2023/10/12 更新

写真a

ハシヤ フミタカ
橋谷 文貴
HASHIYA Fumitaka
所属
物質科学国際研究センター 助教
大学院担当
大学院理学研究科
職名
助教

学位 1

  1. 理学博士 ( 2019年3月   京都大学 ) 

研究キーワード 4

  1. ヌクレオソーム

  2. 生化学

  3. 核酸化学

  4. ケミカルバイオロジー

研究分野 1

  1. ライフサイエンス / 分子生物学

経歴 2

  1. 名古屋大学   物質科学国際研究センター   助教

    2019年7月

  2. 名古屋大学   名古屋大学物質理学研究科   研究員

    2019年4月 - 2019年7月

学歴 3

  1. 京都大学   理学研究科

    2016年4月 - 2019年3月

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    備考: 博士後期課程

  2. 京都大学   理学研究科

    2014年4月 - 2016年3月

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    備考: 博士前期課程

  3. 京都大学   理学部

    2010年4月 - 2014年3月

所属学協会 5

  1. 日本分子生物学会   会員

    2022年10月

  2. 日本光生物・光医学会

  3. 日本核酸学会

  4. 日本ケミカルバイオロジー学会

  5. 日本化学会

受賞 2

  1. 奨励賞

    2021年1月   日本光医学・光生物学会   5-ブロモウラシルと光反応を利用した新規ヌクレオソーム形成部位の特定手法

    橋谷文貴、杉山弘、阿部洋

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:日本国

  2. 大塚賞

    2021年11月   日本核酸化学会  

 

論文 24

  1. Topological capture of mRNA for silencing gene expression 査読有り 国際誌

    Lyu Fangjie, Tomita Takashi, Abe Naoko, Hiraoka Haruka, Hashiya Fumitaka, Nakashima Yuko, Kajihara Shiryu, Tomoike Fumiaki, Shu Zhaoma, Onizuka Kazumitsu, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS     2023年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/d2cc06189

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  2. The Effect of γ Phosphate Modified Deoxynucleotide Substrates on PCR Activity and Fidelity 査読有り 国際誌

    Hashiya Fumitaka, Murase Hirotaka, Chandela Akash, Hiraoka Haruka, Inagaki Masahito, Nakashima Yuko, Abe Naoko, Nakamura Mayu, Terai Goro, Kimura Yasuaki, Ando Kaori, Oka Natsuhisa, Asai Kiyoshi, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   24 巻 ( 14 ) 頁: e202200572   2023年6月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    Controlling PCR fidelity is an important issue for molecular biology and high-fidelity PCR is essential for gene cloning. In general, fidelity control is achieved by protein engineering of polymerases. In contrast, only a few studies have reported controlling fidelity using chemically modified nucleotide substrates. In this report, we synthesized nucleotide substrates possessing a modification on Pγ and evaluated the effect of this modification on PCR fidelity. One of the substrates, nucleotide tetraphosphate, caused a modest decrease in Taq DNA polymerase activity and the effect on PCR fidelity was dependent on the type of mutation. The use of deoxyadenosine tetraphosphate enhanced the A : T→G : C mutation dramatically, which is common when using Taq polymerase. Conversely, deoxyguanosine tetraphosphate (dG4P) suppressed this mutation but increased the G : C→A : T mutation during PCR. Using an excess amount of dG4P suppressed both mutations successfully and total fidelity was improved.

    DOI: 10.1002/cbic.202200572

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    PubMed

  3. Cap analogs with a hydrophobic photocleavable tag enable facile purification of fully capped mRNA with various cap structures

    Inagaki Masahito, Abe Naoko, Li Zhenmin, Nakashima Yuko, Acharyya Susit, Ogawa Kazuya, Kawaguchi Daisuke, Hiraoka Haruka, Banno Ayaka, Meng Zheyu, Tada Mizuki, Ishida Tatsuma, Lyu Pingxue, Kokubo Kengo, Murase Hirotaka, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Uchida Satoshi, Abe Hiroshi

    NATURE COMMUNICATIONS   14 巻 ( 1 ) 頁: 2657   2023年5月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Nature Communications  

    Starting with the clinical application of two vaccines in 2020, mRNA therapeutics are currently being investigated for a variety of applications. Removing immunogenic uncapped mRNA from transcribed mRNA is critical in mRNA research and clinical applications. Commonly used capping methods provide maximum capping efficiency of around 80–90% for widely used Cap-0- and Cap-1-type mRNAs. However, uncapped and capped mRNA possesses almost identical physicochemical properties, posing challenges to their physical separation. In this work, we develop hydrophobic photocaged tag-modified cap analogs, which separate capped mRNA from uncapped mRNA by reversed-phase high-performance liquid chromatography. Subsequent photo-irradiation recovers footprint-free native capped mRNA. This approach provides 100% capping efficiency even in Cap-2-type mRNA with versatility applicable to 650 nt and 4,247 nt mRNA. We find that the Cap-2-type mRNA shows up to 3- to 4-fold higher translation activity in cultured cells and animals than the Cap-1-type mRNA prepared by the standard capping method.

    DOI: 10.1038/s41467-023-38244-8

    Web of Science

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    PubMed

  4. Development of an Electric Pegboard (e-Peg) for Hand Dexterity Improvement and Cognitive Rehabilitation: A Preliminary Study 査読有り

    Okahashi Sayaka, Sakamoto Kenta, Hashiya Fumitaka, Kumasaka Keisuke, Yamaguchi Taro, Seiyama Akitoshi, Utsumi Jun

    ADVANCED BIOMEDICAL ENGINEERING   12 巻 ( 0 ) 頁: 81 - 90   2023年

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    記述言語:英語   出版者・発行元:Advanced Biomedical Engineering  

