: 共著)
岩波書店 2013年2月
数理科学事典
現代数理科学事典編集委員会( 担当: 共著)
丸善 2009年12月 ( ISBN:978-4621081259 )
生物間ネットワークを紐とく
大串 隆之 (編集), 難波 利幸 (編集), 近藤 倫生 (編集)( 担当: 共著)
京都大学出版会 2009年8月
ネットワーク科学への招待
青山秀明・相馬亘・藤原義久 共編著( 担当: 共著)
サイエンス社 2008年7月
進化経済学ハンドブック
進化経済学会(編集)( 担当: 共著)
共立出版 2006年9月
プラントミメティックス
甲斐昌一 、森川弘道、 鈴木泰博(編集)( 担当: 共著)
エヌ・ティー・エス 2006年8月
複雑系の構造と予測
早稲田大学複雑系高等学術研究所 (編集)( 担当: 共著)
共立出版 2006年6月
ゲーム理論のフロンティア
松田裕之・池上高志(共編著)( 担当: 共著)
サイエンス社 2005年12月
生態学辞典
巌佐 庸 (編集), 菊沢 喜八郎 (編集), 松本 忠夫 (編集), 日本生態学会 (編集)( 担当: 共著)
共立出版 2003年6月
複雑さの数理
相澤洋二(監訳)、龍野正実、時田恵一郎、橋本敬、秦浩起(訳)( 担当: 共著)
産業図書 2001年7月
脳科学大辞典
甘利 俊一 (編集), 外山 敬介 (編集)( 担当: 共著)
朝倉書店 2000年4月
Unifying Themes in Complex Systems
Kei Tokita, et al.( 担当: 共著)
Perseus Books 2000年
Kei Tokita, Kazuo Hashimi, Rie Sawado, Shuhei Takizawa, Miho Fujimori, Takumi Shinkai
International Conference on Biological Physics (ICBP2023) 2023年8月17日 International Conference on Biological Physics (ICBP2023)
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network and effects of tyrosine hydroxylase using structural sensitivity analysis 国際会議
Shun Sawada, Kei Tokita
AROB-ISBC-SWARM 2024 2024年1月24日 AROB-ISBP-SWARM2024
経験ベイズ推定を通したタンパク質におけるアミノ酸間相関関数の解析
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介
ネットワーク科学研究会2023 2023年12月23日 ネットワーク科学研究会
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析
澤田駿,時田恵一郎
ネットワーク科学研究会2023 2023年12月23日 ネットワーク科学研究会
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析
澤田駿,時田恵一郎
第46回日本分子生物学会年会 2023年12月7日 日本分子生物学会
実データにもとづく微生物叢群集構造の推定
時田恵一郎
第36回微生物生態学会年会 2023年11月29日 日本微生物生態学会
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析
澤田駿,時田恵一郎
第61回日本生物物理学会年会 2023年11月15日 日本生物物理学会
An Empirical Bayes Approach to Estimate the Chemical Potential of Water in Protein Design Problem
Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita, and Yoshiyuki Kabashima
International conference on Machine Learning Physics 2023年11月14日 Yukawa Institute of Physics, Kyoto University
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析
澤田駿,時田恵一郎
第96回日本生化学会大会 2023年10月31日 日本生化学会
経験ベイズ法によるタンパク質デザインにおける水の化学ポテンシャルの推定
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介
ipi × ダイキンシンポジウム 2023年10月24日 東京大学知の物理学研究センター,ダイキン
群集動態の実データを用いた一般化ロトカ・ボルテラ方式のパラメータ推定 と推定された種間相互作用の特徴
時田恵一郎
松江数理科学ワークショップ 2023年10月2日 島根大学
ベイズ学習による格子タンパク質デザインにおける水の化学ポテンシャルの推定
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介
日本物理学会第78回年次大会 2023年9月17日 日本物理学会
Feedback vertex set (FVS)を用いた ドーパミン化学反応ネットワークの理論解析
澤田駿、時田恵一郎
日本物理学会2023年度年次大会 2023年9月16日 日本物理学会
ロゲイニング問題に対するSimulated Annealingの適用
田口大輔,宮本麻衣,宮田明,時田恵一郎
日本オペレーションズ・リサーチ学会2023年秋季研究発表会 2023年9月15日 日本オペレーションズ・リサーチ学会
