Updated on 2021/06/01

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HIGO Asuka
 
Organization
Institute for Advanced Research Designated assistant professor
Center for Gene Research Designated assistant professor
Title
Designated assistant professor

Degree 1

  1. 博士(生命科学) ( 2016.3   京都大学 ) 

 

Papers 6

  1. Field-transcriptome analyses reveal developmental transitions during flowering in cassava (Manihot esculenta Crantz).

    Behnam B, Higo A, Yamaguchi K, Tokunaga H, Utsumi Y, Selvaraj MG, Seki M, Ishitani M, Lopez-Lavalle LAB, Tsuji H

    Plant molecular biology   Vol. 106 ( 3 ) page: 285 - 296   2021.6

  2. Field transcriptome analysis reveals a molecular mechanism for cassava-flowering in a mountainous environment in Southeast Asia.

    Tokunaga H, Quynh DTN, Anh NH, Nhan PT, Matsui A, Takahashi S, Tanaka M, Anh NM, Van Dong N, Ham LH, Higo A, Hoa TM, Ishitani M, Minh NBN, Hy NH, Srean P, Thu VA, Tung NB, Vu NA, Yamaguchi K, Tsuji H, Utsumi Y, Seki M

    Plant molecular biology     2020.9

  3. DNA methylation is reconfigured at the onset of reproduction in rice shoot apical meristem

    Higo Asuka, Saihara Noriko, Miura Fumihito, Higashi Yoko, Yamada Megumi, Tamaki Shojiro, Ito Tasuku, Tarutani Yoshiaki, Sakamoto Tomoaki, Fujiwara Masayuki, Kurata Tetsuya, Fukao Yoichiro, Moritoh Satoru, Terada Rie, Kinoshita Toshinori, Ito Takashi, Kakutani Tetsuji, Shimamoto Ko, Tsuji Hiroyuki

    NATURE COMMUNICATIONS   Vol. 11 ( 1 ) page: 4079   2020.8

     More details

    Publisher:Nature Communications  

    DOI: 10.1038/s41467-020-17963-2

    Web of Science

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    PubMed

  4. Building new insights in plant gametogenesis from an evolutionary perspective.

    Hisanaga T, Yamaoka S, Kawashima T, Higo A, Nakajima K, Araki T, Kohchi T, Berger F

    Nature plants   Vol. 5 ( 7 ) page: 663 - 669   2019.7

  5. Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants Reviewed

    Asuka Higo, Tomokazu Kawashima, Michael Borg, Mingmin Zhao, Irene López-Vidriero, Hidetoshi Sakayama, Sean A. Montgomery, Hiroyuki Sekimoto, Dieter Hackenberg, Masaki Shimamura, Tomoaki Nishiyama, Keiko Sakakibara, Yuki Tomita, Taisuke Togawa, Kan Kunimoto, Akihisa Osakabe, Yutaka Suzuki, Katsuyuki T. Yamato, Kimitsune Ishizaki, Ryuichi Nishihama, Takayuki Kohchi, José M. Franco-Zorrilla, David Twell, Frédéric Berger, Takashi Araki

    Nature Communications   Vol. 9 ( 1 ) page: 5283   2018.12

     More details

    Publishing type:Research paper (scientific journal)   Publisher:Springer Science and Business Media LLC  

    DOI: 10.1038/s41467-018-07728-3

    PubMed

    Other Link: http://www.nature.com/articles/s41467-018-07728-3

  6. Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome. Reviewed International journal

    John L Bowman, Takayuki Kohchi, Katsuyuki T Yamato, Jerry Jenkins, Shengqiang Shu, Kimitsune Ishizaki, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, Yasukazu Nakamura, Frédéric Berger, Catherine Adam, Shiori Sugamata Aki, Felix Althoff, Takashi Araki, Mario A Arteaga-Vazquez, Sureshkumar Balasubrmanian, Kerrie Barry, Diane Bauer, Christian R Boehm, Liam Briginshaw, Juan Caballero-Perez, Bruno Catarino, Feng Chen, Shota Chiyoda, Mansi Chovatia, Kevin M Davies, Mihails Delmans, Taku Demura, Tom Dierschke, Liam Dolan, Ana E Dorantes-Acosta, D Magnus Eklund, Stevie N Florent, Eduardo Flores-Sandoval, Asao Fujiyama, Hideya Fukuzawa, Bence Galik, Daniel Grimanelli, Jane Grimwood, Ueli Grossniklaus, Takahiro Hamada, Jim Haseloff, Alexander J Hetherington, Asuka Higo, Yuki Hirakawa, Hope N Hundley, Yoko Ikeda, Keisuke Inoue, Shin-Ichiro Inoue, Sakiko Ishida, Qidong Jia, Mitsuru Kakita, Takehiko Kanazawa, Yosuke Kawai, Tomokazu Kawashima, Megan Kennedy, Keita Kinose, Toshinori Kinoshita, Yuji Kohara, Eri Koide, Kenji Komatsu, Sarah Kopischke, Minoru Kubo, Junko Kyozuka, Ulf Lagercrantz, Shih-Shun Lin, Erika Lindquist, Anna M Lipzen, Chia-Wei Lu, Efraín De Luna, Robert A Martienssen, Naoki Minamino, Masaharu Mizutani, Miya Mizutani, Nobuyoshi Mochizuki, Isabel Monte, Rebecca Mosher, Hideki Nagasaki, Hirofumi Nakagami, Satoshi Naramoto, Kazuhiko Nishitani, Misato Ohtani, Takashi Okamoto, Masaki Okumura, Jeremy Phillips, Bernardo Pollak, Anke Reinders, Moritz Rövekamp, Ryosuke Sano, Shinichiro Sawa, Marc W Schmid, Makoto Shirakawa, Roberto Solano, Alexander Spunde, Noriyuki Suetsugu, Sumio Sugano, Akifumi Sugiyama, Rui Sun, Yutaka Suzuki, Mizuki Takenaka, Daisuke Takezawa, Hirokazu Tomogane, Masayuki Tsuzuki, Takashi Ueda, Masaaki Umeda, John M Ward, Yuichiro Watanabe, Kazufumi Yazaki, Ryusuke Yokoyama, Yoshihiro Yoshitake, Izumi Yotsui, Sabine Zachgo, Jeremy Schmutz

