Updated on 2022/05/09
博士（薬学） （ 1992.3 大阪大学 ）
薬学修士 （ 1989.3 大阪大学 ）
薬学士 （ 1987.3 大阪大学 ）
Life Science / Structural biochemistry
Life Science / Biophysics
Life Science / Pharmaceutical analytical chemistry and physicochemistry
Development of Tight-junction modulators as drug absorption enhancers
Discovery of antivirus agents againsr SARS-CoV2 by blocking PDZ domain proteins
Structural Biology of human RNaseH1
Development of anti-cancer drugs by blocking PDZ domain proteins
天然変性タンパク質の医療応用
Structural Biology of Abeta peptide oligomers
Nagoya University Cellular and Structural Physiology Institute Director in General
2013.4
Nagoya University Graduate School of Science Structural Biology Research Center
2012.4 - 2020.3
Osaka University Graduate School, Division of Pharmaceutical Sciences
1989.4 - 1992.3
Country： Japan
Osaka University Graduate School, Division of Pharmaceutical Sciences
1987.4 - 1989.3
Country： Japan
Osaka University Faculty of Pharmaceutical Science
1984.4 - 1987.3
Country： Japan
日本薬学会
2000.4
日本蛋白質科学会 役員（選挙管理担当）
2019.5
日本核磁気共鳴学会 評議員
2016.4
日本生物物理学会
2017.4
日本ケミカルバイオロジー学会
American Association for the Advancement of Science
日本分子生物学会
Direct Inhibition of the First PDZ Domain of ZO-1 by Glycyrrhizin is a Possible Mechanism of Tight Junction Opening of Caco-2 Cells. Reviewed International journal
Hibino, E., Goda, N., Hisada, M., Tenno, T., Hiroaki, H.
RSC Food & Function Vol. 13 ( 4 ) page： 1953 - 1964 2022.2
Potential of rescue and reactivation of tumor suppressor p53 for cancer therapy. Invited Reviewed International journal
Hibino E, Hiroaki H
Biophysical reviews Vol. 14 ( 1 ) page： 267 - 275 2022.2
Cryoprotective activities of FK20, a human genome-derived intrinsically disordered peptide against cryosensitive enzymes without a stereospecific molecular interaction Reviewed International journal
Naoki Matsuo, Natsuko Goda, Takeshi Tenno, and Hidekazu Hiroaki
PeerJ Physical Chemistry Vol. 3 page： e20 2021.12
Structural and Functional Analysis of Glycyrrhizin Bound to the Scaffold Protein ZO1-PDZ1 of Tight Junctions International journal
Vol. 30 page： 119 - 119 2021.10
NMR-Guided Repositioning of Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs into Tight Junction Modulators Reviewed International journal
Tenno T, Kataoka K, Goda N, Hiroaki H
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES Vol. 22 ( 5 ) 2021.3
High dose of baicalin or baicalein can reduce tight junction integrity by partly targeting the first PDZ domain of zonula occludens-1 (ZO-1) Reviewed
Hisada Misaki, Hiranuma Minami, Nakashima Mio, Goda Natsuko, Tenno Takeshi, Hiroaki Hidekazu
EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACOLOGY Vol. 887 page： 173436 2020.11
Opposing Effect of Naringenin and Quercetin on the Junctional Compartment of MDCK II Cells to Modulate the Tight Junction Reviewed
Nakashima Mio, Hisada Misaki, Goda Natsuko, Tenno Takeshi, Kotake Ayaka, Inotsume Yuko, Kameoka Ikuo, Hiroaki Hidekazu
NUTRIENTS Vol. 12 ( 11 ) 2020.11
Principal component analysis of data from NMR titration experiment of uniformly <sup>15</sup>N labeled amyloid beta (1-42) peptide with osmolytes and phenolic compounds. Reviewed
Iwaya N, Goda N, Matsuzaki M, Narita A, Shigemitsu Y, Tenno T, Abe Y, Hoshi M, Hiroaki H
Archives of biochemistry and biophysics Vol. 690 page： 108446 2020.9
Presence of intrinsically disordered proteins can inhibit the nucleation phase of amyloid fibril formation of A beta(1-42) in amino acid sequence independent manner Reviewed
Ikeda Koki, Suzuki Shota, Shigemitsu Yoshiki, Tenno Takeshi, Goda Natsuko, Oshima Atsunori, Hiroaki Hidekazu
SCIENTIFIC REPORTS Vol. 10 ( 1 ) page： 12334 2020.7
Synthesis of selenomethylene-locked nucleic acids (SeLNA) nucleoside unit bearing an adenine base Reviewed
Moai Yoshihiro, Hiroaki Hidekazu, Obika Saoshi, Kodama Tetsuya
NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES & NUCLEIC ACIDS Vol. 39 ( 1-3 ) page： 131 - 140 2020.2
Spatial Overlap of Claudin- and Phosphatidylinositol Phosphate-Binding Sites on the First PDZ Domain of Zonula Occludens 1 Studied by NMR. Reviewed
Hiroaki H, Satomura K, Goda N, Nakakura Y, Hiranuma M, Tenno T, Hamada D, Ikegami T
Molecules (Basel, Switzerland) Vol. 23 ( 10 ) 2018.10
Using H-1(N) amide temperature coefficients to define intrinsically disordered regions: An alternative NMR method Reviewed
Okazaki Hiroki, Matsuo Naoki, Tenno Takeshi, Goda Natsuko, Shigemitsu Yoshiki, Ota Motonori, Hiroaki Hidekazu
PROTEIN SCIENCE Vol. 27 ( 10 ) page： 1821 - 1830 2018.10
Discovery of Potent Disheveled/Dvl Inhibitors Using Virtual Screening Optimized With NMR-Based Docking Performance Index Reviewed
Hori Kiminori, Ajioka Kasumi, Goda Natsuko, Shindo Asako, Takagishi Maki, Tenno Takeshi, Hiroaki Hidekazu
FRONTIERS IN PHARMACOLOGY Vol. 9 page： 983 2018.9
Discovery of Cryoprotective Activity in Human Genome-Derived Intrinsically Disordered Proteins.
Matsuo N, Goda N, Shimizu K, Fukuchi S, Ota M, Hiroaki H
International journal of molecular sciences Vol. 19 ( 2 ) 2018.2
Common molecular pathogenesis of disease-related intrinsically disordered proteins revealed by NMR analysis. Reviewed
Shigemitsu Y, Hiroaki H
Journal of biochemistry Vol. 163 ( 1 ) page： 11-18 2018.1
Ecl1 is a zinc-binding protein involved in the zinc-limitation-dependent extension of chronological life span in fission yeast. Reviewed
Shimasaki T, Ohtsuka H, Naito C, Azuma K, Tenno T, Hiroaki H, Murakami H, Aiba H
Molecular genetics and genomics : MGG Vol. 292 ( 2 ) page： 475-481 2017.4
Niwa, N., Shimizu, S., Maeda, Y., Hiroaki, H., Ueno, Y.
Vol. 7 page： 25378-25386 2017.1
Nuclear magnetic resonance evidence for the dimer formation of beta amyloid peptide 1-42 in 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol. Reviewed
Shigemitsu Y, Iwaya N, Goda N, Matsuzaki M, Tenno T, Narita A, Hoshi M, Hiroaki H
Analytical biochemistry Vol. 498 page： 59-67 2016.4
Na, K-ATPase α3 is a death target of Alzheimer patient amyloid-β assembly. Reviewed
Vol. 112 ( 32 ) page： E4465-74 2015.8
用語解説 「天然変性蛋白質」 Invited
廣明秀一
再生医療（日本再生医療学会雑誌） Vol. 14 ( 3 ) page： 52-53 2015.8
A Method for Systematic Assessment of Intrinsically Disordered Protein Regions by NMR. Reviewed
Goda N, Shimizu K, Kuwahara Y, Tenno T, Noguchi T, Ikegami T, Ota M, Hiroaki H
International journal of molecular sciences Vol. 16 ( 7 ) page： 15743-60 2015.7
Crystal structure of afadin PDZ domain-nectin-3 complex shows the structural plasticity of the ligand-binding site. Reviewed
Fujiwara Y, Goda N, Tamashiro T, Narita H, Satomura K, Tenno T, Nakagawa A, Oda M, Suzuki M, Sakisaka T, Takai Y, Hiroaki H
Protein science : a publication of the Protein Society Vol. 24 ( 3 ) page： 376-85 2015.3
Natsuko Goda, Naoki Matsuo, Takeshi Tenno, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota & Hidekazu Hiroaki*
ntrinsically Disordered Proteins Vol. 3 ( 1 ) page： 1-6 2015.2
Decreased amyloidogenicity caused by mutational modulation of surface properties of the immunoglobulin light chain BRE variable domain. Reviewed
Kobayashi Y, Tsutsumi H, Abe T, Ikeda K, Tashiro Y, Unzai S, Kamikubo H, Kataoka M, Hiroaki H, Hamada D.
Biochemistry Vol. 53 ( 31 ) page： 5162-5173 2014.8
Multiple interactions of the intrinsically disordered region between the helicase and nuclease domains of the archaeal Hef protein. Reviewed
Ishino S, Yamagami T, Kitamura M, Kodera N, Mori T, Sugiyama S, Ando T, Goda N, Tenno T, Hiroaki H, Ishino Y.
J Biol Chem. Vol. 289 ( 31 ) page： 21627-21639 2014.8
IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners. Reviewed
Fukuchi S, Amemiya T, Sakamoto S, Nobe Y, Hosoda K, Kado Y, Murakami SD, Koike R, Hiroaki H, Ota M.
Nucleic Acids Res. Vol. 42 ( Database issue ) page： D320-325 2014.1
特集「タンパク質構造機能相関再考」~ NMRで見るタンパク質－低分子相互作用 (2013) Invited
廣明秀一
生化学 Vol. 85 ( 8 ) page： 679-686 2013.8
Tenno T, Goda N, Umetsu Y, Ota M, Kinoshita K, Hiroaki H.
Molecules Vol. 18 ( 8 ) page： 9567-9581 2013.8
Recent applications of isotopic labeling for protein NMR in drug discovery. Invited Reviewed
Hiroaki, H*
Expert Opinion on Drug Discovery Vol. 8 ( 5 ) page： 523-536 2013.3
Effect of Ca(2+) on the microtubule-severing enzyme p60-katanin. Insight into the substrate-dependent activation mechanism. Reviewed
Iwaya N, Akiyama K, Goda N, Tenno T, Fujiwara Y, Hamada D, Ikura T, Shirakawa M, Hiroaki H.
