2000-2002年 米国NY州保険省Wadsworth Center研究所 博士研究員
2002-2003年 東京大学分子細胞生物学研究所 博士研究員
2003-2007年 東京工業大学大学院生命理工学研究科 21 世紀COE助手
2007-2010年 国立遺伝学研究所 助教
2010-2014年 九州大学生体防御医学研究所 助教
2014-2016年 九州大学生体防御医学研究所 准教授
2016年7月-現在 名古屋大学大学院生命農学研究科 教授
2023/05/17 更新
博士(理学) ( 2000年3月 大阪大学 )
哺乳類
piRNA
ヒストン修飾
DNAメチル化
相同DNA組み換え
減数分裂
精子形成過程
レトロトランスポゾン
ゲノム進化
エピゲノム
エピジェネティクス
世代間エピジェネティック遺伝
その他 / その他 / エピジェネティクス
ライフサイエンス / ゲノム生物学
ライフサイエンス / 分子生物学
ライフサイエンス / 遺伝学
糖尿病による生殖細胞エピゲノム異常とその遺伝性
哺乳類のエピゲノム進化機構
減数分裂組み換えのエピジェネティック制御
レトロトランスポゾンのエピジェネティック制御機構
名古屋大学 生命農学研究科 教授
2016年7月 - 現在
国名:日本国
九州大学 生体防御医学研究所 准教授
2014年7月 - 2016年6月
国名:日本国
九州大学 生体防御医学研究所 助教授
2010年4月 - 2014年6月
国名:日本国
国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門 助教授
2007年4月 - 2010年3月
国名:日本国
東京工業大学 生命理工学研究科 助教授
2003年4月 - 2007年3月
国名:日本国
東京大学 分子細胞生物学研究所 博士研究員
2002年6月 - 2003年3月
国名:日本国
Wadsworth Center, New York State Department of Health Division of Genetic Disorders 博士研究員
2000年4月 - 2002年5月
国名:アメリカ合衆国
大阪大学 理学研究科
- 2000年3月
国名: 日本国
名古屋大学 理学部 分子生物学科
- 1994年3月
国名: 日本国
日本遺伝学会 幹事、全国評議員、男女共同参画委員会委員長
日本分子生物学会 会員
日本エピジェネティクス研究会 幹事
日本遺伝学会 男女共同参画委員会 委員長
2021年4月 - 現在
日本遺伝学会 男女共同参画委員会
2012年4月 - 現在
日本遺伝学会奨励賞
2012年9月 日本遺伝学会 レトロトランスポゾンの転移機構および宿主との相互作用に関する研究
Sequence Divergence and Retrotransposon Insertion Underlie Interspecific Epigenetic Differences in Primates
Hirata Mayu, Ichiyanagi Tomoko, Katoh Hirokazu, Hashimoto Takuma, Suzuki Hikaru, Nitta Hirohisa, Kawase Masaki, Nakai Risako, Imamura Masanori, Ichiyanagi Kenji
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 39 巻 ( 10 ) 2022年10月
The Expression Dynamics of piRNAs Derived From Male Germline piRNA Clusters and Retrotransposons
Kawase Masaki, Ichiyanagi Kenji
FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY 10 巻 頁: 868746 2022年5月
Potential role of KRAB-ZFP binding and transcriptional states on DNA methylation of retroelements in human male germ cells
Fukuda Kei, Makino Yoshinori, Kaneko Satoru, Shimura Chikako, Okada Yuki, Ichiyanagi Kenji, Shinkai Yoichi
ELIFE 11 巻 2022年3月
The regulatory mechanisms that make mature sperm cells in the mouse
Ichiyanagi Kenji
GENES & GENETIC SYSTEMS 97 巻 ( 1 ) 頁: 1 - 1 2022年2月
The fifth Japanese meeting on biological function and evolution through interactions between hosts and transposable elements
Ichiyanagi Kenji, Saito Kuniaki
MOBILE DNA 13 巻 ( 1 ) 頁: 3 2022年1月
TFB2M and POLRMT are essential for mammalian mitochondrial DNA replication
Inatomi Teppei, Matsuda Shigeru, Ishiuchi Takashi, Do Yura, Nakayama Masunari, Abe Shusaku, Kasho Kazutoshi, Wanrooij Sjoerd, Nakada Kazuto, Ichiyanagi Kenji, Sasaki Hiroyuki, Yasukawa Takehiro, Kang Dongchon
