Updated on 2022/03/25

写真a

 
KOIKE, Ryotaro
 
Organization
Graduate School of Informatics Department of Complex Systems Science 2 Assistant Professor
Graduate School
Graduate School of Informatics
Undergraduate School
School of Informatics Department of Natural Informatics
Title
Assistant Professor

Degree 1

  1. 博士(理学) ( 2003.9   京都大学 ) 

Research Areas 2

  1. Others / Others  / 構造バイオインフォマティクス

  2. Others / Others  / 計算構造生物学

Current Research Project and SDGs 1

  1. 計算機による蛋白質の構造変化解析

 

Papers 29

  1. Protein kinases phosphorylate long disordered regions in intrinsically disordered proteins. Reviewed

    Koike R, Amano M, Kaibuchi K, Ota M.

    Protein Sci.     2020.2

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/pro.3789

  2. Structural changes of homodimers in the PDB. Reviewed

    Koike R, Amemiya T, Horii T, Ota M.

    J Struct Biol.     2017.12

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/j.jsb.2017.12.004

  3. Comprehensive analysis of motions in molecular dynamics trajectories of the actin capping protein and its inhibitor complexes. Reviewed

    Koike R, Takeda S, Maeda Y, Ota M.

    Proteins     page: -   2016.7

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  4. Hierarchical description and extensive classification of protein structural changes by Motion Tree. Reviewed

    Koike R, Ota M, Kidera A.

    J Mol Biol   Vol. 426   page: 756-762   2014.2

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  5. SCPC: A method to structurally compare protein complexes. Reviewed

    Koike R, Ota M

    Bioinformatics   Vol. 28   page: 324-330   2012.2

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  6. Structural Insights into the Regulation of Actin Capping Protein by Twinfilin C-terminal Tail Reviewed

    Takeda S, Koike R, Fujiwara I, Narita A, Miyata M, Ota M, Maéda Y.

    J Mol Biol   Vol. 433 ( 9 ) page: 166891   2021.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1016/j.jmb.2021.166891

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  7. Crystal structure of human V-1 in the apo form Reviewed

    Takeda S, Koike R, Nagae T, Fujiwara I, Narita A, Maéda Y, Ota M.

    Acta Crystallogr F Struct Biol Commun   Vol. 77 ( Pt 1 ) page: 13 - 21   2021.1

     More details

    Language:Japanese   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1107/S2053230X20016829

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  8. All Atom Motion Tree detects side chain-related motions and their coupling with domain motion in proteins. Invited Reviewed

    Koike R, Ota M.

    Biophys Physicobiol.     2019.11

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.2142/biophysico.16.0_280

  9. Interface property responsible for effective interactions of protean segments: Intrinsically disordered regions that undergo disorder-to-order transitions upon binding. Reviewed

    Shaji D, Amemiya T, Koike R, Ota M.

    Biochem Biophys Res Commun.   Vol. 478   page: 123-127   2016.9

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  10. Multiple-Localization and Hub Proteins. Reviewed

    Ota M, Gonja H, Koike R, Fukuchi S.

    PLoS One   Vol. 11   page: e0156455   2016.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  11. Motion Tree Delineates Hierarchical Structure of Protein Dynamics Observed in Molecular Dynamics Simulation. Reviewed

    Moritsugu K, Koike R, Yamada K, Kato H, Kidera A.

    PLoS One   Vol. 10   page: e0131583   2015.7

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  12. Hierarchical domain-motion analysis of conformational changes in sarcoplasmic reticulum Ca2+ -ATPase. Reviewed

    Kobayashi C, Koike R, Ota M, Sugita Y.

    Proteins     page: -   2015.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  13. Domain-Motion-Enhanced (DoME) Model for Efficient Conformational Sampling of Multidomain Proteins. Reviewed

    Kobayashi C, Matsunaga Y, Koike R, Ota M, Sugita Y.

    Journal of Physical Chemistry B     page: -   2015

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  14. IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners. Reviewed

    Fukuchi S, Amemiya T, Sakamoto S, Nobe Y, Hosoda K, Kado Y, Murakami SD, Koike R, Hiroaki H, Ota M.

    Nucleic Acids Res   Vol. 42   page: D320-D325   2014.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  15. Substrate-shielding and hydrolytic reaction in hydrolases. Reviewed

    Kanematsu Y, Koike R, Amemiya T, Ota M.

