2021/04/06 更新

写真a

イチヤナギ ケンジ
一柳 健司
ICHIYANAGI Kenji
所属
大学院生命農学研究科 動物科学専攻 動物科学 教授
大学院生命農学研究科
農学部 資源生物科学科
職名
教授

学位 1

  1. 博士(理学) ( 2000年3月   大阪大学 ) 

研究キーワード 12

  1. 哺乳類

  2. piRNA

  3. ヒストン修飾

  4. DNAメチル化

  5. 相同DNA組み換え

  6. 減数分裂

  7. 精子形成過程

  8. レトロトランスポゾン

  9. ゲノム進化

  10. エピゲノム

  11. エピジェネティクス

  12. 世代間エピジェネティック遺伝

研究分野 4

  1. その他 / その他  / エピジェネティクス

  2. ライフサイエンス / ゲノム生物学

  3. ライフサイエンス / 分子生物学

  4. ライフサイエンス / 遺伝学

現在の研究課題とSDGs 4

  1. 哺乳類のエピゲノム進化機構

  2. 減数分裂組み換えのエピジェネティック制御

  3. レトロトランスポゾンのエピジェネティック制御機構

  4. 糖尿病による生殖細胞エピゲノム異常とその遺伝性

経歴 7

  1. 名古屋大学   生命農学研究科   教授

    2016年7月 - 現在

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    国名:日本国

  2. 九州大学   生体防御医学研究所   准教授

    2014年7月 - 2016年6月

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    国名:日本国

  3. 九州大学   生体防御医学研究所   助教授

    2010年4月 - 2014年6月

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    国名:日本国

  4. 国立遺伝学研究所   人類遺伝研究部門   助教授

    2007年4月 - 2010年3月

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    国名:日本国

  5. 東京工業大学   生命理工学研究科   助教授

    2003年4月 - 2007年3月

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    国名:日本国

  6. 東京大学   分子細胞生物学研究所   博士研究員

    2002年6月 - 2003年3月

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    国名:日本国

  7. Wadsworth Center, New York State Department of Health   Division of Genetic Disorders   博士研究員

    2000年4月 - 2002年5月

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    国名:アメリカ合衆国

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学歴 2

  1. 大阪大学   理学研究科

    - 2000年3月

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    国名: 日本国

  2. 名古屋大学   理学部   分子生物学科

    - 1994年3月

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    国名: 日本国

所属学協会 3

  1. 日本エピジェネティクス研究会   会員

  2. 日本分子生物学会   会員

  3. 日本遺伝学会   男女共同参画幹事、遺伝学教育用語検討委員

委員歴 1

  1. 日本遺伝学会   男女共同参画委員会  

    2012年4月 - 現在   

受賞 1

  1. 日本遺伝学会奨励賞

    2012年9月   日本遺伝学会   レトロトランスポゾンの転移機構および宿主との相互作用に関する研究

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:日本国

 

論文 33

  1. B2 SINE copies serve as a transposable boundary of DNA methylation and histone modifications in the mouse.

    Ichiyanagi T, Katoh H, Mori Y, Hirafuku K, Boyboy BA, Kawase M, Ichiyanagi K

    Molecular biology and evolution     2021年2月

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  2. Dispersal history of Miniopterus fuliginosus bats and their associated viruses in east Asia

    Kimprasit Thachawech, Nunome Mitsuo, Iida Keisuke, Murakami Yoshitaka, Wong Min-Liang, Wu Chung-Hsin, Kobayashi Ryosuke, Hengjan Yupadee, Takemae Hitoshi, Yonemitsu Kenzo, Kuwata Ryusei, Shimoda Hiroshi, Si Lifan, Sohn Joon-Hyuk, Asakawa Susumu, Ichiyanagi Kenji, Maeda Ken, Oh Hong-Shik, Mizutani Tetsuya, Kimura Junpei, Iida Atsuo, Hondo Eiichi

