2021/11/12 更新

写真a

ムラカミ ヒロシ
村上 裕
MURAKAMI Hiroshi
所属
大学院工学研究科 生命分子工学専攻 分子生命化学 教授
大学院担当
大学院工学研究科
学部担当
工学部 化学生命工学科
職名
教授
連絡先
メールアドレス

学位 1

  1. 博士(工学) ( 2000年3月   岡山大学 ) 

研究キーワード 11

  1. 人工抗体

  2. リボソーム

  3. 遺伝暗号

  4. 非天然アミノ酸

  5. ペプチド

  6. タンパク質

  7. 翻訳反応

  8. 翻訳反応

  9. 遺伝暗号

  10. リボソーム

  11. 人工抗体

現在の研究課題とSDGs 3

  1. 高速人工抗体作製法の開発

  2. SARS-CoV-2に対する人工抗体作製

  3. 非タンパク質性アミノ酸を導入する汎用リボソームの開発

経歴 6

  1. 名古屋大学   未来社会創造機構 ナノライフシステム研究所 ナノバイオデバイス・ライフサイエンス・ELSI/EHS研究部門   兼任教授

    2019年4月 - 現在

  2. 名古屋大学(教授)

    2015年4月 - 現在

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    国名:日本国

  3. 東京大学(准教授)

    2009年4月 - 2015年3月

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    国名:日本国

  4. 東京大学大学院総合文化研究科 准教授

    2009年4月 - 2015年3月

  5. 東京大学(助教)

    2003年4月 - 2009年3月

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    国名:日本国

  6. 東京大学先端科学研究センター 助教

    2003年4月 - 2009年3月

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学歴 2

  1. 岡山大学   自然科学研究科   生物資源科学専攻

    1997年4月 - 2000年3月

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    国名: 日本国

  2. 岡山大学   工学研究科   生体機能応用工学専攻

    1995年4月 - 1997年3月

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    国名: 日本国

所属学協会 8

  1. 日本RNA学会

  2. 日本分子生物学会

  3. 日本ペプチド学会

  4. アメリカ化学会

  5. 日本化学会

  6. 日本ペプチド学会

  7. 日本分子生物学会

  8. 日本化学会

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委員歴 2

  1. ChemBioChem   Editorial Advisory Board  

    2021年9月 - 現在   

  2. 日本化学会 生体機能関連部会   幹事  

    2017年9月 - 現在   

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    団体区分:学協会

受賞 1

  1. 第13回(平成28年度)日本学術振興会賞

    2016年2月   独立行政法人日本学術振興会   非天然アミノ酸を含むペプチドの翻訳合成

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    受賞国:日本国

 

論文 68

  1. cDNA TRAP display for rapid and stable in vitro selection of antibody-like proteins. 国際誌

    Kondo T, Eguchi M, Kito S, Fujino T, Hayashi G, Murakami H

    Chemical communications (Cambridge, England)   57 巻 ( 19 ) 頁: 2416 - 2419   2021年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/d0cc07541h

    PubMed

  2. Antibody-like proteins that capture and neutralize SARS-CoV-2. 査読有り

    Kondo, T.; Iwatani, Y.; Matsuoka, K.; Fujino, T.; Umemoto, S.; Yokomaku, Y.; Ishizaki, K.; Kito, S.; Sezaki, T.; Hayashi, G.; Murakami, H.*

      6 巻 ( 42 ) 頁: eabd3916   2020年10月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  3. An amino acid-swapped genetic code. 査読有り

    Fujino, T.; Tozaki, M.; Murakami, H.*

    ACS Synthetic Biology   9 巻 ( 10 ) 頁: 2703 - 2713   2020年9月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  4. Ribosomal Synthesis of Peptides with Multiple β-Amino Acids. 査読有り

    Fujino T, Goto Y, Suga H, Murakami H

    Journal of the American Chemical Society   138 巻 ( 6 ) 頁: 1962-1969   2016年2月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/jacs.5b12482

    PubMed

  5. TRAP Display: A High-Speed Selection Method for the Generation of Functional Polypeptides 査読有り

    Takahiro Ishizawa, Takashi Kawakami, Patrick C. Reid, Hiroshi Murakami

    Journal of the American Chemical Society   135 巻 ( 14 ) 頁: 5433 - 5440   2013年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Here, we describe a novel method that enables highspeed in vitro selection of functional peptides, peptidomimetics, and proteins via a simple procedure. We first developed a new cell-free translation system, the TRAP system (transcription translation coupled with association of Euromycin linker), which automatically produces a polypeptide library through a series of sequential reactions: transcription, association of puromycin-DNA linker, translation, and conjugation between the nascent polypeptide and puromycin-DNA linker. We then applied the TRAP system for the selection of macrocyclic peptides against human serum albumin. Six rounds of selection using TRAP display were performed in approximately 14 h, yielding macrocyclic peptides with nanomolar affinity to their target protein. Because TRAP display enables high-speed selection of functional polypeptides, it will facilitate the generation of various polypeptides that are useful for biological and therapeutic applications.

