2024/04/02 更新

写真a

ナカニシ　ヨウイチ
中西　洋一
NAKANISHI, Yoichi
所属
大学院生命農学研究科 応用生命科学専攻 応用生命科学 助教
大学院担当
大学院生命農学研究科
学部担当
農学部
職名
助教

学位 1

  1. 博士（農学） （ 2000年3月   名古屋大学 ） 

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研究キーワード 6

  1. 植物

  2. 膜輸送体

  3. 液胞

  4. FRETセンサー

  5. モリブデン

  6. ラン藻

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研究分野 1

  1. その他 / その他  / 応用生物化学

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現在の研究課題とSDGs 3

  1. 真核微生物膜輸送体の機能解析

  2. 植物液胞膜輸送体の遺伝子同定、機能解析

  3. 翻訳システム改変によるラン藻の生産性向上

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経歴 4

  1. 助教

    2007年4月

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    国名：日本国

  2. 助手

    2003年4月 - 2007年3月

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    国名：日本国

  3. 科学技術振興事業団　創造科学技術推進事業 吉田ATPシステムプロジェクト研究員

    2002年4月 - 2003年3月

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    国名：日本国

  4. 日本学術振興会　特別研究員　ＰＤ

    2000年4月 - 2003年3月

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    国名：日本国

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学歴 2

  1. 名古屋大学   生命農学研究科

    1997年4月 - 2000年3月

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    国名： 日本国

  2. 名古屋大学   農学部

    - 1993年3月

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    国名： 日本国

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所属学協会 4

  1. 日本植物生理学会

  2. 日本農芸化学会

  3. 日本分子生物学会

  4. 日本生化学会

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論文 29

  1. Letter to the Editor: Speedy Plant Genotyping by SDS-Tolerant Cyclodextrin-PCR 査読有り

    Nakanishi, Y; Kawashima, T; Naganawa, M; Mikami, T; Maeshima, M; Ishiguro, S

    PLANT AND CELL PHYSIOLOGY   63 巻 ( 8 ) 頁： 1025 - 1028   2022年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/pcp/pcac093

    Web of Science

    PubMed

  2. Conformational Change of the Hairpin-like-structured Robo2 Ectodomain Allows NELL1/2 Binding 査読有り

    Miyaguchi Masaki, Nakanishi Yoichi, Maturana Andres D., Mizutani Kimihiko, Niimi Tomoaki

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY   434 巻 ( 19 ) 頁： 167777   2022年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.jmb.2022.167777

    Web of Science

    PubMed

  3. Precise Quantification of Molybdate In Vitro by the FRET-Based Nanosensor 'MolyProbe' 査読有り 国際共著

    Oliphant, KD; Karger, M; Nakanishi, Y; Mendel, RR

    MOLECULES   27 巻 ( 12 )   2022年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.3390/molecules27123691

    Web of Science

    PubMed

  4. FRET-based detection of isozyme-specific activities of transglutaminases

    Tatsukawa, H; Liu, HH; Oba, S; Kamiya, N; Nakanishi, Y; Hitomi, K

    AMINO ACIDS   49 巻 ( 3 ) 頁： 615 - 623   2017年3月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1007/s00726-016-2322-0

    Web of Science

    PubMed

  5. Studies on vacuolar membrane microdomains isolated from Arabidopsis suspension-cultured cells: local distribution of vacuolar membrane proteins. 査読有り

    Yoshida K, Ohnishi M, Fukao Y, Okazaki Y, Fujiwara M, Song C, Nakanishi Y, Saito K, Shimmen T, Suzaki T, Hayashi F, Fukaki H, Maeshima M, Mimura T.

    PLANT AND CELL PHYSIOLOGY   54 巻 ( 10 ) 頁： 1571-1584   2013年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1093/pcp/pct107.

  6. Thioredoxin h regulates calcium dependent protein kinases in plasma membranes. 査読有り

    Ueoka-Nakanishi H, Sazuka T, Nakanishi Y, Maeshima M, Mori H, Hisabori T.

