所属
遺伝子実験施設 助教
遺伝子実験施設 特任助教
遺伝子実験施設 特任助教
職名
助教
ヒゴ アスカ
肥後 あすか
HIGO Asuka
学位 1
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博士（生命科学） （ 2016年3月 京都大学 ）
論文 6
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Field-transcriptome analyses reveal developmental transitions during flowering in cassava (Manihot esculenta Crantz).
Behnam B, Higo A, Yamaguchi K, Tokunaga H, Utsumi Y, Selvaraj MG, Seki M, Ishitani M, Lopez-Lavalle LAB, Tsuji H
Plant molecular biology 106 巻 ( 3 ) 頁： 285 - 296 2021年6月
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Field transcriptome analysis reveals a molecular mechanism for cassava-flowering in a mountainous environment in Southeast Asia.
Tokunaga H, Quynh DTN, Anh NH, Nhan PT, Matsui A, Takahashi S, Tanaka M, Anh NM, Van Dong N, Ham LH, Higo A, Hoa TM, Ishitani M, Minh NBN, Hy NH, Srean P, Thu VA, Tung NB, Vu NA, Yamaguchi K, Tsuji H, Utsumi Y, Seki M
Plant molecular biology 2020年9月
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DNA methylation is reconfigured at the onset of reproduction in rice shoot apical meristem
Higo Asuka, Saihara Noriko, Miura Fumihito, Higashi Yoko, Yamada Megumi, Tamaki Shojiro, Ito Tasuku, Tarutani Yoshiaki, Sakamoto Tomoaki, Fujiwara Masayuki, Kurata Tetsuya, Fukao Yoichiro, Moritoh Satoru, Terada Rie, Kinoshita Toshinori, Ito Takashi, Kakutani Tetsuji, Shimamoto Ko, Tsuji Hiroyuki
NATURE COMMUNICATIONS 11 巻 ( 1 ) 頁： 4079 2020年8月
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Building new insights in plant gametogenesis from an evolutionary perspective.
Hisanaga T, Yamaoka S, Kawashima T, Higo A, Nakajima K, Araki T, Kohchi T, Berger F
Nature plants 5 巻 ( 7 ) 頁： 663 - 669 2019年7月
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Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T
Nature communications 9 巻 ( 1 ) 頁： 5283 2018年12月
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Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome 査読有り 国際誌
Bowman John L., Kohchi Takayuki, Yamato Katsuyuki T., Jenkins Jerry, Shu Shengqiang, Ishizaki Kimitsune, Yamaoka Shohei, Nishihama Ryuichi, Nakamura Yasukazu, Berger Frederic, Adam Catherine, Aki Shiori Sugamata, Althoff Felix, Araki Takashi, Arteaga-Vazquez Mario A., Balasubrmanian Sureshkumar, Barry Kerrie, Bauer Diane, Boehm Christian R., Briginshaw Liam, Caballero-Perez Juan, Catarino Bruno, Chen Feng, Chiyoda Shota, Chovatia Mansi, Davies Kevin M., Delmans Mihails, Demura Taku, Dierschke Tom, Dolan Liam, Dorantes-Acosta Ana E., Eklund D. Magnus, Florent Stevie N., Flores-Sandoval Eduardo, Fujiyama Asao, Fukuzawa Hideya, Galik Bence, Grimanelli Daniel, Grimwood Jane, Grossniklaus Ueli, Hamada Takahiro, Haseloff Jim, Hetherington Alexander J., Higo Asuka, Hirakawa Yuki, Hundley Hope N., Ikeda Yoko, Inoue Keisuke, Inoue Shin-Ichiro, Ishida Sakiko, Jia Qidong, Kakita Mitsuru, Kanazawa Takehiko, Kawai Yosuke, Kawashima Tomokazu, Kennedy Megan, Kinose Keita, Kinoshita Toshinori, Kohara Yuji, Koide Eri, Komatsu Kenji, Kopischke Sarah, Kubo Minoru, Kyozuka Junko, Lagercrantz Ulf, Lin Shih-Shun, Lindquist Erika, Lipzen Anna M., Lu Chia-Wei, De Luna Efrain, Martienssen Robert A., Minamino Naoki, Mizutani Masaharu, Mizutani Miya, Mochizuki Nobuyoshi, Monte Isabel, Mosher Rebecca, Nagasaki Hideki, Nakagami