    DOI: 10.1021/ja312579u

    Web of Science

    PubMed

  6. Construction of a Highly Diverse mRNA Library for in vitro Selection of Monobodies.

    Kondo T, Eguchi M, Tsuzuki N, Murata N, Fujino T, Hayashi G, Murakami H

    Bio-protocol   11 巻 ( 16 ) 頁: e4125   2021年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.21769/BioProtoc.4125

    PubMed

  7. Organoruthenium-Catalyzed Chemical Protein Synthesis to Elucidate the Functions of Epigenetic Modifications on Heterochromatin Factors. 招待有り 査読有り

    Kamo, N.; Kujirai, T.; Kurumizaka, H.; Murakami, H.; Hayashi, G.* Okamoto, A.*

    Chemical Science   12 巻   頁: 5926 - 5937   2021年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  8. Exploring the Minimal RNA Substrate of Flexizymes. 査読有り

    Fujino, T.; Kondo, T.; Suga, H.; Murakami, H.

    Chembiochem   20 巻 ( 15 ) 頁: 1959-1965   2019年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1002/cbic.201900150

  9. Multiple Site-Directed and Saturation Mutagenesis by the Patch Cloning Method. 査読有り

    Naohiro Taniguchi, Hiroshi Murakami

    Methods Mol Biol   1498 巻   頁: 339-347   2017年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/978-1-4939-6472-7_22

  10. Expanding the amino acid repertoire of ribosomal polypeptide synthesis via the artificial division of codon boxes. 査読有り

    Iwane Y, Hitomi A, Murakami H, Katoh T, Goto Y, Suga H

    Nature chemistry   8 巻 ( 4 ) 頁: 317-325   2016年4月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nchem.2446

    PubMed

  11. In Vitro Selection Combined with Ribosomal Translation Containing Non-proteinogenic Amino Acids. 査読有り

    Fujino T, Murakami H

    Chemical record (New York, N.Y.)   16 巻 ( 1 ) 頁: 365-377   2016年2月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/tcr.201500239

    PubMed

  12. Incorporation of electrically charged N-alkyl amino acids into ribosomally synthesized peptides via post-translational conversion. 査読有り

    Kawakami, T.*; Sasaki, T; Reid, P. C.; Murakami, H.

    Chemical Science   5 巻   頁: 887-893   2014年11月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1039/C3SC52744A

  13. ZFP36L1 and ZFP36L2 control LDLR mRNA stability via the ERK-RSK pathway. 査読有り

    Adachi S, Homoto M, Tanaka R, Hioki Y, Murakami H, Suga H, Matsumoto M, Nakayama KI, Hatta T, Iemura S, Natsume T

    Nucleic acids research   42 巻 ( 15 ) 頁: 10037-10049   2014年9月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gku652

    PubMed

  14. Nonstandard peptide expression under the genetic code consisting of reprogrammed dual sense codons. 査読有り

    Goto Y, Iseki M, Hitomi A, Murakami H, Suga H

    ACS chemical biology   8 巻 ( 12 ) 頁: 2630-2634   2013年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/cb400549p

    PubMed

  15. Reevaluation of the D-amino acid compatibility with the elongation event in translation. 査読有り

    Fujino T, Goto Y, Suga H, Murakami H

    Journal of the American Chemical Society   135 巻 ( 5 ) 頁: 1830-1837   2013年2月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ja309570x

    PubMed

  16. In vitro selection of multiple libraries created by genetic code reprogramming to discover macrocyclic peptides that antagonize VEGFR2 activity in living cells. 査読有り

    Kawakami T, Ishizawa T, Fujino T, Reid PC, Suga H, Murakami H

    ACS chemical biology   8 巻 ( 6 ) 頁: 1205-1214   2013年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/cb300697h

    PubMed

  17. Patch cloning method for multiple site-directed and saturation mutagenesis 査読有り

    Taniguchi, N; Nakayama, S; Kawakami, T.; Murakami, H.

