Faculty Profiles - TOKITA Keiichiro

写真a

TOKITA Keiichiro

Organization

Graduate School of Informatics Department of Complex Systems Science 1 Professor

Graduate School

Graduate School of Information Science
Graduate School of Informatics

Undergraduate School

School of Informatics Department of Natural Informatics

Contact information

Homepage

http://www.phys.cs.i.nagoya-u.ac.jp/~ktlab/en/

Other name(s)

TOKITA Kei

Profile

There are many things in this world that can be described by a simple equation, but when the number increases, the whole thing behaves in a very complex way. P. W. Anderson, one of the founders of complex systems science and a Nobel laureate in physics, left behind a famous phrase that beautifully expresses the essence of complex systems: “More is different”. Examples of the complex systems include ecosystems, metabolic systems in cells, immune systems, biological macromolecules, neural networks and deep learning, combinatorial optimization problems, information systems, economic systems, and social systems. We study how to understand and control those complex systems mathematically using methods such as nonlinear dynamics, statistical physics, and computational physics. At first glance, these problems may seem to be in completely different research fields, but they are mathematically closely related in that they are macroscopic phenomena that emerge when a large number of relatively simple things come together and influence each other through complex interactions. By looking at these phenomena from a unified perspective, it is not uncommon to gain a deeper understanding of each individual phenomenon. The evolutionary biologist E. O. Wilson, famous for his work on ants and as the founder of sociobiology, calls the integration of knowledge from various fields through complex systems science “consilience. We are trying to open up new research areas using a variety of methods, from analytical approaches in mathematics and physics to large-scale simulations using supercomputers and GPUs.

External link

Degree 3

Dr. Sci. （ 1994.3 The University of Tokyo ）
Ms. Sci. （ 1991.3 Waseda University ）
B. Eng. （ 1989.3 Waseda University ）

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Research Interests 6

Statistical mechanics
Mathematical Biology
Complex systems
Diversity
Mathematical Biology
Statistical mechanics

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Research Areas 3

Natural Science / Biophysics, chemical physics and soft matter physics / Mathematical biology
Natural Science / Mathematical physics and fundamental theory of condensed matter physics / Statistical mechanics
Natural Science / Mathematical physics and fundamental theory of condensed matter physics

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Current Research Project and SDGs 1

Mathematical science of complex systems

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Research History 19

Nagoya University Professor

2023.4 - 2025.3
Nagoya University Graduate School of Informatics Professor Chair, Department of Complex Systems Science; Chair, Department of Natural Informatics, Faculty of Informatics

2022.4 - 2023.3

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Country：Japan
Nagoya University Graduate School of Informatics Department of Complex Systems Science Professor

2019.4
Nagoya University Graduate School of Informatics Department of Complex Systems Science

2019.4 - 2021.3

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researchmap
Nagoya University Graduate School of Informatics Department of Complex Systems Science 1 Professor

2017.4

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National Institute for Fusion Science Visiting professor

2017.4 - 2019.3

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Country：Japan
International Institute for Advanced Studies IIAS Project "General Communication Studies" Visiting scholar, project leader

2014.4 - 2017.3

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Country：Japan
Nagoya University Graduate School of Information Science Professor

2013.4

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Country：Japan
Osaka University Cybermedia Center Visiting professor

2013.4

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Country：Japan
Nagoya University Graduate School of Information Science Professor

2013.4

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researchmap
Osaka University Cybermedia Center Visiting professor

2013.4

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researchmap
Nagoya University Graduate School of Information Science Professor

2013.4

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Research Institute for Humanity and Nature

2011.10

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総合地球環境学研究所「地域環境知形成によるコモンズの創生と持続可能な管理」プロジェクト研究員

2011.10 - 2017.3

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Country：Japan
Osaka University Cybermedia Center Associate professor

2007.4 - 2013.3

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Country：Japan
Harvard University Program for Evolutionary Dynamics Visiting scholar

2003.10 - 2004.8

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Country：United States
Osaka University Cybermedia Center Associate Professor

2000.4 - 2007.3

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Country：Japan
Harvard University Department of Biology and Chemistry Visiting scholar

1996.8 - 1998.8

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Country：United States
Department of Physics, Osaka University, Assistant Professor Assistant

1994.4 - 2000.3

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Country：Japan

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Education 3

The University of Tokyo Graduate School, Division of Science Department of Pure and Applied Sciences

1991.4 - 1994.3

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Country： Japan
Waseda University Graduate School, Division of Science and Engineering Department of Physics and Applied Physics

1989.4 - 1991.3

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Country： Japan
Waseda University Faculty of Science and Engineering Department of Applied Physics

1985.4 - 1989.3

　 More details

Country： Japan

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Professional Memberships 4

日本微生物生態学会

2023.9
日本生態学会

2001.8
日本数理生物学会

1992.10
日本物理学会

1989.7

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Committee Memberships 8

The Japanese Society for Mathematical Biology President

2023.1 - 2024.12

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Committee type：Academic society
The 8th China-India-Japan-Korea Conference on Mathematical and Theoretical Biology Vice Chair

2023.1 - 2023.7

　 More details

Committee type：Academic society
日本物理学会第79～80期代議員

2023.3 - 2025.3

　 More details

Committee type：Academic society
Japanese Society for Mathematical Biology Vice President

2022.1 - 2022.12

　 More details

Committee type：Academic society
Japanese Society for Mathematical Biology Chair of the 2020 Annual Meeting Committee

2019.6 - 2020.9

　 More details

Committee type：Academic society

researchmap
日本数理生物学会研究奨励賞選考委員会委員

2019.1 - 2019.12

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Committee type：Academic society
Japanese Society for Mathematical Biology Chairman, the Akira Okubo Prize Committee

2018.1 - 2020.12

　 More details

Committee type：Academic society
独立行政法人大学入試センター物理第一部会委員

2014.4 - 2016.3

　 More details

Committee type：Government

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Awards 7

一般部門　銅賞

2024.3 一般社団法人社会基盤情報流通連絡協議会アーバンデータチャレンジ（UDC）２０２３実行委員会岐阜ロゲ ver.2.0

NPO岐阜aiネットワーク

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Award type：Award from Japanese society, conference, symposium, etc. Country：Japan
学生優秀発表賞

2023.4 日本物理学会 Cavity法によるタンパク質デザインII

高橋智栄，千見寺浄慈，時田恵一郎

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Award type：Award from Japanese society, conference, symposium, etc. Country：Japan

応募資格
講演申し込み時に大学院修士課程もしくは博士課程に在籍し、これまでに日本物理学会において4回以上、そのうち領域１１（合同セッションを含む）で2回以上、登壇者として口頭発表している大学院生。過去に本賞の受賞がないこと。
2022年度全学教育科目担当教員顕彰

2023.3 名古屋大学教養教育院

時田恵一郎

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Country：Japan
一般部門　金賞（全国１位）

2023.3 一般社団法人社会基盤情報流通連絡協議会アーバンデータチャレンジ（UDC）２０２２実行委員会岐阜ロゲ

岐阜ロゲ（岐阜aiネットワーク）

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Country：Japan

https://geo-news.jp/archives/5850
応募作品総数一般部門１０５作品中の１位
Young Author Award at the AROB-ISBC-SWARM2023

2023.1 The International Society of Artificial Life and Robotics (ISAROB) Protein Design based on A Novel Hypothesis of Protein Evolution

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita

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Award type：Award from international society, conference, symposium, etc. Country：Japan
ビジネスプロフェッショナル部門　優秀賞