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-MOLECULAR CELL RESEARCH 1869 巻 ( 1 ) 頁: 119167 2022年1月
Quantitative Separation of Precipitation and Permafrost Waters Used for Evapotranspiration in a Boreal Forest: A Numerical Study Using Tracer Model
Park Hotaek, Tanoue Masahiro, Sugimoto Atsuko, Ichiyanagi Kimpei, Iwahana Go, Hiyama Tetsuya
JOURNAL OF GEOPHYSICAL RESEARCH-BIOGEOSCIENCES 126 巻 ( 12 ) 2021年12月
melRNA-seq for Expression Analysis of SINE RNAs and Other Medium-Length Non-Coding RNAs
Mori Yoshinobu, Ichiyanagi Kenji
MOBILE DNA 12 巻 ( 1 ) 頁: 15 2021年6月
B2 SINE Copies Serve as a Transposable Boundary of DNA Methylation and histone Modifications in the Mouse
Ichiyanagi Tomoko, Katoh Hirokazu, Mori Yoshinobu, Hirafuku Keigo, Boyboy Beverly Ann, Kawase Masaki, Ichiyanagi Kenji
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 38 巻 ( 6 ) 頁: 2380 - 2395 2021年6月
Dispersal history of Miniopterus fuliginosus bats and their associated viruses in east Asia
Kimprasit Thachawech, Nunome Mitsuo, Iida Keisuke, Murakami Yoshitaka, Wong Min-Liang, Wu Chung-Hsin, Kobayashi Ryosuke, Hengjan Yupadee, Takemae Hitoshi, Yonemitsu Kenzo, Kuwata Ryusei, Shimoda Hiroshi, Si Lifan, Sohn Joon-Hyuk, Asakawa Susumu, Ichiyanagi Kenji, Maeda Ken, Oh Hong-Shik, Mizutani Tetsuya, Kimura Junpei, Iida Atsuo, Hondo Eiichi
PLOS ONE 16 巻 ( 1 ) 頁: e0244006 2021年1月
Combined deletions of IHH and NHEJ1 cause chondrodystrophy and embryonic lethality in the Creeper chicken
Kinoshita Keiji, Suzuki Takayuki, Koike Manabu, Nishida Chizuko, Koike Aki, Nunome Mitsuo, Uemura Takeo, Ichiyanagi Kenji, Matsuda Yoichi
COMMUNICATIONS BIOLOGY 3 巻 ( 1 ) 頁: 144 2020年3月
Non-transmissible MV Vector with Segmented RNA Genome Establishes Different Types of iPSCs from Hematopoietic Cells
Hiramoto Takafumi, Tahara Maino, Liao Jiyuan, Soda Yasushi, Miura Yoshie, Kurita Ryo, Hamana Hiroshi, Inoue Kota, Kohara Hiroshi, Miyamoto Shohei, Hijikata Yasuki, Okano Shinji, Yamaguchi Yoshiyuki, Oda Yoshinao, Ichiyanagi Kenji, Toh Hidehiro, Sasaki Hiroyuki, Kishi Hiroyuki, Ryo Akihide, Muraguchi Atsushi, Takeda Makoto, Tani Kenzaburo
MOLECULAR THERAPY 28 巻 ( 1 ) 頁: 129 - 141 2020年1月
Characterization of genetic-origin-dependent monoallelic expression in mouse embryonic stem cells
Ohishi Hiroaki, Yeung Wan Kin Au, Unoki Motoko, Ichiyanagi Kenji, Fukuda Kei, Maenohara Shoji, Shirane Kenjiro, Chiba Hatsune, Sado Takashi, Sasaki Hiroyuki
GENES TO CELLS 25 巻 ( 1 ) 頁: 54 - 64 2020年1月
Selective Reduction Mechanism of Graphene Oxide Driven by the Photon Mode versus the Thermal Mode
