2022/04/21 更新

写真a

ムラセ ジユン
村瀬 潤
MURASE, Jun
所属
大学院生命農学研究科 附属フィールド科学教育研究センター 植物生産科学部門 教授
大学院担当
大学院生命農学研究科
学部担当
農学部 資源生物科学科
職名
教授
連絡先
メールアドレス

学位 1

  1. 博士(農学) ( 1994年10月   名古屋大学 ) 

研究キーワード 4

  1. 湿地土壌

  2. 原生生物

  3. 微生物食物連鎖

  4. メタン

研究分野 3

  1. その他 / その他  / 生物地球化学

  2. その他 / その他  / 植物栄養学・土壌学

  3. その他 / その他  / 微生物生態学

現在の研究課題とSDGs 5

  1. 水田生態系における微生物群集の生態

  2. 湿地土壌における原生生物の構造と機能

  3. 環北極陸域生態系のメタン動態

  4. 土壌生態系機能の解明を目指した人工土壌の開発

  5. 農耕地土壌の光合成微生物の生態

経歴 10

  1. 三重大学   生物資源学研究科   非常勤講師

    2020年4月 - 現在

  2. 名古屋大学   バンコク事務所副所長

    2015年4月 - 現在

  3. 中部大学応用生物学部 非常勤講師

    2008年4月 - 2012年3月

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    国名:日本国

  4. 名古屋大学大学院生命農学研究科 講師

    2007年4月

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    国名:日本国

  5. 名古屋女子大学家政学部 非常勤講師

    2005年

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    国名:日本国

  6. 名城大学農学部非常勤講師

    2003年

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    国名:日本国

  7. 名古屋女子大学家政学部 非常勤講師

    2003年

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    国名:日本国

  8. 名古屋大学大学院生命農学研究科 助手

    2001年4月 - 2007年3月

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    国名:日本国

  9. 滋賀県立大学環境科学部 助手

    1996年4月 - 2001年3月

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    国名:日本国

  10. 名古屋大学農学研究科 日本学術振興会特別研究員

    1992年4月 - 1994年3月

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    国名:日本国

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学歴 2

  1. 名古屋大学   農学研究科   農芸化学

    1989年4月 - 1994年10月

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    国名: 日本国

  2. 名古屋大学   農学部   農芸化学科

    1985年4月 - 1989年3月

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    国名: 日本国

所属学協会 5

  1. 日本土壌肥料学会

  2. 日本微生物生態学会   評議員

    2012年1月 - 2013年12月

  3. 日本土壌微生物学会

  4. 日本陸水学会

  5. 国際微生物生態学会

委員歴 1

  1. FAO Intergovernmental Technical Panel on Soils   専門家  

    2018年6月 - 現在   

受賞 4

  1. Best poster award

    2013年10月   Taiwan Society of Microbial Ecology  

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    受賞区分:国際学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:台湾

  2. 日本土壌肥料学会優秀ポスター賞

    2010年9月   日本土壌肥料学会  

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    受賞国:日本国

  3. 日本土壌微生物学会優秀ポスター賞

    2009年6月   日本土壌微生物学会  

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    受賞国:日本国

  4. 日本陸水学会 吉村賞

    2001年10月   日本陸水学会  

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    受賞国:日本国

 

論文 93

  1. eDNA解析を利用した土壌微生物機能への太陽熱土壌消毒の影響評価法 査読有り

    浅川晋、村瀬潤、篠原陽子

    日本土壌肥料学雑誌   92 巻 ( 6 ) 頁: 476 - 480   2021年12月

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    担当区分:責任著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  2. Soil texture and properties rather than irrigation water type shape the diversity and composition of soil microbial communities

    Obayomi Olabiyi, Seyoum Mitiku Mihiret, Ghazaryan Lusine, Tebbe Christoph C., Murase Jun, Bernstein Nirit, Gillor Osnat

    APPLIED SOIL ECOLOGY   161 巻   2021年5月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1016/j.apsoil.2020.103834

    Web of Science

  3. Top-down effects of protists are greater than bottom-up effects of fertilisers on the formation of bacterial communities in a paddy field soil

    Asiloglu Rasit, Kenya Kobayashi, Samuel Solomon Oloruntoba, Sevilir Bahar, Murase Jun, Suzuki Kazuki, Harada Naoki

    SOIL BIOLOGY & BIOCHEMISTRY   156 巻   2021年5月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1016/j.soilbio.2021.108186

    Web of Science

  4. Effect of protists on rhizobacterial community composition and rice plant growth in a biochar amended soil

    Asiloglu Rasit, Sevilir Bahar, Samuel Solomon Oloruntoba, Aycan Murat, Akca Muhittin Onur, Suzuki Kazuki, Murase Jun, Turgay Oguz Can, Harada Naoki

    BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS   57 巻 ( 2 ) 頁: 293 - 304   2021年2月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1007/s00374-020-01525-1

