Organization
Research Institute of Environmental Medicine Division of Stress Adaptation and Protection Lecturer
Graduate School
Graduate School of Medicine
Title
Lecturer
NAKAZAWA Yuka
Degree 1
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博士 (医学) （ 長崎大学 ）
Research Interests 11
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DNA repair, transcription coupled repair, nucleotide excision repair, human genetics
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転写共役修復
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ブロックオリゴ
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VUS
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難治性疾患
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次世代ゲノム解析
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核酸創薬
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分子細胞生物学
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マルチオミクス解析
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ゲノム生物学
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ゲノム医化学
Research Areas 5
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Environmental Science/Agriculture Science / Radiation influence / DNA修復
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Life Science / Molecular biology
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Environmental Science/Agriculture Science / Chemical substance influence on environment / DNA修復
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Life Science / Pathological biochemistry
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Life Science / Medical biochemistry
Research History 1
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名古屋大学 環境医学研究所 生体適応・防御研究部門 発生・遺伝分野 講師
2021.5
Awards 1
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名古屋大学環境医学研究所 若手優秀論文賞
2020.10 Ubiquitination of DNA Damage-Stalled RNAPII Promotes Transcription-Coupled Repair
中沢由華
Papers 36
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Transcription-coupled repair -mechanisms of action, regulation, and associated human disorders. Reviewed
Nakazawa Y, Oka Y, Matsunaga T, Ogi T
FEBS Letters 2024
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Endogenous aldehyde-induced DNA–protein crosslinks are resolved by transcription-coupled repair Reviewed
Yasuyoshi Oka, Yuka Nakazawa, Mayuko Shimada, Tomoo Ogi
Nature Cell Biology Vol. 26 ( 5 ) page： 784 - 796 2024.5
-
Deep intronic founder mutations identified in the ERCC4/XPF gene are potential therapeutic targets for a high-frequency form of xeroderma pigmentosum. Reviewed International journal
Chikako Senju*, Yuka Nakazawa*, Taichi Oso*, Mayuko Shimada, Kana Kato, Michiko Matsuse, Mariko Tsujimoto, Taro Masaki, Yasushi Miyazaki, Satoshi Fukushima, Satoshi Tateishi, Atsushi Utani, Hiroyuki Murota, Katsumi Tanaka, Norisato Mitsutake, Shinichi Moriwaki, Chikako Nishigori, Tomoo Ogi
PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) Vol. 120 ( 27 ) page： e2217423120 2023.7
-
Ubiquitination of DNA Damage-Stalled RNAPII Promotes Transcription-Coupled Repair Reviewed International coauthorship
Yuka Nakazawa, Yuichiro Hara, Yasuyoshi Oka, Okiru Komine, Diana van den Heuvel, Chaowan Guo, Yasukazu Daigaku, Mayu Isono, Yuxi He, Mayuko Shimada, Kana Kato, Nan Jia, Satoru Hashimoto, Yuko Kotani, Yuka Miyoshi, Miyako Tanaka, Akira Sobue, Norisato Mitsutake, Takayoshi Suganami, Akio Masuda, Kinji Ohno, Shinichiro Nakada, Tomoji Mashimo, Koji Yamanaka, Martijn S. Luijsterburg, Tomoo Ogi
Cell Vol. 180 ( 6 ) page： 1228 - + 2020.3
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Mutations in UVSSA cause UV-sensitive syndrome and impair RNA polymerase IIo processing in transcription-coupled nucleotide-excision repair. Reviewed International coauthorship
Nakazawa Y, Sasaki K, Mitsutake N, Matsuse M, Shimada M, Nardo T, Takahashi Y, Ohyama K, Ito K, Mishima H, Nomura M, Kinoshita A, Ono S, Takenaka K, Masuyama R, Kudo T, Slor H, Utani A, Tateishi S, Yamashita S, Stefanini M, Lehmann AR, Yoshiura KI, Ogi T§.
Nature Genetics Vol. 44 page： 586-592 2012.5
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XRCC4 deficiency in human subjects causes a marked neurological phenotype but no overt immunodeficiency. Reviewed International coauthorship
Guo C*, Nakazawa Y*, Woodbine L*, Bjorkman A, Shimada M, Fawcett H, Jia N, Ohyama K, Li TS, Nagayama Y, Mitsutake N, Pan-Hammarstrom Q, Gennery AR, Lehmann AR, Jeggo PA, Ogi T§.
Journal of Allergy and Clinical Immunology Vol. 136 page： 1007-1017 2015.10
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A rapid comprehensive assay system for DNA repair activity and cytotoxic effects of DNA damaging reagents by measuring unscheduled DNA synthesis and recovery of RNA synthesis after DNA damage. Reviewed International coauthorship
Jia N*, Nakazawa Y*, Guo C, Shimada M, Sethi M, Takahashi Y, Ueda H, Nagayama Y, Ogi T§.