2022.3 一般社団法人社会基盤情報流通連絡協議会アーバンデータチャレンジ（UDC）２０２１実行委員会伝統産業ｘITで美濃焼の地域ブランディングを推進する活動

CODE for GIFU（岐阜aiネットワーク）

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Country：Japan
地域拠点賞

2022.3 一般社団法人社会基盤情報流通推進協議会アーバンデータチャレンジ(UDC)２０２１実行委員会岐阜ブロック

岐阜ブロック（岐阜aiネットワーク）

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Country：Japan

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Papers 27

Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network and effects of tyrosine hydroxylase using structural sensitivity analysis Reviewed

Shun Sawada, Kei Tokita

Proceedings of the International Conference on AROB-ISBC-SWARM 2024 2024.1

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Authorship：Corresponding author Language：English Publishing type：Research paper (international conference proceedings)
Protein Design based on A Novel Hypothesis of Protein Evolution Reviewed

Tomoei Takahashi, George Chikenji and Kei Tokita

Proceedings of the Joint Symposium of AROB-ISBC-SWARM 2023 page： 1343 - 1348 2023.1

　More details

Authorship：Last author Language：English Publishing type：Research paper (international conference proceedings)
May’s dream: the interactions in biological networks were random matrices after all Reviewed

Kei Tokita

Proceedings of the Joint Symposium of AROB-ISBC-SWARM 2023 page： 1398 - 1401 2023.1

　More details

Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (international conference proceedings)
The cavity method to protein design problem Reviewed

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita

Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment Vol. 2022 page： 103403-1 - 103403-14 2022.10

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Authorship：Last author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

DOI： https://doi.org/10.1088/1742-5468/ac9465
ベイズ学習による格子タンパク質模型のデザイン Invited Reviewed

高橋智栄，千見寺浄慈，時田恵一郎

日本シミュレーション学会誌「シミュレーション」 Vol. 41 ( 3 ) page： 158 - 163 2022.9

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Authorship：Last author Language：Japanese Publishing type：Research paper (scientific journal)
Lattice protein design using Bayesian learning Reviewed

Tomoei Takahashi George Chikenji Kei Tokita

Physical Review E ( 104 ) page： 014404 2021.7

　More details

Authorship：Last author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

DOI： https://doi.org/10.1103/PhysRevE.104.014404
複雑系科学にノーベル賞！

時田恵一郎

名古屋大学情報学研究科年報 Informatica Vol. 2 page： 85 - 90 2021

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Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
A Traffic Jam Model of Biological Evolution and Species Abundance Distribution Reviewed

Kei Tokita, Jun Sato

Proceedings of the 26th Symposium on Traffic Flow and Self-Driven Particles ( 26 ) page： 1 - 4 2020.12

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Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (conference, symposium, etc.)
Analysis of mathematical model of gut flora and its interaction matrix

Yuma TAGUCHI,Kei TOKITA

RIMS Kokyuroku ( 2166 ) page： 72 - 76 2020.7

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Authorship：Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (other academic)
Population dynamics of ant-aphid system -Switching effect between mutualism and predation

Atsuki NAKAI,Kei TOKITA

RIMS Kokyuroku ( 2166 ) page： 54 - 58 2020.7

　More details

Authorship：Corresponding author Language：Japanese Publishing type：Research paper (conference, symposium, etc.)
Creation of polymorphism caused by predation and cost in a mutualistic nonlinear evolutionary dynamical system

Nakai Atsuki, Inui Yoko, Tokita Kei

Meeting Abstracts of the Physical Society of Japan Vol. 75.1 ( 0 ) page： 2805 - 2805 2020

　More details

Language：Japanese Publisher：The Physical Society of Japan

DOI： 10.11316/jpsgaiyo.75.1.0_2805

CiNii Research
数理生物学・複雑系科学の視点から

時田恵一郎

名古屋大学情報学研究科年報 Informatica Vol. 1 page： 2 - 5 2020

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Authorship：Lead author Language：Japanese Publishing type：Research paper (bulletin of university, research institution)
Detection of Social Bots: Quantification of Language Independent Features and Bot Clusters

Masaki SUGIMORI,Kazutoshi Sasahara,Kei Tokita

Proceedings of the 32nd Annual Conference of the Japanese Society for Artificial Intelligence, 2018 page： 1P2-05-1 - 1P2-05-4 2018.6

　More details

Authorship：Last author Language：Japanese Publishing type：Research paper (other academic)

DOI： https://doi.org/10.11517/pjsai.JSAI2018.0_1P205
Relative species abundance of replicator dynamics with sparse interactions Reviewed

Tomoyuki Obuchi, Yoshiyuki Kabashima and Kei Tokita

Journal of Statistical Mechanics page： 113502 2016.11

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

DOI： 10.1088/1742-5468/2016/11/113502
Multiple peaks of species abundance distributions induced by sparse interactions Reviewed

Tomoyuki Obuchi, Yoshiyuki Kabashima and Kei Tokita

Physical Review E Vol. 94 page： 022312 2016.8

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

DOI： 10.1103/PhysRevE.94.022312
Dynamic stability and chaotic multispecies-coexistence in a food web mode Invited Reviewed

Kei Tokita

Advances in Science, Technology and Environmentology (ASTE, Waseda University) page： 000 2015.2

　More details

Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

The relationship between stability and complexity of an ecosystem has been one of the main issues in community
ecology. In such ecosystems, a food web is one of the most complex biological networks in nature, and has been
focused on by field and theoretical ecologists. We consider a food web model represented by the Lotka-Volterra equation
with hierarchically ordered random interspecies interactions, and show that the model has a class of dynamic stability,
and that an arbitrary number of species can coexist in it.
Properties of ecosystems those are vulnerable during eco-fusion Reviewed

Katsuhiko Yoshida, Kei Tokita

Scientific Reports Vol. 5 page： 7939 2015.1

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

When two ecosystems with separate evolutionary histories come into contact (eco-fusion), reciprocal invasions occur during their fusion. Asymmetries in the migration direction or extinction rate then occur (e.g., during the Great American Biotic Interchange, GABI). Hypotheses have been proposed to describe this process, but the ecosystem properties have not been adequately discussed. To identify the ecosystem properties that create vulnerability to species loss during eco-fusion, we conducted computer simulations of the fusion of ecosystems with independent evolutionary histories. With asymmetrical species extinction rates, the ecosystem with a higher extinction rate had a shorter food chain, a higher ratio of animal species to plant species, and a lower ratio of carnivores to herbivores. Most ecosystems that have undergone isolated evolution are vulnerable. These results may explain the vulnerability of South America's ecosystem during the GABI and that of modern Australia.

DOI： 10.1038/srep07939
Analytical theory of species abundance distributions of a random community model Invited Reviewed

Kei Tokita

Population Ecology Vol. 57 ( 1 ) 2015.1

　More details

Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

We review the history and recent progress of the analytical theories of a random community models. In particular, we focus on a global stability analysis of replicator equations with random interactions and species abundance distributions based on statistical mechanics.