    FEBS J.   280 巻 ( 14 ) 頁： 3220-3231   2013年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1111/febs.12301.

  7. Exploring dynamics of molybdate in living animal cells by a genetically encoded FRET nanosensor 査読有り

    Nakanishi Y, Iida S, Ueoka-Nakanishi H, Niimi T, Tomioka R, Maeshima M.

    PLoS ONE   8 巻 ( 3 ) 頁： e58175   2013年3月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1371/journal.pone.0058175

  8. Quantification, organ-specific accumulation and intracellular localization of type II H(+)-pyrophosphatase in Arabidopsis thaliana. 査読有り

    PLANT AND CELL PHYSIOLOGY   51 巻 ( 8 ) 頁： 1350-1360   2010年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Most plants have two types of H(+)-translocating inorganic pyrophosphatases (H(+)-PPases), I and II, which differ in primary sequence and K(+) dependence of enzyme function. Arabidopsis thaliana has three genes for H(+)-PPases: one for type I and two for type II. The type I H(+)-PPase requires K(+) for maximal enzyme activity and functions together with H(+)-ATPase in vacuolar membranes. The physiological role of the type II enzyme, which does not require K(+), is not clear. We focused on the type II enzymes (AtVHP2;1 and AtVHP2;2) of A. thaliana. Total amounts of AtVHP2s were quantified immunochemically using a specific antibody and determined to be 22 and 12 ng mg(-1) of total protein in the microsomal fractions of suspension-cultured cells and young roots, respectively, and the values are approximately 0.1 and 0.2%, respectively, of the vacuolar H(+)-PPase. In plants, AtVHP2s were detected immunochemically in all tissues except mature leaves, and were abundant in roots and flowers. The intracellular localization of AtVHP2s in suspension cells was determined by sucrose density gradient centrifugation and immunoblotting. Comparison with a number of marker proteins revealed localization in the Golgi apparatus and the trans-Golgi network. These results suggest that the type II H(+)-PPase functions as a proton pump in the Golgi and related vesicles in young tissues, although its content is very low compared with the type I enzyme.

  9. Characterization of a tobacco TPK-type K+ channel as a novel tonoplast K+ channel using yeast tonoplasts. 査読有り

    Hamamoto S, Marui J, Matsuoka K, Higashi K, Igarashi K, Nakagawa T, Kuroda T, Mori Y, Murata Y, Nakanishi Y, Maeshima M, Yabe I, Uozumi N.

    J Biol Chem.   283 巻 ( 4 ) 頁： 1911-1920   2008年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  10. Identification of amino acid residues participating in the energy coupling and proton transport of Streptomyces coelicolor A3(2) H+-pyrophosphatase. 査読有り

    Hirono M, Nakanishi Y, Maeshima M.

    Biochim Biophys Acta.   1767 巻   頁： 1401-11   2007年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  11. Essential amino acid residues in the central transmembrane domains and loops for energy coupling of Streptomyces coelicolor A3(2) H+-pyrophosphatase. 査読有り

    Hirono M, Nakanishi Y, Maeshima M

    Biochimica et Biophysica Acta   1767 巻 ( 7 ) 頁： 930-939   2007年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  12. プロトン輸送性ピロホスファターゼ：低コスト化合物を利用するポンプ （シンプルなプロトンポンプの機能を支える分子構造）

    広野めぐみ，三村久敏，瀬上紹嗣，中西洋一，前島正義

    生化学   79 巻 ( 6 ) 頁： 535-541   2007年6月

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    記述言語：日本語  

  13. Expression of functional Streptomyces coelicolor H+-pyrophosphatase and characterization of its molecular properties. 査読有り

    Hirono M, Mimura H, Nakanishi Y, Maeshima M

    Journal of Biochemistry (Tokyo)   138 巻 ( 2 ) 頁： 183-191   2005年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  14. Disulfide-bond formation in the H+-pyrophosphatase of Streptomyces coelicolor and its implications for redox control and enzyme structure. 査読有り

    Mimura H, Nakanishi Y, Maeshima M.