    Fine motor dysfunction and cognitive impairments commonly develop after stroke, which great-ly impact the daily lives of patients. In current occupational therapy, hand dexterity and cognitive functions are evaluated individually (e.g., by manipulation of small objects with fingers, or a paper-and-pencil test), which is insufficient for therapists to grasp the total ability of combined dexterity and cognition in everyday situations. Additionally, the traditional methods require a tester to measure the completion time manually and tend to be monotonous for patients. These problems would be solved using technology. This study aimed to develop a new electric pegboard (e-Peg) prototype and to investigate preliminary utility in healthy adults. The system judges the peg insertion accuracy based on magnetism and records the time course and scores, which are linked to human object manipulation ability. The e-Peg executes three types of tasks: a basic color matching task (BT), a color comparison task using a pattern sheet (CT), and a visual memory task (MT), with one/two-color sample patterns. Six older and nine younger healthy adults performed the e-Peg tasks, functional tests, and responded to questionnaires. As a result, the number of correct answers in a bicolor symmetrical MT were significantly greater in the younger group than in the older group. The older group required a significantly longer completion time for BT and CT than the younger group. Significant correlations were found between one-color BT/ CT and dexterity tests, between bicolor BT/CT and dexterity/cognitive tests, and between a bicolor MT and a cognitive test. Questionnaire results revealed that participants regarded BT/CT as easy/interesting tasks, whereas MT was considered a difficult/challenging task. In conclusion, our e-Peg is potentially a useful rehabilitation device that facilitates many tasks related to hand manipulation and attention/executive functions, and a valuable tool for personalized therapy.

    DOI: 10.14326/abe.12.81

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    CiNii Research

  5. A 2′-modified uridine analog, 2'-<i>O</i>-(methylthiomethoxy)methyl uridine, for siRNA applications 査読有り 国際誌

    Lyu Fangjie, An Seongjin, Kobayashi Yoshiaki, Nomura Kohei, Baba Rintaro, Abe Naoko, Hiraoka Haruka, Hashiya Fumitaka, Shu Zhaoma, Ui-Tei Kumiko, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   74 巻   頁: 128939 - 128939   2022年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    The medicinal applications of siRNAs have been intensively examined but are still hindered by their low molecular stability under biological conditions and off-target effects, etc. The introduction of chemical modifications to the nucleoside is a promising strategy for solving these limitations. Herein, we describe the development of a new uridine analog, U*, that has a (methylthiomethoxy)methoxy group at the 2′ position. The phosphoramidite reagent corresponding to U* was easily synthesized and the RNA oligonucleotides containing U* were stably prepared using a standard protocol for oligonucleotide synthesis. The introduction of U* into the siRNA resulted in positive or negative effects on the targeted gene silencing in a position-dependent manner, and the positive effects were attributed to the improved stability under biological conditions. The thermodynamic analysis of the U*-modified RNAs revealed a slight destabilization of the dsRNA, based depending on which U was strategically utilized to restrain the off-target effects of the siRNA. This study describes a rare example of nucleoside analogs with a large substitution at the 2′-position in the context of an siRNA application and is informative for the development of other analogs to further improve the molecular properties of siRNAs for medicinal applications.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2022.128939

    Web of Science

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    PubMed

  6. Cap analogs with a hydrophobic photocleavable tag enable facile purification of fully capped mRNA with various cap structures.

    Masahito Inagaki, Naoko Abe, Zhenmin Li, Yuko Nakashima, Susit Acharyya, Kazuya Ogawa, Daisuke Kawaguchi, Haruka Hiraoka, Ayaka Banno, Zheyu Meng, Mizuki Tada, Tatsuma Ishida, Pingxue Lyu, Kengo Kokubo, Hirotaka Murase, Fumitaka Hashiya, Yasuaki Kimura, Satoshi Uchida, Hiroshi Abe

        2022年9月

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    出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)  

    Removing immunogenic uncapped mRNA from in vitro transcribed mRNA is critical in mRNA research and clinical applications. Commonly used capping methods provide a maximum capping efficiency of around 80-90% for widely used Cap-0- and Cap-1-type mRNAs. However, uncapped and capped mRNA possesses almost identical physicochemical properties, posing challenges to their physical separation. Herein, we developed hydrophobic photocaged tag-modified cap analogs, which separated capped mRNA from uncapped mRNA by reversed-phase HPLC. Subsequent photo-irradiation recovers footprint-free native capped mRNA. This approach provided 100% capping efficiency even in Cap-2-type mRNA with versatility applicable to 650 nt and 4,247 nt mRNA. The Cap-2-type mRNA showed up to 3 to 4-fold higher translational activity in cultured cells and animals than mRNA prepared by the standard capping method. Notably, the purification process simultaneously removed immunogenic double-stranded mRNA, another major contaminant of in vitro transcribed mRNA, drastically reducing mRNA immunogenicity in cultured cells.

    DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-vfjt6

  7. Development of Fluorophosphoramidate as a Biocompatibly Transformable Functional Group and its Application as a Phosphate Prodrug for Nucleoside Analogs 査読有り 国際誌

    Yoshida Yuki, Zheng Ti, Tanabe Wataru, Tomoike Fumiaki, Hashiya Fumitaka, Suzuki Tetsuro, Hirota Shuto, Saiki Yuriko, Horii Akira, Hirayama Akiyoshi, Soga Tomoyosi, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMMEDCHEM   17 巻 ( 17 ) 頁: e202200188   2022年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemMedChem  

    Synthetic phosphate-derived functional groups are important for controlling the function of bioactive molecules in vivo. Herein we describe the development of a new type of biocompatible phosphate analog, a fluorophosphoramidate (FPA) functional group that has characteristic P-F and P-N bonds. We found that FPA with a primary amino group was relatively unstable in aqueous solution and was converted to a monophosphate, while FPA with a secondary amino group was stable. Furthermore, by improving the molecular design of FPA, we developed a reaction in which a secondary amino group is converted to a primary amino group in the intracellular environment and clarified that the FPA group functions as a phosphate prodrug of nucleoside. Various FPA-gemcitabine derivatives were synthesized and their toxicity to cancer cells were evaluated. One of the FPA-gemcitabine derivatives showed superior toxicity compared with gemcitabine and its ProTide prodrug, which methodology is widely used in various nucleoside analogs, including anti-cancer and anti-virus drugs.