ドーパミン生成反応ネットワークの構造感度解析 招待有り
澤田駿、時田恵一郎
日本数理生物学会2023年度年会 2023年9月4日 日本数理生物学会
実データを用いた微生物相互作用の推定
時田恵一郎
日本数理生物学会2023年度年会 2023年9月5日 日本数理生物学会
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network using buffering structure 国際会議
Shun Sawada, Kei Tokita
OKO International Symposium 2023年8月29日 Kyoto University
群集生態学理論と細菌叢データを用いた検証 招待有り
時田恵一郎
2023年度 非平衡・多階層・複雑系研究会 2023年8月28日 早稲田大学
タンパク質デザインの統計力学 招待有り 国際会議
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介
非平衡・多階層・複雑系研究会 2023年8月28日 早稲田大学
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network using structural sensitive analysis 国際会議
2023年8月14日 9th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex systems(9IDMRCS)
Statistical mechanics of protein design 国際会議
Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita, and Yoshiyuki Kabashima
Collective Phenomena in complex systems: problems inspired by Ecology and Evolusion, Satellite Meeting of StatPhys28 2023年8月13日 U. Tokyo
Statistical mechanics of protein design 国際会議
Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita
StatPhys28 2023年8月7日
Estimation of the chemical potential of water in lattice protein design via maximizing the marginal likelihood 国際会議
Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita, and Yoshiyuki Kabashima
Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Satellite Meeting of StatPhys28 2023年8月4日
Are the interactions in the bacterial flora network random? 国際会議
Kei Tokita
The 8th CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology 2023年6月30日 Korean Society for Mathematical Biology
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークモデルの理論解析
澤田駿、時田恵一郎
第87回日本生化学会中部支部会例会 2023年5月27日 日本生化学会中部支部会
ドーパミン化学反応ネットワークの理論的解析
澤田駿、時田恵一郎
日本生物物理学会中部支部会 日本生物物理学会中部支部会
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
日本物理学会2023年春季大会 2023年3月23日 日本物理学会
澤田駿, 時田恵一郎
日本物理学会2023年春季大会 2023年3月23日 日本物理学会
ベイズ統計と統計力学による格子タンパク質模型のデザイン 招待有り
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
統計物理と統計科学のセミナー 2023年3月13日 統計数理研究所
ドーパミン化学反応ネットワークの解析
澤田駿,時田恵一郎
第8回数理生物学交流発表会 2023年3月10日 静岡大学
生物ネットワークの相互作用はランダムか? 招待有り
時田恵一郎
2023年電子情報通信学会総合大会 2023年3月8日 電子情報通信学会
澤田駿,時田恵一郎
第18回ネットワーク生態学シンポジウム 2023年3月1日 ネットワーク生態学研究会
May’s dream: the interactions in biological networks were random matrices after all 国際会議
Kei Tokita
AROB-ISBC-SWARM 2023 2023年1月26日 International Society of Artificial Life and Robotics
Protein Design based on A Novel Hypothesis of Protein Evolution 国際会議
Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita
AROB-ISBC-SWARM 2023 2023年1月25日 International Society of Artificial Life and Robotics