    BMC Biotechnology     頁: 13:91   2013年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  18. Extensive reprogramming of the genetic code for genetically encoded synthesis of highly N-alkylated polycyclic peptidomimetics. 査読有り

    Kawakami, T.; Ishizawa, T.; Murakami, H

    Journal of the American Chemical Society   135 巻   頁: 12297-304   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  19. Diverse backbone-cyclized peptides via codon reprogramming. 査読有り

    Kawakami T, Ohta A, Ohuchi M, Ashigai H, Murakami H, Suga H

    Nature chemical biology   5 巻 ( 12 ) 頁: 888-890   2009年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nchembio.259

    PubMed

  20. A flexizyme that selectively charges amino acids activated by a water-friendly leaving group. 査読有り

    Niwa N, Yamagishi Y, Murakami H, Suga H

    Bioorganic & medicinal chemistry letters   19 巻 ( 14 ) 頁: 3892-3894   2009年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2009.03.114

    PubMed

  21. Ribosomal synthesis of cyclic peptides with a fluorogenic oxidative coupling reaction. 査読有り

    Yamagishi Y, Ashigai H, Goto Y, Murakami H, Suga H

    Chembiochem : a European journal of chemical biology   10 巻 ( 9 ) 頁: 1469-1472   2009年6月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cbic.200900021

    PubMed

  22. Ribosomal synthesis of dehydrobutyrine- and methyllanthionine-containing peptides. 査読有り

    Goto Y, Iwasaki K, Torikai K, Murakami H, Suga H

    Chemical communications (Cambridge, England)   ( 23 ) 頁: 3419-3421   2009年6月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/b904314d

    PubMed

  23. Ribosomal synthesis of peptides with C-terminal lactams, thiolactones, and alkylamides. 査読有り

    Nakajima E, Goto Y, Sako Y, Murakami H, Suga H

    Chembiochem : a European journal of chemical biology   10 巻 ( 7 ) 頁: 1186-1192   2009年5月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cbic.200900058

    PubMed

  24. Bases in the anticodon loop of tRNA(Ala)(GGC) prevent misreading. 査読有り

    Murakami H, Ohta A, Suga H

    Nature structural & molecular biology   16 巻 ( 4 ) 頁: 353-358   2009年4月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nsmb.1580

    PubMed

  25. Ribosomal synthesis of polypeptoids and peptoid-peptide hybrids. 査読有り

    Kawakami T, Murakami H, Suga H

    Journal of the American Chemical Society   130 巻 ( 50 ) 頁: 16861-16863   2008年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ja806998v

    PubMed

  26. Polymerization of alpha-hydroxy acids by ribosomes. 査読有り

    Ohta A, Murakami H, Suga H

    Chembiochem : a European journal of chemical biology   9 巻 ( 17 ) 頁: 2773-2778   2008年11月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cbic.200800439

    PubMed

  27. Initiating translation with D-amino acids. 査読有り

    Goto Y, Murakami H, Suga H

    RNA (New York, N.Y.)   14 巻 ( 7 ) 頁: 1390-1398   2008年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1261/rna.1020708

    PubMed

  28. Structural basis of specific tRNA aminoacylation by a small in vitro selected ribozyme. 査読有り

    Xiao H, Murakami H, Suga H, Ferré-D'Amaré AR

    Nature   454 巻 ( 7202 ) 頁: 358-361   2008年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nature07033

    PubMed

  29. Ribosomal synthesis of bicyclic peptides via two orthogonal inter-side-chain reactions. 査読有り

    Sako Y, Morimoto J, Murakami H, Suga H

    Journal of the American Chemical Society   130 巻 ( 23 ) 頁: 7232-7234   2008年6月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ja800953c

    PubMed

  30. Ribosomal synthesis of peptidase-resistant peptides closed by a nonreducible inter-side-chain bond. 査読有り

    Sako Y, Goto Y, Murakami H, Suga H

    ACS chemical biology   3 巻 ( 4 ) 頁: 241-249   2008年4月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/cb800010p

    PubMed

  31. Reprogramming the translation initiation for the synthesis of physiologically stable cyclic peptides. 査読有り

    Goto Y, Ohta A, Sako Y, Yamagishi Y, Murakami H, Suga H

    ACS chemical biology   3 巻 ( 2 ) 頁: 120-129   2008年2月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/cb700233t

    PubMed

  32. Messenger RNA-programmed incorporation of multiple N-methyl-amino acids into linear and cyclic peptides. 査読有り

    Kawakami T, Murakami H, Suga H

    Chemistry & biology   15 巻 ( 1 ) 頁: 32-42   2008年1月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.chembiol.2007.12.008

    PubMed

  33. Synthesis of polyester by means of genetic code reprogramming. 査読有り

    Ohta A, Murakami H, Higashimura E, Suga H

    Chemistry & biology   14 巻 ( 12 ) 頁: 1315-1322   2007年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.chembiol.2007.10.015