    PLOS ONE   16 巻 ( 1 ) 頁: e0244006   2021年1月

  3. Combined deletions of IHH and NHEJ1 cause chondrodystrophy and embryonic lethality in the Creeper chicken

    Kinoshita Keiji, Suzuki Takayuki, Koike Manabu, Nishida Chizuko, Koike Aki, Nunome Mitsuo, Uemura Takeo, Ichiyanagi Kenji, Matsuda Yoichi

    COMMUNICATIONS BIOLOGY   3 巻 ( 1 ) 頁: 144   2020年3月

  4. Non-transmissible MV Vector with Segmented RNA Genome Establishes Different Types of iPSCs from Hematopoietic Cells

    Hiramoto Takafumi, Tahara Maino, Liao Jiyuan, Soda Yasushi, Miura Yoshie, Kurita Ryo, Hamana Hiroshi, Inoue Kota, Kohara Hiroshi, Miyamoto Shohei, Hijikata Yasuki, Okano Shinji, Yamaguchi Yoshiyuki, Oda Yoshinao, Ichiyanagi Kenji, Toh Hidehiro, Sasaki Hiroyuki, Kishi Hiroyuki, Ryo Akihide, Muraguchi Atsushi, Takeda Makoto, Tani Kenzaburo

    MOLECULAR THERAPY   28 巻 ( 1 ) 頁: 129 - 141   2020年1月

  5. Characterization of genetic-origin-dependent monoallelic expression in mouse embryonic stem cells

    Ohishi Hiroaki, Yeung Wan Kin Au, Unoki Motoko, Ichiyanagi Kenji, Fukuda Kei, Maenohara Shoji, Shirane Kenjiro, Chiba Hatsune, Sado Takashi, Sasaki Hiroyuki

    GENES TO CELLS   25 巻 ( 1 ) 頁: 54 - 64   2020年1月

  6. Poorly controlled diabetes during pregnancy and lactation activates the Foxo1 pathway and causes glucose intolerance in adult offspring

    Inoguchi Yukihiro, Ichiyanagi Kenji, Ohishi Hiroaki, Maeda Yasutaka, Sonoda Noriyuki, Ogawa Yoshihiro, Inoguchi Toyoshi, Sasaki Hiroyuki

    SCIENTIFIC REPORTS   9 巻 ( 1 ) 頁: 10181   2019年7月

  7. Novel roles of Drosophila FUS and Aub responsible for piRNA biogenesis in neuronal disorders

    Wakisaka Keiko Tsuji, Tanaka Ryo, Hirashima Tomoki, Muraoka Yuuka, Azuma Yumiko, Yoshida Hideki, Tokuda Takahiko, Asada Satoshi, Suda Kojiro, Ichiyanagi Kenji, Ohno Seiko, Itoh Masanobu, Yamaguchi Masamitsu

    BRAIN RESEARCH   1708 巻   頁: 207 - 219   2019年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.brainres.2018.12.028

    Web of Science

    PubMed

  8. TE studies in Japan: the fourth Japanese meeting on host-transposon interactions

    Ichiyanagi Kenji, Saito Kuniaki

    MOBILE DNA   10 巻   頁: 11   2019年3月

  9. Accurate estimation of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA

    Matsuda Shigeru, Yasukawa Takehiro, Sakaguchi Yuriko, Ichiyanagi Kenji, Unoki Motoko, Gotoh Kazuhito, Fukuda Kei, Sasaki Hiroyuki, Suzuki Tsutomu, Kang Dongchon

    SCIENTIFIC REPORTS   8 巻 ( 1 ) 頁: 5801   2018年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-018-24251-z

    Web of Science

    PubMed

  10. Combined Loss of JMJD1A and JMJD1B Reveals Critical Roles for H3K9 Demethylation in the Maintenance of Embryonic Stem Cells and Early Embryogenesis

    Kuroki Shunsuke, Nakai Yuji, Maeda Ryo, Okashita Naoki, Akiyoshi Mika, Yamaguchi Yutaro, Kitano Satsuki, Miyachi Hitoshi, Nakato Ryuichiro, Ichiyanagi Kenji, Shirahige Katsuhiko, Kimura Hiroshi, Shinkai Yoichi, Tachibana Makoto