Nature Protocols Vol. 10 page： 12-24 2015.1
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Malfunction of Nuclease ERCC1-XPF Results in Diverse Clinical Manifestations and Causes Cockayne Syndrome, Xeroderma Pigmentosum, and Fanconi Anemia. Reviewed International coauthorship
Kashiyama K*, Nakazawa Y*, Pilz D*, Guo C*, Shimada M, Sasaki K, Fawcett H, Wing J, Lewin S, Carr L, Li TS, Yoshiura K, Utani A, Hirano A, Yamashita S, Greenblatt D, Nardo T, Stefanini M, McGibbon D, Sarkany R, Fassihi H, Takahashi Y, Nagayama Y, Mitsutake N, Lehmann AR§, Ogi T§.
American Journal of Human Genetics Vol. 92 page： 807-819 2013.5
-
Clearance of DNA damage-arrested RNAPII is selectively impaired in Cockayne syndrome cells
Paula J. van der Meer, George Yakoub, Yuka Nakazawa, Tomoo Ogi, Martijn Luijsterburg
2024.5
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Inducing multiple nicks promotes interhomolog homologous recombination to correct heterozygous mutations in somatic cells. Reviewed International journal
Akiko Tomita, Hiroyuki Sasanuma, Tomoo Owa, Yuka Nakazawa, Mayuko Shimada, Takahiro Fukuoka, Tomoo Ogi, Shinichiro Nakada
Nature communications Vol. 14 ( 1 ) page： 5607 - 5607 2023.9
-
A case of Cockayne syndrome with unusually mild clinical manifestations. Reviewed
Tsujimoto M, Nakano E, Nakazawa Y, Kanda F, Ueda T, Ogi T, Nishigori C
Journal of Dermatology. Vol. 50 ( 4 ) page： 541 - 545 2023.4
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Aicardi-Goutières syndrome with SAMHD1 deficiency can be diagnosed by unscheduled DNA synthesis test. Reviewed International journal
Chikako Senju, Yuka Nakazawa, Mayuko Shimada, Dai Iwata, Michiko Matsuse, Katsumi Tanaka, Yasushi Miyazaki, Shinichi Moriwaki, Norisato Mitsutake, Tomoo Ogi
Frontiers in pediatrics Vol. 10 page： 1048002 - 1048002 2022.11
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Dealing with transcription-blocking DNA damage: Repair mechanisms, RNA polymerase II processing and human disorders Reviewed International coauthorship
Jia, N; Guo, CW*; Nakazawa, Y*; van den Heuvel, D*; Luijsterburg, MS; Ogi, T
DNA REPAIR Vol. 106 page： 103192 2021.10
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ELOF1 is a transcription-coupled DNA repair factor that directs RNA polymerase II ubiquitylation. Reviewed International coauthorship International journal
Yana van der Weegen, Klaas de Lint, Diana van den Heuvel, Yuka Nakazawa, Tycho E T Mevissen, Janne J M van Schie, Marta San Martin Alonso, Daphne E C Boer, Román González-Prieto, Ishwarya V Narayanan, Noud H M Klaassen, Annelotte P Wondergem, Khashayar Roohollahi, Josephine C Dorsman, Yuichiro Hara, Alfred C O Vertegaal, Job de Lange, Johannes C Walter, Sylvie M Noordermeer, Mats Ljungman, Tomoo Ogi, Rob M F Wolthuis, Martijn S Luijsterburg
Nature cell biology Vol. 23 ( 6 ) page： 595 - 607 2021.6
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Digenic mutations in ALDH2 and ADH5 impair formaldehyde clearance and cause a multisystem disorder, AMeD syndrome Reviewed
Oka Yasuyoshi, Hamada Motoharu*, Nakazawa Yuka*, Muramatsu Hideki*, Okuno Yusuke*, Higasa Koichiro*, Shimada Mayuko, Takeshima Honoka, Hanada Katsuhiro, Hirano Taichi, Kawakita Toshiro, Sakaguchi Hirotoshi, Ichimura Takuya, Ozono Shuichi, Yuge Kotaro, Watanabe Yoriko, Kotani Yuko, Yamane Mutsumi, Kasugai Yumiko, Tanaka Miyako, Suganami Takayoshi, Nakada Shinichiro, Mitsutake Norisato, Hara Yuichiro, Kato Kohji, Mizuno Seiji, Miyake Noriko, Kawai Yosuke, Tokunaga Katsushi, Nagasaki Masao, Kito Seiji, Isoyama Keiichi, Onodera Masafumi, Kaneko Hideo, Matsumoto Naomichi, Matsuda Fumihiko, Matsuo Keitaro, Takahashi Yoshiyuki, Mashimo Tomoji, Kojima Seiji, Ogi Tomoo
SCIENCE ADVANCES Vol. 6 ( 51 ) 2020.12
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Topoisomerase I -driven repair of UV -induced damage in NER-deficient cells Reviewed
Saha Liton Kumar, Wakasugi Mitsuo, Akter Salma, Prasad Rajendra, Wilson Samuel H., Shimizu Naoto, Sasanuma Hiroyuki, Huang Shar-yin Naomi, Agama Keli, Pommier Yves, Matsunaga Tsukasa, Hirota Kouji, Iwai Shigenori, Nakazawa Yuka, Ogi Tomoo, Takeda Shunichi
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA Vol. 117 ( 25 ) page： 14412-14420 2020.6
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Biallelic VPS35L pathogenic variants cause 3C/Ritscher-Schinzel-like syndrome through dysfunction of retriever complex. Reviewed
Kato K, Okuno Y, Vasilev FF, Otomo T, Oishi H, Muramatsu H, Kawano Y, Oka Y, Nakazawa Y, Ogi T, Takahashi Y, Saitoh S.