    FEBS Letter   579 巻 ( 17 ) 頁： 3625-3631   2005年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  15. Oligomerization of H(+)-pyrophosphatase and its structural and functional consequences. 査読有り

    Mimura H, Nakanishi Y, Maeshima M

    Biochimica et Biophysica Acta   1708 巻 ( 3 ) 頁： 393-403   2005年7月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  16. Membrane topology of the H+-pyrophosphatase of Streptomyces coelicolor determined by cysteine-scanning mutagenesis. 査読有り

    Mimura H, Nakanishi Y, Hirono M, Maeshima M

    The Journal of Biological Chemistry   279 巻 ( 33 ) 頁： 35106-35112   2004年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  17. Inverse regulation of rotation of F1-ATPase by the mutation at the regulatory region on the gamma subunit of chloroplast ATP synthase.

    Ueoka-Nakanishi, H., Nakanishi, Y., Konno, H., Motohashi, K., Bald, D. and Hisabori, T.

    The Journal of Biological Chemistry   279 巻 ( 16 ) 頁： 16272-16277   2004年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  18. *Patch clamp analysis of a H+ pump heterologously expressed in giant yeast vacuoles. 査読有り

    Nakanishi Y, Yabe I, Maeshima M

    Journal of Biochemistry (Tokyo)   134 巻 ( 4 ) 頁： 615-623   2003年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  19. Chloroplast cyclophilin is a target protein of thioredoxin. Thiol modulation of the peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity. 査読有り

    Motohashi K, Koyama F, Nakanishi Y, Ueoka-Nakanishi H, Hisabori T.

    J Biol Chem.   278 巻 ( 34 ) 頁： 31848-31852   2003年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  20. Acylspermidine derivatives isolated from a soft coral, Sinularia sp, inhibit plant vacuolar H(+)-pyrophosphatase. 査読有り

    Hirono M, Ojika M, Mimura H, Nakanishi Y, Maeshima M

    Journal of Biochemistry (Tokyo)   133 巻 ( 6 ) 頁： 811-816   2003年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  21. Functional expression of Acetabularia acetabulum vacuolar H(+)-pyrophosphatase in a yeast VMA3-deficient strain. 査読有り

    Ikeda M, Umami K, Hinohara M, Tanimura Y, Ohmae A, Nakanishi Y, Maeshima M.

    J Exp Bot.   53 巻 ( 378 ) 頁： 2273-2275   2002年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  22. 液胞のCa2+集積とプロトンポンプ

    蛋白質核酸酵素   47 巻 ( 12 ) 頁： 1777-82   2002年9月

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    記述言語：日本語  

  23. Expression of V-ATPase proteolipid subunit of Acetabularia acetabulum in a VMA3-deficient strain of Saccharomyces cerevisiae and its complementation study. 査読有り

    Ikeda M, Hinohara M, Umami K, Taguro Y, Okada Y, Wada Y, Nakanishi Y, Maeshima M.

    Eur J Biochem.   268 巻 ( 23 ) 頁： 6097-6104   2001年12月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  24. *Mutagenic analysis of functional residues in putative substrate-binding site and acidic domains of vacuolar H+-pyrophosphatase. 査読有り

    Nakanishi, Y., Saijo, T., Wada, Y. and Maeshima, M.

    The Journal of Biological Chemistry   276 巻 ( 10 ) 頁： 7654-7660   2001年3月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  25. Functional expression of mung bean Ca2+/H+ antiporter in yeast and its intracellular localization in the hypocotyl and tobacco cells. 査読有り

    Ueoka-Nakanishi H, Tsuchiya T, Sasaki M, Nakanishi Y, Cunningham KW, Maeshima M.

    Eur J Biochem.   267 巻 ( 10 ) 頁： 3090-3098   2000年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  26. Properties and molecular cloning of Ca2+/H+ antiporter in the vacuolar membrane of mung bean. 査読有り

    Ueoka-Nakanishi H, Nakanishi Y, Tanaka Y, Maeshima M.