    Web of Science

  5. Biochar affects taxonomic and functional community composition of protists

    Asiloglu Rasit, Samuel Solomon Oloruntoba, Sevilir Bahar, Akca Muhittin Onur, Bozkurt Pinar Acar, Suzuki Kazuki, Murase Jun, Turgay Oguz Can, Harada Naoki

    BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS   57 巻 ( 1 ) 頁: 15 - 29   2021年1月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1007/s00374-020-01502-8

    Web of Science

  6. Soil: the great connector of our lives now and beyond COVID-19

    Poch Rosa M., dos Anjos Lucia H. C., Attia Rafla, Balks Megan, Benavides-Mendoza Adalberto, Bolanos-Benavides Martha M., Calzolari Costanza, Chabala Lydia M., de Ruiter Peter C., Francke-Campana Samuel, Prechac Fernando Garcia, Graber Ellen R., Halavatau Siosiva, Hassan Kutaiba M., Hien Edmond, Jin Ke, Khan Mohammad, Konyushkova Maria, Lobb David A., Moshia Matshwene E., Murase Jun, Nziguheba Generose, Patra Ashok K., Pierzynski Gary, Eugenio Natalia Rodriguez, Rojas Ronald Vargas

    SOIL   6 巻 ( 2 ) 頁: 541 - 547   2020年11月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.5194/soil-6-541-2020

    Web of Science

  7. Susceptibility and resilience of the soil ciliate community to high temperatures

    Oshima Takaaki, Shinohara Yoko, Asakawa Susumu, Murase Jun

    SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION   66 巻 ( 6 ) 頁: 870 - 877   2020年11月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1080/00380768.2020.1819148

    Web of Science

  8. Involvement of microaerophilic iron-oxidizing bacteria in the iron-oxidizing process at the surface layer of flooded paddy field soil

    Nakagawa Koki, Murase Jun, Asakawa Susumu, Watanabe Takeshi

    JOURNAL OF SOILS AND SEDIMENTS   20 巻 ( 11 ) 頁: 4034 - 4041   2020年11月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1007/s11368-020-02717-w

    Web of Science

  9. Protist-enhanced survival of a plant growth promoting rhizobacteria, Azospirillum sp. B510, and the growth of rice ( Oryza sativa L.) plants

    Asiloglu Rasit, Shiroishi Keiko, Suzuki Kazuki, Turgay Oguz Can, Murase Jun, Harada Naoki

    APPLIED SOIL ECOLOGY   154 巻   2020年10月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1016/j.apsoil.2020.103599

    Web of Science

  10. Methane oxidation potential of the arctic wetland soils of a taiga-tundra ecotone in northeastern Siberia

    Murase Jun, Sugimoto Atsuko, Shingubara Ryo, Liang Maochang, Morozumi Tomoki, Takano Shinya, Maximov Trofim C.

    SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION   66 巻 ( 4 ) 頁: 645 - 652   2020年7月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1080/00380768.2020.1786343

    Web of Science

  11. Invention of Artificial Rice Field Soil: A Tool to Study the Effect of Soil Components on the Activity and Community of Microorganisms Involved in Anaerobic Organic Matter Decomposition

    Maeda Yu, Mise Kazumori, Iwasaki Wataru, Watanabe Akira, Asakawa Susumu, Asiloglu Rasit, Murase Jun

    MICROBES AND ENVIRONMENTS   35 巻 ( 4 )   2020年

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1264/jsme2.ME20093

    Web of Science

    PubMed

  12. Usability of water surface reflectance for the determination of riverine dissolved methane during extreme flooding in northeastern Siberia

    Morozumi Tomoki, Shingubara Ryo, Murase Jun, Nagai Shin, Kobayashi Hideki, Takano Shinya, Tei Shunsuke, Fan Rong, Maximov Trofim C., Sugimoto Atsuko

    POLAR SCIENCE   21 巻   頁: 186 - 194   2019年9月

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    記述言語:日本語  

    DOI: 10.1016/j.polar.2019.01.005

    Web of Science

  13. Multi-year effect of wetting on CH4 flux at taiga-tundra boundary in northeastern Siberia deduced from stable isotope ratios of CH4

    Shingubara Ryo, Sugimoto Atsuko, Murase Jun, Iwahana Go, Tei Shunsuke, Liang Maochang, Takano Shinya, Morozumi Tomoki, Maximov Trofim C.