Journal of Medical genetics Vol. 117 ( 25 ) page： 14412 - 14420 2020.4
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Hailey-Hailey disease with oesophageal involvement due to a previously unreported ATP2C1 mutation.
Kono M, Kodera M, Inasaka Y, Hasegawa I, Muro Y, Nakazawa Y, Ogi T, Akiyama M
European journal of dermatology : EJD 2019.8
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JAK/STAT3 and NF-κB Signaling Pathways Regulate Cancer Stem-Cell Properties in Anaplastic Thyroid Cancer Cells. Reviewed
Vol. 29 ( 5 ) page： 674-682 2019.5
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A Japanese Case of Galli-Galli Disease due to a Previously Unreported POGLUT1 Mutation. Reviewed
Kono M, Sawada M, Nakazawa Y, Ogi T, Muro Y, Akiyama M
Acta dermato-venereologica Vol. 99 ( 4 ) page： 458 - 459 2019.1
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Functional and clinical relevance of novel mutations in a large cohort of patients with Cockayne syndrome Reviewed International coauthorship
Calmels Nadege, Botta Elena, Jia Nan, Fawcett Heather, Nardo Tiziana, Nakazawa Yuka, Lanzafame Manuela, Moriwaki Shinichi, Sugita Katsuo, Kubota Masaya, Obringer Cathy, Spitz Marie-Aude, Stefanini Miria, Laugel Vincent, Orioli Donata, Ogi Tomoo, Lehmann Alan Robert
JOURNAL OF MEDICAL GENETICS Vol. 55 ( 5 ) page： 329-343 2018.5
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Cerebellar ataxia-dominant phenotype in patients with ERCC4 mutations
Doi Hiroshi, Koyano Shigeru, Miyatake Satoko, Nakajima Shinji, Nakazawa Yuka, Kunii Misako, Tomita-Katsumoto Atsuko, Oda Kayoko, Yamaguchi Yukie, Fukai Ryoko, Ikeda Shingo, Kato Rumiko, Ogata Katsuhisa, Kubota Shun, Hayashi Noriko, Takahashi Keita, Tada Mikiko, Tanaka Kenichi, Nakashima Mitsuko, Tsurusaki Yoshinori, Miyake Noriko, Saitsu Hirotomo, Ogi Tomoo, Aihara Michiko, Takeuchi Hideyuki, Matsumoto Naomichi, Tanaka Fumiaki
JOURNAL OF HUMAN GENETICS Vol. 63 ( 4 ) page： 417-423 2018.4
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An adolescent case of xeroderma pigmentosum variant confirmed by the onset of sun exposure-related skin cancer during Crohn's disease treatment
Terada Aoi, Aoshima Masahiro, Tanizaki Hideaki, Nakazawa Yuka, Ogi Tomoo, Tokura Yoshiki, Moriwaki Shinichi
JOURNAL OF CUTANEOUS IMMUNOLOGY AND ALLERGY Vol. 1 ( 1 ) page： 23-26 2018.4
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Novel function of HATs and HDACs in homologous recombination through acetylation of human RAD52 at double-strand break sites Reviewed International coauthorship
Yasuda Takeshi, Kagawa Wataru, Ogi Tomoo, Kato Takamitsu A., Suzuki Takehiro, Dohmae Naoshi, Takizawa Kazuya, Nakazawa Yuka, Genet Matthew D., Saotome Mika, Hama Michio, Konishi Teruaki, Nakajima Nakako Izumi, Hazawa Masaharu, Tomita Masanori, Koike Manabu, Noshiro Katsuko, Tomiyama Kenichi, Obara Chizuka, Gotoh Takaya, Ui Ayako, Fujimori Akira, Nakayama Fumiaki, Hanaoka Fumio, Sugasawa Kaoru, Okayasu Ryuichi, Jeggo Penny A., Tajima Katsushi
PLOS GENETICS Vol. 14 ( 3 ) page： e1007277 2018.3
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Common TFIIH recruitment mechanism in global genome and transcription-coupled repair subpathways Reviewed
Okuda Masahiko, Nakazawa Yuka, Guo Chaowan, Ogi Tomoo, Nishimura Yoshifumi
NUCLEIC ACIDS RESEARCH Vol. 45 ( 22 ) page： 13043-13055 2017.12