    DOI: 10.1002/cmdc.202200188

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  8. Complete Chemical Synthesis of Minimal Messenger RNA by Efficient Chemical Capping Reaction 査読有り 国際誌

    Abe Naoko, Imaeda Akihiro, Inagaki Masahito, Li Zhenmin, Kawaguchi Daisuke, Onda Kaoru, Nakashima Yuko, Uchida Satoshi, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    ACS CHEMICAL BIOLOGY   17 巻 ( 6 ) 頁: 1308 - 1314   2022年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACS Chemical Biology  

    Site-specific chemical modification of mRNA can improve its translational efficiency and stability. For this purpose, it is desirable to develop a complete chemical synthesis method for chemically modified mRNA. The key is a chemical reaction that introduces a cap structure into the chemically synthesized RNA. In this study, we developed a fast and quantitative chemical capping reaction between 5′-phosphorylated RNA and N7-methylated GDP imidazolide in the presence of 1-methylimidazole in the organic solvent dimethyl sulfoxide. It enabled quantitative preparation of capping RNA within 3 h. We prepared chemically modified 107-nucleotide mRNAs, including N6-methyladenosine, insertion of non-nucleotide linkers, and 2′-O-methylated nucleotides at the 5′ end and evaluated their effects on translational activity in cultured HeLa cells. The results showed that mRNAs with non-nucleotide linkers in the untranslated regions were sufficiently tolerant to translation and that mRNAs with the Cap_2 structure had higher translational activity than those with the Cap_0 structure.

    DOI: 10.1021/acschembio.1c00996

    Web of Science

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    PubMed

  9. Antisense Oligonucleotide Modified with Disulfide Units Induces Efficient Exon Skipping in <i>mdx</i> Myotubes through Enhanced Membrane Permeability and Nucleus Internalization 査読有り 国際誌

    Hiraoka Haruka, Shu Zhaoma, Tri Le Bao, Masuda Keiko, Nakamoto Kosuke, Fangjie Lyu, Abe Naoko, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Shimizu Yoshihiro, Veedu Rakesh N., Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   22 巻 ( 24 ) 頁: 3437 - 3442   2021年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    We have found that antisense oligonucleotides and siRNA molecules modified with repeat structures of disulfide units can be directly introduced into the cytoplasm and exhibit a suppressive effect on gene expression. In this study, we analyzed the mechanism of cellular uptake of these membrane-permeable oligonucleotides (MPONs). Time-course analysis by confocal microscopy showed that the uptake of MPONs from the plasma membrane to the cytoplasm reached 50 % of the total uptake in about 5 min. In addition, analysis of the plasma membrane proteins to which MPONs bind, identified several proteins, including voltage-dependent anion channel. Next, we analyzed the behavior of MPONs in the cell and found them to be abundant in the nucleus as early as 24 h after addition with the amount increasing further after 48 and 72 h. The amount of MPONs was 2.5-fold higher than that of unmodified oligonucleotides in the nucleus after 72 h. We also designed antisense oligonucleotides and evaluated the effect of MPONs on mRNA exon skipping using DMD model cells; MPONs caused exon skipping with 69 % efficiency after 72 h, which was three times higher than the rate of the control. In summary, the high capacity for intracytoplasmic and nuclear translocation of MPONs is expected to be useful for therapeutic strategies targeting exon skipping.

    DOI: 10.1002/cbic.202100413

    Web of Science

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  10. Completely Chemically Synthesized Long DNA Can be Transcribed in Human Cells

    Yamaoka Kazuki, Oikawa Ryota, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   22 巻 ( 23 ) 頁: 3273 - 3276   2021年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    Chemical ligation reaction of DNA is useful for the construction of long functional DNA using oligonucleotide fragments that are prepared by solid phase chemical synthesis. However, the unnatural linkage structure formed by the ligation reaction generally impairs the biological function of the resulting ligated DNA. We achieved the complete chemical synthesis of 78 and 258 bp synthetic DNAs via multiple chemical ligation reactions with phosphorothioate and haloacyl-modified DNA fragments. The latter synthetic DNA, coding shRNA for luciferase genes with a designed truncated SV promoter sequence, successfully induced the expected gene silencing effect in HeLa cells.

    DOI: 10.1002/cbic.202100312

    Web of Science

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  11. Variety of Nucleotide Polymerase Mutants Aiming to Synthesize Modified RNA

    Ohashi Sana, Hashiya Fumitaka, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   22 巻 ( 14 ) 頁: 2398 - 2406   2021年7月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    Significant efforts have been made to develop therapeutic RNA aptamers that exploit synthetic RNA to capture target molecules. However, ensuring RNA aptamers are resistant against intrinsic nucleases remains an issue and restricts their use as therapeutics. Introduction of chemical modifications to the 2′ sugar moiety of RNA improves their stability effectively and can be achieved by chemical synthesis using modified phosphoramidites; however, this approach is not suitable for preparing long RNA molecules. Although recombinant nucleotide polymerases can transcribe RNA, these polymerases cannot synthesize modified RNA because they do not recognize 2′ modified nucleoside triphosphates. In this review, we focus on several polymerase mutants that tolerate substrates containing modifications of the 2′ sugar moiety to synthesize RNA, and the problems that must be overcome to prepare chemically modified RNA with high efficacy by in vitro transcription.