FEBS J. Vol. 279 ( 7 ) page： 1339-1352. 2012.3
IDEAL: Intrinsically Disordered proteins with Extensive Annotations and Literature. Reviewed
Fukuchi S, Sakamoto S, Nobe Y, Murakami SD, Amemiya T, Hosoda K, Koike R, Hiroaki H, Ota M.
Nucleic Acids Res. Vol. 40 page： D507-511. 2011.11
A simplified recipe for assigning amide NMR signals using combinatorial 14N amino acid inverse-labeling. Reviewed
Hiroaki H, Umetsu Y, Nabeshima Y, Hoshi M, Kohda D.
J Struct Funct Genomics. Vol. 12 ( 3 ) page： 167-174 2011.8
Structure and Function of the N-terminal Nucleolin Binding Domain of Nuclear Valosin-containing Protein-like 2 (NVL2) Harboring a Nucleolar Localization Signal. Reviewed
Fujiwara, Y., Fujiwara, K., Goda, N., Iwaya, N., Tenno, T., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
J Biol Chem. Vol. 286 ( 24 ) page： 21732-21741. 2011.6
(1)H, (13)C, and (15)N resonance assignment of the SPFH domain of human stomatin. Reviewed
Tsuruta, T., Goda, N., Umetsu, Y., Iwaya, N., Kuwahara, Y., and Hiroaki, H.
Biomol NMR Assign. Vol. 6 ( 1 ) page： 23-25. 2011.6
SH3YL1 regulates dorsal ruffle formation by a novel phosphoinositide-binding domain. Reviewed
Hasegawa, J., Tokuda, E., Tenno, T., Tsujita, K., Sawai, H., Hiroaki, H., Takenawa, T., and Itoh, T.
J Cell Biol. Vol. 193 ( 5 ) page： 901-916. 2011.5
Structural difference of vasoactive intestinal peptide in two distinct membrane-mimicking environments. Reviewed
Umetsu, Y., Tenno, T., Goda, N., Shirakawa, M., Ikegami, T., and Hiroaki, H.
Biochim Biophys Acta. Vol. 1814 ( 5 ) page： 724-730. 2011.5
(1)H, (13)C, and (15)N resonance assignment of the first PDZ domain of mouse ZO-1. Reviewed
Umetsu, Y., Goda, N., Taniguchi, R., Satomura, K., Ikegami, T., Furuse, M., and Hiroaki, H.
Biomol NMR Assign. Vol. 5 ( 2 ) page： 207-210. 2011.3
SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins. Reviewed
Motono, C., Nakata, J., Koike, R., Shimizu, K., Shirota, M., Amemiya, T., Tomii, K., Nagano, N., Sakaya, N., Misoo, K., Sato, M., Kidera, A., Hiroaki, H., Shirai, T., Kinoshita, K., Noguchi, T., and Ota, M.
Nucleic Acids Res. Vol. 39 page： D487-493. 2011.1
Crystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerevisiae Doa1/Ufd3. Reviewed
Nishimasu, R., Komori, H., Higuchi, Y., Nishimasu, H., and Hiroaki, H.
Kobe J Med Sci. Vol. 56 ( 3 ) page： E125-139. 2010.10
1H, 13C, and 15N resonance assignment of the TIR domain of human MyD88. Reviewed
Ohnishi, H., Tochio, H., Kato, Z., Kimura, T., Hiroaki, H., Kondo, N., and Shirakawa, M.
Biomol NMR Assign. Vol. 4 ( 2 ) page： 123-125. 2010.10
A common substrate recognition mode conserved between katanin p60 and VPS4 governs microtubule severing and membrane skeleton reorganization. Reviewed
Iwaya, N., Kuwahara, Y., Fujiwara, Y., Goda, N., Tenno, T., Akiyama, K., Mase, S., Tochio, H., Ikegami, T., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
J Biol Chem. Vol. 285 ( 22 ) page： 16822-16829. 2010.5
Structure and mutagenesis studies of the C-terminal region of licensing factor Cdt1 enable the identification of key residues for binding to replicative helicase Mcm proteins. Reviewed
Jee, J., Mizuno, T., Kamada, K., Tochio, H., Chiba, Y., Yanagi, K., Yasuda, G., Hiroaki, H., Hanaoka, F., and Shirakawa, M.
J Biol Chem. Vol. 285 ( 21 ) page： 15931-15940. 2010.5
Unusual thermal disassembly of the SPFH domain oligomer from Pyrococcus horikoshii. Reviewed
Kuwahara, Y., Unzai, S., Nagata, T., Hiroaki, Y., Yokoyama, H., Matsui, I., Ikegami, T., Fujiyoshi, Y., and Hiroaki, H.
Biophys J. Vol. 97 ( 7 ) page： 2034-2043. 2009.10
Structural basis for the multiple interactions of the MyD88 TIR domain in TLR4 signaling. Reviewed
Ohnishi, H., Tochio, H., Kato, Z., Orii, K. E., Li, A., Kimura, T., Hiroaki, H., Kondo, N., and Shirakawa, M.
Proc Natl Acad Sci U S A. Vol. 106 ( 25 ) page： 10260-10265. 2009.6
High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells. Reviewed
Inomata, K., Ohno, A., Tochio, H., Isogai, S., Tenno, T., Nakase, I., Takeuchi, T., Futaki, S., Ito, Y., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
Nature. Vol. 458 ( 7234 ) page： 106-109. 2009.3
The solution structure of the C-terminal domain of NfeD reveals a novel membrane-anchored OB-fold. Reviewed
Kuwahara, Y., Ohno, A., Morii, T., Yokoyama, H., Matsui, I., Tochio, H., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
Protein Sci. Vol. 17 ( 11 ) page： 1915-1924. 2008.11
Intracellular protein delivery activity of peptides derived from insulin-like growth factor binding proteins 3 and 5. Reviewed
Goda, N., Tenno, T., Inomata, K., Shirakawa, M., Tanaka, T., and Hiroaki, H.
Exp Cell Res. Vol. 314 ( 13 ) page： 2352-2361. 2008.8
DNA damage-induced ubiquitylation of RFC2 subunit of replication factor C complex. Reviewed
Tomida, J., Masuda, Y., Hiroaki, H., Ishikawa, T., Song, I., Tsurimoto, T., Tateishi, S., Shiomi, T., Kamei, Y., Kim, J., Kamiya, K., Vaziri, C., Ohmori, H., and Todo, T.
J Biol Chem. Vol. 283 ( 14 ) page： 9071-9079. 2008.4
Kinetic and Thermodynamic Evidence for Flipping of a Methyl-CpG Binding Domain on Methylated DNA. Reviewed
Inomata, K., Ohki, I., Tochio, H., Fujiwara, K., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
Biochemistry. Vol. 47 ( 10 ) page： 3266-3271. 2008.3
Fluoroscopic assessment of protein leakage during Xenopus oocytes in-cell NMR experiment by co-injected EGFP. Reviewed
Sakai, T., Tochio, H., Inomata, K., Sasaki, Y., Tenno, T., Tanaka, T., Kokubo, T., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
Anal Biochem. Vol. 371 ( 2 ) page： 247-249. 2007.12
LBT/PTD dual tagged vector for purification, cellular protein delivery and visualization in living cells. Reviewed
Goda, N., Tenno, T., Inomata, K., Iwaya, N., Sasaki, Y., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
Biochim Biophys Acta. Vol. 1773 ( 2 ) page： 141-146. 2007.2
Fine-tuning of protein domain boundary by minimizing potential coiled coil regions. Reviewed
Iwaya, N., Goda, N., Unzai, S., Fujiwara, K., Tanaka, T., Tomii, K., Tochio, H., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
J Biomol NMR. Vol. 37 ( 1 ) page： 53-63. 2007.1
The common phospholipid-binding activity of the N-terminal domains of PEX1 and VCP/p97. Reviewed
Shiozawa, K., Goda, N., Shimizu, T., Mizuguchi, K., Kondo, N., Shimozawa, N., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
FEBS J. Vol. 273 ( 21 ) page： 4959-4571. 2006.11
In-cell NMR spectroscopy of proteins inside Xenopus laevis oocytes. Reviewed
Sakai, T., Tochio, H., Tenno, T., Ito, Y., Kokubo, T., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
J Biomol NMR. Vol. 36 ( 3 ) page： 179-188. 2006.11
Crystal structure of SUMO-3-modified thymine-DNA glycosylase. Reviewed
Baba, D., Maita, N., Jee, J. G., Uchimura, Y., Saitoh, H., Sugasawa, K., Hanaoka, F., Tochio, H., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
J Mol Biol. Vol. 359 ( 1 ) page： 137-147. 2006.5
Optimization of size complementary of the aromatic side chain in the hydrophobic core of the designed coiled-coil. Reviewed
Sakurai, Y., Mizuno, T., Hiroaki, H., Oku, J., and Tanaka, T.
J Pept Res. Vol. 66 ( 6 ) page： 387-394. 2005.12
Crystal structure of thymine DNA glycosylase conjugated to SUMO-1. Reviewed
Baba, D., Maita, N., Jee, J. G., Uchimura, Y., Saitoh, H., Sugasawa, K., Hanaoka, F., Tochio, H., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
Nature. Vol. 435 ( 7044 ) page： 979-982. 2005.10
High thermal stability imparted by a designed tandem Arg-Trp stretch in an alpha-helical coiled coil. Reviewed
Sakurai, Y., Mizuno, T., Hiroaki, H., Gohda, K., Oku, J., and Tanaka, T.
Angew Chem Int Ed Engl. Vol. 44 ( 38 ) page： 6180-6183. 2005.9
Structural characterization of the MIT domain from human Vps4b. Reviewed
Takasu, H., Jee, J. G., Ohno, A., Goda, N., Fujiwara, K., Tochio, H., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
Biochem Biophys Res Commun. Vol. 334 ( 2 ) page： 460-465. 2005.8
Structure of the UBA domain of Dsk2p in complex with ubiquitin molecular determinants for ubiquitin recognition. Reviewed
Ohno, A., Jee, J., Fujiwara, K., Tenno, T., Goda, N., Tochio, H., Kobayashi, H., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
Structure (Camb). Vol. 13 ( 4 ) page： 521-532. 2005.4
[High-throughput construction of expression vector for protein domain analysis].
