2021/11/16 更新

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アベ ナオコ
阿部 奈保子
ABE Naoko
所属
大学院理学研究科 物質理学専攻 特任助教
職名
特任助教
連絡先
メールアドレス

学位 1

  1. 博士(薬科学) ( 2015年3月   北海道大学 ) 

 

論文 13

  1. Antisense oligonucleotide modified with disulfide units induces efficient exon skipping in mdx myotubes through enhanced membrane permeability and nucleus internalization.

    Hiraoka H, Shu Z, Le BT, Masuda K, Nakamoto K, Lyu F, Abe N, Hashiya F, Kimura Y, Shimizu Y, Veedu RN, Abe H

    Chembiochem : a European journal of chemical biology     2021年10月

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.1002/cbic.202100413

    PubMed

  2. Completely Chemically Synthesized Long DNA Can be Transcribed in Human Cells

    Yamaoka Kazuki, Oikawa Ryota, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM     2021年10月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1002/cbic.202100312

    Web of Science

    PubMed

  3. Phosphorothioate Modification of mRNA Accelerates the Rate of Translation Initiation to Provide More Efficient Protein Synthesis

    Kawaguchi Daisuke, Kodama Ayumi, Abe Naoko, Takebuchi Kei, Hashiya Fumitaka, Tomoike Fumiaki, Nakamoto Kosuke, Kimura Yasuaki, Shimizu Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   59 巻 ( 40 ) 頁: 17403 - 17407   2020年9月

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    出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    DOI: 10.1002/anie.202007111

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  4. Chemically synthesized circular RNAs with phosphoramidate linkages enable rolling circle translation

    Nakamoto Kosuke, Abe Naoko, Tsuji Genichiro, Kimura Yasuaki, Tomoike Fumiaki, Shimizu Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   56 巻 ( 46 ) 頁: 6217 - 6220   2020年6月

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    出版者・発行元:Chemical Communications  

    DOI: 10.1039/d0cc02140g

    Web of Science

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  5. Translational control by secondary-structure formation in mRNA in a eukaryotic system

    Kawaguchi Daisuke, Shimizu Saaya, Abe Naoko, Hashiya Fumitaka, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS   39 巻 ( 1-3 ) 頁: 195 - 203   2020年2月

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    出版者・発行元:Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids  

    DOI: 10.1080/15257770.2019.1671593

    Web of Science

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  6. Intracellular Delivery of Antisense DNA and siRNA with Amino Groups Masked with Disulfide Units

    Shu Zhaoma, Ota Azumi, Takayama Yukiya, Katsurada Yuri, Kusamori Kosuke, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Tada Seiichi, Ito Yoshihiro, Nishikawa Makiya, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN   68 巻 ( 2 ) 頁: 129 - 132   2020年2月

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  7. Intracellular build-up RNAi with single-strand circular RNAs as siRNA precursors

    Kimura Yasuaki, Shu Zhaoma, Ito Mika, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   56 巻 ( 3 ) 頁: 466 - 469   2020年1月

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    出版者・発行元:Chemical Communications  

    DOI: 10.1039/c9cc04872c

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    PubMed

  8. N-6-methyl adenosine in siRNA evades immune response without reducing RNAi activity

    Imaeda Akihiro, Tomoike Fumiaki, Hayakawa Mayu, Nakamoto Kosuke, Kimura Yasuaki, Abe Naoko, Abe Hiroshi

    NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS   38 巻 ( 12 ) 頁: 972 - 979   2019年12月

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    出版者・発行元:Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids  

    DOI: 10.1080/15257770.2019.1641205

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  9. Disulfide-Unit Conjugation Enables Ultrafast Cytosolic Internalization of Antisense DNA and siRNA

    Shu Zhaoma, Tanaka Iku, Ota Azumi, Fushihara Daichi, Abe Naoko, Kawaguchi Saki, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Tada Seiichi, Ito Yoshihiro, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   58 巻 ( 20 ) 頁: 6611 - 6615   2019年5月

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    出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    DOI: 10.1002/anie.201900993

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  10. A Covalent Inhibitor for Glutathione S-Transferase Pi (GSTP(1-1)) in Human Cells

    Shishido Yuko, Tomoike Fumiaki, Kuwata Keiko, Fujikawa Haruka, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Kameda Tomoshi, Abe Naoko, Kimura Yasuaki, Shuto Satoshi, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   20 巻 ( 7 ) 頁: 900 - 905   2019年4月