    STEM CELL REPORTS   10 巻 ( 4 ) 頁: 1340-1354   2018年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.stemcr.2018.02.002

    Web of Science

    PubMed

  11. Association of zygotic piRNAs derived from paternal P elements with hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster

    Wakisaka Keiko Tsuji, Ichiyanagi Kenji, Ohno Seiko, Itoh Masanobu

    MOBILE DNA   9 巻   頁: 7   2018年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/s13100-018-0110-y

    Web of Science

    PubMed

  12. Locus-specific hypomethylation of the mouse IAP retrotransposon is associated with transcription factor-binding sites

    Shimosuga Ken-ichi, Fukuda Kei, Sasaki Hiroyuki, Ichiyanagi Kenji

    MOBILE DNA   8 巻   頁: 20   2017年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/s13100-017-0105-0

    Web of Science

    PubMed

  13. Locus-specific hypomethylation of the mouse IAP retrotransposon is associated with transcription factor-binding sites. 査読有り

    Shimosuga KI, Fukuda K, Sasaki H, Ichiyanagi K.

    MOBILE DNA   8 巻   頁: 20   2017年12月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/s13100-017-0105-0.

  14. Diversity of P-element piRNA production among M' and Q strains and its association with P-M hybrid dysgenesis in Drosophila melanogaster. 査読有り

    Wakisaka KT, Ichiyanagi K, Ohno S, Itoh M

    MOBILE DNA   8 巻   頁: 13   2017年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  15. Evolution of the sperm methylome of primates is associated with retrotransposon insertions and genome instability 査読有り

    Fukuda Kei, Inoguchi Yukihiro, Ichiyanagi Kenji, Ichiyanagi Tomoko, Go Yasuhiro, Nagano Masashi, Yanagawa Yojiro, Takaesu Noboru, Ohkawa Yasuyuki, Imai Hiroo, Sasaki Hiroyuki

    HUMAN MOLECULAR GENETICS   26 巻 ( 18 ) 頁: 3508 - 3519   2017年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/hmg/ddx236

    Web of Science

    PubMed

  16. Switching of dominant retrotransposon silencing strategies from posttranscriptional to transcriptional mechanisms during male germ-cell development in mice 査読有り

    Inoue Kota, Ichiyanagi Kenji, Fukuda Kei, Glinka Michael, Sasaki Hiroyuki

    PLOS GENETICS   13 巻 ( 7 ) 頁: e1006926   2017年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1371/journal.pgen.1006926

    Web of Science

    PubMed

  17. The genetic diversity of D-loop sequences in eastern bent-winged bats (Miniopterus fuliginosus) living in Wakayama Prefecture, Japan 査読有り

    Iida Keisuke, Kobayashi Ryosuke, Hengjan Yupadee, Nagata Nao, Yonemitsu Kenzo, Nunome Mitsuo, Kuwata Ryusei, Suzuki Kazuo, Ichiyanagi Kenji, Maeda Ken, Ohmori Yasushige, Hondo Eiichi

    JOURNAL OF VETERINARY MEDICAL SCIENCE   79 巻 ( 6 ) 頁: 1142 - 1145   2017年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1292/jvms.17-0152

    Web of Science

    PubMed

  18. Iron-heme-Bach1 axis is involved in erythroblast adaptation to iron deficiency 査読有り

    Kobayashi Masahiro, Kato Hiroki, Hada Hiroshi, Itoh-Nakadai Ari, Fujiwara Tohru, Muto Akihiko, Inoguchi Yukihiro, Ichiyanagi Kenji, Hojo Wataru, Tomosugi Naohisa, Sasaki Hiroyuki, Harigae Hideo, Igarashi Kazuhiko

    HAEMATOLOGICA   102 巻 ( 3 ) 頁: 454 - 465   2017年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3324/haematol.2016.151043

