2022/10/30 更新

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オノダ ヒロキ
小野田 浩宜
ONODA Hiroki
所属
シンクロトロン光研究センター シンクロトロン光利用研究部門 助教
職名
助教
外部リンク

学位 3

  1. 博士(理学) ( 2019年3月   名古屋大学 ) 

  2. 修士(理学) ( 2016年3月   名古屋大学 ) 

  3. 学士(理学) ( 2014年3月   名古屋大学 ) 

研究キーワード 3

  1. 構造生物学

  2. シトクロムP450

  3. 酵素工学

研究分野 1

  1. ライフサイエンス / 生物物理学

現在の研究課題とSDGs 1

  1. 構造予測AIが見出すバイオ燃料変換酵素

経歴 5

  1. 公益財団法人科学技術交流財団   あいちシンクロトロン光ビームライン課   研究員

    2022年4月 - 現在

  2. 名古屋大学   シンクロトロン光研究センター   助教

    2022年4月 - 現在

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    国名:日本国

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  3. 横浜市立大学   生命医科学研究科   研究員

    2022年4月 - 現在

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  4. 横浜市立大学   生命医科学研究科   特任助教

    2020年1月 - 2022年3月

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    国名:日本国

  5. 日本マイクロバイオファーマ株式会社   研究開発部   研究員

    2019年4月 - 2019年12月

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学歴 3

  1. 名古屋大学   大学院理学研究科   物質理学専攻(化学系)

    2016年4月 - 2019年3月

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    国名: 日本国

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  2. 名古屋大学   大学院理学研究科   物質理学専攻(化学系)

    2014年4月 - 2016年3月

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    国名: 日本国

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  3. 名古屋大学   理学部   化学科

    2010年4月 - 2014年3月

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    国名: 日本国

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受賞 9

  1. 名古屋大学学術奨励賞

    2018年6月   名古屋大学  

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  2. 名古屋大学大学院理学研究科顕彰

    2016年3月   名古屋大学大学院理学研究科  

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  3. The President’s Award

    2015年6月   The 19th International Conference on Cytochrome P450  

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  4. Best Poster Award

    2014年9月   The 12th International Symposium on Cytochrome P450  

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  5. ポスター賞

    2018年9月   第12回バイオ関連化学シンポジウム  

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  6. 錯体化学若手の会夏の学校2017「優秀ポスター賞」

    2017年7月   錯体化学若手の会  

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  7. 平成27年度優秀学位論文賞

    2016年2月   名古屋大学大学院理学研究科物質理学専攻  

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  8. 第27回サマースクール「ポスター賞」

    2015年7月   生体機能関連化学部会若手の会  

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  9. Five Winners of Award Finalist

    2015年6月   The 19th International Conference on Cytochrome P450  

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論文 18

  1. Exploring hitherto uninvestigated reactions of the fatty acid peroxygenase CYP152A1: catalase reaction and Compound I formation 査読有り

    Onoda H., Tanaka S., Watanabe Y., Shoji O.

    Faraday Discussions   234 巻 ( 0 ) 頁: 304 - 314   2022年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Faraday Discussions  

    CYP152A1 (cytochrome P450BSβ) is a fatty acid peroxygenase, which specifically catalyses the oxidation of long-chain fatty acids using hydrogen peroxide as an oxidant. We have found that CYP152A1 possesses catalase activity, which competes with the hydroxylation of long-chain fatty acids, the oxidation of non-native substrates, and haem degradation. Using hydrogen peroxide, Compound I of CYP152A1 could not be observed, due to its swift decomposition via catalase activity, where Compound I reacts with another molecule of hydrogen peroxide to form O2. In contrast, a clear spectral change indicative of Compound I formation was observed when mCPBA was employed as the oxidant. This work presents valuable insights into an important role for the catalase activity of CYP152A1 in avoiding enzyme deactivation when no substrate is available for oxidation.