    Proteins     page: -   2013.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  16. An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures. Reviewed

    Ota M, Koike R, Amemiya T, Tenno T, Romero PR, Hiroaki H, Dunker AK, Fukuchi S.

    J Struct Biol.   Vol. 181   page: 29-36   2013.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  17. Influence of structural symmetry on protein dynamics. Reviewed

    Matsunaga Y, Koike R, Ota M, Tame JR, Kidera A.

    PLoS One   Vol. 7   page: e50011   2012.11

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  18. PSCDB: a database for protein structural change upon ligand binding.

    Amemiya T, Koike R, Kidera A, Ota M.

    Nucleic Acid Res.   Vol. 40   page: D554-D558   2012.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  19. IDEAL: Intrinsically Disordered proteins with Extensive Annotations and Literature.

    Fukuchi S, Sakamoto S, Nobe Y, Murakami SD, Amemiya T, Hosoda K, Koike R, Hiroaki H, Ota M.

    Nucleic Acid Res.   Vol. 40   page: D507-D511   2012.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  20. Cover and spacer insertions: small nonhydrophobic accessories that assist protein oligomerization.

    Nishi H, Koike R, Ota M.

    Proteins   Vol. 79   page: 2372-2379   2011.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  21. Actin capping protein and its inhibitor CARMIL: how intrinsically disordered regions function.

    Takeda S, Koike R, Nitanai Y, Minakata S, Maéda Y, Ota M.

    Phys Biol   Vol. 8   page: 035005   2011.6

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  22. Classification and annotation of the relationship between protein structural change and ligand binding.

    Amemiya T, Koike R, Fuchigami S, Ikeguchi M, Kidera A.

    J Mol Biol   Vol. 408   page: 568-584   2011.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  23. SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins.

    Motono C, Nakata J, Koike R, Shimizu K, Shirota M, Amemiya T, Tomii K, Nagano N, Sakaya N, Misoo K, Sato M, Kidera A, Hiroaki H, Shirai T, Kinoshita K, Noguchi T, Ota M.

    Nucleic Acid Res.   Vol. 39   page: D487-D493   2011.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  24. Two distinct mechanisms for actin capping protein regulation--steric and allosteric inhibition. Reviewed

    Takeda S., Minakata S., Koike R., Kawahata I., Narita A., Kitazawa M., Ota M., Yamakuni T., Maéda Y. and Nitanai Y.

    PLoS Biol.   Vol. 8   page: e1000416.   2010

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  25. Alteration of oligomeric state and domain architecture is essential for functional transformation between transferase and hydrolase with the same scaffold. Reviewed

    Koike R., Kidera A. and Ota M.

    Protein Sci.   Vol. 10   page: 2060-2066   2009

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  26. Protein structural change upon ligand binding correlates with enzymatic reaction mechanism. Reviewed

    Koike R., Amemiya T., Ota M. and Kidera A.

    J. Mol. Biol.   Vol. 379   page: 397-401   2008

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  27. Probabilistic alignment detects remote homology in a pair of protein sequences without homologous sequence information. Reviewed

    Koike R., Kinoshita K. and Kidera A.

    Proteins   Vol. 66   page: 655-663   2007

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  28. Probabilistic description of protein alignments for sequences and structures. Reviewed

    Koike R., Kinoshita K. and Kidera A.

    Proteins   Vol. 56   page: 157-166   2004

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  29. Ring and zipper formation is the key to understanding the structural variety in all-beta proteins. Reviewed

    Koike R., Kinoshita K. and Kidera A.

    FEBS Lett.   Vol. 533   page: 9-13   2003

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

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Books 1

  1. Practical Guide to Life Science Databases

    Ryotaro Koike, Motonori Ota( Role: Joint author ,  Protein Structural Changes Based on Structural Comparison)