DOI： 10.1007/s10144-014-0476-8
GPGPU simulations of 2D lattice neutral models in ecology Reviewed

Takeshi Oura and Kei Tokita

Journal of Physics: Conference Series Vol. 454 page： 012038 (7pages) 2013

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

DOI： 10.1088/1742-6596/454/1/012038
Species-area relationship for power-law species abundance distribution Reviewed

Haruyuki Irie and Kei Tokita

International Journal of Biomathematics Vol. 5 page： 1260024 (9 pages) 2012.5

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Rank abundance relations in evolutionary dynamics of random replicators Reviewed

Physical Review E Vol. 78 page： 031924 (11 pages) 2008.9

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Statistical mechanics and stability of a model eco-system Reviewed

Yoshimi Yoshino, Tobias Galla and Kei Tokita

Journal of Statistical Mechanics page： P09003 (24 pages) 2007.9

　More details

Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Statistical mechanics of relative species abundance Invited Reviewed

Kei Tokita

Ecological Informatics Vol. 1 page： 315-324 2006.11

　More details

Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Species abundance patterns in complex evolutionary dynamics Reviewed

Kei Tokita

Physical Review Letters Vol. 93 page： 178102 (4 pages) 2004.10

　More details

Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Emergence of a complex and stable network in a model ecosystem with extinction and mutation Reviewed

Kei Tokita and Ayumu Yasutomi

Theoretical Population Biology Vol. 63 page： 131-146 2003

　More details

Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Large-Dimensional Replicator Equations with Antisymmetric Random Interactions Reviewed

Tsuyoshi Chawanya and Kei Tokita

Journal of Physical Society of Japan Vol. 71 ( 2 ) page： 429-431 2002

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Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)
Dynamical Equation Approach to Protein Design Reviewed

Kei Tokita, Macoto Kikuchi and Yukito Iba

Progress of Theoretical Physics Supplement Vol. 138 page： 378-383 2000

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Authorship：Lead author Language：English Publishing type：Research paper (scientific journal)

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Books 15

Creative Complex Systems International journal

Atsushi Yamauchi, Kei Tokita, Toshiyuki Namba, Tae-Soo Chon（ Role： Contributor , Short Notes on Theories of Species Diversity）

Springer 2021.10 （ ISBN:978-981-16-4457-3 ）

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Total pages：429 Responsible for pages：33-53 Language：English Book type：Scholarly book

In the 1970s, a theoretical ecologist deduced that a biological community tends to be unstable with increasing numbers of species and interactions. Because many species coexist and have complex interactions in natural communities, ecologists have investigated the characteristics and underlying mechanisms of species diversity. In this chapter, we review theoretical studies that investigate mechanisms of coexistence in complex biological networks. A variety of hypotheses have been proposed to explain the mechanism of species diversity, each of which is focused on specific processes of species interactions and/or community dynamics. We categorize these theoretical models, describing types of focal mechanisms as either “fitness dependence” or “fitness independence.” Despite the diverse hypotheses, no key factor of species diversity has been clarified, mainly due to difficulties in testing the hypotheses. We conclude that more interdisciplinary and integrative studies are needed to understand species diversity in depth.

DOI： 10.1007/978-981-16-4457-3_3
Transformations of Social-Ecological Systems

Sato, T., Chabay I., Heigeson, J. eds.（ Role： Joint author）

Springer 2019.1

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Language：English Book type：Scholarly book
地域環境学

佐藤哲　編，菊地直樹　編（ Role： Joint author）

東京大学出版会 2018.1 （ ISBN:978-4-13-060320-1 ）

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Total pages：430 Language：Japanese Book type：Scholarly book

Other Link： https://www.amazon.co.jp/%E5%9C%B0%E5%9F%9F%E7%92%B0%E5%A2%83%E5%AD%A6-%E3%83%88%E3%83%A9%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%87%E3%82%A3%E3%82%B7%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%8A%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%82%A8%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%B8%E3%81%AE%E6%8C%91%E6%88%A6-%E4%BD%90%E8%97%A4-%E5%93%B2/dp/4130603205/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1520312469&sr=8-1&keywords=%E5%9C%B0%E5%9F%9F%E7%92%B0%E5%A2%83%E5%AD%A6
岩波　生物学辞典　第５版

巌佐庸・倉谷滋・斎藤成也・塚谷裕一（編集）（ Role： Joint author）

岩波書店 2013.2

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Language：Japanese
数理科学事典

現代数理科学事典編集委員会（ Role： Joint author）

丸善 2009.12 （ ISBN:978-4621081259 ）

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Language：Japanese
生物間ネットワークを紐とく

大串隆之 (編集), 難波利幸 (編集), 近藤倫生 (編集)（ Role： Joint author）

京都大学出版会 2009.8

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Language：Japanese
ネットワーク科学への招待

青山秀明・相馬亘・藤原義久共編著（ Role： Joint author）

サイエンス社 2008.7

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Language：Japanese
進化経済学ハンドブック

進化経済学会（編集）（ Role： Joint author）

共立出版 2006.9

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Language：Japanese
プラントミメティックス

甲斐昌一、森川弘道、鈴木泰博（編集）（ Role： Joint author）

エヌ・ティー・エス 2006.8

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Language：Japanese
複雑系の構造と予測

早稲田大学複雑系高等学術研究所 (編集)（ Role： Joint author）

共立出版 2006.6

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Language：Japanese
ゲーム理論のフロンティア

松田裕之・池上高志（共編著）（ Role： Joint author）

サイエンス社 2005.12

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Language：Japanese
生態学辞典

巌佐庸 (編集), 菊沢喜八郎 (編集), 松本忠夫 (編集), 日本生態学会 (編集)（ Role： Joint author）

共立出版 2003.6

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Language：Japanese
複雑さの数理

相澤洋二（監訳）、龍野正実、時田恵一郎、橋本敬、秦浩起（訳）（ Role： Joint author）

産業図書 2001.7

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Language：Japanese
脳科学大辞典

甘利俊一 (編集), 外山敬介 (編集)（ Role： Joint author）

朝倉書店 2000.4

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Language：Japanese
Unifying Themes in Complex Systems

Kei Tokita, et al.（ Role： Joint author）

Perseus Books 2000

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Language：English

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Presentations 132

Parameter Estimation of Population Dynamics of Bacterial Flora and Rank Abundance Relationships Using Real Data Invited International conference

Kei Tokita, Kazuo Hashimi, Rie Sawado, Shuhei Takizawa, Miho Fujimori, Takumi Shinkai

International Conference on Biological Physics (ICBP2023) 2023.8.17 International Conference on Biological Physics (ICBP2023)

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Event date： 2023.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Venue：Seoul, Korea Country：Korea, Republic of
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network and effects of tyrosine hydroxylase using structural sensitivity analysis International conference

Shun Sawada, Kei Tokita

AROB-ISBC-SWARM 2024 2024.1.24 AROB-ISBP-SWARM2024

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Event date： 2024.1

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：B-Con PLAZA, Beppu, Oita, Japan and Online Country：Japan
経験ベイズ推定を通したタンパク質におけるアミノ酸間相関関数の解析

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介

ネットワーク科学研究会2023 2023.12.23 ネットワーク科学研究会

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Event date： 2023.12

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：同志社大学今出川キャンパス Country：Japan
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析

澤田駿,時田恵一郎

ネットワーク科学研究会2023 2023.12.23 ネットワーク科学研究会

　More details

Event date： 2023.12

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：同志社大学今出川キャンパス Country：Japan
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析

澤田駿,時田恵一郎

第46回日本分子生物学会年会 2023.12.7 日本分子生物学会

　More details

Event date： 2023.12

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：神戸ポートアイランド Country：Japan
実データにもとづく微生物叢群集構造の推定

時田恵一郎

第３６回微生物生態学会年会 2023.11.29 日本微生物生態学会

　More details

Event date： 2023.11

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：浜松ACTコングレスセンター Country：Japan
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析

澤田駿,時田恵一郎

第61回日本生物物理学会年会 2023.11.15 日本生物物理学会

　More details

Event date： 2023.11

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：名古屋国際会議場 Country：Japan
An Empirical Bayes Approach to Estimate the Chemical Potential of Water in Protein Design Problem

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita, and Yoshiyuki Kabashima

International conference on Machine Learning Physics 2023.11.14 Yukawa Institute of Physics, Kyoto University

　More details

Event date： 2023.11

Language：English Presentation type：Poster presentation

Venue：Kyoto University Country：Japan
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析