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
第60回日本生物物理学会年会 2022年9月30日 日本生物物理学会
The cavity method to protein design problem 国際会議
Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita
Roles of heterogeneity in non-equilibrium collective dynamics 2022 (RHINO 2022) 2022年9月17日 Japan Society for Promotion of Science, and Asia Pacific Center for Theoretical Physics
Species abundance distributions in evolutionary dynamics 招待有り 国際会議
Kei Tokita
Roles of Heterogeneity in Nonequilibrium Collective Dynamics 2022 (RHINO 2022) 2022年9月16日 Japan Society for Promotion of Science, and Asia Pacific Center for Theoretical Physics
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
日本物理学会2022年秋季大会 (物性) 2022年9月14日 日本物理学会
田口優真, 時田恵一郎
日本物理学会第77回年次大会 2022年3月15日
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
日本物理学会第77回年次大会 2022年3月15日
Miyazawa-Jernigan 行列をエネルギーパラメータとしたベイズ学習による格子タンパク質デザイン
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
日本物理学会2021年秋季大会 2021年9月22日 日本物理学会
田口優真, 時田恵一郎
日本物理学会2021年秋季大会 2021年9月23日 日本物理学会
統計力学的手法を用いたレプリケーター・ ミューテーター方程式の解析
田口優真, 時田恵一郎
2021年日本数理生物学会年会 2021年9月15日 日本数理生物学会
生物進化の渋滞モデルと種個体数分布
時田恵一郎, 佐藤純
2021年日本数理生物学会年会 2021年9月15日 日本数理生物学会
田口優真,時田恵一郎
第68回日本生態学会大会 2021年3月18日 日本生態学会
水の効果を外場とした格子タンパク質の経験ベイズ法によるデザイン
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
日本物理学会第76回年次大会 2021年3月14日 日本物理学会
大自由度非線形進化力学系への統計力学的手法の応用
田口優真,時田恵一郎
第6回数理生物学交流発表会 2021年3月7日 静岡大学
複雑系科学とAI / DX用ブリッジAIシステム / 文字認識と文書のデジタル化 招待有り
時田恵一郎,宮田明
THE AI Powered by 日本HP 2021年1月18日 日本HP株式会社,株式会社レッジ
時田恵一郎,川元琢,坂野鋭
汽水域合同研究発表会2021 2021年1月9日 島根大学・エスチュアリー研究センター
時田恵一郎,佐藤純
第26回交通流と自己駆動粒子系シンポジウム 2020年12月10日 交通流数理研究会
大規模群集モデルのパラメータ推定
田口優真,時田恵一郎
2020年度日本数理生物学会年会 2020年9月22日 日本数理生物学会
経験ベイズ推定を用いた水の効果の最適化によるタンパク質デザイン
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
日本物理学会2020年秋季大会 2020年9月9日 日本物理学会
相利的な非線形進化力学系での捕食やコストがもたらす多形の創出
中井貴生,乾陽子,時田恵一郎
日本物理学会 第75回年次大会
食物網のサンプリング理論と種個体数分布
時田恵一郎
日本物理学会第75回年次大会
多自由度非線形進化力学系の相互作用行列の推定
田口優真, 時田恵一郎
日本物理学会第75回年次大会
経験ベイズ推定による格子タンパク質模型のデザイン
高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎
日本物理学会第75回年次大会
内集団ひいきの創発
村上大周, 時田恵一郎
ゲーム理論ワークショップ2020
アブラムシはアリの一途さを求めない
中井貴生,乾陽子,時田恵一郎
第6回数理生物学交流発表会
多自由度非線形進化力学系を用いた大規模群集における相互作用の推定
田口優真, 時田恵一郎
第6回数理生物学交流発表会
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス
中井貴生,乾陽子,時田恵一郎
第67回日本生態学会大会
食物網のサンプリング理論と種個体数分布
時田恵一郎
第67回日本生態学会大会
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析
田口優真, 時田恵一郎
第67回日本生態学会大会
アリ・アブラムシ系の個体群ダイナミクス〜共生と捕食のスイッチング〜
中井貴生,乾陽子,時田恵一郎
生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析
田口優真, 時田恵一郎