    DOI: 10.1039/D1FD00065A

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  2. Highly malleable haem-binding site of the haemoprotein HasA permits stable accommodation of bulky tetraphenylporphycenes 査読有り 国際誌

    Sakakibara E., Shisaka Y., Onoda H., Koga D., Xu N., Ono T., Hisaeda Y., Sugimoto H., Shiro Y., Watanabe Y., Shoji O.

    RSC Advances   9 巻 ( 32 ) 頁: 18697 - 18702   2019年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:RSC Advances  

    Iron(iii)- and cobalt(iii)-9,10,19,20-tetraphenylporphycenes, which possess bulky phenyl groups at the four meso positions of porphycene, were successfully incorporated into the haem acquisition protein HasA secreted by Pseudomonas aeruginosa. Crystal structure analysis revealed that loops surrounding the haem-binding site are highly flexible, remodelling themselves to accommodate bulky metal complexes with significantly different structures from the native haem cofactor.

    DOI: 10.1039/C9RA02872B

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  3. Efficient hydroxylation of cycloalkanes by co-addition of decoy molecules to variants of the cytochrome P450 CYP102A1 査読有り

    Dezvarei S., Onoda H., Shoji O., Watanabe Y., Bell S.

    Journal of Inorganic Biochemistry   183 巻   頁: 137 - 145   2018年6月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of Inorganic Biochemistry  

    The wild-type cytochrome P450 (CYP) monooxygenase enzyme CYP102A1 (P450Bm3) has low activity for cycloalkane oxidation. The oxidation of these substrates by variants of this enzyme in combination with perfluorinated decoy molecules (PFCs) was investigated to improve productivity. The use of rate accelerating variants, which have mutations located outside of the substrate binding pocket as well as an active site variant of CYP102A1 (A74G/F87V/L188Q) all enhanced cycloalkane oxidation (C5 to C10). The addition of the decoy molecules to the wild-type and the rate accelerating mutants of CYP102A1 boosted the substrate oxidation rates even further. However, the levels of cycloalkanol product decreased with the larger alkanes when the decoy molecules were used with the variant A74G/F87V/L188Q, which contained mutations within the substrate binding pocket. For the majority of the enzymes and PFC decoy molecule combinations the highest levels of oxidation were obtained with cyclooctane. When larger second generation decoy molecules, based on modified amino acids were utilised there was a significant improvement in the oxidation of the smaller cycloalkanes by the wild-type enzyme and one other variant. This resulted in significant improvements in biocatalytic oxidation of cyclopentane and cyclohexane. However, the use of these optimised decoy molecules did not significantly improve cycloalkane oxidation over the fluorinated fatty acid derivatives when combined with the best rate accelerating variant, R47L/Y51F/I401P. Overall our approach enabled the cycloalkanes to be oxidised 300- to 8000-fold more efficiently than the wild-type enzyme at product formation rates in excess of 500 and up to 1700 nmol·nmol-CYP −1 ·min −1 .

    DOI: 10.1016/j.jinorgbio.2018.03.001

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  4. α-Oxidative decarboxylation of fatty acids catalysed by cytochrome P450 peroxygenases yielding shorter-alkyl-chain fatty acids 査読有り

    Onoda H., Shoji O., Suzuki K., Sugimoto H., Shiro Y., Watanabe Y.

    Catalysis Science and Technology   8 巻 ( 2 ) 頁: 434 - 442   2018年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Catalysis Science and Technology  

    Cytochrome P450 peroxygenases belonging to the CYP152 family catalyse the oxidation of fatty acids using H2O2. CYP152N1 isolated from Exiguobacterium sp. AT1b exclusively catalyses the α-selective hydroxylation of myristic acid at physiological H2O2 concentration. However, a series of shorter-alkyl-chain fatty acids such as tridecanoic acid were produced from myristic acid by increasing the concentration of H2O2 (1-10 mM). The yield of tridecanoic acid from myristic acid reached 17%. An 18O-labeled oxidant study suggested that CYP152N1 catalysed the overoxidation of α-hydroxymyristic acid to form α-ketomyristic acid, which in turn was spontaneously decomposed by H2O2 to yield tridecanoic acid. Crystal structure analysis of CYP152N1 revealed its high similarity to other CYP152 family enzymes, such as CYP152A1 and CYP152B1. MD simulations of α-hydroxymyristic acid accommodated in CYP152N1 proposed a possible pre-oxidation conformation of α-hydroxymyristic acid for the decarboxylation reaction.