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Tanpakushitsu Kakusan Koso. Vol. 49 ( 16 ) page： 2587-2594. 2004.12
Structure of the N-terminal domain of PEX1 AAA-ATPase. Characterization of a putative adaptor-binding domain. Reviewed
Shiozawa, K., Maita, N., Tomii, K., Seto, A., Goda, N., Akiyama, Y., Shimizu, T., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
J Biol Chem. Vol. 279 ( 48 ) page： 50060-50068. 2004.11
Crystallographic characterization of the N-terminal domain of PEX1. Reviewed
Shiozawa, K., Maita, N., Tomii, K., Seto, A., Goda, N., Akiyama, Y., Shimizu, T., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. Vol. 60 ( 11 ) page： 2098-2099. 2004.11
Two-Metal Ion, Ni(II) and Cu(II), Binding alpha-Helical Coiled Coil Peptide. Reviewed
Tanaka, T., Mizuno, T., Fukui, S., Hiroaki, H., Oku, J. I., Kanaori, K., Tajima, K., and Shirakawa, M.
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Structural basis for distinct roles of Lys63- and Lys48-linked polyubiquitin chains. Reviewed
Tenno, T., Fujiwara, K., Tochio, H., Iwai, K., Morita, E. H., Hayashi, H., Murata, S., Hiroaki, H., Sato, M., Tanaka, K., and Shirakawa, M.
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High-throughput construction method for expression vector of peptides for NMR study suited for isotopic labeling. Reviewed
Tenno, T., Goda, N., Tateishi, Y., Tochio, H., Mishima, M., Hayashi, H., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.
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The PRESAT-vector: asymmetric T-vector for high-throughput screening of soluble protein domains for structural proteomics. Reviewed
Goda, N., Tenno, T., Takasu, H., Hiroaki, H., and Shirakawa, M.
Protein Sci. Vol. 13 ( 3 ) page： 652-658. 2004.3
Structure of the ubiquitin-interacting motif of S5a bound to the ubiquitin-like domain of HR23B. Reviewed
Fujiwara, K., Tenno, T., Sugasawa, K., Jee, J. G., Ohki, I., Kojima, C., Tochio, H., Hiroaki, H., Hanaoka, F., and Shirakawa, M.
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Thermodynamic study of hybridization properties of heterochiral nucleic acids. Reviewed
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1H, 13C and 15N backbone resonance assignments of the N-terminal domain of Drosophila GCM protein. Reviewed
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Phosphorylation of p47phox directs phox homology domain from SH3 domain toward phosphoinositides, leading to phagocyte NADPH oxidase activation. Reviewed
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NMR and ICP spectroscopic analysis of the DNA-binding domain of the Drosophila GCM protein reveals a novel Zn2+ -binding motif. Reviewed
Shimizu, M., Hiroaki, H., Kohda, D., Hosoya, T., Akiyama-Oda, Y., Hotta, Y., Morita, E. H., and Morikawa, K.
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The PX domain as a novel phosphoinositide- binding module. Reviewed
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Solution structure of the PX domain, a target of the SH3 domain. Reviewed
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Characterization of DNA, RNA and DNA/RNA duplexes containing an L-nucleotide.
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Design of a Heterotrimeric alpha -Helical Bundle by Hydrophobic Core Engineering. Reviewed
Kashiwada, A., Hiroaki, H., Kohda, D., Nango, M., and Tanaka, T.
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Soft metal ions, Cd(II) and Hg(II), induce triple-stranded alpha-helical assembly and folding of a de novo designed peptide in their trigonal geometries. Reviewed
Li, X., Suzuki, K., Kanaori, K., Tajima, K., Kashiwada, A., Hiroaki, H., Kohda, D., and Tanaka, T.
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A'-form RNA double helix in the single crystal structure of r(UGAGCUUCGGCUC). Reviewed
Tanaka, Y., Fujii, S., Hiroaki, H., Sakata, T., Tanaka, T., Uesugi, S., Tomita, K., and Kyogoku, Y.
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Influence of various nucleotides on the in situ crystallization of Ca2+-ATPase. Reviewed
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Metal Ion Induced Self-Assembly of a Designed Peptide into a Triple-Stranded a Helical Bundle: A Novel Metal Binding Site in the Hydrophobic Core. Reviewed
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Cloning of boar SPMI gene which is expressed specifically in seminal vesicle and codes for a sperm motility inhibitor protein. Reviewed
Iwamoto, T., Hiroaki, H., Furuichi, Y., Wada, K., Satoh, M., Satoh, M., Osada, T., and Gagnon, C.
FEBS Lett. Vol. 368 ( 3 ) page： 420-424. 1995.7
Spectroscopic Characterization of the Decadeoxynucleotide Duplex Modified with Dichloroethylene-diaminoplatinum(II). Reviewed
Urata, H., Urata, M., Akagi, M., Hiroaki, H., and Uesugi, S.
Nucleosides & Nucleotides. Vol. 13 page： 1259-1269. 1994.7
Properties Of A Hammerhead-Type Rna Enzyme-System That Consists Of 3 Rna Oligomer Strands. Reviewed
Odai, O., Hiroaki, H., Tanaka, T., and Uesugi, S.
Nucleosides & Nucleotides. Vol. 13 page： 1569-1579. 1994.7
Properties of hammerhead-type RNA enzyme derivatives which contain a G-to-I replacement in the loop region.
Uesugi, S., Kodama, H., Hiroaki, H., and Odai, O.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 27 page： 13-14. 1992
Conformational features of the four successive non-Watson-Crick base pairs in RNA duplex.
Fujii, S., Tanaka, Y., Uesugi, S., Tanaka, T., Sakata, T., and Hiroaki, H.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 27 page： 63-64. 1992
Interaction of bleomycin with deoxyribonucleic acid oligomer: proton nuclear magnetic resonance titration study using novel bleomycin complexes with Ni2+ and VO3+. Reviewed
Hiroaki, H., Nakayama, T., Ikehara, M., and Uesugi, S.
Chem Pharm Bull (Tokyo). Vol. 39 ( 11 ) page： 2780-2786. 1991.11
Conformation of 2'GMP bound to a mutant ribonuclease T1 (Y45W) determined by X-ray diffraction and NMR methods. Reviewed
Itoh, T., Tomita, K., Hakoshima, T., Hiroaki, H., Uesugi, S., Nishikawa, S., Amisaki, T., Morioka, H., Ohtsuka, E., and Ikehara, M.
J Biochem (Tokyo). Vol. 110 ( 5 ) page： 677-680. 1991.11
The molecular recognition mechanism of DNA by bleomycin.
Hiroaki, H., Uesugi, S., and Fujii, S.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 25 page： 147-148. 1991
Molecular structure of extraordinarily stable RNA: model building and X-ray analysis.
Fujii, S., Tanaka, Y., Tomita, K., Sakata, T., Hiroaki, H., Tanaka, T., and Uesugi, S.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 25 page： 181-182. 1991
Synthesis and NMR study of ribo-oligonucleotides forming a hammerhead-type RNA enzyme system. Reviewed
Odai, O., Kodama, H., Hiroaki, H., Sakata, T., Tanaka, T., and Uesugi, S.
Nucleic Acids Res. Vol. 18 ( 20 ) page： 5955-5960. 1990.10
Studies on the structure and stabilizing factor of the CUUCGG hairpin RNA using chemically synthesized oligonucleotides. Reviewed
Sakata, T., Hiroaki, H., Oda, Y., Tanaka, T., Ikehara, M., and Uesugi, S.
Nucleic Acids Res. Vol. 18 ( 13 ) page： 3831-3839. 1990.7
The role of a conserved guanosine residue in the hammerhead-type RNA enzyme. Reviewed
Odai, O., Hiroaki, H., Sakata, T., Tanaka, T., and Uesugi, S.
FEBS Lett. Vol. 267 ( 1 ) page： 150-152. 1990.7
Conformation and properties of hammerhead-type RNA enzymes.
Uesugi, S., Odai, O., Hiroaki, H., Kodama, H., Sakata, T., and Tanaka, T.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 22 page： 41-42. 1990
Base recognition mechanism of bleomycin: solution structure of d(GGGGAGCTCCCC)2 based on 1H-NMR and restrained molecular dynamics.
Hiroaki, H., Ebata, T., Uesugi, S., and Fujii, S.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 22 page： 53-54. 1990
Identification of DNA degradation products by antitumor antibiotic, esperamicin.
Ebata, T., Hiroaki, H., Uesugi, S., and Sugiura, Y.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 22 page： 19-20. 1990
A 2-deoxyribonolactone-containing nucleotide: isolation and characterization of the alkali-sensitive photoproduct of the trideoxyribonucleotide d(ApCpA). Reviewed
Urata, H., Yamamoto, K., Akagi, M., Hiroaki, H., and Uesugi, S.
Biochemistry. Vol. 28 ( 25 ) page： 9566-9569. 1989.12
Novel 1H-31P heteronuclear coherence transfer spectroscopy based on spin locking MLEV-17 and its application to signal assignment for a short DNA fragment. Reviewed
Hiroaki, H., and Uesugi, S.
FEBS Lett. Vol. 244 ( 1 ) page： 43-46. 1989.2
Synthesis and properties of RNA with catalytic activity.
Odai, O., Sakata, T., Orita, M., Hiroaki, H., Uesugi, S., and Tanaka, T.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 21 page： 105-106. 1989
NMR studies on DNA hairpin structures with a five nucleotide loop.
Uesugi, S., Oda, Y., Hiroaki, H., and Ikehara, M.