    BIOGEOSCIENCES   16 巻 ( 3 ) 頁: 755-768   2019年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.5194/bg-16-755-2019

    Web of Science

  14. Microhabitat segregation of heterotrophic protists in the rice (Oryza sativa L.) rhizosphere

    Asiloglu Rasit, Murase Jun

    RHIZOSPHERE   4 巻   頁: 82 - 88   2017年12月

  15. Quest of Soil Protists in a New Era

    Murase Jun

    MICROBES AND ENVIRONMENTS   32 巻 ( 2 ) 頁: 99 - 102   2017年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1264/jsme2.ME3202rh

    Web of Science

    PubMed

  16. Response of the protistan community of a rice field soil to different oxygen tensions (vol 92, fiw104, 2016)

    Takenouchi Yuriko, Iwasaki Kazufumi, Murase Jun

    FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY   93 巻 ( 5 )   2017年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/femsec/fix026

    Web of Science

    PubMed

  17. Fluctuations in the abundance of ammonia oxidizers and the contents of inorganic nitrogen in solarized soil

    Yamagata Mina, Shinohara Yoko, Maesaka Masahiro, Murase Jun, Asakawa Susumu

    SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION   63 巻 ( 5 ) 頁: 434-440   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/00380768.2017.1368035

    Web of Science

  18. Response of the protistan community of a rice field soil to different oxygen tensions 査読有り

    Takenouchi, Y., Iwasaki, K., Murase, J.

    FEMS Microbiology Ecology     2016年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: doi: 10.1093/femsec/fiw104

  19. Active community structure of microeukaryotes in a rice (Oryza sativa L.) rhizosphere revealed by RNA-based PCR-DGGE 査読有り

    Asiloglu, R., Murase, J.

    Soil Science and Plant Nutrition   62 巻   頁: 440-446   2016年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  20. Impact of long-term fertilizer treatment on the microeukaryotic community structure of a rice field soil. 査読有り

    Murase, J., Hida, A., Ogawa, K., Nonoyama, T., Yoshikawa, N., Imai, K.

    Soil Biology and Biochemistry   80 巻   頁: 237-243   2015年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  21. Impact of soil solarization on the ciliate community structure of a greenhouse soil. 61, 927-933 (2015) 査読有り

    Yokoe, K., Maesaka, M., Murase, J., Asakawa, S

    Soil Sci. Plant Nutr.   61 巻   頁: 641-652   2015年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  22. Impact of soil solarization on the ciliate community structure of a greenhouse soil. 査読有り

    Murase, J., Shinohara, Y., Yokoe, K., Matsuda, R., Asakawa, S., Hashimoto, T.

      60 巻 ( 4 ) 頁: 927-933   2015年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  23. Community structure of microeukaryotes in a rice rhizosphere revealed by DNA-based PCR-DGGE. 査読有り

    Asiloglu, R., Honjo, H., Saka, N., Asakawa, S., Murase, J.

    Soil Sci Plant Nutr   61 巻   頁: 761-768   2015年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  24. Abundance and composition of ammonia oxidizers in response to degradation of root cap cells of rice in soil microcosms. 査読有り

    Li, Y., Watanabe, T., Murase, J., Asakawa, S., Kimura, M.

    Journal of soils and sediments   14 巻   頁: 1587-1598   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  25. Branched and isoprenoid glycerol dialkyl glycerol tetraethers in soils and lake/river sediments in Lake Biwa basin and implications for MBT/CBT proxies. 査読有り

    Ajioka, T., Yamamoto, M., Murase, J.

    Organic Geochemistry   73 巻   頁: 70-82   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  26. Low nitrogen fertilization adapts rice root microbiome to low nutrient environment by changing biogeochemical functions. 査読有り

    Ikeda, S., Sasaki, K., Okubo, T., Yamashita, A., Terasawa, K., Bao, Z., Liu, D., Watanabe, T., Murase, J., Asakawa, S., Eda, S., Mitsui, H., Sato, T., Minamisawa, K.

    Microbes and Environments   29 巻   頁: 50-59   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  27. Growth of hydrogenotrophic and acetoclastic methanogens on substrate from rice plant callus cells in anaerobic soil: an estimation to the role of slough-off root cap cells to their growth 査読有り

    Li Y, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M

      59 巻   頁: 548-558   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  28. Identification of the major capsid gene (g23) of T4-type bacteriophages that assimilate substrates from root cap cells under aerobic and anaerobic soil conditions using a DNA-SIP approach 査読有り

    Li Y, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M

      63 巻   頁: 97-105   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  29. 安定同位体プロービング(SIP)法で探る水田土壌の物質動態と微生物 招待有り 査読有り

    村瀬 潤

     土と微生物 67, 39-46 (2013)   67 巻   頁: 39-46   2013年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  30. Growth of hydrogenotrophic and acetoclastic methanogens on substrate from rice plant callus cells in anaerobic soil: an estimation to the role of slough-off root cap cells to their growth. 査読有り

    Li, Y., Watanabe, T., Murase, J., Asakawa, S., Kimura, M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   59 巻   頁: 548-558   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  31. Growth of methanogens in an oxic soil microcosm: Elucidation by a DNA-SIP experiment using 13C-labeled dried rice callus. 査読有り

    Li, Y, Lee CG, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M

      58 巻   頁: 37-44   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  32. Phylogenetic diversity of microturbellarians in Japanese rice paddy fields, with special attention to the genus Stenostomum. 査読有り

    Yamazaki, M, Murase, J, Asakawa, S, Kimura, M

    Soil Science and Plant Nutrition   58 巻   頁: 11-23   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  33. Incorporation of plant residue-derived carbon into the microeukaryotic community in a rice field soil revealed by DNA stable-isotope probing. 査読有り