Hada Masaki, Miyata Kiyoshi, Ohmura Satoshi, Arashida Yusuke, Ichiyanagi Kohei, Katayama Ikufumi, Suzuki Takayuki, Chen Wang, Mizote Shota, Sawa Takayoshi, Yokoya Takayoshi, Seki Toshio, Matsuo Jiro, Tokunaga Tomoharu, Itoh Chihiro, Tsuruta Kenji, Fukaya Ryo, Nozawa Shunsuke, Adachi Shin-ichi, Takeda Jun, Onda Ken, Koshihara Shin-ya, Hayashi Yasuhiko, Nishina Yuta
ACS NANO 13 巻 ( 9 ) 頁: 10103 - 10112 2019年9月
Poorly controlled diabetes during pregnancy and lactation activates the Foxo1 pathway and causes glucose intolerance in adult offspring
Inoguchi Yukihiro, Ichiyanagi Kenji, Ohishi Hiroaki, Maeda Yasutaka, Sonoda Noriyuki, Ogawa Yoshihiro, Inoguchi Toyoshi, Sasaki Hiroyuki
SCIENTIFIC REPORTS 9 巻 ( 1 ) 頁: 10181 2019年7月
Novel roles of Drosophila FUS and Aub responsible for piRNA biogenesis in neuronal disorders
Wakisaka Keiko Tsuji, Tanaka Ryo, Hirashima Tomoki, Muraoka Yuuka, Azuma Yumiko, Yoshida Hideki, Tokuda Takahiko, Asada Satoshi, Suda Kojiro, Ichiyanagi Kenji, Ohno Seiko, Itoh Masanobu, Yamaguchi Masamitsu
BRAIN RESEARCH 1708 巻 頁: 207 - 219 2019年4月
TE studies in Japan: the fourth Japanese meeting on host-transposon interactions
Ichiyanagi Kenji, Saito Kuniaki
MOBILE DNA 10 巻 頁: 11 2019年3月
Accurate estimation of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA
Matsuda Shigeru, Yasukawa Takehiro, Sakaguchi Yuriko, Ichiyanagi Kenji, Unoki Motoko, Gotoh Kazuhito, Fukuda Kei, Sasaki Hiroyuki, Suzuki Tsutomu, Kang Dongchon
SCIENTIFIC REPORTS 8 巻 ( 1 ) 頁: 5801 2018年4月
Combined Loss of JMJD1A and JMJD1B Reveals Critical Roles for H3K9 Demethylation in the Maintenance of Embryonic Stem Cells and Early Embryogenesis
Kuroki Shunsuke, Nakai Yuji, Maeda Ryo, Okashita Naoki, Akiyoshi Mika, Yamaguchi Yutaro, Kitano Satsuki, Miyachi Hitoshi, Nakato Ryuichiro, Ichiyanagi Kenji, Shirahige Katsuhiko, Kimura Hiroshi, Shinkai Yoichi, Tachibana Makoto
STEM CELL REPORTS 10 巻 ( 4 ) 頁: 1340-1354 2018年4月
Association of zygotic piRNAs derived from paternal P elements with hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster
Wakisaka Keiko Tsuji, Ichiyanagi Kenji, Ohno Seiko, Itoh Masanobu
MOBILE DNA 9 巻 頁: 7 2018年2月
Locus-specific hypomethylation of the mouse IAP retrotransposon is associated with transcription factor-binding sites
Shimosuga Ken-ichi, Fukuda Kei, Sasaki Hiroyuki, Ichiyanagi Kenji
MOBILE DNA 8 巻 頁: 20 2017年12月
Locus-specific hypomethylation of the mouse IAP retrotransposon is associated with transcription factor-binding sites. 査読有り
Shimosuga KI, Fukuda K, Sasaki H, Ichiyanagi K.
