2024/04/10 更新

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アベ ヒロシ
阿部 洋
ABE Hiroshi
所属
糖鎖生命コア研究所 統合生命医科学糖鎖研究センター 分子生理・動態部門 教授
大学院理学研究科 教授
大学院担当
大学院理学研究科
職名
教授
外部リンク

学位 1

  1. 博士(薬学) ( 2001年3月   北海道大学 ) 

研究分野 1

  1. ライフサイエンス / 生物有機化学

経歴 10

  1. 名古屋大学大学院理学研究科物質理学専攻(化学系)生物化学研究室・教授

    2015年3月 - 現在

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    国名:日本国

  2. 名古屋大学   大学院理学研究科 物質理学専攻化学系   教授

    2015年3月 - 現在

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  3. 北海道大学大学院薬学研究院・准教授

    2013年8月 - 2015年3月

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    国名:日本国

  4. 科学技術振興機構 研究領域:「脳神経回路の形成・動作と制御」・さきがけ研究員

    2011年10月 - 2015年3月

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    国名:日本国

  5. 科学技術振興機構   さきがけ研究員

    2011年10月 - 2015年3月

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  6. 独立行政法人理化学研究所   専任研究員

    2009年4月 - 2013年8月

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  7. 独立行政法人理化学研究所・専任研究員

    2009年4月 - 2013年7月

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    国名:日本国

  8. 独立行政法人理化学研究所・研究員

    2005年6月 - 2009年3月

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    国名:日本国

  9. 独立行政法人理化学研究所   研究員

    2005年6月 - 2009年3月

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  10. 米国スタンフォード大学   化学科   博士研究員

    2002年4月 - 2005年5月

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学歴 2

  1. 北海道大学   薬学研究科   創薬化学専攻

    1998年4月 - 2001年3月

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    国名: 日本国

  2. 北海道大学   薬学部

    1988年4月 - 1991年3月

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    国名: 日本国

所属学協会 2

  1. 日本薬学会

  2. 日本化学会

委員歴 1

  1. 日本核酸医薬学会   幹事  

受賞 4

  1. 学術賞

    2021年6月   日本核酸医薬学会  

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  2. 長瀬研究振興賞

    2014年4月  

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  3. 第58回高分子研究発表会(神戸) ヤングサイエンティスト講演賞

    2012年7月  

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  4. 理化学研究所 研究奨励賞

    2012年3月  

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論文 238

  1. Structural optimization of pseudorotaxane-forming oligonucleotides for efficient and stable complex formation

    Onizuka Kazumitsu, Miyashita Takuya, Chikuni Tomoko, Ozawa Mamiko, Abe Hiroshi, Nagatsugi Fumi

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   46 巻 ( 17 ) 頁: 8710 - 8719   2018年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleic Acids Research  

    Interlocked structures, such as rotaxane and catenane, combine both static and dynamic properties. To expand their unique properties into the chemical biology field, a spontaneous formation method of the interlocked structures with the target would be ideal. We have previously developed a pseudorotaxane-forming oligo DNA (prfODN) to spontaneously form topological DNA/RNA architectures. In this study, we report the structural optimization of prfODNs for the efficient and stable complex formation. The optimized prfODNs efficiently formed pseudorotaxane structures with a DNA or RNA target, and the yield for the RNA target reached 85% in 5 min. In addition, the optimized prfODNs could form the pseudorotaxane structure with a smaller ring size and the structure significantly increased the kinetic stability. Furthermore, the catenane structure was successfully formed with the optimized prfODNs to provide the conclusive evidence for the formation of the threaded structure. This information will be valuable for developing new chemical methods using functional nucleic acids for antisense oligo nucleotides and DNA/RNA nanotechnology.

    DOI: 10.1093/nar/gky744

    Web of Science

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  2. MGST1, a GSH transferase/peroxidase essential for development and hematopoietic stem cell differentiation

    Brautigam Lars, Zhang Jie, Dreij Kristian, Spahiu Linda, Holmgren Arne, Abe Hiroshi, Tew Kenneth D., Townsend Danyelle M., Kelner Michael J., Morgenstern Ralf, Johansson Katarina

    REDOX BIOLOGY   17 巻   頁: 171 - 179   2018年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Redox Biology  

    We show for the first time that, in contrast to other glutathione transferases and peroxidases, deletion of microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) in mice is embryonic lethal. To elucidate why, we used zebrafish development as a model system and found that knockdown of MGST1 produced impaired hematopoiesis. We show that MGST1 is expressed early during zebrafish development and plays an important role in hematopoiesis. High expression of MGST1 was detected in regions of active hematopoiesis and co-expressed with markers for hematopoietic stem cells. Further, morpholino-mediated knock-down of MGST1 led to a significant reduction of differentiated hematopoietic cells both from the myeloid and the lymphoid lineages. In fact, hemoglobin was virtually absent in the knock-down fish as revealed by diaminofluorene staining. The impact of MGST1 on hematopoiesis was also shown in hematopoietic stem/progenitor cells (HSPC) isolated from mice, where it was expressed at high levels. Upon promoting HSPC differentiation, lentiviral shRNA MGST1 knockdown significantly reduced differentiated, dedicated cells of the hematopoietic system. Further, MGST1 knockdown resulted in a significant lowering of mitochondrial metabolism and an induction of glycolytic enzymes, energetic states closely coupled to HSPC dynamics. Thus, the non-selenium, glutathione dependent redox regulatory enzyme MGST1 is crucial for embryonic development and for hematopoiesis in vertebrates.

    DOI: 10.1016/j.redox.2018.04.013

    Web of Science

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    PubMed

  3. Chemical ligation reaction for oligonucleotides based on electrophilic phosphorothioester

    Kimura Yasuaki, Maruyama Hideto, Oikawa Ryota, Hayakawa Mayu, Abe Naoko, Tsuji Genichiro, Matsuda Akira, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   255 巻   頁: .   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

  4. Effect of sigma-pi conjugation between Si-Si bond and pyridine ring in tris(trimethylsilyl) silylpyridine on its spectroscopic property and SN2 reaction with methyl iodide

    Ichinose Wataru, Abe Hiroshi, Shuto Satoshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   251 巻   2016年3月

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  5. Sustained delivery of siRNA from dopamine-coated stainless steel surfaces (vol 9, pg 6753, 2013)

    Joddar Binata, Albayrak Aydin, Kang Jeonghwa, Nishihara Mizuki, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    ACTA BIOMATERIALIA   10 巻 ( 8 ) 頁: 3811 - 3811   2014年8月

  6. Development of rapid DNA templated reaction based on nucleophilic aromatic substitution reaction

    Shibata Aya, Abe Hiroshi, Uzawa Takanori, Nakano Yukiko, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   247 巻   2014年3月

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  7. Synthesis of active siRNA species via chemical ligation

    Maruyama Hideto, Matsuda Akira, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   247 巻   2014年3月

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  8. PEGylated antibodies and DNA in organic media and genetic PEGylation

    Tada S., Abe H., Ito Y.

    ACS Symposium Series   1144 巻   頁: 223 - 233   2013年11月

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    出版者・発行元:ACS Symposium Series  

    Polyethylene glycol (PEG) is an amphiphilic polymer that is soluble in both water and organic media and can add many functions to biopolymers by conjugation. Here, PEG was coupled to antibodies or oligonucleotides for solubilization into organic media. The former interacted with antigens and the latter formed specific structures and had catalytic activity in organic media. In addition, we attempted to incorporate PEG genetically into a polypeptide. Although the PEG incorporation ratio decreased as the molecular weight of PEG was increased, PEG with a molecular weight of ≤1000 Da was incorporated successfully. The potential applications of PEGylated biopolymers and the methodology for gene PEGylation are discussed. © 2013 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/bk-2013-1144.ch016

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  9. PEGylated Antibodies and DNA in Organic Media and Genetic PEGylation

    Tada Seiichi, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    GREEN POLYMER CHEMISTRY: BIOCATALYSIS AND MATERIALS II   1144 巻   頁: 223 - 233   2013年

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  10. Peroxidase Activity of G-Quadruplex Hemin-Binding DNA Aptamers Determined by Electrochemical Measurement

    Kubo I., Eguchi T., Hoshino Y., Liu M., Abe H., Ito T.

    BIOENGINEERING BASED ON ELECTROCHEMISTRY   50 巻 ( 28 ) 頁: 1 - 7   2013年

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    出版者・発行元:ECS Transactions  

    Certain guanine-rich DNA oligomers that form a G-quadruplex structure and bind hemin inside are called hemin-binding DNA aptamers. A hemin-binding DNA aptamer with the 4c15 sequence forms a parallel G quadraplex and the PS2.M sequence folds and forms an anti-parallel structure. We propose a novel method to examine the peroxidase activity of hemin-binding DNA aptamers through electrochemical measurements. In this study, a polyA chain and thiol were introduced to the 5' terminal of each oligonucleotide. The peroxidase activity of hemin-binding DNA aptamers was determined after modifying a gold electrode with the aptamers. The distance to hemin from the surface of the electrode is most important to determine catalytic activity. Catalytic activity, shown as KM of the examined parallel DNA aptamers, was around 20 μM. 4c15 without a poly A linker showed the highest catalytic activity, and its KM was 19 μM. The KM of the anti-parallel aptamer was almost the same as that of the parallel aptamer. © The Electrochemical Society.

    DOI: 10.1149/05028.0001ecst

    Web of Science

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  11. Development of new luminogenic probes for detection of glutathione s-transferase activity in living cells

    Ito Mika, Shibata Aya, Abe Hiroshi, Zhang Jie, Morgenstern Ralf, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   244 巻   2012年8月

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  12. Synthesis, structure, and biological activity of dumbbell-shaped nanocircular RNAs for RNA interference. 査読有り

    Abe N, Abe H, Nagai C, Harada M, Hatakeyama H, Harashima H, Ohshiro T, Nishihara M, Furukawa K, Maeda M, Tsuneda S, Ito Y

    Bioconjugate chemistry   22 巻 ( 10 ) 頁: 2082 - 92   2011年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioconjugate Chemistry  

    RNA interference (RNAi) is one of the most promising new approaches for disease therapy. The design of a dumbbell-shaped nanocircular RNA allows it to act as a short interfering RNA (siRNA) precursor. To optimize the design, we studied the relationship between the nanostructure and RNAi activity by synthesizing various RNA dumbbells. An RNA dumbbell with a 23-bp stem and 9-nt loops was the most potent. Sequence analysis by mass spectrometry showed that Dicer could edit RNA dumbbells to siRNA species. The reaction offered the slow release of siRNA species, which conferred prolonged RNAi activity. Introduction of DNA into the loop position significantly stabilized the dumbbell in biological fluid without any loss of RNAi activity. In-depth pharmacological evaluation was performed by introducing dumbbells into HeLa cells that stably express the target luciferase gene. The dumbbells provided a rapid silencing effect and retained this effect for a longer time even at a lower concentration than that at which standard siRNA completely lost RNAi activity. We conclude that an RNA dumbbell with DNA loops is the most promising design for in vivo applications for RNA medicine. © 2011 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/bc2003154

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    PubMed

  13. Creation of Polymer Catalysts by Molecular Evolutionary Engineering and Hybridization of Biocatalysts

    Liu Mingzhe, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    KOBUNSHI RONBUNSHU   68 巻 ( 7 ) 頁: 405 - 416   2011年

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    出版者・発行元:Kobunshi Ronbunshu  

    We developed a new type of oligonucleotide-based catalysts which can be called DNAzyme, ribozyme, or aptazyme. They were in vitro selected from a random sequence library of DNA or RNA for binding hemin. The selected oligonucleotides exhibited peroxidase activity by forming a complex with hemin. In addition, an azobenzene-containing oligonucleotide which bound to hemin was also selected. The binding and the catalytic activity was controlled by photo-irradiation. Subsequently, hybridized biocatalysts with synthetic polymers were synthesized. Polyethylene glycol-conjugated antibodies and oligonucleotides were synthesized and it was demonstrated that they were active in organic media. A photo-responsive polymer was also conjugated with an enzyme and its catalytic activity was controlled in organic media. © 2011, The Society of Polymer Science Japan.

    DOI: 10.1295/koron.68.405

    Web of Science

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  14. Hemin-binding aptamers and aptazymes

    Liu M., Abe H., Ito Y.

    ACS Symposium Series   1043 巻   頁: 111 - 123   2010年8月

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    出版者・発行元:ACS Symposium Series  

    Aptamers are oligonucleotides that have been engineered through repeated rounds of in vitro selection or by the process of Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX) to bind to various molecular targets such as small molecules, proteins, nucleic acids, and even cells and tissues. Aptamers offer similar molecular recognition properties to the more commonly used antibodies. In addition to their ability to discriminate their target, aptamers offer some advantages over antibodies. For example, aptamers can be engineered completely in a test tube and are readily produced using chemical processes. On the other hand, some aptamers that have been developed exhibit enzyme activity after binding to their target molecule, and function as 'aptazymes'. Numerous aptamers and aptazymes have been used in biotechnology, diagnostics and therapy. In this study, we demonstrate that natural DNA/RNA aptamers produced by selection in vitro, not only bind to hemin, but also show peroxidase activity when in such complexes (i.e., they function as aptazymes). © 2010 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/bk-2010-1043.ch009

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  15. New fluorogenic probe for detection of glutathione s-transferase activity in living cells

    Ito Mika, Abe Hiroshi, Shibata Aya, Shimizu Shigeru, Alander Johan, Morgenstern Ralf, Ito Yoshihiro

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   239 巻   2010年3月

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  16. Hemin-Binding Aptamers and Aptazymes

    Liu Mingzhe, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    GREEN POLYMER CHEMISTRY: BIOCATALYSIS AND BIOMATERIALS   1043 巻   頁: 111 - 123   2010年

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  17. Establishment of a deformable aorta model based on patient's chest CT data

    Tokuyasu T., Shuto T., Yufu K., Abe H., Marui A., Kanao S., Komeda M.

    2009 4th International Conference on Innovative Computing, Information and Control, ICICIC 2009     頁: 1339 - 1342   2009年12月

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    出版者・発行元:2009 4th International Conference on Innovative Computing, Information and Control, ICICIC 2009  

    For arch aorta surgery, cardiac surgeons approach to the diseased area with median incision and stemotomy according to the operation plan based on patient's medical images. Even using latest medical diagnosis instruments, however, it is impossible to estimate the shape of aneurysm, so that operation planning plan based on medical images is hard to be perfect. As the mentioned above, cardiac surgeons can not recognize the statement of patient's aneurysm before operation. Because of difficulty to completely recognize the statement of aneurysm from patient's medical images, operation plan often has to be changed during the operation. Therefore the coauthor cardiac surgeons highly expect a diagnosis support system that enables them to observe the shape of aneurysm from any angle and to virtually palpate it in order to make more safety operation plan. Then this study aims to develop of a diagnosis assistant system by using virtual reality and haptic interface under considering realtime interaction between them. © 2009 IEEE.

    DOI: 10.1109/ICICIC.2009.194

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  18. Synthetic nanocircular RNA for controlling of gene expression. 査読有り

    Abe H, Abe N, Uda M, Tsuneda S, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 53 ) 頁: 65 - 6   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    We designed and synthesized dumbbell-shaped nanocircular RNAs for RNA interference applications, which consist of a stem and two loops(1). RNA dumbbells are specifically recognized and cleaved by the human Dicer enzyme, and are thus transformed into double-stranded RNA in cells, although this RNA is resistant to degradation in serum. The structure was optimized to maximize its RNAi activity. The most potent activity was achieved when the stem length was 23 base pairs. The RNAi activity is prolonged by the shape of the molecule, an endless structure, compared with that of normal siRNA.

    DOI: 10.1093/nass/nrp033

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  19. Protein detection using oligonucleotide probes. 査読有り

    Shibata A, Abe H, Furukawa K, Tsuneda S, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 53 ) 頁: 157 - 8   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    We developed a new nucleic acid-based fluorescence probe for protein detection. The method is based on the scission of an aptamer into two probes, which are then attached with a chemically reactive fluorogenic compound. The protein-dependent association of the two probes accelerates a chemical reaction and indicates the presence of the target protein, which is detected using a fluorescence readout. The arginine-rich motif peptide was targeted by this type of probe. In presence of the peptide, the fluorescence signal at 450 nm increased, and no significant increase in fluorescence was observed in the absence of the peptide. An oligonucleotide-based fluorescence probe was successfully applied to the detection of the ARM peptide in solution.

    DOI: 10.1093/nass/nrp079

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  20. In vitro selection of RNA aptamer to hemin.

    Liu M., Kagahara T., Abe H., Ito Y.

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 52 ) 頁: 513 - 514   2008年12月

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    出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    A new RNA aptamer-binding hemin was synthesized by the in vitro selection (SELEX) method. A pool of 103 bases single strand DNAs containing a randomized sequence of 59 bases was synthesized. The pool was incubated with hemin on hemin-immobilized affinity column. Bound RNAs were eluted off with hemin solution and amplified by PCR. After 3 rounds of selection process, the selected RNAs were cloned and sequenced. Some RNA aptamers, which have affinity to hemin, was selected.

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  21. Nanocircular RNAs for RNA interference.

    Abe H., Abe N., Harada M., Tsuneda S., Ito Y.

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 52 ) 頁: 505 - 506   2008年12月

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    出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    We designed and synthesized dumbbell-shaped nanocircular RNAs for RNA interference applications, which consist of a stem and two loops(1). RNA dumbbells are specifically recognized and cleaved by the human Dicer enzyme, and are thus transformed into double-stranded RNA in cells, although this RNA is resistant to degradation in serum. The structure was optimized to maximize its RNAi activity. The most potent activity was achieved when the stem length was 23 base pairs. The RNAi activity is prolonged by the shape of the molecule, an endless structure, compared with that of normal siRNA.

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  22. Fluorogenic probe triggered by reduction for nucleic acids sensing.

    Furukawa K., Abe H., Wang J., Oki K., Uda M., Tsuneda S., Ito Y.

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 52 ) 頁: 353 - 354   2008年12月

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    出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    A reduction-triggered fluorescence probe with a new fluorogenic compound derivatized from rhodamine 110 was developed for sensing oligonucleotides. The chemistry to activate the compound involves the reaction between the azide group of rhodamine derivatives and reducing reagents, with the fluorescence signal appearing after reduction of the azide group. The reaction proceeds under biological conditions to produce fluorescence signal within 10-20 min in the presence of target DNA or RNA. The probes were successfully applied to the detection of oligonucleotides in solution and endogenous RNA in bacterial cells.

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  23. MEDI 134-Multiple chemical ligation under thermal cycle

    Kondo Yuko, Abe Hiroshi, Jinmei Hiroshi, Abe Naoko, Aikawa Kyoko, Matsumoto Isamu, Ito Yoshihiro

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   235 巻   2008年4月

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  24. Design and Synthesis of Biorelated Polymers by Combinatorial Bioengineering

    Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi, Wada Akira, Liu Mingzhe

    POLYMER BIOCATALYSIS AND BIOMATERIALS II   999 巻   頁: 194 - 215   2008年

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  25. Nanocircular RNAs for RNA interference. 査読有り

    Abe H, Abe N, Harada M, Tsuneda S, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 52 ) 頁: 505 - 6   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrn256

    PubMed

  26. In vitro selection of RNA aptamer to hemin. 査読有り

    Liu M, Kagahara T, Abe H, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 52 ) 頁: 513 - 4   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrn260

    PubMed

  27. Multiple chemical ligation under thermal cycle. 査読有り

    Kondo Y, Abe H, Jinmei H, Abe N, Aikawa K, Matsumoto I, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 51 ) 頁: 353 - 4   2007年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    Enzymatic ligation methods are useful in diagnostic detection of DNA sequence. Here we describe the investigation of nonezymatic phosphorothioate-iodoacetyl DNA chemical ligation as a method for detection and identification of RNA and DNA. Specificity of ligation on DNA target is shown to yield discrimination of single point mutation as a drop in two magnitude. Although enzymatic ligation shows very low activity for RNA target, this reaction is found to be very efficient on RNA target. This chemical ligation with RNA target completes 70% within a few seconds, which equal or overcome ligase enzyme-mediated ligation with DNA target. The reaction is also shown to exhibit a significant level of signal amplification under thermal cycle for short time. Further, we found recently that ligation fidelity changed in function of chemical reactivity of probe. This trend was systematically investigated.

    DOI: 10.1093/nass/nrm177

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  28. Intermolecular transfer of aminoacylated adenosine towards chemical aminoacylation of tRNA. 査読有り

    Liu M, Jinmei H, Fukuzono K, Abe H, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 51 ) 頁: 365 - 6   2007年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    We synthesized two oligonucleotides: one is DNA conjugated with adenosine derivative at 5' terminus as a donor, another RNA phosphorothioated at 3' terminus as an acceptor. By hybridization of the two oligonuleotides, the adenosine derivative was transferred from the donor DNA to the acceptor RNA. In this study, O, O'-isopropylidene-protected adenosine derivative and aminoacylated adenosine were successfully transferred from the donor to acceptor RNA. By use of tRNA instead of the acceptor RNA, the chemical aminoacylation of tRNA by unnatural amino acid is expected.

    DOI: 10.1093/nass/nrm183

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  29. Development and Comparison of 4-Thiouridine to Cytidine Base Conversion Reaction 招待有り 査読有り

    Sana Ohashi, Mayu Nakamura, Susit Acharyya, Masahito Inagaki, Naoko Abe, Yasuaki Kimura, Fumitaka Hashiya, Hiroshi Abe

    ACS Omegam   9 巻 ( 8 ) 頁: 9300 - 9308   2024年2月

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    担当区分:最終著者, 責任著者  

    DOI: 10.1021/acsomega.3c08516

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  30. Development of PCR Primer Enabling the Design of Flexible Sticky Ends for Efficient Concatenation of Long DNA Fragments 査読有り

    Kohei Nomura, Kaoru Onda, Hirotaka Murase, Fumitaka Hashiya, Yukiteru Ono, Goro Terai, Natsuhisa Oka, Kiyoshi Asai, Daisuke Suzuki, Naho Takahashi, Haruka Hiraoka, Masahito Inagaki, Yasuaki Kimura, Yoshihiro Shimizu, Naoko Abe, Hiroshi Abe

    RSC Chemical Biology     2024年

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Royal Society of Chemistry (RSC)  

    We developed chemically modified PCR primers that allow the design of flexible sticky ends by introducing a photo-cleavable group at the phosphate moiety. Nucleic acid derivatives containing o-nitrobenzyl photo-cleavable groups...

    DOI: 10.1039/d3cb00212h

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  31. Topological capture of mRNA for silencing gene expression. 査読有り 国際誌

    Fangjie Lyu, Takashi Tomita, Naoko Abe, Haruka Hiraoka, Fumitaka Hashiya, Yuko Nakashima, Shiryu Kajihara, Fumiaki Tomoike, Zhaoma Shu, Kazumitsu Onizuka, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Chemical communications (Cambridge, England)   59 巻 ( 77 ) 頁: 11564 - 11567   2023年9月

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    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ROYAL SOC CHEMISTRY  

    We describe herein topological mRNA capture using branched oligodeoxynucleotides (ODNs) with multiple reactive functional groups. These fragmented ODNs efficiently formed topological complexes on template mRNA in vitro. In cell-based experiments targeting AcGFP mRNA, the bifurcated reactive ODNs showed a much larger gene silencing effect than the corresponding natural antisense ODN.

    DOI: 10.1039/d2cc06189a

    Web of Science

    PubMed

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  32. The effect of γ phosphate modified deoxynucleotide substrates on PCR activity and fidelity. 査読有り 国際誌

    Fumitaka Hashiya, Hirotaka Murase, Akash Chandela, Haruka Hiraoka, Masahito Inagaki, Yuko Nakashima, Naoko Abe, Mayu Nakamura, Goro Terai, Yasuaki Kimura, Kaori Ando, Natsuhisa Oka, Kiyoshi Asai, Hiroshi Abe

    Chembiochem : a European journal of chemical biology   24 巻 ( 14 ) 頁: e202200572   2023年5月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Controlling PCR fidelity is an important issue for molecular biology and high-fidelity PCR is essential for gene cloning. In general, fidelity control is achieved by protein engineering of polymerases. In contrast, only a few studies have reported controlling fidelity using chemically modified nucleotide substrates. In this report, we synthesized nucleotide substrates possessing a modification on Pγ and evaluated the effect of this modification on PCR fidelity. One of the substrates, nucleotide tetraphosphate, caused a modest decrease in Taq DNA polymerase activity and the effect on PCR fidelity was dependent on the type of mutation. The use of deoxyadenosine tetraphosphate enhanced the A:T→G:C mutation dramatically, which is common when using Taq polymerase. Conversely, deoxyguanosine tetraphosphate (dG4P) suppressed this mutation but increased the G:C→A:T mutation during PCR. Using an excess amount of dG4P suppressed both mutations successfully and total fidelity was improved.

    DOI: 10.1002/cbic.202200572

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  33. Synthesis of nucleoside oligophosphates by electrophilic activation of phosphorothioate. 査読有り 国際誌

    Shogo Hasegawa, Masahito Inagaki, Shunichi Kato, Zhenmin Li, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Organic & biomolecular chemistry   21 巻 ( 19 ) 頁: 3997 - 4001   2023年5月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Royal Society of Chemistry (RSC)  

    We herein report a new synthetic method of nucleoside oligophosphates based on an electrophilic activation of 5'-phosphorothioate nucleotides. Treatment of the phosphorothioate with 2,4-dinitrochlorobenzene (DNCB) efficiently afforded the key activated...

    DOI: 10.1039/d2ob02260e

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  34. Cap analogs with a hydrophobic photocleavable tag enable facile purification of fully capped mRNA with various cap structures. 査読有り 国際誌

    Masahito Inagaki, Naoko Abe, Zhenmin Li, Yuko Nakashima, Susit Acharyya, Kazuya Ogawa, Daisuke Kawaguchi, Haruka Hiraoka, Ayaka Banno, Zheyu Meng, Mizuki Tada, Tatsuma Ishida, Pingxue Lyu, Kengo Kokubo, Hirotaka Murase, Fumitaka Hashiya, Yasuaki Kimura, Satoshi Uchida, Hiroshi Abe

    Nature communications   14 巻 ( 1 ) 頁: 2657 - 2657   2023年5月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society (ACS)  

    Removing immunogenic uncapped mRNA from in vitro transcribed mRNA is critical in mRNA research and clinical applications. Commonly used capping methods provide a maximum capping efficiency of around 80-90% for widely used Cap-0- and Cap-1-type mRNAs. However, uncapped and capped mRNA possesses almost identical physicochemical properties, posing challenges to their physical separation. Herein, we developed hydrophobic photocaged tag-modified cap analogs, which separated capped mRNA from uncapped mRNA by reversed-phase HPLC. Subsequent photo-irradiation recovers footprint-free native capped mRNA. This approach provided 100% capping efficiency even in Cap-2-type mRNA with versatility applicable to 650 nt and 4,247 nt mRNA. The Cap-2-type mRNA showed up to 3 to 4-fold higher translational activity in cultured cells and animals than mRNA prepared by the standard capping method. Notably, the purification process simultaneously removed immunogenic double-stranded mRNA, another major contaminant of in vitro transcribed mRNA, drastically reducing mRNA immunogenicity in cultured cells.

    DOI: 10.1038/s41467-023-38244-8

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  35. Creation of single molecular conjugates of metal-organic cages and DNA. 国際誌

    Toshinobu Nakajo, Shinpei Kusaka, Haruka Hiraoka, Kohei Nomura, Noriaki Matsubara, Rintaro Baba, Yuki Yoshida, Kosuke Nakamoto, Masakazu Honma, Hiroaki Iguchi, Takayuki Uchihashi, Hiroshi Abe, Ryotaro Matsuda

    Chemical communications (Cambridge, England)   59 巻 ( 33 ) 頁: 4974 - 4977   2023年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Here we report the development of an equimolar conjugate of a metal-organic cage (MOC) and DNA (MOC-DNA). Several MOC-DNA conjugates were assembled into a programmed structure by coordinating with a template DNA having a complementary base sequence. Moreover, conjugation with the MOC drastically enhanced the permeability of DNA through the lipid bilayer, presenting great potential as a drug delivery system.

    DOI: 10.1039/d3cc00460k

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  36. Use of Iontophoresis Technology for Transdermal Delivery of a Minimal mRNA Vaccine as a Potential Melanoma Therapeutic. 査読有り

    Rabab A Husseini, Naoko Abe, Tomoaki Hara, Hiroshi Abe, Kentaro Kogure

    Biological & pharmaceutical bulletin   46 巻 ( 2 ) 頁: 301 - 308   2023年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    mRNA vaccines have attracted considerable attention as a result of the 2019 coronavirus pandemic; however, challenges remain regarding use of mRNA vaccines, including insufficient delivery owing to the high molecular weights and high negative charges associated with mRNA. These characteristics of mRNA vaccines impair intracellular uptake and subsequent protein translation. In the current study, we prepared a minimal mRNA vaccine encoding a tumor associated antigen human gp10025-33 peptide (KVPRNQDWL), as a potential treatment for melanoma. Minimal mRNA vaccines have recently shown promise at improving the translational process, and can be prepared via a simple production method. Moreover, we previously reported the successful use of iontophoresis (IP) technology in the delivery of hydrophilic macromolecules into skin layers, as well as intracellular delivery of small interfering RNA (siRNA). We hypothesized that combining IP technology with a newly synthesized minimal mRNA vaccine can improve both transdermal and intracellular delivery of mRNA. Following IP-induced delivery of a mRNA vaccine, an immune response is elicited resulting in activation of skin resident immune cells. As expected, combining both technologies led to potent stimulation of the immune system, which was observed via potent tumor inhibition in mice bearing melanoma. Additionally, there was an elevation in mRNA expression levels of various cytokines, mainly interferon (IFN)-γ, as well as infiltration of cytotoxic CD8+ T cells in the tumor tissue, which are responsible for tumor clearance. This is the first report demonstrating the application of IP for delivery of a minimal mRNA vaccine as a potential melanoma therapeutic.

    DOI: 10.1248/bpb.b22-00746

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  37. Chemical synthesis of super messenger RNA medicine 査読有り

    Tada Mizuki, Naoko Abe, Hiroshi Abe

    Drug Delivery System   38 巻 ( 1 ) 頁: 15 - 23   2023年

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    担当区分:最終著者, 責任著者  

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  38. mRNAの完全化学合成

    小川 和哉, 阿部 洋

        2022年10月

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  39. Development of Fluorophosphoramidate as a Biocompatibly Transformable Functional Group and its Application as a Phosphate Prodrug for Nucleoside Analogs 国際誌

    Yoshida Yuki, Zheng Ti, Tanabe Wataru, Tomoike Fumiaki, Hashiya Fumitaka, Suzuki Tetsuro, Hirota Shuto, Saiki Yuriko, Horii Akira, Hirayama Akiyoshi, Soga Tomoyosi, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMMEDCHEM   17 巻 ( 17 ) 頁: e202200188   2022年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemMedChem  

    Synthetic phosphate-derived functional groups are important for controlling the function of bioactive molecules in vivo. Herein we describe the development of a new type of biocompatible phosphate analog, a fluorophosphoramidate (FPA) functional group that has characteristic P−F and P−N bonds. We found that FPA with a primary amino group was relatively unstable in aqueous solution and was converted to a monophosphate, while FPA with a secondary amino group was stable. Furthermore, by improving the molecular design of FPA, we developed a reaction in which a secondary amino group is converted to a primary amino group in the intracellular environment and clarified that the FPA group functions as a phosphate prodrug of nucleoside. Various FPA-gemcitabine derivatives were synthesized and their toxicity to cancer cells were evaluated. One of the FPA-gemcitabine derivatives showed superior toxicity compared with gemcitabine and its ProTide prodrug, which methodology is widely used in various nucleoside analogs, including anti-cancer and anti-virus drugs.

    DOI: 10.1002/cmdc.202200188

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  40. A 2'-modified uridine analog, 2'-O-(methylthiomethoxy)methyl uridine for siRNA applications 査読有り 国際誌

    Lyu Fangjie, Seongjin An, Yoshiaki Kobayashi, Kohei Nomura, Rintaro Baba, Naoko Abe, Haruka Hiraoka, Fumitaka Hashiya, Zhaoma Shu, Kumiko Ui-Tei, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters   74 巻   頁: 128939 - 128939   2022年8月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier BV  

    The medicinal applications of siRNAs have been intensively examined but are still hindered by their low molecular stability under biological conditions and off-target effects, etc. The introduction of chemical modifications to the nucleoside is a promising strategy for solving these limitations. Herein, we describe the development of a new uridine analog, U*, that has a (methylthiomethoxy)methoxy group at the 2' position. The phosphoramidite reagent corresponding to U* was easily synthesized and the RNA oligonucleotides containing U* were stably prepared using a standard protocol for oligonucleotide synthesis. The introduction of U* into the siRNA resulted in positive or negative effects on the targeted gene silencing in a position-dependent manner, and the positive effects were attributed to the improved stability under biological conditions. The thermodynamic analysis of the U*-modified RNAs revealed a slight destabilization of the dsRNA, based depending on which U was strategically utilized to restrain the off-target effects of the siRNA. This study describes a rare example of nucleoside analogs with a large substitution at the 2'-position in the context of an siRNA application and is informative for the development of other analogs to further improve the molecular properties of siRNAs for medicinal applications.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2022.128939

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  41. 翻訳反応を最大化するための合成 mRNA の分子設計

    稲垣雅仁, 多田瑞紀, 阿部洋

        2022年7月

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  42. Complete Chemical Synthesis of Minimal Messenger RNA by Efficient Chemical Capping Reaction 国際誌

    Abe Naoko, Imaeda Akihiro, Inagaki Masahito, Li Zhenmin, Kawaguchi Daisuke, Onda Kaoru, Nakashima Yuko, Uchida Satoshi, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    ACS CHEMICAL BIOLOGY   17 巻 ( 6 ) 頁: 1308 - 1314   2022年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACS Chemical Biology  

    Site-specific chemical modification of mRNA can improve its translational efficiency and stability. For this purpose, it is desirable to develop a complete chemical synthesis method for chemically modified mRNA. The key is a chemical reaction that introduces a cap structure into the chemically synthesized RNA. In this study, we developed a fast and quantitative chemical capping reaction between 5′-phosphorylated RNA and N7-methylated GDP imidazolide in the presence of 1-methylimidazole in the organic solvent dimethyl sulfoxide. It enabled quantitative preparation of capping RNA within 3 h. We prepared chemically modified 107-nucleotide mRNAs, including N6-methyladenosine, insertion of non-nucleotide linkers, and 2′-O-methylated nucleotides at the 5′ end and evaluated their effects on translational activity in cultured HeLa cells. The results showed that mRNAs with non-nucleotide linkers in the untranslated regions were sufficiently tolerant to translation and that mRNAs with the Cap_2 structure had higher translational activity than those with the Cap_0 structure.

