2026/01/21 更新

写真a

キノシタ リョウ
木下 遼
Ryo Kinoshita-Daitoku
所属
大学院医学系研究科 総合医学専攻 微生物・免疫学 助教
大学院担当
大学院医学系研究科
学部担当
医学部 医学科
職名
助教

学位 1

  1. 博士 (医学) ( 2019年3月   東京大学 ) 

経歴 2

  1. 大阪大学   微生物病研究所   助教

    2020年6月 - 2021年6月

  2. 大阪大学   微生物病研究所   研究員

    2019年4月 - 2020年5月

 

論文 11

  1. A bacterial small RNA regulates the adaptation of Helicobacter pylori to the host environment. 査読有り Open Access

    Ryo Kinoshita-Daitoku, Kotaro Kiga, Masatoshi Miyakoshi, Ryota Otsubo, Yoshitoshi Ogura, Takahito Sanada, Zhu Bo, Tuan Vo Phuoc, Tokuju Okano, Tamako Iida, Rui Yokomori, Eisuke Kuroda, Sayaka Hirukawa, Mototsugu Tanaka, Arpana Sood, Phawinee Subsomwong, Hiroshi Ashida, Tran Thanh Binh, Lam Tung Nguyen, Khien Vu Van, Dang Quy Dung Ho, Kenta Nakai, Toshihiko Suzuki, Yoshio Yamaoka, Tetsuya Hayashi, Hitomi Mimuro

    Nature communications     2021年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-22317-7

    Open Access

  2. Development of two methods for detecting<i> Streptococcus</i><i> mitis/oralis-related</i> species with meropenem-non-susceptibility

    Kuri, K; Kinoshita-Daitoku, R; Arakawa, Y; Shibayama, K; Kimura, K

    JOURNAL OF INFECTION AND CHEMOTHERAPY   31 巻 ( 12 ) 頁: 102846   2025年12月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Journal of Infection and Chemotherapy  

    Several studies have reported clinical isolates of Streptococcus mitis, Streptococcus oralis, and their related species (S. mitis/oralis group) with reduced carbapenem susceptibility. However, to date, no simple and accurate methods of detecting S. mitis/oralis group isolates with reduced carbapenem susceptibility have been reported. The meropenem ETEST misinterpreted 3 of 25 (12 %) meropenem-non-susceptible S. mitis/oralis group isolates as susceptible to meropenem. Therefore, we screened 38 disks containing 38 different β-lactams to detect S. mitis/oralis group strains with reduced carbapenem susceptibility using the disk-diffusion method. Additionally, using the agar dilution method to determine susceptibility, we identified the optimal antibiotic concentrations in agar medium to enable selective culture of meropenem-non-susceptible S. mitis/oralis group by culturing 25 meropenem-non-susceptible (meropenem minimum inhibitory concentration [MIC] >0.5 μg/mL) and 24 meropenem-susceptible (meropenem MIC ≤0.5 μg/mL) S. mitis/oralis group isolates on agar containing different concentrations of six β-lactams. Meropenem-susceptible and non-susceptible S. mitis/oralis group isolates were successfully differentiated using oxacillin- and cefoxitin-containing disks. Moreover, cefdinir-, flomoxef-, meropenem-, and doripenem-containing disks showed clear differences in the growth inhibitory zone diameter between the meropenem-susceptible and meropenem-non-susceptible S. mitis/oralis group isolates. Media containing 2 μg/mL oxacillin, 4–16 μg/mL cefoxitin, 2 μg/mL cefdinir, 2–4 μg/mL flomoxef, 0.06–0.25 μg/mL meropenem, and 0.06–0.12 μg/mL doripenem allowed selective culture of meropenem-non-susceptible S. mitis/oralis group strains. The disk-diffusion method using six β-lactam-containing disks and selective culture agar medium are the first-reported simple and accurate methods of detecting meropenem-non-susceptible S. mitis/oralis group suitable for use in clinical microbiology laboratories.