    Web of Science

    PubMed

  19. Software updates in the Illumina HiSeq platform affect whole-genome bisulfite sequencing. 査読有り

    Toh H, Shirane K, Miura F, Kubo N, Ichiyanagi K, Hayashi K, Saitou M, Suyama M, Ito T, Sasaki H

    BMC genomics   18 巻 ( 1 ) 頁: 31   2017年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1186/s12864-016-3392-9

    PubMed

  20. Chd5 regulates MuERV-L/MERVL expression in mouse embryonic stem cells via H3K27me3 modification and histone H3.1/H3.2. 査読有り

      117 巻   頁: 780-792   2016年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  21. TE studies in Japan: The third Japanese meeting on host-transposon interactions.

      7 巻   2016年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

    DOI: DOI: 10.1186/s13100-016-0082-8

  22. HSP90α plays an important role in piRNA biogenesis and retrotransposon repression in mouse. 査読有り

    Ichiyanagi T., Ichiyanagi K., Ogawa A., Kuramochi-Miyagawa S., Nakano T., Chuma S., Sasaki H., and Udono H.

    Nucleic Acids Res   42 巻   頁: 11903-11911   2014年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  23. Regulating Pol III transcription to change Pol II transcriptome. 招待有り

      13 巻   頁: 3625-3626   2014年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  24. Identification of both copy number variation-type and constant-type core elements in a large segmental duplication region of the mouse genome. 査読有り

    Umemori J., Mori A., Ichiyanagi K., Uno T., and Koide T.

    BMC Genomics   14 巻   頁: 455   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  25. DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes. 査読有り

    Fukuda K., Ichiyanagi K.*, Yamada Y., Go Y., Udono T., Wada S., Maeda M., Soejima H., Saitou N., Ito T., and Sasaki H.

    J Hum Genet   58 巻   頁: 446-454   2013年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  26. Accumulation and loss of non-CpG methylation during male germ-cell development. 査読有り

    Ichiyanagi T., Ichiyanagi K., Miyake M., and Sasaki H.

    Nucleic Acids Res   41 巻   頁: 738-745   2013年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  27. Epigenetic regulation of transcription and possible functions of mammalian short interspersed elements, SINEs. 査読有り

      88 巻   頁: 19-29   2013年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  28. Transposable elements in eukaryotic genomes: epigenetic regulation by the host and functionalization for the host. 査読有り

    Ichiyanagi K.

    Genes Genet Syst   88 巻   頁: 1   2013年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  29. Targeted gene silencing in mouse germ cells by insertion of a homologous DNA into a piRNA generating locus. 査読有り

    Yamamoto Y., Watanabe T., Hoki Y., Shirane K., Li Y., Ichiyanagi K., Kuramochi- Miyagawa S., Toyoda A., Fujiyama A., Oginuma M., Suzuki H., Sado T., Nakano T., and Sasaki, H.

    Genome Res   23 巻   頁: 292-299   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  30. Three novel ZBTB24 mutations identified in Japanese and Cape Verdean type 2 ICF syndrome patients. 査読有り

    Nitta H., Unoki M., Ichiyanagi K., Kosho T., Shigemura T., Takahashi H., Velasco G., Francastel C., Picard C., Kubota T., and Sasaki H.

    J Hum Genet   ( 58 ) 頁: 455-460   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  31. Inhibition of MspI cleavage activity by hydroxymethylation of the CpG site: A concern for DNA modification studies using restriction endonucleases. 査読有り

    Ichiyanagi K.

    Epigenetics   7 巻   頁: 131-136   2012年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  32. Locus- and domain-dependent control of DNA methylation at mouse B1 retrotransposons during male germ cell development. 査読有り

    Ichiyanagi K.*, Li Y., Watanabe T., Ichiyanagi T., Fukuda K., Kitayama J., Yamamoto Y., Kuramochi-Miyagawa S., Nakano T., Yabuta Y., Seki Y., Saitou M., and Sasaki H.