MOBILE DNA 8 巻 頁: 20 2017年12月
Diversity of P-element piRNA production among M' and Q strains and its association with P-M hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster. 査読有り
Wakisaka KT, Ichiyanagi K, Ohno S, Itoh M
MOBILE DNA 8 巻 頁: 13 2017年10月
Evolution of the sperm methylome of primates is associated with retrotransposon insertions and genome instability 査読有り
Fukuda Kei, Inoguchi Yukihiro, Ichiyanagi Kenji, Ichiyanagi Tomoko, Go Yasuhiro, Nagano Masashi, Yanagawa Yojiro, Takaesu Noboru, Ohkawa Yasuyuki, Imai Hiroo, Sasaki Hiroyuki
HUMAN MOLECULAR GENETICS 26 巻 ( 18 ) 頁: 3508 - 3519 2017年9月
Switching of dominant retrotransposon silencing strategies from posttranscriptional to transcriptional mechanisms during male germ-cell development in mice 査読有り
Inoue Kota, Ichiyanagi Kenji, Fukuda Kei, Glinka Michael, Sasaki Hiroyuki
PLOS GENETICS 13 巻 ( 7 ) 頁: e1006926 2017年7月
The genetic diversity of D-loop sequences in eastern bent-winged bats (Miniopterus fuliginosus) living in Wakayama Prefecture, Japan 査読有り
Iida Keisuke, Kobayashi Ryosuke, Hengjan Yupadee, Nagata Nao, Yonemitsu Kenzo, Nunome Mitsuo, Kuwata Ryusei, Suzuki Kazuo, Ichiyanagi Kenji, Maeda Ken, Ohmori Yasushige, Hondo Eiichi
JOURNAL OF VETERINARY MEDICAL SCIENCE 79 巻 ( 6 ) 頁: 1142 - 1145 2017年6月
Iron-heme-Bach1 axis is involved in erythroblast adaptation to iron deficiency 査読有り
Kobayashi Masahiro, Kato Hiroki, Hada Hiroshi, Itoh-Nakadai Ari, Fujiwara Tohru, Muto Akihiko, Inoguchi Yukihiro, Ichiyanagi Kenji, Hojo Wataru, Tomosugi Naohisa, Sasaki Hiroyuki, Harigae Hideo, Igarashi Kazuhiko
HAEMATOLOGICA 102 巻 ( 3 ) 頁: 454 - 465 2017年3月
Software updates in the Illumina HiSeq platform affect whole-genome bisulfite sequencing. 査読有り
Toh H, Shirane K, Miura F, Kubo N, Ichiyanagi K, Hayashi K, Saitou M, Suyama M, Ito T, Sasaki H
BMC genomics 18 巻 ( 1 ) 頁: 31 2017年1月
Chd5 regulates MuERV-L/MERVL expression in mouse embryonic stem cells via H3K27me3 modification and histone H3.1/H3.2. 査読有り
117 巻 頁: 780-792 2016年
TE studies in Japan: The third Japanese meeting on host-transposon interactions.
7 巻 2016年
HSP90α plays an important role in piRNA biogenesis and retrotransposon repression in mouse. 査読有り
Ichiyanagi T., Ichiyanagi K., Ogawa A., Kuramochi-Miyagawa S., Nakano T., Chuma S., Sasaki H., and Udono H.
Nucleic Acids Res 42 巻 頁: 11903-11911 2014年
Regulating Pol III transcription to change Pol II transcriptome. 招待有り
13 巻 頁: 3625-3626 2014年
Transposable elements in eukaryotic genomes: epigenetic regulation by the host and functionalization for the host. 査読有り
Ichiyanagi K.
Genes Genet Syst 88 巻 頁: 1 2013年
Three novel ZBTB24 mutations identified in Japanese and Cape Verdean type 2 ICF syndrome patients. 査読有り
Nitta H., Unoki M., Ichiyanagi K., Kosho T., Shigemura T., Takahashi H., Velasco G., Francastel C., Picard C., Kubota T., and Sasaki H.