    Cell   Vol. 171 ( 2 ) page: 287 - +   2017.10

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    The evolution of land flora transformed the terrestrial environment. Land plants evolved from an ancestral charophycean alga from which they inherited developmental, biochemical, and cell biological attributes. Additional biochemical and physiological adaptations to land, and a life cycle with an alternation between multicellular haploid and diploid generations that facilitated efficient dispersal of desiccation tolerant spores, evolved in the ancestral land plant. We analyzed the genome of the liverwort Marchantia polymorpha, a member of a basal land plant lineage. Relative to charophycean algae, land plant genomes are characterized by genes encoding novel biochemical pathways, new phytohormone signaling pathways (notably auxin), expanded repertoires of signaling pathways, and increased diversity in some transcription factor families. Compared with other sequenced land plants, M. polymorpha exhibits low genetic redundancy in most regulatory pathways, with this portion of its genome resembling that predicted for the ancestral land plant. PAPERCLIP.

    DOI: 10.1016/j.cell.2017.09.030

    Web of Science

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KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 1

  1. イネ茎頂メリステムでの直接制御標的の同定によるフロリゲン機能の解明

    Grant number:19K15818  2019.4 - 2022.3

    若手研究

    肥後 あすか

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    Authorship:Principal investigator 

    Grant amount:\4160000 ( Direct Cost: \3200000 、 Indirect Cost:\960000 )

    植物が適切な時期に花成することは、植物が繁殖を成功させるために重要であるとともに、農業において安定した収量を得るためにも重要な過程である。花成は、花成ホルモン (フロリゲン)が、茎の先端に位置し幹細胞を含む茎頂分裂組織 (SAM)に到達し、転写活性化複合体として機能することで引き起こされるが、SAMが微小な器官であるために、フロリゲンの直接制御標的が同定されていない。本研究では、微小器官でのタンパク質-DNA相互作用の検出を可能とするChIL-seq法用いて、イネフロリゲンのSAMにおける直接制御標的を網羅的に同定し、フロリゲンによる花成の開始についての実体を明らかにする。
    本研究課題では、植物の地上部組織の幹細胞を含む茎頂分裂組織 (SAM)を短時間かつ高純度で単離することが可能であるイネを材料として、近年新たに開発された微小器官でのタンパク質-DNA間相互作用を検出する技術であるChIL-seq法および微量サンプルでのトランスクリプトーム解析が可能であるCel-seq2法を合わせて用いることで、SAMでの花成ホルモン (フロリゲン)の制御標的の網羅的な同定を行い、SAMでの花成誘導機構の詳細を明らかにすることを目指している。本年度は、単離したイネのSAMについてChIL-seq法の条件検討を進め、さらにCel-seq2法により1つずつの単離したイネのSAMについてトランスクリプトーム解析を実施した。トランスクリプトーム解析では、葉数を指標にして発達段階を区分し、花成前の各発達段階および花成後のイネのSAMを解析対象とした。彫られたシークエンス結果を詳細に解析することで、花成前後のSAMにおける遺伝子発現の詳細を明らかにすることが可能となる。見た目の発達段階 (葉数)だけでは、SAMの発生段階を正確に捉えることができないために、複数のSAMをまとめて解析すると、各発生段階のSAMの遺伝子発現情報を正確に得ることができない。本研究では1つずつのSAMについて発現解析を行っているので、花成に前後の遺伝子発現についてこれまで以上に高い解像度の情報を得ることができる。
    花成前後のSAMについて詳細に遺伝子発現解析を計画に沿って行った。計画していた以上の時間的な解像度の解析を行った点で計画以上に進展していると言える。しかし、ChIL-seq法によるフロリゲンの制御標的の網羅的な同定について、実験系の検討を行った段階であり、申請内容にある実験を実施するに至ってはいない点で計画より進行が遅れているとした。
    花成前後のSAMにおける詳細な遺伝子発現データをすでに得たので、今年度はフロリゲン/アンチフロリゲンの制御標的を網羅的に同定するために、抗GFP抗体を用いたChIL-seq法の条件を確定し、実験を行う。少数のSAMでの解析が困難である場合は、解析するタイムポイントを絞って実験に用いるSAMの数を増やすことで対応する。