Updated on 2025/03/25
Doctor of Science （ 2008.3 Nara Institute of Science and Technology ）
１細胞ゲノミクス
発生生物学
神経科学
機械学習
理論生物学
データ駆動生物学
定量生物学
Mathematical biology
システム生物学
Data-driven biology, Mathematical modeling, Machine learning
Informatics / Life, health and medical informatics / Data-driven biology, Mathematical modeling, Machine learning
Life Science / Developmental biology
Life Science / Neuroscience-general / 理論神経科学
Life Science / Biophysics
Data-driven biology
Nagoya University Graduate School of Medicine Professor
2024.10
Hiroshima University Designated professor
2024.10
Nagoya University One Medicine Transdisciplinary Life science-Medicine co-creation Platform Professor
2024.10
Kyoto University Graduate School of Biostudies
2021.4 - 2025.3
National Institutes of Natural Sciences
2021.4 - 2025.2
Hiroshima University Professor
2021.4 - 2024.10
Kyoto University Graduate School of Biostudies Associate professor
2018.4 - 2021.3
Kyoto University Graduate School of Biostudies
2017.4 - 2018.3
Kyoto University Graduate School of Medicine
2013.5 - 2017.3
Kyoto University Graduate School of Informatics Designated assistant professor
2012.4 - 2013.4
Kyoto University Graduate School of Informatics Researcher
2009.2 - 2012.3
Kyushu University Faculty of science Researcher
2008.4 - 2009.1
発生生物学会
神経回路学会
神経科学学会
生物物理学会
数理生物学会
The Molecular Biology Society of Japan
Machine learning-guided reconstruction of cytoskeleton network from live-cell AFM images. Reviewed
Ju H, Skibbe H, Fukui M, Yoshimura SH, Naoki H
iScience Vol. 27 ( 10 ) page： 110907 2024.10
Decoding mental conflict in decision-making with inverse free energy principle Invited International conference
Honda Naoki
TSVP Symposium: Computational and Physical Understanding of Biological Information Processing 2025.3.6
Data-driven Biology with Generative model Invited International conference
Honda Naoki
OIST's Visiting Program (TSVP): Computational and Physical Understanding of Biological Information Processing 2025.3.3
Burst stem cell dynamics regulated by hierarchy and neutral competition International conference
Honda Naoki
2025.2.1
生命科学におけるデータ駆動アプローチ Invited
本田直樹
理論生物学スプリングスクール2025 2025.1.9
Data-driven Biology
2025.1.9
データ駆動生物学 Invited
本田直樹
創薬科学セミナー 2024.12.11
変異体1細胞RNA-seqデータから教師データなしに空間トランスクリプトームを再構成する機械学習 Invited
本田直樹
AMED-LINK 2024.12.11
Mathematical modeling of cytoskeleton driven cellular morphodynamics Invited International conference
2024.11.20
心の揺れ・葛藤のデータ駆動的解読
本田直樹
大阪大学 蛋白質研究所セミナー 「意思決定の分子 ・回路・計算機構」 2024.11.11
最適輸送に基づく臓器連関の推定 Invited
本田直樹
シンポジウム「データサイエンスと生命医科学研究のフロンティア」 2024.10.21
認知症関連疾患における未病のデータ駆動的予測に向けて Invited
本田直樹
脳の世紀シンポジウム 2024.9.21
最適輸送理論に基づく1細胞RNA-seqデータ解析 Invited
本田直樹
日本数理生物学会年会
データ駆動生物学：神経コネクトーム、空間トランスクリプトーム、多細胞動態 Invited
本田直樹
理論生物学夏の学校 2024.9.9
実環境における「生命体の動的情報処理」とその遺伝的基盤のデータ駆動的解読 Invited
本田直樹
APPW2025 (解剖/生理/薬理学会合同大会)
新自由エネルギー原理の確立
Grant number：21H05170 2021.8 - 2024.3
日本学術振興会 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B)
本田 直樹
あいまい環境に対峙する脳・生命体の情報獲得戦略研究の推進
Grant number：21H05167 2021.8 - 2024.3
日本学術振興会 科学研究費助成事業 学術変革領域研究(B)
小坂田 文隆, 雨森 賢一, 本田 直樹
本領域「あいまい脳」では、脳・生命体の情報獲得過程に学び、予測があいまいな場合の意思決定を統一的に説明できる理論（新自由エネルギー理論）を新たに提唱し、その理論によって提唱される神経メカニズムを実験によって実証することを目指す。本領域は、総括班と3つの計画班から構成される。総括班は、研究領域全体の研究方針の舵取りを行い領域内での融合研究を促進し、領域内外の研究者の知見や技術の共有を促進し、領域の研究成果を社会に広め実社会での応用へと繋げる役割を担う。今年度は、本学術変革領域研究（Ｂ）の採択直後に、今後の研究推進や領域運営について話し合うためにキックオフミーティングを開催した。さらに、互いの研究グループの研究進捗や情報共有のために、領域会議を2回開催した。領域アドバイザーからも御助言を頂き、研究や領域運営に反映させた。加えて、「あいまい脳」領域のロゴを作製し、さらに研究内容のコンセプトをイラスト化した。本領域の研究内容や研究成果などを公表するために領域の公式HPおよびSNSのTwitterアカウントを作製した。
多細胞動態を司る支配方程式のデータ駆動的解読
Grant number：21H03541 2021.4 - 2025.3
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B) 基盤研究(B)
本田 直樹, 青木 一洋
Grant number：JPMJMS2024 2020.12 - 2026.3
内閣府 科学技術振興機構 戦略的な研究開発の推進 ムーンショット型研究開発事業
本田直樹
Authorship：Coinvestigator(s)
新規イメージング・計測・操作技術の開発などにより、脳と全身臓器ネットワークの機能とその破綻を分子・細胞・個体レベルで解明します。それにより、2050年には、認知症関連疾患の超早期の発症予測法と予防法を開発し、先制医療を享受できる社会の実現を目指します。
基盤医学特論
2024
医療データ科学I
2024
計算・統計・数理生物学
（京都大学生命科学研究科）