第16回 生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜
2パッチモデルとしての宍道湖−中海生物分布シミュレーション
川元琢、時田恵一郎、坂野鋭
第27回汽水域研究発表会・汽水域研究会第8回例会・汽水域合同研究発表会2020
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス
中井貴生,乾陽子,時田恵一郎
日本生態学会中部地区大会
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス 招待有り
中井貴生, 時田恵一郎
第12回水戸MI(数学・情報数理)セミナー
共生と多型に関する数理モデル
中井貴生,時田恵一郎
日本数理生物学会年会
相互作用グラフの特徴を考慮したベイズ学習によるタンパク質デザイン
高橋智栄、千見寺浄慈、時田恵一郎
日本物理学会秋季大会
Evolution of In-group Favoritism and Game Theoretical Analysis
共生と多型に関する数理モデル
中井貴生,時田恵一郎
第2回数理生物学若手の会 夏の学校
腸内細菌叢の生態系
田口優真,時田恵一郎
第2回数理生物若手夏の学校
Theory of Species Abundance Distribution of > Evolutionary Dynamics 招待有り 国際会議
Kei Tokita
7th China-India-Japan-Korea International > Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)
Protein design using Bayesian learning 国際会議
Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita
7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)
Domain theoretical approach to boolean networks 国際会議
Shojiro Abe, Kei Tokita
7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)
Evolution of In-group Favoritism and Game Theoretical Analysis 国際会議
Taishu Murakami, Kei Tokita
7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)
内集団ひいきのゲーム理論的解析
村上大周,時田恵一郎
第64回物性若手夏の学校
ベイズ学習による格子タンパク質デザイン
高橋智栄、千見寺浄慈、時田恵一郎
第64回物性若手夏の学校
ベイズ学習による格子タンパク質模型のデザイン
高橋智栄、千見寺浄慈、時田恵一郎
日本物理学会第74回年次大会
機械学習と物理学のつながり 招待有り
時田恵一郎
核融合科学研究所セミナー
生態ネットワークの種個体数分布 招待有り
時田恵一郎
京都大学生態学研究センターセミナー
多様性の科学に対する統計物理学的アプローチ 招待有り
時田恵一郎
経済・社会への分野横断的研究会
Dynamic theory of species abundance distributions 招待有り 国際会議
Kei Tokita
The 8th East Asian Federation of Ecological Societies International Congress
Partial annealing as evolution in a model ecosystem
Tim Ritmeester, Kei Tokita
二部グラフ型ホストーパラサイトモデルからホスト間相互作用のあるえこえぴモデルへ 招待有り
時田恵一郎
日本生態学会
機械学習を用いたソーシャルボットの検出と分析:英語と日本語の比較
杉森真樹, 笹原和俊, 時田恵一郎
第2回計算社会学ワークショップ
Statistical mechanics of population dynamics 招待有り 国際会議
Seminar of Department of Physics, Inha University
Overview of theoretical modeling on species abundance distribution 招待有り 国際会議
蝶とウイルスの擬態 招待有り
時田恵一郎
DNA鑑定などに関する勉強会
大陸島嶼生態系の二次元格子中立モデル
長瀬久在, 時田恵一郎
日本数理生物学会第27回年会
Species- abundance relationships in inferring pollution impacts on benthic macroinvertebrate communities in streams 国際会議
T.S. Chon, X.D. Qu, M.Y. Song, K. Tokita, Y.S. Park
The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2017
Diversity, stability and the relative species abundance of replicator dynamics with complex interspecies interactions 国際会議
K. Tokita
The international Society for Ecological Modelling Global Conference 2017