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    出版者・発行元:ChemBioChem  

    DOI: 10.1002/cbic.201800671

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  11. Preparation of Circular RNA In Vitro

    Abe Naoko, Kodama Ayumi, Abe Hiroshi

    CIRCULAR RNAS: METHODS AND PROTOCOLS   1724 巻   頁: 181 - 192   2018年

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    出版者・発行元:Methods in Molecular Biology  

    DOI: 10.1007/978-1-4939-7562-4_15

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  12. Chemical ligation of oligonucleotides using an electrophilic phosphorothioester

    Maruyama Hideto, Oikawa Ryota, Hayakawa Mayu, Takamori Shono, Kimura Yasuaki, Abe Naoko, Tsuji Genichiro, Matsuda Akira, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   45 巻 ( 12 ) 頁: 7042 - 7048   2017年7月

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    出版者・発行元:Nucleic Acids Research  

    DOI: 10.1093/nar/gkx459

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  13. 環状RNAを用いたローリングサークル型翻訳反応

    阿部 奈保子, 阿部 洋

    生物物理   57 巻 ( 1 ) 頁: 5 - 10   2017年

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    出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会  

    <p>In an <i>E. coli</i> cell-free translation system, we found that a circular RNA containing an infinite open reading frame produced more translation product than its linear counterpart by two orders of magnitude, because a ribosome can work more effectively towards the elongation on circular RNA than it can on linear RNA. We then tested circular RNAs containing an infinite open reading frame could be translated in eukaryotic systems, in the absence of any particular element for internal ribosome entry, a poly-A tail, or a cap structure. We found that the circular RNAs also produced long peptides in eukaryotic translation systems, possibly owing to the rolling circle amplification mechanism.</p>

    DOI: 10.2142/biophys.57.005

    CiNii Article

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科研費 1

  1. 真核系における環状RNA翻訳反応の機構解析

    研究課題/研究課題番号:18K14357  2018年4月 - 2021年3月

    若手研究

    阿部 奈保子

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4160000円 ( 直接経費:3200000円 、 間接経費:960000円 )

    真核生物のmRNAは5’末端にキャップ構造、3’末端側にアデニンが連続したポリA鎖という特殊な構造を持つ。キャップに結合する翻訳開始因子であるeIF4EにeIF4Gが結合し、ポリA鎖に結合するタンパク質であるPABPがeIF4Gと相互作用する。このmRNAの環状複合体形成は、mRNAの安定化やリボソームのリサイクル促進による翻訳反応効率化に寄与することが知られている。本研究ではこの環状構造形成を2次元的に模倣することでRNAの翻訳効率を上昇させられないかと考えた。2つのUTR間で塩基対を形成しうるmRNA, ds_Rlucを設計・合成し、2つのコントロール配列ss_Rluc, cap-polyA_Rlucととも真核生物無細胞翻訳系(ウサギ網状赤血球溶解液)にてこれらを翻訳し、ルシフェラーゼアッセイ法によりその効率を比較した。その結果、ss_Rlucに比較し、ds_Rlucからはおよそ3倍の翻訳産物が生じた。加えて、ds_Rlucは、5‘キャップ構造及びポリA鎖を持つcap-polyA_Rlucとほぼ同等の翻訳効率を示した。続いてds_Rluc,およびss_Rlucの翻訳液中での安定性を評価した結果、安定性は同程度であり両者に差はなかった。これらの実験結果から、UTR間で塩基対を形成することで環状構造を取りうるds_Rlucの遺伝子発現効率が上昇したこと、およびその効率上昇はRNAの安定性向上に起因しないことが分かった。期待したとおり、mRNAが環状構造を取ることによりリボソームのリサイクリングが促進された可能性が示唆された。本研究結果を学術雑誌 Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 1-9(2019) に発表した。
    環状RNA上の連続的翻訳反応に必要とされる配列要因の解明が、予期していたより困難であった。加えて、長鎖直鎖状RNA(1000ヌクレオチド程度)の酵素を用いた環状化反応を試みた際、条件の検討を行っても困難であった。
    長鎖RNA(1000ヌクレオチド程度)の効率的合成法、特にリガーゼを用いた連結方法の確立を試みる。これにより、近年多くの存在が明らかになってきた、内因性環状RNAの機能解明に貢献する。