    DOI: 10.1039/C7CY02263H

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  5. Acetate anion-triggered peroxygenation of non-native substrates by wild-type cytochrome P450s 査読有り

    Onoda H., Shoji O., Watanabe Y.

    Dalton Transactions   44 巻 ( 34 ) 頁: 15316 - 15323   2015年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Dalton Transactions  

    Cytochrome P450<inf>SPα</inf> (P450<inf>SPα</inf>) and cytochrome P450<inf>BSβ</inf> (P450<inf>BSβ</inf>) belonging to the CYP152 family of enzymes (CYP152s) can utilize H<inf>2</inf>O<inf>2</inf> efficiently as an oxidant for the generation of compound I. Although P450<inf>SPα</inf> and P450<inf>BSβ</inf> have very high substrate specificity and catalyse hydroxylation of long-chain fatty acids exclusively, we found that they can oxidize non-native substrates such as styrene simply by including medium chain length n-alkyl carboxylic acids as "decoy molecules." Although we had assumed that acetic acid did not serve as a decoy molecule, P450<inf>SPα</inf> and P450<inf>BSβ</inf> efficiently catalysed oxidation of non-native substrates when the reaction was carried out at a high concentration of acetate anion. The turnover rate for epoxidation of styrene catalysed by P450<inf>BSβ</inf> in the presence of 1 M acetate anion reached 590 ± 30 min<sup>-1</sup>.

    DOI: 10.1039/c5dt00797f

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  6. Tetraphenylporphyrin Enters the Ring: First Example of a Complex between Highly Bulky Porphyrins and a Protein** 査読有り 国際誌

    Shisaka Y., Sakakibara E., Suzuki K., Stanfield J.K., Onoda H., Ueda G., Hatano M., Sugimoto H., Shoji O.

    ChemBioChem   23 巻 ( 14 ) 頁: e202200095   2022年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    Tetraphenylporphyrin (TPP) is a symmetrically substituted synthetic porphyrin whose properties can be readily modified, providing it with significant advantages over naturally occurring porphyrins. Herein, we report the first example of a stable complex between a native biomolecule, the haemoprotein HasA, and TPP as well as its derivatives. The X-ray crystal structures of nine different HasA-TPP complexes were solved at high resolutions. HasA capturing TPP derivatives was also demonstrated to inhibit growth of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa. Mutant variants of HasA binding FeTPP were shown to possess a different mode of coordination, permitting the cyclopropanation of styrene.

    DOI: 10.1002/cbic.202200095

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  7. Structural basis for activation of DNMT1

    Hiroki Onoda, Amika Kikuchi, Kosuke Yamaguchi, Satomi Kori, Shun Matsuzawa, Yoshie Chiba, Shota Tanimoto, Sae Yoshimi, Hiroki Sato, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Naruhiko Adachi, Jafar Sharif, Haruhiko Koseki, Atsuya Nishiyama, Makoto Nakanishi, Pierre-Antoine Defossez, Kyohei Arita

    bioRxiv     2022年6月

  8. Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger

    Keiichi Hata, Naohiro Kobayashi, Keita Sugimura, Weihua Qin, Deis Haxholli, Yoshie Chiba, Gosuke Hayashi, Hiroki Onoda, Takahisa Ikegami, Christopher B. Mulholland, Atsuya Nishiyama, Makoto Nakanishi, Heinrich Leonhardt, Tsuyoshi Konuma, Kyohei Arita

    bioRxiv     2022年6月

  9. Heme-containing proteins: Structures, functions, and engineering

    Osami Shoji, Yuichiro Aiba, Shinya Ariyasu, Hiroki Onoda

    Reference Module in Chemistry, Molecular Sciences and Chemical Engineering     2022年