    DOI: 10.1016/j.jiac.2025.102846

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  3. Development of a nonreplicative phage-based DNA delivery system and its application to antimicrobial therapies

    Kiga, K; Sato'o, Y; Tan, XE; Miyanaga, K; Nguyen, HM; Li, FY; Azam, AH; Veeranarayanan, S; Watanabe, S; Aiba, Y; Sasahara, T; Thitiananpakorn, K; Kawaguchi, T; Nishikawa, Y; Kinoshita-Daitoku, R; Ojima, S; Kondo, K; Nakamura, T; Tamura, A; Yamashita, W; Watashi, K; Takahashi, Y; Cui, LZ

    PNAS NEXUS   4 巻 ( 6 ) 頁: pgaf176   2025年6月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Pnas Nexus  

    Phage therapy has emerged as a promising alternative to conventional antimicrobial therapy for antimicrobial-resistant bacterial infections, but concerns about uncontrolled phage proliferation have limited its use. To address this issue, we established a nonproliferative phage-based DNA delivery system, called bacteria-targeting capsid particle (B-CAP), for the development of antimicrobial agents which effectively prevented phage spread while maintaining bactericidal activity. B-CAP is principally a T7 phage capsids packaged with a partial T7 phage genome, giving it the allowance to accommodate large foreign DNA up to 18 kb in length. We confirmed the efficacy of B-CAP in targeting and injecting its genome into bacteria, analogous to the wild-type phage. To demonstrate proof-of-concept and potential for developing an antimicrobial agent, we loaded colicin E1 operon onto the B-CAP system, resulting in the construction of B-CAP_ColE1, an antimicrobial agent capable of boosting colicin E1-based bacterial killing against Escherichia coli. Although no therapeutic effect was observed for B-CAP, B-CAP_ColE1 exhibited strong bactericidal activity against carbapenem-resistant E. coli both in vitro and in vivo, and significantly improved the survival of mice in an infection mouse model experiment. Finally, B-CAP_ColE1 is biologically contained or inert, reducing potential biological hazards during therapeutic use. Our results demonstrate that the B-CAP system offers a new strategy for developing nonreplicative phage-based antimicrobial agents against bacterial infections.

    DOI: 10.1093/pnasnexus/pgaf176

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  4. A nationwide survey of antimicrobial resistance of <i>Escherichia coli</i> isolated from broiler chickens in Malawi 査読有り

    鈴木 仁人, 木下 遼, 柴山 恵吾

    JAC-Antimicrobial Resistance   6 巻 ( 6 ) 頁: dlae200   2024年

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Jac Antimicrobial Resistance  

    Background: Antimicrobial resistance is a global health challenge with profound implications across sectors. Livestock, a significant field at the One Health interface, lacks sufficient information, particularly in low-resource settings such as Malawi. Objectives: We determined the antimicrobial resistance rates of Escherichia coli isolated from broiler chickens in Malawi and explored the relationship between resistance genes across sectors using genomic analysis. Methods: In 2023, we isolated 115 E. coli strains from 116 faecal and caecal samples from broiler chickens across Malawi. Antimicrobial susceptibility tests were performed using agar dilution method according to the Clinical Laboratory Standard Institute guidelines. Whole-genome sequencing was performed using Illumina sequencing. Results: Notably, 50 isolates (44%) were resistant to cefotaxime. We detected ESBL bla<inf>CTX-M</inf> genes (bla<inf>CTX-M-55</inf>, bla<inf>CTX-M-14</inf>, bla<inf>CTX-M-65</inf>, bla<inf>CTX-M-27</inf>, bla<inf>CTX-M-15</inf>, bla<inf>CTX-M-1</inf>, and bla<inf>CTX-M-3</inf>) in 48 cefotaxime-resistant isolates, which exhibited higher resistance rates to levofloxacin than non-ESBL-encoding isolates (29/48; 60% versus 20/67; 30%). All isolates were susceptible to colistin and carbapenems. High resistance rates were observed for tetracycline and co-trimoxazole commonly used in broiler chickens (90% and 70%, respectively). Sequence type 206 and phylogroup A were predominant (14% and 65%, respectively). In the genetic context of bla<inf>CTX-M</inf> genes, whole-genome alignment of the ESBL-producing isolates with reference plasmids from E. coli of various origins indicated significant similarity. Conclusions: Antimicrobial resistance is highly prevalent among E. coli from broiler chickens in Malawi. Genomic analysis suggests potential transmission pathways for ESBL genes across sectors, necessitating further studies from One Health perspective.