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ALC1/CHD1L, a chromatin-remodeling enzyme, is required for efficient base excision repair Reviewed
Tsuda Masataka, Cho Kosai, Ooka Masato, Shimizu Naoto, Watanabe Reiko, Yasui Akira, Nakazawa Yuka, Ogi Tomoo, Harada Hiroshi, Agama Keli, Nakamura Jun, Asada Ryuta, Fujiike Haruna, Sakuma Tetsushi, Yamamoto Takashi, Murai Junko, Hiraoka Masahiro, Koike Kaoru, Pommier Yves, Takeda Shunichi, Hirota Kouji
PLOS ONE Vol. 12 ( 11 ) page： e0188320 2017.11
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Doi Ryoichiro, Tsuchiya Tomoshi, Mitsutake Norisato, Nishimura Satoshi, Matsuu-Matsuyama Mutsumi, Nakazawa Yuka, Ogi Tomoo, Akita Sadanori, Yukawa Hiroshi, Baba Yoshinobu, Yamasaki Naoya, Matsumoto Keitaro, Miyazaki Takuro, Kamohara Ryotaro, Hatachi Go, Sengyoku Hideyori, Watanabe Hironosuke, Obata Tomohiro, Niklason Laura E., Nagayasu Takeshi
SCIENTIFIC REPORTS Vol. 7 ( 1 ) page： 8447 2017.8
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An XPA gene splicing mutation resulting in trace protein expression in an elderly patient with xeroderma pigmentosum group A without neurological abnormalities. Reviewed
Takahashi Y, Endo Y, Kusaka-Kikushima A, Nakamaura S, Nakazawa Y, Ogi T, Uryu M, Tsuji G, Furue M, Moriwaki S.
Br J Dermatol Vol. 177 ( 1 ) page： 253-257 2017.5
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PCNA ubiquitylation ensures timely completion of unperturbed DNA replication in fission yeast. Reviewed International coauthorship
Daigaku Y, Etheridge TJ, Nakazawa Y, Nakayama M, Watson AT, Miyabe I, Ogi T, Osborne MA, Carr AM.
PLoS Genetics Vol. 13 ( 5 ) page： e1006789 2017.5
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A ten-year follow up of a child with mild case of xeroderma pigmentosum complementation group D diagnosed by whole genome sequencing. Reviewed
Ono R, Masaki T, Mayca Pozo F, Nakazawa Y, Swagemakers SM, Nakano E, Sakai W, Takeuchi S, Kanda F, Ogi T, van der Spek PJ, Sugasawa K, Nishigori C§.
Photodermatology Photoimmunology & Photomedicine Vol. 32 page： 174-180 2016.7
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Novel compound heterozygous DNA ligase IV mutations in an adolescent with a slowly- progressing radiosensitive-severe combined immunodeficiency. Reviewed
Tamura S, Higuchi K, Tamaki M, Inoue C, Awazawa R, Mitsuki N, Nakazawa Y, Mishima H, Takahashi K, Kondo O, Imai K, Morio T, Ohara O, Ogi T, Furukawa F, Inoue M, Yoshiura K, Kanazawa N§.
Journal of Clinical Immunology Vol. 160 page： 255-260 2015.10
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Hypomorphic PCNA mutation underlies a human DNA repair disorder. Reviewed International coauthorship
Baple EL, Chambers H, Cross HE, Fawcett H, Nakazawa Y, Chioza BA, Harlalka GV, Mansour S, Sreekantan-Nair A, Patton MA, Muggenthaler M, Rich P, Wagner K, Coblentz R, Stein CK, Last JI, Taylor AM, Jackson AP, Ogi T, Lehmann AR, Green CM§, Crosby AH§.
Journal of Clinical Investigation Vol. 124 page： 3137-3146 2014.7
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Identification of the First ATRIP-Deficient Patient and Novel Mutations in ATR Define a Clinical Spectrum for ATR-ATRIP Seckel Syndrome. Reviewed International coauthorship
Ogi T§*, Walker S*, Stiff T, Hobson, E, Limsirichaikul S, Carpenter G, Prescott K, Suri M, Byrd PJ, Matsuse M, Mitsutake N, Nakazawa Y, Vasudevan P, Barrow M, Stewart GS, Taylor AMR§, O'Driscoll M§, Jeggo PA§.