Nucleic Acids Symp Ser. Vol. 21 page： 65-66. 1989
相分離生物学の全貌（現代化学・増刊46)
廣明秀一（ Role： Contributor , 25. 天然変性タンパク質）
東京化学同人 2020.11 （ ISBN:978-4-8079-1346-6 ）
In silico創薬におけるスクリーニングの高速化・効率化技術
廣明秀一（ Role： Contributor , 第一章 第７節NMRによるin-silicoスクリーニング計算結果の検証）
技術情報協会 2018.3 （ ISBN:978-4-86104-842-5 ）
Experimental Approaches of NMR Spectroscopy
Hidekazu Hiroaki, Daisuke Kohda（ Role： Joint author , Chapter 21: Protein-ligand interactions studied by NMR）
Springer 2018.1 （ ISBN:978-981-10-5965-0 ）
領域融合レビュー Reviewed
天野剛志, 廣明秀一（ Role： Joint author , 立体構造が明らかにしたGタンパク質共役受容体の刺激受容のしくみ 2-e003）
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構, データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター 2013.3
実験医学別冊 実験ハンドブックシリーズ 改訂タンパク質実験ハンドブック 竹縄忠臣・伊藤俊樹編
廣明秀一（ Role： Contributor , 第２章 タンパク質取扱いの基礎技術（１．タンパク質の定量法、２．タンパク質の濃縮法（各種濃縮法）、３．タンパク質の透析法、４．タンパク質の保存法）、第３章 タンパク質精製法（１．タンパク質の抽出と分画、2-4. 疎水性クロマトグラフィー、４．構造研究のためのタンパク質精製前処理 NMR、X線解析に必要なタンパク質） p21-37, p49-52, p65-68, p98-102）
羊土社 2011.11
タンパク質の立体構造入門 : 基礎から構造バイオインフォマティクスへ
藤 博幸, 太田 元規, 川端 猛, 木下 賢吾, 白井 剛, 諏訪 牧子, 高田 彰二, 高橋 聡, 廣明 秀一, 真柳 浩太, 倭 剛久, 由良 敬（ Role： Joint author）
講談社 2010 （ ISBN:9784061538818 ）
分光測定入門シリーズ８ 核磁気共鳴分光法
廣明秀一（ Role： Contributor , 第一章 NMRの原理）
講談社サイエンティフィク 2009.6
バイオインフォマティクス事典 日本バイオインフォマティクス学会編
廣明秀一（ Role： Contributor , １．核磁気共鳴法 ２．X線解析 ３．生体分子の構造決定法）
共立出版 2006.5
生物薬科学実験講座 核酸I
廣明秀一, 上杉晴一（ Role： Contributor , 第一章 核酸の合成 ： ３ ＤＮＡの化学合成）
広川書店 2004.10
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開「生物情報の解析と応用」
廣明秀一（ Role： Contributor , 第二編プロテオミクス・第三節２ NMRによる構造解析のハイスループット化）
エヌティーエス 2004.5
分子生物学イラストレイテッド・改訂第２版
渡邊 太一, 廣明 秀一, 白川 昌宏（ Role： Contributor , 第8章 分子生物学の新領域 １．構造生物学）
羊土社 2002.6
グリチルリチンとタイト結合裏打ちタンパク質ZO1-PDZ1ドメインとの結合解析
日比野絵美、久田美咲、合田名都子、天野剛志、廣明秀一
令和2年度 生物物理中部支部講演会 2021.3.31
フラボノイドによる細胞間タイト結合の可逆的・双方向制御の試み
中島美緒、久田美咲、合田名都子、天野剛志、小竹彩香、猪爪優子、亀岡郁夫、廣明秀一
日本薬学会第141年会 2021.3.29
グリチルリチンのタイト結合裏打ちタンパク質ZO1 PDZ1ドメインへの結合構造の解析
日比野絵美、久田美咲、合田名都子、天野剛志、廣明秀一
日本薬学会第141年会 2021.3.28
医薬品吸収促進とバリア強化に応用可能なタイトジャンクション制御技術
廣明秀一
第２回ファーマラボEXPO東京 アカデミックフォーラム 2020.11.25
植物フラボノイド成分による上皮バリア機能制御の分子機構
廣明秀一
第１回化粧品開発展（大阪）内アカデミックフォーラム 2020.9.9
低分子化合物によるタイトジャンクションの制御
天野剛志, 野田 翔太, 中倉 由香子, 合田 名都子,廣明 秀一
第136回日本薬学会年会
化学シフト温度依存性に着目した天然変性タンパク質領域の同定法
岡崎寛貴、松尾直紀、天野剛志、廣明秀一
201５年度⽣物物物理学会中部⽀部講演会
HFIP中におけるβアミロイド(1-42)ペプチドの二量体形成
重光佳基、岩谷奈央子、天野剛志、合田名都子、松崎瑞季、成田哲博、星美奈子、廣明秀一
201５年度⽣物物物理学会中部⽀部講演会
医療応用を志向したタンパク質・細胞の凍結保護剤
廣明秀一
第２回メディカルメッセ（【同時開催】中部地区 医療・バイオ系シーズ発表会）
タイトジャンクションを制御する低分子化合物の探索と応用
廣明秀一・天野剛志
第２回メディカルメッセ（【同時開催】中部地区 医療・バイオ系シーズ発表会）
Structure and molecular mechanism of the microtubule severing enzyme using NMR. International conference
PACIFICHEM 2015
Use of principal component analysis of 1H-15N NMR spectra of amyloid-beta(1-42) peptide for characterization of fibril formation inhibitors. International conference
PACIFICHEM 2015
タイトジャンクションの形成制御に関わるZO-1、LNX-1 PDZドメインのクローディンとの相互作用解析
天野-合田名都子、中倉由香子、秋吉由佳里、天野剛志、廣明秀一
BMB2015・第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
LNX-PDZ domain結合化合物NPL3007はタイト結合機能や細胞移動に影響を与える
三上 翔平、矢藤 まり、野田 翔太、廣明 秀一、伊藤 素行
BMB2015・第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
低分子化合物を使ったタイトジャンクションの調節
天野 剛志、野田 翔太、中倉 由香子、合田 名都子、廣明 秀一
BMB2015・第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
遺伝子修復因子FANCMの天然変性領域とRNase H1の相互作用の意義
清水 沙紀、合田 名都子、山上 健、石野 園子、石野 良純、兒玉 哲也、廣明 秀一
BMB2015・第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
ARHGEF11を介したZO-1 ZU5ドメインによるRhoAシグナル調節機構の解析
石原 将、天野 剛志、谷口 諒、廣明 秀一
BMB2015・第38回日本分子生物学会・第88回日本生化学会合同大会
セレノメチレン架橋型ピリミジンヌクレオシドで修飾したアンチセンス分子
兒玉哲也， 百相義大， 森廣邦彦， 廣明秀一， 小比賀 聡
日本核酸医薬学会第1回年会
赤血球によるオリゴ核酸送達を期待したヘモグロビン親和性化合物結合型オリゴ核酸の合成と評価
近田達哉、廣明秀一、兒玉哲也
日本核酸医薬学会第1回年会
NMRデータベースBioMagResBankの統合的拡張と公開
小林直宏, 横地政史, 岩田武史, 本野千恵, 廣明秀一, 児嶋長次郎, 藤原敏道
Abstr Annu Meet NMR Soc Jpn
重光佳基, 岩谷奈央子, 岩谷奈央子, 天野剛志, 天野剛志, 合田名都子, 松崎瑞季, 成田哲博, 星美奈子, 廣明秀一, 廣明秀一
Abstr Annu Meet NMR Soc Jpn
Cryoprotective Activity in Human Genome-derived Intrinsically Disordered Proteins and Their Pharmaceutical Applications Invited International conference
βアミロイド(1‐42)ペプチドはHFIP中で二量体を形成する
重光佳基, 岩谷奈央子, 合田名都子, 松崎瑞希, 天野剛志, 成田哲博, 星美奈子, 廣明秀一
第15回日本蛋白質科学会年会
清水沙紀, 合田名都子, 山上健, 石野園子, 石野良純, 廣明秀一
第15回日本蛋白質科学会年会
松尾直紀, 合田(天野)名都子, 清水佳奈, 福地佐斗志, 太田元規, 廣明秀一
第15回日本蛋白質科学会年会
PDZドメインをターゲットとしたタイトジャンクション制御化合物の探索
野田翔太, 天野剛志, 中倉由香子, 合田名都子, 廣明秀一
第15回日本蛋白質科学会年会
3’,5’位間に架橋構造を導入した2’‐5’結合人工核酸の合成研究
牧野亜衣, 廣明秀一, 兒玉哲也
日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)
タイトジャンクションの形成制御に関わるZO‐1,LNX‐1PDZドメインのクローディンとの相互作用解析
天野(合田)名都子, 中倉由香子, 秋吉由佳里, 天野剛志, 廣明秀一, 廣明秀一, 廣明秀一
日本生化学会大会(Web)
ARHGEF11を介したZO‐1ZU5ドメインによるRhoAシグナル調節機構の解析
石原将, 天野剛志, 谷口諒, 廣明秀一
日本生化学会大会(Web)
守屋彩子, 廣明秀一, 兒玉哲也
日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)
天野剛志, 野田翔太, 中倉由香子, 合田名都子, 廣明秀一, 廣明秀一
日本生化学会大会(Web)
百相義大, 武田修一, 松本友治, 廣明秀一, 小比賀聡, 兒玉哲也
日本薬学会年会要旨集(CD-ROM)
遺伝子修復因子FANCMの天然変性領域とRNase H1の相互作用の意義
清水沙紀, 合田名都子, 山上健, 石野園子, 石野良純, 兒玉哲也, 廣明秀一
日本生化学会大会(Web)
LNX‐PDZ domain結合化合物NPL3007はタイト結合機能や細胞移動に影響を与える
三上翔平, 矢藤まり, 野田翔太, 廣明秀一, 廣明秀一, 伊藤素行
日本生化学会大会(Web)
重光佳基, 岩谷奈央子, 天野剛志, 合田名都子, 松崎瑞季, 成田哲博, 星美奈子, 廣明秀一
Abstr Annu Meet NMR Soc Jpn
天然変性タンパク質と低分子のNMR滴定実験における主成分分析の利用
岩谷奈央子, 重光佳基, 天野剛志, 合田名都子, 松崎瑞希, 成田哲博, 阿部義人, 星美奈子, 廣明秀一
Abstr Annu Meet NMR Soc Jpn
Structural and functional analyses of the PDZ domains that regulate intercellular adhesion machinery
Yukari Akiyoshi, Natsuko Goda, Kaori Satomura, Yoshitaka Umetsu, Hirotaka Narita, Mamoru Suzuki, Takeshi Tenno, Daizo Hamada, Yoshie Fujiwara, Atsushi Nakagawa, Mikio Furuse, Hidekazu Hiroaki
創薬標的としてのAAA-ATPaseとNMR構造生物学
廣明秀一
第一回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会シンポジウム:構造生物学・医学・論理的創薬の拠点構築を目指して
Structural and functional analyses of human stomatin SPFH domain
Shunsuke Goto, Tomoyuki Tsuruta, Natsuko Goda, Yoshitaka Umetsu, Naoko Iwaya, Yohta Kuwahara, Takeshi Tenno, Hidekazu Hiroaki
High-throughput construction of protein expression vector using PRESAT-vector
Natsuko Goda, Takeshi Tenno, Hidekazu Hiroaki
Effect of Ca2+ on the microtubule-severing enzyme p60-katanin
Naoko Iwaya, Natsuko Goda, Takeshi Tenno, Daizo Hamada, Teikichi Ikura, Masahiro Shirakawa, Hidekazu Hiroaki
細胞間接着装置タイトジャンクションの抑制(分解)因子LNX1のPDZドメインの構造解析
秋吉 由佳里、天野 剛志、中川 敦史、鈴木 守、古瀬 幹夫、廣明 秀一
平成23年度ターゲットタンパク研究プログラム公開シンポジウム 『ターゲットタンパク研究プログラムから見える未来５』
遺伝⼦修復因⼦Hef と核⼩体タンパク質 ヌクレオリンに含まれる天然変性領域の解析
廣明秀一
新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第二回公開シンポジウム
自己切断プロテアーゼを用いた天然変性タンパク質の調製
合田 名都子、天野 剛志、廣明 秀一
新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第二回公開シンポジウム
細胞間接着装置タイトジャンクションの抑制(分解)因子LNX1のPDZドメインの構造解析
秋吉 由佳里、天野 剛志、中川 敦史、鈴木 守、古瀬 幹夫、廣明 秀一
平成２３年度ターゲットタンパク研究プログラム成果報告会
A hypothesis of membrane skeleton : Are SPFH-domain proteins membrane scaffolding proteins ? International conference
Hidekazu Hiroaki
Kobe University-University of Washington Joint Symposium on Integrative Membrane Biology and Signal Transduction Medicine
The interaction between optineurin and polyubiquitin chains makes foci around Golgi apparatus.