J Hum Genet ( 58 ) 頁: 455-460 2013年
Targeted gene silencing in mouse germ cells by insertion of a homologous DNA into a piRNA generating locus. 査読有り
Yamamoto Y., Watanabe T., Hoki Y., Shirane K., Li Y., Ichiyanagi K., Kuramochi- Miyagawa S., Toyoda A., Fujiyama A., Oginuma M., Suzuki H., Sado T., Nakano T., and Sasaki, H.
Genome Res 23 巻 頁: 292-299 2013年
Identification of both copy number variation-type and constant-type core elements in a large segmental duplication region of the mouse genome. 査読有り
Umemori J., Mori A., Ichiyanagi K., Uno T., and Koide T.
BMC Genomics 14 巻 頁: 455 2013年
DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes. 査読有り
Fukuda K., Ichiyanagi K.*, Yamada Y., Go Y., Udono T., Wada S., Maeda M., Soejima H., Saitou N., Ito T., and Sasaki H.
J Hum Genet 58 巻 頁: 446-454 2013年
Accumulation and loss of non-CpG methylation during male germ-cell development. 査読有り
Ichiyanagi T., Ichiyanagi K., Miyake M., and Sasaki H.
Nucleic Acids Res 41 巻 頁: 738-745 2013年
Epigenetic regulation of transcription and possible functions of mammalian short interspersed elements, SINEs. 査読有り
88 巻 頁: 19-29 2013年
Inhibition of MspI cleavage activity by hydroxymethylation of the CpG site: A concern for DNA modification studies using restriction endonucleases. 査読有り
Ichiyanagi K.
Epigenetics 7 巻 頁: 131-136 2012年
Locus- and domain-dependent control of DNA methylation at mouse B1 retrotransposons during male germ cell development. 査読有り
Ichiyanagi K.*, Li Y., Watanabe T., Ichiyanagi T., Fukuda K., Kitayama J., Yamamoto Y., Kuramochi-Miyagawa S., Nakano T., Yabuta Y., Seki Y., Saitou M., and Sasaki H.
Genome Res 21 巻 頁: 2058-2066 2011年
Role for piRNAs and non-coding RNA in de novo DNA methylation of the imprinted mouse Rasgrf1 locus. 査読有り
Watanabe T., Tomizawa S., Mitsuya K., Totoki Y., Yamamoto Y., Kuramochi-Miyagawa S., Iida N., Hoki Y., Murphy P.J., Toyoda A., Gotoh K., Hiura H., Arima T., Fujiyama A., Sado T., Shibata T., Nakano T., Lin H., Ichiyanagi K., Soloway P. D., and Sasaki H.
Science 332 巻 頁: 848-852 2011年
遺伝学の百科事典 継承と多様性の源