    DOI: 10.1021/acschembio.1c00996

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  43. Ligandability Assessment of Human Glutathione Transferase M1-1 Using Pesticides as Chemical Probes 査読有り

    Bodourian Charoutioun S., Poudel Nirmal, Papageorgiou Anastassios C., Antoniadi Mariana, Georgakis Nikolaos D., Abe Hiroshi, Labrou Nikolaos E.

    INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES   23 巻 ( 7 )   2022年4月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:International Journal of Molecular Sciences  

    Glutathione transferases (GSTs; EC 2.5.1.18) form a group of multifunctional enzymes that are involved in phase II of the cellular detoxification mechanism and are associated with increased susceptibility to cancer development and resistance to anticancer drugs. The present study aims to evaluate the ligandability of the human GSTM1-1 isoenzyme (hGSTM1-1) using a broad range of struc-turally diverse pesticides as probes. The results revealed that hGSTM1-1, compared to other classes of GSTs, displays limited ligandability and ligand-binding promiscuity, as revealed by kinetic inhibition studies. Among all tested pesticides, the carbamate insecticide pirimicarb was identified as the strong-est inhibitor towards hGSTM1-1. Kinetic inhibition analysis showed that pirimicarb behaved as a mixed-type inhibitor toward glutathione (GSH) and 1-chloro-2,4-dinitrobenzene (CDNB). To shine a light on the restricted hGSTM1-1 ligand-binding promiscuity, the ligand-free crystal structure of hGSTM1-1 was determined by X-ray crystallography at 1.59 Å-resolution. Comparative analysis of ligand-free structure with the available ligand-bound structures allowed for the study of the enzyme’s plasticity and the induced-fit mechanism operated by hGSTM1-1. The results revealed important structural features of the H-site that contribute to xenobiotic-ligand binding and specificity. It was concluded that hGSTM1-1 interacts preferentially with one-ring aromatic compounds that bind at a discrete site which partially overlaps with the xenobiotic substrate binding site (H-site). The results of the study form a basis for the rational design of new drugs targeting hGSTM1-1.

    DOI: 10.3390/ijms23073606

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  44. Antisense Oligonucleotide Modified with Disulfide Units Induces Efficient Exon Skipping in mdx Myotubes through Enhanced Membrane Permeability and Nucleus Internalization

    Hiraoka Haruka, Shu Zhaoma, Tri Le Bao, Masuda Keiko, Nakamoto Kosuke, Fangjie Lyu, Abe Naoko, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Shimizu Yoshihiro, Veedu Rakesh N., Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   22 巻 ( 24 ) 頁: 3437 - 3442   2021年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    We have found that antisense oligonucleotides and siRNA molecules modified with repeat structures of disulfide units can be directly introduced into the cytoplasm and exhibit a suppressive effect on gene expression. In this study, we analyzed the mechanism of cellular uptake of these membrane-permeable oligonucleotides (MPONs). Time-course analysis by confocal microscopy showed that the uptake of MPONs from the plasma membrane to the cytoplasm reached 50 % of the total uptake in about 5 min. In addition, analysis of the plasma membrane proteins to which MPONs bind, identified several proteins, including voltage-dependent anion channel. Next, we analyzed the behavior of MPONs in the cell and found them to be abundant in the nucleus as early as 24 h after addition with the amount increasing further after 48 and 72 h. The amount of MPONs was 2.5-fold higher than that of unmodified oligonucleotides in the nucleus after 72 h. We also designed antisense oligonucleotides and evaluated the effect of MPONs on mRNA exon skipping using DMD model cells; MPONs caused exon skipping with 69 % efficiency after 72 h, which was three times higher than the rate of the control. In summary, the high capacity for intracytoplasmic and nuclear translocation of MPONs is expected to be useful for therapeutic strategies targeting exon skipping.

    DOI: 10.1002/cbic.202100413

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  45. Completely Chemically Synthesized Long DNA Can be Transcribed in Human Cells

    Yamaoka Kazuki, Oikawa Ryota, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Hashiya Fumitaka, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   22 巻 ( 23 ) 頁: 3273 - 3276   2021年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    Chemical ligation reaction of DNA is useful for the construction of long functional DNA using oligonucleotide fragments that are prepared by solid phase chemical synthesis. However, the unnatural linkage structure formed by the ligation reaction generally impairs the biological function of the resulting ligated DNA. We achieved the complete chemical synthesis of 78 and 258 bp synthetic DNAs via multiple chemical ligation reactions with phosphorothioate and haloacyl-modified DNA fragments. The latter synthetic DNA, coding shRNA for luciferase genes with a designed truncated SV promoter sequence, successfully induced the expected gene silencing effect in HeLa cells.

    DOI: 10.1002/cbic.202100312

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  46. Variety of Nucleotide Polymerase Mutants Aiming to Synthesize Modified RNA

    Ohashi Sana, Hashiya Fumitaka, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   22 巻 ( 14 ) 頁: 2398 - 2406   2021年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    Significant efforts have been made to develop therapeutic RNA aptamers that exploit synthetic RNA to capture target molecules. However, ensuring RNA aptamers are resistant against intrinsic nucleases remains an issue and restricts their use as therapeutics. Introduction of chemical modifications to the 2′ sugar moiety of RNA improves their stability effectively and can be achieved by chemical synthesis using modified phosphoramidites; however, this approach is not suitable for preparing long RNA molecules. Although recombinant nucleotide polymerases can transcribe RNA, these polymerases cannot synthesize modified RNA because they do not recognize 2′ modified nucleoside triphosphates. In this review, we focus on several polymerase mutants that tolerate substrates containing modifications of the 2′ sugar moiety to synthesize RNA, and the problems that must be overcome to prepare chemically modified RNA with high efficacy by in vitro transcription.

    DOI: 10.1002/cbic.202100004

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  47. Structure, Synthesis and Inhibition Mechanism of Nucleoside Analogues as HIV-1 Reverse Transcriptase Inhibitors (NRTIs)

    Yoshida Yuki, Honma Masakazu, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMMEDCHEM   16 巻 ( 5 ) 頁: 743 - 766   2021年3月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemMedChem  

    Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) is caused by infection with the human immunodeficiency virus (HIV). Although treatments against HIV infection are available, AIDS remains a serious disease that causes many deaths annually. Although a variety of anti-HIV drugs have been synthesized and marketed to treat HIV-infected patients, nucleoside analogue reverse transcriptase inhibitors (NRTIs), which mimic nucleosides, are used extensively and remain a subject of interest to medicinal chemists. However, HIV has acquired drug resistance against NRTIs, and thus the struggle to find novel therapies continues. In this review, we trace the trajectory of NRTIs, focusing on the synthesis, mechanisms of action and applications of NRTIs that have been developed.

    DOI: 10.1002/cmdc.202000695

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    その他リンク: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/cmdc.202000695

  48. Chemical Synthesis of Circular RNAs with Phosphoramidate Linkages for Rolling-Circle Translation.

    Nakamoto K, Abe H

    Current protocols   1 巻 ( 3 ) 頁: e43   2021年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cpz1.43

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    その他リンク: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/cpz1.43

  49. 化学修飾核酸の合成と核酸医薬への応用

    野村 浩平, 村瀬 裕貴, 中本 航介, 木村 康明, 阿部 奈保子, 安 成鎮, 小林 芳明, 程 久美子, 阿部 洋

    日本薬学会年会要旨集   141年会 巻   頁: 27V05 - pm02S   2021年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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  50. Phosphorothioate Modification of mRNA Accelerates the Rate of Translation Initiation to Provide More Efficient Protein Synthesis 査読有り

    Kawaguchi Daisuke, Kodama Ayumi, Abe Naoko, Takebuchi Kei, Hashiya Fumitaka, Tomoike Fumiaki, Nakamoto Kosuke, Kimura Yasuaki, Shimizu Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   59 巻 ( 40 ) 頁: 17403 - 17407   2020年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    Messenger RNAs (mRNAs) with phosphorothioate modification (PS-mRNA) to the phosphate site of A, G, C, and U with all 16 possible combinations were prepared, and the translation reaction was evaluated using an E. coli cell-free translation system. Protein synthesis from PS-mRNA increased in 12 of 15 patterns when compared with that of unmodified mRNA. The protein yield increased 22-fold when the phosphorothioate modification at A/C sites was introduced into the region from the 5′-end to the initiation codon. Single-turnover analysis of PS-mRNA translation showed that phosphorothioate modification increases the number of translating ribosomes, thus suggesting that the rate of translation initiation (rate of ribosome complex formation) is positively affected by the modification. The method provides a new strategy for improving translation by using non-natural mRNA.

    DOI: 10.1002/anie.202007111

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  51. Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters

    Sakuraba Shun, Iwakiri Junichi, Hamada Michiaki, Kameda Tomoshi, Tsuji Genichiro, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi, Asai Kiyoshi

    JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION   16 巻 ( 9 ) 頁: 5923 - 5935   2020年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of Chemical Theory and Computation  

    Can current simulations quantitatively predict the stability of ribonucleic acids (RNAs)? In this research, we apply a free-energy perturbation simulation of RNAs containing inosine, a modified ribonucleic base, to the derivation of RNA nearest-neighbor parameters. A parameter set derived solely from 30 simulations was used to predict the free-energy difference of the RNA duplex with a mean unbiased error of 0.70 kcal/mol, which is a level of accuracy comparable to that obtained with parameters derived from 25 experiments. We further show that the error can be lowered to 0.60 kcal/mol by combining the simulation-derived free-energy differences with experimentally measured differences. This protocol can be used as a versatile method for deriving nearest-neighbor parameters of RNAs with various modified bases.

    DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00270

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  52. Developments in siRNA Modification and Ligand Conjugated Delivery To Enhance RNA Interference Ability 国際誌

    Maguregui Ander, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   21 巻 ( 13 ) 頁: 1808 - 1815   2020年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    There is great potential for siRNA in the treatment of diseases through the reduction of damaging protein translation by RNA interference. However, the delivery and cell uptake of siRNA pose a serious problem in its therapeutic application. Methods to overcome this issue include chemical modification of the siRNA duplex to improve pharmacokinetics, stability and efficacy, and conjugation to small ligand molecules to enable membrane penetration, targetability and potency. In this review, the most common modifications of siRNA will be discussed, along with ligand conjugates that are believed to be the most promising in advancing the field of targeted siRNA delivery.

    DOI: 10.1002/cbic.202000009

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  53. Chemically synthesized circular RNAs with phosphoramidate linkages enable rolling circle translation 査読有り

    Nakamoto Kosuke, Abe Naoko, Tsuji Genichiro, Kimura Yasuaki, Tomoike Fumiaki, Shimizu Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   56 巻 ( 46 ) 頁: 6217 - 6220   2020年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    Circular RNA without a stop codon enables rolling circle translation. To produce circular RNAs, we carried out one-pot chemical synthesis of circular RNA from RNA fragments with the use of an EDC/HOBt-based chemical ligation reaction. The synthesized circular RNAs acted as translation templates, despite the presence of unnatural phosphoramidate linkages.

    DOI: 10.1039/d0cc02140g

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  54. Quantification of native mRNA dynamics in living neurons using fluorescence correlation spectroscopy and reduction-triggered fluorescent probes 査読有り

    Fujita Hirotaka, Oikawa Ryota, Hayakawa Mayu, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Okuno Hiroyuki, Hatashita Yoshiki, Fiallos Oliveros Carolina, Bito Haruhiko, Ohshima Toshio, Tsuneda Satoshi, Abe Hiroshi, Inoue Takafumi

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY   295 巻 ( 23 ) 頁: 7923 - 7940   2020年6月

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  55. Disulfide-unit Conjugation Enables Ultrafast Cytosolic Internalization of Antisense DNA and siRNA 査読有り

    Nakamoto Kosuke, Shu Zhaoma, Abe Hiroshi

    JOURNAL OF SYNTHETIC ORGANIC CHEMISTRY JAPAN   78 巻 ( 5 ) 頁: 456 - 464   2020年5月

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    記述言語:日本語  

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  56. Translational control by secondary-structure formation in mRNA in a eukaryotic system 招待有り

    Kawaguchi Daisuke, Shimizu Saaya, Abe Naoko, Hashiya Fumitaka, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS   39 巻 ( 1-3 ) 頁: 195 - 203   2020年2月

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  57. SYNTHESIS AND BIOLOGICAL EVALUATION OF NMDI14 DERIVATIVES AS ANTI-MESOTHELIOMA AGENTS 査読有り

    Hong Nhung Nguyen, Suzuki Koya, Kimura Yasuaki, Hirokawa Takatsugu, Murakami-Tonami Yuko, Abe Hiroshi

    HETEROCYCLES   100 巻 ( 2 ) 頁: 253 - 266   2020年2月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:日本語  

    DOI: 10.3987/COM-19-14191

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  58. A robust model for quantitative prediction of the silencing efficacy of wild-type and A-to-I edited miRNAs 査読有り

    Tian Shen, Terai Goro, Kobayashi Yoshiaki, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi, Asai Kiyoshi, Ui-Tei Kumiko

    RNA BIOLOGY   17 巻 ( 2 ) 頁: 264 - 280   2020年2月

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  59. Intracellular Delivery of Antisense DNA and siRNA with Amino Groups Masked with Disulfide Units 査読有り

    Shu Zhaoma, Ota Azumi, Takayama Yukiya, Katsurada Yuri, Kusamori Kosuke, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Tada Seiichi, Ito Yoshihiro, Nishikawa Makiya, Kimura Yasuaki, Abe Hiroshi

    CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN   68 巻 ( 2 ) 頁: 129 - 132   2020年2月

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    記述言語:日本語  

    Web of Science

  60. Intracellular build-up RNAi with single-strand circular RNAs as siRNA precursors 査読有り

    Kimura Yasuaki, Shu Zhaoma, Ito Mika, Abe Naoko, Nakamoto Kosuke, Tomoike Fumiaki, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   56 巻 ( 3 ) 頁: 466 - 469   2020年1月

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.1039/c9cc04872c

    Web of Science

    PubMed

  61. SYNTHESIS AND BIOLOGICAL EVALUATION OF NMDI14 DERIVATIVES AS ANTI-MESOTHELIOMA AGENTS 査読有り

    Hong Nhung Nguyen, Suzuki Koya, Kimura Yasuaki, Hirokawa Takatsugu, Murakami-Tonami Yuko, Abe Hiroshi

    Heterocycles   100 巻 ( 2 ) 頁: 253 - 266   2020年1月

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  62. Intracellular delivery of Antisense DNA and siRNA with amino groups masked with disulfide units 査読有り

    Zhaoma Shu, Azumi Ota, Yukiya Takayama, Yuri Katsurada, Kosuke Kusamori, Naoko Abe, Kosuke Nakamoto, Fumiaki Tomoike, Seiichi Tada, Yoshihiro Ito, Makiya Nishikawa, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Chemical and Pharmaceutical Bulletins     2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  63. Intracellular Build-up RNAi with Single-Strand Circular RNAs as siRNA Precursors 査読有り

    Yasuaki Kimura, Zhaoma Shu, Mika Ito, Naoko Abe, Kosuke Nakamoto, Fumiaki Tomoike, Satoshi Shuto, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe

    Chemical Communications     2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  64. Quantification of native mRNA dynamics in living neurons using fluorescence correlation spectroscopy and reduction-triggered fluorescent probes 査読有り 国際誌

    Hirotaka Fujita, Ryota Oikawa, Mayu Hayakawa, Fumiaki Tomoike, Yasuaki Kimura, Hiroyuki Okuno, Yoshiki Hatashita, Carolina Fiallos Oliveros, Haruhiko Bito, Toshio Ohshima, Satoshi Tsuneda, Hiroshi Abe, Takafumi Inoue

    Journal of Biological Chemistry   in press 巻   2020年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  65. Intracellular Delivery of Antisense DNA and siRNA with Amino Groups Masked with Disulfide Units. 査読有り

      68 巻 ( 2 ) 頁: 129 - 132   2020年

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.1248/cpb.c19-00811

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  66. Synthesis of 1,1,2-trisubstituted cyclopropane nucleosides in enantiomerically pure forms 査読有り 国際誌

    Fushihara Daichi, Fukuda Hayato, Abe Hiroshi, Shuto Satoshi

    NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS   38 巻 ( 12 ) 頁: 921 - 941   2019年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids  

    Due to the unique rigid and small steric feature of cyclopropane, cyclopropane nucleosides (CPNs) in which the ribose (deoxyribose) of nucleosides are replaced by a hydroxy-substituted cyclopropane, are of great biological interest. Novel 1,1,2-trisubstituted cyclopropane nucleosides were synthesized in enantiomerically pure forms as potential antiviral agents. In the synthesis, two cyclopropane tosylates, which were prepared from chiral cyclopropane lactones previously reported by us, were used effectively as common intermediates for the CPNs. These CPNs are also potentially useful as nucleoside units to incorporate into oligonucleotides in nucleic acids chemotherapy studies.

    DOI: 10.1080/15257770.2019.1625380

    Web of Science

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  67. N-6-methyl adenosine in siRNA evades immune response without reducing RNAi activity 査読有り

    Imaeda Akihiro, Tomoike Fumiaki, Hayakawa Mayu, Nakamoto Kosuke, Kimura Yasuaki, Abe Naoko, Abe Hiroshi

      38 巻 ( 12 ) 頁: 972 - 979   2019年12月

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  68. Translational contro by secondary-structure formation in mRNA in eukaryotic system 査読有り

    Daisuke Kawaguchi, Saaya Shimizu, Naoko Abe, Fumitaka Hashiya, Tomoike Fumiaki, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids     頁: 1 - 9   2019年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  69. RNA imaging by chemical probes 招待有り 査読有り

    Tomoike Fumiaki, Abe Hiroshi

    ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS   147 巻   頁: 44 - 58   2019年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Advanced Drug Delivery Reviews  

    Sequence-specific detection of intracellular RNA is one of the most important approaches to understand life phenomena. However, it is difficult to detect RNA in living cells because of its variety and scarcity. In the last three decades, several chemical probes have been developed for RNA detection in living cells. These probes are composed of DNA or artificial nucleic acid and hybridize with the target RNA in a sequence-specific manner. This hybridization triggers a change of fluorescence or a chemical reaction. In this review, we classify the probes according to the associated fluorogenic mechanism, that is, interaction between fluorophore and quencher, environmental change of fluorophore, and template reaction with/without ligation. In addition, we introduce examples of RNA imaging in living cells.

    DOI: 10.1016/j.addr.2019.08.001

    Web of Science

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  70. Disulfide-Unit Conjugation Enables Ultrafast Cytosolic Internalization of Antisense DNA and siRNA 査読有り

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   58 巻 ( 20 ) 頁: 6611 - 6615   2019年5月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語  

    DOI: 10.1002/anie.201900993

    Web of Science

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  71. Disulfide‐Unit Conjugation Enables Ultrafast Cytosolic Internalization of Antisense DNA and siRNA 査読有り

    Zhaoma Shu, Iku Tanaka, Azumi Ota, Daichi Fushihara, Naoko Abe, Saki Kawaguchi, Kosuke Nakamoto, Fumiaki Tomoike, Seiichi Tada, Yoshihiro Ito, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Angewandte Chemie   131 巻 ( 20 ) 頁: 6683   2019年5月

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    出版者・発行元:Wiley  

    DOI: 10.1002/ange.201900993

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  72. A Covalent Inhibitor for Glutathione S-Transferase Pi (GSTP(1-1)) in Human Cells 査読有り

    Shishido Yuko, Tomoike Fumiaki, Kuwata Keiko, Fujikawa Haruka, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Kameda Tomoshi, Abe Naoko, Kimura Yasuaki, Shuto Satoshi, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   20 巻 ( 7 ) 頁: 900 - 905   2019年4月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/cbic.201800671

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  73. 膜透過性を有するGST共有結合性阻害剤の開発

    友池 史明, 宍戸 裕子, 藤川 遥加, 木村 康明, 桑田 啓子, 村上 優子, 福井 健二, 関戸 好孝, 矢野 貴人, 亀田 倫史, 周東 智, 阿部 洋

    日本薬学会年会要旨集   139年会 巻 ( 2 ) 頁: 80 - 80   2019年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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  74. ウイルスタンパク質の活性をトリガーとした新規不可逆阻害剤の開発 査読有り

    福井 竜介, 新美 結士, 片倉 秀雄, 鈴木 哲郎, 村上 努, 児玉 栄一, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会年会要旨集   139年会 巻 ( 2 ) 頁: 103 - 103   2019年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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  75. Disulfide‐unit conjugation enables ultrafast cytosolic internalization of antisense DNA and siRNA 査読有り

    Zhaoma Shu, Iku Tanaka, Azumi Ota, Daichi Fushihara, Naoko Abe, Saki Kawaguchi, Kosuke Nakamoto, Fumiaki Tomoike, Seiichi Tada, Yoshihiro Ito, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe

    Angewandte Chemie International Edition   58 巻   頁: 6611 - 6615   2019年

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  76. A Covalent Inhibitor for Glutathione S‐Transferase Pi (GSTP1‐1) in Human Cells 査読有り

    Yuko Shishido, Fumiaki Tomoike, Keiko Kuwata, Haruka Fujikawa, Yoshitaka Sekido, Yuko Murakami-Tonami, Tomoshi Kameda, Naoko Abe, Yasuaki Kimura, Satoshi Shuto, Hiroshi Abe

    ChemBioChem   20 巻   頁: 900 - 905   2019年

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  77. N6-methyl adenosine in siRNA evades immune response without reducing RNAi activity 査読有り

    Akihiro Imaeda, Fumiaki Tomoike, Mayu Hayakawa, Kosuke Nakamoto, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Hiroshi Abe

    Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids   38 巻   頁: 6611 - 6615   2019年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/15257770.2020.1736772

    Web of Science

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  78. Nearest-neighbor parameter for inosine-cytosine pairs through a combined experimental and computational approach 査読有り

    Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Tomoshi Kameda, Genichiro Tsuji, Yasuaki Kimura, Hiroshi Abe, Kiyoshi Asai

        2018年10月

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    出版者・発行元:Cold Spring Harbor Laboratory  

    DOI: 10.1101/454124

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  79. Chemical ligation reaction for oligonucleotides based on electrophilic phosphorothioester 査読有り

    Kimura Yasuaki, Maruyama Hideto, Oikawa Ryota, Hayakawa Mayu, Abe Naoko, Tsuji Genichiro, Matsuda Akira, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   255 巻   2018年3月

  80. Development of glutathione S-transferase (GST) covalent inhibitor

    Shishido Yuko, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Kuwata Keiko, Yano Takato, Fukui Kenji, Fujikawa Haruka, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Kameda Tomoshi, Shuto Satoshi, Abe Hiroshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   255 巻   頁: .   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

  81. Nano structure design for RNA interference

    Shu Zhaoma, Abe Naoko, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   255 巻   頁: .   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

  82. Chemical Ligation Reactions of Oligonucleotides for Biological and Medicinal Applications

    Abe Hiroshi, Kimura Yasuaki

    CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN   66 巻 ( 2 ) 頁: 117-122   2018年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

  83. Development of GST (Glutathione S-transferase) covalent inhibitor

    Shishido Yuko, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Abe Hiroshi

    CANCER SCIENCE   109 巻   頁: 374-374   2018年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

  84. MGST1, a GSH transferase/peroxidase essential for development and hematopoietic stem cell differentiation 査読有り

    Lars Bräutigam, Jie Zhang, Kristian Dreij, Linda Spahiu, Arne Holmgren, Hiroshi Abe, Kenneth D. Tew, Danyelle M. Townsend, Michael J. Kelner, Ralf Morgenstern, Katarina Johansson

    Redox Biology   17 巻   頁: 171 - 179   2018年

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  85. Preparation of Circular RNA In Vitro 査読有り

    Abe Naoko, Kodama Ayumi, Abe Hiroshi

    CIRCULAR RNAS: METHODS AND PROTOCOLS   1724 巻   頁: 181 - 192   2018年

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    記述言語:英語   掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Methods in Molecular Biology  

    This chapter describes a simple and straightforward way to obtain single-stranded circular RNA sequences in vitro. Linear RNA that is phosphorylated at the 5′ end is first prepared by a chemical or enzymatic method, then circularized using ligase. The function of the prepared circular RNA molecule, such as an ability to induce translation, can then be investigated.

    DOI: 10.1007/978-1-4939-7562-4_15

    Web of Science

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  86. Chemical Ligation Reactions of Oligonucleotides for Biological and Medicinal Applications.

    Abe H, Kimura Y

    Chemical & pharmaceutical bulletin   66 巻 ( 2 ) 頁: 117 - 122   2018年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1248/cpb.c17-00615

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  87. Structural optimization of pseudorotaxane-forming oligonucleotides for efficient and stable complex formation 査読有り

    Kazumitsu Onizuka, Takuya Miyashita, Tomoko Chikuni, Mamiko Ozawa, Hiroshi Abe, Fumi Nagatsugi

    Nucleic Acids Research   46 巻   頁: 8710 - 8719   2018年

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  88. グルタチオン-S-トランスフェラーゼを標的とした共有結合性阻害剤の開発

    宍戸 裕子, 藤川 遥加, 友池 史明, 木村 康明, 桑田 啓子, 村上 優子, 福井 健二, 関戸 好孝, 矢野 貴人, 周東 智, 阿部 洋

    生命科学系学会合同年次大会   2017年度 巻   頁: [3P - 0205]   2017年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  89. A covalent G-site inhibitor for glutathione S-transferase Pi (GSTP(1-1)) 査読有り

    Shishido Yuko, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Kuwata Keiko, Yano Takato, Fukui Kenji, Fujikawa Haruka, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Kameda Tomoshi, Shuto Satoshi, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   53 巻 ( 81 ) 頁: 11138 - 11141   2017年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    We herein report the first covalent G-site-binding inhibitor for GST, GS-ESF (1), which irreversibly inhibited the GSTP1-1 function. LC-MS/MS and X-ray structure analyses of the covalently linked GST-inhibitor complex suggested that 1 reacted with Tyr108 of GSTP1-1. The mechanism of covalent bond formation was discussed based on MD simulation results.

    DOI: 10.1039/c7cc05829b

    Web of Science

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  90. Tethered 1,2-Si-Group Migrations in Radical-Mediated Ring Enlargements of Cyclic Alkoxysilanes: An EPR Spectroscopic and Computational Investigation

    Walton John C., Kanada Ryutaro, Iwamoto Takeaki, Shuto Satoshi, Abe Hiroshi

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   82 巻 ( 13 ) 頁: 6886-6894   2017年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.joc.7b01011

    Web of Science

  91. Chemical ligation of oligonucleotides using an electrophilic phosphorothioester 査読有り

    Hideto Maruyama, Ryota Oikawa, Mayu Hayakawa, Shono Takamori, Yasuaki Kimura, Naoko Abe, Genichiro Tsuji, Akira Matsuda, Satoshi Shuto, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe

    Nucleic Acids Research   45 巻 ( 12 ) 頁: 7042-7048   2017年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gkx459

  92. Enhancement of synergistic gene silencing by RNA interference using branched "3-in-1" trimer siRNA

    Nair Baiju G., Zhou Yue, Hagiwara Kyoji, Ueki Masashi, Isoshima Takashi, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    JOURNAL OF MATERIALS CHEMISTRY B   5 巻 ( 22 ) 頁: 4044-4051   2017年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/c7tb00846e

    Web of Science

  93. Pseudorotaxane formation via the slippage process with chemically cyclized oligonucleotides

    Onizuka Kazumitsu, Chikuni Tomoko, Amemiya Takuya, Miyashita Takuya, Onizuka Kyoko, Abe Hiroshi, Nagatsugi Fumi

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   45 巻 ( 9 ) 頁: 5036-5047   2017年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gkx265

    Web of Science

  94. Enhancement of synergistic gene silencing by RNA interference using branched “3-in-1” trimer siRNA 査読有り

      5 巻   頁: 4044-4051   2017年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1039/C7TB00846E

  95. 環状RNAを用いたローリングサークル型翻訳反応

    阿部 奈保子, 阿部 洋

    生物物理   57 巻 ( 1 ) 頁: 5 - 10   2017年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会  

    <p>In an <i>E. coli</i> cell-free translation system, we found that a circular RNA containing an infinite open reading frame produced more translation product than its linear counterpart by two orders of magnitude, because a ribosome can work more effectively towards the elongation on circular RNA than it can on linear RNA. We then tested circular RNAs containing an infinite open reading frame could be translated in eukaryotic systems, in the absence of any particular element for internal ribosome entry, a poly-A tail, or a cap structure. We found that the circular RNAs also produced long peptides in eukaryotic translation systems, possibly owing to the rolling circle amplification mechanism.</p>

    DOI: 10.2142/biophys.57.005

    CiNii Books

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  96. Design and Synthesis of Cyclopropane Congeners of Resolvin E2, an Endogenous Proresolving Lipid Mediator, as Its Stable Equivalents 査読有り

    Hayato Fukuda, Ryuta Muromoto, Yuuki Takakura, Kohei Ishimura, Ryutaro Kanada, Daichi Fushihara, Makoto Tanabe, Kotaro Matsubara, Toru Hirao, Koki Hirashima, Hiroshi Abe, Mitsuhiro Arisawa, Tadashi Matsuda, Satoshi Shuto

    Organic Letters   18 巻 ( 24 ) 頁: 6224 - 6227   2016年12月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    © 2016 American Chemical Society. Lipid chemical mediator resolvins with highly potent anti-inflammatory activity can be leads to develop novel anti-inflammatory drugs; however, they are unstable in oxygen due to their characteristic polyunsaturated structures. To solve the problem, CP-RvE2 has been designed and synthesized in which the cis-olefin of RvE2 was replaced with a cyclopropane. CP-RvE2s were much more stable than RvE2 against autoxidation and equipotent or more potent than RvE2. CP-RvE2s were successfully identified as stable equivalents of RvE2.

    DOI: 10.1021/acs.orglett.6b02612

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  97. Catalytic Conversion of Lipophilic Substrates by Phase constrained Enzymes in the Aqueous or in the Membrane Phase 査読有り

    Marcus Cebula. Ilke Simek Turan, Birgitta Sjodin, Madhuranayaki Thulasingam, Joseph Brock, Volodymyr Chmyrov, Jerker Widengren, Hiroshi Abe, Bengt Mannervik, Jesper Haeggstrom, Agnes Rinaldo-Matthis, Engin Akkaya, Ralf Morgenstern

    Scientific Reports   6 巻   頁: 38316   2016年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  98. Design and Synthesis of Cyclopropane Congeners of Resolvin E2, an Endogenous Proresolving Lipid Mediator, as Its Stable Equivalents 査読有り

    Hayato Fukuda, Ryuta Muromoto, Yuuki Takakura, Kohei Ishimura, Ryutaro Kanada, Daichi Fushihara, Makoto Tanabe, Kotaro Matsubara, Toru Hirao, Koki Hirashima, Hiroshi Abe, Mitsuhiro Arisawa, Tadashi Matsuda, Satoshi Shuto

    Organic Letters   18 巻   頁: 6224-6227   2016年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  99. Chemical Reactivity Window Determines Prodrug Efficiency toward Glutathione Transferase Overexpressing Cancer Cells 査読有り

    van Gisbergen Marike W., Cebula Marcus, Zhang Jie, Ottosson-Wadlund Astrid, Dubois Ludwig, Lambin Philippe, Tew Kenneth D., Townsend Danyelle M., Haenen Guido R. M. M., Drittij-Repders Marie-Jose, Saneyoshi Hisao, Araki Mika, Shishido Yuko, Ito Yoshihiro, Arner Elias S. J., Abe Hiroshi, Morgenstern Ralf, Johansson Katarina

    MOLECULAR PHARMACEUTICS   13 巻 ( 6 ) 頁: 2010 - 2025   2016年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Molecular Pharmaceutics  

    Glutathione transferases (GSTs) are often overexpressed in tumors and frequently correlated to bad prognosis and resistance against a number of different anticancer drugs. To selectively target these cells and to overcome this resistance we previously have developed prodrugs that are derivatives of existing anticancer drugs (e.g., doxorubicin) incorporating a sulfonamide moiety. When cleaved by GSTs, the prodrug releases the cytostatic moiety predominantly in GST overexpressing cells, thus sparing normal cells with moderate enzyme levels. By modifying the sulfonamide it is possible to control the rate of drug release and specifically target different GSTs. Here we show that the newly synthesized compounds, 4-acetyl-2-nitro-benzenesulfonyl etoposide (ANS-etoposide) and 4-acetyl-2-nitro-benzenesulfonyl doxorubicin (ANS-DOX), function as prodrugs for GSTA1 and MGST1 overexpressing cell lines. ANS-DOX, in particular, showed a desirable cytotoxic profile by inducing toxicity and DNA damage in a GST-dependent manner compared to control cells. Its moderate conversion of 500 nmol/min/mg, as catalyzed by GSTA1, seems hereby essential since the more reactive 2,4-dinitrobenzenesulfonyl doxorubicin (DNS-DOX) (14000 nmol/min/mg) did not display a preference for GSTA1 overexpressing cells. DNS-DOX, however, effectively killed GSTP1 (20 nmol/min/mg) and MGST1 (450 nmol/min/mg) overexpressing cells as did the less reactive 4-mononitrobenzenesulfonyl doxorubicin (MNS-DOX) in a MGST1-dependent manner (1.5 nmol/min/mg) as shown previously. Furthermore, we show that the mechanism of these prodrugs involves a reduction in GSH levels as well as inhibition of the redox regulatory enzyme thioredoxin reductase 1 (TrxR1) by virtue of their electrophilic sulfonamide moiety. TrxR1 is upregulated in many tumors and associated with resistance to chemotherapy and poor patient prognosis. Additionally, the prodrugs potentially acted as a general shuttle system for DOX, by overcoming resistance mechanisms in cells. Here we propose that GST-dependent prodrugs require a conversion rate "window" in order to selectively target GST overexpressing cells, while limiting their effects on normal cells. Prodrugs are furthermore a suitable system to specifically target GSTs and to overcome various drug resistance mechanisms that apply to the parental drug.