    Genome Res   21 巻   頁: 2058-2066   2011年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  33. Role for piRNAs and non-coding RNA in de novo DNA methylation of the imprinted mouse Rasgrf1 locus. 査読有り

    Watanabe T., Tomizawa S., Mitsuya K., Totoki Y., Yamamoto Y., Kuramochi-Miyagawa S., Iida N., Hoki Y., Murphy P.J., Toyoda A., Gotoh K., Hiura H., Arima T., Fujiyama A., Sado T., Shibata T., Nakano T., Lin H., Ichiyanagi K., Soloway P. D., and Sasaki H.

    Science   332 巻   頁: 848-852   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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書籍等出版物 3

  1. 改訂 遺伝単

    日本遺伝学会( 担当: 編集)

    エヌ・ティー・エス  2021年3月  ( ISBN:978-4860437121

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    総ページ数:456   著書種別:教科書・概説・概論

  2. ヒトゲノム事典 査読有り

    斎藤成也(編集委員長)( 担当: 共著 ,  範囲: 11.1 Roadmap Epigenome Project)

    一色出版  2020年12月  ( ISBN:978-4-910389-12-7

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    総ページ数:500   著書種別:事典・辞書

  3. 遺伝単

    日本遺伝学会( 担当: 編集)

    エヌ・ティー・エス  2017年9月  ( ISBN:978-4860434991

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    総ページ数:372  

講演・口頭発表等 3

  1. Paternal Transgenerational Epigenetic Inheritance of Diabetes in Mice

    Beverly Ann G. Boyboy, Tomoko Ichiyanagi, Hirohisa Nitta, Kenji Ichiyanagi

    第43回日本分子生物学会年会  2020年12月2日 

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    開催年月日: 2020年12月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

  2. マウス雄性生殖細胞発生過程におけるレトロトランスポゾンのエピジェネティッ ク制御機構

    一柳健司 、杉本大空 、川瀬雅貴

    第92回日本遺伝学会年会  2020年9月16日 

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    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  3. マウス精母細胞におけるSETDB1による遺伝子トレトロトランスポゾンの転写抑制機構

    川瀬雅貴、杉本大空、一柳健司

    第92回日本遺伝学会大会 

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    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

共同研究・競争的資金等の研究課題 5

  1. 父親の糖尿病状態が子に与えるエピジェネティックな変化の解明

    2020年4月 - 2021年9月

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:1000000円

  2. マウス生殖細胞形成過程の時間軸におけるエピジェネティック制御機構の変化

    2017年11月 - 2019年11月

  3. 生活習慣病による生殖細胞のエピジェネティック変化およびゲノム変異の発生機序

    2017年10月 - 2021年9月

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    資金種別:その他

    配分額:50000000円

  4. 生殖細胞形成におけるレトロトランスポゾン制御ネットワークの解明

    2013年4月 - 2014年3月

  5. マウス雄性生殖細胞形成過程におけるSINEレトロトランスポゾンのDNAメチル化ダイナミクス

    2009年4月 - 2010年4月

科研費 8

  1. ヒト特異的進化を生じさせたエピゲノム変遷プログラムの変化とその分子基盤の解明

    研究課題/研究課題番号:19K22452  2019年6月 - 2021年3月

    科学研究費補助金   挑戦的研究(萌芽)

    一柳 健司

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:6500000円 ( 直接経費:5000000円 、 間接経費:1500000円 )