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    掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Elsevier  

    DOI: 10.1016/b978-0-12-823144-9.00167-9

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  10. Preparation of the ubiquitination-triggered active form of SETDB1 in Escherichia coli for biochemical and structural analyses. 査読有り 国際誌

    Funyu T, Kanemaru Y, Onoda H, Arita K

    Journal of biochemistry   170 巻 ( 5 ) 頁: 655 - 662   2021年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/jb/mvab087

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  11. Placebo-Controlled, Double-Blind Study of Empagliflozin (EMPA) and Implantable Cardioverter-Defibrillator (EMPA-ICD) in Patients with Type 2 Diabetes (T2DM): Rationale and Design

    Fujiki S., Iijima K., Okabe M., Niwano S., Tsujita K., Naito S., Ando K., Kusano K., Kato R., Nitta J., Miura T., Mitsuhashi T., Kario K., Kondo Y., Ieda M., Hagiwara N., Murohara T., Takahashi K., Tomita H., Takeishi Y., Anzai T., Shimizu W., Watanabe M., Morino Y., Kato T., Tada H., Nakagawa Y., Yano M., Maemura K., Kimura T., Yoshida H., Ota K., Tanaka T., Kitamura N., Node K., Aizawa Y., Shimizu I., Izumi D., Ozaki K., Minamino T., Takahashi M., Kitazawa H., Ikeda Y., Fujita S., Fuse K., Nasuno A., Sato A., Yuasa S., Ota Y., Goto S., Ando R., Fukaya H., Kishihara J., Oikawa J., Ishizue N., Shirakawa Y., Ishii S., Nabeta T., Kawano H., Kaikita K., Soejima H., Yamamoto E., Suzuki S., Sakamoto K., Nakamura T., Usuku H., Araki S., Arima Y., Takashio S., Kanazawa H., Sueta D., Hoshiyama T., Fujisue K., Ito M., Oike F., Sato R., Takae M., Nishi M., Yamanaga K., Komorita T., Kawahara Y., Morioka M., Kubota Y., Nakamura K., Sasaki T., Hiroshima K., Nagashima M., Fukunaga M., Hirokami J., Noda T., Inoue Y., Ishibashi K., Wada M., Kamakura T., Yamagata K., Miyamoto K., Nakajima K., Ueda N., Hosoda K., Makino H.

    Diabetes Therapy   11 巻 ( 11 ) 頁: 2739 - 2755   2020年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Diabetes Therapy  

    Introduction: Type 2 diabetes (T2DM) is associated with cardiovascular death, including sudden cardiac death due to arrhythmias. Patients with an implantable cardioverter-defibrillator (ICD) are also at high risk of developing a clinically significant ventricular arrhythmia. It has been reported that sodium–glucose cotransporter 2 (SGLT2) inhibitors can reduce cardiovascular deaths; however, the physiological mechanisms of this remain unclear. It is, however, well known that SGLT2 inhibitors increase blood ketone bodies, which have been suggested to have sympatho-suppressive effects. Empagliflozin (EMPA) is an SGLT2 inhibitor. The current clinical trial titled “Placebo-controlled, double-blind study of empagliflozin (EMPA) and implantable cardioverter-defibrillator (EMPA-ICD) in patients with type 2 diabetes (T2DM)” was designed to investigate the antiarrhythmic effects of EMPA. Methods: The EMPA-ICD study is a prospective, multicenter, placebo-controlled, double-blind, randomized, investigator-initiated clinical trial currently in progress. A total of 210 patients with T2DM (hemoglobin A1c 6.5–10.0%) will be randomized (1:1) to receive once-daily placebo or EMPA, 10 mg, for 24 weeks. The primary endpoint is the number of clinically significant ventricular arrhythmias for 24 weeks before and 24 weeks after study drug administration, as documented by the ICD. The secondary endpoints of the study are the change from baseline concentrations in blood ketone and catecholamine 24 weeks after drug treatment. Conclusion: The EMPA-ICD study is the first clinical trial to assess the effect of an SGLT2 inhibitor on clinically significant ventricular arrhythmias in patients with T2DM and an ICD. Trial registration: Unique trial number, jRCTs031180120 (https://jrct.niph.go.jp/latest-detail/jRCTs031180120).