    DOI: 10.1021/acs.molpharmaceut.6b00140

    Web of Science

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  100. Chemical reactivity window determines prodrug efficiency towards glutathione transferase overexpressing cancer cells 査読有り

    Marie van Gisbergen, Marcus Cebula, Jie Zhang, Astrid Ottosson-Wadlund, Ludwig Dubois, Philippe Lambin, Kenneth D. Tew, Danyelle Townsend, Guido Haenen, Marie-Jose Drittij-Reijnders, Hisao Saneyoshi, Mika Araki, Yuko Shishido, Yoshihiro Ito, Elias Arner, Hiroshi Abe, Ralf Morgenstern, Katarina Johansson

    Molecular Pharmaceutics   13 巻   頁: 2010-2025   2016年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  101. Diastereoselective Synthesis of 6 ''-(Z)- and 6 ''-(E)-Fluoro Analogues of Anti-hepatitis B Virus Agent Entecavir and Its Evaluation of the Activity and Toxicity Profile of the Diastereomers 査読有り 国際誌

    Kumamoto Hiroki, Fukano Misato, Nakano Tomohiko, Iwagami Keito, Takeyama Chiaki, Kohgo Satoru, Imoto Shuhei, Amano Masayuki, Kuwata-Higashi Nobuyo, Aoki Manabu, Abe Hiroshi, Mitsuya Hiroaki, Fukuhara Kiyoshi, Haraguchi Kazuhiro

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   81 巻 ( 7 ) 頁: 2827 - 2836   2016年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of Organic Chemistry  

    A method for the diastereoselective synthesis of 6″-(Z)- and 6″-(E)-fluorinated analogues of the anti-HBV agent entecavir has been developed. Construction of the methylenecyclopentane skeleton of the target molecules has been accomplished by radical-mediated 5-exo-dig cyclization of the selenides 6 and 15 having the phenylsulfanylethynyl structure as a radical accepting moiety. In the radical reaction of the TBS-protected precursor 6, (Z)-anti-12 was formed as a major product. On the other hand, TIPS-protected 15 gave (E)-anti-12. The sulfur-extrusive stannylation of anti-12 furnished a mixture of geometric isomers of the respective vinylstannane, whereas benzoyl-protected 17 underwent the stannylation in the manner of retention of configuration. Following XeF2-mediated fluorination, introduction of the purine base and deoxygenation of the resulting carbocyclic guanosine gave the target (E)- and (Z)-3 after deprotection. Evaluation of the anti-HBV activity of 3 revealed that fluorine-substitution at the 6″-position of entecavir gave rise to a reduction in the cytotoxicity in HepG2 cells with retention of the antiviral activity.

    DOI: 10.1021/acs.joc.6b00105

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  102. Effect of sigma-pi conjugation between Si-Si bond and pyridine ring in tris(trimethylsilyl) silylpyridine on its spectroscopic property and SN2 reaction with methyl iodide 査読有り

    Ichinose Wataru, Abe Hiroshi, Shuto Satoshi

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   251 巻   2016年3月

  103. Rolling Circle Translation of Circular RNA in Living Human Cells 査読有り

    Abe Naoko, Matsumoto Ken, Nishihara Mizuki, Nakano Yukiko, Shibata Aya, Maruyama Hideto, Shuto Satoshi, Matsuda Akira, Yoshida Minoru, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    SCIENTIFIC REPORTS   5 巻   頁: 16435   2015年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Scientific Reports  

    We recently reported that circular RNA is efficiently translated by a rolling circle amplification (RCA) mechanism in a cell-free Escherichia coli translation system. Recent studies have shown that circular RNAs composed of exonic sequences are abundant in human cells. However, whether these circular RNAs can be translated into proteins within cells remains unclear. In this study, we prepared circular RNAs with an infinite open reading frame and tested their translation in eukaryotic systems. Circular RNAs were translated into long proteins in rabbit reticulocyte lysate in the absence of any particular element for internal ribosome entry, a poly-A tail, or a cap structure. The translation systems in eukaryote can accept much simpler RNA as a template for protein synthesis by cyclisation. Here, we demonstrated that the circular RNA is efficiently translated in living human cells to produce abundant protein product by RCA mechanism. These findings suggest that translation of exonic circular RNAs present in human cells is more probable than previously thought.

    DOI: 10.1038/srep16435

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  104. Nickel-catalyzed Suzuki-Miyaura coupling of a tertiary iodocyclopropane with wide boronic acid substrate scope: Coupling reaction outcome depends on radical species stability 査読有り

    Keisuke Yotsuji, Naoyuki Hoshiya, Takaaki Kobayashi, Hayato Fukuda, Hiroshi Abe, Mitsuhiro Arisawa, Satoshi Shuto

    Advanced Synthesis and Catalysis   357 巻 ( 5 ) 頁: 1022 - 1028   2015年3月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    © 2015 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim. We describe a nickel-catalyzed Suzuki-Miyaura arylation of a tertiary iodocyclopropane with arylboronic acids; this is an efficient and convergent strategy for providing various enantioenriched arylcyclopropanes with a quaternary stereogenic center. This is the first metal-catalyzed coupling between a tertiary alkyl electrophile and a wide range of aromatics, including heteroaromatics. We found that the outcome of the Ni-catalyzed coupling with halides as electrophiles was dependent on the stability of the radical species formed during the reaction. The use of tert-butyl alcohol (t-BuOH) as the reaction solvent was very effective, because of its stability under the radical-generating reaction conditions.

    DOI: 10.1002/adsc.201401000

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  105. Nanostructured RNAs for RNA Interference 査読有り

    Nakashima Yuko, Abe Naoko, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    RNA INTERFERENCE: CHALLENGES AND THERAPEUTIC OPPORTUNITIES   1218 巻   頁: 17 - 36   2015年

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    記述言語:英語   掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:RNA Interference: Challenges and Therapeutic Opportunities  

    We synthesized three types of nanostructured RNAs that induce RNA interference (RNAi): branched RNAs, dumbbell-shaped RNA, and circular double-stranded RNAs. All three nanostructured RNAs were transformed into double-stranded RNA of approximately 20 base pairs when they were treated with nuclease enzymes such as Dicer. These dsRNA species induced gene silencing when they are were introduced into mammalian cells.

    DOI: 10.1007/978-1-4939-1538-5_2

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  106. Phosphorylated 5-ethynyl-2 '-deoxyuridine for advanced DNA labeling 査読有り

    Seo Siyoong, Onizuka Kazumitsu, Nishioka Chieko, Takahashi Eiki, Tsuneda Satoshi, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY   13 巻 ( 15 ) 頁: 4589 - 4595   2015年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Organic and Biomolecular Chemistry  

    The representative DNA-labeling agent 5-ethynyl-2′-deoxyuridine (EdU) was chemically modified to improve its function. Chemical monophosphorylation was expected to enhance the efficiency of the substrate in DNA polymerization by circumventing the enzymatic monophosphorylation step that consumes energy. In addition, to enhance cell permeability, the phosphates were protected with bis-pivaloyloxymethyl that is stable in buffer and plasma, and degradable inside various cell types. The phosphorylated EdU (PEdU) was less toxic than EdU, and had the same or a slightly higher DNA-labeling ability in vitro. PEdU was also successfully applied to DNA labeling in vivo. In conclusion, PEdU can be used as a less toxic DNA-labeling agent for studies that require long-term cell survival or very sensitive cell lines.

    DOI: 10.1039/c5ob00199d

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  107. Synthesis of 3’,4’-difluoro-3’-deoxyribonucleosides and its evaluation of the biological activities: Discovery of a novel type of anti-HCV agent 3’,4’-difluorocordycepin 査読有り

    Hisashi Shimada, Kazuhiro Haraguchi, Kumi Hotta, Tomoko Miyaike, Yasuyuki Kitagawa, Hiromichi Tanaka, Ryutaro Kaneda, Hiroshi Abe, Satoshi Shuto, Kyoko Mori, Youki Ueda, Nobuyuki Kato, Robert Snoeck, Graciela Andrei, an Balzarini

    Bioorganic & Medicinal Chemistry   22 巻 ( 21 ) 頁: 6174 - 6182   2014年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bmc.2014.08.024

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  108. Fluorogenic probes using 4-substituted-2-nitrobenzenesulfonyl derivatives as caging groups for the analysis of human glutathione transferase catalyzed reactions (vol 138, pg 7326, 2013) 査読有り

    Aya Shibata, Yukiko Nakano, Mika Ito, Mika Araki, Jie Zhang, Yasuhiko Yoshida, Satoshi Shuto, Bengt Mannervik, Ralf Morgenstern, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe

    ANALYST   139 巻 ( 17 ) 頁: 4382 - 4382   2014年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:ROYAL SOC CHEMISTRY  

    DOI: 10.1039/C4AN90066A

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  109. Conformationally Restricted GABA with Bicyclo[3.1.0]hexane Backbone as the First Highly Selective BGT‑1 Inhibitor 査読有り

    Takaaki Kobayashi, Akihiro Suemasa, Arisa Igawa, Soichiro Ide, Hayato Fukuda, Hiroshi Abe, Mitsuhiro Arisawa, Masabumi Minami, Satoshi Shuto

    ACS Medicinal Chemistry Letters   5 巻 ( 8 ) 頁: 889 - 893   2014年8月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ml500134k

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  110. Development of Molecular Probe Targeting on Glutathion Transferase 査読有り

    Ito Mika, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    JOURNAL OF SYNTHETIC ORGANIC CHEMISTRY JAPAN   72 巻 ( 7 ) 頁: 822 - 831   2014年7月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Yuki Gosei Kagaku Kyokaishi/Journal of Synthetic Organic Chemistry  

    Glutathione S-transferase (GST) are phase II enzymes that catalyze the nucleophilic attack of glutathione (GSH) to a wide range of hydrophobic and electrophilic compounds. GST is of high clinical interest in inflammation, pathophysiology and tumor drug resistance. In addition, GST is known to highly express in cancer cells. Therefore, we tried to develop new luminescent probes that can detect and image GST expression in living cells. Recently, we found that the electrophilic centre in the dinitrobenzenesulfonamide derivative is attacked by GSH and that this reaction is catalyzed by GST releasing the strong fluorophore. Based on this knowledge, we synthesized fluorescent probe, 19F MKI probe, and bioluminogenic probe. The fluorescent probe and kinetic parameters for purified GST were giving a rate enhancement of 106 compared with the nonenzymatic reaction. In addition, fluorescent probe successfully image GST in living cells. The fluorescent probe is potentially useful reagent for detection of GST activity in living cells. 19F MKI and bioluminogenic probes were synthesized using 4-acetyl-2-nitrobenzenesulfonyl group. 19F MKI probe exhibited a peak shift of 19F MRI signal and fluorescence enhancement in a bimodal way in response to GST activity. Bioluminogenic probe provided strong bioluminescence from GST activity. Moreover, both probes were successfully applied to the monitoring of GST expression in living E. coli cells. Successful detection of GST activity in living cells could be very useful for identifying tumor cells that overexpress GSTs.

    DOI: 10.5059/yukigoseikyokaishi.72.822

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  111. Automatic Pseudorotaxane Formation Targeting on Nucleic Acids Using a Pair of Reactive Oligodeoxynucleotides 査読有り

    Onizuka Kazumitsu, Nagatsugi Fumi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   136 巻 ( 20 ) 頁: 7201 - 7204   2014年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of the American Chemical Society  

    Here we report a novel method to form a pseudorotaxane architecture using only a pair of reactive oligodeoxyribonucleotides (ODNs), which we designed and synthesized, and then performed the pseudorotaxane formation reaction with both DNA and RNA oligonucleotides. The reaction proceeded smoothly without any extra reagents at 37°C and pH 7.2, leading to the formation of a stable complex on a denaturing polyacrylamide gel. Interestingly, the pseudorotaxane was formed with the cyclized ODN reversibly by the slipping process. This new pseudorotaxane formation represents a promising method for developing new DNA nanotechnologies and antisense oligonucleotides. © 2014 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ja5018283

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  112. Development of rapid DNA templated reaction based on nucleophilic aromatic substitution reaction 査読有り

    Aya Shibata, Hiroshi Abe, Takanori Uzawa, Yukiko Nakano, Satoshi Shuto, Yoshihiro Ito

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   247 巻   2014年3月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

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  113. Synthesis of active siRNA species via chemical ligation 査読有り

    Hideto Maruyama, Akira Matsuda, Satoshi Shuto, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   247 巻   2014年3月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

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  114. Triphenylphosphinecarboxamide: an effective reagent for the reduction of azides and its application to nucleic acid detection. 査読有り

    Saneyoshi H, Ochikubo T, Mashimo T, Hatano K, Ito Y, Abe H

    Organic letters   16 巻 ( 1 ) 頁: 30-3   2014年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ol402832w

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  115. An intracellular buildup reaction of active siRNA species from short RNA fragments 査読有り

    Maruyama Hideto, Nakashima Yuko, Shuto Satoshi, Matsuda Akira, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   50 巻 ( 11 ) 頁: 1284 - 1287   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    Here we report a new strategy for the buildup reaction of active siRNA species from short RNA fragments in living cells using a chemical ligation reaction. This strategy could decrease undesired immune responses and provide more latitude for RNAi technology in the design and concentration of introduced RNA compared to traditional siRNA methods. © 2014 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c3cc47529h

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  116. Transmembrane molecular transport through nanopores formed by protein nanotubes 査読有り

    Nair Baiju G., Nakano Yukiko, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   50 巻 ( 5 ) 頁: 602 - 604   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    Protein nanotubes formed by layer-by-layer (LbL) assembly can penetrate cells and act as nanopores for direct transmembrane delivery of chemical compounds. © 2013 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c3cc45907a

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  117. 非酵素的に高効率シグナル増幅を可能とする新規RNA検出法を開発

    柴田綾、鵜澤尊規、伊藤嘉浩、周東智、阿部洋

    化学と生物   52 巻 ( 11 ) 頁: 771-776   2014年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  118. 非酵素的に高効率シグナル増幅を可能とする新規RNA検出法を開発

    柴田 綾, 鵜澤 尊規, 伊藤 嘉浩, 周東 智, 阿部 洋

    化学と生物   52 巻 ( 11 ) 頁: 771 - 776   2014年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry  

    DOI: 10.1271/kagakutoseibutsu.52.771

    CiNii Books

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    その他リンク: https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/10041971696?from=CiNii

  119. Nanostructured RNAs for RNA interference

    Yuko Nakashima, Naoko Abe, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe

    Humana Press New York     頁: 全   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  120. グルタチオントランスフェラーゼを標的とした分子プローブの開発

    伊藤美香,周東智,伊藤嘉浩,阿部洋

    有機合成化学教会誌     頁: 822   2014年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  121. Polycation-assisted DNA detection by reduction triggered fluorescence amplification probe 査読有り

    Saneyoshi Hisao, Shimada Naohiko, Maruyama Atsushi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   23 巻 ( 24 ) 頁: 6851 - 6853   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    We have developed a fluorescence detection system for DNA, assisted by a comb-type cationic polymer (PLL-g-DX), for accelerating the reaction turnover. The combination of fluorogenic DNA probes with a comb-type cationic polymer has been demonstrated to be an effective means of signal amplification during the detection process. The method described herein represents a simple and enzyme-free detection. © 2013 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2013.10.005

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  122. Synthesis of novel 4′-C-methyl-1′,3′-dioxolane pyrimidine nucleosides and evaluation of its anti-HIV-1 activity 査読有り

    Yutaka Kubota, Yuri Kaneda, Kazuhiro Haraguchi, Mirei Mizuno, Hiroshi Abe, Satoshi Shuto, Takayuki Hamasaki, Masanori Baba, Hiromichi Tanaka

    Tetrahedron   69 巻 ( 51 ) 頁: 10884 - 10892   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.tet.2013.10.075

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  123. An epidermal growth factor derivative with binding affinity for hydroxyapatite and titanium surfaces 査読有り

    Kang Jeonghwa, Tada Seiichi, Sakuragi Makoto, Abe Hiroshi, Ito Reiko, Ishikawa Junko, Kurata Shino, Kitajima Takashi, Son Tae Il, Aigaki Toshiro, Ito Yoshihiro

    BIOMATERIALS   34 巻 ( 38 ) 頁: 9747 - 9753   2013年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Biomaterials  

    An epidermal growth factor (EGF) derivative with affinity for apatite and titanium surfaces was designed using a peptide moiety derived from salivary statherin, a protein that adheres to hydroxyapatite. Since the active sequence has two phosphoserine residues, the EGF derivative was prepared by organic synthesis, and a 54 residue peptide was successfully prepared using this method. Circular dichroism spectra indicated that the conformation of EGF was not significantly altered by the addition of the affinity peptide sequence and the mitogenic activity was only slightly reduced when compared with the wild-type protein. However, the binding affinity of the modified EGF to hydroxyapatite and titanium was significantly higher than the unmodified EGF. The phosphate groups in the affinity sequence contributed to the affinity of modified EGF to both apatite and titanium. The modified EGF significantly enhanced the growth of cells on hydroxyapatite and titanium. It was also demonstrated that the bound EGF enhanced the signal transduction for longer periods than unbound EGF. In conclusion, the modified EGF had significantly higher binding affinity for apatite and titanium than soluble EGF, and the bound EGF significantly enhanced cell growth by long-lasting activation of intracellular signal transduction. © 2013 Elsevier Ltd.

    DOI: 10.1016/j.biomaterials.2013.09.004

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  124. Very Rapid DNA-Templated Reaction for Efficient Signal Amplification and Its Steady-State Kinetic Analysis of the Turnover Cycle 査読有り

    Shibata Aya, Uzawa Takanori, Nakashima Yuko, Ito Mika, Nakano Yukiko, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   135 巻 ( 38 ) 頁: 14172 - 14178   2013年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of the American Chemical Society  

    Oligonucleotide-templated reactions are powerful tools for the detection of nucleic acid sequences. One of the major scientific challenges associated with this technique is the rational design of non-enzyme-mediated catalytic templated reactions capable of multiple turnovers that provide high levels of signal amplification. Herein, we report the development of a nucleophilic aromatic substitution reaction-triggered fluorescent probe. The probe underwent a rapid templated reaction without any of the undesired background reactions. The fluorogenic reaction conducted in the presence of a template provided a 223-fold increase in fluorescence after 30 s compared with the nontemplated reaction. The probe provided an efficient level of signal amplification that ultimately enabled particularly sensitive levels of detection. Assuming a simple model for the templated reactions, it was possible to estimate the rate constants of the chemical reaction in the presence and in the absence of the template. From these kinetic analyses, it was possible to confirm that an efficient turnover cycle had been achieved, on the basis of the dramatic enhancement in the rate of the chemical reaction considered to be the rate-determining step. With maximized turnover efficiency, it was demonstrated that the probe could offer a high turnover number of 1500 times to enable sensitive levels of detection with a detection limit of 0.5 pM in the catalytic templated reactions. © 2013 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ja404743m

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  125. Long-Lived Luminogenic Probe for Detection of RNA in a Crude Solution of Living Bacterial Cells 査読有り

    Saneyoshi Hisao, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   135 巻 ( 37 ) 頁: 13632 - 13635   2013年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of the American Chemical Society  

    A pre-type sensitizer for a lanthanide complex on an oligonucleotide was successfully converted to a perfect final structure in a target DNA/RNA-templated reaction, without any chemical reagent or enzyme, under neutral conditions. The final form of the lanthanide-oligonucleotide provided a long-lived luminescence signal, appropriate for time-gated luminescence analysis and signal amplification. Target DNA/RNA-assisted time-gated luminescence analysis is a powerful tool for elimination of autofluorescence and detection of target RNA in living bacterial cells. © 2013 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ja406724k

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  126. Sustained delivery of siRNA from dopamine-coated stainless steel surfaces 査読有り

    Joddar Binata, Albayrak Aydin, Kang Jeonghwa, Nishihara Mizuki, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    ACTA BIOMATERIALIA   9 巻 ( 5 ) 頁: 6753 - 6761   2013年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Acta Biomaterialia  

    Dopamine, an adhesive protein can be covalently deposited onto biomaterials. In this study, we evaluated the ability of dopamine-coated surfaces for small interfering RNA (siRNA) immobilization and release. Dopamine was deposited onto 316L stainless steel discs either as a monolayer at acidic pH or as polydopamine at alkaline pH, following which siRNA was immobilized onto these discs. To investigate the RNA interference ability of immobilized siRNA, reduction of luciferase expression in HeLa, and reduction of Egr-1 expression and cell proliferation in human aortic smooth muscle cells (HAoSMCs) were determined. Dopamine treatment of 316L stainless steel discs under both the acidic and alkaline conditions resulted in the deposition of amino (NH 2) groups, which enabled electrostatic immobilization of siRNA. The immobilized siRNA was released from both types of coatings, and enhanced the percent suppression of firefly luciferase activity of HeLa significantly up to ∼96.5% compared to HeLa on non-dopamine controls (18%). Both the release of siRNA and the percent suppression of firefly luciferase activity were sustained for at least 7 days. In another set of experiments, siRNA sequences targeting to inhibit the activity of the transcription factor Egr-1 were eluted from dopamine-coated surfaces to HAoSMCs. Egr-1 siRNA eluted from dopamine-coated surfaces, significantly reduced the proliferation of HAoSMCs and their protein expression of Egr-1. Therefore, this method of surface immobilization of siRNA onto dopamine-coated surfaces might be effective for nucleic acid delivery from stents. © 2012 Acta Materialia Inc. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.actbio.2013.01.007

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  127. Nano-sized Molecule: New Approach for Diagnosis and Drug Discovery Foreword 査読有り

    Abe Hiroshi, Mizukami Shin

    YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN   133 巻 ( 3 ) 頁: 349 - 349   2013年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本薬学会  

    DOI: 10.1248/yakushi.12-00239-F

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    その他リンク: http://orcid.org/0000-0002-2292-8606

  128. Nanostructured RNA for RNA Intereference 査読有り

    Abe Hiroshi

    YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN   133 巻 ( 3 ) 頁: 373 - 378   2013年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Yakugaku Zasshi  

    RNA interference (RNAi) is a potent and highly specific gene-silencing phenomenon which is initiated or triggered by double-stranded RNAs (dsRNAs). Shortly after the development of RNAi, small interfering RNAs (siRNAs) that are 21 nucleotides in length with a 3′ nucleotide overhang were shown to be very effective in mammalian cells. Much effort has been dedicated to the application of siRNAs, both as biological tools and as therapeutic agents. Currently, synthetic siRNA would be the method of choice for clinical purposes. However, natural RNA strands are quickly degraded in biological fluids. Chemically synthesized unnatural nucleotides have been developed and introduced into the siRNA strand. For example, modification of the ribose moiety with a 2′-deoxy, 2′-O-methyl, or 2′-fluoro group, or modification of the phosphate backbone have been examined. Although these modifications improve the stability of siRNA in serum, they often cause a decrease in RNAi activity. There is also concern that unnatural RNA derivatives are toxic in the human body. A method to stabilize nontoxic natural RNA strands should be very useful for applications in RNAi technology. We came up with an idea that nano-structural design stabilizes natural RNA. We tested several new designs such as dumbbell RNA, double stranded circular RNA, or branched RNA in biological stability and RNA interference activity. Consequently, dumbbell or branched design offered prolonged RNAi effect due to high biological stability. © 2013 The Pharmaceutical Society of Japan.

    DOI: 10.1248/yakushi.12-00239-4

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  129. Synthesis of a nucleoside phosphorodithioate analogue responsive to microenvironmental changes through chiral induction 査読有り

    Saneyoshi Hisao, Mashimo Takushi, Hatano Ken, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    TETRAHEDRON LETTERS   54 巻 ( 9 ) 頁: 1080 - 1083   2013年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Tetrahedron Letters  

    We have synthesized a 2′-aminomethyl branched-chain sugar nucleoside phosphorodithioate from 2,2′-anhydro uridine and subjected the material to a subsequent cyclization reaction under aqueous conditions using bi-functional linkers. The rate of the cyclization reaction was dependent on the leaving group on the bi-functional linkers. The generation of a chiral phosphorous peak from the achiral precursor, as indicated by 31P NMR, was identified as a good indicator for potentially probing the local and global features of the DNA structure. © 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.tetlet.2012.12.028

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  130. PEGylated Antibodies and DNA in Organic Media and Genetic PEGylation 査読有り

    Seiichi Tada, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito

    GREEN POLYMER CHEMISTRY: BIOCATALYSIS AND MATERIALS II   1144 巻   頁: 223 - 233   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Polyethylene glycol (PEG) is an amphiphilic polymer that is soluble in both water and organic media and can add many functions to biopolymers by conjugation. Here, PEG was coupled to antibodies or oligonucleotides for solubilization into organic media. The former interacted with antigens and the latter formed specific structures and had catalytic activity in organic media. In addition, we attempted to incorporate PEG genetically into a polypeptide. Although the PEG incorporation ratio decreased as the molecular weight of PEG was increased, PEG with a molecular weight of &lt;= 1000 Da was incorporated successfully. The potential applications of PEGylated biopolymers and the methodology for gene PEGylation are discussed.

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  131. Fluorogenic probes using 4-substituted-2-nitrobenzenesulfonyl derivatives as caging groups for the analysis of human glutathione transferase catalyzed reactions 査読有り

    Shibata Aya, Nakano Yukiko, Ito Mika, Araki Mika, Zhang Jie, Yoshida Yasuhiko, Shuto Satoshi, Mannervik Bengt, Mogenstern Ralf, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ANALYST   138 巻 ( 24 ) 頁: 7326 - 7330   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Analyst  

    We have synthesized a series of 4-substituted-2-nitrobenzene-sulfonyl compounds for caged fluorogenic probes and conducted a Hammett plot analysis using the steady-state kinetic parameters. The results revealed that the glutathione transferase (GST) alpha catalyzed reaction was dependent on the σ value in the same way as the non-enzymatic reaction, whereas the dependence of the σ value of the GST mu and pi was not as pronounced as that of GST alpha. © 2013 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c3an01339a

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  132. RNA-templated molecule release induced protein expression in bacterial cells 査読有り

    Shibata Aya, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   49 巻 ( 3 ) 頁: 270 - 272   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    We have developed a system to release a biologically active molecule in response to the sequence of a target gene. The releasing system, which was triggered by the reduction of an azidomethyl group, was successfully applied to protein expression induced by the release of IPTG triggered by endogenous RNA in bacterial cells. © 2012 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c2cc37826d

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  133. One-Pot Ring-Closing Metathesis/1,3-Dipolar Cycloaddition through Assisted Tandem Ruthenium Catalysis: Synthesis of a Dye with Isoindolo[2,1-a]quinoline Structure 査読有り

    Arisawa Mitsuhiro, Fujii Yuki, Kato Hiroshige, Fukuda Hayato, Matsumoto Takashi, Ito Mika, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro, Shuto Satoshi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   52 巻 ( 3 ) 頁: 1003 - 1007   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    The one-pot tandem reaction of N-alkyl-N-allyl-2-vinylaniline derivatives with benzo- or naphthoquinones and a ruthenium-alkylidene catalyst leads to isoindolo[2,1-a]quinolines in a variety of colors, which can be altered by exchanging the substituent on the core heterocycle (see scheme). This reaction offers a new synthetic method for π-conjugated small molecules from simple aniline derivatives. Copyright © 2013 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.

    DOI: 10.1002/anie.201206765

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  134. Cationic cholesterol-modified gelatin as an in vitro siRNA delivery vehicle 査読有り

    Kadengodlu Pallavi Ananda, Aigaki Toshiro, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    MOLECULAR BIOSYSTEMS   9 巻 ( 5 ) 頁: 965 - 968   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Molecular BioSystems  

    Polymeric micelle prepared through the self-assembly of cationic cholesterol-modified gelatin was tested for siRNA delivery. It exerted the desired effect of gene knockdown in HeLa cells stably expressing the luciferase gene and achieved a two-fold increase in the knockdown ability when compared to Lipofectamine® 2000. It was found that the polymeric micelle exhibited excellent stability and increased the biological stability of the siRNA in serum. © 2013 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c2mb25424g

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  135. Rolling Circle Amplification in a Prokaryotic Translation System Using Small Circular RNA 査読有り

    Abe Naoko, Hiroshima Michio, Maruyama Hideto, Nakashima Yuko, Nakano Yukiko, Matsuda Akira, Sako Yasushi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   52 巻 ( 27 ) 頁: 7004 - 7008   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    Getting the runaround: Small circular RNA molecules containing an infinite open reading frame were synthesized and tested in an E. coli cell-free translation system. A circular RNA 126 nucleotides in length was found to produce more product than its linear counterpart by two orders of magnitude, because a ribosome can work more effectively towards the elongation on circular RNA than it can on linear RNA in this continuous peptide synthesis. Copyright © 2013 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.

    DOI: 10.1002/anie.201302044

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  136. ナノ構造化RNAを用いたRNA干渉法

    阿部洋

    薬学雑誌   133 巻 ( 3 ) 頁: 373-378   2013年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  137. "PEGylated Antibodies and DNA in Organic Media and Genetic PEGylation" in "Green Polymer 2"

    Seiichi Tada, Horoshi Abe, and Yoshihiro Ito

    American Chemical Society     頁: 223-233   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  138. Immobilization of epidermal growth factor on titanium and stainless steel surfaces via dopamine treatment 査読有り

    Kang Jeonghwa, Sakuragi Makoto, Shibata Aya, Abe Hiroshi, Kitajima Takashi, Tada Seiichi, Mizutani Masayoshi, Ohmori Hitoshi, Ayame Hirohito, Son Tae Il, Aigaki Toshiro, Ito Yoshihiro

    MATERIALS SCIENCE & ENGINEERING C-MATERIALS FOR BIOLOGICAL APPLICATIONS   32 巻 ( 8 ) 頁: 2552 - 2561   2012年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Materials Science and Engineering C  

    Titanium and stainless steel were modified with dopamine for the immobilization of biomolecules, epidermal growth factor (EGF). First, the treatment of metal surfaces with a dopamine solution under different pH conditions was investigated. At higher pH, the dopamine solution turned brown and formed precipitates. Treatment of the metals with dopamine at pH 8.5 also resulted in the development of brown color at the surface of the metals. The hydrophobicity of the surfaces increased after treatment with dopamine, independently of pH. X-ray photoelectron spectroscopy revealed the formation of a significant amount of an organic layer on both surfaces at pH 8.5. According to ellipsometry measurements, the organic layer formed at pH 8.5 was about 1000 times as thick as that formed at pH 4.5. The amount of amino groups in the layer formed at pH 8.5 was also higher than that observed in the layer formed at pH 4.5. EGF molecules were immobilized onto the dopamine-treated surfaces via a coupling reaction using carbodiimide. A greater amount of EGF was immobilized on surfaces treated at pH 8.5 compared with pH 4.5. Significantly higher growth of rat fibroblast cells was observed on the two EGF-immobilized surfaces compared with non-immobilized surfaces in the presence of EGF. The present study demonstrated that metals can become bioactive via the surface immobilization of a growth factor and that the effect of the immobilized growth factor on metals was greater than that of soluble growth factor. © 2012 Elsevier B.V.

    DOI: 10.1016/j.msec.2012.07.039

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  139. Detection of pre-mRNA splicing in vitro by an RNA-templated fluorogenic reaction 査読有り

    Tamura Yasutsugu, Furukawa Kazuhiro, Yoshimoto Rei, Kawai Yuto, Yoshida Minoru, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro, Abe Hiroshi

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   22 巻 ( 23 ) 頁: 7248 - 7251   2012年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    RNA splicing is an important target for basic research of disease mechanisms and for drug discovery. Here, we report a new method for analysis of the in vitro RNA splicing process that produces fluorescence using a reduction-triggered fluorescence (RETF) probe. The fluorescence signal is produced only when the two probes bind side-by-side with a specific RNA target. Precursor messenger RNA and mature messenger RNA originating from the chicken δ-crystallin (CDC) gene were successfully discriminated in solution using an RETF probe with the assistance of helper oligonucleotide strands. Also, we successfully applied RETF probes to the detection of emerging mature mRNA in an in vitro splicing process. © 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2012.09.033

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  140. ナノ構造を制御したRNA干渉法

    阿部洋、阿部奈保子、柴田綾、伊藤嘉浩

    アンチセンスDNA/RNA研究会誌   16 巻 ( 2 ) 頁: 3   2012年11月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  141. Design and Synthesis of Indomethacin Analogues That Inhibit P-Glycoprotein and/or Multidrug Resistant Protein without Cox Inhibitory Activity 査読有り

    Arisawa Mitsuhiro, Kasaya Yayoi, Obata Tohru, Sasaki Takuma, Nakamura Tomonori, Araki Takuya, Yamamoto Koujirou, Sasaki Akito, Yamano Akihito, Ito Mika, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro, Shuto Satoshi

    JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY   55 巻 ( 18 ) 頁: 8152 - 8163   2012年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of Medicinal Chemistry  

    We designed and synthesized conformationally restricted analogues and regioisomers of the nonsteroidal anti-inflammatory drug indomethacin. Evaluation of the inhibitory effects of these compounds on COX, P-glycoprotein, and multidrug resistance indicated that NSAIDS modulation of multidrug-resistant P-glycoprotein and multidrug-resistant protein-1 is not associated with COX-1 and COX-2 inhibitory activities. © 2012 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/jm301084z

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  142. Development of new luminogenic probes for detection of glutathione s-transferase activity in living cells 査読有り

    Mika Ito, Aya Shibata, Hiroshi Abe, Jie Zhang, Ralf Morgenstern, Satoshi Shuto, Yoshihiro Ito

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   244 巻   2012年8月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

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  143. Universal Caging Group for the in-Cell Detection of Glutathione Transferase Applied to 19F NMR and Bioluminogenic Probes 査読有り

    Ito Mika, Shibata Aya, Zhang Jie, Hiroshima Michio, Sako Yasushi, Nakano Yukiko, Kojima-Aikawa Kyoko, Mannervik Bengt, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Morgenstern Ralf, Abe Hiroshi

    CHEMBIOCHEM   13 巻 ( 10 ) 頁: 1428 - 1432   2012年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ChemBioChem  

    DOI: 10.1002/cbic.201200242

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  144. 還元反応を引き金とする off/on 型蛍光プローブを用いたRNA検出法の開発

    阿部 洋, 柴田 綾, 古川 和寛, 常田 聡, 伊藤 嘉浩

    化学と生物   50 巻 ( 7 ) 頁: 540 - 544   2012年7月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry  

    DOI: 10.1271/kagakutoseibutsu.50.540

    CiNii Books

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    その他リンク: https://jlc.jst.go.jp/DN/JALC/10006703539?from=CiNii

  145. 環元反応を引き金とするoff/on 型蛍光プローブを用いたRNA検出法の開発

    阿部洋、柴田綾、古川和寛、常田聡、伊藤嘉浩

    化学と生物   50 巻 ( 7月 ) 頁: 540   2012年7月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  146. Oligonucleotide-Templated Reactions for Sensing Nucleic Acids 査読有り

    Shibata Aya, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    MOLECULES   17 巻 ( 3 ) 頁: 2446 - 2463   2012年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Molecules  

    Oligonucleotide-templated reactions are useful for applying nucleic acid sensing. Various chemistries for oligonucleotide-templated reaction have been reported so far. Major scientific interests are focused on the development of signal amplification systems and signal generation systems. We introduce the recent advances of oligonucleotide-templated reaction in consideration of the above two points. © 2012 by the authors.