( 担当: 共編者(共編著者))
丸善出版 2022年1月 ( ISBN:978-4621306604 )
改訂 遺伝単
日本遺伝学会( 担当: 編集)
エヌ・ティー・エス 2021年3月 ( ISBN:978-4860437121 )
ヒトゲノム事典 査読有り
斎藤成也(編集委員長)( 担当: 共著 , 範囲: 11.1 Roadmap Epigenome Project)
一色出版 2020年12月 ( ISBN:978-4-910389-12-7 )
遺伝単
日本遺伝学会( 担当: 編集)
エヌ・ティー・エス 2017年9月 ( ISBN:978-4860434991 )
霊長類におけるエピゲノム進化過程の解明に向けて 招待有り
一柳健司
第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会大会連合大会 2022年9月18日 日本人類学会、日本霊長類学会
ヒトとチンパンジーiPS細胞間のエピジェネティック差のゲノム要因
平田真由 、一柳朋子、加藤大和、橋本琢磨、新田洋久、仲井理沙子、今村公紀、一柳健司
第94回遺伝学会大会 2022年9月15日 日本遺伝学会
哺乳類におけるレトロトランスポゾンのエピジェネティック制御機構 招待有り
一柳健司
環境エピゲノミクス研究会 2022年6月18日 環境エピゲノミクス研究会
ヒトとチンパンジーの iPS細胞のエピゲノム比較解析 招待有り
一柳健司
第50回ホミニゼーション研究会 2022年3月22日
マウスB2 SINEはDNAメチル化とヒストン修飾の「動くバウンダリー」として機能する 招待有り
一柳健司
第44回日本分子生物学会 2021年12月2日
ローカスレベルでのSINE RNA発現解析を 可能にするmelRNA-seq法
一柳健司
第93回日本遺伝学会大会
SINE配列によるクロマチン区画化 招待有り
一柳健司
第5回トランスポゾン研究会 2021年8月27日
B2 SINE copies serve as a transposable boundary of DNA methylation and histone modifications in the mouse 招待有り 国際会議
Kenji Ichiyanagi
FASEB meeting on mobile DNA 2021年6月9日
霊長類iPS細胞を用いたエピゲノム進化の解析
一柳健司
第21回日本再生医療学会 2021年3月17日
Paternal Transgenerational Epigenetic Inheritance of Diabetes in Mice
Beverly Ann G. Boyboy, Tomoko Ichiyanagi, Hirohisa Nitta, Kenji Ichiyanagi
第43回日本分子生物学会年会 2020年12月2日
マウス雄性生殖細胞発生過程におけるレトロトランスポゾンのエピジェネティッ ク制御機構
一柳健司 、杉本大空 、川瀬雅貴
第92回日本遺伝学会年会 2020年9月16日
マウス精母細胞におけるSETDB1による遺伝子トレトロトランスポゾンの転写抑制機構
川瀬雅貴、杉本大空、一柳健司
第92回日本遺伝学会大会
ビタミンC欠乏による精子エピゲノム異常とその遺伝性
2023年2月 - 2024年5月
研究助成
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
配分額:5000000円 ( 直接経費:5000000円 )
ビタミンC欠乏による精子エピゲノム異常とその遺伝性
2022年12月 - 2025年3月
研究助成
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
配分額:2000000円 ( 直接経費:2000000円 )
カイガラムシにおける父性染色体不活性化と性分化の分子機構の解明
2022年10月 - 2023年12月
大幸財団 研究助成
担当区分:研究代表者 資金種別:競争的資金
配分額:4000000円 ( 直接経費:4000000円 )
父親の糖尿病状態が子に与えるエピジェネティックな変化の解明
2020年4月 - 2021年9月
担当区分:研究代表者
配分額:1000000円
マウス生殖細胞形成過程の時間軸におけるエピジェネティック制御機構の変化
2017年11月 - 2019年11月
生活習慣病による生殖細胞のエピジェネティック変化およびゲノム変異の発生機序
2017年10月 - 2021年9月
資金種別:その他
配分額:50000000円
生殖細胞形成におけるレトロトランスポゾン制御ネットワークの解明
2013年4月 - 2014年3月