Takeshi Tenno, Hiroya Ichikawa, Takahisa Ikegami, Hidekazu Hiroaki
Preparation of intrinnsically disordered protein by using auto-cleavage protease
Natsuko Goda, Takeshi Tenno, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Hidekazu Hiroaki
核小体に局在するAAA ATPase, NVL2のN末端ドメインの解析
藤原芳江、合田名都子、岩谷奈央子、天野剛志、白川昌宏、廣明秀一
第３４回日本分子生物学学会年会
大腸菌pCold-GSTシステムを用いたG蛋白質共役型受容体N末端細胞外ドメインの可溶性画分への発現
片岡沙織、林こころ、天野剛志、廣明秀一、藤原敏道、児島長次郎
第３４回日本分子生物学学会年会
LBT/CPP-Dual tagタンパク質発現ベクターの開発とCPP配列の細胞内取込み機構の解析
天野剛志、合田名都子、坂越廣之、廣明秀一
JST/CREST生命現象の解明と応用に資する新しい計測・分析基盤技術シンポジウム「新しい計測で生命に迫る」
ネクチン３のC末端配列と結合したアファディンPDZドメインの構造解析
藤原芳江、合田名都子、里村香織、成田宏隆、中川敦史、高井義美、匂坂敏朗、鈴木守、廣明秀一
平成23年度日本結晶学会年会
Contribution of NMR studies to constructing SAHG, a database of predicted protein structures from human genome.
Hidekazu Hiroaki, Natsuko Goda, Takeshi Tenno, Chieko Motono, Kentaro Tomii, Kana Shimizu, Kengo Kinoshita, Motonori Ota
SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins, and structure prediction pipeline for eukaryotic proteins.
Chie Motono, Junichi Nakata, Ryotaro Koike, Kana Shimizu, Matsuyuki Shirota, Takayuki Amemiya, Kentaro Tomii, Nozomi Nagano, Naofumi Sakaya, Kiyotaka Misoo, Miwa Sato, Akinori Kidera, Hidekazu Hiroaki, Tsuyoshi Shirai, Kengo Kinoshita, Tamotsu Noguchi, Motonori Ota
Structure and Function of the Two N-Terminal Domains of AAA-ATPases, p60 Katanin and Nuclear Valosin Containing Protein Like 2 (NVL2) International conference
Hidekazu Hiroaki
9th International Conference on AAA proteins
NMR Analysis of the Toxic Abeta High Molecular Weight Oligomer
Hidekazu Hiroaki
NMRを利用した創薬支援研究の現状と未来--“偶発的”なタンパク質・薬剤相互作用の構造生物学
廣明 秀一
2011 名大サマーセミナー（メディシナルサイエンスの未来）
計測科学研究室のあゆみ
杤尾 豪人、廣明 秀一、白川昌宏
横浜市立大学鶴見キャンパス 開設10周年記念講演会 生命科学の未来-横浜市立大学鶴見キャンパス10周年を記念して-
NMRの原理 1D/2D-NMR
廣明 秀一
2011年 日本分光学会NMR講習会
Mechanism of mature neuron-specific toxicity induced by high-mass amyloid β-protein assembly with a unique toxic structure International conference
Minako Hoshi, Takayuki Ohnishi, Masafumi Inoue, Hidekazu Hiroaki, Yo-ichi Nabeshima, Akiyoshi Kakita
Alzheimer's Association International Conference 2011
タンパク質1H-15N 二次元NMRの徹底理解 （理想的でない試料のスペクトルを中心に）
廣明 秀一
第12回若手NMR研究会
Sample preparation for the structural characterization of soluble Abeta oligomer, amylospheroid
Yoshitaka Umetsu, Takeshi Tenno, Natsuko Goda, Yo-ichi Nabeshima, Minako Hoshi, Hidekazu Hiroaki
Screening of "druggable" PDZ domains by SAHG (Structural Atlas of Human Proteins) database
Takeshi Tenno, Natsuko Goda, Naoko Iwaya, Hidekazu Hiroaki, Kengo, Kinoshita, Motonori Ota
Structural and functional analyses of LNX1 regulating intercellular adhesion machinery
Yukari Akiyoshi 1, Natsuko Goda 1, Hirotaka Narita 2, Mamoru Suzuki 2, Takeshi Tenno 1, Daizo Hamada 13, Yoshie Fujiwara 13, Atsushi Nakagawa 3, Mikio Furuse 134, Hidekazu Hiroaki
Structural difference of vasoactive intestinal peptide in two distinct membrane mimicking environments
Yoshitaka Umetsu, Takeshi Tenno, Natsuko Goda, Masahiro Shirakawa, Takahisa Ikegami, Hidekazu Hiroaki
揺らいだ試料/IDP測定に特化したNMR講座１ ～スペクトルの見方、考え方～
廣明 秀一
新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識と機能発現」第二回若手育成講習会
タンパク質の溶液NMR、基礎の基礎（HSQCの見方）
廣明 秀一
新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識と機能発現」第二回若手育成講習会
Crystal structure of PDZ domain from LNX1, a negative regulator of tight junction
Yukari Akiyoshi, Hirotaka Narita, Atsushi Nakagwa, Mamoru Suzuki, Mikio Furuse, Hidekazu Hiroaki
Building a database for intrinsically disordered proteins
Satoshi Fukuchi,Yukiko Nobe, Seiko Murakami, Tomoko Sato, Shigeaki Sakamoto, Hidekazu Hiroaki, Motonori Ota
Structure determination of afadin PDZ domain complexed with nectin-3 C-terminus.
Yoshie Fujiwara, Natsuko Goda, Kaori Satomura, Hirotaka Narita, Atsushi Nakagawa, Toshiaki Sakisaka, Mamoru Suzuki, Hidekazu Hiroaki
Structure, function and microvesiculation of SPFH domain proteins from hyperthermophile Pyrococcus horikosii
Ikuo Matsui,Yohta Kuwahara,Eriko Matsui,Hideshi Yokoyama
Structural and functional analyses of ubiquitin-binding Zn2+ domain in NF-kappa B signaling pathway
Takeshi Tenno,Hiroya Ichikawa,Takahisa Ikegami,Hidekazu Hiroaki
Structure and function of the N-terminal nucleolin binding domain of nuclear valocine containing protein like 2 (NVL2)
Yoshie Fujiwara, Ken-ichiro Fujiwara, Natsuko Goda, Naoko Iwaya, Takeshi Tenno, Masahiro Shirakawa, Hidekazu Hiroaki
Structure determination of nectin-afadin complex, a key component in cell-cell junction machineries.
Yoshie Fujiwara,Kaori Satomura,Hidekazu Hiroaki,Hirotaka Narita,Atsushi Nakagawa,Mamoru Suzuki
X-ray crystallography of PDZ domains from LNX1, an E3 ubiquitin ligase regulating intercellular adhesion machinery.
Yukari Akiyoshi, Hirotaka Narita, Natsuko Goda, Kaori Satomura, Yoshie Fujiwara, Atsushi Nakagwa, Mamoru Suzuki, Mikio Furuse, Hidekazu Hiroaki
Understanding SOFAST-HMQC and BEST-HNCA, a useful NMR techniques for chemical biology
Hidekazu Hiroaki
NMR study of a highly toxic Ab peptide oligomer (amylospheroid) and other Ab oligomers. International conference
Hidekazu Hiroaki, Yoshitaka Umetsu, Natsuko Goda, Takeshi Tenno, Daizo Hamada, Yoichi Nabeshima, Minako Hoshi.
International Conference of Magnetic Resonance in Biological Systems XXIV
A common mechanism of katanin p60 and Vps4 governs cytoskeleton and membrane skeleton disassembly.