    Murase J, Shibata M, Lee CG, Watanabe T, Asakawa S, Kimura M

      79 巻   頁: 371-379   2012年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  34. 北方湿地生態系からのメタン放出に及ぼす積雪の影響 招待有り 査読有り

    村瀬 潤

    低温科学   70 巻   頁: 131-136   2012年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  35. Assimilation of glucose-derived carbon into methanogenic archaea in soil under unflooded condition. 査読有り

    Watanabe T, Wang G, Taki K, Lee CG, Murase J, Asakawa S, Kimura M

    Applied Soil Ecology   48 巻   頁: 201-209   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  36. A new thermophilic heterolobosean amoeba, Fumarolamoeba ceborucoi, gen. nov., sp. nov., isolated near a fumarole at a volcano in Mexico. 査読有り

    Johan F. De Jonckheere JF, Murase J, Opperdoes FR

      50 巻   頁: 43-50   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  37. Bacterial populations assimilating carbon from 13C-labeled plant residue in soil: analysis by a DNA-SIP approach. 査読有り

    Lee CG, Watanabe T, Sato Y, Murase J, Asakawa S, Kimura M

      43 巻   頁: 814-822   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  38. Strain-specific incorporation of methanotrophic biomass into eukaryotic grazers in a rice field soil revealed by PLFA-SIP. 査読有り

    FEMS Microbiology Ecology   75 巻   頁: 284-290   2011年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  39. Identification of microbial communities that assimilate substrate from root cap cells in an aerobic soil using a DNA-SIP approach. 査読有り

    Li, Y, Lee CG, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M

    Soil Biology & Biochemistry   43 巻   頁: 1928-1935   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  40. Unique viral capsid assembly protein gene (g20) of cyanophages in the floodwater of a Japanese paddy field. 査読有り

    Wang GH, Murase J, Asakawa S, Kimura M

    Biol. Fert. Soils   46 巻   頁: 93-102   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  41. Isolation of a new heterolobosean amoeba from a rice field soil: Vrihiamoeba italica gen. nov., sp. nov. 査読有り

    Murase J, Kawasaki M, De Jonckheere JF

    Eur. J. Protistol.   46 巻   頁: 164-170   2010年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  42. Isolation of a new heterolobosean amoeba from a rice field soil: Vrihiamoeba italica gen. nov., sp. nov. 査読有り

    Murase J, Kawasaki M, De Jonckheere JF

    European Jouranal of Protistology   46 巻   頁: 164-170   2010年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  43. Low diversity of T4-type bacteriophages in applied rice straw, plant residues and rice roots in Japanese rice soils: Estimation from major capsid gene (g23) composition. 査読有り

    Fujihara S, Murase J, Tun CC, Matsuyama T, Ikenaga M, Asakawa S, Kimura M

    Soil Science and Plant Nutrition   56 巻   頁: 800-812   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  44. Novel cyanophage photosynthetic gene psbA in the floodwater of a Japanese rice field. 査読有り

    Wang GH, Murase J, Asakawa S, Kimura M

    FEMS Microbiol. Ecol.   70 巻   頁: 79-86   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  45. Methanogenic archaeal communities developed in paddy fields in the Kojima Bay polder, estimated by denaturing gradient gel electrophoresis, real-time PCR and sequencing analyses. 査読有り

    Watanabe, T., Cahyani, V.R., Murase, J., Ishibashi, E., Kimura, M., Asakawa, S.

    Soil Sci. Plant Nutr.   55 巻   頁: 73-79   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  46. Phyologenetic positions of Mn-oxidizing bacteria and fungi inhabiting Mn nodules in rice field subsoils. 査読有り

    Cahyani, V.R., Murase, J., Ikeda, A., Taki, K., Asakawa, S., Kimura,M

    Biol. Fertil. Soils   45 巻   頁: 337-346   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  47. T4-type bacteriophage communities estimated from the major capsid genes (g23) in manganese nodules in Japanese paddy fields. 査読有り

    Cahyani VR, Murase J, Ishibashi E, Asakawa S, Kimura M

    Soil Sci. Plant Nutr.   55 巻   頁: 468-477   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  48. Changes in major capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages with soil depth in two Japanese rice fields. 査読有り

    Wang GH, Murase J, Taki K, Ohashi Y, Yoshikawa N, Asakawa S, Kimura M

    Biol. Fert. Soils   45 巻   頁: 521-529   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  49. Eukaryotic communities associated with the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field estimated by DGGE analysis 査読有り

    HatamotoM., Tanahashi T., Murase J., Matsuya M., Hayashi M., Kimura M., Asakawa S.