    Springer Nature  2022.1 

     More details

    Total pages:224   Responsible for pages:157-170   Language:English

    DOI: 10.1007/978-981-16-5812-9

Presentations 37

  1. Structural flexibility of actin in molecular dynamics simulation International conference

    Ryotaro Koike, Motonori Ota

    2021.12.18 

     More details

    Event date: 2021.12

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:United States  

  2. Protein kinases phosphorylate long intrinsically disordered regions of substrate proteins International conference

    Motonori Ota, Mutsuki Amano, Kozo Kaibuchi, Ryotaro Koike

    2021.12.18 

     More details

    Event date: 2021.12

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:United States  

  3. 生体発動分子ATPアーゼの構造変化と機能発現メカニズムの網羅的解析

    小池亮太郎

    第2回発動分子科学研究会  2021.12.1 

     More details

    Event date: 2021.12

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  4. Elastic network model analysis shows distinct flexibilities of capping protein bound to CARMIL or twinfilin

    Ryotaro Koike, Motonori Ota

    2021.11.25 

     More details

    Event date: 2021.11

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  5. Directed Protein-Protein Interaction Network Representing Intracellular Signaling Pathways

    Wenruo Cao, Ryotaro Koike, Motonori Ota

    2021.11.27 

     More details

    Event date: 2021.11

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  6. Structural characterization of homologous hetero-oligomers

    Kota Ito, Clara Shionyu, Yasunobu Sugimoto, Ryotaro Koike, Motonori Ota

    2021.11.25 

     More details

    Event date: 2021.11

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  7. Relationship between Length of Intrinsically Disordered Regions and Protein Function

    Haruka Tanimoto, Ryotaro Koike, Motonori Ota

    2021.11.25 

     More details

    Event date: 2021.11

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  8. 天然変性タンパク質データベース:IDEAL(@2021)

    太田 元規, 嘉戸 裕美子, 坂本 盛宇, 細田 和男, 鹿間 周子, 大安 裕美, 高木 大輔, 安保 勲人, 山口 敦子, 畠中 秀樹, 小池 亮太郎, 廣明 秀一, 福地 佐斗志

    トーゴーの日シンポジウム2021  2021.10.5 

     More details

    Event date: 2021.10

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

    DOI: 10.18908/togo2021.p027

  9. 異なる機能状態にあるアクチンの構造ゆらぎとその相関関係

    小池亮太郎,森次圭,太田元規

    第21回日本蛋白質科学会年会  2021.6.17 

     More details

    Event date: 2021.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  10. Structural flexibility of actin studied by molecular dynamics simulation

    Ryotaro Koike, Motonori Ota

     More details

    Event date: 2020.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  11. Phosphorylation on an intrinsically disordered region regulates the DNA binding activity of a transcription factor via transient interactions

     More details

    Event date: 2020.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  12. Full-atom Motion Tree detects side-chain motions and their coupling with domain motions

    Ryotaro Koike, Motonori Ota

     More details

    Event date: 2019.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  13. 全原子Motion Treeとドメイン運動に伴う側鎖の運動

    小池亮太郎,太田元規

    第19回日本蛋白質科学会年会 

     More details

    Event date: 2019.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  14. Description of structural changes by Motion Tree International conference

    Ryotaro Koike

    63rd Annual Meeting of the Biophysical Society 

     More details

    Event date: 2019.3

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Venue:The Baltimore Convention Center, Baltimore, Maryland, USA   Country:United States  

  15. リン酸化部位を含む天然変性領域

    小池亮太郎,天野睦紀,貝淵弘三,太田元規

    第18回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2018.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  16. Structural changes of homodimers in the PDB

    Ryotaro Koike

     More details

    Event date: 2017.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  17. ATPase mechanism and dynamic assembly of actin revealed by the F-form crystal structures

    Ryotaro Koike

     More details

    Event date: 2017.9

    Language:English   Presentation type:Symposium, workshop panel (nominated)  

    Country:Japan  

  18. 蛋白質複合体の相互作用面の運動

    小池亮太郎

    第17回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2017.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  19. Description of protein structural changes by full-atom Motion Tree

    Ryotaro Koike

     More details

    Event date: 2016.11

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  20. Interface property of protean segments: intrinsically disordered regions that undergo disorder-to-order transitions upon binding

    Divya Shaji, Takayuki Amemiya, Ryotaro Koike, Motonori Ota

     More details

    Event date: 2016.11

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  21. ホモ二量体における構造変化の網羅的解析から見えた蛋白質複合体に特有な運動

    小池亮太郎、雨宮崇之、堀井達哉、太田元規

    第16回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2016.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  22. Database analysis of structural changes in protein complexes