PLoS Genetics Vol. 8 page： e1002945 2012.11
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Two unrelated patients with MRE11A mutations and Nijmegen breakage syndrome-like severe microcephaly. Reviewed
Matsumoto Y, Miyamoto T, Sakamoto H, Izumi H, Nakazawa Y, Ogi T, Tahara H, Oku S, Hiramoto A, Shiiki T, Fujisawa Y, Ohashi H, Sakemi Y, Matsuura S§.
DNA Repair Vol. 10 page： 314-321 2011.3
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A semi-automated non-radioactive system for measuring recovery of RNA synthesis and unscheduled DNA synthesis using ethynyluracil derivatives. Reviewed International coauthorship
Nakazawa Y, Yamashita S, Lehmann AR, Ogi T§.
DNA Repair Vol. 9 page： 506-516 2010.5
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Three DNA polymerases, recruited by different mechanisms, carry out NER repair synthesis in human cells. Reviewed International coauthorship
Ogi T§, Limsirichaikul S*, Overmeer R*, Volker M*, Takenaka K*, Cloney R*, Nakazawa Y*, Niimi A, Miki Y, Jaspers N, Mullenders L*, Yamashita S*, Fousteri M*, Lehmann AR§.
Molecular Cell Vol. 37 page： 714-727 2010.3
Books 2
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Molecular cloning and characterisation of UVSSA, the responsible gene for UV-sensitive syndrome.
Ogi T§, Nakazawa Y, Sasaki K, Guo C, Yoshiura K, Utani A, Nagayama Y.（ Role： Joint author）
Seikagaku 2013
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「紫外線高感受性症候群.」, 別冊日本臨床 新領域別症候群シリーズ No.19 先天代謝異常症候群(第2版)(上)
荻朋男, 中沢由華, 吉浦孝一郎, 宇谷厚志, 永山雄二.（ Role： Joint author）
日本臨床社 2012
MISC 1
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長崎大学病院皮膚科・アレルギー科を受診した色素性乾皮症患者の解析と考察
鍬塚 大, 岩永 聰, 宇谷 厚志, 室田 浩之, 富村 沙織, 郡家 佑美, 中沢 由華, 荻 朋男
西日本皮膚科 Vol. 84 ( 6 ) page： 574 - 574 2022.12
Presentations 17
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転写共役修復機構の分子メカニズムとその破綻による生体影響の解明
中沢由華, 岡泰由, 森永浩伸, 何予希, 荻朋男
第45回分子生物学会年会 2022.12.2
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Coordinated ubiquitination of RPB1-K1268 and UVSSA-K414 promotes transcription-coupled nucleotide excision repair
Yuka Nakazawa
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転写と共役したDNA修復機構にはRNAPIIのユビキチン化修飾が必須である
中沢由華
第 10 回名古屋大学医学系研究科・生理学研究所合同シンポジウム
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Alterations in the RNA polymerase IIo ubiquitination cause TC-NER defect and Cockayne syndrome-like premature aging phenotype in mice
Yuka Nakazawa, Yuichiro Hara, Yasuyoshi Oka, Okiru Komine, Diana van den Heuvel, Chaowan Guo, Yasukazu Daigaku, Mayu Isono, Yuxi He, Mayuko Shimada, Kana Katoh, Nan Jia, Satoru Hashimoto, Yuko Kotani, Yuka Miyoshi, Miyako Tanaka, Akira Sobue, Norisato Mitsutake, Takayoshi Suganami, Akio Masuda, Kinji Ohno, Shinichiro Nakada, Tomoji Mashimo, Koji Yamanaka, Martijn S. Luijsterburg, Tomoo Ogi
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Alterations in RNA polymerase IIo ubiquitination cause Cockayne syndrome-like premature aging phenotype in mice due to TC-NER defect. International conference
Yuka Nakazawa
International Symposium on XP and other Nucleotide Excision Repair Didsorders
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ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患の分子病態.
中沢由華
第3回名大医薬系3部局交流シンポジウム〜岐阜薬科大学・岐阜大学G-CHAIN・ラクオリア創薬合同シンポジウム〜
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ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患群の疾患責任遺伝子変異の探索.
中沢由華、千住千佳子、岡泰由、嶋田繭子、宮崎仁美、郭朝万、賈楠、荻朋男.
第40回日本分子生物学会年会
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ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患群の病態解析と新規疾患責任遺伝子変異探索.
中沢由華, 岡泰由, 郭朝万, 賈楠, 唐田清伸, 嶋田繭子, 宮﨑仁美, 千住千佳子, 荻朋男.
第39回日本分子生物学会年会
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Screening of microcephaly cases to identify pathogenic mutations in DNA repair genes. International conference
Nakazawa Y, Oka Y, Karata K, Guo C, Lehmann AR, Ogi T.