    Bio. Fert. Soils   44 巻 ( 3 ) 頁: 527-532   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    To estimate the succession and phylogenetic composition of the eukaryotic communities responsible for the decomposition of rice straw compost under flooded conditions during the cultivation period of paddy rice, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis targeting 18S rDNA followed by sequencing was conducted in a Japanese paddy field. The eukaryotic communities in rice straw compost incorporated into the flooded paddy field were influenced by the mid-season drainage and mainly composed of fungi (Ascomycota, Zygomycota, and Chytridiomycota) and protozoa (Ciliophora, Euglyphida, and Dactylopodida), most of which existed continuously during the cultivation period of paddy rice. The results indicated that these eukaryotic members were associated with the decomposition of rice straw compost in paddy field soil directly or indirectly

  50. Bacterial communities in Fe mottles in the plow pan layer of a Japanese rice field: estimation using PCR-DGGE and sequencing analyses 査読有り

    Vita Ratri Cahyani, Jun Murase, Eiji Ishibasi, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura

    Soil Sci. Plant Nutr.   54 巻 ( 4 ) 頁: doi: 10.1111/j.1747-0765.2008.00291.x   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  51. *Selective grazing of methanotrophs by protozoa in a rice field soil. 査読有り

    Murase,J. Frenzel,P.

    FEMS Microbiol. Ecol.   65 巻   頁: 408-414   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  52. Phyologenetic positions of Mn-oxidizing bacteria and fungi inhabiting Mn nodules in rice field subsoils. 査読有り

    Vita Ratri Cahyani, Jun Murase, Akihiro Ikeda, Katsutoshi Taki, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura

    Bio. Fert. Soils     頁: 10.1007/s00374-008-0337-8.   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  53. *A methane-driven microbial food web in a wetland rice soil. 査読有り

    Murase, J., Frenzel,P.

    Environ. Microbiol.   9 巻 ( 12 ) 頁: 3025-3034   2007年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Methane oxidation is a key process controlling methane emission from anoxic habitats into the atmosphere. Methanotrophs, responsible for aerobic methane oxidation, do not only oxidize but also assimilate methane. Once assimilated, methane carbon may be utilized by other organisms. Here we report on a microbial food web in a rice field soil driven by methane. A thin layer of water-saturated rice field soil was incubated under opposing gradients of oxygen and 13C-labelled methane. Bacterial and eukaryotic communities incorporating methane carbon were analysed by RNA-stable isotope probing (SIP). Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) and cloning showed that methanotrophs were the most prominent group of bacteria incorporating methane carbon. In addition, a few Myxobacteria-related sequences were obtained from the heavy rRNA fraction. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) targeting 18S rRNA detected various groups of protists in the heavy rRNA fraction including naked amoeba (Lobosea and Heterolobosea), ciliates (Colpodea) and flagellates (Cercozoa). Incubation of soil under different methane concentrations in air resulted in the development of distinct protozoan communities. These results suggest that methane carbon is incorporated into non-methanotrophic pro- and microeukaryotes probably via grazing, and that methane oxidation is a shaping force of the microeukaryotic community depending on methane availability

  54. Bacterial communities in manganese nodules in rice field subsoils: estimation by PCR-DGGE and sequencing analyses. 査読有り

    Cahyani, V.R., Murase,J., Ishibashi,E., Asakawa,S., Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   53 巻   頁: 578-584   2007年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    The phylogenetic positions of bacterial communities in manganese (Mn) nodules from subsoils of two Japanese rice fields were estimated using polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) analysis followed by sequencing of 16S rDNA. The DGGE band patterns and sequencing analysis of characteristic DGGE bands revealed that the bacterial communities in Mn nodules were markedly different from those in the plow layer and subsoils. Three out of four common bands found in Mn nodules from two sites corresponded to Deltaproteobacteria and were characterized as sulfate-reducing and iron-reducing bacteria. The other DGGE bands of Mn nodules corresponded to sulfate and iron reducers (Deltaproteobacteria), methane-oxidizing bacteria (Gamma and Alphaproteobacteria), nitrite-oxidizing bacteria (Nitrospirae) and Actinobacteria. In addition, some DGGE bands of Mn nodules showed no clear affiliation to any known bacteria. The present study indicates that members involved in the reduction of Mn nodules dominate the bacterial communities in Mn nodules in rice field subsoils

  55. *水田土壌の細菌群集の構造と機能に及ぼす原生動物の影響 招待有り

    村瀬 潤

    土と微生物   61 巻   頁: 65-68   2007年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  56. Impact of protists on the activity and structure of the bacterialcommunity in a rice field soil 査読有り

    Murase, J., Noll, M., Frenzel,P.