    DOI: 10.1002/cbic.202100004

    Web of Science

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  12. A novel method for locating nucleosomes by exploiting 5-bromouracil, pyrene-modified histone, and photoirradiation 査読有り

    Fumitaka Hashiya, Hiroshi Sugiyama

    Photomedicine and Photobiology   42 巻   頁: 13 - 16   2021年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  13. Direct Observation of Dynamic Interactions between Orientation-Controlled Nucleosomes in a DNA Origami Frame 国際誌

    Feng Yihong, Hashiya Fumitaka, Hidaka Kumi, Sugiyama Hiroshi, Endo Masayuki

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL   26 巻 ( 66 ) 頁: 15282 - 15289   2020年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemistry - A European Journal  

    The nucleosome is one of the most fundamental units involved in gene expression and consequent cell development, differentiation, and expression of cell functions. We report here a method to place reconstituted nucleosomes into a DNA origami frame for direct observation using high-speed atomic-force microscopy (HS-AFM). By using this method, multiple nucleosomes can be incorporated into a DNA origami frame and real-time movement of nucleosomes can be visualized. The arrangement and conformation of nucleosomes and the distance between two nucleosomes can be designed and controlled. In addition, four nucleosomes can be placed in a DNA frame. Multiple nucleosomes were well accessible in each conformation. Dynamic movement of the individual nucleosomes were precisely monitored in the DNA frame, and their assembly and interaction were directly observed. Neither mica surface modification nor chemical fixation of nucleosomes is used in this method, meaning that the DNA frame not only holds nucleosomes, but also retains their natural state. This method offers a promising platform for investigating nucleosome interactions and for studying chromatin structure.

    DOI: 10.1002/chem.202003071

    Web of Science

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  14. Phosphorothioate Modification of mRNA Accelerates the Rate of Translation Initiation to Provide More Efficient Protein Synthesis 国際誌

    Kawaguchi Daisuke, Kodama Ayumi, Abe Naoko, Takebuchi Kei, Hashiya Fumitaka, Tomoike Fumiaki, Nakamoto Kosuke, Kimura Yasuaki, Shimizu Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   59 巻 ( 40 ) 頁: 17403 - 17407   2020年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    Messenger RNAs (mRNAs) with phosphorothioate modification (PS-mRNA) to the phosphate site of A, G, C, and U with all 16 possible combinations were prepared, and the translation reaction was evaluated using an E. coli cell-free translation system. Protein synthesis from PS-mRNA increased in 12 of 15 patterns when compared with that of unmodified mRNA. The protein yield increased 22-fold when the phosphorothioate modification at A/C sites was introduced into the region from the 5′-end to the initiation codon. Single-turnover analysis of PS-mRNA translation showed that phosphorothioate modification increases the number of translating ribosomes, thus suggesting that the rate of translation initiation (rate of ribosome complex formation) is positively affected by the modification. The method provides a new strategy for improving translation by using non-natural mRNA.

    DOI: 10.1002/anie.202007111

    Web of Science

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  15. A synthetic transcription factor pair mimic for precise recruitment of an epigenetic modifier to the targeted DNA locus. 国際誌

    Yu Z, Ai M, Samanta SK, Hashiya F, Taniguchi J, Asamitsu S, Ikeda S, Hashiya K, Bando T, Pandian GN, Isaacs L, Sugiyama H

    Chemical communications (Cambridge, England)   56 巻 ( 15 ) 頁: 2296 - 2299   2020年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/c9cc09608f

    PubMed

  16. Translational control by secondary-structure formation in mRNA in a eukaryotic system 国際誌

    Kawaguchi Daisuke, Shimizu Saaya, Abe Naoko, Hashiya Fumitaka, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS   39 巻 ( 1-3 ) 頁: 195 - 203   2020年2月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids  

    Eukaryotic mRNA has a cap structure at the 5′ end and a poly(A) tail at the 3′ end. The cap and poly(A) tail form a complex with multiple translation factors, and mRNA forms a circularized structure called a closed-loop model. This circularized structure reportedly not only stabilizes mRNA but also promotes ribosome recycling during translation, which improves translation efficiency. We designed an artificial mRNA that forms a circularized structure without a cap structure and poly(A) tail and found that its translational efficiency was improved compared with that of a sequence without the circularized structure in a eukaryotic translation system.

    DOI: 10.1080/15257770.2019.1671593

    Web of Science

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    PubMed

  17. Electron injection from mitochondrial transcription factor A to DNA associated with thymine dimer photo repair. 査読有り 国際誌

    Hashiya F, Ito S, Sugiyama H

    Bioorganic & medicinal chemistry   27 巻 ( 2 ) 頁: 278 - 284   2019年1月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bmc.2018.11.044

    PubMed

  18. Approach to the Investigation of Nucleosome Structure by Using the Highly Emissive Nucleobase <sup>th</sup> dG-tC FRET Pair. 国際誌

    Han JH, Park S, Hashiya F, Sugiyama H

    Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)   24 巻 ( 64 ) 頁: 17091 - 17095   2018年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/chem.201803382

    PubMed

  19. Direct Observation of H3-H4 Octasome by High-Speed AFM. 国際誌

    Zou T, Hashiya F, Wei Y, Yu Z, Pandian GN, Sugiyama H

    Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)   24 巻 ( 60 ) 頁: 15998 - 16002   2018年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/chem.201804010

    PubMed

  20. Biomimetic Artificial Epigenetic Code for Targeted Acetylation of Histones. 国際誌

    Taniguchi J, Feng Y, Pandian GN, Hashiya F, Hidaka T, Hashiya K, Park S, Bando T, Ito S, Sugiyama H

    Journal of the American Chemical Society   140 巻 ( 23 ) 頁: 7108 - 7115   2018年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/jacs.8b01518

    PubMed

  21. A novel detection technique of polyamide binding sites by photo-induced electron transfer in (Br)U substituted DNA. 招待有り 査読有り

    Chemical Communications   51 巻 ( 77 ) 頁: 14485 - 14488   2015年10月

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    記述言語:英語  

  22. Locating the uracil-5-yl radical formed upon photoirradiation of 5-bromouracil-substituted DNA. 招待有り 査読有り

    Nucleic acids research   42 巻 ( 22 ) 頁: 13469 - 13473   2014年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  23. Sequence-specific DNA alkylation and transcriptional inhibition by long-chain hairpin pyrrole-imidazole polyamide-chlorambucil conjugates targeting CAG/CTG trinucleotide repeats. 招待有り 査読有り

    Bioorganic & medicinal chemistry.   22 巻 ( 17 ) 頁: 4646 - 4657   2014年9月

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    記述言語:英語  

  24. Sequence-specific electron injection into DNA from an intermolecular electron donor. 査読有り

    Hironobu Morinaga, Tomohiro Takenaka, Fumitaka Hashiya, Seiichiro Kizaki, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama.