マウス雄性生殖細胞形成過程におけるSINEレトロトランスポゾンのDNAメチル化ダイナミクス
2009年4月 - 2010年4月
宿主ゲノムとレトロトランスポゾンの関係における減数分裂組換えの生物学的意義の理解
研究課題/研究課題番号:23H02523 2023年4月 - 2026年3月
科学研究費助成事業 基盤研究(B)
一柳 健司
担当区分:研究代表者
配分額:18720000円 ( 直接経費:14400000円 、 間接経費:4320000円 )
ヒト特異的進化を生じさせたエピゲノム変遷プログラムの変化とその分子基盤の解明
研究課題/研究課題番号:19K22452 2019年6月 - 2021年3月
科学研究費補助金 挑戦的研究(萌芽)
一柳 健司
担当区分:研究代表者
配分額:6500000円 ( 直接経費:5000000円 、 間接経費:1500000円 )
本研究の目的は、ヒト固有形質の獲得に至った進化メカニズムをエピジェネティクスおよび発生学的な観点から理解することである。特に他のヒト科霊長類には見られない筋肉や神経の形質に着目し、成人・成獣における違いが発生過程でどのように生じるのかを明らかにする。
そこで、ヒトとチンパンジーのiPS細胞を出発点とした筋細胞や神経細胞への分化誘導系を用いて、細胞分化過程でトランスクリプトームやエピゲノムがどのように変遷するのかを種間で比較する。さらに、ゲノム編集技術を用いて、エピゲノム種間差がゲノム配列の違いによるかどうかを検討し、エピゲノム変化の分子基盤の解明も目指す。
ヒトとチンパンジーのiPS細胞(メス、各2系統)を用いて、mRNA-seq解析およびH3K4me3、H3K27me3、H3K27acのChIP-seq解析を行い、種間比較した。種間のゲノム配列やゲノムアノテーションの違いをなくすため、どのシーケンスについても両種のゲノム配列にマッピングされるものだけを用い、ヒトゲノムのアノテーションにしたがって、遺伝子の解析を行った。mRNA-seqでは両種間で遺伝子発現量の違いはほとんどなく、発現量差がある遺伝子についても、特に際立った機能集団(未分化性維持、神経分化など)に偏っているわけではなかった。H3K4me3のピークも非常によく似ていたが、一方、H3K27me3のピークの中にはヒト特異的なものがあり、神経分化制御に関わる遺伝子の近くに多かった。これらの遺伝子はiPS細胞ではどちらも発現していないが、神経分化の際に発現タイミングや量に差が現れる可能性が示唆される。
総じて、ヒトとチンパンジーのiPS細胞は形態のみならず、遺伝子発現パターンやエピゲノムが似ており、細胞分化過程における種間の違いとそのメカニズムを研究するにあたって、良い出発材料であることが確認できた。
一方、分化実験に関しては、チンパンジーのiPS細胞をneurosphereに分化させるプロトコールを確立できた。
これらの研究成果について、論文一報を発表し(Kitajima et al. Stem Cell Res 2020)、一報が投稿準備中である。
予定していた通り、iPS細胞のエピゲノム比較、iPS細胞からの分化プロトコールの確立ができた。
本年度はneurosphereへの分化に加え、neural crestへの分化も試みる。iPS細胞のエピゲノム比較では神経分化における遺伝子の近くにエピゲノムの違いがあったので、これらの分化過程について、トランスクリプトームとエピゲノムのタイムコース解析を行う。また、骨格筋細胞への分化プロトコールを確立し、同じくトランスクリプトームとエピゲノムの比較をタイムコースを取りながら行う。
生殖細胞形成過程におけるレトロトランスポゾン制御ネットワークの解明
研究課題/研究課題番号:16H04817 2016年4月 - 2019年3月
科学研究費補助金
一柳 健司
担当区分:研究代表者
配分額:17550000円 ( 直接経費:13500000円 、 間接経費:4050000円 )
マウス生殖細胞でのレトロトランスポゾン制御機構を理解するため、野生型マウス、Dnmt3L KOマウス、Pld6 KOマウスの前駆精原細胞、精原細胞、精母細胞を回収し、strand-specific mRNA-seqによってレトロトランスポゾンの発現量を網羅的に調べた。その結果、マウス生殖細胞でのレトロトランスポゾン制御は、発生に伴ってpiRNA依存型からDNA依存型に徐々に変化することが明らかとなった。さらに、ChIP-seqを用いて精原細胞でヒストン修飾状態を調べたところ、DNAメチル化低下に伴って、H3K9me3が減少、H3K4me3が上昇していることを明らかにした。