澤田駿,時田恵一郎

第96回日本生化学会大会 2023.10.31 日本生化学会

　More details

Event date： 2023.10 - 2023.11

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：福岡国際会議場 Country：Japan
経験ベイズ法によるタンパク質デザインにおける水の化学ポテンシャルの推定

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介

ipi × ダイキンシンポジウム 2023.10.24 東京大学知の物理学研究センター，ダイキン

　More details

Event date： 2023.10

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：東京大学小柴ホール Country：Japan
群集動態の実データを用いた一般化ロトカ・ボルテラ方式のパラメータ推定と推定された種間相互作用の特徴

時田恵一郎

松江数理科学ワークショップ 2023.10.2 島根大学

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Event date： 2023.10

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：島根大学 Country：Japan
ベイズ学習による格子タンパク質デザインにおける水の化学ポテンシャルの推定

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介

日本物理学会第78回年次大会 2023.9.17 日本物理学会

　More details

Event date： 2023.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：東北大学 Country：Japan
Feedback vertex set (FVS)を用いたドーパミン化学反応ネットワークの理論解析

澤田駿、時田恵一郎

日本物理学会２０２３年度年次大会 2023.9.16 日本物理学会

　More details

Event date： 2023.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：東北大学 Country：Japan
ロゲイニング問題に対するSimulated Annealingの適用

田口大輔，宮本麻衣，宮田明，時田恵一郎

日本オペレーションズ・リサーチ学会2023年秋季研究発表会 2023.9.15 日本オペレーションズ・リサーチ学会

　More details

Event date： 2023.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：関西学院大学　西宮上ヶ原キャンパス Country：Japan
ドーパミン生成反応ネットワークの構造感度解析 Invited

澤田駿、時田恵一郎

日本数理生物学会２０２３年度年会 2023.9.4 日本数理生物学会

　More details

Event date： 2023.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Venue：奈良女子大学 Country：Japan
実データを用いた微生物相互作用の推定

時田恵一郎

日本数理生物学会２０２３年度年会 2023.9.5 日本数理生物学会

　More details

Event date： 2023.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：奈良女子大学 Country：Japan
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network using buffering structure International conference

Shun Sawada, Kei Tokita

OKO International Symposium 2023.8.29 Kyoto University

　More details

Event date： 2023.8

Language：English Presentation type：Poster presentation

Venue：Kyoto University Country：Japan
群集生態学理論と細菌叢データを用いた検証 Invited

時田恵一郎

2023年度非平衡・多階層・複雑系研究会 2023.8.28 早稲田大学

　More details

Event date： 2023.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Venue：早稲田大学 Country：Japan
タンパク質デザインの統計力学 Invited International conference

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎, 樺島祥介

非平衡・多階層・複雑系研究会 2023.8.28 早稲田大学

　More details

Event date： 2023.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：早稲田大学西早稲田キャンパス Country：Japan
Theoretical analysis of dopamine chemical reaction network using structural sensitive analysis International conference

2023.8.14 9th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex systems(9IDMRCS)

　More details

Event date： 2023.8

Language：English Presentation type：Poster presentation

Venue：Makuhari Messe, Japan Country：Japan
Statistical mechanics of protein design International conference

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita, and Yoshiyuki Kabashima

Collective Phenomena in complex systems: problems inspired by Ecology and Evolusion, Satellite Meeting of StatPhys28 2023.8.13 U. Tokyo

　More details

Event date： 2023.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Hongo Campus, U. Tokyo, Bunkyoku, Tokyo Country：Japan
Statistical mechanics of protein design International conference

Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita

StatPhys28 2023.8.7

　More details

Event date： 2023.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：IUPAP Country：Japan
Estimation of the chemical potential of water in lattice protein design via maximizing the marginal likelihood International conference

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita, and Yoshiyuki Kabashima

Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems, Satellite Meeting of StatPhys28 2023.8.4

　More details

Event date： 2023.8

Language：English Presentation type：Poster presentation

Country：Japan
Are the interactions in the bacterial flora network random? International conference

Kei Tokita

The 8th CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology 2023.6.30 Korean Society for Mathematical Biology

　More details

Event date： 2023.6 - 2023.7

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Sono Belle Jeju, Jeju Island, Republic of Korea Country：Korea, Republic of
構造感度解析を用いたドーパミン化学反応ネットワークモデルの理論解析

澤田駿、時田恵一郎

第87回日本生化学会中部支部会例会 2023.5.27 日本生化学会中部支部会

　More details

Event date： 2023.5

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：オンライン Country：Japan
ドーパミン化学反応ネットワークの理論的解析

澤田駿、時田恵一郎

日本生物物理学会中部支部会日本生物物理学会中部支部会

　More details

Event date： 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学 Country：Japan
Cavity法によるタンパク質デザインII

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎

日本物理学会２０２３年春季大会 2023.3.23 日本物理学会

　More details

Event date： 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：東京工業大学（オンライン） Country：Japan
ドーパミン生成化学反応ネットワークモデルの理論的解析

澤田駿, 時田恵一郎

日本物理学会２０２３年春季大会 2023.3.23 日本物理学会

　More details

Event date： 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：東京工業大学（オンライン） Country：Japan
ベイズ統計と統計力学による格子タンパク質模型のデザイン Invited

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎

統計物理と統計科学のセミナー 2023.3.13 統計数理研究所

　More details

Event date： 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Public lecture, seminar, tutorial, course, or other speech

Venue：オンライン（東京都立川市・統計数理研究所） Country：Japan
ドーパミン化学反応ネットワークの解析

澤田駿，時田恵一郎

第８回数理生物学交流発表会 2023.3.10 静岡大学

　More details

Event date： 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：静岡大学工学部 Country：Japan
生物ネットワークの相互作用はランダムか？ Invited

時田恵一郎

２０２３年電子情報通信学会総合大会 2023.3.8 電子情報通信学会

　More details

Event date： 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Venue：芝浦工業大学大宮キャンパス Country：Japan
ドーパミン生成化学反応ネットワークの理論的解析

澤田駿，時田恵一郎

第１８回ネットワーク生態学シンポジウム 2023.3.1 ネットワーク生態学研究会

　More details

Event date： 2023.2 - 2023.3

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：北海道大学クラーク会館 Country：Japan
May’s dream: the interactions in biological networks were random matrices after all International conference

Kei Tokita

AROB-ISBC-SWARM 2023 2023.1.26 International Society of Artificial Life and Robotics

　More details

Event date： 2023.1

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：B-Con Plaza Beppu, Beppu, Oita, Japan Country：Japan
Protein Design based on A Novel Hypothesis of Protein Evolution International conference

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita

AROB-ISBC-SWARM 2023 2023.1.25 International Society of Artificial Life and Robotics

　More details

Event date： 2023.1

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：B-Con Plaza Beppu, Beppu, Oita, Japan Country：Japan
Lattice protein design using Bayesian learning

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita

The 60th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2022.9.30 Biophysical Society of Japan

　More details

Event date： 2022.9

Language：English Presentation type：Poster presentation

Venue：Hakodate Country：Japan
The cavity method to protein design problem International conference

Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita

Roles of heterogeneity in non-equilibrium collective dynamics 2022 (RHINO 2022) 2022.9.17 Japan Society for Promotion of Science, and Asia Pacific Center for Theoretical Physics

　More details

Event date： 2022.9

Language：English Presentation type：Poster presentation

Venue：University of Tokyo Country：Japan
Species abundance distributions in evolutionary dynamics Invited International conference

Kei Tokita

Roles of Heterogeneity in Nonequilibrium Collective Dynamics 2022 (RHINO 2022) 2022.9.16 Japan Society for Promotion of Science, and Asia Pacific Center for Theoretical Physics