The 10th 3R Symposium
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A Screening of Cockayne syndrome like patients identified a new class of disease associated with mutations in the XRCC4 gene. International conference
Nakazawa Y, Guo C, Woodbine L, Bjorkman A, Shimada M, Pan-Hammarstrom Q, Gennery AR, Lehmann AR, Jeggo PA, Ogi T.
10th Quinquennial Conference on Responses to DNA damage: from molecule to disease,
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ゲノム不安定性を示す難治性遺伝性疾患群の症例収集とゲノム・分子機能解析による病態解明研究
中沢由華、荻朋男、唐田清伸、郭朝万、岡泰由、 賈楠、嶋田繭子、宮崎仁美、千住千佳子
第38回日本分子生物学会年会
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XRCC4 deficiency in human subjects causes a marked neurological phenotype but no overt immunodeficiency.
Nakazawa Y, Ogi T, Guo C, Shimada M, Jia N.
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ゲノム不安定性を示す難治性遺伝性疾患群の症例収集とゲノム・分子機能解析による病態解明研究
中沢由華、荻朋男、郭朝万、唐田清伸、岡泰由、賈楠、嶋田繭子、宮崎仁美、千住千佳子
DNA複製・組換え・修復ワークショップ
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ERCC1/XPF deficiency causes three NER-deficient disorders: a patient with various symptoms of xeroderma pigmentosum, Cockayne syndrome, and Fanconi anemia. International conference
Nakazawa Y
The 9th 3R Symposium
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Characterization of new pathogenic mutations associated with radiation sensitivity and developmental abnormalities.
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Malfunction of Nuclease ERCC1-XPF Results in Diverse Clinical Manifestations and Causes Cockayne Syndrome, Xeroderma Pigmentosum, and Fanconi Anemia. International conference
Nakazawa Y
11th International Conference on Environmental Mutagens
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RNA polymerase processing in nucleotide-excision-repair-deficient genetic disorders.
Nakazawa Y
Research Project for Joint Research, Competitive Funding, etc. 4
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コケイン症候群とその類縁疾患の分子病態解明・治療法開発
2024.4 - 2027.3
難治性疾患実用化研究事業
中沢由華
Authorship：Principal investigator
（ Direct Cost: \30000000 ）
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ゲノム不安定性疾患に対するスプライシング異常を引き起こすVUSの人工核酸を用いた網羅的検証と創薬ターゲットの導出
Grant number：20ak0101146 2020.12 - 2023.3
創薬基盤推進研究事業
中沢由華
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
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ゲノム不安定性疾患群を中心とした超希少難治性疾患の原因究明・病態理解とマルチオミクス情報を活用した創薬基盤の構築・運営
2023.9 - 2026.3
難治性疾患実用化研究事業
荻朋男
Authorship：Coinvestigator(s)
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ゲノム不安定性疾患群を中心とした希少難治性疾患の次世代マルチオミクス解析拠点構築
2020.4 - 2023.3
難治性疾患実用化研究事業
荻朋男
Authorship：Coinvestigator(s) Grant type：Competitive
KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 9
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転写共役DNA修復の分子機構と老化関連疾患の分子病態解明
2023.4 - 2030.3
国立研究開発法人 科学技術振興機構 (JST) 創発的研究支援事業
中沢 由華
Authorship：Principal investigator
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色素性乾皮症の新規責任遺伝子XPJによるDNA修復と転写制御機構の解明
2024.4 - 2027.3
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究 (B)
中沢 由華 (代表)
Authorship：Principal investigator
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転写共役修復 (TCR)の分子メカニズム解明とTCR欠損ヒト遺伝性疾患の分子病態
Grant number：21H02399 2021.4 - 2024.3
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(B)