Diversity, stability and the relative species abundance of replicator dynamics with complex interspecies interactions 招待有り 国際会議
Kei Tokita
6th China India Japan Korea Mathematical Biology Colloquim (CIJKMB)
大陸島嶼生態系の二次元格子中立モデル
長瀬久在, 時田恵一郎
日本物理学会第72回年次大会
TAP平均場近似アルゴリズムを用いた協調フィルタリング型ボルツマンマシン学習
日當泰輔, 時田恵一郎
日本物理学会第72回年次大会
三題噺:米大統領選挙、SYNC、言語進化 招待有り
時田恵一郎
国際高等研究所研究会「総合コミュニケーション学」
TAP平均場近似による制限ボルツマンマシン学習と協調フィルタリングへの応用
日當泰輔, 時田恵一郎
日本物理学会・2016年秋季大会(金沢大学)
食物網の種個体数分布II
時田恵一郎
日本物理学会・2016年秋季大会(金沢大学)
Species abundance patterns of a food web model
Kei Tokita
2016 Japanese Society for Mathematical Biology annual meeting (JSMB2016), Kyushu University
正直シグナル 招待有り
時田恵一郎
国際高等研究所研究会「総合コミュニケーション学」
生物・社会ネットワークの種個体数分布 招待有り
時田恵一郎
物理学的普遍性から生物学的普遍性へ
統計力学を使って生物や社会における多様性の起源を探る 招待有り
時田恵一郎
核融合科学研究会・特別講演会
様々なスケールで見られる生物の信号とコミュニケーション:蝶とウィルスの擬態 招待有り
時田恵一郎
第2回 非線形現象の捉え方
Theory of Species Abundance Distributions in Community Ecology 招待有り 国際会議
Kei Tokita
The 7th EAFES International Congress, Daegu, Korea
食物網モデルの種個体数分布
時田恵一郎
日本生態学会
食物網モデルの種個体数分布
時田恵一郎
日本物理学会
互いに類似したサブネットワークで構成される相互作用ネットワーク上での種個体数分布
大浦健志, 時田恵一郎
日本物理学会
TAP平均場近似による制限ボルツマンマシン学習と強調フィルタリングへの応用
日當泰輔,時田恵一郎
日本物理学会
The Science of Biodiversity: Theoretical Perspectives 招待有り
Kei Tokita
The International Research Unit of Advanced Future Studies, Kyoto University
生物・社会ネットワークの非対称な世界 招待有り
時田恵一郎
国際高等研究所研究会「ネットワークの科学」
生物多様性の科学 招待有り
時田恵一郎
武蔵野大学 数理工学センター(MCME)セミナー
Biological and social communications 国際会議
Kei Tokita
Joint Conferenece of 2015 Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology and 2015 5th China-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CJKICMB2012)
Statistical mechanics of competitive exclusion of ecological communities 国際会議
Takeshi Oura and Kei Tokita
Joint Conferenece of 2015 Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology and 2015 5th China-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CJKICMB2012)
Degree of interactions essentially changes relative species abundance 国際会議
Tomoyuki Obuchi, Yoshiyuki Kabashima and Kei Tokita
Joint Conferenece of 2015 Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology and 2015 5th China-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CJKICMB2012)
Molecular mimicry model of autoimmune disease 国際会議
Kei Tokita, Megumi Masuda, Akira Sasaki
Annual Meeting of Society for Mathematical Biology
ブロック構造をもつランダム行列の固有値分布
大浦健志,時田恵一郎
日本物理学会第70回年次大会
Statistical mechanics of evolutionary dynamics: an answer to the diversity-stability debate in community ecology 国際会議
Kei Tokita
New Challenges in Complex System Science
Spatially Explicit Neutral Model 国際会議