    Nucleic acids research   41 巻 ( 8 ) 頁: 4724 - 4728   2013年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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講演・口頭発表等 50

  1. Chemically modified PCR primer aiming accurate and efficient DNA assembly 国際会議

    Fumitaka Hashiya, Kaoru Onda, Kohei Nomura, Gao Yiuno, Hirotaka Murase, Kosuke Nakamoto, Masahito Inagaki, Haruka Hiraoka, Naoko Abe, Yasuaki Kimura, Natsuhisa Oka, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Hiroshi Abe

    2021年11月11日 

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    開催年月日: 2021年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  2. 5-ブロモウラシルと光反応を利用した新規ヌクレオソーム形成部位の特定手法 招待有り

    橋谷文貴、杉山弘、阿部洋

    第42回日本光医学・光生物学会  2021年1月22日 

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    開催年月日: 2021年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  3. 光照射による細胞内ビルドアップ制御を志向したポスト切断PCRプライマーの開発

    平岡陽花、村瀬裕貴、阿部奈保子、吉田祐希、橋谷文貴、阿部洋

    日本薬学会第143年会 

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  4. 光反応性保護基をもつキャップ化合物を利用した高純度キャップ化mRNA調製法の開発

    ○阿部 奈保子、稲垣 雅仁、Li Zhenmin、中嶋 裕子、Acharyya Susit、平岡 陽花、橋谷 文貴、木村 康明、内田 智士、阿部 洋

    日本薬学会第143年会 

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:ポスター発表  

  5. 人工mRNA調製を可能にする新規化学リン酸化試薬の開発

    乙竹真美、恩田馨、稲垣雅仁、阿部奈保子、橋谷文貴、木村康明、阿部洋

    日本薬学会第143年会 

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  6. Genome scale DNA assembly using modified primers

    〇橋谷 文貴・恩田 馨・野村 浩平・Gao Yiuno・村瀬 裕貴・中本 航介・稲垣 雅仁・平岡 陽花・阿部 奈保子・木村 康明・岡 夏央・寺井 悟朗・浅井 潔・阿部 洋

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  7. 完全キャップ化メッセンジャーRNAの製造を可能にする共転写用PureCapアナログの開発

    ○稲垣 雅仁1・阿部 奈保子1・Zhenmin Li1・中嶋 裕子1,2・Susit Acharyya1・小川 和哉1・川口 大輔1・平岡 陽花1・坂野 文香1・Zheyu Meng1・多田 瑞紀1・石田 竜真1・Pingxue Lyu1・小久保 建吾1・村瀬 裕貴1・橋谷 文貴2・木村 康明1・内田 智士3,4・阿部 洋

    日本化学会 第103回春季年会 

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  8. Development of a DNA assembly technology using modified nucleic acids

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  9. 化学修飾プライマーとライゲーション反応を用いたランダム配列を有するDNAライブラリーの構築

    ○高橋 南帆、野村 浩平、恩田 馨、鈴木 大輔、村瀬 裕貴、稲垣 雅仁、平岡 陽花、阿部 奈保子、橋谷 文貴、木村 康明、阿部 洋

    日本化学会 第103回春季年会 

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    開催年月日: 2023年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  10. 化学修飾プライマーを用いた任意の接着末端作成と長鎖DNAの連結

    橋谷 文貴・恩田 馨・野村 浩平・Gao Yiuno・村瀬 裕貴・中本 航介・稲垣 雅仁・平岡 陽花・阿部 奈保子・木村 康明・岡 夏央・寺井 悟朗・浅井 潔・阿部 洋

    第45回日本分子生物学会年会 

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    開催年月日: 2022年11月 - 2022年12月

    会議種別:ポスター発表  

  11. 長鎖DNAの細胞内ビルドアップを志向した、細胞内光切断が可能なポスト切断PCRプライマーの開発

    平岡陽花、村瀬裕貴、阿部奈保子、吉田祐希、橋谷文貴、阿部洋

    第45回日本分子生物学会年会 

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    開催年月日: 2022年11月 - 2022年12月

    会議種別:ポスター発表  

  12. フルオロリン酸アミデート基を用いた新規リン酸プロドラッグの開発

    吉田 祐希・Ti Zheng・田辺 航・友池 史明・橋谷 文貴・廣田 嵩人・齋木 由利子・堀井 明・木村 康明・阿部 洋

    第39回メディシナルケミストリーシンポジウム 

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:ポスター発表  

  13. 新規2′修飾核酸によるsiRNAの標的特異性の向上

    馬場 麟太郎・野村浩平・阿部 奈保子・安 成鎮・小林 芳明・程 久美子・橋谷 文貴・木村 康明・阿部 洋

    第39回メディシナルケミストリーシンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:ポスター発表  

  14. 化学修飾プライマーを利用したゲノムスケールDNAアセンブリ

    橋谷 文貴・恩田 馨・野村 浩平・Gao Yiuno・村瀬 裕貴・中本 航介・稲垣 雅仁・平岡 陽花・阿部 奈保子・木村 康明・岡 夏央・寺井 悟朗・浅井 潔・阿部 洋

    第17回無細胞生命科学研究会 

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  15. Complete Chemical Synthesis of Minimal Messenger RNA by Efficient Chemical Capping Reaction 国際会議

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:ポスター発表  

  16. 化学修飾プライマーを利用した突出末端作成とDNA連結

    橋谷 文貴・恩田 馨・野村 浩平・Gao Yiuno・村瀬 裕貴・中本 航介・稲垣 雅仁・平岡 陽花・阿部 奈保子・木村 康明・岡 夏央・寺井 悟朗・浅井 潔・阿部 洋