    DOI: 10.1007/s13300-020-00924-9

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  12. Systematic Evolution of Decoy Molecules for the Highly Efficient Hydroxylation of Benzene and Small Alkanes Catalyzed by Wild-Type Cytochrome P450BM3 査読有り

    Yonemura K., Ariyasu S., Stanfield J.K., Suzuki K., Onoda H., Kasai C., Sugimoto H., Aiba Y., Watanabe Y., Shoji O.

    ACS Catalysis   10 巻 ( 16 ) 頁: 9136 - 9144   2020年8月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACS Catalysis  

    Highly effective dipeptidic decoy molecules, which stimulate the direct hydroxylation of benzene by wild-type cytochrome P450BM3, were successfully developed through a rationally designed screening method. Extensive synthesis and step-wise screening of over 600 dipeptide derivatives were performed for the efficient evolution of decoy molecules. In the presence of N-(3-cyclopentyl)propanoyl-l-pipecolyl-l-phenylalanine (3CPPA-Pip-Phe), one of the most effective decoy molecules discovered herein, the catalytic turnover frequency and total turnover number for benzene hydroxylation reached 405 min-1 P450BM3-1 and 54,500 P450BM3-1, respectively. Furthermore, the decoy molecules developed in this work drastically accelerated the hydroxylation of other non-native substrates, such as anisole and toluene, as well as nonaromatic compounds, such as cyclohexane, propane, and ethane. Using N-enanthoyl-l-pipecolyl-l-phenylalanine (C7AM-Pip-Phe), the hydroxylation rate for ethane to ethanol reached 82.7 min-1 P450BM3-1.

    DOI: 10.1021/acscatal.0c01951

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  13. Control of microenvironment around enzymes by hydrogels 査読有り

    Kobayashi Y., Kohara K., Kiuchi Y., Onoda H., Shoji O., Yamaguchi H.

    Chemical Communications   56 巻 ( 49 ) 頁: 6723 - 6726   2020年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    We prepared enzyme-immobilized hydrogels and investigated the effects of the cross-linking density and polymer properties on their oxidation reaction rate. The oxidation rate of enzyme-immobilized hydrogels increased as the cross-linking density in the hydrogels increased. In addition, we controlled the oxidation rate using hydrogels exhibiting an appropriate interaction with a decoy molecule in the hydrogel.

    DOI: 10.1039/D0CC01332C

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  14. Reconstitution of full-length P450BM3 with an artificial metal complex by utilising the transpeptidase Sortase A 査読有り

    Omura K., Aiba Y., Onoda H., Stanfield J.K., Ariyasu S., Sugimoto H., Shiro Y., Shoji O., Watanabe Y.

    Chemical Communications   54 巻 ( 57 ) 頁: 7892 - 7895   2018年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    Haem substitution is an effective approach to tweak the function of haemoproteins. Herein, we report a facile haem substitution method for self-sufficient cytochrome P450BM3 (CYP102A1) from Bacillus megaterium utilising the transpeptidase Sortase A from Staphylococcus aureus. We successfully constructed Mn-substituted BM3 and investigated its catalytic activity.

    DOI: 10.1039/C8CC02760A

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  15. Annealing Behavior of Aluminum Implanted Germanium

    Onoda H., Nakashima Y., Nagayama T., Sakai S., Joshi A., Zaima S.

    Proceedings of the International Conference on Ion Implantation Technology     2017年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Proceedings of the International Conference on Ion Implantation Technology  

    Donor and acceptor impurities mainly focused on aluminum and phosphorus implanted Germanium has been characterized in terms of mainly diffusion behaviors and carrier activations. Among Group III elements, aluminum implanted sample shows shallower junction and lower sheet resistance. No diffusion occurs under annealing conditions performed in the experiment (up to RTA 700°C 30sec). The co-existence of acceptor and donor impurities influences the diffusion and activation behaviors of mutual impurities. Aluminum co-implanted with phosphorus compensates carrier concentration, and retards the phosphorus diffusion.