    DOI: 10.3390/molecules17032446

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  147. Synthesis of Dumbbell-Shaped Cyclic RNAs for RNA Interference

    Naoko Abe, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito

    Current Protocol Nucleic Acid Chemistry     頁: 1-16   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  148. In vitro selection of a photo-responsive peptide aptamer using ribosome display 査読有り

    Liu Mingzhe, Tada Seiichi, Ito Mika, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   48 巻 ( 97 ) 頁: 11871 - 11873   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    A photo-responsive peptide aptamer against microbeads immobilized streptavidin was isolated using in vitroselection combined with photo-manipulation. This is the first example of the introduction of a peptide aptamer in the photo-control of dynamic molecular recognition. © 2012 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c2cc36618e

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  149. Tuning efficiency of the 4-exo-trig cyclization by the electronic effect: ring closure of 3,3-difluoro-4-pentenyl carbon radicals and synthesis of a gem-difluorocyclobutane nucleoside 査読有り

    Kumamoto Hiroki, Kawahigashi Sachiko, Wakabayashi Hiromi, Nakano Tomohiko, Miyaike Tomoko, Kitagawa Yasuyuki, Abe Hiroshi, Ito Mika, Haraguchi Kazuhiro, Balzarini Jan, Baba Masanori, Tanaka Hiromichi

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   48 巻 ( 89 ) 頁: 10993 - 10995   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    4-exo-trig Cyclization reaction of a 4-pentenyl carbon radical containing the gem-difluoromethylene moiety adjacent to a radical accepting α,β-unsaturated ester was found to proceed efficiently to furnish a novel gem-difluorocyclobutane derivative. The cyclized product could be transformed into a gem-difluoromethylene analogue of oxetanocin T. © 2012 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c2cc35876j

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  150. Synthesis of dumbbell-shaped cyclic RNAs for RNA interference. 査読有り

    Abe N, Abe H, Ito Y

    Current protocols in nucleic acid chemistry   1 巻 ( 48 ) 頁: 16.4.11 - 11   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry  

    RNA interference (RNAi) is a potent and highly specific gene-silencing phenomenon that was first reported for the nematode Caenorhabditis elegans. It has been discovered that genes could be silenced by introducing double-stranded RNAs (dsRNAs) complementary to the messenger RNA sequences. Since then, RNAi has been shown as an evolutionarily well-conserved process that plays an important role in host defense and in regulation of gene expression. Much effort has been dedicated to the application of the short dsRNA species (short interfering RNAs; siRNAs) as therapeutic agents, as they were shown to be effective in mammalian cells. Recently, we altered the structure of a siRNA molecule and produced dumbbell-shaped nanocircular RNAs. RNA dumbbells were shown to be stabilized in serum compared with its siRNA counterpart, despite their natural RNA strand. It has also been found that RNA dumbbells containing a 23-bp stem and two 9-nt loops exhibit a prolonged RNAi effect in cultured mammalian cells. In this unit, we describe the synthesis of RNA dumbbells from the design, its enzymatic synthesis, and to the purification. © 2012 by John Wiley & Sons, Inc.

    DOI: 10.1002/0471142700.nc1604s48

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  151. Structure Formation and Catalytic Activity of DNA Dissolved in Organic Solvents 査読有り

    Abe Hiroshi, Abe Naoko, Shibata Aya, Ito Keiji, Tanaka Yoshiyuki, Ito Mika, Saneyoshi Hisao, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   51 巻 ( 26 ) 頁: 6475 - 6479   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    Equal-opportunity dissolver: By attaching polyethylene glycol at its 5' end, DNA (PEG-DNA) can be solubilized in various organic solvents and was shown to form G-quadruplexes by CD spectroscopy. A complex containing iron(III) protoporphyrin IX (hemin) and G-quadruplex-forming PEG-DNA catalyzed an oxidative reaction in methanol (see scheme). Copyright © 2012 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.

    DOI: 10.1002/anie.201201111

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  152. Positively charged cholesterol-recombinant human gelatins foster the cellular uptake of proteins and murine immune reactions 査読有り

    Kadengodlu Pallavi A., Hebishima Takehisa, Takeshima Shin-Nosuke, Ito Mika, Liu Mingzhe, Abe Hiroshi, Aida Yoko, Aigaki Toshiro, Ito Yoshihiro

    INTERNATIONAL JOURNAL OF NANOMEDICINE   7 巻   頁: 5437 - 5450   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:International Journal of Nanomedicine  

    Purpose: Recombinant human gelatins with defined molecular weights were modified with cholesterol to make them amphiphilic in nature. We investigated the feasibility of these modified human gelatins acting as a carrier of antigenic proteins for inducing cellular immunity. The aim of this study was to synthesize novel and effective compounds for vaccine delivery in vivo. Methods: Two types of cholesterol-modified gelatin micelles, anionic cholesterol-modified gelatin (aCMG) and cationic-cholesterol modified gelatin (cCMG), were synthesized using different cholesterol derivatives such as the cholesterol-isocyanate (Ch-I) for aCMG and amino-modified cholesterol for cCMG. One was anionic and the other cationic, and therefore they differed in terms of their zeta potential. The aCMG and cCMG were characterized for their size, zeta potential, and in their ability to form micelles. Cytotoxicity was also evaluated. The modified human gelatins were then investigated as a carrier of antigenic proteins for inducing cellular immunity both in vitro in DC 2.4 cells, a murine dendritic cell line, as well as in vivo. The mechanism of entry of the polymeric micelles into the cells was also evaluated. Results: It was found that only cCMG successfully complexed with the model antigenic protein, fluorescein-isothiocyanate ovalbumin (OVA) and efficiently delivered and processed proteins in DC 2.4 cells. It was hypothesized that cCMG enter the cells predominantly by a caveolae-mediated pathway that required tyrosine kinase receptors on the cell surface. Animal testing using mice showed that the cationic cholesterol-modified gelatin complexed with OVA produced significantly high antibody titers against OVA: 2580-fold higher than in mice immunized with free OVA. Conclusion: Conclusively, cCMG has shown to be very effective in stimulating an immune response due to its high efficiency, stability, and negligible cytotoxicity. © 2012 Cárdenas et al, publisher and licensee Dove Medical Press Ltd.

    DOI: 10.2147/IJN.S36350

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  153. Synthesis, Structure, and Biological Activity of Dumbbell-Shaped Nanocircular RNAs for RNA Interference 査読有り

    Abe Naoko, Abe Hiroshi, Nagai Chisato, Harada Mitsuru, Hatakeyama Hiroto, Harashima Hideyoshi, Ohshiro Takahito, Nishihara Mizuki, Furukawa Kazuhiro, Maeda Mizuo, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   22 巻 ( 10 ) 頁: 2082 - 2092   2011年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/bc203154

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  154. Synthesis and Characterization of a Series of Highly Fluorogenic Substrates for Glutathione Transferases, a General Strategy 査読有り

    Zhang Jie, Shibata Aya, Ito Mika, Shuto Satoshi, Ito Yoshihiro, Mannervik Bengt, Abe Hiroshi, Morgenstern Ralf

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   133 巻 ( 35 ) 頁: 14109 - 14119   2011年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of the American Chemical Society  

    Glutathione transferases (GSTs) are used in biotechnology applications as fusion partners for facile purification and are also overexpressed in certain tumors. Consequently, there is a need for sensitive detection of the enzymes. Here we describe a general strategy for the synthesis and characterization of novel fluorogenic substrates for GSTs. The substrates were synthesized by introducing an electrophilic sulfonamide linkage to fluorescent molecules containing an amino group [e.g., 2,4-dinitrobenzenesulfonamide (DNs) derivatives of coumarin, cresyl violet, and rhodamine]. The derivatives were essentially nonfluorescent, and upon GST catalyzed cleavage of the dinitrobenzenesulfonamide, free fluorophore is released (and 1-glutathionyl-2,4-dinitrobenzene + SO 2). All the coumarin-, cresyl violet- and rhodamine-based fluorogenic probes turned out to be good substrates for most GSTs, especially for GSTA 1-1, in terms of strong fluorescence increases (71-1200-fold), high k cat/K m values (10 4-10 7 M -1 s -1) and significant rate enhancements (10 6-10 9-fold). The substrates were successfully applied to quantitate very low levels of GST activity in cell extracts and DNs-cresyl violet was also successfully applied to the imaging of microsomal MGST 1 activity in living cells. The cresyl violet stained cells retained their fluorescence after fixation, which is a very useful property. In summary, we describe a general and versatile strategy to generate fluorogenic GST substrates, some of them providing the most sensitive assays so far described for GSTs. © 2011 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ja205500y

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  155. Synthesis of 4 '-Ethynyl-2 '-deoxy-4 '-thioribonucleosides and Discovery of a Highly Potent and Less Toxic NRTI 査読有り

    Haraguchi Kazuhiro, Shimada Hisashi, Kimura Keigo, Akutsu Genta, Tanaka Hiromichi, Abe Hiroshi, Hamasaki Takayuki, Baba Masanori, Gullen Elizabeth A., Dutschman Ginger E., Cheng Yung-Chi, Balzarini Jan

    ACS MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   2 巻 ( 9 ) 頁: 692 - 697   2011年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACS Medicinal Chemistry Letters  

    The synthesis of 4′-ethynyl-2′-deoxy-4′- thioribonucleosides was carried out utilizing an electrophilic glycosidation in which 4-ethynyl-4-thiofuranoid glycal 16 served as a glycosyl donor. Electrophilic glycosidation between 16 and the silylated nucleobases (N 4-acetylcytosine, N 6-benzoyladenine, and N 2-acetyl-O 6-diphenylcarbamoylguanine) was carried out in the presence of N-iodosuccinimide (NIS), leading to the exclusive formation of the desired β-anomers 29, 33, and 36. Anti-HIV studies demonstrated that these 4′-thio nucleosides were less cytotoxic to T-lymphocyte (i.e., MT-4 cells) than the corresponding 4′-ethynyl derivatives of 2′-deoxycytidine (44), 2′-deoxyadenosine (45), and 2′-deoxyguanosine (46). Comparison of the selectivity indices (SI) was made between 4′-thionucleosides (32, 41, and 43) and the corresponding 4′-oxygen analogues 44-46 by using the reported CC 50 and EC 50 values. In the case of cytosine and adenine nucleosides, comparable SI values were obtained as follows: 32 (545) and 44 (458); 41 (>230) and 45 (1630). In contrast, 4′-ethynyl-2′-deoxy-4′- thioguanosine 43 was found to possess a SI value of >18200, which is 20 times better than that of 46 (933). © 2011 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ml2001054

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  156. PEGylated antibody in organic media 査読有り

    Liu Mingzhe, Xu Muye, Loh Xian Jun, Abe Hiroshi, Tsumuraya Takeshi, Fujii Ikuo, Li Jun, Son Tae Il, Ito Yoshihiro

    JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING   111 巻 ( 5 ) 頁: 564 - 568   2011年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of Bioscience and Bioengineering  

    Antibodies were covalently conjugated with poly(ethylene glycol) (PEG) and the properties of the PEGylated antibodies in organic media were investigated. Two types of monoclonal antibody were used in this study. One was a monoclonal antibody (abzyme) that was prepared against a hapten mimicking a transition state of hydrolysis. Another was a monoclonal antibody against estrogen, which is not soluble in water. By electrophoresis and mass spectral analysis, the covalent conjugation with PEG chains was confirmed. The PEGylated antibodies bound to antigens and the PEGylated abzyme catalyzed a hydrolysis reaction in an aqueous solution. The PEGylated antibodies were soluble in dichloromethane and acetone and interacted with antigen either in dichloromethane or in acetone. In conclusion, PEGylated antibodies can be employed as analytical tools for water-insoluble analytes. © 2011 The Society for Biotechnology, Japan.

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2011.01.001

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  157. Indomethacin Analogues that Enhance Doxorubicin Cytotoxicity in Multidrug Resistant Cells without Cox Inhibitory Activity 査読有り

    Arisawa Mitsuhiro, Kasaya Yayoi, Obata Tohru, Sasaki Takuma, Ito Mika, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro, Yamano Akihito, Shutot Satoshi

    ACS MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   2 巻 ( 5 ) 頁: 353 - 357   2011年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACS Medicinal Chemistry Letters  

    Conformationally restricted indomethacin analogues were designed and prepared from the corresponding 2-substituted indoles, which were synthesized by a one-pot isomerization/enamide-ene metathesis as the key reaction. Conformational analysis by calculations, NMR studies, and X-ray crystallography suggested that these analogues were conformationally restricted in the s-cis or the s-trans form due to the 2-substituent as expected. Their biological activities on cyclooxygenase-1 (COX-1) inhibition, cyclooxygenase-2 (COX-2) inhibition, and modulation of MRP-1-mediated multidrug resistance (MDR) are described. Some of these indomethacin analogues enhanced doxorubicin cytotoxicity, although they do not have any COX inhibitory activity, which suggests that the MDR-modulating effect of an NSAID can be unassociated with its COX-inhibitory activity. This may be an entry into the combination chemotherapy of doxorubicin with a MDR modulator. © 2011 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ml100292y

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  158. Creation of Polymer Catalysts by Molecular Evolutionary Engineering and Hybridization of Biocatalysts 査読有り

    Mingzhe Liu, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito

    KOBUNSHI RONBUNSHU   68 巻 ( 7 ) 頁: 405 - 416   2011年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:SOC POLYMER SCIENCE JAPAN  

    We developed a new type of oligonucleotide-based catalysts which can be called DNAzyme, ribozyme, or aptazyme. They were in vitro selected from a random sequence library of DNA or RNA for binding hemin. The selected oligonucleotides exhibited peroxidase activity by forming a complex with hemin. In addition, an azobenzene-containing oligonucleotide which bound to hemin was also selected. The binding and the catalytic activity was controlled by photo-irradiation. Subsequently, hybridized biocatalysts with synthetic polymers were synthesized. Polyethylene glycol-conjugated antibodies and oligonucleotides were synthesized and it was demonstrated that they were active in organic media. A photo-responsive polymer was also conjugated with an enzyme and its catalytic activity was controlled in organic media.

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  159. Branched RNA nanostructures for RNA interference 査読有り

    Nakashima Yuko, Abe Hiroshi, Abe Naoko, Aikawa Kyoko, Ito Yoshihiro

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   47 巻 ( 29 ) 頁: 8367 - 8369   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    Branched RNAs with three- or four-way junctions were designed by assembling single-stranded RNA for RNA interference. Human Dicer transformed branched RNAs into about 20 base pairs of double-stranded RNA, which is a standard siRNA species. Our tetramer design provides a potent silencing effect over a period of 5 days. © 2011 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c1cc11780g

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  160. Characterization of New Potential Anticancer Drugs Designed To Overcome Glutathione Transferase Mediated Resistance 査読有り

    Johansson Katarina, Ito Mika, Schophuizen Carolien M. S., Thengumtharayil Sherin Mathew, Heuser Vanina D., Zhang Jie, Shimoji Miyuki, Vahter Marie, Wee Han Ang, Dyson Paul J., Shibata Aya, Shuto Satoshi, Yoshihiro Ito, Abe Hiroshi, Morgenstern Ralf

    MOLECULAR PHARMACEUTICS   8 巻 ( 5 ) 頁: 1698 - 1708   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Molecular Pharmaceutics  

    Resistance against anticancer drugs remains a serious obstacle in cancer treatment. Here we used novel strategies to target microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) and glutathione transferase pi (GSTP) that are often overexpressed in tumors and confer resistance against a number of cytostatic drugs, including cisplatin and doxorubicin (DOX). By synthetically combining cisplatin with a GST inhibitor, ethacrynic acid, to form ethacraplatin, it was previously shown that cytosolic GST inhibition was improved and that cells became more sensitive to cisplatin. Here we show that ethacraplatin is easily taken up by the cells and can reverse cisplatin resistance in MGST1 overexpressing MCF7 cells. A second and novel strategy to overcome GST mediated resistance involves using GST releasable cytostatic drugs. Here we synthesized two derivatives of DOX, 2,4-dinitrobenzenesulfonyl doxorubicin (DNS-DOX) and 4-mononitrobenzenesulfonyl doxorubicin (MNS-DOX) and showed that they are substrates for MGST1 and GSTP (releasing DOX). MGST1 overexpressing cells are resistant to DOX. The resistance is partially reversed by DNS-DOX. Interestingly, the less reactive MNS-DOX was more cytotoxic to cells overexpressing MGST1 than control cells. It would appear that, by controlling the reactivity of the prodrug, and thereby the DOX release rate, selective toxicity to MGST1 overexpressing cells can be achieved. In the case of V79 cells, DOX resistance proportional to GSTP expression levels was noted. In this case, not only was drug resistance eliminated by DNS-DOX but a striking GSTP-dependent increase in toxicity was observed in the clonogenic assay. In summary, MGST1 and GSTP resistance to cytostatic drugs can be overcome and cytotoxicity can be enhanced in GST overexpressing cells. © 2011 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/mp2000692

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  161. 進化分子工学による高分子触媒合成と生体高分子のハイブリット化

    劉明哲、阿部洋、伊藤嘉浩

    高分子論文集   68 巻 ( 7 ) 頁: 405-416   2011年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  162. Synthesis and characterization of small circular double-stranded RNAs 査読有り

    Abe Naoko, Abe Hiroshi, Ohshiro Takahito, Nakashima Yuko, Maeda Mizuo, Ito Yoshihiro

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   47 巻 ( 7 ) 頁: 2125 - 2127   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    Small circular double-stranded RNAs (dsRNAs) were synthesized. The structural analysis by atomic force microscopy gave direct images for the interpretation of the structural strain present in circular dsRNAs. Finally, we demonstrated that circular dsRNA caused RNAi effect in cells. © 2011 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/c0cc04551a

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  163. Fluorescence Detection of Intron Lariat RNA with Reduction-Triggered Fluorescent Probes 査読有り

    Furukawa Kazuhiro, Abe Hiroshi, Tamura Yasutsugu, Yoshimoto Rei, Yoshida Minoru, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   50 巻 ( 50 ) 頁: 12020 - 12023   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Angewandte Chemie - International Edition  

    Fluorescence through proximity: Reduction-triggered fluorescent probes bearing either a fluorescein derivative or triphenylphosphine bind sequence-specifically at the branch site of lariat RNA. The chemical reaction between the two substrates leads to the formation of unquenched fluorescein and the emission of a fluorescence signal (see picture). Prelariat and lariat structures can be distinguished by using this method. Copyright © 2011 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.

    DOI: 10.1002/anie.201104425

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  164. Synthesis and properties of a novel nucleoside derivative possessing a 2,3,5,6-tetraazabenzo[cd]azulene skeleton 査読有り

    Hirama Yasuyuki, Abe Hiroshi, Minakawa Noriaki, Matsuda Akira

    TETRAHEDRON   66 巻 ( 43 ) 頁: 8402 - 8406   2010年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Tetrahedron  

    We describe herein the synthesis and properties of the novel nucleoside derivative, 4,7-diamino-2-(2-deoxy-β-d-erythro-pentofuranosyl)-2,6-dihydro- 7H-2,3,5,6-tetraazabenzo[cd]azulene (1). The palladium catalyzed cross-coupling reaction of 2,4-diamino-5-iodo-7-(2-deoxy-β-d-erythro-pentofuranosyl) pyrrolo[2,3-d]pyrimidine (9) with acrylonitrile afforded 2,4-diamino-5-[(E)-1- cyano-2-ethenyl]-7-(2-deoxy-β-d-erythro-pentofuranosyl)pyrrolo[2,3-d] pyrimidine (10) in 77% yield, which was treated with NaOMe in MeOH in the presence of NaSPh to give the desired 1 in 64% yield. Whereas 1 was stable in concentrated ammonia at room temperature, it was gradually hydrolyzed in water to give 4-amino-2-(2-deoxy-β-d-erythro-pentofuranosyl)-2,6-dihydro-7H-2,3, 5,6-tetraazabenzo[cd]azulen-7-one (12). Density functional calculations indicated that 12 was 20 kcal/mol more thermodynamically stable than 1 in a model study. © 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.tet.2010.08.063

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  165. In vitro selection of a photoresponsive RNA aptamer to hemin 査読有り

    Liu Mingzhe, Jinmei Hiroshi, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   20 巻 ( 9 ) 頁: 2964 - 2967   2010年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    A photoresponsive RNA aptamer to hemin was selected in vitro from a random sequence library of RNAs with azobenzene residues. The aptamer bound to hemin under visible light irradiation and was released by ultraviolet light. © 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2010.02.109

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  166. Design and synthesis of indole derivatives of adenophostin A. A entry into subtype-selective IP3 receptor ligands 査読有り

    Mochizuki Tetsuya, Tanimura Akihiko, Nezu Akihiro, Ito Mika, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro, Arisawa Mitsuhiro, Shuto Satoshi

    TETRAHEDRON LETTERS   51 巻 ( 6 ) 頁: 977 - 979   2010年2月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Tetrahedron Letters  

    Indole derivatives 3a and 3b of adenophostin A (2) in which the adenine of 2 was replaced with indole or 4-fluoroindole was designed as potential inositol trisphosphate receptor ligands. These target compounds were successfully synthesized from the key disaccharide unit 6. Biological evaluation showed that 3b selectively activates IP3R1, a subtype of IP3 receptors. © 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.tetlet.2009.12.045

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  167. Synthesis and structural and pharmacological properties of cyclopropane-based conformationally restricted analogs of 4-methylhistamine as histamine H-3/H-4 receptor ligands 査読有り

    Kobayashi Takaaki, Watanabe Mizuki, Yoshida Akira, Yamada Shizuo, Ito Mika, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro, Arisawa Mituhiro, Shuto Satoshi

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY   18 巻 ( 3 ) 頁: 1076 - 1082   2010年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry  

    On the basis of the previous results on a histamine H4 receptor agonist 4-methylhistamine and a cyclopropane-based conformationally restricted analog CEIC (3) with potent H3/H4 receptor antagonistic effect, 4-methylhistamine analogs 4 and 5 of CEIC were designed and synthesized. Compound 4 showed strong affinity (Ki = 38.7 nM) for the H3 receptor, which was more potent than a well-known H3 antagonist thioperamide. Stable tautomer and conformation of 3 and 4, which can affect the pharmacological activity, were analyzed by ab initio calculations. © 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmc.2009.12.046

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  168. Hemin-Binding Aptamers and Aptazymes 査読有り

    Mingzhe Liu, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito

    GREEN POLYMER CHEMISTRY: BIOCATALYSIS AND BIOMATERIALS   1043 巻   頁: 111 - 123   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(国際会議プロシーディングス)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Aptamers are oligonucleotides that have been engineered through repeated rounds of in vitro selection or by the process of Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX) to bind to various molecular targets such as small molecules, proteins, nucleic acids, and even cells and tissues. Aptamers offer similar molecular recognition properties to the more commonly used antibodies. In addition to their ability to discriminate their target, aptamers offer some advantages over antibodies. For example, aptamers can be engineered completely in a test tube and are readily produced using chemical processes. On the other hand, some aptamers that have been developed exhibit enzyme activity after binding to their target molecule, and function as 'aptazymes'. Numerous aptamers and aptazymes have been used in biotechnology, diagnostics and therapy. In this study, we demonstrate that natural DNA/RNA aptamers produced by selection in vitro, not only bind to hemin, but also show peroxidase activity when in such complexes (i.e., they function as aptazymes).

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  169. Photoactivatable fluorescein derivatives with azidomethyl caging groups for tracing oligonucleotides in living human cells 査読有り

    Furukawa Kazuhiro, Abe Hiroshi, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY   8 巻 ( 10 ) 頁: 2309 - 2311   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Organic and Biomolecular Chemistry  

    A new photocaged fluorescent compound, azidomethyl fluorescein, was successfully utilized to monitor the dynamics of oligonucleotides in living human cells. © 2010 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/b926100a

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  170. Hemin-Binding Aptamers and Aptazymes

    Mingahe Liu, Horoshi Abe, Yoshihiro Ito

    ACS Symposium Series 1043(Green Polymer Chemistry)     頁: 111-123   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  171. Reduction-Triggered Fluorescence Probe for Peptide-Templated Reactions 査読有り

    Shibata Aya, Abe Hiroshi, Furukawa Kazuhiro, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN   57 巻 ( 11 ) 頁: 1223 - 1226   2009年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical and Pharmaceutical Bulletin  

    We developed a new nucleic acid-based fluorescence probe for protein detection. The method is based on the scission of an aptamer into two probes, which are then attached with a chemically reactive fluorogenic compound. The protein-dependent association of the two probes accelerates a reduction-triggered fluorogenic reaction and indicates the presence of the target protein, which is detected using a fluorescence readout. The fluorescence signal is generated via the deprotection of the azidomethyl group of fluorescein. The arginine-rich motif peptide of the human immunodeficiency virus-1 Rev protein was targeted by this type of probe. Emission was detected at 522 nm and was enhanced by about 19.4-fold in the presence of the target peptide. An oligonucleotide-based reduction-triggered fluorescence probe was successfully applied to the detection of the Rev peptide in solution. © 2009 Pharmaceutical Society of Japan.

    DOI: 10.1248/cpb.57.1223

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  172. Characterization of a new fluorogenic substrate for microsomal glutathione transferase 1 査読有り

    Alander Johan, Johansson Katarina, Heuser Vanina Dahlstrom, Farebo Henny, Jarvliden Julia, Abe Hiroshi, Shibata Aya, Ito Mika, Ito Yoshihiro, Morgenstern Ralf

    ANALYTICAL BIOCHEMISTRY   390 巻 ( 1 ) 頁: 52 - 56   2009年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Analytical Biochemistry  

    A new thiol-reactive electrophilic, disubstituted rhodamine-based fluorogenic probe (bis-2,4-dinitrobenzenesulfonyl rhodamine [BDR]) with very high quantum yield was synthesized and described recently [A. Shibata et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 18 (2008) 2246-2249]. Because hydrophobic electrophiles are often conjugated by glutathione transferases, the BDR or monosubstituted rhodamine derivatives (2,4-dinitrobenzenesulfonyl rhodamine [DR]) were tested with microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) and shown to function as substrates. The kinetic parameters for purified enzyme and DR were kcat = 0.075 ± 0.005 s-1 and Km = 21 ± 3 μM (kcat/Km = 3.6 × 103 ± 5.6 × 102 M-1 s-1), giving a rate enhancement of 106 compared with the nonenzymatic reaction. In cells overexpressing MGST1, the addition of BDR caused a time-dependent increase of fluorescence compared with control cells. Preincubating the cells with a thiol reagent (N-ethylmaleimide) abolished the fluorescent signal. By using DR, we could determine the MGST1 activity in whole cell extracts with high sensitivity. In addition, the activity could be increased by thiol reagents (a hallmark of MGST1). Thus, we have identified a new fluorogenic substrate for MGST1 that will be a useful tool in the study of this enzyme and related enzymes. © 2009 Elsevier Inc. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.ab.2009.03.046

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  173. Reduction-Triggered Fluorescent Amplification Probe for the Detection of Endogenous RNAs in Living Human Cells 査読有り

    Furukawa Kazuhiro, Abe Hiroshi, Hibino Kayo, Sako Yasushi, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   20 巻 ( 5 ) 頁: 1026 - 1036   2009年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioconjugate Chemistry  

    Oligonucleotide-templated reactions are attracting attention as a method for RNA detection in living cells. Previously, a reduction-triggered fluorescence probe has been reported that is based on azide reduction to switch fluorescence on. In this article, we report a more advanced probe, a reduction-triggered fluorescent amplification probe that is capable of amplifying a target signal. Azidomethyl fluorescein was newly synthesized and introduced into a probe. Azido-masked fluorescein on the probe showed a strong turn-on fluorescence signal upon oligonucleotide-templated Staudinger reduction. The catalytic reaction of the probe offered a turnover number of 50 as fluorescence readout within 4 h. Finally, probes were introduced into human leukemia HL-60 cells by use of streptolysin O pore-forming peptide. We successfully detected and quantitated the 28S rRNA and β-Actin mRNA signal above the background by flow cytometry. In addition, the same RNA targets were imaged by fluorescence microscopy. The data suggest that a reduction-triggered amplification probe may be a powerful tool in analyzing the localization, transcription, or processing of RNA species in living eukaryotic cells. © 2009 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/bc900040t

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  174. In vitro selection of hemin-binding catalytic RNA 査読有り

    Liu Mingzhe, Kagahara Takuma, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   19 巻 ( 5 ) 頁: 1484 - 1487   2009年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    Catalytic RNAs with peroxidase activity were obtained by the in vitro selection of RNA aptamer-binding hemin. One of the RNA aptamers selected showed binding affinity to hemin with a dissociation constant of 0.8 μM and exhibited high peroxidase activity by forming a complex with hemin. The catalytic efficiency of the RNA-hemin complex was 10-fold higher than that of hemin alone. © 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2009.01.016

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  175. 細胞機能制御高分子と再生医療高分子

    伊藤嘉浩、北嶋隆、阿部洋

    細胞機能制御高分子と再生医療高分子   58 巻 ( 3月 ) 頁: 全   2009年3月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  176. Direct In Vitro Selection of Hemin-Binding DNA Aptamer with Peroxidase Activity 査読有り

    Liu Mingzhe, Kagahara Takuma, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN   82 巻 ( 1 ) 頁: 99 - 104   2009年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bulletin of the Chemical Society of Japan  

    A novel hemin-binding DNA was synthesized using in vitro selection (SELEX) method. The selected DNA not only bound to the hemin, but also had peroxidase activity when complexed with hemin. A pool of 104-nt single-stranded DNA (ssDNA) molecules containing a randomized sequence of 60nt was synthesized. The DNA pool having random sequences was incubated with a hemin-immobilized affinity column. Bound DNAs were eluted with hemin solution and amplified by PCR with biotin-labeled primers. ssDNAs were isolated from the biotin-labeled double-stranded DNA (dsDNA) molecules after each selection process. After four rounds of selection process, the selected DNAs were cloned and sequenced. Four DNA aptamers were chemically synthesized from the sequenced clones. Two aptamers exhibited binding affinity to hemin and peroxidase activity. A 21-nt oligonucleotide was designed from the aptamer sequence that formed a complex with hemin and exhibited high peroxidase activity. © 2009 The Chemical Society of Japan.

    DOI: 10.1246/bcsj.82.99

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  177. Protein detection using oligonucleotide probes 査読有り

    Aya Shibata, Hiroshi Abe, Kazuhiro Furukawa, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   53 巻   頁: 157 - 158   2009年

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  178. DNA templated nucleophilic aromatic substitution reactions for fluorogenic sensing of oligonucleotides 査読有り

    Shibata Aya, Abe Hiroshi, Ito Mika, Kondo Yuko, Shimizu Shigeru, Aikawa Kyoko, Ito Yoshihiro

    CHEMICAL COMMUNICATIONS   43 巻 ( 43 ) 頁: 6586 - 6588   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemical Communications  

    We have developed an SNAr reaction-triggered fluorescence probe using a new fluorogenic compound derivatized from 7-aminocoumarin for oligonucleotides detection. © The Royal Society of Chemistry 2009.

    DOI: 10.1039/b912896d

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  179. Reduction-triggered red fluorescent probes for dual-color detection of oligonucleotide sequences 査読有り

    Furukawa Kazuhiro, Abe Hiroshi, Wang Jin, Uda Miwako, Koshino Hiroyuki, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY   7 巻 ( 4 ) 頁: 671 - 677   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Organic and Biomolecular Chemistry  

    We have developed a new red fluorogenic compound derived from naphthorhodamine for a reduction-triggered fluorescence probe to sense oligonucleotides. The fluorogenic reaction between naphthorhodamine azide derivatives and reducing reagents such as triphenylphosphine (TPP) on the DNA target does not use any enzyme or reagent, and fluoresces at 650 nm. The probes were used for dual color detection of a single nucleotide difference on the leukemia-related bcr/abl gene. © 2009 The Royal Society of Chemistry.