    PubMed

  34. The flexizyme system: a highly flexible tRNA aminoacylation tool for the translation apparatus. 査読有り

    Ohuchi M, Murakami H, Suga H

    Current opinion in chemical biology   11 巻 ( 5 ) 頁: 537-542   2007年10月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cbpa.2007.08.011

    PubMed

  35. [Reprogramming the genetic code using flexizyme]. 査読有り

    Sako Y, Murakami H, Suga H

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   52 巻 ( 13 Suppl ) 頁: 1643-1648   2007年10月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  36. Ribosomal Polyester Synthesis Using Reprogrammed Genetic Code 査読有り

    Atsushi Ohta, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga

    Kobunshi   56 巻 ( 4 ) 頁: 196 - 199   2007年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The translation apparatus is sophisticated machinery that polymerizes amino acids to polypeptide according to the genetic triplets encoded on messenger RNA (mRNA) sequence. Because of this property, ribosome generally acts as a superb template-directed polymer synthesizer and therefore translated polypeptide shows narrow distribution of molecular weights with complete controlled sequence. Unfortunately, this superior system is limited to polypeptide synthesis because of the lack of genetic code which converts genetic triplets to any monomers except for 20 natural amino acids. To expand the application of ribosome, we utilized the concept of genetic code reprogramming to assign several codons as hydroxy acids and performed mRNA-templated polyester synthesis. We have demonstrated the sequence and length of polyesters can be controlled by the mRNA sequence as designed. This is a novel technology for the synthesis of polyester and polyester-polypeptide copolymer for the investigation of new materials. © 2007, The Society of Polymer Science, Japan. All rights reserved.

    DOI: 10.1295/kobunshi.56.196

    Scopus

  37. In situ generation of aminoacyl-tRNAs assisted by ribozymes in translation apparatus. 査読有り

    Ohuchi M, Murakami H, Suga H

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 51 ) 頁: 115-116   2007年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrm058

    PubMed

  38. Exploration of incorporation of Nalpha-methylated amino acids into peptides by sense-suppression method. 査読有り

    Kawakami T, Murakami H, Suga H

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 51 ) 頁: 361-362   2007年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrm181

    PubMed

  39. [Expansion and reprogramming of genetic code by Flexizyme]. 査読有り

    Murakami H, Suga H

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   51 巻 ( 16 Suppl ) 頁: 2496-2501   2006年12月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  40. フレキシザイムを用いた遺伝暗号の拡張とリプログラミング (RNAと生命) -- (RNAテクノロジーと創薬)

    村上 裕, 菅 裕明

    蛋白質核酸酵素   51 巻 ( 16 ) 頁: 2496-2501   2006年12月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    CiNii Article

  41. Leucyl/Phenylalanyl-tRNA-protein transferase-mediated chemoenzymatic coupling of N-terminal Arg/Lys units in post-translationally processed proteins with non-natural amino acids. 査読有り

    Taki M, Kuno A, Matoba S, Kobayashi Y, Futami J, Murakami H, Suga H, Taira K, Hasegawa T, Sisido M

    Chembiochem : a European journal of chemical biology   7 巻 ( 11 ) 頁: 1676-1679   2006年11月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cbic.200600181

    PubMed

  42. テクノ・トレンド フレキシザイム--遺伝暗号の拡張とリプログラミングへの応用

    村上 裕, 菅 裕明

    バイオテクノロジージャーナル   6 巻 ( 6 ) 頁: 734-737   2006年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    CiNii Article

  43. A highly flexible tRNA acylation method for non-natural polypeptide synthesis. 査読有り

    Murakami H, Ohta A, Ashigai H, Suga H

    Nature methods   3 巻 ( 5 ) 頁: 357-359   2006年5月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nmeth877

    PubMed

  44. セントラルドグマをつくりかえる (特集 生命をデザインする合成生物学)

    村上 裕, 菅 裕明, 平尾 一郎

    バイオニクス   3 巻 ( 3 ) 頁: 34-39   2006年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    CiNii Article

  45. Flexizyme as a versatile tRNA acylation catalyst and the application for translation. 査読有り

    Murakami H, Ohta A, Goto Y, Sako Y, Suga H

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 50 ) 頁: 35-36   2006年

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrl018

    PubMed

  46. In vitro evolution of flexizymes that function under the conditions in translation system. 査読有り

    Ohuchi M, Murakami H, Suga H

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 50 ) 頁: 299-300   2006年

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrl149

    PubMed

  47. Translation initiation by using various N-acylaminoacyl tRNAs. 査読有り

    Goto Y, Ashigai H, Sako Y, Murakami H, Suga H

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 50 ) 頁: 293-294   2006年

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrl146

    PubMed

  48. Programmable ribozymes for mischarging tRNA with nonnatural amino acids and their applications to translation. 査読有り

    Kourouklis D, Murakami H, Suga H

    Methods (San Diego, Calif.)   36 巻 ( 3 ) 頁: 239-244   2005年7月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.ymeth.2005.04.001