    DOI: 10.1093/jacamr/dlae200

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

    CiNii Research

  5. Effect of low oxygen concentration on activation of inflammation by Helicobacter pylori. 査読有り

    Abass A, Okano T, Boonyaleka K, Kinoshita-Daitoku R, Yamaoka S, Ashida H, Suzuki T.

    Biochem Biophys Res Commun.     2021年5月

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  6. Group A Streptococcus establishes pharynx infection by degrading the deoxyribonucleic acid of neutrophil extracellular traps 査読有り Open Access

    Mototsugu Tanaka, Ryo Kinoshita-Daitoku, Kotaro Kiga, Takahito Sanada, Bo Zhu, Tokuju Okano, Chihiro Aikawa, Tamako Iida, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Koshu Okubo, Miho Kurosawa, Junichi Hirahashi, Toshihiko Suzuki, Ichiro Nakagawa, Masaomi Nangaku, Hitomi Mimuro

    Scientific Reports     2020年12月

  7. Mutational diversity in mutY deficient Helicobacter pylori and its effect on adaptation to the gastric environment 査読有り

    Ryo Kinoshita-Daitoku, Kotaro Kiga, Takahito Sanada, Yoshitoshi Ogura, Zhu Bo, Tamako Iida, Rui Yokomori, Eisuke Kuroda, Mototsugu Tanaka, Arpana Sood, Toshihiko Suzuki, Kenta Nakai, Tetsuya Hayashi, Hitomi Mimuro

    Biochemical and Biophysical Research Communications     2020年5月

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  8. Bacteria-Induced Group 2 Innate Lymphoid Cells in the Stomach Provide Immune Protection through Induction of IgA 査読有り Open Access

    Naoko Satoh-Takayama, Tamotsu Kato, Yasutaka Motomura, Tomoko Kageyama, Naoko Taguchi-Atarashi, Ryo Kinoshita-Daitoku, Eisuke Kuroda, James P. Di Santo, Hitomi Mimuro, Kazuyo Moro, Hiroshi Ohno

    Immunity     2020年4月

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  9. Complete Genome Sequence of Helicobacter pylori Strain ATCC 43504, a Type Strain That Can Infect Gerbils 査読有り Open Access

    Ryo Kinoshita-Daitoku, Yoshitoshi Ogura, Kotaro Kiga, Fumito Maruyama, Tomoyo Kondo, Ichiro Nakagawa, Tetsuya Hayashi, Hitomi Mimuro

    Microbiology Resource Announcements     2020年4月

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  10. Ozone ultrafine bubble water induces the cellular signaling involved in oxidative stress responses in human periodontal ligament fibroblasts 査読有り Open Access

    Anongwee Leewananthawet, Shinichi Arakawa, Tokuju Okano, Ryo Daitoku Kinoshita, Hiroshi Ashida, Yuichi Izumi, Toshihiko Suzuki

    Science and Technology of Advanced Materials     2019年12月

  11. Inflammasome activation induced by perfringolysin o of clostridium perfringens and its involvement in the progression of gas gangrene 査読有り Open Access

    Kiyonobu Yamamura, Hiroshi Ashida, Tokuju Okano, Ryo Kinoshita-Daitoku, Shiho Suzuki, Kaori Ohtani, Miwako Hamagaki, Tohru Ikeda, Toshihiko Suzuki

    Frontiers in Microbiology     2019年

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書籍等出版物 1

  1. 細胞

    木下 遼

    ニューサイエンス社  2022年 

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    総ページ数:4  

    CiNii Research

講演・口頭発表等 1

  1. sRNA regulates pathogenicity during persistent infection of Helicobacter 招待有り

    2020年2月21日 

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    記述言語:英語   会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

科研費 3

  1. 細菌のコントロール:Ωシステムを利用した次世代治療薬の創製

    研究課題/研究課題番号:24K02686  2024年4月 - 2027年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    木下 遼, 氣駕 恒太朗

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:18590000円 ( 直接経費:14300000円 、 間接経費:4290000円 )