    DOI: 10.1039/b817228e

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  180. Synthetic nanocircular RNA for controlling of gene expression 査読有り

    Hiroshi Abe, Naoko Abe, Miwako Uda, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   53 巻   頁: 65 - 66   2009年

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  181. Fluorescence generation from tandem repeats of a malachite green RNA aptamer using rolling circle transcription 査読有り

    Furukawa Kazuhiro, Abe Hiroshi, Abe Naoko, Harada Mitsuru, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   18 巻 ( 16 ) 頁: 4562 - 4565   2008年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    We demonstrate a generation of tandem repeats of a malachite green (MG) RNA aptamer using rolling circle transcription. To keep the higher-order structure of each aptamer on long RNA, we designed a sequence of circular DNA with a 14-base linker. T7 RNA polymerase was superior to Escherichia coli RNA polymerase in the specific transcription of the MG RNA aptamer. Finally, the generation of the fluorescence signal was confirmed from aptamer repeats with MG. © 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2008.07.040

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  182. A reduction-triggered fluorescence probe for sensing nucleic acids 査読有り

    Abe Hiroshi, Wang Jin, Furukawa Kazuhiro, Oki Kazuma, Uda Miwako, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   19 巻 ( 6 ) 頁: 1219 - 1226   2008年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioconjugate Chemistry  

    We have developed a reduction-triggered fluorescence probe with a new fluorogenic compound derivatized from Rhodamine for sensing oligonucleotides. The chemistry to activate the compound involves the reaction between the azide group of rhodamine derivatives and the reducing reagents, with the fluorescence signal appearing after reduction of the azide group. The signal/background ratio of this fluorogenic compound reached 2100-fold enhancement in fluorescence intensity. Dithio-1,4-threitol or triphenylphosphine as reducing reagents were successfully utilized for this chemistry to be introduced into the DNA probe. The genetic detection requires that two strands of DNA bind onto target oligonucleotides, one probe carrying a reducible fluorogenic compound while the other carries the reducing reagents. The reaction proceeds automatically without any enzymes or reagents under biological conditions to produce a fluorescence signal within 10-20 min in the presence of target DNA or RNA. In addition, the probe was very stable under biological conditions, even such extreme conditions as pH 5 solution, pH 10 solution, or high temperature (90°C) with no undesirable background signal. The probes were successfully applied to the detection of oligonucleotides at the single nucleotide level in solution and endogenous RNA in bacterial cells. © 2008 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/bc800014d

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  183. Rhodamine-based fluorogenic probe for imaging biological thiol 査読有り

    Shibata Aya, Furukawa Kazuhiro, Abe Hiroshi, Tsuneda Satoshi, Ito Yoshihiro

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS   18 巻 ( 7 ) 頁: 2246 - 2249   2008年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters  

    We have developed a new fluorescent probe for biological thiol. The probe was synthesized by the modification of the 2,4-dinitrobenzenesulfonyl group with rhodamine 110. The selective detection of thiol species such as cysteine or glutathione was achieved in biological conditions. Moreover, the probe was successfully applied to the imaging of thiol species in living human cells. © 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.bmcl.2008.03.014

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  184. Synthesis of (+/-)-9-[c-4, t-5-bis(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-r-1-yl]-9H-adenine (BCA) derivatives branched at the 4 '-position based on intramolecular SH2 ' cyclization 査読有り

    Kumamoto Hiroki, Takahashi Nonoko, Shimamura Tomomi, Tanaka Hiromichi, Nakamura Kazuo T., Hamasaki Takayuki, Baba Masanori, Abe Hiroshi, Yano Masahiko, Kato Nobuyuki

    TETRAHEDRON   64 巻 ( 7 ) 頁: 1494 - 1505   2008年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.tet.2007.11.038

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  185. Chemical aminoacylation of RNA by an intermolecular adenosine transfer reaction 査読有り

    Liu Mingzhe, Jinmei Hiroshi, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    CHEMISTRY LETTERS   37 巻 ( 1 ) 頁: 102 - 103   2008年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Chemistry Letters  

    RNA aminoacylation, based on an adenosine transfer mechanism, was achieved by the intermolecular transfer of phenylalaninyl adenosine from a donor probe to an acceptor RNA. This method can be applied to a wide variety of unnatural amino acids for tRNA aminoacylation. Copyright © 2008 The Chemical Society of Japan.

    DOI: 10.1246/cl.2008.102

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  186. Stereoselective glycosylation based on the conformational restriction of pyranoses 査読有り

    Satoshi Shuto, Satoshi Ichikawa, Hiroshi Abe, Akira Matsuda

    JOURNAL OF SYNTHETIC ORGANIC CHEMISTRY JAPAN   66 巻 ( 1 ) 頁: 50 - 60   2008年1月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:SOC SYNTHETIC ORGANIC CHEM JPN  

    Despite considerable progress and extensive effort, a general method for highly stereoselective glycosylation particularly for the 1,2-cis-glycosylation has not yet been developed and therefore is required. The alpha/beta-stereo selectivity in glycosylation can be affected by the steric and stereoelectronic (anomeric) effects around the anomeric center, which depend on the conformation of the glycosyl donor substrates. Therefore, we hypothesized that highly alpha- and beta-selective glycosylation can be realized by employing conformationally restricted substrates. We showed that the alpha/beta-stereoselectivity was significantly increased by the conformational restriction and was completely inverted by changing the substrate conformation from the C-4(1)-form into the C-1(4)-form in radical and nucleophilic C-glycosylation reactions as well as in O-glycosylation reactions. The conformational restriction of substrates also effectively facilitates the alpha- and beta-selective radical cyclization reaction at the anomeric position. Using the method, C-glucoside trisphosphates designed as Ca2+-mobilizing agents were successfully,synthesized.

    DOI: 10.5059/yukigoseikyokaishi.66.50

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  187. Rapid DNA chemical ligation for amplification of RNA and DNA signal 査読有り

    Abe Hiroshi, Kondo Yuko, Jinmei Hiroshi, Abe Naoko, Furukawa Kazuhiro, Uchiyama Atsushi, Tsuneda Satoshi, Aikawa Kyoko, Matsumoto Isamu, Ito Yoshihiro

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   19 巻 ( 1 ) 頁: 327 - 333   2008年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Bioconjugate Chemistry  

    Enzymatic ligation methods are useful in the diagnostic detection of DNA sequences. Here, we describe the investigation of nonenzymatic phosphorothioate-iodoacetyl DNA chemical ligation as a method for the detection and identification of RNA and DNA. The specificity of ligation on the DNA target is shown to allow the discrimination of a single point mutation with a drop in the ligation yield of up to 16.1-fold. Although enzymatic ligation has very low activity for RNA targets, this reaction is very efficient for RNA targets. The speed of the chemical ligation with an RNA target achieves a 70% yield in 5 s, which is equal to or better than that of ligase-enzyme-mediated ligation with a DNA target. The reaction also exhibits a significant level of signal amplification under thermal cycling in periods as short as 100-120 min, with the RNA or DNA target acting in a catalytic way to ligate multiple pairs of probes. © 2008 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/bc700244s

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  188. In vitro selection of RNA aptamer to hemin. 査読有り

    Mingze Liu, Takuma Kagahara, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   52 巻   頁: 513 - 514   2008年

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  189. Fluorogenic probe triggered by reduction for nucleic acids sensing. 査読有り

    Furukawa K, Abe H, Wang J, Oki K, Uda M, Tsuneda S, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 52 ) 頁: 353-4   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/nrn178

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  190. Quenched Autoligation Probes 査読有り

    Adam P. Silverman, Hiroshi Abe, Eric T. Kool

    Methods in Molecular Biology   429 巻   頁: 161 - 170   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Humana Press  

    DOI: 10.1007/978-1-60327-040-3_11

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  191. 細胞内遺伝子シグナルの解析

    阿部洋、古川和寛、常田聡、伊藤嘉浩

    生物工学、日本生物工学会   86 巻 ( 6 ) 頁: 268-270   2008年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  192. Quenched autoligation probes

    Adam P. Silverman, Hiroshi Abe, Eric T. Kool

    Methods in Molecular Biology     頁: 161-170   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  193. ピラノースの配座制御に基づく立体選択的グリコシル化反応

    周東智、市川聡、阿部洋、松田彰

    有機合成化学協会誌     頁: 50-60   2008年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  194. ダンベル型ナノサークルRNAでRNA干渉を長期安定に

    阿部洋、阿部奈保子、原田充、常田聡、伊藤嘉浩

    バイオインダストリー協会   66 巻 ( 8 ) 頁: 全   2008年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  195. Design and synthesis of biorelated polymers by combinatorial bioengineering

    Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe, Akira Wada, Mingahe Liu

    ACS Symposium Series999(Polymer Biocatalysis and Biomaterials 2 )     頁: 194-215   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  196. Nanocircular RNAs for RNA interference 査読有り

    Hiroshi Abe, Naoko Abe, Mitsuru Harada, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   52 巻   頁: 505 - 506   2008年

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  197. Fluorogenic probe triggered by reduction for nucleic acids sensing 査読有り

    Kazuhiro Furukawa, Hiroshi Abe, Jin Wang, Kazuma Oki, Miwako Uda, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   52 巻   頁: 353 - 354   2008年

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  198. Dumbbell-shaped nanocircular RNAs for RNA interference 査読有り

    Abe Naoko, Abe Hiroshi, Ito Yoshihiro

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   129 巻 ( 49 ) 頁: 15108 - +   2007年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Journal of the American Chemical Society  

    We designed and synthesized dumbbell-shaped nanocircular RNAs for RNA interference applications, which consist of a stem and two loops. RNA dumbbells are specifically recognized and cleaved by the human Dicer enzyme and are thus transformed into double-stranded RNA in cells, although this RNA is resistant to degradation in serum. The structure was optimized to maximize its RNAi activity. The most potent activity was achieved when the stem length was 23 base pairs. The RNAi activity is prolonged by the shape of the molecule, an endless structure, compared with that of normal siRNA. Copyright © 2007 American Chemical Society.

    DOI: 10.1021/ja0754453

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  199. [Bioprobe for imaging RNA in living cells]. 査読有り

    Abe H, Furukawa K, Tsuneda S, Ito Y

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   52 巻 ( 13 Suppl ) 頁: 1619-24   2007年10月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  200. Intermolecular transfer of aminoacylated adenosine towards chemical aminoacylation of tRNA 査読有り

    Mingze Liu, Hiroshi Jinmei, Koji Fukuzono, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   51 巻   頁: 353 - 354   2007年

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  201. Multiple chemical ligation under thermal cycle. 査読有り

    Yuko Kondo, Hiroshi Abe, Hiroshi Jinmei, Naoko Abe, Kyoko Aikawa, Isamu Matsumoto, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   51 巻   頁: 365 - 366   2007年

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  202. Synthesis of adenophostin A analogues conjugating an aromatic group at the 5 '-position as potent IP3 receptor ligands 査読有り

    Tetsuya Mochizuki, Yoshihiko Kondo, Hiroshi Abe, Stephen C. Tovey, Skarlatos G. Dedos, Colin W. Taylor, Michael Paul, Barry V. L. Potter, Akira Matsuda, Satoshi Shuto

    JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY   49 巻 ( 19 ) 頁: 5750 - 5758   2006年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Previous structure-activity relationship studies of adenophostin A, a potent IP3 receptor agonist, led us to design the novel adenophostin A analogues 5a-c, conjugating an aromatic group at the 5'-position to develop useful IP3 receptor ligands. The common key intermediate, a D-ribosyl alpha-D-glucoside 10 alpha, was stereoselectively synthesized by a glycosidation with the 1-sulfinylglucoside donor 11, which was conformationally restricted by a 3,4-O-cyclic diketal protecting group. After introduction of an aromatic group at the 5-position of the ribose moiety, an adenine base was stereoselectively introduced at the anomeric beta-position to form 7a-c, where the tetra-O-i-butyryl donors 9a-c were significantly more effective than the corresponding O-acetyl donor. Thus, the target compounds 5a-c were synthesized via phosphorylation of the 2', 3", and 4"-hydroxyls. The potencies of compounds 5a-c for Ca2+ release were shown to be indistinguishable from that of adenophostin A, indicating that bulky substitutions at the 5'-position of adenophostin A are well-tolerated in the receptor binding. This biological activity of 5a-c can be rationalized by molecular modeling using the ligand binding domain of the IP3 receptor.

    DOI: 10.1021/jm060310d

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  203. Design and synthesis of 5'-deoxy-5'-phenyladenophostin A, a highly potent IP3 receptor ligand. 査読有り

    Mochizuki T, Kondo Y, Abe H, Taylor CW, Potter BV, Matsuda A, Shuto S

    Organic letters   8 巻 ( 7 ) 頁: 1455-8   2006年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ol0602710

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  204. Design and synthesis of 5 '-deoxy-5 '-phenyladenophostin A, a highly potent IP3 receptor ligand 査読有り

    T Mochizuki, Y Kondo, H Abe, CW Taylor, BVL Potter, A Matsuda, S Shuto

    ORGANIC LETTERS   8 巻 ( 7 ) 頁: 1455 - 1458   2006年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    5'-Deoxy-5'-phenyladenophostin A (5), designed as a useful IP3 receptor ligand based on the previous structure-activity relationship studies, was successfully synthesized via two key stereoselective glycosidation steps. This compound proved to be a highly potent IP3 receptor agonist.

    DOI: 10.1021/o10602710

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  205. A systematic study of C-glucoside trisphosphates as myo-inositol trisphosphate receptor ligands. Synthesis of beta-C-glucoside trisphosphates based on the conformational restriction strategy 査読有り

    M Terauchi, H Abe, SC Tovey, SG Dedos, CW Taylor, M Paul, M Trusselle, BVL Potter, A Matsuda, S Shuto

    JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY   49 巻 ( 6 ) 頁: 1900 - 1909   2006年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    beta-C-Glucoside trisphosphates having a C2 side chain (3,7-anhydro-2-deoxy-D-glycero-D-gulo-octitol 1,5,6-trisphosphate, 11) and a C3 side chain (4,8-anhydro-2,3-dideoxy-D-glycero-D-gulo-nonanitol 1,6,7-trisphosphate, 12) were designed as structurally simplified analogues of a potent D-myo-inositol 1,4,5-trisphosphate (IP3) receptor ligand, adenophostin A. Construction of the beta-C-glucosidic structure, which was the key to their synthesis, was achieved by two different methods based on the conformational restriction strategy: (1) radical cyclization with a temporary connecting silicon tether and (2) silane reduction of glyconolactols having an anomeric allyl substituent. Using these methods, the target beta-C-glycoside trisphosphates 11 and 12 were successfully synthesized. A structure-activity relationship was established on a series of C-glucoside trisphosphates, including the previously synthesized related compounds, which were a C-glycosidic analogue 3 of adenophostin A, its uracil congener 5, alpha-C-glucoside trisphosphates 7-9 having a C1, C2, or C3 side chain, and the beta-C-glucoside trisphosphates 10-12 having a C1, C2, or C3 side chain. The O-glycosidic linkage of adenophostin A and its analogues proved to be replaced by the chemically and biologically more stable C-glycosidic linkage. The alpha-C2-glucoside trisphosphate 8 stimulates Call release with a potency similar to that of IP3 in spite of its simplified structure, indicating a better fit to the receptor than the beta-C-glucoside trisphosphates and also the alpha-congeners having a shorter or longer C1 side chain, which was supported by molecular modeling using the ligand binding domain of the IP3 receptor.

    DOI: 10.1021/jm051039n

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  206. Flow cytometric detection of specific RNAs in native human cells with quenched autoligating FRET probes. 査読有り

    Abe H, Kool ET

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   103 巻 ( 2 ) 頁: 263-8   2006年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1073/pnas.0509938103

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  207. Structure analysis of oligonucleotide in organic solvent 査読有り

    Hiroshi Abe, Naoko Abe, Yoshihiro Ito

    Nucleic Acids Symposium Series   50 巻   頁: 25 - 26   2006年

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  208. Structure analysis of oligonucleotide in organic solvent. 査読有り

    Abe H, Abe N, Ito Y

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 50 ) 頁: 25 - 6   2006年

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nucleic acids symposium series (2004)  

    Oligonucleotide has been used as functional molecule such as recording device, or catalyst for chemical reaction. However, that utility has been limited, because it is only soluble in water. Recently, we succeeded in making chemically modified DNA which is clearly soluble in organic solvent. Using this technique, G-quadruplex was constructed in non-polar organic solvent such as 1,2-dichloroethane. The structure was analyzed by CD spectra.

    DOI: 10.1093/nass/nrl013

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  209. 新機能性核酸・タンパク質を生み出すコンビナトリアル・バイオエンジニアリング

    阿部洋、和田章、伊藤嘉浩

    生物工学会誌   84 巻 ( 8 ) 頁: 309   2006年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  210. Synthesis of 4,8-anhydro-D-glycero-D-ido-nonanitol 1,6,7-trisphosphate as a novel IP3 receptor ligand using a stereoselective radical cyclization reaction based on a conformational restriction strategy 査読有り

    M Terauchi, Y Yahiro, H Abe, S Ichikawa, SC Tovey, SG Dedos, CW Taylor, BVL Potter, A Matsuda, S Shuto

    TETRAHEDRON   61 巻 ( 15 ) 頁: 3697 - 3707   2005年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD  

    4,8-Anhydro-D-glycero-D-ido-nonanitol 1,6,7-trisphosphate (9), designed as a novel IP3 receptor ligand having an alpha-C-glycosidic\ structure, was synthesized via a radical cyclization reaction with a temporary connecting allylsilyl group as the key-step. Phenyl 2-O-allyldimethylsilyt-3,4-bis-O-TBS-1-seleno- beta-D-glucopyranoside (10a), conformationally restricted in the unusual C-1(4)-conformation, was treated with Bu3SnH/AIBN to form the desired alpha-cyclization product 16a almost quantitatively. On the other hand, when a conformationally unrestricted O-benzyl-protected 2-O-allyldimethylsilyl -l-selenoglucoside 15 was used as the substrate, the radical reaction was not stereoselective and gave a mixture of the alpha-and beta-products. From 16a, the target C-glucoside trisphosphate 9 was synthesized via phosphorylation of the hydroxyls by the phosphoramidite method. During the synthetic study, an efficient procedure for the oxidative C-Si bond cleavage, via a nucleophilic substitution at the silicon with p-MeOPhLi followed by Fleming oxidation, was developed. The C-glycoside 9 was found to be a full agonist for Ca2+ mobilization, although its activity was weaker than that of the natural ligand IP3. Thus, the alpha-C-glucosidic structure was shown to be a useful mimic of the myo-inositol backbone of IP3. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.tet.2005.02.025

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  211. Universal linkers for signal amplification in auto-ligating probes 査読有り

    Hiroshi Abe, Eric T. Kool

    Nucleic Acids Symposium Series   49 巻   頁: 37 - 38   2005年

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  212. Universal linkers for signal amplification in auto-ligating probes. 査読有り

    Abe H, Kool ET

    Nucleic acids symposium series (2004)   ( 49 ) 頁: 37-8   2005年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nass/49.1.37

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  213. Highly stereoselective Grignard addition to cis-substituted C-cyclopropylaldonitrones. The bisected s-trans transition state can be stabilized effectively by the Lewis acid-coordination 査読有り

    Y Kazuta, H Abe, A Matsuda, S Shuto

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   69 巻 ( 26 ) 頁: 9143 - 9150   2004年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    We previously found that Grignard addition to a C-cyclopropylaldonitrone, C-[cis-2-(N,N-diethyl-carbamoyl)-trans-2-phenylcyclopropyl]-N-benzylaldonitrone (1), stereoselectively gave the antiproduct 3, in which the stereoselectivity was particularly high when MgBr2 was the additive. In this study, the reaction pathway was investigated in detail. The stereoselective addition was initially thought to occur via either a 1,5-chelation-controlled or a bisected s-trans conformation-controlled pathway. However, Grignard addition to a nonchelating silyl ether-type substrate, C-[cis-2-(tert-butyldiphenylsilyloxymethyl)-trans-2-phenylcyclopropyl]-N-benzylaldonitrone (7), also gave the antiproduct 9 with high stereoselectivity suggesting that chelation is not important in the reaction. Theoretical calculations of C-cyclopropylaldonitrones showed that the coordination of Mg2+ at the nitrone oxygen significantly stabilizes the bisected s-trans conformer due to the effective hyper-conjugation between the,pi* of the nitrone C=N bond and the electron-donating cyclopropane orbitals. This kind of orbital interaction is able to stabilize the transition state of the nucleophilic addition and is maximized in the bisected conformation, in which the orbitals of the forming bond and the cyclopropane C-C bond are in an almost planar arrangement. Thus, the high stereoselectivity can be explained by nucleophilic attack on the less hindered side of the C=N bond of the substrates in the Mg2+-coordinated bisected s-trans conformation.

    DOI: 10.1021/jo048637e

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  214. Destabilizing universal linkers for signal amplification in self-ligating probes for RNA. 査読有り

    Abe H, Kool ET

    Journal of the American Chemical Society   126 巻 ( 43 ) 頁: 13980-6   2004年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ja046791c

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  215. An efficient synthesis of beta-C-glycosides based on the conformational restriction strategy: Lewis acid promoted silane reduction of the anomeric position with complete stereoselectivity 査読有り

    M Terauchi, H Abe, A Matsuda, S Shuto

    ORGANIC LETTERS   6 巻 ( 21 ) 頁: 3751 - 3754   2004年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    The reduction of glyconolactols having an anomeric carbon substituent by Et3SiH/TMSOTf proceeded with complete stereoselectivity to produce the corresponding beta-C-glycosides when the substrates were conformationally restricted in the C-4(1)-chair form by a 3,4-O-cyclic diketal or a 4,6-O-benzylidene protecting group. Thus, the efficient construction beta-C-glycosides was achieved on the basis of the conformation restriction strategy.

    DOI: 10.1021/ol048525+

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  216. Stereoselective synthesis of α- and β-C-glucosides via radical cyclization with an allylsilyl tether. Control of the stereoselectivity by changing the conformation of the pyranose ring. 査読有り

    Satoshi Shuto, Masaru Terauchi, YumiYahiro, Hiroshi Abe, Satoshi Ichikawa, Akira Matsuda

    Tetrahedron Letters   45 巻 ( 36 ) 頁: 6819 - 6819   2004年8月

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  217. The unusual 1,4-chelation-controlled nucleophilic addition to aldehydes with high stereoselectivity. A systematic study of stereoselectivity in the addition reaction of carbon nucleophiles to cis-substituted cyclopropanecarbaldehydes 査読有り

    Y Kazuta, H Abe, T Yamamoto, A Matsuda, S Shuto

    TETRAHEDRON   60 巻 ( 31 ) 頁: 6689 - 6703   2004年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD  

    The addition reaction of carbon nucleophiles to cis-substituted cyclopropanecarbaldehydes was systematically investigated. Ab initio calculations of model cyclopropanecarbaldehydes suggested that the bisected s-cis and s-trans conformers are the only two minimum energy conformers, which are stabilized due to the pi-donating stereoelectronic effect of the cyclopropane ring. The experimental results of a series of substrates, that is, cyclopropanecarbaldehydes 1-5 bearing a cis-(tert-butyldiphenyisilyloxy)methyl group, a cis-benzyloxymethyl group, a cis-(p-methoxybenzyloxy)methyl group, cis-N,N-diethylcarbamoyl and trans-phenyl groups, and cis-(tert-butyldiphenylsilyloxy)methyl and trans-phenyl groups, respectively, showed that highly anti-selective Grignard additions could be realized. It turned out that it occurred via an unusual 7-membered 1,4-chelation-controlled pathway. Highly stereoselective Grignard addition via the chelation-controlled pathway occurred even in the reaction of the usually non-chelating silyl ether-type substrate 5. The results have great importance because the 1,4-chelation-controlled stereoselective addition reactions can indeed be realized. Under non-chelation conditions, the syn-products were produced with moderate stereoselectivity, which are likely to be formed via the bisected s-cis conformation-like transition state stabilized by the characteristic orbital interaction. These reactions, especially the chelation-controlled reaction, should be useful because of their t stereoselectivity and stereochemical predictability. (C) 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/j.tet.2004.05.063

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  218. Quenched auto-ligating DNAs: Multicolor identification of nucleic acids at single nucleotide resolution 査読有り

    S Sando, H Abe, ET Kool

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   126 巻 ( 4 ) 頁: 1081 - 1087   2004年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    We describe the synthesis and study of multicolor quenched autoligating (QUAL) probes for identification and discrimination of closely related RNA and DNA sequences in solution and in bacteria. In these probes, a dabsyl quencher doubles as an activator in the oligonucleotide-joining reaction. The oligonucleotides remain dark until they bind at adjacent sites, and "light up" on nucleophilic displacement of the dabsyl probe by the phosphorothioate probe. Four fluorescent dye conjugates were prepared and tested with probes and targets that differ by one nucleotide. Experiments on polymer beads show clear color-based discrimination of DNAs added in solution. Two-color quenched probe pairs were then tested in the discrimination of 16S rRNA sequences in Escherichia coli. Single nucleotide resolution was achieved in the cells with green/red QUAL probes, allowing identification of a one-base sequencing error in the 16S rRNA database. Finally, QUAL probes were successfully applied in live bacterial cells. The method requires only incubation followed by fluorescence imaging, and requires no enzymes, added reagents, cross-linking, fixing, or washes. Because probes must bind side-by-side to generate signal, there is little or no interference from unintended protein binding, which can occur with other probe types. The results suggest that QUAL probes may be of general use in the detection and identification of sequences in solution, on microarrays, and in microorganisms.

    DOI: 10.1021/ja038665z

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  219. Construction of a cis-cyclopropane via reductive radical decarboxylation. Enantioselective synthesis of cis- and trans-1-arylpiperazyl-2-phenyleyclopropanes designed as antidopaminergic agents 査読有り

    K Yamaguchi, Y Kazuta, H Abe, A Matsuda, S Shuto

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   68 巻 ( 24 ) 頁: 9255 - 9262   2003年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    (1S,2S)-, (1S,2R)-, and (1R,2S)-1-(2,4-Dimethylphenyl)piperazyl-2-phenylcyclopropane (2a, 3, and ent-3, respectively), which were designed as conformationally restricted analogues of haloperidol (1), a clinically effective antipsychotic agent, were synthesized from chiral epichlorohydrins using the Barton reductive radical decarboxylation as the key step. (1S,2R)-1-(tert-Butyldiphenylsilyloxy)methyl-2-carboxy-2-phenylcyclopropane (5), which was prepared from (S)-epichlorohydrin ((S)-7), was converted into its N-hydroxypyridine-2-thione ester 12, the substrate for the reductive radical decarboxylation. When 12 was treated with TMS(3)SiH in the presence of Et(3)B or AIBN, the decarboxylation and subsequent hydride attack on the cyclopropyl radical intermediate from the side opposite to the bulky silyloxymethyl moiety occurred, resulting in selective formation of the corresponding reductive decarboxylation product 4-cis with the cis-cyclopropane structure. From 4-cis, the cis-cyclopropane-type target compound 3 was readily synthesized. Starting from (R)epichlorohydrin ((R)-7), ent-3 was similarly synthesized. Epimerization of the cyclopropanecarboxamide ent-16-cis, a synthetic intermediate for ent-3, on treatment with a base prepared from Bu(2)Mg and i-Pr(2)NH in THF occurred effectively to give the corresponding trans isomer 16-trans, which was converted into 2a with the trans-cyclopropane structure.

    DOI: 10.1021/jo0302206

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  220. A study on the conformation-anomeric effect-stereoselectivity relationship in anomeric radical reactions, using conformationally restricted glucose derivatives as substrates 査読有り

    H Abe, M Terauchi, A Matsuda, S Shuto

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   68 巻 ( 19 ) 頁: 7439 - 7447   2003年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    We previously theorized that, since the stereoselectivity of anomeric radical reactions is significantly influenced by the kinetic anomeric effect, which can be controlled by restricting the conformation of the radical intermediate, the proper conformational restriction of the pyranose ring of the substrates would therefore make highly alpha- and beta-stereoselective anomeric radical reactions possible. This theory was based on our previous results of the anomeric radical reactions with D-xylose derivatives as the substrates. We herein report the anomeric radical deuteration reactions with the conformationally restricted 1-phenylseleno-D-glucose derivatives, 2g and 3g, restricted in a C-4(1)-conformation by an beta-cyclic diketal moiety, and 4g, 5g, 6g, 7g, and 8g, restricted in a C-1(4)-conformation by bulky O-silyl protecting groups. The radical deuterations with Bu3SnD, using the C-4(1)-restricted substrates 2g and 3g, afforded the corresponding alpha-products (alpha/beta = 98:2) highly stereoselectively, whereas the C-1(4)-restricted substrate 6g, having a trigonal (sp(2)) carbon substituent, i.e., -CHO, at the 5-position, selectively gave the beta-products (alpha/beta = 0: 100). Thus, the stereoselectivity was significantly increased by the conformational restriction and was completely inverted by changing the substrate conformation from the C-4(1)-form to the C-1(4)-form. On the other hand, the deuterations with the C-1(4)-restricted substrates 4g and 5g showed that the 1,5-steric effect due to the tetrahedral carbon substituent (-CH2OTIPS or -CH2OH) at the 5-axial position dominantly prevented the hydride transfer from the beta-face competing with the kinetic anomeric effect. This study suggests that, depending on the restricted conformation of the substrates to the C-4(1)- or the C-1(4)-form, the alpha- or beta-products would be obtained highly stereoselectively via anomeric radical reactions of hexopyranoses.

    DOI: 10.1021/jo030128+

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  221. A systematic study of the hydride reduction of cyclopropyl ketones with structurally simplified substrates. Highly stereoselective reductions of trans-substituted cyclopropyl ketones via the bisected s-cis conformation 査読有り

    Y Kazuta, H Abe, T Yamamoto, A Matsuda, S Shuto

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   68 巻 ( 9 ) 頁: 3511 - 3521   2003年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    The stereoselective hydride reduction of the cis- and trans-substituted cyclopropyl ketones was systematically investigated using a series of structurally simplified substrates, trans-[tert-butyldiphenylsilyloxymethyl]cyclopropyl ketones la-a and trans- (benzyloxymethyl)cyclopropyl methyl ketone (2), and the corresponding cis congeners 3a,b,e and 4. The results showed that, not only in the reduction of the cis-substituted cyclopropyl ketones but also in that of the trans-substituted ketones, high stereoselectivity can be realized when the substrate has a bulky substituent on the cyclopropane ring, even though it is attached to the position trans to the acyl moiety. Ab initio calculations based on the density functional theory (DFT) of cyclopropyl ketones showed that (1) the bisected s-cis and s-trans conformers were the only two minimum energy conformers; while the s-cis conformer was more stable than the s-trans and (2) a bulky alkyl group in the acyl moiety and a cis substituent on the cyclopropane ring made the bisected s-cis conformer much more stable. On the basis of these calculations and experimental results, it is likely that the more stable the bisected s-cis conformer of the substrate, the more stereoselective the hydride reduction. Thus, the stereochemistry can be explained by hydride attack on the bisected s-cis conformation of the substrate from the less-hindered face. The predictability of the stereochemical results is predicated on the bisected s-cis transition-state model, which is very important from the viewpoint of synthetic organic chemistry.

    DOI: 10.1021/jo030019v

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  222. Control of alpha/beta stereoselectivity in Lewis acid promoted C-glycosidations using a controlling anomeric effect based on the conformational restriction strategy 査読有り

    S Tamura, H Abe, A Matsuda, S Shuto

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION   42 巻 ( 9 ) 頁: 1021 - +   2003年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:WILEY-V C H VERLAG GMBH  

    DOI: 10.1002/anie.200390261

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  223. Development of New Radical Reactions with a Vinylsilyl Group and Their Application to the Synthesis of Branched-Chain Sugar Nucleosides

    Satoshi Shuto, Makiko Kanazaki, Isamu Sugimoto, Satoshi Ichikawa, Yuki Nagasawa, Yoshihito Ueno, Hiroshi Abe, Noriaki Minakawa, Makoto Sukeda, Tetsuya Kodama, Makoto Nomura, Akira Matsuda

    Recent Advances in Nucleosides: Chemistry and Chemotherapy     頁: 21 - 55   2002年

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    掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Elsevier  

    DOI: 10.1016/b978-044450951-2/50002-3

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  224. Synthesis and biological activity of adenophostin derivatives as IP3 receptor ligands. 査読有り

    Shuto S, Mochizuki T, Abe H, Kondo Y, Matsuda A

    Nucleic acids research. Supplement (2001)   ( 2 ) 頁: 23-4   2002年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  225. Development of new radical reactions with a vinylsilyl group and their application to the synthesis of branched-chain sugar nucleosides

    Satoshi Shuto, Maki kanazaki, Isamu Sugimoto, Satoshi Ichikawa, Yuki Nagasawa, Yoshihito Ueno, Hiroshi Abe, Noriaki Minakawa, Makoto Sukeda, Tetsuya Kodama, Makoto Nomura, Akira matsuda

    Recent Advances in Nucleosides     頁: 21-55   2002年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  226. Synthesis and biological activity of adenophostin derivatives as IP3 receptor ligands 査読有り

    Satoshi Shuto, Tetsuya Mochizuki, Hiroshi Abe, Yoshihiko Kondo, Akira Matsuda

    Nucleic Acids Symposium Series   2 巻   頁: 23 - 24   2002年

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  227. Highly alpha- and beta-selective radical C-glycosylation reactions using a controlling anomeric effect based on the conformational restriction strategy. A study on the conformation-anomeric effect-stereoselectivity relationship in anomeric radical reactions 査読有り

    H Abe, S Shuto, A Matsuda

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   123 巻 ( 48 ) 頁: 11870 - 11882   2001年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    We hypothesized that, because the stereoselectivity of anomeric radical reactions was significantly influenced by the anomeric effect, which can be controlled by restricting the conformation of the radical intermediate, the proper conformational restriction of the pyranose ring of the substrates would therefore make highly alpha- and beta -stereoselective anomeric radical reactions possible. Thus, the conformationally restricted 1-phenylseleno-D-xylose derivatives 9 and 10, restricted in a C-4(1)-conformation, and 11 and 12, restricted in a C-1(4)-conformation, were designed and synthesized by introducing the proper protecting groups on the hydroxyl groups on the pyranose ring as model substrates for the anomeric radical reactions. The radical deuterations with Bu3SnD and the C-glycosylation with Bu3SnCH2CH=CH2 or CH2 CHCN, using the C-4(1)-restricted substrates 9 and 10, afforded the corresponding alpha -products (alpha/beta = 97:3-85:15) highly stereoselectively, whereas the C-1(4)-restricted substrates 11 and 12 selectively gave the fl-products (alpha/beta = 1:99-0:100). Thus, stereoselectivity was significantly increased by conformational restriction and was completely inverted by changing the substrate conformation from the C-4(1)-form into the C-1(4)-form. Ab initio, calculations suggested that the radical intermediates produced from these substrates possessed the typical C-4(1)- or C-1(4)-Conformation, which was similar to that of the substrates, and that the anomeric effect in these conformations would be the factor controlling the transition state of the reaction. Therefore, the highly alpha- and beta -selective reactions would occur because of the anomeric effect, which could be manipulated by conformational restriction of the substrates, as expected. This would be the first radical C-glycosylation reaction to provide both alpha- and beta -C-glycosides highly stereoselectively.