Kei Tokita and Takeshi Oura
Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology (JSMB/SMB2014)
ランダム相互作用をもつBouchaud-Mezardモデル
大浦健志・時田恵一郎
日本物理学会第69回年次大会
アブラムシはアリの一途さを求めない 国際会議
中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎
第6回数理生物学交流発表会 2020年3月7日
2パッチモデルとしての宍道湖−中海生物分布シミュレーション 国際会議
川元琢, 時田恵一郎, 坂野鋭
第27回汽水域研究発表会・汽水域研究会第8回例会・汽水域合同研究発表会2020 2020年1月11日
食物網のサンプリング理論と種個体数分布 国際会議
時田恵一郎
日本物理学会第75回年次大会 2020年3月16日
食物網のサンプリング理論と種個体数分布 国際会議
時田恵一郎
第67回日本生態学会大会 2020年3月4日
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析 国際会議
田口優真, 時田恵一郎
第16回 生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜 2020年1月27日
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析 国際会議
田口優真, 時田恵一郎
第67回日本生態学会大会 2020年3月4日
経験ベイズ推定による格子タンパク質模型のデザイン 国際会議
高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎
日本物理学会第75回年次大会 2020年3月16日
相利的な非線形進化力学系での捕食やコストがもたらす多形の創出 国際会議
中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎
日本物理学会 第75回年次大会 2020年3月16日
多自由度非線形進化力学系を用いた大規模群集における相互作用の推定 国際会議
田口優真, 時田恵一郎
第6回 数理生物交流会 2020年3月7日
多自由度非線形進化力学系の相互作用行列の推定 国際会議
田口優真, 時田恵一郎
日本物理学会第75回年次大会 2020年3月16日
内集団ひいきの創発 国際会議
村上大周, 時田恵一郎
ゲーム理論ワークショップ2020 2020年3月8日
アリ・アブラムシ系の個体群ダイナミクス〜共生と捕食のスイッチング〜 国際会議
中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎
生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜 2020年1月27日
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス 国際会議
中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎
第67回日本生態学会大会 2020年3月4日
ロゲイニング・観光者向け推薦システムの開発
2023年2月 - 2023年3月
学内共同研究 共同研究
時田恵一郎
担当区分:研究代表者 資金種別:産学連携による資金
配分額:600000円 ( 直接経費:180000円 )
低解像度・多ノイズ・不明瞭罫線等不明瞭紙文書のデジタル化手法の開発
研究課題番号:1920D9100c 2021年3月
学内共同研究 共同研究
担当区分:研究代表者 資金種別:産学連携による資金
配分額:260000円 ( 直接経費:200000円 、 間接経費:60000円 )
深層学習を用いた不定形手書き帳票の自動処理システムの開発
2019年2月 - 2019年3月
学内共同研究
資金種別:産学連携による資金
配分額:220000円 ( 直接経費:200000円 、 間接経費:20000円 )
総合コミュニケーション学
2014年4月 - 2017年3月
国内共同研究
資金種別:競争的資金
生命の物理
2010年4月 - 2011年3月
財団法人交流協会 若手研究者交流事業 短期グループ派遣
資金種別:競争的資金
国際数理生物会議および数理生物学会(SMB)年会
2009年4月 - 2010年3月
平成21年度日本学術振興会国際学会等派遣事業 第I期
資金種別:競争的資金
生物群集における種の豊富さのパターンとその環境アセスメントへの応用
2006年4月 - 2007年3月
国際共同研究
牛ルーメンマイクロバイオーム完全制御によるメタン80%削減に向けた新たな家畜生産システムの実現 国際共著
研究課題/研究課題番号:1922JA321c 2020年4月 - 2025年3月
生物系特定産業技術研究支援センター ムーンショット型農林水産研究開発事業
2850
担当区分:研究分担者 資金種別:競争的資金
配分額:28500000円
ICTとAIプログラムから創造される地域環境知による乾燥地の節水灌漑技術の開発
研究課題/研究課題番号:20K20576 2020年7月 - 2024年3月
日本学術振興会 科学研究費補助金 挑戦的研究(開拓)
久米 崇
担当区分:研究分担者 資金種別:競争的資金
本研究の目的は、水資源の枯渇に直面する乾燥地の大規模灌漑地域において、現地観測と社会調査をICTやAIプログラムと統合することにより新たな「知」を創造し、灌漑水量を削減し同時に農家収入を増加させる節水灌漑技術の開発を通じて、水資源の保全と乾燥地農業の持続性の向上に貢献することである。具体的には、農家や地域社会がもつ知恵・経験・文化などからなる「地域環境知」を、現地調査、ICTによって収集・発掘・クラウド化し、それを用いてAIプログラムによって「新たな地域環境知」を創造する。そして 、新たな地域環境知に基づく様々なシナリオに対する灌漑と経済シミュレーションを実行し、その効果を検証するものである。