    Applied and Environmental Microbiology   72 巻 ( 8 ) 頁: 5436-5444   2006年8月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Flooded rice fields have become a model system for the study of soil microbial ecology. In Italian rice fields,
    in particular, aspects from biogeochemistry to molecular ecology have been studied, but the impact of protistan
    grazing on the structure and function of the prokaryotic community has not been examined yet. We compared
    an untreated control soil with a -radiation-sterilized soil that had been reinoculated with a natural bacterial
    assemblage. In order to verify that the observed effects were due to protistan grazing and did not result from
    sterilization, we set up a third set of microcosms containing sterilized soil that had been reinoculated with
    natural assemblage bacteria plus protists. The spatial and temporal changes in the protistan and prokaryotic
    communities were examined by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and terminal restriction
    fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis, respectively, both based on the small-subunit gene. Sequences
    retrieved from DGGE bands were preferentially affiliated with Cercozoa and other bacteriovorous
    flagellates. Without protists, the level of total DNA increased with incubation time, indicating that the level of
    the microbial biomass was elevated. Betaproteobacteria were preferentially preyed upon, while low-GC-content
    gram-positive bacteria became more dominant under grazing pressure. The bacterial diversity detectable by
    T-RFLP analysis was greater in the presence of protists. The level of extractable NH4
    was lower and the level
    of extractable SO4
    2 was higher without protists, indicating that nitrogen mineralization and SO4
    2 reduction
    were stimulated by protists. Most of these effects were more obvious in the partially oxic surface layer (0 to 3
    mm), but they could also be detected in the anoxic subsurface layer (10 to 13 mm). Our observations fit well
    into the overall framework developed for protistan grazing, but with some modifications pertinent to the
    wetland situation

  57. *Incorporation of 13C-labeled rice straw carbon into microbial communities in submerged rice field soil and the percolating water. 査読有り

      38 巻   頁: 3483-3491   2006年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  58. 土壌中の遺伝子・遺伝情報 何ができるのか、何が分かるのか9.土壌DNAの利用、新しい研究手法(その2)Stable Isotope Probing 招待有り 査読有り

    村瀬 潤

    日本土壌肥料学雑誌   77 巻 ( 2 ) 頁: 231-234   2006年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  59. Vertical Changes in Bacterial communities in percolating water of a Japanese paddy field as revealed by PCR-DGGE. 査読有り

    Murase,J., Shimizu,M., Hayashi,M., Matsuya,K., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   51 巻   頁: 821-829   2005年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  60. Inhibitory effect of light on methane oxidation in the pelagic water column of a mesotrophic lake (Lake Biwa, Japan). 査読有り

    Murase,J. and Sugimoto,A.

    Limnol. Oceanogr.   50 巻   頁: 1339-1343   2005年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Methane oxidation was studied in mesotrophic lake water (Lake Biwa, Japan) under thermally stratified conditions. Methane oxidation rates at in situ concentrations were very low in lake water from the epilimnion and thermocline but were high in hypolimnetic water. Incubation under light conditions ranging from 4.1 to 57 mu mol photons m(-2) s(-1) resulted in decreased methane oxidation in hypolimnetic water. This inhibition was more severe as the light intensity increased. Addition of inorganic nitrogen (ammonium and nitrate) did not promote methane oxidation in the thermocline but inhibited it in the hypolimnion. Methane oxidation activity in the thermocline was observed after I month of incubation under dark conditions. Our results suggest that the inhibitory effect of light was bacteriostatic for the methanotrophic population. The different rates of methane oxidation between the hypolimnion and epilimnion/thermocline may explain the surface maximum of dissolved methane during the period of thermal stratification

  61. Carbon cycling in rice field ecosystems in the context of input, decomposition and translocation of organic materials and the fates of their end products (CO2 and CH4). 査読有り

    Kimura,M., Murase,J., and Lu,Y.

    Soil Biol. Biochem.   36 巻   頁: 1399-1416   2005年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  62. Effect of rice straw amendment on dissolved organic and inorganic carbon, and cationic nutrients in percolating water from a flooded paddy soil: A microcosm experiment using 13C-enriched rice straw. 招待有り 査読有り

    Katoh,M., Murase,J., Sugimoto,A., and Kimura,M.

    Org. Geochem.   36 巻   頁: 803-811   2005年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  63. Bacterial community responsible for the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field estimated by DGGE analysis of amplified 16S rDNA and 16S rRNA fragments. 査読有り

    Tanahashi,T., Murase,J., Matsuya,K., Asakawa, S., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr., 51, 351-360 (2005)   51 巻   頁: 351-360   2005年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  64. Dynamics of methane in a mesotrophic Lake Biwa, Japan. 招待有り 査読有り

    Murase.J., Sakai,Y., Kametani,A., and Sugimoto,A.

    Ecol. Res.   20 巻   頁: 377-385   2005年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  65. Microbial communities responsible for the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field determined by phospholipid fatty acid (PLFA) analysis. 査読有り

    Tanahashi,T., Murase,J., Matsuya,K., Asakawa,S., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr., 50, 1229-1236 (2004)   50 巻   頁: 1229-1236   2004年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  66. Sites and process of nutrient accumulation in the subsoil through water percolation from the plow layer in a submerged paddy soil microcosm. 査読有り

    Katoh,M., Murase,J., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   50 巻   頁: 731-738   2004年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  67. Nutrient leaching from the plow layer by water percolation and accumulation in the subsoil in an irrigated paddy field. 査読有り

    Katoh,M., Murase,J., Hayashi,M., Matsuya,K., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   50 巻   頁: 721-729   2004年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  68. Biotic and abiotic methane releases from Lake Biwa sediment slurry. 査読有り

    Dan,J., Kumai,T., Sugimoto,A., and Murase,J.