    DOI: 10.1021/ja011321t

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  228. An efficient method for preparing fully O-silylated pyranoses conformationally restricted in the unusual C-1(4)-form 査読有り

    H Abe, S Shuto, S Tamura, A Matsuda

    TETRAHEDRON LETTERS   42 巻 ( 35 ) 頁: 6159 - 6161   2001年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD  

    An efficient method for preparing fully O-silylated pyranoses, which are conformationally restricted in the unusual C-1(4)-form, was developed. Thus, successive treatment of pyranosides, such as xylose and glucose derivatives, with NaH and TIPSOTf or TBSOTf in THF at room temperature gave the corresponding fully O-silylated products. (C) 2001 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/S0040-4039(01)01233-3

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  229. Significance of substrate hydrophobicity for recognition by an oligopeptide transporter (PEPT1) 査読有り

    R Tateoka, H Abe, S Miyauchi, S Shuto, A Matsuda, M Kobayashi, K Miyazaki, N Kamo

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   12 巻 ( 4 ) 頁: 485 - 492   2001年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Our previous paper [(1999) Bioconjugate Chem. 10, 24-31] pointed out that hydrophobicity of substrates/inhibitors plays an important role in the recognition by an oligopeptide transporter (PEPT1) expressed in the human intestinal epithelial cell line Caco-8. To determine the significance of that hydrophobicity, we have now synthesized dipeptide analogues conjugating the E-amino group of Lys in Val-Lys with aliphatic carboxylic acids: acetic acid (C2), propanoic acid (C3), pentanoic acid (C5), hexanoic acid (C6), and decanoic acid (C10). The affinities of these conjugates were estimated by their inhibition of the accumulation rate of Gly-Sar, a well-established substrate for PEPT1. With the increase in length of the hydrocarbon chain of the conjugates, i.e., in the hydrophobicity of the conjugates, the inhibition strengthened. Dixon-Webb plot analysis of the inhibition by the C10-conjugated dipeptide showed competitive inhibition. The trans-stimulation effect of Val-Lys conjugated to C10 or C5 on the uptake of Ceftibuten was observed using rat brush border membrane vesicles. This findings showed that these conjugates are transportable substrates. These results confirmed that the hydrophobicity of substrates/inhibitor is one of the factors in the recognition by PEPT1.

    DOI: 10.1021/bc000135u

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  230. INTRACELLULAR Ca2+-MOBILIZING ADENINE NUCLEOTIDES. SYNTHESIS AND BIOLOGICAL ACTIVITY OF CYCLIC ADP-CARBOCYCLIC-RIBOSE ANDC-GLYCOSIDIC ANALOG OF ADENOPHOSTIN A

    Satoshi Shuto, Masayoshi Fukuoka, Hiroshi Abe, Akira Matsuda

    Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids   20 巻 ( 4-7 ) 頁: 461 - 470   2001年3月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Informa UK Limited  

    DOI: 10.1081/ncn-100002320

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  231. The bisected s-trans conformation-controlled highly stereoselective addition of Grignard reagents to C-cyclopropylaldonitrone. An efficient synthesis of 1-phenyl-2-[(S)-1-aminoalkyl]-N,N-diethylcyclopropanecarboxamides, a new class of potent NMDA receptor antagonists 査読有り

    Y Kazuta, S Shuto, H Abe, A Matsuda

    JOURNAL OF THE CHEMICAL SOCIETY-PERKIN TRANSACTIONS 1   1 巻 ( 6 ) 頁: 599 - 604   2001年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ROYAL SOC CHEMISTRY  

    An efficient synthesis of 1-phenyl-2-[(S)-1-aminoethyl]- and 1-phenyl-2-[(S)-1-aminopropyl]-N,N-diethylcyclopropanecarboxamides [1a (PEDC) and 1b (PPDC), respectively], potent NMDA receptor antagonists having a cyclopropane structure, was achieved. We have shown for the first time that C-cyclopropylaldonitrone preferentially exists in the bisected s-trans conformation, due to the characteristic stereoelectronic effects of the cyclopropane ring, by X-ray crystallographic analysis, NMR studies, and theoretical calculations. Based on these findings, the highly stereoselective addition reaction of Grignard reagents to C-cyclopropylaldonitrone 6 was developed, and the reaction was successfully used as the key step for the preparation of the NMDA receptor antagonists 1a and 1b as well as for a newly designed isopropyl-type congener 1c. The facial selectivity of the addition of Grignard reagents can be explained by the attack of the reagents from the less hindered side of the substrate in the predicted bisected s-trans conformation. This Grignard reaction is the first example of a highly stereoselective addition to a nitrone via a non-chelation controlled pathway.

    DOI: 10.1039/b008230i

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  232. Intracellular Ca2+-mobilizing adenine nucleotides. Synthesis and biological activity of cyclic ADP-carbocyclic-ribose and C-glycosidic analog of adenophostin A

        頁: 461-470   2001年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  233. The stereoselective synthesis of 4 '-beta-thioribonucleosides via the Pummerer reaction 査読有り

    T Naka, N Minakawa, H Abe, D Kaga, A Matsuda

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   122 巻 ( 30 ) 頁: 7233 - 7243   2000年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    An efficient stereoselective synthesis of 4'-beta-thioribonucleosides 14, 15, 27, and 30 using the Pummerer reaction as the key step is described. The Pummerer reaction of 1,4-anhydro-2-0-(2,4-dimethoxybenzoyl)-3,5-O-( 1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-3-sulfinyl-D-ribitol (R-10:S-10 = 2.7:1) in the presence of silylated uracil afforded the desired p-anomer of the 4'-thiouridine derivative 11 in 66% yield without formation of its a-anomer. The reaction with R-10 gave 11 in 87% yield, while the one with S-10 resulted in a 27% decrease of the desired product 11 along with a 22% yield of 3,6-O-(1,1,3,3-tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl)-3-hydroxy-2-hydroxymethylthiophene (12). A likely explanation for the observed difference in the reaction of R-10 and S-10 is that the reaction proceeds via an E2 type pathway, which prefers anti elimination. Thus, R-10 would preferentially afford the alpha-thiocarbocation intermediate 21 via an E2 anti elimination under the reaction conditions. The resulting 21 would be expected to react with silylated uracil stereoselectively to give 11 in good yield. However, formation of the more stable tertiary alpha-thiocarbocation intermediate 23, which would prefer to give 12 and/or to decompose, would compete with the formation of the desired 21 in the reaction with S-10. Consequently, this argument would explain the low yields of the desired product 11 and the poor mass balance in the reaction with S-10. When the sulfoxide 10 (R-10:S-10 = &gt;16:1) prepared by oxidation of 9 with ozone was used for the Pummerer reaction, the desired 11 was obtained in 80% yield. Compound 11 was converted to 4'-beta-thiouridine (14) by treatment of 11 with ammonium fluoride, followed by methanolic ammonia. Similarly, 4'-beta-thiocytidine (15) was prepared when silylated N-4-acetylcytosine was used in the Pummerer reaction. For the Pummerer reactions with purine bases, 6-chloropurine and 2-amino-6-chloropurine were found to be the most suitable. When the reactions were conducted in a mixture of acetonitrile and 1,2-dichloroethane at room temperature, followed by reflux, the desired products 25 and 28 were obtained in 65% and 56% yields, respectively. These compounds were then converted to 4'-beta-thioadenosine (27) and 4'-beta-thioguanosine (30) under the usual conditions. This is therefore the first time that the stereoselective synthesis of 4'-beta-thioribonucleosides has been performed using the neighboring group participation of the Pummerer reaction.

    DOI: 10.1021/ja000541o

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  234. Synthesis of the C-glycosidic analogue of adenophostin A and its uracil congener as potential IP3 receptor ligands. Stereoselective construction of the C-glycosidic structure by a temporary silicon-tethered radical coupling reaction 査読有り

    H Abe, S Shuto, A Matsuda

    JOURNAL OF ORGANIC CHEMISTRY   65 巻 ( 14 ) 頁: 4315 - 4325   2000年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Synthesis of the C-glycosidic analogue 9 of adenophostin A, a very potent IP3 receptor agonist, and its uracil congener 10 was achieved via a temporary silicon-tethered radical coupling reaction as the key step. Phenyl 3,4,6-tri-O-(p-methoxybenzyl)-1-seleno-beta-D-glucopyranoside (27) and 3-deoxy3-methylene-1,2-O-isopropylidene-alpha-D-erythro (30) were connected by a dimethylsilyl tether to give the radical coupling reaction substrate 24, which was successively treated with Bu-3-SnH/AIBN in benzene and TBAF in THF to give the coupling product 25 with the desired (3a,1'a)-configuration as the major product. From 25, the targets 9 and 10 were synthesized via introduction of adenine or uracil base by Vorbruggen's method and phosphorylation of the hydroxyls by the phosphoramidite method.

    DOI: 10.1021/jo0001333

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  235. Stereoselective synthesis of alpha and beta-C-glucosides via radical cyclization with an allylsilyl tether. Control of the stereoselectivity by changing the conformation of the pyranose ring 査読有り

    S Shuto, M Terauchi, Y Yahiro, H Abe, S Ichikawa, A Matsuda

    TETRAHEDRON LETTERS   41 巻 ( 21 ) 頁: 4151 - 4155   2000年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD  

    An efficient method for preparing both 1 alpha- and 1 beta-C-glucosides having a 3-hydroxypropyl group at the anomeric position via a radical cyclization reaction with an allylsilyl tether was developed. The stereoselectivity of the radical cyclization can be controlled by the conformation of the pyranose ring, which is effectively manipulated by the hyroxyl protecting groups. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/S0040-4039(00)00556-6

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  236. Synthesis of the C-glycosidic analog of adenophostin A, a potent IP3 receptor agonist, using a temporary silicon-tethered radical coupling reaction as the key step 査読有り

    H Abe, S Shuto, A Matsuda

    TETRAHEDRON LETTERS   41 巻 ( 14 ) 頁: 2391 - 2394   2000年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD  

    Synthesis of the C-glycosidic analog (3) of adenophostin A, a very potent IP3 receptor agonist, was achieved using a temporary silicon-tethered reductive radical coupling reaction as the key step. Radical reaction of the silaketal substrate 6 with Bu3SnH/AIBN in benzene occurred stereoselectively, and subsequent desilylation gave the desired C-glycosidic disaccharide 7 with the (3 alpha,1'alpha)-configuration as the major product. Compound 7 was converted into the target 3 via the introduction of an adenine base by a Vorbruggen glycosylation reaction. (C) 2000 Elsevier Science Ltd. All rights reserved.

    DOI: 10.1016/S0040-4039(00)00171-4

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  237. Mechanistic study of the ring-enlargement reaction of (3-oxa-2-silacyclopentyl)methyl radicals into 4-oxa-3-silacyclohexyl radicals. Evidence for a pentavalent silicon-bridging radical transition state in 1,2-rearrangement reactions of beta-silyl radicals 査読有り

    S Shuto, Sugimoto, I, H Abe, A Matsuda

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   122 巻 ( 7 ) 頁: 1343 - 1351   2000年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    A mechanistic study was performed on a novel radical ring-enlargement reaction of (3-oxa-2-silacyclopentyl)methyl radicals into 4-oxa-3-silacyclohexyl radicals. Two pathways, one via a pentavalent silicon bridging radical transition state (or intermediate), the other via beta-elimination to give a ring-opened silyl radical, can be postulated. The radical reactions of 1 and 2, which are precursors for a (3-oxa-2-silacyclopentyl)methyl radical C' and a 4-oxa-3-silacyclohexyl radical D', respectively, showed that the ring-enlargement rearrangement of C' into D' is irreversible. H-1 NMR analysis of the radical reactions of 8a and 8b, which have an asymmetric center at silicon, indicated that the configuration at the silicon atom is retained via a pentavalent silicon-bridging radical transition state (or intermediate) during the ring-enlargement reaction. Furthermore, examination of the radical ring-enlargement reaction with a deuterium-labeled substrate 12D showed that the ring-enlargement reaction did not involve beta-elimination to give a ring-opened silyl radical. Based on these results, we conclude that the ring-enlargement reaction occurs via a pentavalent silicon-bridging radical transition state (or intermediate). This is the first experimental evidence for such a pentavalent silicon radical, which has been previously postulated to understand radical reactions of organic silicon compounds.

    DOI: 10.1021/ja993239s

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  238. Conjugation of dipeptide to fluorescent dyes enhances its affinity for a dipeptide transporter (PEPT1) in human intestinal Caco-2 cells 査読有り

    H Abe, M Satoh, S Miyauchi, S Shuto, A Matsuda, N Kamo

    BIOCONJUGATE CHEMISTRY   10 巻 ( 1 ) 頁: 24 - 31   1999年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Dipeptide transporters in small intestine have a very wide substrate specificity, so that the transporter sometimes serves as a carrier for peptide-like compounds. We have synthesized dipeptide analogues conjugated at an E-amino group of Lys in Val-Lys or Lys-Sar with fluorescent compounds such as fluorescein isothiocyanate and coumarin-3-carboxylic acid. Uptakes of these peptide analogues were examined by measuring intracellular accumulations into monolayers of the human intestinal epithelial cell line Caco-2 expressing the dipeptide transporter PEPT1. Kinetic analysis and effects of addition either of uncoupler (protonophore) or by Gly-Sar, one of the good substrates of PEPT1, revealed that fluorescent dipeptides were taken up by passive diffusion. In contrast, these analogues remarkably inhibited the Gly-Sar uptake by Caco-2 cells. Among the fluorescent analogues synthesized in this paper, Vaf-Lys(Flu) was the most potent competitive inhibitor against the Gly-Sar uptake with an inhibition constant of 5 mu M. This value is the smallest among those ever reported: Val-Lys(Flu) has the highest affinity for PEPT1 among chemicals ever reported. The importance of the hydrophobic part of the substrate was pointed out.

    DOI: 10.1021/bc980049i

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書籍等出版物 28

  1. 高純度キャップ化mRNAの調製を可能とするPureCap法の開発

    石田竜真, 阿部洋

    生化学 96巻1号 2024年2月刊  2024年2月 

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  2. 2023 年ノーベル生理学・医学賞解説「mRNA 医薬品の実用化に向けた化学の役割」

    稲垣雅仁, 阿部洋

    月刊化学(化学同人)Vol.78 No12 (2023)  2023年11月 

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  3. 高純度キャップ化mRNAの合成

    加藤みなみ, 多田瑞紀, 阿部奈保子, 阿部 洋

    月刊 「細胞」 (株)ニューサイエンス社  2023年10月 

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  4. 核酸医薬分野における硫黄のマジック

    Meng Zheyu, 稲垣 雅仁, 阿部 洋

    「硫酸と工業」硫酸協会  2023年6月 

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  5. mRNAの完全化学合成を可能とする化学的キャップ化法の開発

    小川和哉, 阿部洋

    現代科学  2023年5月 

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  6. mRNAの完全化学合成を可能とする化学的キャップ化法の開発

    阿部 洋, 小川 和哉, 阿部 奈保子, 木村 康明

    MEDCHEM NEWS 33 巻 2 号 p. 75-78  2023年5月 

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  7. 遺伝子治療開発研究ハンドブック 第2版

    坂野文香, 阿部奈保子, 阿部洋

    株式会社エヌ・ティー・エス  2023年4月 

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  8. 核酸医薬・mRNA医薬の製造分析の基礎と基盤技術開発

    乙竹真美, 平岡陽花, 阿部洋

    株式会社シーエムシー・リサーチ  2023年2月 

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  9. mRNAの制御機構の解明と治療薬・ワクチンjへの活用【タイトル】核酸分子としてのmRNAの設計と開発

    大橋 咲南, 橋谷 文貴, 阿部 洋( 範囲: 第2章 第1節)

    (株)技術情報協会  2023年2月 

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  10. 翻訳効率最大化のためのmRNA分子設計

    乙竹真美, 平岡陽花, 阿部洋

    株式会社シーエムシー出版  2023年2月 

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  11. mRNA医薬の現在と未来 総合診療2023年1月号

    平岡陽花, 阿部洋

    医学書院  2023年1月 

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  12. mRNAの完全化学合成

    小川和哉, 阿部洋

    現代科学2022年11月号  2022年10月 

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  13. RNA干渉医薬の実現に向けた新手法の開発

    阿部洋、木村康明( 担当: 共著)

    2017年 

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    記述言語:日本語

  14. RNA干渉医薬の実現に向けた新手法の開発

    阿部洋, 木村康明( 範囲: Vol. 6, No. 1, p 9~ 15)

    Biophilia  2017年 

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  15. 環状RNAの合成とその翻訳反応 – 大腸菌と動物細胞の翻訳系

    阿部洋、阿部奈保子( 担当: 共著)

    羊土社  2016年 

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    記述言語:日本語

  16. Nanostructured RNAs for RNA interference”, in “RNA interference: challenges and therapeutic opportunities. Methods in molecular biology

    Yuko Nakashima, Naoko Abe, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe( 範囲: P.17-36)

    Humana Press  2015年 

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  17. 「有機溶媒に溶ける核酸―DNA触媒の新たな可能性」

    阿部洋( 担当: 単著)

    東京化学同人  2013年1月 

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    記述言語:日本語

  18. 「生細胞内RNA検出のための化学反応プローブ」「難培養微生物研究の最新技術2〜ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望〜」

    古川和寛,阿部洋,伊藤嘉浩,常田聡( 担当: 共著)

    シーエムシー出版  2010年 

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    記述言語:日本語

  19. 「生細胞内RNA検出のための化学反応プローブ」「難培養微生物研究の最新技術II~ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望~」

    古川和寛, 阿部洋, 伊藤嘉浩, 常田聡( 範囲: p.19-27)

    シーエムシー出版  2010年 

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  20. 終わりのない核酸の話ケミカルバイオロジー入門

    阿部洋( 担当: 単著)

    オーム社  2008年9月 

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    記述言語:日本語

  21. 終わりのない核酸の話 ケミカルバイオロジー入門

    阿部 洋

    オーム社  2008年9月 

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  22. 細胞内RNA可視化のためのバイオプローブ蛋白質 核酸 酵素

    阿部洋,古川和寛,常田聡,伊藤嘉浩( 担当: 共著)

    共立出版株式会社  2007年 

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    記述言語:日本語

  23. 細胞内遺伝子発現検出用の蛍光バイオプロープの設計と合成「ー細胞内定量解析の最前線」

    阿部洋,古川和寛,常田聡,伊藤嘉浩( 担当: 共著)

    シーエムシー出版  2007年 

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    記述言語:日本語

  24. 抗体医薬の最前線

    和田章,阿部洋,伊藤嘉浩( 担当: 共著)

    シーエムシー出版  2007年 

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    記述言語:日本語

  25. 細胞内遺伝子発現検出用の蛍光バイオプローブの設計と合成 「一細胞内定量解析の最前線」

    阿部洋, 古川和寛, 常田聡, 伊藤嘉浩( 範囲: p135)

    シーエムーシー出版  2007年 

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  26. アプタマー医薬 「抗体医薬の最前線」

    和田章, 阿部洋, 伊藤嘉浩( 範囲: p213)

    シーエムーシー出版  2007年 

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  27. 細胞内RNA可視化のためのバイオプローブ 蛋白質 核酸 酵素

    阿部洋, 古川和寛, 常田聡, 伊藤嘉浩( 範囲: 第52巻 第13号 p1619)

    共立出版株式会社  2007年 

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  28. バイオプロープを用いたイメージング法とチップ解析法「ナノオプティクス・ナノフォトニクスのすべて」

    阿部洋,伊藤嘉浩( 担当: 共著)

    フロンティア出版  2006年 

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    記述言語:日本語

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MISC 36

  1. 化学修飾核酸の合成と核酸医薬への応用

    野村浩平, 村瀬裕貴, 中本航介, 木村康明, 阿部奈保子, AN Seongjin, 小林芳明, 程久美子, 程久美子, 阿部洋, 阿部洋, 阿部洋  

    日本薬学会年会要旨集(Web)141st 巻   2021年

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  2. 新規2′修飾核酸によるsiRNAの標的特異性の向上

    馬場麟太郎, 野村浩平, 阿部奈保子, 安成鎮, 小林芳明, 程久美子, 橋谷文貴, 木村康明, 阿部洋  

    中部化学関係学協会支部連合秋季大会講演予稿集52nd (CD-ROM) 巻   2021年

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  3. Synthesis of 1,1,2-Trisubstituted Cyclopropane Nucleosides in Enantiomerically Pure Forms (vol 38, pg 921, 2019)

    Daichi Fushihara, Hayato Fukuda, Hiroshi Abe, Satoshi Shuto  

    NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS39 巻 ( 1-3 ) 頁: 471 - 471   2020年2月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS INC  

    DOI: 10.1080/15257770.2020.1736777

    Web of Science

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  4. ジスルフィド修飾によるオリゴ核酸の超高速細胞質移行

    中本 航介, Shu Zhaoma, 阿部 洋  

    有機合成化学協会誌78 巻 ( 5 ) 頁: 456 - 464   2020年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 有機合成化学協会  

    <p>Oligonucleotide-based therapeutics are expected as novel therapeutic modalities, because they have a strong potential to cure the diseases which could not be targeted by conventional low-molecular-weight drugs. However, oligonucleotide has a polyanion structure derived from a phosphodiester backbone and thus, it cannot penetrate cell membranes. To develop the oligonucleotides-based therapeutics, this extremely low membrane permeability should be improved. In this study, we focused on the disulfide modification of oligonucleotides. Several disulfide derivatives are known to show efficient cellular uptake triggered by disulfide exchanging reaction with thiol group of membrane proteins. Therefore, we have synthesized the series of disulfide LD, CD or PD-conjugate oligonucleotides. All these disulfide modifications improved the membrane permeability of Antisense DNA and siRNA. Furthermore, several disulfide-conjugated oligonucleotides showed higher cellular uptake over lipofection method without any cytotoxicity. Surprisingly, the disulfide modified oligonucleotides are internalized directly into the cytoplasm with only 10 min. This ultrafast internalization of oligonucleotides is an advantage for the therapeutic application. Currently, we are trying to apply this novel disulfide-based membrane permeable oligonucleotide (MPON) for the development of oligonucleotide-based therapeutics.</p>

    DOI: 10.5059/yukigoseikyokaishi.78.456

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  5. ウイルスタンパク質の活性をトリガーとした新規不可逆阻害剤の開発

    福井竜介, 新美結士, 片倉秀雄, 鈴木哲郎, 村上努, 児玉栄一, 木村康明, 阿部洋  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)139th 巻 ( 2 ) 頁: ROMBUNNO.23K‐pm11 - 103   2019年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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  6. 膜透過性を有するGST共有結合性阻害剤の開発

    友池史明, 宍戸裕子, 宍戸裕子, 藤川遥加, 木村康明, 桑田啓子, 村上優子, 福井健二, 関戸好孝, 矢野貴人, 亀田倫史, 周東智, 阿部洋, 阿部洋  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)139th 巻   2019年

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  7. ウイルスポリメラーゼの不可逆阻害を目指した新規2′‐&βセレノ核酸アナログの創製

    村上努, 木村康明, 新美結士, 藤野真之, 片倉秀雄, 鈴木哲朗, 児玉栄一, 阿部洋  

    日本エイズ学会誌20 巻 ( 4 ) 頁: 468 - 468   2018年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本エイズ学会  

    J-GLOBAL

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  8. ウイルスポリメラーゼの不可逆阻害を目指した新規2'-&βセレノ核酸アナログの創製

    村上 努, 木村 康明, 新美 結士, 藤野 真之, 片倉 秀雄, 鈴木 哲朗, 児玉 栄一, 阿部 洋  

    日本エイズ学会誌20 巻 ( 4 ) 頁: 468 - 468   2018年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(一社)日本エイズ学会  

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  9. Development of glutathione S-transferase (GST) covalent inhibitor

    Shishido Yuko, Tomoike Fumiaki, Kimura Yasuaki, Kuwata Keiko, Yano Takato, Fukui Kenji, Fujikawa Haruka, Sekido Yoshitaka, Murakami-Tonami Yuko, Kameda Tomoshi, Shuto Satoshi, Abe Hiroshi  

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY255 巻   頁: .   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(全国大会,その他学術会議)  

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  10. RETFプローブを用いた生体内の核酸検出

    友池史明, 山岡和樹, 伊藤真央, 木村康明, 井上貴文, 阿部洋  

    日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM)98th 巻   2018年

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  11. グルタチオン-S-トランスフェラーゼを標的とした共有結合性阻害剤の開発

    宍戸 裕子, 藤川 遥加, 友池 史明, 木村 康明, 桑田 啓子, 村上 優子, 福井 健二, 関戸 好孝, 矢野 貴人, 周東 智, 阿部 洋  

    生命科学系学会合同年次大会2017年度 巻   頁: [3P - 0205]   2017年12月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:生命科学系学会合同年次大会運営事務局  

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  12. グルタチオンS-トランスフェラーゼのプローブ開発

    藤川 遥加, 宍戸 裕子, 村上 優子, 関戸 好孝, 阿部 洋  

    日本癌学会総会記事76回 巻   頁: P - 2323   2017年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本癌学会  

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  13. 共有結合型グルタチオンS-転移酵素阻害剤の創薬研究

    宍戸 裕子, 関戸 好孝, 村上 優子, 阿部 洋  

    日本癌学会総会記事76回 巻   頁: P - 1411   2017年9月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:日本癌学会  

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  14. 共有結合型グルタチオンS-転移酵素阻害剤の創薬研究

    宍戸 裕子, 藤川 遥加, 木村 康明, 友池 史明, 桑田 啓子, 矢野 貴人, 福井 健二, 関戸 好孝, 村上 優子, 周東 智, 阿部 洋  

    日本薬学会年会要旨集137年会 巻 ( 2 ) 頁: 68 - 68   2017年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本薬学会  

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  15. 糖部三員環型ヌクレオシドアナログの創成

    伏原大地, 福田隼, 阿部洋, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)137th 巻   頁: ROMBUNNO.26S‐pm10S   2017年

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    記述言語:日本語  

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  16. 炎症収束性脂質・レゾルビンE2の安定等価体の創製

    石村航平, 福田隼, 高倉夕季, 金田龍太郎, 平尾徹, 平島洸基, 室本竜太, 松田正, 阿部洋, 周東智  

    メディシナルケミストリーシンポジウム講演要旨集33rd 巻   頁: 78   2015年11月

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    記述言語:日本語  

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  17. 内因性炎症収束脂質レゾルビンE2安定等価体の創製

    福田隼, 高倉夕季, 石村航平, 金田龍太郎, 平尾徹, 平島洸基, 室本竜太, 松田正, 阿部洋, 有澤光弘, 周東智  

    反応と合成の進歩シンポジウム講演要旨集41st 巻   頁: 37   2015年10月

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    記述言語:日本語  

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  18. 細胞表面へのホスホセリン提示可能なホスファチジルセリン二量体の設計と合成

    佐藤耀, 川村周平, 平尾徹, 室本竜太, 福田隼, 阿部洋, 松田正, 周東智  

    万有生命科学振興国際交流財団札幌シンポジウム27th 巻   頁: 42   2015年7月

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    記述言語:日本語  

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  19. 5配位ケイ素ラジカルを経由するラジカル環拡大反応:実験と理論計算に基づく反応機構の解析

    金田龍太郎, 杉本勇, 岩本武明, 福田隼, 阿部洋, 阿部洋, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)135th 巻   頁: ROMBUNNO.26I-PM12S   2015年

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    記述言語:日本語  

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  20. スピロシクロプロパン型βストランドミメティックの創製研究

    桑原智希, 水野彰, 福田隼, 阿部洋, 阿部洋, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)135th 巻   頁: ROMBUNNO.28I-PM11S   2015年

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    記述言語:日本語  

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  21. ファゴサイトーシス誘導性ホスファチジルセリン二量体類縁化合物の創製研究

    佐藤耀, 川村周平, 平尾徹, 室本竜太, 福田隼, 阿部洋, 阿部洋, 松田正, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)135th 巻   頁: ROMBUNNO.28T-AM12S   2015年

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    記述言語:日本語  

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  22. 誘導体合成を指向したレゾルビンE1の全合成

    石村航平, 福田隼, 高倉夕季, 阿部洋, 阿部洋, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)135th 巻   頁: ROMBUNNO.28H-PM05S   2015年

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    記述言語:日本語  

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  23. PdおよびNi触媒によるシクロプロパン第三級炭素上への芳香環導入反応―効率的化学空間探索型創薬ライブラリーの構築を目指して―

    星谷尚亨, 四辻慶佑, 小林嵩明, 福田隼, 阿部洋, 有澤光弘, 周東智  

    反応と合成の進歩シンポジウム講演要旨集40th 巻   頁: 94   2014年10月

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    記述言語:日本語  

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  24. ルテニウムカルベン錯体を用いたワンポット反応の開発と新規多環性複素環骨格の構築

    藤居由基, 加藤宏茂, 福田隼, 阿部洋, 藤岡弘道, 周東智, 有澤光弘  

    複素環化学討論会講演要旨集44th 巻   頁: 227 - 228   2014年8月

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    記述言語:日本語  

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  25. Sustained delivery of siRNA from dopamine-coated stainless steel surfaces (vol 9, pg 6753, 2013)

    Binata Joddar, Aydin Albayrak, Jeonghwa Kang, Mizuki Nishihara, Hiroshi Abe, Yoshihiro Ito  

    ACTA BIOMATERIALIA10 巻 ( 8 ) 頁: 3811 - 3811   2014年8月

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    記述言語:英語   出版者・発行元:ELSEVIER SCI LTD  

    DOI: 10.1016/j.actbio.2014.05.034

    Web of Science

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  26. GABA配座制限に基づく初のGABAトランスポーターBGT‐1サブタイプ高選択的阻害剤の創製

    末政亮大, 中田和彰, 小林嵩明, 井川ありさ, 福田隼, 阿部洋, 有澤光弘, 井手聡一郎, 南雅文, 周東智  

    万有生命科学振興国際交流財団札幌シンポジウム26th 巻   頁: 64   2014年7月

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    記述言語:日本語  

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  27. 疎水性相互作用による相補的塩基対に基づく機能性核酸の開発

    遠藤秀幸, 水野彰, 阿部洋, 福田隼, 小松康雄, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)134th 巻   頁: ROMBUNNO.28Y-PM07   2014年

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    記述言語:日本語  

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  28. Pdナノ粒子触媒SAPdを用いたアリルエステルの脱アリル化反応の開発

    高木耕治, 福田隼, 阿部洋, 周東智, 大高章, 有澤光弘, 有澤光弘  

    反応と合成の進歩シンポジウム講演要旨集40th 巻   2014年

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  29. ルテニウム触媒を用いた閉環メタセシス(RCM)‐[3+2]環化付加ワンポット反応の開発

    藤居由基, 加藤宏茂, 福田隼, 伊藤美香, 阿部洋, 伊藤嘉浩, 有澤光弘, 周東智  

    日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)133rd 巻   頁: ROMBUNNO.30N-PM43   2013年

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    記述言語:日本語  

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  30. New fluorogenic probe for detection of glutathione s-transferase activity in living cells

    Mika Ito, Hiroshi Abe, Aya Shibata, Shigeru Shimizu, Johan Alander, Ralf Morgenstern, Yoshihiro Ito  

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY239 巻   2010年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

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  31. 細胞機能制御高分子と再生医療

    伊藤 嘉浩, 北嶋 隆, 阿部 洋  

    高分子58 巻 ( 3 ) 頁: 129 - 132   2009年3月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:高分子学会  

    CiNii Books

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  32. 2Cp15 ダンベル型ナノサークルRNAによるRNA干渉法(核酸工学・糖鎖工学・ペプチド工学,一般講演)

    阿部 洋, 阿部 奈保子, 島田 美和子, 常田 聡, 伊藤 嘉浩  

    日本生物工学会大会講演要旨集21 巻   頁: 34 - 34   2009年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

    CiNii Books

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  33. MEDI 134-Multiple chemical ligation under thermal cycle

    Yuko Kondo, Hiroshi Abe, Hiroshi Jinmei, Naoko Abe, Kyoko Aikawa, Isamu Matsumoto, Yoshihiro Ito  

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY235 巻   2008年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究発表ペーパー・要旨(国際会議)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Web of Science

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  34. 細胞内RNA可視化のためのバイオプローブ (ケミカルバイオロジー) -- (バイオイメージング そのほかのバイオイメージング)

    阿部 洋, 古川 和寛, 常田 聡  

    蛋白質核酸酵素52 巻 ( 13 ) 頁: 1619 - 1624   2007年10月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   出版者・発行元:共立出版  

    CiNii Books

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    その他リンク: http://search.jamas.or.jp/link/ui/2008055980

  35. 2S1AM5 化学反応プローブを用いた細胞内遺伝子検出(ライフサーベイヤー構築をめざしたナノバイオとコンビバイオの融合の新しい展開,シンポジウム)

    阿部 洋  

    日本生物工学会大会講演要旨集19 巻   頁: 8 - 8   2007年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

    CiNii Books

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    その他リンク: http://search.jamas.or.jp/link/ui/2008290869

  36. 2E16-5 新規蛍光化合物を用いた遺伝子検出技術の開発(遺伝子工学・核酸工学,一般講演)

    古川 和寛, 阿部 洋, 王 璞, 大木 一真, 鳥田 美和子, 常田 聡, 伊藤 嘉浩  

    日本生物工学会大会講演要旨集19 巻   頁: 124 - 124   2007年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

    CiNii Books

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    その他リンク: http://search.jamas.or.jp/link/ui/2008290940

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講演・口頭発表等 186

  1. テーマ3:核酸・DDS・ワクチン 招待有り

    阿部洋

    日本薬学会第 143 年会 領域融合企画「つながる・つきぬける」  2023年3月28日  日本薬学会

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    開催年月日: 2023年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

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  2. "ゲノムから見る生命システム (JST戦略的創造研究推進事業「ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出」領域共催)" 招待有り

    阿部洋

    「細胞を創る」研究会  2022年10月18日  「細胞を創る」研究会

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    開催年月日: 2022年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:東工大蔵前会館   国名:日本国  

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  3. 化学的手法を用いたmRNAの合成と創薬研究 招待有り

    阿部洋

    BioJapan 2022  2022年10月12日  BioJapan

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    開催年月日: 2022年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:パシフィコ横浜  

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  4. 翻訳反応の制御を目的とした核酸分子の開発 招待有り

    阿部洋

    大阪府 2022年度 ライフサイエンス海外ビジネス展開等支援事業 9月度セミナー  2022年9月9日  大阪府

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    開催年月日: 2022年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(基調)  

    開催地:online   国名:日本国  

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  5. 翻訳反応サイクルを加速するmRNAの分子デザインと創薬への展開 招待有り

    阿部洋

    東工大化学生命科学研究所シンポジウム「 化学生命科学先駆研究のNew Horizon」  2022年8月19日  東工大化学生命科学研究所

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    開催年月日: 2022年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:東工大化学生命科学研究所(横浜市)   国名:日本国  