　More details

Event date： 2022.9

Language：English Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Venue：University of Tokyo, Japan Country：Japan
Cavity 法によるタンパク質デザイン

高橋智栄，千見寺浄慈，時田恵一郎

日本物理学会2022年秋季大会 (物性) 2022.9.14 日本物理学会

　More details

Event date： 2022.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：東京工業大学大岡山キャンパス Country：Japan
進化の大規模モデルに対する統計力学的解析II

田口優真, 時田恵一郎

日本物理学会第７７回年次大会 2022.3.15

　More details

Event date： 2022.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：オンライン Country：Japan
Cavity 法による格子タンパク質模型のデザイン

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎

日本物理学会第７７回年次大会 2022.3.15

　More details

Event date： 2022.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：オンライン Country：Japan
Lattice protein design using Bayesian learning with Miyazawa-Jernigan energy matrix

Tomoei Takahashi, George Chikenji, Kei Tokita

2021 Autumn Meeting of the Physical Society of Japan 2021.9.22 The Physical Society of Japan

　More details

Event date： 2021.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online Country：Japan
Statistical mechanical analysis for large scale model of evolution

Yuma Taguchi, Kei Tokita

2021 Autumn Meeting of the Physical Society of Japan 2021.9.23 The Physical Society of Japan

　More details

Event date： 2021.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online Country：Japan
Analysis of Replicator-Mutator Equation by Statistical Mechanical Method

Yuma Taguchi, Kei Tokita

2021 Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology 2021.9.15 The Japanese Society for Mathematical Biology

　More details

Event date： 2021.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online Country：Japan

Other Link： https://sites.google.com/view/jsmb2021conference/%E6%97%A5%E7%A8%8B%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0?authuser=0
A Traffic Jam Model of Biological Evolution and Species Abundance Distribution

Kei Tokita, Jun Sato

2021 Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology 2021.9.15 The Japanese Society for Mathematical Biology

　More details

Event date： 2021.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online Country：Japan

Other Link： https://sites.google.com/view/jsmb2021conference/%E6%97%A5%E7%A8%8B%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%A0?authuser=0
大規模群集モデルに対応したパラメータ推定手法

田口優真,時田恵一郎

第６８回日本生態学会大会 2021.3.18 日本生態学会

　More details

Event date： 2021.3

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：オンライン（岡山大学） Country：Japan
Lattice protein design by empirical Bayes’ method with the effect of water as external field

Tomoei TAKAHASHI,George CHIKENJI,Kei TOKITA

JPS 76th Annual Meeting, The Physical Society of Japan 2021.3.14 The Physical Society of Japan

　More details

Event date： 2021.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online Country：Japan
大自由度非線形進化力学系への統計力学的手法の応用

田口優真,時田恵一郎

第６回数理生物学交流発表会 2021.3.7 静岡大学

　More details

Event date： 2021.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：オンライン（静岡大学） Country：Japan
複雑系科学とAI / DX用ブリッジAIシステム／文字認識と文書のデジタル化 Invited

時田恵一郎,宮田明

THE AI Powered by 日本HP 2021.1.18 日本HP株式会社,株式会社レッジ

　More details

Event date： 2021.1

Language：Japanese Presentation type：Public lecture, seminar, tutorial, course, or other speech

Venue：オンライン Country：Japan
Mathematical modeling of the ecosystem of Lake Shinji and Nakaumi

Kei TOKITA,Taku KAWAMOTO,Hitoshi Sakano

2021.1.9 Estuary Research Center, Shimane University

　More details

Event date： 2021.1

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Matsue, Shimane, Japan Country：Japan
A Traffic Jam Model of Biological Evolution and Species Abundance Distribution

Kei TOKITA,Jun SATO

The 26th Symposium on Traffic Flow and Self-driven Particles 2020.12.10 The Mathematical Society of Traffic Flow

　More details

Event date： 2020.12

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online (Nagoya University) Country：Japan
大規模群集モデルのパラメータ推定

田口優真,時田恵一郎

２０２０年度日本数理生物学会年会 2020.9.22 日本数理生物学会

　More details

Event date： 2020.9

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：オンライン（名古屋大学） Country：Japan
Protein design by optimization of role of water using empirical Bayes' estimation

Tomoei TAKAHASHI,George CHIKENJI,Kei TOKITA

JPS 2020 Autumn Meeting, The Physical Society of Japan 2020.9.9 The Physical Society of Japan

　More details

Event date： 2020.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Online Country：Japan
相利的な非線形進化力学系での捕食やコストがもたらす多形の創出

中井貴生,乾陽子,時田恵一郎

日本物理学会第75回年次大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス） Country：Japan
経験ベイズ推定による格子タンパク質模型のデザイン

高橋智栄,千見寺浄慈,時田恵一郎

日本物理学会第７５回年次大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス） Country：Japan
多自由度非線形進化力学系の相互作用行列の推定

田口優真, 時田恵一郎

日本物理学会第75回年次大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス） Country：Japan
食物網のサンプリング理論と種個体数分布

時田恵一郎

日本物理学会第７５回年次大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス） Country：Japan
内集団ひいきの創発

村上大周, 時田恵一郎

ゲーム理論ワークショップ2020

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：駒沢大学、東京都 Country：Japan
アブラムシはアリの一途さを求めない

中井貴生,乾陽子,時田恵一郎

第６回数理生物学交流発表会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：静岡大学（浜松キャンパス） Country：Japan
多自由度非線形進化力学系を用いた大規模群集における相互作用の推定

田口優真, 時田恵一郎

第６回数理生物学交流発表会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：静岡大学（浜松キャンパス） Country：Japan
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス

中井貴生,乾陽子,時田恵一郎

第67回日本生態学会大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：名城大学（天白キャンパス） Country：Japan
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析

田口優真, 時田恵一郎

第67回日本生態学会大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名城大学（天白キャンパス） Country：Japan
食物網のサンプリング理論と種個体数分布

時田恵一郎

第６７回日本生態学会大会

　More details

Event date： 2020.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名城大学（天白キャンパス） Country：Japan
アリ・アブラムシ系の個体群ダイナミクス〜共生と捕食のスイッチング〜

中井貴生,乾陽子,時田恵一郎

生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜

　More details

Event date： 2020.1

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：京都大学・数理解析研究所 Country：Japan
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析

田口優真, 時田恵一郎

第16回生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜

　More details

Event date： 2020.1

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：京都大学数理解析研究所 Country：Japan
２パッチモデルとしての宍道湖−中海生物分布シミュレーション

川元琢、時田恵一郎、坂野鋭

第２７回汽水域研究発表会・汽水域研究会第８回例会・汽水域合同研究発表会２０２０

　More details

Event date： 2020.1

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：島根大学（松江キャンパス） Country：Japan
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス

中井貴生,乾陽子,時田恵一郎

日本生態学会中部地区大会

　More details

Event date： 2019.11

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：名城大学（天白キャンパス） Country：Japan
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス Invited

中井貴生, 時田恵一郎

第12回水戸MI(数学・情報数理)セミナー

　More details

Event date： 2019.10

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：茨城大学（水戸キャンパス） Country：Japan
共生と多型に関する数理モデル

中井貴生,時田恵一郎

日本数理生物学会年会

　More details

Event date： 2019.9

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：東京工業大学（大岡山キャンパス） Country：Japan
相互作用グラフの特徴を考慮したベイズ学習によるタンパク質デザイン

高橋智栄、千見寺浄慈、時田恵一郎

日本物理学会秋季大会

　More details

Event date： 2019.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：岐阜大学（岐阜市） Country：Japan
Evolution of In-group Favoritism and Game Theoretical Analysis

