研究者詳細 - 佐久間　航也

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サクマ　コウヤ

佐久間　航也

SAKUMA Koya

所属

細胞生理学研究センター基礎生物学研究部門助教

論文 3

Dual-wield NTPases: A novel protein family mined from AlphaFold DB 査読有り

Sakuma, K; Koike, R; Ota, M

PROTEIN SCIENCE 33 巻 ( 4 ) 頁： e4934 2024年3月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Protein Science

AlphaFold protein structure database (AlphaFold DB) archives a vast number of predicted models. We conducted systematic data mining against AlphaFold DB and discovered an uncharacterized P-loop NTPase family. The structure of the protein family was surprisingly novel, showing an atypical topology for P-loop NTPases, noticeable twofold symmetry, and two pairs of independent putative active sites. Our findings show that structural data mining is a powerful approach to identifying undiscovered protein families.

DOI： 10.1002/pro.4934

Web of Science

Scopus

PubMed
Design of complicated all-α protein structures 査読有り

Sakuma, K., Kobayashi, N., Sugiki, T. et al.

Nature Structural & Molecular Biology 31 巻 ( 2 ) 頁： 275 - 282 2024年1月

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： https://doi.org/10.1038/s41594-023-01147-9

DOI： 10.1038/s41594-023-01147-9
How AlphaFold2 Predicts Conditionally Folding Regions Annotated in an Intrinsically Disordered Protein Database, IDEAL 査読有り

Hiroto Anbo, Koya Sakuma, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota

Biology 12 巻 ( 2 ) 頁： 182 2023年1月

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DOI： https://doi.org/10.3390/biology12020182

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書籍等出版物 1

AlphaFold時代の生成モデルが身近にするタンパク質設計（デザイン）

小林直也佐久間航也（担当：共著 , 範囲: 立体構造を取り扱うニューラルネットワークアーキテクチャとその応用についての説明）

羊土社 2023年9月（ ISBN:978-4-7581-2572-7 ）

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総ページ数：7 担当ページ：7 記述言語：日本語著書種別：教科書・概説・概論

DOI： 10.18958/7335-00001-0000603-00

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