所属
大学院医学系研究科 附属神経疾患・腫瘍分子医学研究センター 細胞情報統合解析部門 教授
大学院担当
大学院医学系研究科
学部担当
医学部 医学科
職名
教授
連絡先
プロフィール
データ駆動生物学が専門
外部リンク
ホンダ ナオキ
本田 直樹
HONDA Naoki
学位 1
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博士（理学） （ 2008年3月 奈良先端科学技術大学院大学 ）
研究キーワード 10
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１細胞ゲノミクス
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発生生物学
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神経科学
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機械学習
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理論生物学
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データ駆動生物学
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定量生物学
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数理生物学
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システム生物学
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データ駆動生物学、数理モデリング、機械学習
研究分野 4
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情報通信 / 生命、健康、医療情報学 / データ駆動生物学、数理モデリング、機械学習
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ライフサイエンス / 発生生物学
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ライフサイエンス / 神経科学一般 / 理論神経科学
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ライフサイエンス / 生物物理学
現在の研究課題とSDGs 1
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データ駆動生物学
経歴 12
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名古屋大学 大学院医学系研究科 教授
2024年10月 - 現在
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広島大学 統合生命科学研究科 特任教授
2024年10月 - 現在
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名古屋大学 One Medicine 生命-創薬共創プラットフォーム 教授
2024年10月 - 現在
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京都大学 大学院生命科学研究科 特命教授
2021年4月 - 2025年3月
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自然科学研究機構 生命創成探究センター 客員教授
2021年4月 - 2025年2月
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広島大学 統合生命科学研究科 教授
2021年4月 - 2024年10月
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京都大学 生命科学研究科 准教授
2018年4月 - 2021年3月
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京都大学 生命科学研究科 特定准教授
2017年4月 - 2018年3月
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京都大学 医学研究科 特定准教授
2013年5月 - 2017年3月
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京都大学 情報学研究科 特任助教
2012年4月 - 2013年4月
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京都大学 情報学研究科 研究員
2009年2月 - 2012年3月
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九州大学 理学研究院 研究員
2008年4月 - 2009年1月
所属学協会 6
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発生生物学会
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神経回路学会
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神経科学学会
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数理生物学会
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生物物理学会
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分子生物学会
論文 1
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Machine learning-guided reconstruction of cytoskeleton network from live-cell AFM images. 査読有り
Ju H, Skibbe H, Fukui M, Yoshimura SH, Naoki H
iScience 27 巻 ( 10 ) 頁： 110907 2024年10月
講演・口頭発表等 14
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Decoding mental conflict in decision-making with inverse free energy principle 招待有り 国際会議
Honda Naoki
TSVP Symposium: Computational and Physical Understanding of Biological Information Processing 2025年3月6日
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Data-driven Biology with Generative model 招待有り 国際会議
Honda Naoki
OIST's Visiting Program (TSVP): Computational and Physical Understanding of Biological Information Processing 2025年3月3日
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Burst stem cell dynamics regulated by hierarchy and neutral competition 国際会議
Honda Naoki
2025年2月1日
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生命科学におけるデータ駆動アプローチ 招待有り
本田直樹
理論生物学スプリングスクール2025 2025年1月9日
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Data-driven Biology
2025年1月9日
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データ駆動生物学 招待有り
本田直樹
創薬科学セミナー 2024年12月11日
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変異体1細胞RNA-seqデータから教師データなしに空間トランスクリプトームを再構成する機械学習 招待有り
本田直樹
AMED-LINK 2024年12月11日
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Mathematical modeling of cytoskeleton driven cellular morphodynamics 招待有り 国際会議
2024年11月20日
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心の揺れ・葛藤のデータ駆動的解読
本田直樹
大阪大学 蛋白質研究所セミナー 「意思決定の分子 ・回路・計算機構」 2024年11月11日
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最適輸送に基づく臓器連関の推定 招待有り
本田直樹
シンポジウム「データサイエンスと生命医科学研究のフロンティア」 2024年10月21日
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認知症関連疾患における未病のデータ駆動的予測に向けて 招待有り
本田直樹
脳の世紀シンポジウム 2024年9月21日
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最適輸送理論に基づく1細胞RNA-seqデータ解析 招待有り
本田直樹
日本数理生物学会年会
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データ駆動生物学：神経コネクトーム、空間トランスクリプトーム、多細胞動態 招待有り
本田直樹
理論生物学夏の学校 2024年9月9日
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実環境における「生命体の動的情報処理」とその遺伝的基盤のデータ駆動的解読 招待有り
本田直樹
APPW2025 (解剖/生理/薬理学会合同大会)
科研費 4
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新自由エネルギー原理の確立
研究課題/研究課題番号：21H05170 2021年8月 - 2024年3月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B)
本田 直樹
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あいまい環境に対峙する脳・生命体の情報獲得戦略研究の推進
研究課題/研究課題番号：21H05167 2021年8月 - 2024年3月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)
小坂田 文隆, 雨森 賢一, 本田 直樹
本領域「あいまい脳」では、脳・生命体の情報獲得過程に学び、予測があいまいな場合の意思決定を統一的に説明できる理論（新自由エネルギー理論）を新たに提唱し、その理論によって提唱される神経メカニズムを実験によって実証することを目指す。本領域は、総括班と3つの計画班から構成される。総括班は、研究領域全体の研究方針の舵取りを行い領域内での融合研究を促進し、領域内外の研究者の知見や技術の共有を促進し、領域の研究成果を社会に広め実社会での応用へと繋げる役割を担う。今年度は、本学術変革領域研究（Ｂ）の採択直後に、今後の研究推進や領域運営について話し合うためにキックオフミーティングを開催した。さらに、互いの研究グループの研究進捗や情報共有のために、領域会議を2回開催した。領域アドバイザーからも御助言を頂き、研究や領域運営に反映させた。加えて、「あいまい脳」領域のロゴを作製し、さらに研究内容のコンセプトをイラスト化した。本領域の研究内容や研究成果などを公表するために領域の公式HPおよびSNSのTwitterアカウントを作製した。
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多細胞動態を司る支配方程式のデータ駆動的解読
研究課題/研究課題番号：21H03541 2021年4月 - 2025年3月
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 基盤研究(B)
本田 直樹, 青木 一洋
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研究課題/研究課題番号：JPMJMS2024 2020年12月 - 2026年3月
内閣府 科学技術振興機構 戦略的な研究開発の推進 ムーンショット型研究開発事業
本田直樹
担当区分：研究分担者
新規イメージング・計測・操作技術の開発などにより、脳と全身臓器ネットワークの機能とその破綻を分子・細胞・個体レベルで解明します。それにより、2050年には、認知症関連疾患の超早期の発症予測法と予防法を開発し、先制医療を享受できる社会の実現を目指します。
担当経験のある科目 (本学) 2
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基盤医学特論
2024
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医療データ科学I
2024
担当経験のある科目 (本学以外) 1
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計算・統計・数理生物学
（京都大学生命科学研究科）