　More details

Event date： 2019.9

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Country：Japan
共生と多型に関する数理モデル

中井貴生,時田恵一郎

第２回数理生物学若手の会夏の学校

　More details

Event date： 2019.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：総合研究大学院大学（葉山キャンパス） Country：Japan
腸内細菌叢の生態系

田口優真,時田恵一郎

第2回数理生物若手夏の学校

　More details

Event date： 2019.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：総合研究大学院大学（葉山キャンパス） Country：Japan
Theory of Species Abundance Distribution of > Evolutionary Dynamics Invited International conference

Kei Tokita

7th China-India-Japan-Korea International > Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)

　More details

Event date： 2019.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Country：China
Evolution of In-group Favoritism and Game Theoretical Analysis International conference

Taishu Murakami, Kei Tokita

7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)

　More details

Event date： 2019.8

Language：English Presentation type：Poster presentation

Venue：Beijing University of Science and Technology, Beijing, China Country：China
Protein design using Bayesian learning International conference

Tomoei Takahashi, George Chikenji, and Kei Tokita

7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)

　More details

Event date： 2019.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Beijing University of Science and Technology, Beijing, China, Country：China
Domain theoretical approach to boolean networks International conference

Shojiro Abe, Kei Tokita

7th China-India-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CIJK 2019)

　More details

Event date： 2019.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Beijing University of Science and Technology, Beijing, China Country：China
内集団ひいきのゲーム理論的解析

村上大周,時田恵一郎

第64回物性若手夏の学校

　More details

Event date： 2019.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：ぎふ長良川温泉ホテルパーク Country：Japan
ベイズ学習による格子タンパク質デザイン

高橋智栄、千見寺浄慈、時田恵一郎

第６４回物性若手夏の学校

　More details

Event date： 2019.8

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：ぎふ長良川温泉パーク、岐阜市 Country：Japan
ベイズ学習による格子タンパク質模型のデザイン

高橋智栄、千見寺浄慈、時田恵一郎

日本物理学会第７４回年次大会

　More details

Event date： 2019.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：九州大学（伊都キャンパス） Country：Japan
機械学習と物理学のつながり Invited

時田恵一郎

核融合科学研究所セミナー

　More details

Event date： 2019.2

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
生態ネットワークの種個体数分布 Invited

時田恵一郎

京都大学生態学研究センターセミナー

　More details

Event date： 2019.1

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
多様性の科学に対する統計物理学的アプローチ Invited

時田恵一郎

経済・社会への分野横断的研究会

　More details

Event date： 2018.12

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：キヤノングローバル戦略研究所 Country：Japan
Dynamic theory of species abundance distributions Invited International conference

Kei Tokita

The 8th East Asian Federation of Ecological Societies International Congress

　More details

Event date： 2018.4

Language：English Presentation type：Oral presentation (invited, special)

Country：Japan
Partial annealing as evolution in a model ecosystem

Tim Ritmeester, Kei Tokita

　More details

Event date： 2018.3

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
二部グラフ型ホストーパラサイトモデルからホスト間相互作用のあるえこえぴモデルへ Invited

時田恵一郎

日本生態学会

　More details

Event date： 2018.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
機械学習を用いたソーシャルボットの検出と分析：英語と日本語の比較

杉森真樹, 笹原和俊, 時田恵一郎

第２回計算社会学ワークショップ

　More details

Event date： 2018.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Statistical mechanics of population dynamics Invited International conference

Seminar of Department of Physics, Inha University

　More details

Event date： 2018.1

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Korea, Republic of
Overview of theoretical modeling on species abundance distribution Invited International conference

　More details

Event date： 2018.1

Language：English Presentation type：Public lecture, seminar, tutorial, course, or other speech

Country：Korea, Republic of
蝶とウイルスの擬態 Invited

時田恵一郎

DNA鑑定などに関する勉強会

　More details

Event date： 2017.11

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：山形市桜田温泉ヒルズサンピア山形 Country：Japan
大陸島嶼生態系の二次元格子中立モデル

長瀬久在, 時田恵一郎

日本数理生物学会第２７回年会

　More details

Event date： 2017.10

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：北海道大学 Country：Japan
Species- abundance relationships in inferring pollution impacts on benthic macroinvertebrate communities in streams International conference

T.S. Chon, X.D. Qu, M.Y. Song, K. Tokita, Y.S. Park

The International Society for Ecological Modelling Global Conference 2017

　More details

Event date： 2017.9

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Korea, Republic of
Diversity, stability and the relative species abundance of replicator dynamics with complex interspecies interactions International conference

K. Tokita

The international Society for Ecological Modelling Global Conference 2017

　More details

Event date： 2017.9

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Ramada Plaza, Jeju, Korea Country：Korea, Republic of
Diversity, stability and the relative species abundance of replicator dynamics with complex interspecies interactions Invited International conference

Kei Tokita

6th China India Japan Korea Mathematical Biology Colloquim (CIJKMB)

　More details

Event date： 2017.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：India
大陸島嶼生態系の二次元格子中立モデル

長瀬久在, 時田恵一郎

日本物理学会第７２回年次大会

　More details

Event date： 2017.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：大阪大学豊中キャンパス Country：Japan
TAP平均場近似アルゴリズムを用いた協調フィルタリング型ボルツマンマシン学習

日當泰輔, 時田恵一郎

日本物理学会第７２回年次大会

　More details

Event date： 2017.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：大阪大学豊中キャンパス Country：Japan
三題噺：米大統領選挙、SYNC、言語進化 Invited

時田恵一郎

国際高等研究所研究会「総合コミュニケーション学」

　More details

Event date： 2017.2

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
TAP平均場近似による制限ボルツマンマシン学習と協調フィルタリングへの応用

日當泰輔, 時田恵一郎

日本物理学会・2016年秋季大会(金沢大学)

　More details

Event date： 2016.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
食物網の種個体数分布II

時田恵一郎

日本物理学会・2016年秋季大会(金沢大学)

　More details

Event date： 2016.9

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Species abundance patterns of a food web model

Kei Tokita

2016 Japanese Society for Mathematical Biology annual meeting (JSMB2016), Kyushu University

　More details

Event date： 2016.9

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：Kyushu University Country：Japan
正直シグナル Invited

時田恵一郎

国際高等研究所研究会「総合コミュニケーション学」

　More details

Event date： 2016.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
生物・社会ネットワークの種個体数分布 Invited

時田恵一郎

物理学的普遍性から生物学的普遍性へ

　More details

Event date： 2016.8

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
統計力学を使って生物や社会における多様性の起源を探る Invited

時田恵一郎

核融合科学研究会・特別講演会

　More details

Event date： 2016.6

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
様々なスケールで見られる生物の信号とコミュニケーション：蝶とウィルスの擬態 Invited

時田恵一郎

第２回　非線形現象の捉え方

　More details

Event date： 2016.5

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Theory of Species Abundance Distributions in Community Ecology Invited International conference

Kei Tokita

The 7th EAFES International Congress, Daegu, Korea

　More details

Event date： 2016.4

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Korea, Republic of
食物網モデルの種個体数分布

時田恵一郎

日本生態学会

　More details

Event date： 2016.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：宮城県仙台市 Country：Japan
互いに類似したサブネットワークで構成される相互作用ネットワーク上での種個体数分布

大浦健志, 時田恵一郎

日本物理学会

　More details

Event date： 2016.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：宮城県仙台市 Country：Japan
TAP for Restricted Boltzmann Machine Learning and Its Application to Collaborative Filtering

Taisuke Hinata, Kei Tokita

　More details

Event date： 2016.3

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Country：Japan
Species Abundance Patterns of a Food Web Model