Hidekazu Hiroaki
Extensive search for crystallization condition of afadin PDZ domain
Yoshie Fujiwara, Natsuko Goda, Kaori Satomura, Toshiaki Sakisaka, Mamoru Suzuki, Hidekazu Hiroaki
天然変性タンパク質データベースの構築
福地 佐斗志、梅嵜 雅人、野辺 由紀子、村上 聖子、佐藤 智子、坂本 盛宇、廣明 秀一、太田 元規
第10回日本蛋白質科学会年会
ドメイン構造に基づいたＡＡＡ - ＡＴＰａｓｅの分類と機能メカニズムの予測
廣明 秀一、藤原 芳江、岩谷 奈央子、合田(天野） 名都子、池上 貴久、白川 昌宏
第10回日本蛋白質科学会年会
ヒトゲノム構造・機能アノテーションデータベースSAHG(Structurral Atlas of Human Genome)の構築
本野 千恵、中田 淳一、清水 佳奈、富井 健太郎、長野 希美、野口 保、廣明 秀一、雨宮 崇之、城田 松之、小池 亮太郎、白井 剛、木下 賢吾、太田 元規
第10回日本蛋白質科学会年会
In-Cell NMRを用いた蛋白質の相互作用解析に向けて
猪俣 晃介、真板 綾子、村山 秀平、磯貝 信、天野 剛志、二木 史朗、伊藤 隆、廣明 秀一、杤尾 豪人、白川 昌宏
第10回日本蛋白質科学会年会
細胞間接着装置の制御に関わるE3酵素LNX1由来PDZドメインのX線構造解析
秋吉 由佳里、成田 宏隆、合田(天野） 名都子、里村 香織、藤原 芳江、中川 敦史、鈴木 守、古瀬 幹夫、廣明 秀一
第10回日本蛋白質科学会年会
微小管動態を制御する蛋白質katanin p60の構造生物学的研究
岩谷奈央子、藤原芳江、合田(天野）名都子、天野剛志、白川昌宏、廣明秀一
第57回日本生化学会近畿支部例会
A search for low molecular weight compounds that control intracellular adhesion machinery tight junction
Hidekazu Hiroaki,Kaori Satomura,Natsuko Goda,Shogo Mase,Takahisa Ikegami,Mikio Furuse
細胞接着装置構成タンパク質の構造生物学的研究-ZO1-PDZ1を標的としたケミカルバイオロジー
廣明 秀一
平成21年度ターゲットタンパク研究プログラム公開シンポジウム
細胞接着装置構成タンパク質の構造生物学的研究-ZO1-PDZ1を標的としたケミカルバイオロジー
廣明 秀一
ターゲットタンパク研究プログラム基本生命WG班会議
Design of an experimental system for assessing intrinsically unstructured proteins with the PRESAT-vector cloning
Natsuko Goda, Kana Shimizu, Yohta Kuwahara, Takeshi Tenno, Takahisa Ikegami, Motonori Ota, Hidekazu Hiroaki
Search for compounds that modulate tight-junction activity: structural biology and computational approaches
Shogo Mase, Kaori Satomura, Natsuko Goda, Yukari Akiyoshi, Takeshi Tenno, Mikio Furuse, Hidekazu Hiroaki
ドメイン構造から理解するＡＡＡ - ＡＴＰａｓｅの機能分担
廣明 秀一
京都大学低温物質科学研究センター 第8回講演会・研究交流会「構造生物学の現状と未来」
ユビキチン結合型ジンクフィンガードメインの構造・機能解析
天野 剛志、市川 大哉、廣明 秀一
第２回神戸大学バイオサイエンス・若手研究者交流会
NMRの原理
廣明 秀一
分光学会第45回夏期セミナー
Stuructural and functional analysis of the N-terminal domain of Nuclear VCP-like Protein, NVL2
Yoshie Fujiwara, Natsuko Goda, Naoko Iwaya. Masahiro Shirakawa, Hidekazu Hiroaki
Innovative Nanoscience of Supermolecular Motor Proteins Working in Biomembranes
Structural ans functional analysis for ZU5 domain of tight junction protein ZO-1
Takeshi Tenno, Kaori Satomura, Natsuko Goda, Mikio Furuse, Hirdekazu Hiroaki
基礎から理解する溶液NMRの最新技術
廣明 秀一
第48回NMR討論会
A method for systematic assessment of intrinsically unstructured proteins and protein regions by NMR
Natsuko Goda, Kana Shimizu, Yohta Kuwahara, Tamotsu Noguchi, Takahisa Ikegami, Motonori Ota, Hidekazu Hiroaki
核に存在するVCP様タンパク質、NVL2のN末端ドメインの解析
藤原 芳江、岩谷 奈央子、藤原 健一朗、白川 昌宏、廣明 秀一
第56回日本生化学会近畿支部例会
Unsusual thermal disassembly of the SPFH domain oligomer from Pyrococcus horikoshii
Yohta Kuwahara, Satoru Unzai, Takashi Nagata, Takahisa Ikegami, Yoko Hiroaki, Yoshinori Fujiyoshi, Hidekazu Hiroaki
Stuructural and functional analysis of the N-terminal domain of Nuclear VCP-like Protein, NVL2
Yoshie Fujiwara, Naoko Iwaya. Kenichiro Fujiwara, Masahiro Shirakawa, Hidekazu Hiroaki
核に存在するVCP様蛋白質、NVL2のN末端ドメインの構造・機能解析
藤原 芳江、藤原 健一朗、合田（天野） 名都子、岩谷 奈央子、天野 剛志、白川 昌宏、廣明 秀一
第２回神戸大学バイオサイエンス・若手研究者交流会
Development of LBT/PTD-deual-tagged protein expression vector system, and its application for study of cellular uptake mechanisms
Takeshi Tenno, Natsuko Goda, Hidekazu Hiroaki
Unsusual thermal disassembly of the SPFH domain oligomer from Pyrococcus horikoshii Stomatin PH0470
Hidekazu Hiroaki
Structural and Dynamic Properties of the peptide derived from IGFBP3 and IGFBP5 by NMR.
Hiroyuki Sakakoshi, Natsuko Goda, Takeshi Tenno, Takahisa Ikegami, Hidekazu Hiroaki
In-Cell NMR法による真核細胞内におけるタンパク質－タンパク質およびタンパク質－低分子薬剤間相互作用の観察への試み
猪股 晃介、大野 綾子、杤尾 豪人、磯貝 信、天野 剛志、中瀬 生彦、竹内 敏秀、二木 史朗、伊藤 隆、廣明 秀一、白川昌宏
第47回NMR討論会
Structural basis of mechanisms on micotubule severing by Katanin p60
Yoshie Fujiwara, Yohta Kuwahara, Naoko Iwaya, Kohei Akiyama, Natsuko Goda, Hidekazu Hiroaki
In-Cell NMR法による真核細胞内におけるタンパク質－タンパク質およびタンパク質－低分子薬剤間相互作用の観察への試み
猪股 晃介、大野 綾子、杤尾 豪人、磯貝 信、天野 剛志、中瀬 生彦、竹内 敏秀、二木 史朗、伊藤 隆、廣明 秀一、白川昌宏
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
NMRによるVPAC2細胞外ドメインのリガンド認識機構の解析
天野 剛志、岩田 麻知子、合田（天野） 名都子、池上 貴久、廣明 秀一
第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
A method for high-throughput construction of bacterial protein expression vector and its application for cell biology. International conference
廣明 秀一、合田(天野） 名都子、天野 剛志、田中 俊樹、白川 昌宏
細胞接着装置の細胞質因子の相互作用ネットワーク の構造生物学的解析
廣明 秀一、里村 香織、藤原 芳江、天野 名都子、天野 剛志
平成20年度ターゲットタンパク研究プログラム公開シンポジウム
蛋白質立体構造決定の現場においてなぜバイオインフォマティクスが必要か？
廣明 秀一
第73神戸バイオサイエンス研究会
Intracellular protein delivery activity of peptide derived from IGFBP3 and IGFBP5, and the detection by LBT.
Natsuko Goda, Kosuke Inomata, Takeshi Tenno, Masahiro Shirakawa, Toshiki Tanaka, Hidekazu Hiroaki
NMRによる速いH/D交換速度の新しい測定法と、蛋白質機能解析への応用
廣明 秀一
第７回日本蛋白質科学会年会
Structure and function of the MIT-domain variant isolated from katanin p60, a microtubule severing enzyme. International conference
Naoko Iwaya, Kouhei Akiyama, Satoru Unzai, Kentaro Tomii, Natsuko Goda, Hidehito Tochio, Masahiro Shirakawa, Hidekazu Hiroaki
FEBS Workshop "The Biology of Modular Protein Domains"
NMRによる速いH/D交換測定を用いたタンパク質立体構造転移の検出
廣明 秀一
日本生物物理学会第４５回年会
NMRによる超好熱菌Pyrococcus horikoshii由来膜タンパク質PH0470 SPFHドメインの構造機能解析
桑原 陽太、雲財悟、永田崇、横山英志、松井郁夫、廣明秀一
第３０回分子生物学会年会・第８０回生化学会大会
新規ペプチドタグを用いた細胞へのタンパク質導入と検出法
合田（天野）名都子、天野剛志、猪股晃介、白川昌宏、田中俊樹、廣明秀一
第３０回分子生物学会年会・第８０回生化学会大会
NMRによるVIP受容体細胞外ドメインのリガンド認識機構の解析
天野剛志、岩田麻知子、合田（天野）名都子、廣明秀一
第３０回分子生物学会年会・第８０回生化学会大会
A common molecular architecture involved in membrane budding and microtubule severing
Hidekazu Hiroaki
疾病に関連する細胞膜結合タンパク質の構造生物学
廣明 秀一
第３回血液免疫ネットワーク in 金沢
Computational and experimental approaches to protein interactions and complexes
Hidekazu Hiroaki
The Solution structure of the C-terminal domain of NfeD reveals a novel membrane-anchored OB-fold. International conference
Yohta Kuwahara, Ayako Ohno, Taichi Morii, Natsuko Goda, Hideshi Yokoyama, Ikuo Matsui, Masahiro Shirakawa ,Hidekazu Hiroaki
FEBS Workshop "The Biology of Modular Protein Domains"
新規蛍光標識タグLBTの利用と細胞膜透過ペプチドの探索
廣明 秀一
第３回神戸大学医学シーズフォーラム
エンドサイトーシスと膜構造変換に関連したタンパク質ドメインの構造生物学
廣明 秀一
神戸大学グローバルCOE第一回研究討論会
構造生物学の現場になぜバイオインフォマティクスが必要か
廣明 秀一
バイオインフォマティクス推進事業シンポジウム・長浜バイオインフォ祭
認知症・タウオパチーの根本治療を志向した微小管切断酵素阻害の探索
2013.4 - 2014.3
研究成果展開事業 研究成果最適展開支援プログラム(A-STEP)
Grant type：Competitive
解析拠点相関構造解析業務相関構造解析 蛋白質動態変化に特化した分子間相互作用のNMR検出技術
2012.11 - 2015.3
創薬等支援技術基盤プラットフォーム補助金
Grant type：Competitive
ESCRT-III経路の活性化に着目したPD・AD根本治療法開発の基盤
2012.10 - 2014.9
平成２４年度調査研究助成
Grant type：Competitive
細胞接着装置タイトジャンクションを制御する低分子シード化合物探索
2012.10 - 2013.9
研究成果展開事業 研究成果最適展開支援プログラム(A-STEP)
Grant type：Competitive
ヌクレオリンによる核酸医薬のガン細胞特異的シャトル機構の解明
2011 - 2013
科学研究費助成事業
Grant type：Competitive
ヌクレオリンは核小体に局在する蛋白質として知られるが、近年の研究で核質・細胞質・細胞表面にも存在していることが明らかになっている。細胞表面のヌクレオリンはウイルスの分子標的など、リガンド受容体として機能し、またがん細胞のマーカーの一つである。本研究では抗がん剤として開発中の核酸医薬AS1411の、ヌクレオリンによる細胞内取り込みにおける分子認識機構を検討した。ヌクレオリンによるAS1411の認識にはRNA結合性ドメイン(RRM1～4およびGARドメイン)が関与することは既知であるが、AS1411は4本鎖構造を特徴としており、その認識機構は未知である。ドミナントに結合するドメイン解明のため、ヌクレオリン本来のドメインの連続性を維持したままドメイン分割し、一群の部分蛋白質を用意した。一方AS1411の4本鎖構造はこれまで、主に2本のDNA鎖によって形成されていると考えられてきたが、アニール条件により単独鎖由来の4本鎖構造も含む、分取可能な複数のピーク
Synthetic and Structural Biology Approach for Understanding Mechanism of AAA-ATPase
2010 - 2012
Grants-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
ランタニド結合配列を用いたエンドソーム・マクロピノソームの可視化
2007 - 2008
科学研究費助成事業
Grant type：Competitive
本研究の目的は(1)わずか17アミノ酸残基の蛍光標識タグであるランタニド結合タグ(LBT)を用いた細胞生物学研究に適したバイオイメージング技術を確立すること、(2)とくにマクロピノサイトーシスやエンドソームのリサイクル現象を可視化すること、(3)新規のタンパク質細胞内導入ドメイン(PTD)を単離すること、の3点である。これらについて以下の成果を得た。●哺乳動物細胞での遺伝子発現ベクターpCDNA3.1にクローニングされた遺伝子に、LBTタグを付加して培養細胞でのタンパク質の発現を確認した。マクロピノサイトーシス時の細胞骨格の再構成の可視化に向けて、別途GFP-tubulinの安定発現細胞株の樹立を行った。LBTで可視化した別の細胞骨格・エンドソーム関連因子との二重染色の実験は現在進行中である。●ヒトの蛋白質由来の新規PTD配列2種(IGFBP-3/IGFBP-5)を単離同定し、その細胞内導入の経路がHIV-TATと同様のヘパリン依存的マクロピノサイトーシス経路であることを明らかにした(Exp.C
Molecular basis of the adaptor domains from AAA-ATPases for locating organelles.