Hirofumi, Naramoto Satoshi, Nishitani Kazuhiko, Ohtani Misato, Okamoto Takashi, Okumura Masaki, Phillips Jeremy, Pollak Bernardo, Reinders Anke, Rovekamp Moritz, Sano Ryosuke, Sawa Shinichiro, Schmid Marc W., Shirakawa Makoto, Solano Roberto, Spunde Alexander, Suetsugu Noriyuki, Sugano Sumio, Sugiyama Akifumi, Sun Rui, Suzuki Yutaka, Takenaka Mizuki, Takezawa Daisuke, Tomogane Hirokazu, Tsuzuki Masayuki, Ueda Takashi, Umeda Masaaki, Ward John M., Watanabe Yuichiro, Yazaki Kazufumi, Yokoyama Ryusuke, Yoshitake Yoshihiro, Yotsui Izumi, Zachgo Sabine, Schmutz Jeremy
CELL 171 巻 ( 2 ) 頁： 287 - + 2017年10月
MISC 7
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ゼニゴケの精子形成における精細胞特異的ヒストンH1バリアントの役割
KOTANI Kanta, NISHIDA Ruri, HIGO Asuka, YAMAOKA Shohei, INOUE Keisuke, ARAKI Takashi
日本植物生理学会年会(Web)62nd 巻 2021年
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エピゲノムの基底状態は茎頂メリステムの遺伝子発現によって規定される
肥後あすか, 才原徳子, 東陽子, 三浦史仁, 伊藤隆司, 辻寛之
育種学研究22 巻 2020年
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ゼニゴケの精子形成に関わる精細胞特異的ヒストンH1バリアントの解析
KOTANI Kanta, NISHIDA Ruri, HIGO Asuka, INOUE Keisuke, YAMAOKA Shohei, ARAKI Takashi
日本植物生理学会年会(Web)61st 巻 2020年
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イネ茎頂分裂組織の相転換におけるDNAメチル化パターンの動態とその制御機構
肥後あすか, 三浦史仁, 伊藤隆司, 島本功, 辻寛之
日本植物生理学会年会(Web)60th 巻 2019年
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イネ茎頂分裂組織のDNAメチル化パターンの動態と制御機構の解析
肥後あすか, 才原徳子, 三浦史仁, 東陽子, 山田恵美, 玉置祥二郎, 伊藤佑, 樽谷芳明, 坂本智昭, 藤原正幸, 倉田哲也, 深尾陽一朗, 森藤暁, 寺田理枝, 伊藤隆司, 角谷徹仁, 角谷徹仁, 角谷徹仁, 島本功, 辻寛之
日本植物生理学会年会(Web)59th 巻 2018年
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植物も精子をつくる 招待有り
肥後あすか, 荒木 崇
企画展「卵からはじまる形づくり」パンフレット（国立科学博物館・日本発生生物学会 主催） 頁： 52 2017年4月
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イネ幹細胞のDNAメチル化パターンの解析
肥後あすか, 才原徳子, 三浦史仁, 東陽子, 山田恵美, 玉置祥二郎, 坂本智昭, 藤原正幸, 倉田哲也, 深尾陽一朗, 伊藤隆司, 島本功, 辻寛之
日本生化学会大会(Web)90th 巻 2017年
科研費 1
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イネ茎頂メリステムでの直接制御標的の同定によるフロリゲン機能の解明
研究課題/研究課題番号：19K15818 2019年4月 - 2022年3月
若手研究
肥後 あすか
担当区分：研究代表者
配分額：4160000円 （ 直接経費：3200000円 、 間接経費：960000円 ）
植物が適切な時期に花成することは、植物が繁殖を成功させるために重要であるとともに、農業において安定した収量を得るためにも重要な過程である。花成は、花成ホルモン (フロリゲン)が、茎の先端に位置し幹細胞を含む茎頂分裂組織 (SAM)に到達し、転写活性化複合体として機能することで引き起こされるが、SAMが微小な器官であるために、フロリゲンの直接制御標的が同定されていない。本研究では、微小器官でのタンパク質-DNA相互作用の検出を可能とするChIL-seq法用いて、イネフロリゲンのSAMにおける直接制御標的を網羅的に同定し、フロリゲンによる花成の開始についての実体を明らかにする。
本研究課題では、植物の地上部組織の幹細胞を含む茎頂分裂組織 (SAM)を短時間かつ高純度で単離することが可能であるイネを材料として、近年新たに開発された微小器官でのタンパク質-DNA間相互作用を検出する技術であるChIL-seq法および微量サンプルでのトランスクリプトーム解析が可能であるCel-seq2法を合わせて用いることで、SAMでの花成ホルモン (フロリゲン)の制御標的の網羅的な同定を行い、SAMでの花成誘導機構の詳細を明らかにすることを目指している。本年度は、単離したイネのSAMについてChIL-seq法の条件検討を進め、さらにCel-seq2法により1つずつの単離したイネのSAMについてトランスクリプトーム解析を実施した。トランスクリプトーム解析では、葉数を指標にして発達段階を区分し、花成前の各発達段階および花成後のイネのSAMを解析対象とした。彫られたシークエンス結果を詳細に解析することで、花成前後のSAMにおける遺伝子発現の詳細を明らかにすることが可能となる。見た目の発達段階 (葉数)だけでは、SAMの発生段階を正確に捉えることができないために、複数のSAMをまとめて解析すると、各発生段階のSAMの遺伝子発現情報を正確に得ることができない。本研究では1つずつのSAMについて発現解析を行っているので、花成に前後の遺伝子発現についてこれまで以上に高い解像度の情報を得ることができる。
花成前後のSAMについて詳細に遺伝子発現解析を計画に沿って行った。計画していた以上の時間的な解像度の解析を行った点で計画以上に進展していると言える。しかし、ChIL-seq法によるフロリゲンの制御標的の網羅的な同定について、実験系の検討を行った段階であり、申請内容にある実験を実施するに至ってはいない点で計画より進行が遅れているとした。
花成前後のSAMにおける詳細な遺伝子発現データをすでに得たので、今年度はフロリゲン/アンチフロリゲンの制御標的を網羅的に同定するために、抗GFP抗体を用いたChIL-seq法の条件を確定し、実験を行う。少数のSAMでの解析が困難である場合は、解析するタイムポイントを絞って実験に用いるSAMの数を増やすことで対応する。