2024/11/01 更新

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サクマ コウヤ
佐久間 航也
SAKUMA Koya
所属
細胞生理学研究センター 基礎生物学研究部門 助教
職名
助教
 

論文 3

  1. Dual-wield NTPases: A novel protein family mined from AlphaFold DB 査読有り

    Sakuma, K; Koike, R; Ota, M

    PROTEIN SCIENCE   33 巻 ( 4 ) 頁: e4934   2024年3月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Protein Science  

    AlphaFold protein structure database (AlphaFold DB) archives a vast number of predicted models. We conducted systematic data mining against AlphaFold DB and discovered an uncharacterized P-loop NTPase family. The structure of the protein family was surprisingly novel, showing an atypical topology for P-loop NTPases, noticeable twofold symmetry, and two pairs of independent putative active sites. Our findings show that structural data mining is a powerful approach to identifying undiscovered protein families.

    DOI: 10.1002/pro.4934

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  2. Design of complicated all-α protein structures 査読有り

    Sakuma, K., Kobayashi, N., Sugiki, T. et al.

    Nature Structural & Molecular Biology   31 巻 ( 2 ) 頁: 275 - 282   2024年1月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-023-01147-9

    DOI: 10.1038/s41594-023-01147-9

  3. How AlphaFold2 Predicts Conditionally Folding Regions Annotated in an Intrinsically Disordered Protein Database, IDEAL 査読有り

    Hiroto Anbo, Koya Sakuma, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota

    Biology   12 巻 ( 2 ) 頁: 182   2023年1月

書籍等出版物 1

  1. AlphaFold時代の生成モデルが身近にするタンパク質設計(デザイン)

    小林直也 佐久間航也 ( 担当: 共著 ,  範囲: 立体構造を取り扱うニューラルネットワークアーキテクチャとその応用についての説明)

    羊土社  2023年9月  ( ISBN:978-4-7581-2572-7

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    総ページ数:7   担当ページ:7   記述言語:日本語 著書種別:教科書・概説・概論

    DOI: 10.18958/7335-00001-0000603-00