ICTとAIプログラムから創造される地域環境
研究課題/研究課題番号:1920K20576 2019年7月 - 2023年3月
科学研究費補助金
担当区分:研究分担者
大自由度非線形進化力学系に対する統計力学的研究
研究課題/研究課題番号:19K03650 2019年4月 - 2022年3月
科学研究費補助金
時田 恵一郎
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
配分額:3770000円 ( 直接経費:2900000円 、 間接経費:870000円 )
物理学、生物学、情報科学、社会科学、経済学などの様々な分野で研究されている巨大システムに注目し、多種多数の主体が複雑な相互作用を介して影響し合いながらその個体数などを変動させ時間発展する大自由度非線形進化力学系の巨視的性質を、統計力学的手法や計算物理学的手法を用いて解明する。特に、これまで申請者が進化力学系に適用してきた数理物理学的手法を適用することにより、生態系、免疫系、経済システムなどの様々な現実の進化力学系に共通に見出されてきた多様性のパターン、種個体数分布、種数面積関係などの巨視的なパターンが生み出されるメカニズム、特に環境や種などの性質を表すパラメータに対する依存性を明らかにする。
本研究の目的は、物理学、生物学、情報科学、社会科学、経済学などの様々な分野で研究されている巨大システムに注目し、多種多数の主体が複雑な相互作用を介して影響し合いながらその個体数などを変動させ時間発展する大自由度非線形進化力学系の巨視的性質を、統計力学的手法 や計算物理学的手法を用いて解明することである。これは最近大きな問題となっているCOVID-19パンデミックの対策を考えるうえでも重要な情報を与える基礎研究であると考えられる。具体的には、レプリカ法や生成汎関数などこれまで申請者が進化力学系に適用してきた数理物理学的手法を適用することにより、生態系、免疫系、経済システムなどの様々な現実の進化力学系に共通に見出されてきた多様性のパターン、種個体数分布、種数面積関係などの巨視的なパターンが生み出されるメカニズム、特に環境や種などの性質を表すパラメータに対する依存性を明らかにしつつある。2019年度においては、(食物網、ゼロサムゲームに対応する)ランダム反対称相互作用をもつレプリケーター方程式についての研究を進め、その個体数分布などの巨視的パターンのパラメータ依存性や相転移の条件・性質について調べ、その成果に関して国際会議(The 7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology, Aug.23rd-27th, 2019, Beijin, China)で招待講演を行った。平行して上記の成果を国際論文誌に投稿する準備を進めている。今年度は、相互作用が進化的に時間変動する系への理論の拡張を行い、さらに、実証研究グループとの共同研究を通じて、実証データを用いた理論の検証、 精密化を進め、環境評価・保全、社会・経済システムにおける格差是正価等にも応用を図る。
2019年度においては、(食物網、ゼロサムゲームに対応する)ランダム反対称相互作用をもつレプリケーター方程式についての研究を進め、個体数分布などの巨視的パターンのパラメータ依存性や相転移の条件・性質について調べ、その成果に関して国際会議(The 7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology, Aug.23rd-27th, 2019, Beijin, China)で招待講演を行った。平行して上記の成果を国際論文誌に投稿する準備を進めている。また、相互作用が進化的に時間変動する系への理論の拡張を行い、より現実的な生物進化における形質の変化を考慮した巨視的パターンのパラメータ依存性や相転移の条件 ・性質を明らかにするという研究目標についても着実に研究を進めている。その意味では計画から大きな研究の遅れは生じていないが、2020年に入ってからは、COVID-19パンデミックの影響で、海外の実証研究グループとの共同研究に支障をきたしており、実証データを用いた理論の検証、 精密化を進め、環境評価・保全、社会・経済システムにおける格差是正といった目標達成にはより一層の工夫と努力が必要である。
引き続き、食物網、ゼロサムゲームに対応するランダム反対称相互作用をもつレプリケーター方程式についての非平衡統計力学的研究を進め、個体数分布などの巨視的パターンのパラメータ依存性や相転移の条件・性質について調べ、国際会議等で発表しつつ国内外の研究者と情報交換もしながら研究を深化させ、国際論文誌に投稿する準備を進める。さらに、相互作用が進化的に時間変動する系への理論の拡張についても議論を深め、より現実的な生物進化における形質の変化を考慮した巨視的パターンのパラメータ依存性や相転移の条件 ・性質を明らかにしていく。2020年に入ってからのCOVID-19パンデミックの影響で、海外の実証研究グループとの共同研究に支障をきたしているが、オンライン会議システムを利用したリモート共同研究体制を確立して、国際共同研究も進めていく。
大規模生態群集に見られる多様性のパターンとその創出機構
2012年4月 - 2015年3月
科学研究費補助金 基盤研究(C)
時田恵一郎
担当区分:研究代表者
生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析
2005年4月 - 2010年3月
科学研究費補助金 特定領域研究
阿久津達也
担当区分:研究分担者
進化的に獲得された相空間ランドスケープについての理論的研究
2005年4月 - 2007年3月