    DOI: 10.1109/IIT.2016.7882849

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  16. A substrate-binding-state mimic of H<inf>2</inf>O<inf>2</inf>-dependent cytochrome P450 produced by one-point mutagenesis and peroxygenation of non-native substrates 査読有り

    Shoji O., Fujishiro T., Nishio K., Kano Y., Kimoto H., Chien S., Onoda H., Muramatsu A., Tanaka S., Hori A., Sugimoto H., Shiro Y., Watanabe Y.

    Catalysis Science and Technology   6 巻 ( 15 ) 頁: 5806 - 5811   2016年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Catalysis Science and Technology  

    A substrate-binding-state mimic of H2O2-dependent cytochrome P450 that is able to catalyze monooxygenation of non-native substrates was constructed by one-point mutagenesis of P450SPα (CYP152B1). P450SPα, a long-alkyl-chain fatty acid hydroxylase, lacks any general acid-base residue around the heme. The carboxylate group of a fatty acid is thus indispensable for the generation of active species using H2O2. We prepared an A245E mutant to mimic a substrate-binding state by placing a carboxylate group at the active site. The active site structure of the A245E mutant is similar to that of the fatty-acid-bound state of P450SPα and catalyzes styrene oxidation at a rate of 280 min-1 (kcat), whereas the wild-type enzyme does not show any catalytic activity. More importantly, the same mutation, i.e. the mutation of the highly conserved threonine in P450s to glutamic acid, was also effective in introducing peroxygenase activity into P450BM3, P450cam, and CYP119. These results indicate that a variety of peroxygenases based on P450s can be constructed by one-point mutagenesis.

    DOI: 10.1039/c6cy00630b

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  17. Increased T-cell responses to Epstein-Barr virus with high viral load in patients with Epstein-Barr virus-positive diffuse large B-cell lymphoma

    Morishima S., Nakamura S., Yamamoto K., Miyauchi H., Kagami Y., Kinoshita T., Onoda H., Yatabe Y., Ito M., Miyamura K., Nagai H., Moritani S., Sugiura I., Tsushita K., Mihara H., Ohbayashi K., Iba S., Emi N., Okamoto M., Iwata S., Kimura H., Kuzushima K., Morishima Y.

    Leukemia and Lymphoma   56 巻 ( 4 ) 頁: 1072 - 1078   2015年4月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Leukemia and Lymphoma  

    Abstract The immunological status of patients with Epstein-Barr virus-positive diffuse large B-cell lymphoma (EBV+ DLBCL) without obvious immunodeficiency has not been elucidated. A multicenter prospective study was conducted to assess pretreatment T-cell responses to EBV, EBV-DNA load and anti-EBV antibody in these patients. The proliferative and interferon (IFN)-γ-producing capacity of T-cells in response to autologous B-lymphoblastoid cell lines was determined using carboxyfluorescein diacetate succinimidyl ester (CFSE)-based assay. Frequencies of EBV-specific CD4+ T-cells in patients with EBV+ DLBCL (n = 13) were significantly higher than in healthy controls (HCs) (n = 16) after both ex vivo and in vitro stimulation. Frequencies of EBV-specific CD8+ T-cells in patients with EBV+ DLBCL tended to be higher than in HCs after in vitro stimulation. Patients with EBV+ DLBCL also showed increased immunoglobulin G (IgG) responses to lytic EBV-encoded antigens. Pretreatment plasma EBV-DNA level was significantly higher in patients with EBV+ DLBCL than in patients with EBV- DLBCL or HCs. In conclusion, EBV-specific T-cells showed increased reactivity, accompanied by higher levels of plasma virus DNA in patients with EBV+ DLBCL.