    本研究の目的は、ヒト固有形質の獲得に至った進化メカニズムをエピジェネティクスおよび発生学的な観点から理解することである。特に他のヒト科霊長類には見られない筋肉や神経の形質に着目し、成人・成獣における違いが発生過程でどのように生じるのかを明らかにする。
    そこで、ヒトとチンパンジーのiPS細胞を出発点とした筋細胞や神経細胞への分化誘導系を用いて、細胞分化過程でトランスクリプトームやエピゲノムがどのように変遷するのかを種間で比較する。さらに、ゲノム編集技術を用いて、エピゲノム種間差がゲノム配列の違いによるかどうかを検討し、エピゲノム変化の分子基盤の解明も目指す。
    ヒトとチンパンジーのiPS細胞(メス、各2系統)を用いて、mRNA-seq解析およびH3K4me3、H3K27me3、H3K27acのChIP-seq解析を行い、種間比較した。種間のゲノム配列やゲノムアノテーションの違いをなくすため、どのシーケンスについても両種のゲノム配列にマッピングされるものだけを用い、ヒトゲノムのアノテーションにしたがって、遺伝子の解析を行った。mRNA-seqでは両種間で遺伝子発現量の違いはほとんどなく、発現量差がある遺伝子についても、特に際立った機能集団(未分化性維持、神経分化など)に偏っているわけではなかった。H3K4me3のピークも非常によく似ていたが、一方、H3K27me3のピークの中にはヒト特異的なものがあり、神経分化制御に関わる遺伝子の近くに多かった。これらの遺伝子はiPS細胞ではどちらも発現していないが、神経分化の際に発現タイミングや量に差が現れる可能性が示唆される。
    総じて、ヒトとチンパンジーのiPS細胞は形態のみならず、遺伝子発現パターンやエピゲノムが似ており、細胞分化過程における種間の違いとそのメカニズムを研究するにあたって、良い出発材料であることが確認できた。
    一方、分化実験に関しては、チンパンジーのiPS細胞をneurosphereに分化させるプロトコールを確立できた。
    これらの研究成果について、論文一報を発表し(Kitajima et al. Stem Cell Res 2020)、一報が投稿準備中である。
    予定していた通り、iPS細胞のエピゲノム比較、iPS細胞からの分化プロトコールの確立ができた。
    本年度はneurosphereへの分化に加え、neural crestへの分化も試みる。iPS細胞のエピゲノム比較では神経分化における遺伝子の近くにエピゲノムの違いがあったので、これらの分化過程について、トランスクリプトームとエピゲノムのタイムコース解析を行う。また、骨格筋細胞への分化プロトコールを確立し、同じくトランスクリプトームとエピゲノムの比較をタイムコースを取りながら行う。

  2. meRNAシーケンシング法の確立とSINE非コードRNAの機能解析

    研究課題/研究課題番号:16K14784  2016年4月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  

    一柳 健司

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:3900000円 ( 直接経費:3000000円 、 間接経費:900000円 )

    中程度の長さを持つRNAに関する発現解析方法が今までなかったので、本研究ではこれらのRNAを網羅的にシーケンシングする方法を開発することを第一番目の目標に研究を進めた。細胞内RNAを精製後にRppH酵素で処理し、アダプターを付加後にMiSeqでシーケンシングすることで(300 bpシングルエンド)、tRNA等の発現量を網羅的に解析する方法を確立した(meRNA-seq)。SINE発現に注目して、さらに解析を進め、SINEは生殖細胞で特異的に強く発現していること、ただ、その生殖細胞においてもDNAメチル化やpiRNAといったエピジェネティック制御機構によって抑制を受けていることを明らかにした。
    本研究によって、これまで解析が不可能であったAlu, B1, B2などのSINEレトロトランスポゾンの発現量について、ローカスを区別しながら、しかも定量的に解析できるようになった。特にAluの発現は癌化や神経疾患などの病態と関連があることが知られている。Aluはゲノムに100万コピーあり、その配列は少しずつ異なっているが、この解析方法を使えば、Aluが発現しているかどうかを全体で見るだけでなく、どんな配列をもったどのゲノムローカスにAluなのかというように個々に解析できる。また、細胞分化等に伴ってtRNAレパートリーがどのように変化するかなど、これまで不可能であった解析を可能にした。

  3. 生殖細胞形成過程におけるレトロトランスポゾン制御ネットワークの解明

    研究課題/研究課題番号:16H04817  2016年4月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  

    一柳 健司

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:17550000円 ( 直接経費:13500000円 、 間接経費:4050000円 )