    Limnology   5 巻   頁: 149-154   2004年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  69. Linking microbial community dynamics to rhizosphere carbon flow in a wetland rice soil. 査読有り

    Lu,Y., Murase,J., Watanabe,A., Sugimoto,A., and Kimura,M.

    FEMS Microbiol. Ecol.   48 巻   頁: 179-186   2004年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  70. Analysis of communities of ammonia oxidizers, methanotrophs, and methanogens associated with microcrustaceans in the floodwater of a rice field microcosm. 査読有り

    Niswati,A., Murase,J., Asakawa,S., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   50 巻   頁: 447-455   2004年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  71. Effect of application of rice straw and compost on the community structure of bacteria associated with microcrustaceans in the floodwater of a paddy field microcosm. 査読有り

    Niswati,A., Murase,J., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   49 巻   頁: 191-200   2003年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  72. Adsorption as a methane storage process in natural lake sediment. 査読有り

    Sugimoto,A., Dan,J., Kumai,T., and Murase,J.

    Geophys. Res. Lett.   30 巻   頁: doi:10.1029/2003GL018162   2003年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  73. Molecular analysis of β-proteobacterial ammonia oxidizer populations in surface layers of a submerged paddy soil microcosm. 査読有り

    Murase,J., Itoh,K., Kano,M., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   49 巻   頁: 909-913   2003年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  74. Sources of dissolved methane in Lake Biwa. 査読有り

    Murase,J., Sakai,Y., Sugimoto,A., Okubo,K., and Sakamoto,M.

    Limnology   4 巻   頁: 91-99   2003年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  75. 第2編第2章2.2自然特性

    村瀬潤

        2002年3月

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    記述言語:日本語  

    流域管理のための総合調査マニュアル

  76. Resuspension of bottom sediment by an internal wave in Lake Biwa 査読有り

    Sakai,Y., Murase,J., Sugimoto,A., Okubo,K., and Nakayama,E.

    Lakes Reserv.   7 巻   頁: 339-344   2002年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  77. Seasonal and spatial variations of methane production in mesotrophic lake sediments (Lake Biwa, Japan).

    Murase,J. and Sugimoto,A.:

    Verh.Int. Ver. Limnol.   28 巻   頁: 971-974   2002年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  78. Comparison of microbial communities in percolating water from plow layer and subsoil layer estimated by phospholipid fatty acid (PLFA) analysis. 査読有り

    Shimizu,M., Hayashi,M., Matsuya,K., Murase,J., and Kimura,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   48 巻   頁: 877-881   2002年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  79. Uptake of carbon and nitrogen through roots of rice and corn plants, grown in soils treated with 13C and 15N dual-labeled cattle manure compost. 査読有り

    Yamamuro,S., Ueno,H., Yamada,H., Takahashi,Y., Shiga,Y., Miyahara,S., Shimonihara,T., Murase,J., Yanai,J., and Nishida,M.

    Soil Sci. Plant Nutr.   48 巻   頁: 787-795   2002年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  80. 沿岸帯を観るキーワード -その多面的多様性- 招待有り 査読有り

    村瀬 潤・野崎健太郎・山田佳裕

    陸水学雑誌   63 巻   頁: 269-270   2002年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  81. Spatial distribution of methane in the Lake Biwa sediments and its carbon isotopic compositions

    Jun MURASE & Atsuko SUGIMOTO

    Geochemical Journal   35 巻   頁: 257-263   2001年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  82. Horizontal distribution of carbon and nitrogen and their isotopic compositions in the surface sediment of Lake Biwa

    "Murase,J. and Sakamoto,M"

    Limnology   1 巻   頁: 177-184   2000年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  83. 琵琶湖堆積物の生元素の空間的分布

    村瀬潤

        1998年1月

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    記述言語:日本語  

    "エコフロンティア1, 52-55"

  84. "Anaerobic reoxidation of Mn2+, Fe2+, S0 and S2- in submerged paddy soils."

    "Murase,J. and Kimura,M.:"

    Biol.Fert.Soil.   25 巻   頁: 302-306   1997年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  85. Anaerobic reoxidation of Mn2+, Fe2+, S0 and S2- in submerged poddy soils.

    Biology Fertility Soil   25 巻   頁: 302-306   1997年

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    記述言語:英語  

  86. Methane production and its fate in paddy fields. IX. Methane flux distribution and decomposition of methane in the subsoil during the growth period of rice plants.

    "Murase,J. and Kimura,M."

    Soil Sci. Plant Nutr.   42(1) 巻   頁: 187-190   1996年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  87. Utilization of the feces sludge from the swine farm for rice production in the problem soils in Thailand.