    ヒトの腸内には約1000種類、100兆個以上の細菌が生息しており、腸内細菌叢と呼ばれている。腸内細菌叢の乱れに関連する疾患として偽膜性腸炎、難治性疾患である炎症性腸疾患などが報告されている。しかし、確立された治療法はまだない。そのため、生体内の細菌を特異的かつ持続的にコントロールする技術が求められている。申請者はこれまで細菌を特異的に殺菌できるシステムを探索してきた。その結果、RNA誘導型ヌクレアーゼが標的細菌を狙って特異的に殺菌できることを発見した。そこで本研究では、RNA誘導型ヌクレアーゼを細菌へ供給する遺伝子標的型治療薬の開発を企画した。
    ヒトの腸内には約1000種類、100兆個以上の細菌が生息しており、腸内細菌叢と呼ばれている。腸内細菌は、私たちの作り出すことのできない物質の産生、エネルギーの産生、免疫調整など様々な働きをしている。そのため、腸内細菌叢のバランスの乱れ(dysbiosis)はさまざまな疾患のリスクに直結している。抗生物質の乱用によるdysbiosisは芽胞形成菌のClostridioides difficileによる偽膜性腸炎を引き起こし、腸管接着性侵入性大腸菌(AIEC)の増殖によるdysbiosisは難治性疾患である炎症性腸疾患(潰瘍性大腸炎、クローン病)に関与することが報告されている。これらから、抗菌薬に頼らないバクテリオシンなどの抗菌活性を有する低分子化合物による治療、糞便微生物移植治療(FMT)が行われてきた。しかし、化合物の開発や進化する細菌への適応・改良は困難であり、FMTにより他の感染症が引き起こされた報告もある。そこで申請者は、RNA誘導型ヌクレアーゼを用いて、特定の遺伝子を保有する細菌のみを特異的に狙い撃ちする遺伝子標的型治療薬の研究開発を行うことにした。
    当該年度では、新規RNA誘導型ヌクレアーゼの人工合成を行った。各種RNA誘導型ヌクレアーゼ発現プラスミドを用いて、標的細菌の遺伝子配列特異的な殺菌を解析した。また、標的遺伝子を切断する最適な配列認識RNA(gRNA)の探索を行った。
    各種RNA誘導型ヌクレアーゼの殺菌活性を確認できている。また、標的遺伝子配列を効率よく切断する配列認識RNA(gRNA)の探索に成功している。そのため、本研究課題はおおむね順調に進んでいる。
    研究はおおむね順調に進んでいるため、当初の研究方針から変更はないが、遺伝子標的型治療薬のさまざまな細菌への治療応用を考え、臨床分離株の収集を行う予定である。

  2. 革新的ゲノム研究手法によるカンボジアの薬剤耐性細菌の動態解析と新薬開発

    研究課題/研究課題番号:23KK0151  2023年9月 - 2027年3月

    科学研究費助成事業  国際共同研究加速基金(海外連携研究)