    PubMed

  49. Designer ribozymes: programming the tRNA specificity into flexizyme. 査読有り

    Ramaswamy K, Saito H, Murakami H, Shiba K, Suga H

    Journal of the American Chemical Society   126 巻 ( 37 ) 頁: 11454-11455   2004年9月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ja046843y

    PubMed

  50. Position-specific incorporation of dansylated non-natural amino acids into streptavidin by using a four-base codon. 査読有り

    Hohsaka T, Muranaka N, Komiyama C, Matsui K, Takaura S, Abe R, Murakami H, Sisido M

    FEBS letters   560 巻 ( 1-3 ) 頁: 173-177   2004年2月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/S0014-5793(04)00099-7

    PubMed

  51. Using a solid-phase ribozyme aminoacylation system to reprogram the genetic code. 査読有り

    Murakami H, Kourouklis D, Suga H

    Chemistry & biology   10 巻 ( 11 ) 頁: 1077-1084   2003年11月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  52. [Artificial ribozymes: selection and application for nonnatural amino acid mutagenesis]. 査読有り

    Murakami H, Suga H

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   48 巻 ( 11 Suppl ) 頁: 1511-1518   2003年8月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  53. 人工リボザイム--試験管内分子進化と非天然アミノ酸変異法への応用 (化学と生物学の接点がつくるNewバイオテクノロジー) -- (新規遺伝子と蛋白質を創製する)

    村上 裕, 菅 裕明

    蛋白質核酸酵素   48 巻 ( 11 ) 頁: 1511-1518   2003年8月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    CiNii Article

  54. A versatile tRNA aminoacylation catalyst based on RNA. 査読有り

    Murakami H, Saito H, Suga H

    Chemistry & biology   10 巻 ( 7 ) 頁: 655-662   2003年7月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  55. Random insertion and deletion mutagenesis. 査読有り

    Murakami H, Hohsaka T, Sisido M

    Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)   231 巻   頁: 53-64   2003年

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1385/1-59259-395-X:53

    PubMed

  56. Position-specific incorporation of a fluorophore-quencher pair into a single streptavidin through orthogonal four-base codon/anticodon pairs. 査読有り

    Taki M, Hohsaka T, Murakami H, Taira K, Sisido M

    Journal of the American Chemical Society   124 巻 ( 49 ) 頁: 14586-14590   2002年12月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  57. Aminoacyl-tRNA synthesis by a resin-immobilized ribozyme. 査読有り

    Murakami H, Bonzagni NJ, Suga H

    Journal of the American Chemical Society   124 巻 ( 24 ) 頁: 6834-6835   2002年6月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  58. Random insertion and deletion of arbitrary number of bases for codon-based random mutation of DNAs. 査読有り

    Murakami H, Hohsaka T, Sisido M

    Nature biotechnology   20 巻 ( 1 ) 頁: 76-81   2002年1月

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/nbt0102-76

    PubMed

  59. A novel fluorescent nonnatural amino acid that can be incorporated into a specific position of streptavidin. 査読有り

    Taki M, Hohsaka T, Murakami H, Kuno A, Hasegawa T, Taira K, Sisido M

    Nucleic acids research. Supplement (2001)   ( 2 ) 頁: 203-204   2002年

     詳細を見る

    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    PubMed

  60. A non-natural amino acid for efficient incorporation into proteins as a sensitive fluorescent probe

    Taki, M. and Hohsaka, T. and Murakami, H. and Taira, K. and Sisido, M.

    FEBS Letters   507 巻 ( 1 ) 頁: 35-38   2001年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  61. Five-base codons for incorporation of nonnatural amino acids into proteins

    Hohsaka, T. and Ashizuka, Y. and Murakami, H. and Sisido, M.

    Nucleic Acids Res.   29 巻 ( 17 ) 頁: 3646-3651   2001年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  62. Incorporation of nonnatural amino acids into proteins by using various four-base codons in an Escherichia coli in vitro translation system

    Hohsaka, T. and Ashizuka, Y. and Taira, H. and Murakami, H. and Sisido, M.