    中部化学関係学協会支部連合秋季大会 

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  17. フルオロリン酸アミデート基を用いた新規リン酸プロドラッグの開発 国際会議

    吉田 祐希・Ti Zheng・田辺 航・友池 史明・橋谷 文貴・廣田 嵩人・齋木 由利子・堀井 明・木村 康明・阿部 洋

    ISNAC2022 第49回国際化学シンポジウム 日本核酸化学会第6回年会 

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:ポスター発表  

  18. Complete Chemical Synthesis of mRNA by Chemical Capping Reaction 国際会議

    Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Akihiro Imaeda, Masahito Inagaki, Fumitaka Hashiya, Satoshi Uchida, Hiroto Iwai, Masakazu Honma, Junichiro Yamamoto, Hiroshi Abe

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  19. 3'チオ化核酸の合成と新規長鎖オリゴ核酸合成法開発

    加瀬光希弥、稲垣雅仁、平岡陽花、橋谷文貴、阿部奈保子、木村康明、阿部洋

    日本化学会CSJ化学フェスタ 

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    開催年月日: 2022年10月

    会議種別:ポスター発表  

  20. mRNAの化学修飾位置の特定技術の開発

    大橋咲南、橋谷文貴、阿部洋

    「細胞を創る」研究会15.0 

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    開催年月日: 2022年10月

    会議種別:ポスター発表  

  21. 長鎖DNAの細胞内ビルドアップを志向したポスト切断PCRプライマー

    平岡陽花、村瀬裕貴、阿部奈保子、吉田祐希、橋谷文貴、阿部洋

    「細胞を創る」研究会15.0 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年10月

    会議種別:ポスター発表  

  22. 3´修飾核酸を用いた新規アセンブリ技術開発

    加瀬光希弥、稲垣雅仁、平岡陽花、橋谷文貴、阿部奈保子、木村康明、阿部洋

    学際統合物質機構 若手の会 

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    開催年月日: 2022年10月

    会議種別:ポスター発表  

  23. mRNAの化学修飾位置の特定技術の開発

    大橋咲南、橋谷文貴、阿部洋

    学際統合物質機構 若手の会 

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    開催年月日: 2022年10月

    会議種別:ポスター発表  

  24. メッセンジャーRNAの完全化学合成と構造活性相関研究

    MENG Zheyu、阿部奈保子、稲垣雅人、LI Zhenmin中嶋裕子、橋谷文貴 、木村 康明、阿部洋

    第43回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム 

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    開催年月日: 2022年10月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  25. ポリメラーゼの基質として機能する四リン酸核酸誘導体の合成および評価

    中村真由、稲垣雅仁、橋谷文貴、木村康明、阿部洋

    第16回バイオ関連化学シンポジウム 

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    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:ポスター発表  

  26. 3’チオ化オリゴ核酸を用いた長鎖DNAアセンブリ技術の開発

    加瀬光希弥、稲垣雅仁、平岡陽花、橋谷文貴、木村康明、阿部洋

    第16回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:ポスター発表  

  27. mRNAの化学修飾位置の特定技術の開発

    大橋咲南、橋谷文貴、阿部洋

    第16回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:ポスター発表  

  28. 化学修飾プライマーを用いた新規DNA連結法とライブラリー構築

    野村浩平・恩田馨・鈴木大輔・村瀬裕貴・稲垣雅仁・平岡陽花・阿部奈保子・橋谷文貴・木村康明・阿部洋

    第16回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:ポスター発表  

  29. フルオロリン酸アミデート基を用いた新規リン酸プロドラッグの開発

    吉田 祐希・Ti Zheng・田辺 航・友池 史明・橋谷 文貴・廣田 嵩人・齋木 由利子・堀井 明・木村 康明・阿部 洋

    第16回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:ポスター発表  

  30. 化学的キャップ化反応を用いたmRNAの完全化学合成法の開発

    木村康明・阿部奈保子・今枝昭裕・稲垣雅仁・橋谷文貴・内田智士・岩井宏徒・本間正一・山本潤一郎・阿部洋

    第16回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  31. 化学的キャップ化反応を用いたmRNAの完全化学合成法の開発

    木村康明,阿部奈保子,今枝昭裕, 橋谷文貴, 内田智士, 岩井宏徒,  本間正一,山本潤一郎,阿部洋

    日本核酸医薬学会第7回年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年7月 - 2022年8月

    会議種別:ポスター発表  

  32. 化学修飾プライマーを用いた長鎖DNA連結技術とライブラリーの構築法

    野村浩平、恩田馨、鈴木大輔、村瀬裕貴、稲垣雅仁、平岡陽花、阿部奈保子、橋谷文貴、木村康明、阿部洋

    日本核酸医薬学会第7回年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年7月 - 2022年8月

    会議種別:ポスター発表  

  33. mRNAの化学修飾位置の特定技術の開発

    大橋咲南、橋谷文貴、阿部洋

    日本ケミカルバイオロジー学会 第16回年会 

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    開催年月日: 2022年5月 - 2022年6月

    会議種別:ポスター発表  

  34. 化学修飾プライマーを用いた長鎖DNA連結技術の開発

    野村浩平、恩田馨、鈴木大輔、Gao Yiuno、村瀬裕貴、中本航介、稲垣雅仁、平岡陽花、阿部奈保子、橋谷文貴、木村康明、阿部洋

    日本ケミカルバイオロジー学会 第16回年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年5月 - 2022年6月

    会議種別:ポスター発表  

  35. 貴金属ナノ粒子によるオリゴ核酸鎖切断反応と長鎖オリゴ核酸合成

    稲垣 雅仁、平岡 陽花、加瀬 光希弥、橋谷 文貴、阿部 奈保子、木村 康明、阿部 洋

    日本薬学会第142年会  2022年3月25日  日本薬学会

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    開催年月日: 2022年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

  36. 化学修飾プライマーを用いたゲノムスケールDNA合成技術の開発

    野村浩平・恩田馨・Gao Yiuno・村瀬裕貴・中本航介・稲垣雅仁・平岡陽花・阿部奈保子・橋谷文貴・木村康明・阿部洋

    日本薬学会第142年会  2022年3月25日  日本薬学会

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    開催年月日: 2022年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