    Ryotaro Koike, Motonori Ota

     More details

    Event date: 2015.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  23. Structural and functional characterization of structural changes in homodimeric proteins

    Takayuki Amemiya, Tatsuya Horii, Ryotaro Koike, Motonori Ota

     More details

    Event date: 2015.9

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  24. Motion Tree delineates hierarchical structure of protein dynamics observed in molecular dynamics simulation

    Kei Moritsugu, Ryotaro Koike, Akinori Kidera

     More details

    Event date: 2015.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  25. Motion tree analysis of the multidrug transporter AcrB

    Tsutomu Yamane, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Satoshi Murakami, Akinori Kidera, Mitsunori Ikeguchi

     More details

    Event date: 2015.9

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  26. 動的構造に着目したCARMIL蛋白質によるキャップ蛋白質の機能阻害メカニズムの解明

    小池亮太郎、武田修一、前田雄一郎、太田元規

    第15回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2015.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  27. 蛋白質複合体構造の大規模比較から見る構造多様性

    小池亮太郎、太田元規

    第14回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2014.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  28. データベースIDEALの新機能と機能性天然変性領域の配列・構造比較

    福地佐斗志、雨宮崇之、坂本盛宇、野邉由紀子、細田和男、嘉戸裕美子、小池亮太郎、廣明秀一、太田元規

    第14回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2014.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  29. ホモ二量体タンパク質の低分子リガンド結合に伴う立体構造変化の分類

    雨宮崇之、堀井達哉、小池亮太郎、太田元規

    第14回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2014.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  30. Hierarchical description and extensive classification of protein structural changes by Motion Tree.

    Ryotaro Koike, Motonori Ota, Akinori Kidera

     More details

    Event date: 2013.10

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  31. Motion Tree を利用した capping protein の動的構造解析

    第51回日本生物物理学会 

     More details

    Event date: 2013.10

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  32. 天然変性タンパク質データベース IDEAL の機能拡張 —PPI ネットワーク

    第51回日本生物物理学会 

     More details

    Event date: 2013.10

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  33. 多剤排出トランスポーター AcrB の Motion Tree 法による解析

    第51回日本生物物理学会 

     More details

    Event date: 2013.10

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  34. CARMIL蛋白質の天然変性領域によるアロステリックなキャップ蛋白質の機能制御

    小池亮太郎、武田修一、前田雄一郎、太田元規

    第13回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2013.6

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (invited, special)  

    Country:Japan  

  35. Motion Tree 法を用いた SERCA のリガンド解離における構造変化の解析

    小林千草,小池亮太郎,太田元規,杉田有治

    第13回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2013.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  36. Structural fluctuations of capping proteins analyzed by molecular dynamics simulations.

    Ryotaro Koike, Shuichi Takeda, Maéda Yuichiro, Motonori Ota

     More details

    Event date: 2012.9

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  37. 分子動力学法によるcapping protein(CP)の動的構造の解析

    小池亮太郎、武田修一、前田雄一郎、太田元規

    第12回日本蛋白質科学会 

     More details

    Event date: 2012.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

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KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 3

  1. 生体発動分子ATPアーゼの構造変化と機能発現メカニズムの網羅的解析

    Grant number:21H00394  2021.4 - 2023.3

    科学研究費助成事業  新学術領域研究(研究領域提案型)

    小池 亮太郎

      More details

    Authorship:Principal investigator 

    Grant amount:\4680000 ( Direct Cost: \3600000 、 Indirect Cost:\1080000 )

    ATPアーゼはATPを分解することで生じるエネルギーを用いて,細胞内でさまざまな仕事を行っている.本研究ではATPアーゼがどのように仕事を実現しているのか,その分子メカニズム(構造変化)を調査する.ATPアーゼといっても細胞を変形させるものから,分子を輸送するものなど様々な種類が存在する.バイオインフォマティクスの技術を駆使し,蛋白質のデータベースを包括的にスキャンすることで,現時点で得られる限りのATPアーゼの構造変化を解析し,ATPアーゼの一般的な分子メカニズムを調査する.