2004 - 2005
Grants-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
Structural study of signal transduction by membrane receptors through protein-protein interactions
2003 - 2008
Grants-in-Aid for Scientific Research
Grant type：Competitive
ヒトホスホリパーゼDのドメイン解剖学による細胞シグナル伝達機構の研究
2002 - 2003
科学研究費補助金(若手研究(B))
Grant type：Competitive
本研究は、ヒトホスホリパーゼD(PLD)と代謝産物ホスファチジン酸(PA)のシグナル伝達機構を、構造生物学的に解明することが最終的な目的である。本課題では、(1)PLDの細胞内局在や活性を制御しているN末端領域から、単独でfoldingするドメインを単離し構造解析を行うドメイン解剖学的研究、(2)PLDシグナル経路下流に存在するエフェクターを同定する目的で新規PA結合ドメインの探索、(3)両者に共通するドメイン解剖学の基盤技術の開発を行った。その結果(1)PLDのN末端に存在するPLD1-PXの発現系・巻き戻し条件を確立しNMR測定に成功した。PLD1-PXは溶解度が低く、部分的に非特異的に会合し、6割強のNMRシグナルしか観測できなかった。生化学的実験には十分な試料を得る方法が確立できた。今後、脂質結合特異性を決定する。(2)2003年にJangらによりPLD2-PXとPLCγ1-SH3の相互作用のシグナル伝達における重要性が示された。類似のドメイン間相互作用系として、PLD2-PXよりも溶解度の高いp47PXとp47SH3Cを用いて、脂質結合の変化を調べた。PI(45)P_2との結合はSH3により阻害される一方、PAとの結合は阻害されなかった(論文1)(3)新規膜結合ドメインを探索するために、それに適した発現系構築法(PRESAT-vector法)を開発し、MITドメインとPXAドメイン計9種類の発現実験を行った(論文2)。いずれもエンドソーム因子SNX中でPXに隣接して現れるドメインであり、PLD下流因子である可能性がある。現在、MITの一つにPIP結合活性があることを見出し、立体構造解析中である。(4)ドメイン解剖学的手法の基盤として、溶解度の低い蛋白質ドメインのNMR解析法を開発した。GCMをモデル試料として実証実験を行い、その完全帰属に成功した(論文3)。
ヒトホスホリパーゼDのドメイン解剖学による細胞シグナル伝達機構の研究
2002 - 2003
科学研究費助成事業
Grant type：Competitive
本研究は、ヒトホスホリパーゼD(PLD)と代謝産物ホスファチジン酸(PA)のシグナル伝達機構を、構造生物学的に解明することが最終的な目的である。本課題では、(1)PLDの細胞内局在や活性を制御しているN末端領域から、単独でfoldingするドメインを単離し構造解析を行うドメイン解剖学的研究、(2)PLDシグナル経路下流に存在するエフェクターを同定する目的で新規PA結合ドメインの探索、(3)両者に共通するドメイン解剖学の基盤技術の開発を行った。その結果(1)PLDのN末端に存在するPLD1-PXの発現系・巻き戻し条件を確立しNMR測定に成功した。PLD1-PXは溶解度が低く、部分的に非特異的に会合し、6割強のNMRシグナルしか観測できなかった。生化学的実験には十分な試料を得る方法が確立できた。今後、脂質結合特異性を決定する。(2)2003年にJangらによりPLD2-PXとPLCγ1-SH3の相互作用のシグナル伝達における重要性が示された。類似のドメイン間相互作用系として、PLD2-PXよりも溶解度の高いp47PXとp47SH3Cを
立体構造情報を活用した上皮細胞の接着と細胞形態の動的制御機構の解明
2015 - 2017
科学研究費補助金 基盤研究(B)
廣明 秀一
天然変性タンパク質の分子シールド効果を応用したタンパク質凝集抑制剤
2016.4 - 2017.3
科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究
廣明 秀一
Authorship：Principal investigator
機能未知天然変性タンパク質の細胞医療への応用
2014 - 2015
科学研究費補助金
廣明 秀一
ヌクレオリンによる核酸医薬のガン細胞特異的シャトル機構の解明
2011 - 2013
科学研究費補助金 基盤研究(C)
藤原 芳江
ヌクレオリンは核小体に局在する蛋白質として知られるが、近年の研究で核質・細胞質・細胞表面にも存在していることが明らかになっている。細胞表面のヌクレオリンはウイルスの分子標的など、リガンド受容体として機能し、またがん細胞のマーカーの一つである。本研究では抗がん剤として開発中の核酸医薬AS1411の、ヌクレオリンによる細胞内取り込みにおける分子認識機構を検討した。ヌクレオリンによるAS1411の認識にはRNA結合性ドメイン(RRM1～4およびGARドメイン)が関与することは既知であるが、AS1411は4本鎖構造を特徴としており、その認識機構は未知である。ドミナントに結合するドメイン解明のため、ヌクレオリン本来のドメインの連続性を維持したままドメイン分割し、一群の部分蛋白質を用意した。一方AS1411の4本鎖構造はこれまで、主に2本のDNA鎖によって形成されていると考えられてきたが、アニール条件により単独鎖由来の4本鎖構造も含む、分取可能な複数のピークに分離できることが報告された。そこで分取の再現性を確認し、代表的なピークも分取した。以上を用いてバンドシフトアッセイを試みたが、結合の確定的な判定は難しかった。AS1411の4本鎖構造形成は1塩基付与でも容易に影響をうけてしまうことから、BIAcore等の別手法によりヌクレオリンとの結合を今後判定する必要がある。
Synthetic and Structural Biology Approach for Understanding Mechanism of AAA-ATPase
2010 - 2012
Grant-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(C)
Development and application of a database of intrinsic protein disorder
2009 - 2013
Grant-in-Aid for Scientific Research
ランタニド結合配列を用いたエンドソーム・マクロピノソームの可視化
2007 - 2008
科学研究費補助金
廣明 秀一
本研究の目的は(1)わずか17アミノ酸残基の蛍光標識タグであるランタニド結合タグ(LBT)を用いた細胞生物学研究に適したバイオイメージング技術を確立すること、(2)とくにマクロピノサイトーシスやエンドソームのリサイクル現象を可視化すること、(3)新規のタンパク質細胞内導入ドメイン(PTD)を単離すること、の3点である。これらについて以下の成果を得た。●哺乳動物細胞での遺伝子発現ベクターpCDNA3.1にクローニングされた遺伝子に、LBTタグを付加して培養細胞でのタンパク質の発現を確認した。マクロピノサイトーシス時の細胞骨格の再構成の可視化に向けて、別途GFP-tubulinの安定発現細胞株の樹立を行った。LBTで可視化した別の細胞骨格・エンドソーム関連因子との二重染色の実験は現在進行中である。●ヒトの蛋白質由来の新規PTD配列2種(IGFBP-3/IGFBP-5)を単離同定し、その細胞内導入の経路がHIV-TATと同様のヘパリン依存的マクロピノサイトーシス経路であることを明らかにした(Exp.Cell Res.,314 2352-2361.(2008))。●IGFBP-5由来の新規PTD配列のヘパリン結合時の立体構造を調べた結果、HIV-TATと異なりa-helix構造が誘導されないことが明らかになった。この差がIGFBP由来PTDとHIV-TATの導入速度の差に関連して,いる可能性がある。●京都大学との共同研究を行い、LBT-PTD-二重タグ付きUbが活用して導入効率の向上を検定した。HIV-TAT由来PTDを用いて蛋白質導入を行い、最終的に生きたヒト細胞に15N標識した蛋白質を導入しその多次元NMRを測定するIn-cell NMRP技術の確立に貢献した(Nature458106-109(2009)).これらの研究は、おおむね研究実施計画どおりに進行しており、マクロピノサイトーシスの観察手法としてのLBT蛍光イメージング法はほぼ実用化できた。
Molecular basis of the adaptor domains from AAA-ATPases for locating organelles.