  37. 化学キャップ化反応を用いたmRNA化学合成法の開発

    "阿部 奈保子、今枝 昭裕、木村 康明、橋谷 文貴、内田 智士、阿部 洋 "

    日本薬学会第142年会  2022年3月25日  日本薬学会

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年3月

    会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

  38. 高精度かつ高効率なDNA連結を実現する光保護化学修飾プライマー

    橋谷 文貴・恩田 馨・野村 浩平・Gao Yiuno・村瀬 裕貴・中本 航介・稲垣 雅仁・平岡 陽花・阿部 奈保子・木村 康明・岡 夏央・寺井 悟朗・浅井 潔・阿部 洋

    日本化学会第102春季年会  2022年3月24日  日本化学会

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

  39. 新規2′修飾核酸によるsiRNAの標的特異性の向上

    馬場 麟太郎・野村浩平・阿部 奈保子・安 成鎮・小林 芳明・程 久美子・橋谷 文貴・木村 康明・阿部 洋

    日本化学会第102春季年会  日本化学会

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    開催年月日: 2022年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

  40. フルオロリン酸アミデート基を用いた新規リン酸プロドラッグの開発

    吉田 祐希・Ti Zheng・田辺 航・友池 史明・橋谷 文貴・廣田 嵩人・齋木 由利子・堀井 明・木村 康明・阿部 洋

    日本化学会第102春季年会  日本化学会

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    開催年月日: 2022年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン  

  41. Chemically modified PCR primer aiming accurate and efficient DNA assembly

    Fumitaka Hashiya, Kaoru Onda, Kohei Nomura, Gao Yiuno, Hirotaka Murase, Kosuke Nakamoto, Masahito Inagaki, Haruka Hiraoka, Naoko Abe, Yasuaki Kimura, Natsuhisa Oka, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Hiroshi Abe

    2021年11月4日 

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    開催年月日: 2021年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  42. ホスホロチオエート修飾mRNAの合成とその翻訳活性

    竹渕慧、川口大輔、児玉亜有美、阿部奈保子、橋谷文貴、友池史明、中本航介、木村康明、清水義宏、阿部洋

    第52回 中部化学関係学協会支部連合秋季大会(静岡) 

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    開催年月日: 2021年10月

    会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  43. メッセンジャーRNAのチオ修飾による翻訳開始反応の促進

    阿部奈保子・川口大輔・児玉亜有実・橋谷文貴・友池史明・木村康明・清水義宏・阿部洋

    第15回バイオ関連化学シンポジウム 

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  44. 化学的手法を用いた新規ゲノムスケールDNA合成技術の開発

    野村浩平・恩田馨・Gao Yiuno・村瀬裕貴・中本航介・稲垣雅仁・平岡陽花・阿部奈保子・橋谷文貴・木村康明・阿部洋

    第15回バイオ関連化学シンポジウム 

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  45. フルオロリン酸アミデート基の開発と核酸アナログのプロドラッグへの応用

    木村康明, 吉田祐希, 友池史明,, 橋谷文貴, 鈴木哲朗, 廣田嵩人, 齋木由利子, 堀井明, 平山明由, 曽我朋義, 阿部洋

    第15回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  46. Simple chemical synthesis of adenylated RNA, a substrate for template independent RNA ligation

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    開催年月日: 2021年7月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  47. 化学修飾プライマーを活用した高効率で精密な長鎖DNAアセンブリ―法の開発

    橋谷文貴・恩田馨・野村浩平・GaoYiuno・村瀬裕貴・中本航介・稲垣雅仁・平岡陽花・阿部奈保子・木村康明・阿部洋

    日本核酸医薬学会第6年会  2021年6月27日 

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    開催年月日: 2021年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  48. 化学修飾プライマーを活用した高効率で精密な長鎖DNAアセンブリ―法の開発

    橋谷文貴・恩田馨・野村浩平・GaoYiuno・村瀬裕貴・中本航介・稲垣雅仁・平岡陽花・阿部奈保子・木村康明・阿部洋

    第15回ケミカルバイオロジー学会  2021年6月21日 

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    開催年月日: 2021年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  49. ホスホロチオエート修飾mRNAの合成とその翻訳活性

    竹渕慧、川口大輔、児玉亜有美、阿部奈保子、橋谷文貴、友池史明、中本航介、木村康明、清水義宏、阿部洋

    第15回ケミカルバイオロジー学会 

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    開催年月日: 2021年6月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

  50. フルオロリン酸アミデート基を用いた新規リン酸プロドラッグの開発

    吉田祐希・Zheng Ti・田辺航・友池史明・橋谷文貴・鈴木哲朗・廣田嵩人・齋木由利子・堀井明・平山明由・曽我朋義・木村康明・阿部洋

    第15回ケミカルバイオロジー学会 

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    開催年月日: 2021年6月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:オンライン   国名:日本国  

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科研費 1

  1. 化学修飾を利用した二本鎖切断によるクロマチンの動的変化解析

    研究課題/研究課題番号:21K14751  2021年4月 - 2024年3月

    科学研究費助成事業  若手研究

    橋谷 文貴

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4680000円 ( 直接経費:3600000円 、 間接経費:1080000円 )