    Biochemistry   40 巻 ( 37 ) 頁: 11060-11064   2001年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  63. Site-directed incorporation of fluorescent nonnatural amino acids into streptavidin for highly sensitive detection of biotin

    Hiroshi Murakami, Takahiro Hohsaka, Yuki Ashizuka, Kimiko Hashimoto, Masahiko Sisido

    Biomacromolecules   1 巻 ( 1 ) 頁: 118 - 125   2000年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society  

    Fluorescent nonnatural amino acids were incorporated into specific positions of streptavidin. The positions of the nonnatural amino acids were directed by a CGGG/CCCG four-base codon/anticodon pair. The nonnatural mutants with a single 2-anthrylalanine at the 22nd, 43rd, 54th, and 120th positions, respectively, were found to bind biotin, indicating that the mutants retained active conformation. The fluorescence intensities of the anthryl groups were relatively insensitive to the positions and the biotin binding when excited at 265 nm. When the anthryl group at the 120th position was excited through energy transfer from tryptophan units, the fluorescence intensity markedly decreased with biotin binding, because of a suppression of the energy transfer. Amino acids carrying 7-methoxycoumarine fluorophore were also incorporated at the 120th position Their fluorescence quantum yields were very sensitive to the biotin binding. The high sensitivity of the coumarine-labeled streptavidin exemplifies potential applications of fluorescent nonnatural mutants for detecting specific molecules at very low concentrations.

    DOI: 10.1021/bm990012g

    Scopus

    PubMed

  64. A chiral Eu3+-thienoyltrifluoroacetone complex on an avidin tetramer: luminescence and CD studies on the supramolecular protein-metal chelate complex

    Taki, M. and Murakami, H. and Sisido, M.

    Chem. Commun.   ( 13 ) 頁: 1199-1200   2000年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  65. Efficient incorporation of nonnatural amino acids with large aromatic groups into streptavidin in in vitro protein synthesizing systems

    Hohsaka, T. and Kajihara, D. and Ashizuka, Y. and Murakami, H. and Sisido, M.

    J. Am. Chem. Soc.   121 巻 ( 1 ) 頁: 34-40   1999年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  66. Incorporation of two different nonnatural amino acids independently into a single protein through extension of the genetic code

    Hohsaka, T. and Ashizuka, Y. and Sasaki, H. and Murakami, H. and Sisido, M.

    J. Am. Chem. Soc.   121 巻 ( 51 ) 頁: 12194-12195   1999年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  67. Site-directed incorporation of p-nitrophenylalanine into streptavidin and site-to-site photoinduced electron transfer from a pyrenyl group to a nitrophenyl group on the protein framework

    Murakami, H. and Hohsaka, T. and Ashizuka, Y. and Sisido, M.

    J. Am. Chem. Soc.   120 巻 ( 30 ) 頁: 7520-7529   1998年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  68. Incorporation of nonnatural amino acids into streptavidin through in vitro frame-shift suppression

    Hohsaka, T. and Ashizuka, Y. and Murakami, H. and Sisido, M.

    J. Am. Chem. Soc.   118 巻 ( 40 ) 頁: 9778-9779   1996年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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書籍等出版物 1

  1. 創薬研究者がこれだけは知っておきたい最新のウイルス学

    近藤太志、梅本駿、藤野公茂、林剛介、村上裕( 担当: 分担執筆 ,  範囲: 新型コロナウイルスに対する迅速な人工抗体創製)

    技術情報協会  2021年8月  ( ISBN:978-4-86104-855-5

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    総ページ数:601   担当ページ:10  

講演・口頭発表等 25

  1. SARS-CoV-2を捕捉する人工抗体の迅速創製 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    第31回基礎及び最新の分析化学講習会  2021年11月9日 

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    開催年月日: 2021年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  2. 新型コロナウイルスを捕まえる人工抗体をつくる 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    第11回 CSJ化学フェスタ  2021年10月20日 

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    開催年月日: 2021年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  3. 新型コロナウイルスに対する人工抗体の迅速創製 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    化学工学会第52回秋季大会  2021年9月24日 

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  4. SARS-CoV-2 に対する Monobody の親和性成熟による従来株及び 変異株に対する中和活性の向上

    近藤太志,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,林剛介,岩谷靖雅,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月10日 

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  5. 維持メチル化機構解明を指向したジユビキチン化PAF15タンパク質の化学合成

    高橋侑也,郡聡美,有田恭平,林剛介,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月9日 

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  6. 高効率ペプチドライゲーションのための新規セレノエステル合成法の開発

    橋本雅也,林剛介,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月9日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  7. パラジウム錯体を利用したコロナウイルス結合人工抗体の効率的全合成