科学研究費補助金 基盤研究(C)
菊池誠
担当区分:研究分担者
生物多様性の維持機構に関する統計力学的・計算物理学的研究
2002年4月 - 2005年3月
科学研究費補助金 若手研究(B)
担当区分:研究代表者
生態系および蛋白質モデルにおける進化的に獲得された総空間構造の特徴づけとその意味
2001年4月 - 2003年3月
科学研究費補助金 基盤研究(C)
担当区分:研究分担者
蛋白質等のヘテロ高分子の設計問題に関する理論的研究
2000年4月 - 2002年3月
科学研究費補助金 奨励研究(A)
担当区分:研究代表者
生態系および蛋白質モデルによる進化の力学と論理
1999年4月 - 2001年3月
科学研究費補助金 基盤研究(C)
担当区分:研究分担者
蛋白質の天然構造の創発的進化についての計算物理学的研究
1998年4月 - 2000年3月
科学研究費補助金 奨励研究(A)
担当区分:研究代表者
蛋白質の折り畳みと進化的な配列淘汰についての統計力学的研究
1996年8月 - 1998年8月
科学研究費補助金 海外特別研究員研究費
担当区分:研究代表者
多自由度システム情報論セミナーII-E~H
2019
多自由度システム情報論セミナーI-E~H
2019
自然情報学特別研究2
2019
自然情報学特別研究1
2019
複雑システム系演習1
2019
複雑システム系演習3
2019
複雑システム系序論2
2019
複雑システム系序論1
2019
シミュレーションサイエンス1
2019
応用数理特論
2019
情報物理学特論
2019
計算情報学1
2019
物理学基礎I
2019
シミュレーションサイエンス1
2018
物質情報学3
2018
複雑システム系序論1
2018
複雑システム系序論2
2018
情報物理学特論
2018
応用数理特論
2018
計算情報学1
2018
自然情報学特別研究2
2017
自然情報学特別研究1
2017
物質情報学3
2017
物質情報学2
2017
応用数理特論(理学部数学科、大学院多元数理研究科)
2017
多自由度システム情報論セミナーII-A~D
2017
多自由度システム情報論セミナーI A~D
2017
シミュレーション科学入門
2017
情報科教育法I
2016
物質情報学3
2016
物質情報学2
2016
ミニ講義 名古屋大学オープンキャンパス
2016
シミュレーション科学入門
2016
自然情報学特別研究1
2016
応用数理特論(理学部数学科、大学院多元数理研究科)
2016
多自由度システム情報論セミナーII-A~D
2016
多自由度システム情報論セミナーI A~D
2016
自然情報学特別研究2
2016
情報科学概論
2015
情報科教育法I
2015
自然情報学特別研究1,2
2015
多自由度システム情報論セミナーI-A~D
2015
多自由度システム特論
2015
シミュレーション科学入門
2015
物質情報学3
2015
物質情報学2
2015
シミュレーション科学入門
2014
物質情報学3
2014
物質情報学2
2014
自然情報学特別研究1,2
2014
多自由度システム情報論セミナーI-A~D
2014
情報物質学2
2013
多自由度システム特論
2013
自然情報学特別研究1,2
2013
多自由度システム情報論セミナーI-A~D
2013
環境理工学部「環境数理モデル特論A」
2023年4月 - 2023年9月 (岡山大学)
科目区分:学部専門科目 国名:日本国
数理データサイエンスコース「データ活用実戦演習」
2023年4月 - 2023年9月 (岡山大学)
科目区分:学部専門科目 国名:日本国
2018年4月 - 2019年3月 (Mie University)
2018年4月 - 2019年3月 (Hiroshima University)
理学部生物科学科「生態学」
2013年4月 - 2014年3月 (大阪大学)
科目区分:学部専門科目
2013年4月 - 2014年3月 (Tokyo Institute of Technology)
NPO岐阜aiネットワーク・理事
役割:運営参加・支援, 報告書執筆
NPO岐阜aiネットワーク 岐阜ロゲ 2021年4月 - 現在
役割:講師
大阪府立四條畷高校 大阪府立四條畷高校「飯盛セミナー」 2020年10月
名古屋大学教育学部付属高校SSHコア「数学的思考力を基盤に多領域に応答する人材の育成」第1ステージ講義「ベイズの定理」
役割:講師
名古屋大学教育学部附属中学・高等学校 2019年4月 - 2020年3月
名古屋大学教育学部付属高校SSHコア「数学的思考力を基盤に多領域に応答する人材の育成」第1ステージ講義「Introduction to Mathematical Biology」
役割:講師, 運営参加・支援
名古屋大学教育学部附属中学・高等学校 2018年4月 - 2019年3月
韓国大邱市高校生向け出張講義
役割:講師
2016年12月
県立千葉中学校・高等学校出張講義
役割:講師
2016年11月
名古屋大学がタンパク質設計を効率化する数学公式、シミュレーション不要に 新聞・雑誌
日経クロステック 2022年11月
名大,タンパク質設計を効率化する公式 創薬に応用 インターネットメディア
2022年11月
タンパク質設計問題解決 名古屋大が数学公式考案 シミュレーションの手間不要に 新聞・雑誌
科学新聞 2022年11月
名大、蛋白質をゼロから設計する数学公式を考案 インターネットメディア
日経バイオテク 2022年11月
タンパク質設計問題を解決する数学公式を名古屋大学が発見、圧倒的な高速化を実現 インターネットメディア
大学ジャーナル 2022年11月
タンパク質設計問題を解決する数学公式を発見 ~圧倒的に高速な設計により、創薬・新素材・新デバイス開発への応用が期待~ インターネットメディア
日本の研究.com 2022年10月