中沢 由華
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\17420000 （ Direct Cost: \13400000 、 Indirect Cost：\4020000 ）
転写と共役したDNA修復機構 (transcription coupled repair: TCR)は、転写が活発に行われている領域に生じたDNA損傷を効率良く修復するシステムであり、生体の恒常性維持に重要なメカニズムである。本研究では、DNA損傷箇所で停止したRNA合成酵素がユビキチン化修飾を受けてTCRを開始・制御する分子機構の詳細解明に取り組むとともに、TCRの破綻により発症するヒト疾患の病態を明らかにすることを目指す。
転写と共役したDNA修復機構 (transcription coupled repair: TCR)は、転写が活発に行われている領域に生じたDNA損傷を、優先的かつ効率良く修復するシステムであり、生体の恒常性維持に重要なメカニズムである。本研究では、DNA損傷箇所で停止したRNA合成酵素がユビキチン化修飾を受けてTCRを開始・制御する分子機構の詳細解明に取り組むとともに、TCRの破綻により発症するヒト疾患の病態を明らかにすることを目指している。これまでに特殊なChIPseq法を開発し、TCRの進行やDNA損傷誘発後のRNA合成酵素の挙動等をゲノムレベルで解析してきたが、より詳細にTCRの制御メカニズムを理解するため、種々のTCR因子でのChIPseq解析に取り組んだ。適用可能な抗体の探索と検証を実施し、複数種類の抗体が利用可能であることが判明した。これをもとに、紫外線誘発DNA損傷後の種々のTCR因子のChIPseqデータの取得を進めた。また、DNA損傷による転写阻害がもたらす遺伝子発現の撹乱に起因する生体影響を調査するため、樹立済みのTCR欠損モデルマウスを活用して各臓器・組織のRNAseq解析に取り組んだ。さらに、TCRの分子メカニズム解明に向けて、新たな手法での解析を取り入れるため、必要となる遺伝子編集細胞シリーズの作製を進めた。本解析には、複数の変異を組み合わせて持つ細胞を十数種類作製する必要があるため、継続して細胞樹立に取り組む。また、TCR機能の欠損が疑われており疾患原因未同定のヒト症例について解析を行ったところ、いずれも既知の遺伝子異常が疾患原因であることが判明した。
ChIPseq解析に使用可能な種々のTCR因子抗体を特定し、紫外線誘発DNA損傷後のChIPseqデータの取得を進めており、順調にデータを蓄積している。一連のデータ取得の後に、既存のデータも合わせて比較検討することで、ゲノムレベルでのTCRの評価がより詳細に行える様になると考えられ、順調に進展している。DNA損傷による転写阻害がもたらす遺伝子発現の撹乱に起因する生体影響の調査のため、TCR欠損モデルマウスの各臓器・組織のRNAseq解析に取り組み、着実にデータ取得を進めている。また、新たな解析法導入に向けた遺伝子編集細胞作製を実施し、いくつかの目的細胞は作製完了したほか、他の種類の遺伝子編集細胞についても、良好に作製が進んでいる。これらのことから、本研究は順調に進展していると考えられる。
ChIPseq解析に適用可能な複数のTCR因子抗体について、継続して紫外線誘発DNA損傷後のChIPseqデータの取得を進める。それぞれの抗体について、DNA損傷誘発後の時間経過ごとに調査を行うことで、修復の過程を追ってゆく。一連のデータ取得後、既存のデータと合わせて検討し、より詳細な評価を行う。これにより、TCRの反応制御と転写再開の時空間的な理解を深める。あわせて、より幅広い種類のDNA損傷の評価を実施するため、特殊なChIPseq法の改良に取り組む。また、TCR欠損モデルマウスの各臓器・組織のRNAseq解析を継続して行うことで、DNA損傷による転写阻害がもたらす遺伝子発現の撹乱に起因する生体影響を評価する。さらに、モデル細胞にて実施している特殊なChIPseq解析をモデルマウスの評価にも応用するため、各種実験条件の検討を進める。また、新たな解析法導入に向けて取り組んでいる遺伝子編集細胞シリーズの作製を推進するほか、TCR欠損が疑われるヒト症例の解析による新規TCR関連因子の探索も継続して行う。 -
ゲノム不安定性疾患の新規疾患原因遺伝子変異同定法の確立と探索
Grant number：21K19844 2021.7 - 2024.3
日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽)
中沢 由華
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\6370000 （ Direct Cost: \4900000 、 Indirect Cost：\1470000 ）
次世代ゲノム解析技術が普及し、各種疾患の発症原因となっている遺伝子変異同定が急速に進む一方で、意義が明らかでない変異 (Variants of Uncertain Significance: VUSs)のデータも大量に蓄積されてきている。本研究では、ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患を対象に、マルチオミクス的アプローチによりVUSの病原性を評価し疾患原因変異を同定する新たな手法を確立するとともに、疾患治療薬候補の探索にも取り組む。
次世代ゲノム解析技術が普及してきたことにより、各種疾患の発症原因となっている遺伝子変異の同定が急速に進んできた。しかし、同定される変異の多くは、疾患原因である事の確証が得られやすい、エキソン領域あるいはエキソンとイントロンの境界領域に生じたものである。一方、病的意義が明らかでない変異 (Variants of Uncertain Significance: VUSs)のデータも大量に蓄積されてきているが、これらVUSの疾患発症原因としての検証あるいは生物学的な意義付けについては、十分には行われていない。本研究ではゲノム不安定性を示す遺伝性疾患群を対象として、マルチオミクス的アプローチによりVUSの病原性について検討・評価し、疾患原因変異を同定する新たな手法の構築に取り組んでいる。ゲノム不安定性疾患群は、DNA損傷応答やDNA修復機構の先天的な異常により発症する様々な遺伝性疾患を包括しており、多種類の希少な疾患も含まれる。一般的に、次世代ゲノム解析で疾患原因変異が同定されるのは、およそ30-40%程度と言われており、残りの60-70%は発症原因が不明なままである。そこで、次世代ゲノム解析のみでは疾患原因が特定できないゲノム不安定性疾患疑い症例について、VUSの病原性評価により新規疾患原因変異の特定を目指した。また、マルチオミクス的アプローチを応用して、疾患治療薬・緩和薬・予防薬の探索にも取り組んだ。本年度は、初年度の解析にて特定された新規疾患原因変異を標的とした疾患治療薬・緩和薬・予防薬探索を実施し、有力な候補を得たほか、継続した対象症例の収集とVUSの病原性検証を行ったところ、さらに新たな疾患原因変異の同定に成功した。