    小澤英知,林剛介,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月9日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  8. C末端配列改変による人工抗体Monobodyの可溶性向上 –SARS-CoV-2中和抗体医薬への応用を指向して–

    梅本駿,齊木輝,近藤太志,藤野公茂,林剛介,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:On line  

  9. 天然・転写tRNAによるSer/Leu交換遺伝暗号の翻訳高効率化

    藤野公茂,園田凌吾,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  10. 2-aminobenzamide誘導体を用いたN末端チアゾリジン脱保護による高効率one-potペプチド連結法

    中津幸輝,村上裕,林剛介,岡本晃充

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021年9月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:On line  

  11. 人工抗体迅速創製法によるSARS-CoV-2変異株中和抗体の創製 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,林剛介,村上裕

    第8回バイオ関連化学シンポジウム若手フォーラム  2021年9月3日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:On line  

  12. SARS-CoV-2 由来スパイクタンパク質に対する迅速な人工抗体創製 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    第34回 日本動物細胞工学会2021年度大会  2021年7月28日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:On line  

  13. 新型コロナウイルスに対する迅速な人工抗体創製 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    第68回構造生物応用研究会  2021年7月15日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:On line  

  14. SARS-CoV-2に対する人工抗体の高速創製 招待有り

    近藤太志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    第21回日本蛋白質科学会年会  2021年6月18日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:On line  

  15. 新型コロナウイルスに対する迅速な人工抗体創製 招待有り

    近藤大志,岩谷靖雅,松岡和弘,藤野公茂,梅本駿,横幕能行,林剛介,村上裕

    構造生物学・化学・計算科学を融合させたウイルス・パンデミックに対する取り組み  2021年4月2日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年4月

    記述言語:日本語  

  16. Ru触媒を用いたリンカーヒストンH1.2とHP1αの化学合成とその翻訳後修飾の機能解析

    加茂 直己、鯨井 智也、胡桃坂 仁志、村上 裕、林 剛介、岡本 晃充

    日本化学会 第101回春期年会  2021年3月22日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  17. セレノシステインを用いたセレノエステル合成とペプチド連結反応への応用

    橋本 雅也、林 剛介、村上 裕

    日本化学会 第101回春期年会  2021年3月21日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  18. High-speed selection of antibody-like proteins that capture and neutralize SARS-CoV-2 国際会議

    2021年3月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  19. 高速人工抗体創製法の開発とSARS-CoV-2中和抗体作製への応用 招待有り

    村上裕

    生物化学的測定研究会 第25回学術シンポジウム  2020年11月6日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  20. SARS-CoV-2を結合・中和する人工抗体の開発

    村上裕

    第14回バイオ関連化学シンポジウム  2020年9月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  21. SARS-CoV-2由来スパイクタンパク質に対する高親和性人工抗体の高速創製

    近藤 太志・岩谷 靖雅・松岡 和弘・藤野 公茂・梅本 駿・横幕 能行・林 剛介・村上 裕

    第14回バイオ関連化学シンポジウム  2020年9月7日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  22. 低分子リガンドに特異的に結合する人工抗体の創製

    都築 成晃・吉井 達之・近藤 大志・藤野 公茂・林 剛介・築地 真也・村上 裕

    第14回バイオ関連化学シンポジウム  2020年9月7日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  23. アミノ酸入れ替え遺伝暗号の開発

    藤野 公茂・戸崎 将弘・村上 裕

    第14回バイオ関連化学シンポジウム  2020年9月7日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  24. TRAP提示法を用いた機能性ペプチド•人工抗体選択 招待有り

    村上裕

    化学工学会第49回秋季大会 

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    開催年月日: 2017年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  25. 翻訳合成系を用いた進化分子工学・合成生物学 招待有り

    村上裕

    ChemBio講演会2017-1 

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    開催年月日: 2017年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

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共同研究・競争的資金等の研究課題 1

  1. 人工RNA触媒を用いた革新的な創薬技術の開発

    2005年4月 - 2008年3月

    分野横断的公募事業 若手研究グラント 3年型 

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    資金種別:競争的資金

科研費 6

  1. 抗体医薬を真に置き換える小タンパク質医薬の開発

    研究課題/研究課題番号:21H02061  2021年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    森 健, 村上 裕

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    担当区分:研究分担者 

    本研究では、二つの目的を達成する小タンパク質医薬を創製する。一つは抗体医薬の問題である高い薬価を克服する安価なタンパク質医薬でありながら、抗体と同等の細胞傷害活性を持つFc-ARMである。もう一つは、抗がん薬に対するがんの耐性獲得の問題を克服する小タンパク質医薬pH-ARMである。Fc-ARMの概念は申請者が報告してきたものであるが、本研究では、Fc親和性の高い小タンパク質を大規模な無細胞系RNAライブラリーよりスクリーニングして見いだし、用いることで抗体医薬に匹敵する性能を発揮すると期待される。また、pH-ARMは新しい概念であり、耐性がんの克服は、未解決の課題であり、本法は原理的にその問題を解決しうるものである。