2004 - 2005
Grant-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research(C)
Propagation of Alzheimer's disease neuronal cell death by intracellular formation and secretion of abnormal aggregates
Grant number：17H04055 2017.4 - 2020.3
HOSHI Minako
Authorship：Coinvestigator(s)
Neuronal cell death in Alzheimer's disease occurs when physiologically produced amyloid β-protein (Aβ) aggregates and exerts toxicity. However, it is unclear how Aβ aggregates are formed, how cell death occurs and how lesions propagate in the brain. In this study, we focused on the Aβ aggregate termed ASPD, found by the applicants in the patient's brain, and aimed to clarify the above. As a result, it was revealed that Aβ is produced in all neuronal cells, but ASPD are produced and secreted in a certain type of neurons, bind to sodium pump NAKα3, and causes NAKα3-expressing nerve cells to degenerate. We also searched and identified a seed peptide that blocks the binding between ASPD and NAKα3, which opened the basis for drug discovery.
Application of molecular shielding effect of intrinsically disordered proteins towards development of protein stabilizers
Grant number：16K14707 2016.4 - 2018.3
HIROAKI Hidekazu
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\3770000 （ Direct Cost: \2900000 、 Indirect Cost：\870000 ）
Macromolecular crowding is the phenomenone that alters the properties of molecules in a solution when high concentrations of macromolecules (molecular crowders) are present. In a living cell, one of the most abundant molecular crowders is the protein itself. We focus on the properties of the intrinsically disordered proteins (IDPs) as a macromolecular crowder. We recently found that IDPs have cryoprotective activity against the other proteins, and we hypothesized that this cryoprotective activity was origined by IDP's molecular shileding effect. For further understanding IDP's molecular shielding effect, aggregation inhibition of IDPs in the other conditions were examined. We found that some IDPs can suppress amyloid formation of Abeta(1-42) peptide.
We have also succeeded in developing the new method to discriminate IDPs from non-IDPs using NMR signal. In detail, chemical shift temperature coefficient (CSTC) of amide protons is a good indication.
天然変性タンパク質の分子シールド効果を応用したタンパク質凝集抑制剤
2016.4 - 2017.3
科学研究費補助金
Dynamic mechanisms of regurating cell-cell junction and cell shape of epithelial cells unravelled by protein structure information
Grant number：15H04337 2015.4 - 2018.3
HIROAKI Hidekazu
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\16380000 （ Direct Cost: \12600000 、 Indirect Cost：\3780000 ）
Cell shapes and inter-cellular junctions are dynamically regulated by many scytosolic scafold proteins. Among them, we focused on the several PDZ-domain domains. We succeeded in obtaining new small chemical compounds that specifically inhibit the PDZ domains, including ZO-1-PDZ1, LNX1-PDZ2, and DVL-PDZ. These compounds are useful for chemical biology and phrmacological studies of epithelial cell homeostasis. In particular, our ZO-1-PDZ1 inhibitors are potent absorption enhancers that may improve effiacy of many existing drugs. LNX1-PDZ-inhibitors are thought to be useful for skin or intestinal barrier enhancers. DVL-PDZ inhibitors are candidates for developping anti-cancer drugs against triple negatice breast cancer.
Development of NMR drug discovery pipeline using database
Grant number：15K06970 2015.4 - 2018.3
Kobayashi Naohiro
Authorship：Collaborating Investigator(s) (not designated on Grant-in-Aid)
The three-dimensional structure encoded in the genome sequence experimentally determined is about 10% of the total, and recently there are tendencies for cases of drug discovery research using a structure prediction model. In this research project, we have constructed a drug discovery support database that links a model structure database that can be a target of nuclear magnetic resonance (NMR) research, which is lined to several external life science databases such as BMRB, a database of NMR experiment data. In the period from FY2016 to FY2017, utilizing a database, we designed an automatic analysis pipeline based on deep learning, and determined the NMR signal assignments and the solution tertiary structure required for drug discovery research using about 25% of NMR data sets. The new technology has sucessfully shortened automatic NMR analysis to about half a day.
Structural study of signal transduction by membrane receptors through protein-protein interactions
2003 - 2008
Grant-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ヒトホスホリパーゼDのドメイン解剖学による細胞シグナル伝達機構の研究
2002 - 2003
科学研究費補助金 若手研究(B)
廣明 秀一
本研究は、ヒトホスホリパーゼD(PLD)と代謝産物ホスファチジン酸(PA)のシグナル伝達機構を、構造生物学的に解明することが最終的な目的である。本課題では、(1)PLDの細胞内局在や活性を制御しているN末端領域から、単独でfoldingするドメインを単離し構造解析を行うドメイン解剖学的研究、(2)PLDシグナル経路下流に存在するエフェクターを同定する目的で新規PA結合ドメインの探索、(3)両者に共通するドメイン解剖学の基盤技術の開発を行った。その結果(1)PLDのN末端に存在するPLD1-PXの発現系・巻き戻し条件を確立しNMR測定に成功した。PLD1-PXは溶解度が低く、部分的に非特異的に会合し、6割強のNMRシグナルしか観測できなかった。生化学的実験には十分な試料を得る方法が確立できた。今後、脂質結合特異性を決定する。(2)2003年にJangらによりPLD2-PXとPLCγ1-SH3の相互作用のシグナル伝達における重要性が示された。類似のドメイン間相互作用系として、PLD2-PXよりも溶解度の高いp47PXとp47SH3Cを用いて、脂質結合の変化を調べた。PI(45)P_2との結合はSH3により阻害される一方、PAとの結合は阻害されなかった(論文1)(3)新規膜結合ドメインを探索するために、それに適した発現系構築法(PRESAT-vector法)を開発し、MITドメインとPXAドメイン計9種類の発現実験を行った(論文2)。いずれもエンドソーム因子SNX中でPXに隣接して現れるドメインであり、PLD下流因子である可能性がある。現在、MITの一つにPIP結合活性があることを見出し、立体構造解析中である。(4)ドメイン解剖学的手法の基盤として、溶解度の低い蛋白質ドメインのNMR解析法を開発した。GCMをモデル試料として実証実験を行い、その完全帰属に成功した(論文3)。
タイトジャンクションの緩和剤、該緩和剤を含む化合物の吸収促進剤、並びに、該緩和剤を有効成分として含む医薬組成物、医薬部外品組成物、化粧品組成物および食品組成物
廣明秀一、天野剛志、久田美咲
Ｗｎｔシグナル伝達系阻害剤、該阻害剤を有効成分として含む医薬組成物
廣明秀一,天野剛志,進藤麻子,高岸麻紀,堀公則
タイトジャンクション形成制御剤及び該制御剤を含む医薬組成物
廣明秀一, 天野剛志, 野田翔太、中倉由香子
タイトジャンクションの緩和剤、該緩和剤を含む薬剤吸収補助剤、及び該緩和剤を含む医薬組成物
廣明秀一, 天野剛志, 野田翔太
タンパク質凍結保存用保護剤
廣明秀一,天野名都子,松尾直紀,太田元規,岩村佳奈,福地佐斗志
Vector and utilization of the same
廣明秀一,合田名都子,天野剛志
ヒトVps4bのMITドメインと二価または三価の金属イオンの複合体の構造的特徴およびヒトVps4bのMITドメインによるホスファチジルイノシトールリン酸認識機構
高須 博敏, 廣明 秀一, 白川 昌宏
新規ベクター及びその利用
廣明 秀一, 天野 剛志, 合田 名都子
新規ベクター及びその利用
廣明 秀一, 天野 剛志, 合田 名都子
酵母DSK2のユビキチン結合ドメインとモノユビキチンとの複合体の構造的特徴および酵母DSK2のユビキチン結合ドメインによるモノユビキチン認識機構
大野 綾子, 廣明 秀一, 白川 昌宏
蛋白質の構造座標及びNMR化学シフト並びにそれらの使用
神田 大輔, 廣明 秀一, 住本 英樹
基礎生物物理学Ia
2021
生物物理学Ia
2021
先端構造科学
2021
生体構築論I
2021
Advanced Medicinal Chemistry
2021
Seminar in Structural Biology ⅠA
2021
生態構築論I
2020
先端構造科学
2020
生物物理学Ia
2020
基礎生物物理学I a
2020
創薬精密科学
2019
基礎セミナー
2019
基礎生物物理学I (a,b)
2019
生物物理学I (a)
2019
先端構造科学
2019
生物物理学I (a)
2018
基礎生物物理学I (a,b)
2018
先端構造科学
2018
先端構造科学
2017
創薬精密科学
2017
基礎生物物理学I
2017
生物物理学I
2017
生物物理学I
2016
基礎生物物理学I
2016
基盤創薬学概論
2016
創薬精密科学
2016
先端構造科学
2016
基礎生物物理学I
2015
生物物理学I
2015
基盤創薬学概論
2015
先端構造科学
2015
創薬精密科学
2015
基礎生物物理学I
2014
生物物理学I
2014
分子生物学演習I
2014
先端構造科学
2014
創薬精密科学
2014
基盤創薬学概論
2014
基盤創薬学概論
2013
基礎セミナー
2013
創薬精密科学
2013
先端構造科学
2013
分子生物学演習I
2012
生物物理学I
2012
基礎生物物理学I
2012
基盤創薬概論
2012
分子構造学特論
2021.3 - 2022.3 （Tokyo Medical and Dental University）
Level：Postgraduate
分子構造学特論
2020.4 - 2021.3 （Tokyo Medical and Dental University）
分子構造学特論
2019.4 - 2020.3 （Tokyo Medical and Dental University）
分子構造学特論
2018.4 - 2019.3 （Tokyo Medical and Dental University）
分子構造学特論
2015.4 - 2016.3 （Tokyo Medical and Dental University）
分子構造学特論
2012.4 - 2013.3 （Tokyo Medical and Dental University）
細胞分子医学特論
2011.4 - 2012.3 （Kobe University）
分子構造学特論
2014.4 - 2015.3 （Tokyo Medical and Dental University）
分子構造学特論
2013.4 - 2014.3 （Tokyo Medical and Dental University）
細胞分子医学特論
2015.4 - 2016.3 （Kobe University）
細胞分子医学特論
2013.4 - 2014.3 （Kobe University）
集中講義
2015.4 - 2016.3 （The University of Tokyo）
細胞分子医学特論
2012.4 - 2013.3 （Kobe University）