初年度の成果にて、ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患が疑われる症例で、次世代ゲノム解析のみでは疾患原因変異の同定が困難であったケースを対象に、ゲノム解析で抽出されたVUSについて病原性の検討と評価を実施し、新規疾患原因変異を同定しており、この変異情報をもとにマルチオミクス的アプローチにより疾患治療薬・緩和薬・予防薬探索を実施したところ、有力な候補を得ることに成功した。このことから、本探索法は創薬スクリーニングに活用可能であることが示された。また、継続した対象症例の収集とVUSの病原性検証を行ったところ、追加で新たな疾患原因変異の同定に複数成功している。以上の結果から、本研究課題は順調に進展したと考えられる。
初年度の成果にて、ゲノム不安定性を示す遺伝性疾患が疑われる症例で、次世代ゲノム解析のみでは疾患原因変異の同定が困難であったケースを対象として、ゲノム解析で抽出されたVUSについて病原性の検討と評価を実施し、新規疾患原因変異を同定している。また、この変異情報をもとにマルチオミクス的アプローチにより疾患治療薬・緩和薬・予防薬探索を実施したところ、有力な候補を得ることにも成功している。これらの情報は広く共有することで、他の遺伝性疾患の原因変異探索や創薬にも貢献可能であると考えられることから、本研究成果を含む論文投稿を進める。 -
DNA二本鎖切断修復機構に関与する機能未知の小頭症新規責任因子の分子機能解析
Grant number：17H01877 2017.4 - 2020.3
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
中沢由華
Authorship：Principal investigator
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コケイン症候群とその類縁疾患の分子病態解明・治療法開発
2024.4 - 2027.3
日本医療研究開発機構(AMED) 難治性疾患実用化研究事業
中沢 由華 (代表)
Authorship：Principal investigator
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ゲノム不安定性疾患に対するスプライシング異常を引き起こすVUSの人工核酸を用いた網羅的検証と創薬ターゲットの導出
2020.12 - 2023.3
日本医療研究開発機構 (AMED) 創薬基盤推進研究事業
中沢 由華 (代表)
Authorship：Principal investigator
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チェルノブイリ放射線誘発甲状腺がんの遺伝子バンク設立と分子遺伝疫学国際共同研究
2020 - 2024.3
科学研究費助成事業
光武範吏
Authorship：Coinvestigator(s)
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Analysis of a new genetic disorder caused by the deficiency in radiation-induced DNA double-strand break repair
Grant number：15H05333 2015.4 - 2017.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
NAKAZAWA Yuka, JEGGO Penny
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\24310000 （ Direct Cost: \18700000 、 Indirect Cost：\5610000 ）
We analyzed an uncharacterised Cockayne syndrome like patient with normal NER (nucleotide excision repair) activity. We performed next-generation exome sequencing and identified pathogenic mutations in the XRCC4 gene, which encodes a non-homologous end joining (NHEJ) protein required for the ligation process. Our XRCC4 syndrome patient retained normal immune response, although LIG4 syndrome patients usually display immunodeficiency. Fibroblast cell lines derived from the XRCC4 and LIG4 patients showed significant radiation sensitivity. We performed plasmid-based V(D)J recombination assays for the XRCC4 patient cell lines. We are currently establishing model mice to further study molecular pathogeneses of XRCC4 syndrome.
Industrial property rights 3
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色素性乾皮症Ｆ群治療薬
荻朋男、中沢由華、小泉誠、小路貴生
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日焼けの原因遺伝子
荻朋男、中沢由華、吉浦孝一郎、佐々木健介
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損傷DNA修復物質のスクリーニング方法
荻朋男、リムシリチャイクルシリパン、中沢由華、山下俊一
Teaching Experience (On-campus) 9
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環境学入門
2024
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基礎医科学実習ベーシックトレーニング
2024
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基礎医科学実習ベーシックトレーニング
2023
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環境学入門
2023
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基盤医科学実習ベーシックトレーニング
2022
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自然環境と人間
2021
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基盤医科学実習ベーシックトレーニング
2021
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基盤医科学実習ベーシックトレーニング
2020
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自然環境と人間
2020