    Eur J Biochem.   262 巻 ( 2 ) 頁： 417-425   1999年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  27. *Molecular cloning and sequencing of the cDNA for vacuolar H+-pyrophosphatase from Chara corallina. 査読有り

    Nakanishi Y, Matsuda N, Aizawa K, Kashiyama T, Yamamoto K, Mimura T, Ikeda M,Maeshima M

    Biochim Biophys Acta   1418 巻 ( 1 ) 頁： 245-250   1999年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  28. *Molecular cloning of vacuolar H(+)-pyrophosphatase and its developmental expression in growing hypocotyl of mung bean. 招待有り 査読有り

    Nakanishi Y, Maeshima M

    Plant Physiolgy   116 巻 ( 2 ) 頁： 589-597   1998年2月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

  29. Analysis of the substrate binding site and carboxyl terminal region of vacuolar H+-pyrophosphatase of mung bean with peptide antibodies.

    Takasu A, Nakanishi Y, Yamauchi T, Maeshima M.

    J Biochem.   122 巻 ( 4 ) 頁： 883-889   1997年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

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書籍等出版物 1

  1. 新しいイオン輸送体アッセイ法：E-cellのデータベースの構築を目指す「リポソーム応用の新展開～人工細胞への開発に向けて」

    黒田照夫、中西洋一、岩崎郁子、矢部勇（ 担当： 共著）

    NTS出版  2005年 

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    記述言語：日本語

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講演・口頭発表等 1

  1. 液泡型H+-ATPaseの活性調節とその仕組み

    中西洋一、前島正義、久堀徹

    「第７回植物生体膜シンポジウム：生体膜研究の新世紀」 

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    開催年月日： 2004年3月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

    国名：日本国  

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科研費 6

  1. ラン藻の翻訳システム改変と大規模な外来遺伝子導入の研究

    研究課題/研究課題番号：21K19217  2021年7月 - 2024年3月

    科学研究費助成事業  挑戦的研究(萌芽)

    中西 洋一

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    担当区分：研究代表者 

    配分額：6370000円 （ 直接経費：4900000円 、 間接経費：1470000円 ）

    シアノバクテリア（ラン藻）は一般生物でイソロイシンをコードするRNAコドン”AUA”を認識するtRNAそのものをもたないため、外来遺伝子を利用した基礎研究・応用研究が困難である。本研究では、ラン藻に他の生物のtRNAIle2システムをまるごと導入して“AUA”コドンを利用できるようにする。さらに、改変株に高等植物由来の遺伝子を大規模導入して革新的な機能性ラン藻を作出するモデル研究を行う。
    シアノバクテリア（ラン藻）は、酸素発生型の光合成細菌で緑色植物光合成のモデル研究に用いられるほか、遺伝子改変によってバイオ燃料など有用物質の生産に用いられる。しかしタンパク質をコードする遺伝暗号の使用頻度に極端な偏り（コドンバイアス）がある。このため、ラン藻でない他の生物から外来遺伝子を導入してもあまり発現しないため、基礎研究・応用研究の妨げになっている。本研究ではこの問題を克服するため、ラン藻 Synechococcus elongatus PCC 7942（以下S.7942）に、他の生物の翻訳システムを導入してラン藻が苦手なレアコドンを利用できるようにする。また、コドンバイアス解消株から革新的な機能性ラン藻を作出するモデル研究を行う。
    本年度は、昨年に引き続きコドンバイアスを評価するレポーター系の開発を行った。具体的には、昨年開発したELucとGeNLの人工オペロンのうちGeNLの遺伝子内に１個から２３個のレアコドンを導入して、その効果を検討した。また並行して、既存のラン藻プラスミドベクターに含まれる複製装置の遺伝子や薬剤耐性遺伝子のレアコドンを、ラン藻のメジャーコドンに改変して改良や新規ベクターの開発を試みた。あわせて、ラン藻をふくむ遺伝子改変を容易に検出するためのジェノタイピング技術に関して、論文発表１件、学会発表１件を実施した。FRETレポーターに関する共著論文も発表した（２件）。
    年度当初にラン藻研究に関わる複数の研究室メンバーが他の研究機関に移籍したが、その後ラン藻培養室を含む実験室の模様替えをしたところ、研究室内でラン藻の培養や形質転換といった実験そのものが不調になった。現在では元通りの遺伝子組み換え実験ができるように回復したが、培養室の条件設定や、凍結保存菌株からのラン藻のリカバー、培地成分の再検討などに約６カ月を要し、思うように研究を進めることができなかった。
    レアコドンなしELuc遺伝子と、レアコドンあり（１～２３個）のGeNL遺伝子のペアレポーターをもつ改変シアノバクテリアを親株として、異種生物からシアノバクテリアが苦手とするATAレアコドンの翻訳にかかわる翻訳システムの因子一式を導入する。人工的なtRNAIle2翻訳システムを構築することで、レアコドンレポーターの翻訳効率に改善がみられるか検討する。追加した翻訳システムによりシアノバクテリアに内在するレアコドンもち遺伝子の翻訳効率が変化するか？その結果なんらかの生育表現型が生じるか調べる。
    また並行して、レアコドンに着目したラン藻遺伝子操作の改良を試みる。具体的にはラン藻プラスミドベクターに含まれるレアコドンを改変して形質転換能や薬剤耐性強度に影響するか検討する。