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  6. 化学修飾や構造化に基づくmRNAの機能向上 招待有り

    阿部洋

    日本核酸医薬学会第7回年会 Premium oral session  2022年8月2日  日本核酸医薬学会

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    開催年月日: 2022年7月 - 2022年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:お茶の水ソラシティカンファレンスセンター   国名:日本国  

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  7. LINK-J 共催 名古屋大学発!ON LINE セミナー(核酸医薬関連) 招待有り

    阿部洋

    LINK-J 共催 名古屋大学発!ON LINE セミナー(核酸医薬関連)  2022年7月13日  LINK-J

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:online   国名:日本国  

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  8. RNA創薬を目的とした核酸分子の開発 招待有り

    阿部 洋

    千里ライフサイエンス振興団  2021年10月20日 

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    開催年月日: 2021年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(基調)  

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  9. 有機化学を基盤とする核酸医薬へのアプローチ 招待有り

    阿部 洋

    有機合成化学協会「ニューモダリティと有機合成化学」第5回勉強会  2021年8月19日 

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    開催年月日: 2021年8月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  10. 核酸医薬のための化学的アプローチ 硫黄のマジック 招待有り

    阿部 洋

    日本薬学会 第141年会  2021年3月27日 

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    開催年月日: 2021年3月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  11. Development of nucleic acid drug for controlling protein expression 招待有り

    Hiroshi Abe

    ACBI 2024 Istanbul  2024年3月2日 

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    開催年月日: 2024年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  12. Development of nucleic acid drug for controlling protein expression 招待有り

    Hiroshi Abe

    Istanbul Medipol University “Infocus:Meeting for a Purpose”  2024年3月1日 

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    開催年月日: 2024年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  13. PureCap法を用いた高純度mRNAの製造と医療応用 招待有り

    阿部 洋

    難治疾患共同研究拠点シンポジウム  2024年2月27日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2024年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  14. 化学を基盤とするmRNA医薬の創薬研究 招待有り

    阿部 洋

    第18回理研 「バイオものづくり」シンポジウム  2024年1月24日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2024年1月

    記述言語:日本語  

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  15. Chemistry-based mRNA design for the efficient translation

    Hiroshi Abe

    IsBOC-13  2023年12月19日 

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    開催年月日: 2023年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

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  16. Chemistry-based mRNA design for the efficient translation 招待有り

    ACBI2023  2023年12月16日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  17. PureCap法を用いた次世代mRNAの開発 招待有り

    阿部 洋

    みずほ医薬・バイオカンファレンス  2023年12月12日 

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    開催年月日: 2023年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  18. 化学を基盤とするmRNA医薬製造技術の開発 招待有り

    阿部 洋

    日本プロセス化学会2023ウィンターシンポジウム  2023年12月8日 

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    開催年月日: 2023年12月

    記述言語:日本語  

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  19. RNAケミカルライゲーション法による翻訳可能な長鎖mRNAの全合成 招待有り

    阿部 洋

    2023年11月23日 

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    開催年月日: 2023年11月

    記述言語:英語  

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  20. 化学を基盤とするmRNA医薬の設計 招待有り

    阿部 洋

    第40回メディシナルケミストリーシンポジウム  2023年11月14日 

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    開催年月日: 2023年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  21. Chemistry-based mRNA design for the efficient translation 招待有り

    Hiroshi Abe

    A3RONA 2023  2023年11月11日 

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    開催年月日: 2023年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  22. PureCap 法を用いた高純度mRNA合成 招待有り

    阿部 洋

    第14回日本RNAi研究会  2023年9月1日 

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    開催年月日: 2023年8月 - 2023年9月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  23. Chemistry-based mRNA design for studying structure, translation, and stability relationship 招待有り

    Hiroshi Abe

    The 39th Annual Meeting of the Japan Society of Drug Delivery System  2023年7月27日 

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    開催年月日: 2023年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  24. Complete chemical synthesis of mRNA 招待有り

    Hiroshi Abe

    <natsj8>the Nucleic Acid Drug Conference  2023年7月11日 

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    開催年月日: 2023年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  25. Design and Synthesis of mRNA by Chemical Methods 招待有り

    Hiroshi Abe

    Nucleosides, Nucleotides and Oligonucleotides Gordon Research Conference(GRC)  2023年6月27日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  26. 化学を基盤とするmRNAの分子設計と医薬応用 招待有り

    阿部洋

    東京大学先端研オープンキャンパス公開 シンポジウム 「mRNA医薬を知る:核酸と先端医薬学」  2023年6月9日 

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    開催年月日: 2023年6月

    記述言語:日本語  

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  27. 創薬を目的としたスーパーmRNAの創製研究 招待有り

    阿部 洋

    2023年度名古屋大学特徴あるプログラム「キャンサーサイエンス」レクチャー  2023年5月18日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年5月

    記述言語:英語  

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  28. Chemistry-based mRNA synthesis using efficient capping reaction 招待有り

    Hiroshi Abe

    Asia tides 2023  2023年3月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  29. Design and Synthesis of Super mRNA 招待有り

    Hiroshi Abe

    Azadi Ka Amirit Mahotsav Award Seminar at IICT (Indian Institute Of Chemical Technology)  2023年1月23日 

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    開催年月日: 2023年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  30. Design and Synthesis of Super mRNA 招待有り

    Hiroshi Abe

    IIT(Indian Institute of Technology)  2023年1月20日 

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    開催年月日: 2023年1月

    記述言語:英語  

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  31. Design and Synthesis of RNA medicine 招待有り

    Hiroshi Abe

    Sapala meeting  2023年1月17日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  32. Synthesis and Design of RNA medicine 招待有り

    Hiroshi Abe

    Invited Seminar at CheerLand meeting  2023年1月12日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2023年1月

    記述言語:英語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  33. 化学を基盤とするmRNAの分子設計・製造法の革新とワクチンへの展開 招待有り

    阿部洋

    Leap meeting  2022年12月21日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年12月

    記述言語:日本語   会議種別:公開講演,セミナー,チュートリアル,講習,講義等  

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  34. 「mRNA医薬のための分子設計」 招待有り

    阿部洋

    富士フイルム株式会社有機合成化学研究所講演会  2022年12月7日  富士フイルム株式会社有機合成化学研究所

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:online  

    アブストラクト:mRNA医薬は次世代医薬技術として注目されており、タンパク質補充療法やワクチン療法への利用が期待されている。我々は、高い翻訳効率と生物学的安定性を有するmRNA分子の設計・合成を目指して研究に取り組んできた。その分子設計戦略として、翻訳反応サイクルの律速段階である開始段階を制御できるmRNA分子を設計を基盤として、タンパク質合成効率を向上できるmRNA分子を開発してきた。それらの成果について報告する。

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  35. 「メッセンジャーRNA(mRNA)による未来の医療」 招待有り

    阿部洋

    名古屋市科学館 古川為三郎サイエンス講演会  2022年12月3日  名古屋市科学館

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(基調)  

    開催地:名古屋市科学館 生命館 地下2階 サイエンスホール   国名:日本国  

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  36. Synthetic Biology of Circular RNA 招待有り

    Hiroshi Abe

    Laronde Research Seminar  2022年11月11日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  37. Complete Chemical Synthesis of Messenger RNA and PureCap Technology 招待有り

    Hiroshi Abe

    10th international mRNA health conference  2022年11月8日 

     詳細を見る

    開催年月日: 2022年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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  38. 「翻訳機能を向上するmRNAの分子設計」 招待有り

    阿部洋

    第43回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム(薬学会)  2022年10月7日 

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    開催年月日: 2022年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:北大(札幌市)   国名:日本国  

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  39. mRNA医薬の新規創薬基盤技術 招待有り

    阿部洋

    日経バイオテク オンラインセミナー  2022年9月27日  日経バイオテク

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    開催年月日: 2022年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(基調)  

    開催地:online   国名:日本国  

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  40. Chemical Synthesis of mRNA & The Structure Activity Relationship 招待有り 国際会議

    Abe Hiroshi

    mRNA Process Development & Manufacturing Summit  2022年9月22日 

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    開催年月日: 2022年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:online, Boston, MA   国名:アメリカ合衆国  

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  41. 特別講演「RNA医薬」 招待有り

    阿部洋

    第23回日本RNA学会年会  2022年7月21日  日本RNA学会

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    開催年月日: 2022年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:みやこめっせ(京都市)   国名:日本国  

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  42. mRNAの完全化学合成と構造活性相関 招待有り

    阿部洋

    第38回DDS学会学術集会  2022年6月29日  mRNAの完全化学合成と構造活性送還

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    開催年月日: 2022年6月

    記述言語:日本語  

    開催地:online  

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  43. RNA創薬を志向した核酸分子の開発 招待有り

    阿部洋

    第63回日本神経学会  2022年5月19日  日本神経学会

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    開催年月日: 2022年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:東京国際フォーラム(東京都)  

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  44. 新規抗ウイルス薬を志向した修飾2-5Aの合成 招待有り

    伏原 大地, 太田 杏摘, 田中 育, 今枝 昭裕, 永井 貴広, 星野 真一, 木村 康明, 友池 史明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  45. 高分子核酸医薬の低分子化戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村 康明, 丸山 豪斗, 笈川 涼太, 吉永 静也, 辻 厳一郎, 阿部 奈保子, 松田 彰, 周東 智, 伊藤 嘉浩, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  46. 抗ウイルス活性を指向した新規2'修飾ヌクレオシドの合成および評価

    新美 結士, 片倉 秀雄, 阿部 奈保子, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  47. カチオン性ポリマーを結合した核酸誘導体によるアンチセンス効果

    太田 杏摘, 伏原 大地, Zhaoma SHU, 阿部 奈保子, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  48. 膜透過性核酸の開発

    Zhaoma SHU, 太田 杏積, 田中 育, 伏原 大地, 阿 部 奈保子, 友池 史明, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  49. 真核生物翻訳系における終わりのない回転式翻訳現象

    清水 沙彩, 児玉 亜有実, 富田 貴志, 阿部 奈保子, 友池 史明, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  50. 抗ウイルス活性を指向したヌクレオシドの開発

    片倉秀雄, 新美結士, 木村康明, 鈴木哲郎, 村上優子, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  51. N6-アルキルアデノシン導入によるRNAの機能制御

    今枝昭裕, 笈川涼太, 浅井潔, 桜庭俊, 岩切淳一, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  52. 膜透過性分子を結合したオリゴ核酸の合成

    田中育, 太田杏摘, 伏原大地, SHU Zhaoma, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

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    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  53. RETFプローブを用いた生体内の核酸検出

    友池史明, 山岡和樹, 伊藤真央, 木村康明, 井上貴文, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  54. 蛍光オフ・オン型分子を導入した核酸プローブの開発

    山岡和樹, 伊藤真央, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  55. 多分岐型DNAケミカルライゲーションによる標的核酸分子のトポロジカル固定

    富田貴志, 阿部奈保子, 木村康明, 鬼塚和光, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  56. 共有結合型GST阻害剤の開発

    富田貴志, 阿部奈保子, 木村康明, 鬼塚和光, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  57. グルタチオン-S-トランスフェラーゼを標的とした共有結合性阻害剤の開発

    宍戸裕子、藤川遥加、友池史明、木村康明、桑田啓子、村上優子、福井健二、関戸好孝、矢野貴人、周東智、阿部洋

    分子生物学会 

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    開催年月日: 2017年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  58. RNA Interference by Intracellar Buildup of siRNA 国際会議

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    開催年月日: 2017年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  59. Development of intracellular RNA detection probe enable chemical signal amplification 国際会議

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    開催年月日: 2017年11月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  60. Development of Anti-cancer Agents based on Synthetic Lethality by LATS Mutation.

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    開催年月日: 2017年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  61. 抗ウイルス活性を指向した2'-β-チオ核酸の開発

    片倉秀雄, 木村康明, 阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構 第3回 国内シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  62. ロタキサン構造形成による新規アンチセンス法の開発

    富田貴志, 阿部奈保子, 木村康明, 阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構 第3回 国内シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  63. 細胞内グルタチオン-S-トンランスフェラーゼ活性を検出するためのプローブ開発

    友池史明、宍戸裕子、藤川遥加、木村康明、柴田綾、周東智、阿部洋

    日本分析化学会第66年会 

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    開催年月日: 2017年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  64. 高分子核酸医薬の低分子戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村康明、丸山豪斗、伊藤美香、笈川涼太、早川真由、辻厳一郎、阿部奈保子、松田彰、周東智、伊藤嘉浩、阿部洋

    第11回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  65. 高分子核酸医薬の低分子戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村康明、丸山豪斗、笈川涼太、早川真由、吉永静也、辻厳一郎、阿部奈保子、松田彰、周東智、伊藤嘉浩、阿部洋

    日本核酸医薬学会第3回年会 

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    開催年月日: 2017年7月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  66. 高分子核酸医薬の低分子戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村康明、丸山豪斗、伊藤美香、笈川涼太、早川真由、辻厳一郎、阿部奈保子、松田彰、周東智、伊藤嘉浩、阿部洋

    ケミカルバイオロジー学会 

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    開催年月日: 2017年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  67. 高効率な核酸検出を可能にする核酸鋳型反応の開発

    伊藤真央、柴田綾、阿部奈保子、木村康明、阿部洋

    日本薬学会第137年会 

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    開催年月日: 2017年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  68. 共有結合型グルタチオンS-転移酵素阻害剤の創薬研究

    宍戸裕子、藤川遙加、木村康明、友池史明、桑田啓子、矢野貴人、福井健二、関戸好孝、村上優子、周東智、阿部洋

    日本薬学会137年会 

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    開催年月日: 2017年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  69. 糖部三員環型ヌクレオシドアナログの創成

    伏原大地、福田隼、阿部洋、周東智

    日本薬学会第137年会 

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    開催年月日: 2017年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  70. ビルドアップ型核酸分子の開発

    吉永静也、辻厳一郎、阿部奈保子、友池史明、木村康明、阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構第2回国内シンポジウム 

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    開催年月日: 2017年1月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  71. 光解除性保護基を有するヌクレオチドを利用した長鎖RNAのケミカルライゲーション

    辻厳一郎、笈川涼太、早川真由、木村康明、阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構第2回国内シンポジウム 

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    開催年月日: 2017年1月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  72. 共有結合型グルタチオンS-転移酵素阻害剤の創薬研究

    宍戸裕子、藤川遙加、木村康明、友池史明、桑田啓子、矢野貴人、福井健二、関戸好孝、村上優子、周東智、阿部洋

    第34回メディシナルケミストリーシンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年11月 - 2016年12月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  73. 合成環状RNAからのタンパク質発現

    児玉亜有実、阿部奈保子、友池史明、伊藤嘉浩、松本健、吉田稔、清水義宏、亀田倫史、阿部洋

    第39回分子生物学会 

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    開催年月日: 2016年11月 - 2016年12月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  74. 細胞内ビルドアップ型SiRNAを志向した新規核酸連結反応

    早川真由、笈川涼太、丸山豪斗、阿部奈保子、木村康明、周東智、松田彰、阿部洋

    日本核酸医薬学会第二会年会 

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    開催年月日: 2016年11月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  75. Development of novel chemical ligation reaction for RNA strands 国際会議

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年9月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  76. 求電子的ホスホロチオエステルによる核酸の化学的連結反応

    木村康明、丸山豪斗、笈川涼太、早川真由、阿部奈保子、松田彰、周東智、伊藤嘉浩、阿部洋

    第10回バイオ関連化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  77. Nile Blueを基本骨格とした脂肪滴検出プローブの創製

    戸田直宏、伊藤美香、石田綾乃、鬼頭宏任、横川大輔、阿部洋

    第10回バイオ関連化学シンポジウム 

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    開催年月日: 2016年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  78. Rolling circle translation of Circular RNA

    Naoko Abe, Yasuaki Kimura, Fumiaki Tomoike, Ken Matsumoto, Minoru Yoshida, Yoshihiro Ito, Hiroshi Abe

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    開催年月日: 2016年6月 - 2016年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  79. 核酸のケミカルバイオロジー

    阿部 洋

    総合物質創製化学研究推進機構キックオフシンポジウム 

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    開催年月日: 2016年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  80. Rolling circle translation using small circular RNA 国際会議

    Pacifichem 2015 

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    開催年月日: 2015年12月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:アメリカ合衆国  

  81. 合成環状RNAからのタンパク質発現

    阿部洋、阿部奈保子、伊藤嘉浩、松本健、吉田稔

    日本核酸医薬学会第1回年会 

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    開催年月日: 2015年11月 - 2015年12月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  82. 細胞内RNAの解析と機能制御

    阿部洋

    特別招待セミナー(愛知がんセンター) 

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    開催年月日: 2015年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  83. DNA templated reaction for efficient signal amplification and its steady-state kinetic analysis of the turnover cycle 国際会議

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  84. Synthetic biology of Circular Oligonucleotide 国際会議

    Hiroshi Abe

    The 3rd International Symposium on Transformative Bio-Molecules, Nagoya Univaersity 

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    開催年月日: 2015年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  85. 人工核酸を用いた細胞内RNAの解析及び機能制御

    阿部洋

    第1回新しい原子分子組織化物質・材料創出に向けた光・量子ビーム応用技術ン調査専門委員会 

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    開催年月日: 2015年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  86. 標的を触媒として利用する遺伝子検出のための化学反応プロ−ブの開発

    阿部洋

    若手研究者のための有機化学札幌セミナー 

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    開催年月日: 2014年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  87. DNA templated reaction for efficient signal amplication and its steady-state kinetic analysis of the turmover cycle

    The 41st International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 

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    開催年月日: 2014年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  88. 細胞内RNAの機能制御と解析

    阿部洋

    名古屋大学、野依記念物質科学研究館講演室 

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    開催年月日: 2014年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  89. ROLLING CIRCLE AMPLIFICATION OF PEPTIDE IN TRANSLATION SYSTEM USING SMALL CIRCULAR RNA

    51st Japanese Peptide Symposium, Tokushima  

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    開催年月日: 2014年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  90. Synthetic bioligy of Circular RNA

    RIKEN SYMPOSIUM & 15th Tokyo RNA club 

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    開催年月日: 2014年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  91. DNA templated chemical reaction for detection of nucleic acids 国際会議

    Hiroshi Abe

    China/Japan Young Chemists Forum (Molecular Imgaing for Chemical Biology), 29th Chinese Chemical Society congress 

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    開催年月日: 2014年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  92. RNAのナノ構造化に基づく機能創発

    阿部洋

    RNAインフォマティクス道場 in 札幌 

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    開催年月日: 2014年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  93. 環状RNAの機能探索

    「阿部洋」「阿部奈保子」「中野佑妃子、伊藤嘉浩」「周東智」

    第51回日本生化学会北海道支部例会 

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    開催年月日: 2014年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  94. RNAナノ構造化による医薬機能創発

    阿部洋

    第25回未来創薬・医療イノベーションセミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  95. ナノ構造化による医薬機能創発

    阿部洋

    東京リサーチパークセミナー 

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    開催年月日: 2014年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  96. Synthetic Biology of Circular RNA

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  97. 環状RNAによる終わりのない回転式タンパク質翻訳

    「阿部洋」「阿部奈保子」「丸山豪斗」「中野佑妃子」「周東智」「松田彰」「伊藤嘉浩」

    第23回アンチセンスシンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  98. RNAを植物から考えるー植物を支えるRNA機能ー「化学反応プロープを用いたRNAイメージング法の開発」

    阿部洋

    第3回植物RNA研究ネットワークシンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  99. Rolling Circle Amplification in Translation System using small Circular RNA

    Hiroshi Abe, Naoko Abe, Michio Hiroshima, Hideto Maruyama, Yuko Nakashima, Yukiko Nakno,Akira Matsuda, SAtoshi Shuto, Yasushi Sako, Yoshihiro Ito

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  100. ナノ構造化したRNA分子の機能創発

    阿部洋

    日本農芸化学会中部支部第169回例会「核酸科学の新潮流」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  101. Nano-structured RNA for RNA interference 国際会議

    Hiroshi Abe

    ISAJ(Inadian Scientist, Association in Japan) symposium 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  102. ナノ構造化RNAの機能創発

    阿部洋

    スパイバー社、鶴岡 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  103. まるい核酸の研究

    阿部洋

    北海道大学大学院講義 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  104. Synthetic biology of Nano-structured Nucleic Acids

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  105. 細胞内遺伝子発現の解析と制御法開発

    阿部洋

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  106. バイオイメージングに基づく診断法の開発

    阿部洋

    JST推薦シーズ新技術説明会 第2回ライフイノベーションの分野(創薬、医療技術) 

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    開催年月日: 2013年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  107. RNAイメージング法の開発(代表者 常田聡)

    阿部洋

    大学院講義 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  108. 有機溶媒に溶けるDNAの構造と触媒機能

    「阿部洋」「阿部奈保子」「柴田綾」「伊藤圭司」「伊藤美香」「實吉尚郎」「田中好幸」「周東智」「伊藤嘉浩」

    第6回バイオ関連化学合同シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  109. 「核酸高分子のナノ構造化や鋳型反応による機能創出」

    阿部洋

    第58回高分子研究発表会(代表者 西野孝) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  110. ナノ構造を制御したRNAを用いたRNA干渉法

    「阿部洋」【阿部奈保子」「西原みづき」「永井千里」「畠山浩人」「原島秀吉」「大城敬人」「前田瑞夫」「中嶋裕子」「伊藤嘉浩」

    日本DDS学会第28回学術集会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  111. 遺伝子シグナルの化学増幅

    阿部洋

    北海道大学薬学部講演会(代表者 周東智) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  112. 化学反応プローブを用いた細胞内遺伝子診断法の開発

    阿部洋

    Pharmaco-Hematology シンポジウム「血液からの創薬を考える」(代表者 宮崎洋)シンポジウム2「”眼に見える”分子機能研究へ向けた新展開」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  113. ナノ構造化RNAを用いるRNA干渉法

    阿部洋

    日本薬学会シンポジウム「ナノサイズの分子設計:診断・創薬へのアプローチ」(代表者 阿部洋) 

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    開催年月日: 2012年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  114. 生細胞内遺伝子の解析と制御を目的とした機能性核酸分子の創製

    阿部洋

    次代を担う若手大学人育成イニシアティブセミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  115. 遺伝子シグナルの化学的増幅

    阿部洋

    トクシマ・ファルマ・トライアングル(TPT)構築事業 特別講演会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  116. 「核酸工学・核酸医薬の新展開」「ナノ構造化RNAを用いるRNA干渉会」

    阿部洋

    第17回創剤フォーラム若手研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  117. Artificial Nucleic Acid probe for analysis and regulation of RNA expression in living cells 国際会議

    Hiroshi Abe

    Division of Biochemical Toxicology, Karolinska Institut 

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    開催年月日: 2011年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  118. Detection and Control of gene expression using artificial nucleic acids 国際会議

    Hiroshi Abe

    Division of Biochemical Toxicology, Karolinska Institut 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  119. 医療応用を目指した人工核酸分子の創製

    阿部洋

    高分子学会関東支部 第22回埼玉地区談話会 

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    開催年月日: 2011年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  120. 人工核酸分子を用いた遺伝子発現の解析と制御

    阿部洋

    大阪大学 免疫学フロンティア研究センターセミナー 

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    開催年月日: 2010年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  121. 細胞内遺伝子発現の解析と制御を目的とした機能性核酸分子の創製

    阿部洋

    薬学会奨励賞受賞講演 

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    開催年月日: 2010年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  122. 細胞内現象を解析・制御する分子の創製

    阿部洋

    群馬大学 光化学研究会合同研究発表会 

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    開催年月日: 2009年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  123. Chemical reaction triggered fluorogenic probe for RNA detection in living cells 国際会議

    Hiroshi Abe

    BIT's 3rd world congress of Gene-2009 

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    開催年月日: 2009年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  124. Nanocircular RNA for RNA interference 国際会議

    Hiroshi Abe

    The 6th International symposium on Nucleic Acid Chemistry (6ISNAC2009) 

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    開催年月日: 2009年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  125. ダンベル型ナノサークルRNAを用いるRNA干渉法

    「阿部洋」「阿部奈保子」「原田充」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    日本薬学会第129年会 

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    開催年月日: 2009年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  126. 細胞内RNA検出プローブの開発

    「阿部洋」「古川和寛」「王瑾」「鳥田美和子」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第18回アンチセンスシンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  127. ダンベル型ナノサークルRNAを用いるRNA干渉法

    「阿部洋」「阿部奈保子」「原田充」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第27回メディシナルケミストリーシンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  128. 新規蛍光化合物を導入したプロ−ブによる遺伝子シグナルの化学増幅

    「阿部洋」「古川和寛」「王瑾」「鳥田美和子」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第34回反応と合成の進歩シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  129. 機能性人工核酸の創製

    阿部洋

    東京大学薬学部 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  130. RNAのシンセティックバイオロジー

    阿部洋

    東京薬科大学 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  131. 人工核酸を用いる細胞内遺伝子発現の解析と制御

    阿部洋

    日本化学会関東支部 シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  132. 新規蛍光化合物を導入した化学反応プローブによる遺伝子シグナルの増幅

    「阿部洋」「古川和寛」「王瑾」「鳥田美和子」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第3回バイオ関連化学合同シンポジウム 

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    開催年月日: 2008年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  133. Nanocircular RNAs for RNA interference 国際会議

    Hiroshi Abe, Naoko Abe, Mitsuru harada, Satoshi Tsuneda, Yoshihiro Ito

    Joint Stmposium of the 18th International Round table on Nucleoside, Nucleotides and Nucleic Acids and the 35th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry  

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    開催年月日: 2008年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  134. 機能性人工核酸の創製

    阿部洋

    分子研究会ー物質系と生体系での自己組織化ー 

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    開催年月日: 2008年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  135. 人工核酸を用いる細胞内遺伝子発現の解析と制御

    阿部洋

    第6回ライフサーベイヤシンポジウム 

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    開催年月日: 2008年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  136. ダンベル型なのサークルRNAを用いるRNA干渉法

    「阿部洋」「阿部奈保子」「原田充」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第24回DDS学会 

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    開催年月日: 2008年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  137. ダンベル型ナノサークルRNAを用いるRNA干渉法

    「阿部洋」「阿部奈保子」「原田充」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第3回ケミカルバイオロジー研究会年会 

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    開催年月日: 2008年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  138. 化学反応プローブを用いた細胞内遺伝子検出

    阿部洋

    第59回日本生物工学会大会 

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    開催年月日: 2007年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  139. 有機溶液に溶ける核酸の構造解析:有機溶媒中のGカルテット構造

    「阿部洋」「阿部奈保子」「伊藤嘉浩」

    第56回高分子討論会 

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    開催年月日: 2007年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  140. 新規蛍光化合物の合成と遺伝子検出への応用

    「阿部洋」「王瑾」「古川和寛」「島田美和子」「戸田雅也」「常田聡」「伊藤嘉浩」

    第22回生体機能関連化学シンポジウム 

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    開催年月日: 2007年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  141. 核酸の有機溶媒可視化と構造解析

    「阿部洋」「阿部奈保子」「神明博」「伊藤嘉浩」

    第56回高分子学会年次大会 

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    開催年月日: 2007年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  142. 化学的DNA連結反応を用いるヒト生細胞内RNAの可視化と定量

    阿部洋

    第22回ケミカルバイオロジー研究会 

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    開催年月日: 2006年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  143. Structure analysis of oligonucleotide in organic solvent 国際会議

    Hiroshi Abe, Naoko Abe, Yoshihiro Ito

    33rd Symposium on Nucleic Acids Chemistry 

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    開催年月日: 2006年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  144. 化学的DNA連結反応を持ちいるヒト生細胞内mRNAの検出

    「阿部洋」「Kool Eric T」

    第16回アンチセンスシンポジウム 

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    開催年月日: 2006年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  145. 有機溶媒中の核酸の構造

    「阿部洋」『阿部奈保子」「神明博」「伊藤嘉浩」

    第21回生体機能関連化学シンポジウム(バイオテクノロジー部会9回)・生命化学研究会(9回)合同シンポジウム 

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    開催年月日: 2006年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  146. 細胞内分子遺伝子診断

    阿部洋

    第1回バイオ医工学シンポジウムーマイクロアレイ・バイオチップ最前線ー 

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    開催年月日: 2006年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  147. 化学的DNA連結反応を用いる細胞内遺伝子診断

    「阿部洋」「Kool Eric T」

    日本薬学会126年会 

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    開催年月日: 2006年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  148. Nile Blueを基本骨格とした脂肪滴検出プローブの創製

    戸田 直宏, 伊藤 美香, 石田 綾乃, 鬼頭 宏任, 横川 大輔, Stephan Irle, 木村 康明, 友池 史明, 西村 智, 阿部 洋

    第31回生体機能関連化学シンポジウム  2016年9月 

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  149. グルタチオン-S-トランスフェラーゼのプローブ開発

    宍戸裕子, 村上優子, 関戸好孝, 阿部洋

    日本癌学会  2017年9月 

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  150. カチオン性ポリマーを結合した核酸誘導体によるアンチセンス効果

    太田 杏摘, 伏原 大地, Zhaoma SHU, 阿部 奈保子, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会  2018年3月 

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  151. Si-Si結合の特性を利用した光分解性保護基の開発

    伊藤 真央, 金田 龍太郎, 木村 康明, 周東 智, 阿部 洋

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  152. RNA干渉のためのナノ構造デザイン

    Shu Zhaoma, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 伊藤嘉浩, 阿部洋

    日本核酸医薬学会第3回年会  2017年7月 

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  153. RNA Interference by Intracellar Buildup of siRNA

    木村康明, 丸山豪斗, 笈川涼太, 辻厳一郎, 吉永静也, 阿部奈保子, 周東智, 松田彰, 伊藤嘉浩, 阿部洋

    日本核酸化学会年会  2017年11月 

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  154. RETFプローブを用いた生体内の核酸検出

    友池史明, 山岡和樹, 伊藤真央, 木村康明, 井上貴文, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  155. N6-アルキルアデノシン導入によるRNAの機能制御

    今枝昭裕, 笈川涼太, 浅井潔, 桜庭俊, 岩切淳一, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  156. Development of intracellular RNA detection probe enable chemical signal amplification

    阿部洋, 伊藤真央, 友池史明, 木村康明, 阿部奈保子

    日本核酸化学会年会  2017年11月 

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  157. Development of Anti-cancer Agents based on Synthetic Lethality by LATS Mutation.