  2. 高速人工抗体創製法 の開発とタンパク質 1分子単位定量への 応用

    2015年4月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(A)

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    担当区分:研究代表者 

  3. 新遺伝暗号の創成

    2015年4月 - 2016年3月

    科学研究費補助金 

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    担当区分:研究代表者 

  4. JSPS 特殊ペプチド増幅法の開発と創薬への応

    2010年4月 - 2014年3月

    科学研究費補助金  最先端・次世代研究開発支援プログラ

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    担当区分:研究代表者 

  5. ポリペプチド翻訳合成:D体アミノ酸とベータアミノ酸への新展開

    2008年4月 - 2011年3月

    科学研究費補助金  若手研究(A)

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    担当区分:研究代表者 

  6. 新規アミノアシルtRNA合成リボザイムの創製

    2005年4月 - 2007年3月

    科学研究費補助金  若手研究(B)

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    担当区分:研究代表者 

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産業財産権 9

  1. フィブロネクチンIII型ドメイン骨格を含むポリペプチド

    村上裕、都築成晃、近藤太志、林剛介、藤野公茂、築地真也、吉井達之

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    出願番号:PCT/JP2021/031961  出願日:2021年8月

  2. SARS−CoV−2結合性分子

    村上裕、岩谷靖雅、近藤太志、藤野公茂、林剛介、梅本駿

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    出願人:国立大学法人東海国立大学機構、国立大学法人 名古屋工業大学

    出願番号:PCT/JP2021/018668  出願日:2021年5月

  3. ポリペプチドを製造するための新遺伝暗号と翻訳系、及びポリペプチドの製造方法

    村上 裕、石沢尭大

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    出願番号:2015-19173  出願日:2015年9月

    出願国:国内  

  4. 荷電性非タンパク質性アミノ酸含有ペプチドの製造方法

    村上 裕、川上 隆史、パトリック・リード、佐々木 亨

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    出願人:国立大学法人東京大学、ペプチドリーム株式会社

    出願番号:特願2013-162440  出願日:2014年8月

    出願国:国内  

  5. ペプチドライブラリの製造方法、ペプチドライブラリ、及びスクリーニング方法

    村上 裕、川上隆史、石沢尭大、パトリック・リード、佐々木亨

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    出願人:国立大学法人東京大学、ペプチドリーム株式会社

    出願番号:特願2013-100661  出願日:2013年5月

    出願国:国内  

  6. 血管内皮細胞増殖因子受容体阻害ペプチド

    村上 裕、川上隆史、石沢尭大、菅裕明、パトリック・リード

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    出願人:国立大学法人東京大学、ペプチドリーム株式会社

    出願番号:特願2012-193453  出願日:2012年9月

    出願国:国内  

  7. 新規人工翻訳合成系

    菅 裕明、村上 裕、後藤 佑樹

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    出願人:国立大学法人東京大学、ペプチドリーム株式会社

    出願番号:特願2010-270958  出願日:2011年8月

    出願国:国内  

  8. 多目的アシル化触媒とその用途

    菅裕明、村上裕

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    出願人:国立大学法人東京大学

    出願番号:特許第5119444号  出願日:2005年12月

    出願国:国内  

  9. RIBOZYMES WITH BROAD tRNA AMINOACYLATION ACTIVITY

    SUGA, Hiroaki, MURAKAMI, Hiroshi, SAITO, Hirohide

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    出願人:THE RESEARCH FOUNDATION OF STATE UNIVERSITY OF NEW YORK

    出願番号:米国US Patent 7,622,248 B2  出願日:2003年2月

    出願国:国内  

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担当経験のある科目 (本学) 1

  1. 分析化学3

    2021

 

メディア報道 3

  1. 新型コロナに対する人工抗体 テレビ・ラジオ番組

    NHK、CBC放送  2020年9月

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    執筆者:本人以外 

  2. 新型コロナ捕まえる「人工抗体」 短期間で作る手法開発 新聞・雑誌

    読売新聞、中日新聞、朝日新聞、共同通信、等その他12社  2020年9月

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    執筆者:本人以外 

  3. Vol.7 かつてない速さで抗体をつくる〜新型コロナウイルスとその先へ〜 インターネットメディア

    名古屋大学産学連携  2020年11月