Kei Tokita

　More details

Event date： 2016.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
The Science of Biodiversity: Theoretical Perspectives Invited

Kei Tokita

The International Research Unit of Advanced Future Studies, Kyoto University

　More details

Event date： 2016.3

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
生物・社会ネットワークの非対称な世界 Invited

時田恵一郎

国際高等研究所研究会「ネットワークの科学」

　More details

Event date： 2016.2 - 2016.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
生物多様性の科学 Invited

時田恵一郎

武蔵野大学数理工学センター（MCME）セミナー

　More details

Event date： 2016.2

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：武蔵野大学 Country：Japan
Biological and social communications International conference

Kei Tokita

Joint Conferenece of 2015 Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology and 2015 5th China-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CJKICMB2012)

　More details

Event date： 2015.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Statistical mechanics of competitive exclusion of ecological communities International conference

Takeshi Oura and Kei Tokita

Joint Conferenece of 2015 Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology and 2015 5th China-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CJKICMB2012)

　More details

Event date： 2015.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Degree of interactions essentially changes relative species abundance International conference

Tomoyuki Obuchi, Yoshiyuki Kabashima and Kei Tokita

Joint Conferenece of 2015 Annual Meeting of Japanese Society for Mathematical Biology and 2015 5th China-Japan-Korea International Conference on Mathematical Biology (CJKICMB2012)

　More details

Event date： 2015.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Molecular mimicry model of autoimmune disease International conference

Kei Tokita, Megumi Masuda, Akira Sasaki

Annual Meeting of Society for Mathematical Biology

　More details

Event date： 2015.6 - 2015.7

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：United States
ブロック構造をもつランダム行列の固有値分布

大浦健志，時田恵一郎

日本物理学会第７０回年次大会

　More details

Event date： 2015.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：早稲田大学，東京 Country：Japan
Statistical mechanics of evolutionary dynamics: an answer to the diversity-stability debate in community ecology International conference

Kei Tokita

New Challenges in Complex System Science

　More details

Event date： 2014.10

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
Spatially Explicit Neutral Model International conference

Kei Tokita and Takeshi Oura

Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology (JSMB/SMB2014)

　More details

Event date： 2014.7 - 2014.8

Language：English Presentation type：Oral presentation (general)

Country：Japan
ランダム相互作用をもつBouchaud-Mezardモデル

大浦健志・時田恵一郎

日本物理学会第６９回年次大会

　More details

Event date： 2014.3

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：東海大学 Country：Japan
アブラムシはアリの一途さを求めない International conference

中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎

第６回数理生物学交流発表会 2020.3.7

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：静岡大学（浜松キャンパス）

researchmap
食物網のサンプリング理論と種個体数分布 International conference

時田恵一郎

日本物理学会第７５回年次大会 2020.3.16

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス）

researchmap
食物網のサンプリング理論と種個体数分布 International conference

時田恵一郎

第６７回日本生態学会大会 2020.3.4

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名城大学（天白キャンパス）

researchmap
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析 International conference

田口優真, 時田恵一郎

第16回生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜 2020.1.27

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：京都大学数理解析研究所

researchmap
腸内細菌叢の数理モデルとその相互作用行列の解析 International conference

田口優真, 時田恵一郎

第67回日本生態学会大会 2020.3.4

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名城大学（天白キャンパス）

researchmap
経験ベイズ推定による格子タンパク質模型のデザイン International conference

高橋智栄, 千見寺浄慈, 時田恵一郎

日本物理学会第７５回年次大会 2020.3.16

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス）

researchmap
相利的な非線形進化力学系での捕食やコストがもたらす多形の創出 International conference

中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎

日本物理学会第75回年次大会 2020.3.16

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス）

researchmap
多自由度非線形進化力学系を用いた大規模群集における相互作用の推定 International conference

田口優真, 時田恵一郎

第6回数理生物交流会 2020.3.7

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：静岡大学（浜松キャンパス）

researchmap
多自由度非線形進化力学系の相互作用行列の推定 International conference

田口優真, 時田恵一郎

日本物理学会第75回年次大会 2020.3.16

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：名古屋大学（東山キャンパス）

researchmap
内集団ひいきの創発 International conference

村上大周, 時田恵一郎

ゲーム理論ワークショップ2020 2020.3.8

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：駒沢大学、東京都

researchmap
アリ・アブラムシ系の個体群ダイナミクス〜共生と捕食のスイッチング〜 International conference

中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎

生物数学の理論とその応用〜生命現象の定量的理解に向けて〜 2020.1.27

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：京都大学・数理解析研究所

researchmap
アリ-アブラムシ系の個体群ダイナミクス International conference

中井貴生, 乾陽子, 時田恵一郎

第67回日本生態学会大会 2020.3.4

　More details

Language：Japanese Presentation type：Poster presentation

Venue：名城大学（天白キャンパス）

researchmap
２パッチモデルとしての宍道湖−中海生物分布シミュレーション International conference

川元琢, 時田恵一郎, 坂野鋭

第２７回汽水域研究発表会・汽水域研究会第８回例会・汽水域合同研究発表会２０２０ 2020.1.11

　More details

Language：Japanese Presentation type：Oral presentation (general)

Venue：島根大学（松江キャンパス）

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Research Project for Joint Research, Competitive Funding, etc. 7

ロゲイニング・観光者向け推薦システムの開発

2023.2 - 2023.3

学内共同研究共同研究

時田恵一郎

　 More details

Authorship：Principal investigator Grant type：Collaborative (industry/university)

Grant amount：\600000 （ Direct Cost: \180000 ）
低解像度・多ノイズ・不明瞭罫線等不明瞭紙文書のデジタル化手法の開発

Grant number：1920D9100c 2021.3

学内共同研究共同研究

　 More details

Authorship：Principal investigator Grant type：Collaborative (industry/university)

Grant amount：\260000 （ Direct Cost: \200000 、 Indirect Cost：\60000 ）
深層学習を用いた不定形手書き帳票の自動処理システムの開発

2019.2 - 2019.3

学内共同研究

　 More details

Grant type：Collaborative (industry/university)

Grant amount：\220000 （ Direct Cost: \200000 、 Indirect Cost：\20000 ）
General Communication Studies

2014.4 - 2017.3

　 More details

Grant type：Competitive
生命の物理

2010.4 - 2011.3

財団法人交流協会　若手研究者交流事業　短期グループ派遣

　 More details

Grant type：Competitive
国際数理生物会議および数理生物学会(SMB)年会

2009.4 - 2010.3

平成21年度日本学術振興会国際学会等派遣事業　第I期

　 More details

Grant type：Competitive
生物群集における種の豊富さのパターンとその環境アセスメントへの応用

2006.4 - 2007.3

国際共同研究

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KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 13

牛ルーメンマイクロバイオーム完全制御によるメタン80%削減に向けた新たな家畜生産システムの実現 International coauthorship

Grant number：1922JA321c 2020.4 - 2025.3

生物系特定産業技術研究支援センタームーンショット型農林水産研究開発事業

2850

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Competitive

Grant amount：\28500000
ICTとAIプログラムから創造される地域環境知による乾燥地の節水灌漑技術の開発

Grant number：20K20576 2020.7 - 2024.3

日本学術振興会科学研究費補助金挑戦的研究(開拓)