  2. 機能株群集成長解析を活用した植物有害物質膜輸送体の包括的機能ゲノム解析

    2012年4月 - 2014年3月

    科学研究費補助金 

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    担当区分：研究代表者 

  3. ハンセヌラ酵母をモデルにした真核生物モリブデン膜輸送システムの分子遺伝学的研究

    2010年4月 - 2012年3月

    科学研究費補助金  若手研究(B)，課題番号：22780089

    中西　洋一

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    担当区分：研究代表者 

  4. 膜輸送体候補遺伝子の総当たり過剰発現解析による新しい元素膜輸送の発見

    2008年11月 - 2012年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究

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    担当区分：研究代表者 

  5. 真核生物におけるモリブデン膜輸送システムの研究

    2008年4月 - 2010年3月

    科学研究費補助金  若手研究(B)，課題番号：20780073

    中西　洋一

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    担当区分：研究代表者 

  6. アントシアニンの発色に関わる膜輸送体のゲノムレベルでの探索

    2006年4月 - 2008年3月

    科学研究費補助金  若手研究（Ｂ），課題番号：18780071

    中西　洋一

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    担当区分：研究代表者 

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産業財産権 4

  1. 核酸合成用酵素組成物及び核酸合成法

    中西洋一

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    出願人：国立大学法人名古屋大学

    出願番号：２０１０－１５２４４８  出願日：2010年7月

    公開番号：２０１２－１０６６６ 

    出願国：国内  

    様々な夾雑物の存在下でも容易に目的遺伝子を鋳型とする鎖伸長反応による核酸合成を行うことができる核酸合成用酵素組成物及び該組成物を用いた核酸合成法を提供する。

  2. ピロリン酸測定方法及びプライマー伸張反応検出方法、並びにこれら方法を実施するための装置

    夜久 英信,前島 正義,中西 洋一,広野 めぐみ,行政 哲男,岡 弘章

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    出願人：パナソニック株式会社

    出願番号：PCT/JP2005/005522  出願日：2005年3月

    公開番号：WO2005/093088 

    出願国：国内  

  3. Method of measuring pyrophosphate and method of detecting primer extension reaction, and device for performing the same

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    出願番号：2004095154  出願日：2004年3月

    公開番号：20060211005 

    特許番号/登録番号：20060211005  登録日：2006年 

    出願国：外国  

  4. *放線菌Ｈ＋－ｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ合成遺伝子の作成と大腸菌での発現システム

    夜久英信, 前島正義, 中西洋一, 広野めぐみ, 岡弘章

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    出願人：松下電器産業株式会社

    出願番号：特許出願２００４－９５１５３  出願日：2004年3月

    公開番号：特許公開２００７－２２２００３ 

    特許番号/登録番号：特許公開２００７－２２２００３  登録日：2006年 

    出願国：国内  

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担当経験のある科目 (本学) 1

  1. 応用生命科学科学生実習

    2016

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