本研究によって、レトロトランスポゾン制御機構はある時点で転換するというよりは、徐々に変化していくことが明らかになった。したがって、レトロトランスポゾンを取り巻くクロマチン状況も徐々に経時的に変化していくものと思われる。今後は、そのクロマチン修飾の経時変化をとらえる必要がある。さらに、本研究からはもう一つ重要な発見が得られた。それは、DNAメチル化によってヒストン修飾が影響を受けうるということである。ヒストンのメチル化がDNAのメチル化に影響を与える例は多くても、その逆は報告がなく、新しいエピジェネティック制御の相互作用のあり方である。
meRNAシーケンシング法の確立とSINE非コードRNAの機能解析
研究課題/研究課題番号:16K14784 2016年4月 - 2019年3月
科学研究費補助金
一柳 健司
担当区分:研究代表者
配分額:3900000円 ( 直接経費:3000000円 、 間接経費:900000円 )
中程度の長さを持つRNAに関する発現解析方法が今までなかったので、本研究ではこれらのRNAを網羅的にシーケンシングする方法を開発することを第一番目の目標に研究を進めた。細胞内RNAを精製後にRppH酵素で処理し、アダプターを付加後にMiSeqでシーケンシングすることで(300 bpシングルエンド)、tRNA等の発現量を網羅的に解析する方法を確立した(meRNA-seq)。SINE発現に注目して、さらに解析を進め、SINEは生殖細胞で特異的に強く発現していること、ただ、その生殖細胞においてもDNAメチル化やpiRNAといったエピジェネティック制御機構によって抑制を受けていることを明らかにした。
本研究によって、これまで解析が不可能であったAlu, B1, B2などのSINEレトロトランスポゾンの発現量について、ローカスを区別しながら、しかも定量的に解析できるようになった。特にAluの発現は癌化や神経疾患などの病態と関連があることが知られている。Aluはゲノムに100万コピーあり、その配列は少しずつ異なっているが、この解析方法を使えば、Aluが発現しているかどうかを全体で見るだけでなく、どんな配列をもったどのゲノムローカスにAluなのかというように個々に解析できる。また、細胞分化等に伴ってtRNAレパートリーがどのように変化するかなど、これまで不可能であった解析を可能にした。
ゲノムインプリンティングとDNAメチル化のダイナミクスと制御
研究課題/研究課題番号:25112010 2013年6月 - 2018年3月
科学研究費補助金 新学術領域研究(研究領域提案型)
佐々木 裕之
担当区分:連携研究者
哺乳類の発生に重要なゲノムインプリンティング現象及び転移性遺伝因子抑制に係るエピゲノム修飾について研究を行い、ヒストンH3K9メチル化が転移性因子の抑制のみならず生殖細胞の分化に重要であること、転移性因子抑制機構が精子形成過程においてRNA分解からDNAメチル化へと切り替わること、精子幹細胞の出現する前後にDNAメチル化と遺伝子発現が動的に変化すること、維持メチル化因子が卵子における新規DNAメチル化に必要であることなどを発見した。また、培養皿内で無限に増殖できる始原生殖細胞様細胞を用いて、生殖細胞誘導の前後におけるDNAメチル化と遺伝子発現の変化を世界で初めて報告した。
エピジェネティック修飾と分子シャペロンによるレトロトランスポゾンの制御機構
研究課題/研究課題番号:25503003 2013年4月 - 2016年3月
科学研究費補助金 基盤研究(C)
担当区分:研究代表者
マウス生殖細胞形成におけるSINE配列のDNAメチル化ダイナミクスと機能制御
研究課題/研究課題番号:22770009 2010年4月 - 2012年3月
科学研究費補助金 若手研究(B)
担当区分:研究代表者
マウスにおけるエピゲノム種内多型の同定および遺伝的多型や表現型多様性との関係性
研究課題/研究課題番号:21200037 2009年4月 - 2012年3月
科学研究費補助金 新学術領域研究
担当区分:研究代表者
ゲノム中に大量に散在するレトロトラスポゾン配列のゲノム機能における役割
研究課題/研究課題番号:19770002 2007年3月 - 2009年3月
科学研究費補助金 若手研究(B)
担当区分:研究代表者
資源生物科学基盤実験実習
2021
資源生物科学基盤実験実習
2020
資源生物科学実験実習
2020
生物情報処理演習
2020
分子細胞生物学1
2020
遺伝学
2020
生物情報処理演習
2018
動物遺伝学特論
2018
分子細胞生物学1
2018
遺伝学
2018
生物学基礎II
2018
分子生物学基礎II
2017
動物遺伝・生理学特論
2016
遺伝学
2016
エピジェネティクス特論
2019年11月 (九州大学)
科目区分:大学院専門科目
編集委員 国際学術貢献
Genes and Genetic Systems 2017年1月 - 現在
編集委員
Mobile DNA 2014年1月 - 現在