    マウス生殖細胞でのレトロトランスポゾン制御機構を理解するため、野生型マウス、Dnmt3L KOマウス、Pld6 KOマウスの前駆精原細胞、精原細胞、精母細胞を回収し、strand-specific mRNA-seqによってレトロトランスポゾンの発現量を網羅的に調べた。その結果、マウス生殖細胞でのレトロトランスポゾン制御は、発生に伴ってpiRNA依存型からDNA依存型に徐々に変化することが明らかとなった。さらに、ChIP-seqを用いて精原細胞でヒストン修飾状態を調べたところ、DNAメチル化低下に伴って、H3K9me3が減少、H3K4me3が上昇していることを明らかにした。
    本研究によって、レトロトランスポゾン制御機構はある時点で転換するというよりは、徐々に変化していくことが明らかになった。したがって、レトロトランスポゾンを取り巻くクロマチン状況も徐々に経時的に変化していくものと思われる。今後は、そのクロマチン修飾の経時変化をとらえる必要がある。さらに、本研究からはもう一つ重要な発見が得られた。それは、DNAメチル化によってヒストン修飾が影響を受けうるということである。ヒストンのメチル化がDNAのメチル化に影響を与える例は多くても、その逆は報告がなく、新しいエピジェネティック制御の相互作用のあり方である。

  4. ゲノムインプリンティングとDNAメチル化のダイナミクスと制御

    研究課題/研究課題番号:25112010  2013年6月 - 2018年3月

    科学研究費補助金   新学術領域研究(研究領域提案型)

    佐々木 裕之

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    担当区分:連携研究者 

    哺乳類の発生に重要なゲノムインプリンティング現象及び転移性遺伝因子抑制に係るエピゲノム修飾について研究を行い、ヒストンH3K9メチル化が転移性因子の抑制のみならず生殖細胞の分化に重要であること、転移性因子抑制機構が精子形成過程においてRNA分解からDNAメチル化へと切り替わること、精子幹細胞の出現する前後にDNAメチル化と遺伝子発現が動的に変化すること、維持メチル化因子が卵子における新規DNAメチル化に必要であることなどを発見した。また、培養皿内で無限に増殖できる始原生殖細胞様細胞を用いて、生殖細胞誘導の前後におけるDNAメチル化と遺伝子発現の変化を世界で初めて報告した。

  5. エピジェネティック修飾と分子シャペロンによるレトロトランスポゾンの制御機構

    研究課題/研究課題番号:25503003  2013年4月 - 2016年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究代表者 

  6. マウス生殖細胞形成におけるSINE配列のDNAメチル化ダイナミクスと機能制御

    研究課題/研究課題番号:22770009  2010年4月 - 2012年3月

    科学研究費補助金  若手研究(B)

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    担当区分:研究代表者 

  7. マウスにおけるエピゲノム種内多型の同定および遺伝的多型や表現型多様性との関係性

    研究課題/研究課題番号:21200037  2009年4月 - 2012年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究

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    担当区分:研究代表者 

  8. ゲノム中に大量に散在するレトロトラスポゾン配列のゲノム機能における役割

    研究課題/研究課題番号:19770002  2007年3月 - 2009年3月

    科学研究費補助金  若手研究(B)

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    担当区分:研究代表者 

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担当経験のある科目 (本学) 13

  1. 資源生物科学基盤実験実習

    2020

  2. 資源生物科学実験実習

    2020

  3. 生物情報処理演習

    2020

  4. 分子細胞生物学1

    2020

  5. 遺伝学

    2020

  6. 生物情報処理演習

    2018

  7. 動物遺伝学特論

    2018

  8. 分子細胞生物学1

    2018

  9. 遺伝学

    2018

  10. 生物学基礎II

    2018

  11. 分子生物学基礎II

    2017

  12. 動物遺伝・生理学特論

    2016

  13. 遺伝学

    2016

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担当経験のある科目 (本学以外) 1

  1. エピジェネティクス特論

    2019年11月 九州大学)

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    科目区分:大学院専門科目 

 

学術貢献活動 2

  1. 編集委員 国際学術貢献

    Genes and Genetic Systems  2017年1月 - 現在

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    種別:査読等 

  2. 編集委員

    Mobile DNA  2014年1月 - 現在

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    種別:査読等