    DOI: 10.3109/10428194.2014.938326

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  18. Incidence and risk factors for central nervous system relapse in patients with diffuse large B-cell lymphoma: Analyses with competing risk regression model

    Chihara D., Oki Y., Matsuo K., Onoda H., Taji H., Yamamoto K., Morishima Y.

    Leukemia and Lymphoma   52 巻 ( 12 ) 頁: 2270 - 2275   2011年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Leukemia and Lymphoma  

    Central nervous system (CNS) relapse is a challenging complication in patients with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL). Thus, identification of the high-risk population, in whom prophylactic treatment may play a significant role, is critical. We calculated the incidence of CNS relapse and evaluated the risk factors for CNS relapse using competing risk regression analysis. A total of 386 patients who received CHOP (cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine and prednisone) with (n = 203) or without (n = 183) rituximab were analyzed. The 5-year cumulative incidence of CNS relapse was 6.7%. Multivariate analysis identified three independent risk factors: bulky disease (subhazard ratio [SHR] 3.34, 95% confidence interval [1.457.66], p = 0.004), absolute lymphocyte count <1.0 × 10 9/L (SHR 2.38 [1.055.39], p = 0.037) and extranodal involvement (SHR 2.90 [1.018.33], p = 0.047). Patients with three risk factors represented 6% of patients, in whom the 5-year cumulative incidence was 26%. Larger scale studies are needed to validate our results. A better management strategy in patients with high-risk disease is critically needed. © 2011 Informa UK, Ltd.

    DOI: 10.3109/10428194.2011.596966

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講演・口頭発表等 12

  1. 脂肪酸特異的ペルオキシゲナーゼの基質結合状態を模した非特異的ペルオキシゲナーゼシステムの開発 招待有り

    小野田 浩宜

    第29回生物無機化学夏季セミナー  2016年9月1日 

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    開催年月日: 2016年9月

    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  2. Aromatic Hydroxylation Reactions by Long-alkyl-chain Fatty Acid Peroxygenases Accelerated by Acetic Acid 招待有り

    小野田 浩宜, 莊司 長三, 渡辺 芳人

    The 19th International Conference on Cytochrome P450  2015年6月15日 

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    開催年月日: 2015年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  3. 生物化学者から見たAlphafoldの応用と予測条件の検討 招待有り

    小野田 浩宜

    第434回CBI学会講演会「タンパク質立体構造予測の最前線~AlphaFold2は創薬に真のブレークスルーをもたらすのか~」  2022年5月26日 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  4. タンパク質の構造予測ツール AlphaFold2 の現状と高難度な予測の解決方策 招待有り

    小野田浩宜

    2021年度 中性子構造生物学研究会「タンパク質科学・構造生物学と創薬への展開」  2022年3月15日 

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    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  5. Alphafold及びColabfoldを用いた複合体予測のパラメーター設定 招待有り

    小野田浩宜

    日本結晶学会2021年度年会若手の会  2021年11月18日 

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    会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

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  6. CryoEMを用いたDNAメチルトランスフェラーゼ1活性化モチーフの解明

    小野田 浩宜, 菊地 杏美香, 山形 敦史, 白水 美香子, 中西 真, 西山 敦哉, 有田 恭平

    第22回 日本蛋白質科学会年会  2022年6月8日 

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    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  7. ヘムを内包する酵素のAlphaFold構造予測と複合体予測の最適化 招待有り

    小野田浩宜

    メタルバイオサイエンス研究会2022  2022年10月20日 

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    開催年月日: 2022年10月

    記述言語:日本語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

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  8. 情報科学のタンパク質構造解析への応用 招待有り

    小野田 浩宜

    第34回生物無機化学夏季セミナー  2022年8月27日 

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    開催年月日: 2022年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  9. Alphafold学習用パラメーター 「unknown type」や「gap token」を利用した ヘテロ複合体蛋白質の構造予測 招待有り

    小野田 浩宜

    第44回日本分子生物学会年会  2021年12月1日 

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    開催年月日: 2021年12月

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  10. Analyzing Degradation Mechanism of Fatty Acid to The Next Shorter Fatty Acid Using Hydrogen Peroxide Activated by Cytochrome P450 Peroxygenase