    柴山 恵吾, 平林 亜希, 木下 遼

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    担当区分:研究分担者 

    発展途上国では人が保菌する薬剤耐性菌が直接河川などに継続的に流出している。河川は薬剤耐性菌のリザーバーとなっていて、流入した薬剤耐性菌から耐性遺伝子がプラスミド等を介して他の様々な菌種に伝達されて、薬剤耐性遺伝子が拡散していると考えられている。この研究では、ワンヘルスの視点から人、環境、家畜などの分野で薬剤耐性菌・耐性遺伝子の拡散状況をゲノムの解析から明らかにする。さらに新たな抗菌薬開発も目指す。
    カンボジアで収集した多剤耐性グラム陰性細菌の解析を行った。解析は臨床上特に問題となるカルバペネム耐性を示した株について行った。水系の環境でよく分類されるStenotrophomonas maltophiliaはカルバペネム耐性を示すが、人の病原細菌で問題となるカルバペネム耐性遺伝子を持つことは稀なので解析から除外した。分離された16株について菌種を同定し、全ゲノム配列をイルミナシーケンス解析により決定し耐性遺伝子を同定した。大腸菌は6株あり、いずれもblaNDM-5遺伝子を持っていて、2株は染色体上に、4株はプラスミド上に存在していた。Pseudomonas putidaは2株で、染色体上に1株はblaNDM-1遺伝子、1株はblaIMP-6遺伝子を持っていた。Acinetobacter baumanniiは5株あり、1株はblaNDM-6とblaOXA-58を保有し、4株はblaOXA-72を持っていた。Acinetobacter towneriは1株で、blaNDM-1を持っていた。Aeromonas caviaeは1株で、blaNDM-1とblaKPC-2を持っていた。Klebsiella pneumoniaeは1株で、耐性遺伝子は検出されなかった。このようにカンボジアでは河川で人の病原細菌で、問題となる薬剤耐性遺伝子が高頻度に検出され、またその遺伝子はAeromonas属やPseudomonasなど環境細菌でも検出された。河川における環境細菌は臨床上問題となる耐性遺伝子のリザーバーとなっている可能性が考えられた。今後遺伝子構造をロングリードシーケンス解析などを用いて詳細に解析し、病院で分離される病原細菌の薬剤耐性遺伝子との関連を明らかにする。
    当初の予定通りカンボジアの河川で菌株を収集し、想定以上に人の病原細菌で問題となっている薬剤耐性遺伝子が高頻度で検出されることを明らかにした。しかも、それらの薬剤耐性遺伝子が環境細菌で検出されたため、薬剤耐性遺伝子が菌種をこえて環境中で広く伝播していることが分かった。今後、全ゲノムの完全な配列を決定して、耐性遺伝子がどのようなメカニズムで人の病原細菌から環境細菌に伝播し、蓄積されていくのかを明らかにする予定である。
    ナノポアシーケンス解析を行い、薬剤耐性遺伝子をもつ菌株の完全ゲノム配列を決定する。そして薬剤耐性遺伝子の周辺構造を明らかにして、mobile gene elementを明らかにして、耐性遺伝子がどのように伝播しているのかを明らかにする。接合伝達実験などを行なって、mobile gene elementの構造と特徴を明らかにする。最終的には河川など環境中に放出された人の病原細菌の薬剤耐性遺伝子が、公衆衛生上どのようなリスクになっているかを考察したい。

  3. ピロリ菌の小さなRNAによる胃炎症メカニズムの解明

    研究課題/研究課題番号:20K16244  2020年4月 - 2023年3月

    科学研究費助成事業  若手研究

    木下 遼

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

    これまでピロリ菌感染による胃の炎症は、腸管に存在するパイエル板を介したピロリ菌の取り込みや、リポ多糖(LPS)による胃内のTLR4の活性化によることが報告されてきた。しかし、腸管のパイエル板を介した直接的ではない胃の炎症の活性化や、TLR4の活性化が弱いピロリ菌のLPSにより活性化する炎症発生の機序は不明な点が多く、混沌としているのが現状である。そこで、ピロリ菌のsRNAと胃で強力に発現しているTLR3に着目した。本研究を行うことで、がんや炎症において、RNAやTLR3といった、既存の治療薬とは全く異なるターゲットを発見することが期待される。
    ピロリ菌の感染は、胃炎、胃潰瘍、胃がん、MALTリンパ腫などの消化器疾患の発症に関わっている。本研究を進めていくと、ピロリ菌の保有するsmall RNA (sRNA)のsRNA-XおよびsRNA-Zが胃炎発症に関与していることが見出された。さらにピロリ菌臨床分離株を用いた実験結果から、sRNA-Xの発現量と臨床所見が相関することを見つけた。以上の結果から、ピロリ菌による胃炎には、ピロリ菌の保有する病原性sRNAが寄与することが明らかになった。
    ピロリ菌は世界人口の約半数が感染している大規模感染症であり、胃炎や胃がんなどの消化器疾患を引き起こすことが知られているが、胃炎発症メカニズムは不明な点が多い。しかし本研究を通じて、ピロリ菌が保有するsmall RNAが胃炎発症メカニズムに関与している可能性が示唆された。本研究で得られた新知見は、他の細菌感染症解析の道を拓くほか、創薬・ワクチン開発へとつながることが期待される。