    Nguyen Hong Nhung, 木村康明, 村上優子, 阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構 第3回 国内シンポジウム  2017年10月 

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  158. グルタチオン-S-トランスフェラーゼを標的とした共有結合性阻害剤の開発

    宍戸裕子, 藤川遥加, 友池史明, 木村康明, 桑田啓子, 村上優子, 福井健二, 関戸好孝, 矢野貴人, 周東智, 阿部洋

    ConBio2017  2017年12月 

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  159. 高分子核酸医薬の低分子戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村康明, 丸山豪斗, 伊藤美香, 笈川涼太, 早川真由, 辻厳一郎, 阿部奈保子, 松田彰, 周東智, 伊藤嘉浩, 阿部洋

    第11回バイオ関連化学シンポジウム  2017年9月 

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  160. 高分子核酸医薬の低分子化戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村 康明, 丸山 豪斗, 笈川 涼太, 吉永 静也, 辻 厳一郎, 阿部 奈保子, 松田 彰, 周東 智, 伊藤 嘉浩, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会  2018年3月 

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  161. 遺伝子発現制御のためのRNA分子の形状デザイン

    阿部洋, 阿部奈保子, 木村康明, 友池史明

    ConBio2017  2017年12月 

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  162. 蛍光オフ・オン型分子を導入した核酸プローブの開発

    山岡和樹, 伊藤真央, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  163. 膜透過性核酸の開発

    Zhaoma SHU, 太田 杏積, 田中 育, 伏原 大地, 阿 部 奈保子, 友池 史明, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会  2018年3月 

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  164. 膜透過性分子を結合したオリゴ核酸の合成

    田中育, 太田杏摘, 伏原大地, SHU Zhaoma, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  165. 細胞内グルタチオン-S-トンランスフェラーゼ活性を検出するためのプローブ開発

    友池史明, 宍戸裕子, 藤川遥加, 木村康明, 柴田綾, 周東智, 阿部洋

    日本分析化学会第66年会  2017年9月 

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  166. 真核生物翻訳系における終わりのない回転式翻訳現象

    清水 沙彩, 児玉 亜有実, 富田 貴志, 阿部 奈保子, 友池 史明, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会  2018年3月 

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  167. 環状RNAを用いた終わりのない回転式翻訳によるタンパク質合成の効率化

    児玉亜有実, 阿部奈保子, 友池史明, 伊藤嘉浩, 松本健, 吉田稔, 清水義宏, 亀田倫史, 阿部洋

    ConBio2017  2017年12月 

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  168. 環状RNAを用いた回転式翻訳によるタンパク質合成効率化

    児玉亜有実, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 伊藤嘉浩, 松本健, 吉田稔, 清水義宏, 亀田倫史, 阿部洋

    日本RNA学会  2017年7月 

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  169. 環境応答性環状オリゴ核酸による遺伝子発現制御

    吉永静也, 阿部奈保子, 木村康明, 友池史明, 阿部洋

    第48回中化連秋季大会  2017年11月 

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  170. 求電子的リン酸基を用いた核酸ケミカルライゲーション反応

    笈川涼太, 早川真由, 丸山豪斗, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 周東智, 松田彰, 南川典昭, 阿部洋

    第48回中化連秋季大会  2017年11月 

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  171. 機能性核酸合成を志向した化学的核酸連結反応

    笈川涼太, 早川真由, 丸山豪斗, 阿部奈保子, 木村康明, 周東智, 松田彰, 南川典昭, 阿部洋

    日本核酸医薬学会第3回年会  2017年7月 

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  172. 新規抗ウイルス薬を志向した修飾2-5Aの合成

    伏原 大地, 太田 杏摘, 田中 育, 今枝 昭裕, 永井 貴広, 星野 真一, 木村 康明, 友池 史明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会  2018年3月 

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  173. 擬ロタキサン構造形成による翻訳制御

    富田貴志, 阿部奈保子, 木村康明, 阿部洋

    第48回中化連秋季大会  2017年11月 

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  174. 抗ウイルス活性を指向した新規2'修飾ヌクレオシドの合成および評価

    新美 結士, 片倉 秀雄, 阿部 奈保子, 木村 康明, 阿部 洋

    日本薬学会第138年会  2018年3月 

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  175. 抗ウイルス活性を指向したヌクレオシドの開発

    片倉秀雄, 新美結士, 木村康明, 鈴木哲郎, 村上優子, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  176. 抗ウイルス活性を指向した2'-β-チオ核酸の開発

    片倉秀雄, 木村康明, 阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構 第3回 国内シンポジウム  2017年10月 

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  177. 多分岐型DNAケミカルライゲーションによる標的核酸分子のトポロジカル固定

    富田貴志, 阿部奈保子, 木村康明, 鬼塚和光, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  178. 化学的シグナル増幅を可能とするプローブによる細胞内RNA検出法

    伊藤真央, 柴田綾, 阿部奈保子, 友池史明, 木村康明, 阿部洋

    日本RNA学会  2017年7月 

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  179. 共有結合性GST阻害剤の開発

    藤川遥加, 宍戸裕子, 木村康明, 友池史明, 村上優子, 青木正博, 福井健二, 矢野貴人, 阿部洋

    第48回中化連秋季大会  2017年11月 

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  180. 共有結合型グルタチオンS-転移酵素阻害剤の開発

    宍戸裕子, 藤川遥加, 木村康明, 友池史明, 桑田啓子, 福井健二, 村上優子, 亀田倫史, 周東智, 阿部洋

    第11回バイオ関連化学シンポジウム  2017年9月 

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  181. 共有結合型グルタチオンS-転移酵素阻害剤の創薬研究

    宍戸裕子, 関戸好孝, 村上優子, 阿部洋

    日本癌学会  2017年9月 

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  182. 共有結合型GST阻害剤の開発

    藤川遥加, 宍戸裕子, 木村康明, 友池史明, 村上優子, 青木正博, 阿部洋

    日本化学会 第98春季年会  2018年3月 

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  183. ロタキサン構造形成による新規アンチセンス法の開発

    富田貴志, 阿部奈保子, 木村康明, 阿部洋

    統合物質創製化学研究推進機構 第3回 国内シンポジウム  2017年10月 

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  184. 高分子核酸医薬の低分子戦略:細胞内ビルドアップ法の開発

    木村康明, 丸山豪斗, 伊藤美香, 笈川涼太, 早川真由, 辻厳一郎, 阿部奈保子, 松田彰, 周東智, 伊藤嘉浩, 阿部洋

    ケミカルバイオロジー学会  2016年6月 

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  185. Rolling Circle Translation of Circular RNA

    阿部奈保子, 木村 康明, 友池 史明, 松本 健, 吉田 稔, 伊藤 嘉浩, 阿部洋

    第18回日本RNA学会  2016年6月 

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  186. Chemical ligation reaction for RNA strand

    木村 康明, 笈川涼太, 丸山豪斗, 早川真由, 阿部奈保子, 阿部洋

    第18回日本RNA学会  2016年6月 

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Works(作品等) 10

  1. Protein detection using oligonucleotide probes

    2009年

  2. Synthetic nanocircular RNA for controlling of gene expression

    2009年

  3. In vitro selection of RNA aptamer to hemin

    2008年

  4. Fluorogenic trobe triggered by reduction for nucleic acids sensing

    2008年

  5. Nanocircular RNAs fopr RNA interference

    2008年

  6. Multiple chemical ligation under thermal cycle

    2007年

  7. Intermolecular transfer of aminoacylated adenosine towards chemical aminoacylation of tRNA

    2007年

  8. Structure analysis of oligonucleotide in organic solvent

    2006年

  9. Universal linkers for signal amplification in auto-ligating probes

    2005年

  10. Synthesis and biological activity of adenophostin derivativesas IP3 receptor ligands

    2002年

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共同研究・競争的資金等の研究課題 11

  1. ポスト切断PCRプライマーを用いた新規DNAアセンブリ法の開発

    2018年10月 - 2019年3月

  2. 化学を基盤とするゲノムスケールDNA合成技術の開発

    2018年 - 2025年

  3. 長鎖DNAの細胞内ビルドアップ法の開発

    2018年 - 2019年

  4. 合成致死表現型を指標とした新規悪性中皮腫革新的がん医療実用化研究事業

    2017年11月 - 2018年3月

  5. 人工mRNA・非コードRNA分解機構の解明とRNA医薬安定化技術の開発

    2017年4月 - 2020年3月

    国内共同研究 

  6. 新規精神・発達障害治療薬の探索

    2017年4月 - 2020年3月

  7. RNAケミカルライゲーション法による翻訳可能な長鎖mRNAの全合成

    2016年1月 - 2019年7月

    国内共同研究 

  8. 環状RNAを用いたタンパク質翻訳現象の理解と利用

    2015年4月 - 現在

    国内共同研究 

  9. 蛋白質の高効率生産法の開発

    2015年4月 - 2018年3月

    国内共同研究 

  10. 脳神経回路の形成・動作と制御「シナプス可塑性に関わるRNA群の革新的イメージング法の開発

    2011年

    科学技術振興機構 

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    資金種別:競争的資金

  11. 単一分子レベルの酵素反応解析から癌治療法開発までの複合領域研究

    2011年

    科学技術振興機構 

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    資金種別:競争的資金

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科研費 31

  1. 修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発

    研究課題/研究課題番号:21H04912  2021年4月 - 2024年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(A)  基盤研究(A)

    浅井 潔, 阿部 洋, 櫻庭 俊, 阿部 洋, 櫻庭 俊

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    担当区分:研究分担者 

    既に開発した様々なRNA2次構造情報解析ソフトウェアを基盤として、修飾塩基のエネルギーパラメー
    タを組み込むことで、修飾塩基を含むRNAの2次構造情報解析を実現するソフトウェアを開
    発する。さらに、機械学習を取り入れたエネルギーパラメータ推定法を開発する。また、RNA配列中の修
    飾の種類・位置を同定するため、1分子シークエンサの測定信号から修飾塩基を含む塩基配
    列を同定する手法を開発する。これらの技術の有用性を実証するため、塩基修飾がmRNAの
    翻訳効率に及ぼす影響を予測する手法の開発を行う。
    生体内に存在する膨大な種類のRNAは、転写後に様々な修飾を受けることで機能・活性が変化している。修飾塩基の含むRNAの2次構造エネルギーパラメータの同定とそのソフトウェアへの組み込み、1分子シークエンサー による修飾塩基検出技術の開発、およびmRNAの修飾塩基による翻訳効率変化の予測を行うことにより、全転写産物規模でのRNA修飾(エピトランスクリプトーム)に対応したRNAの情報解析基盤を構築することを目指して研究を行なった。既に開発した様々なRNA2次構造情報解析ソフトウェアを基盤として、修飾塩基を含むRNAの2次構造情報解析を実現するため、塩基対測定実験の結果から、2次構造エネルギーパラメータを推定する手法のプロトタイプを開発した。また、機械学習を取り入れたエネルギーパラメータ推定の理論的検討を行なった。
    さらに、RNA配列中の修飾の種類・位置を同定するため、1分子シークエンサによる修飾塩基検出技術の開発: 修飾塩基に対応した1分子シークエンサーのベースコールを行うための確率モデルを構築した。
    RNA 2次構造は細胞の中で揺らぎ、確率的な振る舞いをする。機能的に重要なRNA2次構造を抽出する有力な方法の1つは、多数の相同RNA配列の構造アラインメントから共通構造を探索することである。そこで、2次構造の熱力学的な確率分布と、アラインメントの確率分布を同時分布として扱うソフトウェアを開発した。さらに、2次構造と機能の関係を正確に分析するために、この確率的な揺らぎを考慮して機能を重要な関係をもつ2次構造特徴を抽出する手法を開発した。
    新型コロナ感染症の影響で博士研究員の来日が難しくなったため、研究計画の変更・延期が必要となった。
    大量の公開データを活用した機械学習により重点を置いたモデルを構築し、ソフトウェアの開発にも反映させていく。

    researchmap

  2. 高分子RNA医薬の中分子化戦略

    2018年4月 - 2020年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究

  3. 高分子RNA医薬の中分子化戦略

    研究課題/研究課題番号:18H04398  2018年4月 - 2020年3月

    新学術領域研究(研究領域提案型)

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:5200000円 ( 直接経費:4000000円 、 間接経費:1200000円 )

    本研究では、非活性な中分子RNAを細胞内に導入することで活性のある高分子siRNAを作り出す、細胞内ビルドアップ法を開発することを目指した。このように巧みにsiRNA前駆体を設計することにより、RNA干渉で問題となるsiRNA分子の膜透過性や免疫応答の問題を回避できると期待した。前年度までに、光切断ユニットあるいはジスルフィド構造を組み込んだ環状RNAを前駆体として用いることで、細胞膜透過性を向上させる結果が得られている。前者のsiRNA前駆体では光照射依存的に、後者は細胞内GSHによって直鎖siRNAに変換されるメカニズムを想定した。 今年度は詳細なメカニズム解析により、設計した細胞内ビルドアップメカニズムが作用しているかについて検証を行った。また、本手法の優位性を実証するデータの取得を行った。メカニズム解析では、環状siRNA前駆体作用後に生じる切断産物の解析により、細胞内で活性なsiRNAが形成されることを実証した。また、本手法はルシフェラーゼなどの人工的な系だけでなく、ApoBなどの複数の内在性遺伝子を標的とした場合にも優位性が確認された。また、導入した環境応答性リンカーに免疫原性がないことも確認した。これにより作用メカニズムの妥当性と、従来法に対する優位性の普遍性を実証できた。以上の成果をChemical Communications誌に報告した。
    令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
    令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  4. 高分子RNA医薬の中分子化戦略

    2018年4月 - 2020年3月

    阿部 洋

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    researchmap

  5. 化学を基盤とするゲノムスケールDNA合成技術の開発

    2018年 - 2023年

    科学技術振興機構  戦略的な研究開発の推進 戦略的創造研究推進事業 CREST 

    阿部 洋

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    1正確性の高いPCR法、2新規DNAアセンブリ技術、3反復配列を構築可能なケミカルライゲーション、4合成効率・正確性が高いアミダイト化学、5本技術を利用するためのDNA配列設計アルゴリズム開発。以上の要素技術を開発することで、正確でかつ自動化可能なゲノムスケールでのDNA合成技術を確立します。

    researchmap

  6. 核酸鋳型化学反応の遷移状態制御に基づく触媒回転数の向上

    2016年7月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

  7. 核酸鋳型化学反応の遷移状態制御に基づく触媒回転数の向上

    研究課題/研究課題番号:16KT0052  2016年7月 - 2019年3月

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:18590000円 ( 直接経費:14300000円 、 間接経費:4290000円 )

    核酸鋳型反応に基づく発蛍光反応は、RNA検出プローブの最も基本的な作用原理の一つである。この方法では、反応性官能基を持つ核酸プローブと、保護基で蛍光を抑えた蛍光前駆体を持つ核酸プローブが、標的RNA上で会合し、保護基除去反応が進行することで蛍光を発する。この発蛍光反応は、標的RNA存在下で特異的に起こるため、RNA検出プローブの作用原理となる。本研究では高感度な細胞内RNA検出を目指し、①核酸鋳型反応の高速化、②リポフェクションを用いない核酸プローブの細胞内投与法の開発に取り組んだ。①では反応の求核剤を適切に選択することで、②では核酸のリン酸部をチオ化することで、有望な結果が得られた。
    RNA検出法は、病気の診断、ウイルスの検出、細胞現象の解明など、様々な分野で重要な技術である。RNA検出では、いかに微量な標的RNAを検出できるか、すなわち検出感度の高感度化が重要な課題である。核酸検出プローブの作用原理である核酸鋳型反応の高速化により、高感度化が可能になるが、本研究ではその反応の高速化の指針を見出すことに成功した。また、核酸プローブの細胞投与において、既存の手法では望みでない蛍光シグナルを発してしまう問題があるが、本研究で開発した新たな投与法により、その問題を回避することが可能になった。両成果は、細胞内で微量なRNAの検出を可能にする技術の開発において重要な結果である。

  8. 核酸鋳型化学反応の遷移状態制御に基づく触媒回転数の向上

    2016年7月 - 2019年3月

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  9. エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術

    2016年4月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(A)

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    担当区分:研究代表者 

  10. 環状RNAを用いたタンパク質合成法

    2016年4月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

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    担当区分:研究代表者 

  11. エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術

    研究課題/研究課題番号:16H02484  2016年4月 - 2019年3月

    浅井 潔

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    担当区分:研究分担者 

    重要な修飾塩基であるイノシンとN6メチルアデノシンの2次構造エネルギーパラメタを、熱測定実験と分子シミュレーションの組合せで同定した。推定誤差の構造予測への影響は理論的解析と計算機実験で評価して発表した。同定したイノシンのパラメタを用いて、miRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルを共同研究で構築して発表した。
    2次構造確率分布の解析ツールRintDを改良し、塩基対確率の分布を計算するRintWおよび最大塩基対制約で計算を高速化したRintCを開発して発表した。その際、フーリエ変換が数値誤差に与える影響を精度保証計算を用いて解析し、大きな確率は信頼できることを示した。
    重要な修飾塩基であるイノシン、m6Aの未同定のエネルギーパラメタを熱測定実験と分子シミュレーションによって同定し、イノシン、m6Aを含むRNA分子の2次構造予測が可能となった。
    RNAの塩基修飾はRNA2次構造変化をもたらし、他の分子との相互作用の変化はその機能を変化させる。我々の成果により、これまで不可能であったイノシン、m6A修飾の構造・相互作用へ影響の解析が可能となった。イノシンのエネルギーパラメータはmiRNAによる翻訳抑制効率に対する A-to-I 編集の影響のモデルで検証された。

  12. 環状RNAを用いたタンパク質合成法

    研究課題/研究課題番号:16H04178  2016年4月 - 2019年3月

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:17810000円 ( 直接経費:13700000円 、 間接経費:4110000円 )

    連続した読み枠を含む環状RNAを鋳型にした翻訳反応系においては、リボソームが何度も回転しながら翻訳反応を行う結果、反復配列をもつタンパク質・ペプチド産物が生成する。タンパク質生合成法における新たな方法論として、この環状RNAを用いたタンパク質合成法の開発を行った。環状RNAを鋳型にした大腸菌無細胞翻訳系の最適化を行った。哺乳動物翻訳系における効率的な機能性タンパク質発現法の開発を実施した。
    近年、タンパク質を材料にした医薬品や生体材料の開発が進められている。連続的な読み枠を含む環状RNAを鋳型にしたタンパク質生合成反応を用いると、反復配列からなる長鎖タンパク質・ペプチドを簡便に調製できる。機能性タンパク質には反復配列を含むものが多く存在するため、これらの調製法として、本研究成果を用いることが出来る。

  13. 環状RNAを用いたタンパク質合成法

    2016年4月 - 2019年3月

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

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  14. エピトランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術

    2016年4月 - 2019年3月

    浅井潔

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    資金種別:競争的資金

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  15. iRed/iPedの完全化学合成を基軸とした実践的がん創薬基盤研究

    2015年4月 - 2018年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

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    担当区分:研究分担者 

  16. iRed/iPedの完全化学合成を基軸とした実践的対がん創薬基盤研究

    研究課題/研究課題番号:15H04656  2015年4月 - 2018年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    南川 典昭, 石田 竜弘, 阿部 洋

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    担当区分:研究分担者 

    本課題では、機能性RNAを細胞内で発現可能なDNAデバイス (iRed) の更なる機能強化を目的に研究を行なった。その結果、(1) iRedの安定化を目的とした環状化、(2) iRedの完全化学合成、(3)革新的デリバリー法との組合せによる新規がん治療薬創製の探索、さらに(4) このデバイスを、機能性ペプチドペプチド/プロテインを発現するiPedへと進化させる可能性を実証した。

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  17. GSTを標的とする分子プローブの開発

    研究課題/研究課題番号:15K12751  2015年4月 - 2017年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:3640000円 ( 直接経費:2800000円 、 間接経費:840000円 )

    ガン細胞で過剰に発現し、抗ガン剤耐性に寄与しているグルタチオン S トランスフェラーゼは複数のサブタイプがあり、ガン細胞によって発現しているサブタイプが異なる。本研究では GST のサブタイプ特異的なプローブの開発を目指し、グルタチオンの誘導体を設計・合成した。
    アミノ酸と共有結合を形成する誘導体を合成して検証を行ったところ、サブタイプ特異性を示唆する構造が得られた。また、グルタチオンのグリシン残基に蛍光分子またはビオチンをつけた誘導体でも GST に結合することを確認した。
    これらの知見は、GST サブタイプ特異的なプローブ開発につながるものである。

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  18. GSTを標的とする分子プローブの開発

    2015年 - 2017年3月

    科学研究費補助金  挑戦的萌芽研究

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    担当区分:研究代表者 

  19. ナノ構造化と鋳型反応に基づくRNAの医薬機能創発

    研究課題/研究課題番号:25282240  2013年 - 2016年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(B)  基盤研究(B)

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    核酸鋳型化学反応を開発し、機能性RNAを設計・合成することを試みた。本法のRNA干渉法への適用を試みた。RNA干渉には通常20塩基以上のRNA二本鎖が用いられる。しかしながら、20塩基以上のRNAは細胞内で免疫応答を起こすことが問題なる。この非特異的な免疫応答はRNA干渉を医療応用する際に大きな問題となる。これを解決するために短鎖のRNA鎖を細胞内に導入することで、免疫系を回避した後、ビルドアップ的に長鎖の活性型RNA二本鎖を細胞内構築する反応を開発した。ビルドアップ型RNAは、免疫応答を回避できるとともに、RNA干渉効果をもたらすことが明らかとなった。

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  20. ナノ構造化と鋳型反応に基づくRNAの医薬機能創発

    2013年

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

  21. 化学拡張進化分子工学によるペプチド触媒の探索

    研究課題/研究課題番号:24656510  2012年4月 - 2013年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

    伊藤 嘉浩, 王 偉, 多田 誠一, 鵜澤 尊規, 阿部 洋

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    担当区分:その他 

    化学拡張進化分子工学により、有機溶媒共存下で触媒作用をもつペプチド配列の探索を目指した。ターゲットする触媒反応は、生化学工業でも有用なアルドール縮合反応とした。進化分子工学手法には、一方の反応基質を担持したtRNAと、反応生成物を回収できるよう他方はビオチン化した基質を各々合成し、有機溶媒中でも安定な表現型一情報型分子の錯体を共有結合で形成できるmRNAディスプレイ法を用い、有機溶媒中で触媒できるペプチドの探索を行った。

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  22. 新規翻訳現象の解析と利用

    研究課題/研究課題番号:24656511  2012年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  挑戦的萌芽研究

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4030000円 ( 直接経費:3100000円 、 間接経費:930000円 )

    原核生物である大腸菌の翻訳系において、「環状RNAを用いた終わりのない回転式翻訳システム」を構築し、その分子メカニズムを解析した。終止コドンを除いた環状のメッセンジャーRNA (mRNA)を合成し、それらを大腸菌の無細胞翻訳系に加えることでエンドレスにタンパク質合成させることに成功した。その反応は通常の直鎖状RNAを鋳型とするタンパク質合成反応に比べ、単位時間当たり200倍ほど高効率であることを明らかにした。

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  23. シナプス可塑性に関わるRNA群の革新的イメージング法の開発

    2011年 - 2014年

    科学技術振興機構  戦略的な研究開発の推進 戦略的創造研究推進事業 さきがけ 

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    神経細胞内のmRNAをイメージングするための革新的なプローブを開発します。微量RNAを検出するためにプローブの高感度化、及び複数RNAの同時観察を可能とするために多色プローブの開発を進めます。さらに、シナプスの可塑性に関わる複数のmRNA群を標的にしたプローブを作成し、神経細胞における内在性mRNAの動態を直接イメージングし、その輸送と局所での翻訳過程との相関を解析することを目指します。

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  24. 単一分子レベルの酵素反応解析からがん治療法開発までの複合領域研究

    2011年 - 2013年

    国際的な科学技術共同研究などの推進 戦略的国際科学技術協力推進事業 SICP スウェーデン 

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    本研究交流は、がん細胞で過剰に発現していることが知られるグルタチオンSトランスフェラーゼ(GST)の新規基質となる新規化合物を設計し、1分子レベルでの酵素反応メカニズムを解析することを目的とする。具体的には、日本側はGSTと反応する蛍光化合物、化学発光化合物、核磁気共鳴プローブ、低分子薬剤の設計を担当し、スウェーデン側はその生物活性解析、速度論解析、細胞イメージングや薬効評価を担当する。両国の研究チームが有機合成化学および酵素学・生物物理化学の観点から相互補完的に取り組むことで、1分子酵素解析技術に基づき、体内における代謝によりはじめて薬効が現れるように工夫した薬(プロドラッグ)の設計法やがん細胞イメージング技術の開発が期待される。

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  25. 化学反応プローブとフローサイトメーターを用いた細菌の検出法の検討

    2011年 - 2012年

    産学が連携した研究開発成果の展開 研究成果展開事業 研究成果最適展開支援プログラム(A-STEP) 探索タイプ 

    阿部 洋

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    細菌同定に必要な高感度プローブを、複数の細菌について開発する。感度改良のためのプローブの鎖長、多色染色を可能とする蛍光発生型蛍光色素群の創製、プローブの細菌類への効率的な導入法を機軸とした研究を推進する。開発期間が短期間であることを考慮して、最適なプローブ鎖長の検討、新規蛍光発生化合物の開発にしぼり、最適な鎖長(15量体)並びに現在利用している緑色蛍光化合物から大きく波長を離した赤色蛍光剤の候補化合物を合成できた。今後は、一塩基変異を定量的かつ多色で検出できるプローブを創製し遺伝情報に立脚した細菌定量法へ展開する予定である。

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  26. 遺伝子型に基づく細胞分離法

    研究課題/研究課題番号:22686077  2010年 - 2011年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究(A)

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:26000000円 ( 直接経費:20000000円 、 間接経費:6000000円 )

    本研究では、「生細胞内の遺伝子シグナルを釣り針として望みの細胞を単離する」前例のない新しい技術を開発することを目指した。長波長領域にシグナルを発生する赤色プローブを作成した。つづいて、未分化細胞で高発現しているmiRNAを標的にRETFプローブを作成し、フローサイトメーターで検出実験をおこなったところ、優位なシグナルを観測できた。そこで、現在、標的シグナルを指標にした細胞分離を検討している。

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  27. 化学反応プローブによる遺伝子シグナルの増幅

    研究課題/研究課題番号:20750146  2008年 - 2009年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究(B)

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )

    本研究では、遺伝子シグナルを飛躍的に増幅できる化学反応プローブを創出し、生細胞内遺伝子検出法へ応用することを目的とする。

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  28. 金属・無機材料に結合する成長因子の創成と医学応用

    研究課題/研究課題番号:19200041  2007年 - 2009年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    伊藤 嘉浩, 阿部 洋, 和田 章, 吉田 靖弘, 北嶋 隆

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    担当区分:研究分担者 

    金属・無機材料への成長因子タンパク質の固定化にかかわる分子デザインについて検討を行った。まず、材料側のデザインとして、成長因子が固定化できるようなチタンやステンレス鋼表面の有機化を行うことができ、成長因子の固定化を可能にした。成長因子タンパク質側のデザインとして、進化分子工学法や非天然アミノ酸を含むペプチドのケミカルライゲーション法によってチタンやアパタイトへ結合性の成長因子の創成を行うことができた。

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  29. 有機溶媒中での試験管内進化法による触媒探索

    研究課題/研究課題番号:19651098  2007年 - 2008年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  萌芽研究

    伊藤 嘉浩, 阿部 洋

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    担当区分:研究分担者 

    前年度までに、我々は有機溶媒中で機能する核酸触媒を試験管内進化法により創製する研究の手始めに有機溶媒可溶化核酸の調製に成功した。すなわち、オリゴ核酸15塩基にPEG(分子量1万)を修飾し、種々の有機溶媒に100μMまで問題なく溶解することが明らかになった。また、TTAGGGの6塩基からなるDNAをPEG修飾し、これが各種有機溶媒中で、4量体を形成しGカルテット構造を形成することをCDスペクトルにより確認した。
    本年度は、この構造体とヘミンが水中で複合体を形成しルミノール反応を起こすことが報告されていたので、有機溶媒中でもこの現象が同様に起こるか検証した。その結果、メタノール中で、ルミノール反応が効率よく起こることを確認した。この結果により、核酸の構造体とヘミンが水中と同様に複合体を形成する能力をもち、さらに、触媒能力を維持できることを明らかにした。また、試験管内進化法で得られたディールズ・アルダー反応を触媒するDNAzymeについても、PEG修飾を行った。得られたハイブリッド体は、様々な有機溶媒に可溶化でき、水中と同じような触媒活性が観察できた。このようにPEG修飾により試験管内進化法で得られたオリゴ核酸が有機溶媒に可溶化され触媒活性をもつことがわかった。
    さらにPEG修飾DNAプライマーを用いてDNAをPCR増幅できることが明らかとなった。触媒探索のための試験管内進化法ではDNAをPCR法で増幅して、触媒反応を行うDNAを選別する必要があるため、この方法の確立により有機溶媒中での試験管内進化法による触媒探索が可能であることが明らかとなった。

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  30. 細胞内蛋白質を可視化できるバイオプローブの開発

    研究課題/研究課題番号:18750159  2006年 - 2007年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  若手研究(B)

    阿部 洋

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:3700000円 ( 直接経費:3700000円 )

    前回まで、蛋白質と化学反応することで蛍光発生する分子プローブの開発を目指していたが、蛋白質との化学反応性が低いプローブしか得られず、その開発は難しかった。一方、我々は遺伝子検出プローブとして、最近開発した分子は1分子内での蛍光のon/offが可能であり、蛋白質検出にも応用可能であることが期待された。この分子はアジドメチル基を持ち、トリフェニルボスフィン等の還元剤によってアジド基が還元されることにより構造変化が起こり蛍光を発することが可能となる。
    今回、アジドメチル基を有する蛍光分子をもちいた化学反応を引金とする蛍光発光システムによるタンパク質およびペプチド検出を試みた。標的として17merからなるヒトHIV-1 Revタンパク質のarginine-rich motif(ARM)を選択した。ヒトHIV-1 Rev ARMペプチドには35merからなるRNAアプタマーが結合することがこれまでに報告されている。そこでこのRNAアプタマー配列を2分割し、ペプチド検出用プローブとすることにした。配列の異なる2種類のプローブのうち、一方にはアジドメチル基を有する蛍光分子を結合させ、もう一方のプローブには還元剤であるトリフェニルホスフィン基を導入した。この2種類のプローブを用いることで溶液中のRev ARMペプチドの検出を試みた。50mM Tris-HC1溶液中37℃で30分間反応させた結果、Rev ARMペプチド存在下の場合、非存在下の場合と比較してその蛍光強度が約25倍に増強することが示された。

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  31. アノマー効果を利用する立体選択的ラジカルC-グリコシル化とIP3リガンドの創製

    研究課題/研究課題番号:01J10599  2001年 - 2002年

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 特別研究員奨励費  特別研究員奨励費

    阿部 洋

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    C-グリコシドは対応するO-グリコシドの生物学的安定等価体として機能することから注目されている。そのため、C-グリコシドの立体選択的構築法の開発が望まれている。筆者らは、^4C_1型あるいは^1C_4型配座に制御されたピラノース基質を用いたラジカルC-グリコシル化反応がαおよびβ高立体選択的にC-グリコシル体を与えることを発見した。これは、従来認識されていなかったラジカル反応における速度論的アノマー効果を立体選択制発現に積極的に利用した初めての例となった(J.Am.Chem. Soc.2001,123,11870-11882)。
    今回、さらに、このピラノース配座制御によるアノマー効果に基づく立体制御法をオキソカルベニウムイオン中間体をへるS_N1型C-グリコシル化反応に適用し検討した。^4C_1型あるいは^1C_4型に配座制御されアノマー位に脱離基としてフッ素を有するキシロシル糖基質をアリルトリメチルシランおよびBF_3/Et_2O存在下撹拌したところ、^4C_1型基質はα高選択的(85%,α/β=50:1)に、^1C_4型基質はβ高選択的(73%,βonly)にアリルC-グリコシド体を与えた(Angew.Chem.Int.Ed.2003,in press)。
    この結果から、本C-グリコシル化反応立体制御法がラジカル反応のみでなくカチオン中間体を経るS_N1型反応にも適用可能であることが確認できた。このことは、高立体選択的C-グリコシル化が種々の反応条件で可能になることを意味し、他の様々なC-グリコシド型化合物合成への応用が期待できる。

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産業財産権 16

  1. プロドラッグ化合物

    阿部 洋, 木村 康明

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    出願人:国立大学法人東海国立大学機構

    出願番号:特願2021-013946  出願日:2021年1月

    公開番号:特開2022-117326  公開日:2022年8月

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  2. 核酸モノマー

    阿部 洋, 阿部 奈保子, 木村 康明, 野村 浩平, 程 久美子, 小林 芳明, 安 成鎮

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    出願人:国立大学法人東海国立大学機構

    出願番号:特願2020-159793  出願日:2020年9月

    公開番号:特開2022-053148  公開日:2022年4月

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  3. β修飾リン酸化合物前駆体、β修飾リン酸化合物、反応阻害剤及びこれを含む医薬並びに反応阻害方法

    阿部 洋, 木村 康明

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    出願人:国立研究開発法人科学技術振興機構

    出願番号:JP2019009213  出願日:2019年3月

    公表番号:WO2019-172394  公表日:2019年9月

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  4. 修飾ポリヌクレオチド

    阿部 洋, シュー ジャオマー

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    出願人:国立大学法人東海国立大学機構

    出願番号:JP2018030549  出願日:2018年8月

    公表番号:WO2019-039403  公表日:2019年2月

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  5. グルタチオンS-トランスフェラーゼ阻害剤

    阿部 洋, 宍戸 裕子

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    出願人:国立大学法人名古屋大学

    出願番号:特願2016-133272  出願日:2016年7月

    公開番号:特開2018-002669  公開日:2018年1月

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  6. グルタチオンS-トランスフェラーゼ阻害剤

    阿部 洋, 宍戸 裕子

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    出願人:国立大学法人東海国立大学機構

    出願番号:特願2016-133272  出願日:2016年7月

    公開番号:特開2018-002669  公開日:2018年1月

    特許番号/登録番号:特許第6787564号  登録日:2020年11月 

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  7. 非酵素的核酸鎖結合方法

    阿部 洋, 丸山 豪斗

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    出願人:国立研究開発法人科学技術振興機構

    出願番号:特願2016-544965  出願日:2015年8月

    特許番号/登録番号:特許第6703948号  登録日:2020年5月 

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  8. 非酵素的核酸鎖結合方法

    阿部 洋, 丸山 豪斗

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    出願人:国立研究開発法人科学技術振興機構

    出願番号:JP2015004294  出願日:2015年8月

    公表番号:WO2016-031247  公表日:2016年3月

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  9. 新規化合物及び該化合物を含む脂肪滴及び/又は脂肪組織検出用試薬

    阿部 洋, 伊藤 美香, 伊藤 嘉浩, 西村 智

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    出願人:国立研究開発法人理化学研究所

    出願番号:特願2015-505607  出願日:2014年3月

    特許番号/登録番号:特許第6241014号  登録日:2017年11月 

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  10. 新規化合物及び該化合物を含む脂肪滴及び/又は脂肪組織検出用試薬

    阿部 洋, 伊藤 美香, 伊藤 嘉浩, 西村 智

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    出願人:国立研究開発法人理化学研究所

    出願番号:JP2014056973  出願日:2014年3月

    公表番号:WO2014-142320  公表日:2014年9月

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  11. 機能性核酸分子の構築法、および当該方法に用いる核酸組合せ物

    阿部 洋, 伊藤 嘉浩, 丸山 豪斗

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    出願人:国立研究開発法人科学技術振興機構

    出願番号:特願2014-502415  出願日:2013年3月

    特許番号/登録番号:特許第6126075号  登録日:2017年4月 

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  12. 機能性核酸分子の構築法、および当該方法に用いる核酸組合せ物

    阿部 洋, 伊藤 嘉浩, 丸山 豪斗

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    出願人:独立行政法人科学技術振興機構

    出願番号:JP2013055732  出願日:2013年3月

    公表番号:WO2013-129663  公表日:2013年9月

    J-GLOBAL

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  13. 環状RNA及びタンパク質の製造方法

    阿部 洋, 阿部 奈保子, 伊藤 嘉浩, 西原 みづき

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    出願人:国立研究開発法人理化学研究所

    出願番号:特願2013-557601  出願日:2013年2月

    特許番号/登録番号:特許第6284181号  登録日:2018年2月 

    J-GLOBAL

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  14. 環状RNA及びタンパク質の製造方法

    阿部 洋, 阿部 奈保子, 伊藤 嘉浩, 西原 みづき

     詳細を見る

    出願人:独立行政法人理化学研究所

    出願番号:JP2013053095  出願日:2013年2月

    公表番号:WO2013-118878  公表日:2013年8月

    J-GLOBAL

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  15. 機能性核酸分子の構築法

    阿部 洋, 伊藤 美香, 伊藤 嘉浩

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    出願人:国立研究開発法人理化学研究所

    出願番号:特願2013-012686  出願日:2013年1月

    公開番号:特開2014-143923  公開日:2014年8月

    特許番号/登録番号:特許第6296434号  登録日:2018年3月 

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  16. 蛍光発生分子および標的核酸検出方法

    阿部 洋, 伊藤 嘉浩, 柴田 綾, 伊藤 美香

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    出願人:国立研究開発法人理化学研究所

    出願番号:特願2011-534352  出願日:2010年10月

    特許番号/登録番号:特許第5733760号  登録日:2015年4月 

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メディア報道 3

  1. mRNAワクチン国産化目指す 名古屋大など 新聞・雑誌

    中日新聞  朝刊  2022年3月

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    執筆者:本人以外 

  2. mRNAワクチン国産化へ 大学発ベンチャー設立 新聞・雑誌

    産経新聞  2022年3月

  3. スタートアップのCrafton Biotechnology、日本発の技術でmRNA医薬を開発へ インターネットメディア

    日経バイオテク  2020年3月

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    執筆者:本人以外 

学術貢献活動 1

  1. 日本核酸医薬学会

    役割:企画立案・運営等

    幹事  2021年2月 - 現在

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    種別:学会・研究会等