久米崇

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Competitive

本研究の目的は、水資源の枯渇に直面する乾燥地の大規模灌漑地域において、現地観測と社会調査をICTやAIプログラムと統合することにより新たな「知」を創造し、灌漑水量を削減し同時に農家収入を増加させる節水灌漑技術の開発を通じて、水資源の保全と乾燥地農業の持続性の向上に貢献することである。具体的には、農家や地域社会がもつ知恵・経験・文化などからなる「地域環境知」を、現地調査、ICTによって収集・発掘・クラウド化し、それを用いてAIプログラムによって「新たな地域環境知」を創造する。そして、新たな地域環境知に基づく様々なシナリオに対する灌漑と経済シミュレーションを実行し、その効果を検証するものである。
ICTとAIプログラムから創造される地域環境

Grant number：1920K20576 2019.7 - 2023.3

科学研究費補助金

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s)
Statistical mechanics of nonlinear evolutionary dynamics with a large degree of freedom

Grant number：19K03650 2019.4 - 2022.3

　 More details

Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive

Grant amount：\3770000 （ Direct Cost: \2900000 、 Indirect Cost：\870000 ）
大規模生態群集に見られる多様性のパターンとその創出機構

2012.4 - 2015.3

科学研究費補助金基盤研究(C)

時田恵一郎

　 More details

Authorship：Principal investigator
生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析

2005.4 - 2010.3

科学研究費補助金特定領域研究

阿久津達也

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s)
進化的に獲得された相空間ランドスケープについての理論的研究

2005.4 - 2007.3

科学研究費補助金基盤研究(C)

菊池誠

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s)
生物多様性の維持機構に関する統計力学的・計算物理学的研究

2002.4 - 2005.3

科学研究費補助金若手研究(B)

　 More details

Authorship：Principal investigator
生態系および蛋白質モデルにおける進化的に獲得された総空間構造の特徴づけとその意味

2001.4 - 2003.3

科学研究費補助金基盤研究(C)

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s)
蛋白質等のヘテロ高分子の設計問題に関する理論的研究

2000.4 - 2002.3

科学研究費補助金奨励研究(A)

　 More details

Authorship：Principal investigator
生態系および蛋白質モデルによる進化の力学と論理

1999.4 - 2001.3

科学研究費補助金基盤研究(C)

　 More details

Authorship：Coinvestigator(s)
蛋白質の天然構造の創発的進化についての計算物理学的研究

1998.4 - 2000.3

科学研究費補助金奨励研究(A)

　 More details

Authorship：Principal investigator
蛋白質の折り畳みと進化的な配列淘汰についての統計力学的研究

1996.8 - 1998.8

科学研究費補助金海外特別研究員研究費

　 More details

Authorship：Principal investigator

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Teaching Experience (On-campus) 55

多自由度システム情報論セミナーII-E~H

2019
多自由度システム情報論セミナーI-E~H

2019
自然情報学特別研究２

2019
自然情報学特別研究１

2019
複雑システム系演習１

2019
複雑システム系演習３

2019
複雑システム系序論２

2019
複雑システム系序論１

2019
シミュレーションサイエンス１

2019
応用数理特論

2019
情報物理学特論

2019
計算情報学１

2019
物理学基礎I

2019
シミュレーションサイエンス１

2018
物質情報学３

2018
複雑システム系序論１

2018
複雑システム系序論２

2018
Information Physics

2018
応用数理特論

2018

　詳細を見る

多元数理研究科、理学部数学科
計算情報学１

2018
自然情報学特別研究２

2017
自然情報学特別研究１

2017
物質情報学３

2017
物質情報学２

2017
応用数理特論（理学部数学科、大学院多元数理研究科）

2017
多自由度システム情報論セミナーII-A~D

2017
多自由度システム情報論セミナーI A~D

2017
シミュレーション科学入門

2017
応用数理特論（理学部数学科、大学院多元数理研究科）

2016
多自由度システム情報論セミナーII-A~D

2016
多自由度システム情報論セミナーI A~D

2016
自然情報学特別研究２

2016
自然情報学特別研究１

2016
情報科教育法I

2016
物質情報学３

2016
物質情報学２

2016
ミニ講義　名古屋大学オープンキャンパス

2016
シミュレーション科学入門

2016
情報科学概論

2015
情報科教育法I

2015
自然情報学特別研究１，２

2015
多自由度システム情報論セミナーI-A~D

2015
多自由度システム特論

2015
シミュレーション科学入門

2015
物質情報学３

2015
物質情報学２

2015
シミュレーション科学入門

2014
物質情報学３

2014
物質情報学２

2014
自然情報学特別研究１，２

2014
多自由度システム情報論セミナーI-A~D

2014
情報物質学2

2013
多自由度システム特論

2013
自然情報学特別研究１，２

2013
多自由度システム情報論セミナーI-A~D

2013

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Teaching Experience (Off-campus) 6

数理データサイエンスコース「データ活用実戦演習」

2023.4 - 2023.9 （Okayama University）

　More details

Level：Undergraduate (specialized) Country：Japan
環境理工学部「環境数理モデル特論A」

2023.4 - 2023.9 （Okayama University）

　More details

Level：Undergraduate (specialized) Country：Japan
2018.4 - 2019.3 （Mie University）
2018.4 - 2019.3 （Hiroshima University）
理学部生物科学科「生態学」

2013.4 - 2014.3 （Osaka University）

　More details

Level：Undergraduate (specialized)
2013.4 - 2014.3 （Tokyo Institute of Technology）

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Social Contribution 6

NPO岐阜aiネットワーク・理事

Role(s)：Organizing member,　Report writing

NPO岐阜aiネットワーク岐阜ロゲ 2021.4
大阪府立四條畷高校・飯盛セミナー「新型コロナと情報」

Role(s)：Lecturer

大阪府立四條畷高校大阪府立四條畷高校「飯盛セミナー」 2020.10

　More details

Audience： High school students

Type：Visiting lecture

大学での学びや研究について，　covid-19や情報学の話題を題材に，　高校生に講演を行った．
名古屋大学教育学部付属高校SSHコア「数学的思考力を基盤に多領域に応答する人材の育成」第１ステージ講義「ベイズの定理」

Role(s)：Lecturer

名古屋大学教育学部附属中学・高等学校 2019.4 - 2020.3

　More details

Audience： High school students

Type：Visiting lecture

researchmap
名古屋大学教育学部付属高校SSHコア「数学的思考力を基盤に多領域に応答する人材の育成」第１ステージ講義「Introduction to Mathematical Biology」

Role(s)：Lecturer,　Organizing member

名古屋大学教育学部附属中学・高等学校 2018.4 - 2019.3

　More details

Audience： High school students

Type：Visiting lecture

researchmap
Special visiting lecture for high school students at Daegu, Korea

Role(s)：Lecturer

2016.12

　More details

Audience： High school students

Type：Visiting lecture
Special visiting lecture at Chiba Prefectural Junior High/High School

Role(s)：Lecturer

2016.11

　More details

Audience： Junior students,　High school students

Type：Visiting lecture

researchmap

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Media Coverage 6

名古屋大学がタンパク質設計を効率化する数学公式、シミュレーション不要に Newspaper, magazine

日経クロステック 2022.11

　More details

Author：Other
名大，タンパク質設計を効率化する公式　創薬に応用 Internet

2022.11

　More details

Author：Other
タンパク質設計問題解決　名古屋大が数学公式考案　シミュレーションの手間不要に Newspaper, magazine

科学新聞 2022.11

　More details

Author：Other
名大、蛋白質をゼロから設計する数学公式を考案 Internet

日経バイオテク 2022.11

　More details

Author：Other
タンパク質設計問題を解決する数学公式を名古屋大学が発見、圧倒的な高速化を実現 Internet

大学ジャーナル 2022.11

　More details

Author：Other
タンパク質設計問題を解決する数学公式を発見～圧倒的に高速な設計により、創薬・新素材・新デバイス開発への応用が期待～ Internet

日本の研究.com 2022.10

　More details

Author：Other

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