    真核生物の染色体において二本鎖切断のマーカーとして挿入されるH2AXの詳細な挙動をin vitro実験にて解析する。H2AXの挙動は細胞実験から得られたものであり損傷部位への挿入メカニズムについては不明な点が多い。本研究では化学修飾を利用することで、光照射によって切断されるDNA、および挿入の検出が可能なヒストンを開発する。核抽出液存在下これらを用いてヌクレオソームを形成し、DNA光切断後のH2AXの挿入および除去を観察することでDNA損傷部位に対するH2AXの挙動とその責任タンパク質について詳しい知見を得る。
    本研究は光照射によりヌクレオソーム上のDNAに二本鎖切断を誘導し、その挙動を確認するものである。二本鎖切断は致命的なDNA損傷の一つであり細胞内でこれが起こった場合、直ちにDNA複製が停止し修復系が働くことが知られている。しかし二本鎖切断部位周辺にヒストンバリアントであるH2A.Xがリン酸化されたγH2A.Xがマーカーとして集積することはわかっているものの、詳しい集積メカニズムは不明である。これはDNA修復の研究が主に細胞を用いたin vivo実験で行われてきたことが原因であり、詳細なメカニズムを調べるにはin vitro実験系の構築が求められている。そこで光照射で切断を誘導できる化学修飾DNAを用意し、これを用いてヌクレオソームを再構成することで任意のタイミングで二本鎖切断を起こす実験系の確立を目指した。
    光照射で切断できるDNAは2’位にセレノ基とニトロベンジル基修飾を施すことで達成した。光照射によりニトロベンジル基が外れ、活性化されたセレノ基によってDNA鎖切断が誘導される。実際の切断実験から短時間の光照射で定量的に切断反応が進行することが分かった。また元々はDNAの接着末端を形成する技術であったことから、本化学修飾を用いたプラスミド構築実験を行った。こちらに関しても光照射による鎖切断により接着末端が形成され効率的なDNA連結反応が確認できた。また来年度のH2A.X置換実験を行うため、4つのヒストンモノマーに加えてH2A.Xのリコンビナントヒストンの調製および細胞核抽出液の調製を行った。
    今年度は主に光切断修飾の切断活性を行った。本研究で用いる光切断は2’位にセレノ基とニトロベンジル基修飾をもっており、光照射によってニトロベンジル基が外れることでセレノ基が活性化され鎖切断を起こす。蛍光標識したDNAオリゴを用いた実験から10分の光照射で96%が切断されることが確認でき、切断反応が定量的に起こることが分かった。本化学修飾は元々接着末端を形成する技術として開発しており、プライマーの特定の位置に配置することで任意の配列、任意の長さの接着末端を生じるPCR産物を作ることができる。よって本技術を使ったプラスミド構築実験によりその有用性を検討した。本化学修飾を有するプライマーを用いてLacZをコードしたインサートとベクターをPCR増幅し、光照射によって15 ntの接着末端を作ったのちにライゲーション反応を行った。青白判定を行った結果、72%のコロニーが青色を呈色し高い正確性でDNA断片の連結が起こったことが示唆された。
    またH2AのバリアントであるH2A.Xのリコンビナントタンパク質の作成も行った。
    加えて来年度以降の実験ではヌクレオソームの移動やヒストンモノマーの置換を行うクロマチンリモデラーが必要になる可能性が高い。いくつかのリモデラーは購入可能であるが、未知のリモデラーがH2A.Xの挿入に関与している可能性もあるため、細胞の核抽出液を利用できることが望ましい。そこで超遠心を用いた細胞核の精製とそこからのタンパク質抽出を行う態勢を整えた。
    今年度の研究から2’-Seニトロベンジル保護基を持つDNA鎖が光照射によって効率的に切断されることが分かった。よって来年度においては実際にこの化学修飾を含んだDNA鎖を用意する。配列としてはヒストン八量体と効率よく結合しヌクレオソームを形成しやすい人工配列である601配列を想定している。この際、両側の鎖の対になる部分に本化学修飾を配置し、光照射によって二本鎖切断が生じるかどうかをまず確認する。その後実際にヌクレオソームを形成し、これに対して光照射を行うことで二本鎖切断を誘導しヌクレオソーム構造に与える影響を評価する。
    その後、二本鎖切断後のH2A.Xのリクルートについて評価する。H2A.XはH2Aと比べてC末が20アミノ酸ほど長く、DNAとの結合性が比較的高いと思われる。よってまずはH2A.Xを用いてヌクレオソームを再構成し二本鎖切断による構造変化への影響を評価する。続いて二本鎖切断後のH2A.Xの挿入を確認するためH2A.X存在下、ヌクレオソームに光照射し二本鎖切断を誘導する。H2A.Xは単体で溶液中に加えると凝集するためヒストンシャペロンであるNAP1とH2A.X-H2Bヘテロダイマーの複合体として加える。H2A.Xの挿入確認はNative-PAGEによるヌクレオソームの分離精製後、SDS-PAGEによってヒストンモノマーを確認することで行う。クロマチンリモデラーが必要な場合、NAP1-H2A.X-H2B複合体の挿入が能動的に進行しない可能性が高い。よって今年度において態勢を整えた核抽出液の調製技術を用いて培養細胞からクロマチンリモデラーをふくむ抽出液を用意し、添加することも検討している。以上の実験により二本鎖切断後のH2A.X挿入において必要な因子の特定を試みる。

産業財産権 4

  1. ポリヌクレオチド連結産物の製造方法

    阿部洋、木村泰明、橋谷文貴、阿部奈保子

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    出願人:東海国立大学機構

    出願番号:2023-033032  出願日:2023年3月

  2. ポリヌクレオチド連結産物の製造方法

    阿部洋、木村泰明、橋谷文貴、阿部奈保子

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    出願人:東海国立大学機構

    出願番号:2023-033032  出願日:2023年3月

  3. ポリヌクレオチド連結産物の製造方法

    阿部洋、木村泰明、橋谷文貴、阿部奈保子

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    出願人:東海国立大学機構

    出願番号:2023-033032  出願日:2023年3月

  4. 認知機能及び手指運動機能の評価訓練用の電子ペグシステム

    岡橋さやか、橋谷文貴、井出慎吾、菅野明弘、内海潤、草場哲、山口太郎

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    出願人:一般社団法人芝蘭会

    出願番号:特願2019-83343(P2019-83343)  出願日:2019年4月

    公開番号:特開2020-178851(P2020-178851A)  公開日:2020年11月

 

担当経験のある科目 (本学) 2

  1. 基礎セミナーA

    2021

  2. 基礎セミナーA

    2020