  2. アクチンフィラメントの伸長制御蛋白質によるアロステリックな結合解離機構の研究

    Grant number:19K12217  2019.4 - 2023.3

    科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    小池 亮太郎

      More details

    Authorship:Principal investigator 

    Grant amount:\4290000 ( Direct Cost: \3300000 、 Indirect Cost:\990000 )

    アクチンフィラメントの伸び縮みは,細胞の変形や運動という生命にとって普遍的な現象と密接に関わる.本研究では,フィラメントの伸縮に関わるCARMIL蛋白質とキャッピング蛋白質(CP)に着目し,CARMILによるCPのフィラメントからの引きはがし(結合解離)の分子メカニズムを調査する.まず解離過程の分子シミュレーションを行う.このときフィラメントの代わりにV-1蛋白質を用いる.得られたシミュレーションのデータを,独自に開発した計算機ツールMotion Treeを用いて調査し,特徴的な分子運動を特定する.分子運動と結合の関係を探り,結合解離の分子メカニズムを調査する.
    アクチンフィラメントの伸長は細胞の変形や運動という普遍的な生命現象に直結しており,多数の蛋白質によって制御される.アクチンキャッピング蛋白質(CP)はフィラメントの端に結合しその伸長を止めるが,CARMIL蛋白質はCPと結合し,フィラメントに結合したCPを引きはがすことができる(結合解離).「CARMIL蛋白質によるCPの結合解離」の分子メカニズムを調査するために,結合解離の様子を,分子シミュレーションを用い計算機上で再現することを試みた.CPがアクチンとどのように結合しているのか,詳細はいまだ明らかになっていない.そこで,CPとの結合様式が詳細に明らかになっているV-1蛋白質を用い,CP/V-1複合体にCARMILが結合したモデル構造を作成する.そして,CARMILがCPとV-1の結合を解離させる様子をシミュレートし,「CARMIL蛋白質によるCPの結合解離」の分子メカニズムを調査する.
    結合解離はCPの動的構造の変化を介して実現すると考えられている.本年度は,昨年度までに分子シミュレーションから得られたデータを解析し,動的構造がどのように変化するのかを調査した.その結果,シミュレーションの初期の段階では,CP/V-1複合体で見られた運動が多く現れるが,それらは時間発展とともに減少することが分かった.また,その反対に,CP/CARMIL複合体で見られた運動が時間発展とともに現れてくることが分かった.これまでのシミュレーションデータではV-1の解離はまだ起こっていない.しかし,これらの結果から,CPの動的構造に対してCARMILの影響が徐々に大きくなっていることが確認できた.これらの結果を踏まえ,今後もシミュレーションデータのさらなる延伸を行い,その動的構造の変化を追跡する.
    研究実績の概要でも述べたが,昨年度までに分子シミュレーションから得られたデータを解析し,動的構造がどのように変化するのかを調査した.これまでに得られた最長のシミュレーションデータ(500ns分)にターゲットを絞り,100nsごとにデータを区切った後,各区間での動的構造を解析した.動的構造の解析には,蛋白質の構造変化を剛体運動として記述するプログラムMotion Treeや,剛体部分のクラスタリングを行うツールなどを用いた.シミュレーションデータから得られる大量の剛体情報を解析するために,クラスタリングツールの高速化を行った.また,最長のシミュレーションデータのさらなる延伸も進めている.研究計画で想定した通り,シミュレーションデータの入手後,動的構造の解析を進めることが出来ている.そのため,進捗状況を「おおむね順調に進展している」とした.
    これまで,CP/V-1/CARMIL複合体の分子シミュレーションを実行し,そのデータを解析することで,動的構造に関する調査を進めてきた.その調査から,シミュレーションの時間が進むにつれて,CPとV-1の結合部位やその周辺部位で動的構造に変化が見られることが分かってきた.そこで,CPとV-1の結合解離において重要であろう結合部位やその周辺部位に焦点を絞り,実際にどのような運動の変化が起こっているのかを解析する.先行研究において,V-1と結合していない場合に結合部位がどのような運動をするかは調べており,その結果と対比することで結合解離の過程でみられる運動が特異なものか,調査する.
    また,これまで行ってきた分子シミュレーションも継続し,さらに長時間のシミュレーションデータも収集する.追加データがある程度たまったら,そのデータも解析し,動的構造がどのように変化しているかも引き続き調査する.

  3. Integration of Data Science and Computational Chemistry in pH-Dependent Environments

    Grant number:19H02673  2019.4 - 2022.3

    Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

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    Authorship:Coinvestigator(s)