    H. Onoda, O. Shoji, K. Suzuki, H. Sugimoto, Y. Shiro, Y. Watanabe

    日本化学会 第98春季年会 (2018) 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  11. 長鎖脂肪酸と酢酸の誤認識を利用した脂肪酸ペルオキシゲナーゼの基質特異性変換

    小野田浩宜, 荘司長三, 加納由紀子, 渡辺芳人

    第43回生体分子科学討論会 

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    開催年月日: 2016年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  12. 過酸化水素駆動型P450による脂肪酸の水酸化反応と炭素減炭反応

    日本化学会 第96春季年会 (2016) 

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    開催年月日: 2016年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

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科研費 4

  1. 構造予測AIが見出すバイオ燃料変換酵素

    2022年10月 - 2025年3月

    国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST)  ACT-X「環境とバイオテクノロジー」 

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    担当区分:研究代表者 

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  2. C3対称の環状タンパク質PCNAを分割タグとして用いたクライオ電顕のC3対称解析と粒子投影角度の制御

    2021年4月 - 2022年2月

    公益財団法人 日本科学協会  2021年度 笹川科学研究助成 

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    担当区分:研究代表者 

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  3. 天然基質の官能基の一部として誤認識される小分子を用いた酵素の誤作動と酵素反応制御

    研究課題/研究課題番号:16J02846  2016年4月 - 2019年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費  特別研究員奨励費

    小野田 浩宜

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    多くの生体触媒は、特定の原料を効率的に目的の分子へ変換する為に、高い基質特性を示す。この高い基質特異性により、生体触媒の汎用的な応用が制限されていた。私は、過酸化水素を用いて長鎖脂肪酸を特異的に酸化するCYP152B1を、酢酸水溶液中で扱うだけで、長鎖脂肪酸とは構造の異なる非天然基質の酸化反応を触媒する「基質誤認識システム」を報告していた。本研究では、「汎用的な基質誤認識システム」の開発を目指した。
    2017年度までに、好熱性細菌Exiguobacterium sp. AT1bから発見されたCYP152N1の発現系、精製手法の確立と、結晶構造の解析に成功した。この酵素が、過酸化水素を等量的に用いて、1分間あたり1900回転の速さで長鎖脂肪酸のα-位を(S)-選択的に水酸化することを2017年度に報告した。CYP152N1は、脂肪酸特異的なペルオキシゲナーゼであるCYP152A1やCYP152B1と同様に、長鎖脂肪酸のカルボキシル基を認識するので、長鎖脂肪酸以外の基質を酸化することができない。私達は、CYP152B1の活性部位近傍にカルボキシル基を持つグルタミン酸を変異導入することで、A245E変異体が「グルタミン酸のカルボキシル基を長鎖脂肪酸のカルボキシル基と誤認識」し、長鎖脂肪酸以外の基質を酸化する事を2016年度に報告していた。2018年度は、活性部位にグルタミン酸を導入する手法の汎用性を確認するために、CYP152A1 A246E変異体とCYP152N1 A243E変異体を作成し、チオアニソールのスルホキシド化活性とスチレンのエポキシ化活性を評価した。いずれの変異体もスルホキシド化活性とエポキシ化活性を示した。特にCYP152N1 A243E変異体は、野生型の長鎖脂肪酸水酸化反応の触媒活性活性より効率的な、スルホキシド化反応の触媒活性を示した。

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  4. 進化分子工学による脂肪酸ペルオキシゲナーゼの機能改変

    2017年1月 - 2017年3月

    名古屋大学 理学研究科  平成30年度大学院理学研究科若手研究者等の海外派遣プログラム 

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    担当区分:連携研究者 

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社会貢献活動 1

  1. 2022年夏休み体験学習 タンパク質の結晶を作る、観る、調べる

    役割:運営参加・支援

    名古屋大学シンクロトロン光研究センター  あいちサイエンス・コミュニケーション・ネットワーク  2022年7月