    "Murase,J., Korpraditskul,R., Osotsapar,Y., and Korpraditskul,V"

    J. ISSAAS   2 巻   頁: 54-71   1996年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  88. Methane production and its fate in paddy fields. (]G0009[) Methane flux distribution and decompostition of methane in the subsoil during the growth period of rice plants

    Soil Science and Plant Nutrition   42 巻 ( 1 ) 頁: 187-190   1996年

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    記述言語:英語  

  89. Utilization of the faces sludge from the swine Farm for rice production in the problem soils in Thailand

    Journal of International Society for Southeast Asian Agricultural Sciences(J. ISSAAS)   2 巻   頁: 54-71   1996年

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    記述言語:英語  

  90. Methane production and its fate in paddy fields. IV. Sources of microorganisms and substrates responsible for anaerobic methane oxidation in subsoil. 査読有り

    Soil Science and Plant Nutrition   40 巻 ( 1 ) 頁: 57-61   1994年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  91. Methane production and its fate in paddy fields. (]G0006[) Anaerobic oxidation of methane in plow layer soil

    Soil Science and Plant Nutrition   40 巻 ( 3 ) 頁: 505-514   1994年

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    記述言語:英語  

  92. Methane production and Its fate in paddy fields. (]G0007[) Electron Acceptors responsible for anaerobic methane oxidation

    Soil Science and Plant Nutrition   40 巻 ( 4 ) 頁: 647-654   1994年

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    記述言語:英語  

  93. Methane production and its fate in paddy fields. (]G0003[). Effects of percolation on methane flux distribution to the atmosphere and the subsoil

    Soil Science and Plant Nutrition   39 巻 ( 1 ) 頁: 63-70   1993年

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    記述言語:英語  

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書籍等出版物 16

  1. 身近な水の環境科学第2版

    村瀬 潤( 担当: 分担執筆 ,  範囲: 水田の物質循環)

    朝倉書店  2022年4月  ( ISBN:978-4-254-18062-6

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    総ページ数:154   担当ページ:76-79   記述言語:日本語 著書種別:学術書

  2. 水田微生物の特徴と生産性とのかかわり

    村瀬 潤( 担当: 単著)

    朝倉書店  2018年8月  ( ISBN:978-4-254-43571-9

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    記述言語:日本語 著書種別:学術書

  3. 最新農業技術「土壌施肥 vol.9」

    村瀬 潤( 担当: 単著 ,  範囲: 太陽熱処理が土壌繊毛虫群集に及ぼす影響)

    農文協  2017年3月 

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    記述言語:日本語 著書種別:学術書

  4. 土のひみつ-食料・環境・生命-

    日本土壌肥料学会「土のひみつ」編集グループ(編)( 担当: 共著)

    朝倉書店  2015年9月 

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    記述言語:日本語

  5. 4.1 微生物.身近な水の環境科学-実習・測定編-

    日本陸水学会東海支部会( 担当: 共著)

    朝倉書店  2014年6月 

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    記述言語:日本語

  6. 第16章 Stable Isotope Probing、土壌微生物実験法第3版

    日本土壌微生物学会 (編)( 担当: 単著)

    養賢堂  2013年6月 

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    記述言語:日本語

  7. 第10章 原生動物 (10-2~10-6節)、土壌微生物実験法第3版

    日本土壌微生物学会 (編)( 担当: 単著)

    養賢堂  2013年6月 

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    記述言語:日本語

  8. 12. 窒素サイクル,メタンサイクルに果たす微生物の役割、 シリーズ 現代の生態学11巻

    村瀬 潤( 担当: 単著)

    共立出版  2011年3月 

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    記述言語:日本語

  9. 7.水田の土壌環境と微生物相  身近な自然の保全生態学

    村瀬 潤, 浅川 晋( 担当: 共著)

    培風館  2010年10月 

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    記述言語:日本語

  10. 世紀を超えて座談会を傍聴する、日本微生物生態学会編、土壌微生物通信(1962-1986)探訪(2) 「通信」の時代と現在の間

    村瀬 潤( 担当: 単著)

    博友社  2010年5月 

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    記述言語:日本語

  11. 7.集水域の中の水田、日本陸水学会東海支部会編、身近な水の環境科学-源流から干潟まで-

    村瀬 潤( 担当: 単著)

    朝倉書店  2010年1月  ( ISBN:978-4-254-18023-7

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    記述言語:日本語

    村瀬 潤:7.集水域の中の水田、日本陸水学会東海支部会編、身近な水の環境科学-源流から干潟まで-、p.92-102、朝倉書店(2010)

  12. *土壌の原生生物・線虫群集-その土壌生態系での役割-

    橋本知義、村瀬 潤、島野智之、岡田浩明、豊田剛己、佐藤恵利華( 担当: 共著)

    博友社  2009年8月 

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    記述言語:日本語

  13. Terrestrial ecosystems in a changing world.

    Kohyama,T., Urabe,J., Hikosaka,K., Shibata,H., Yoshioka,T., Konohira,E., Murase,J., Wada,E.( 担当: 共著)

    Springer  2007年 

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    記述言語:英語

    Terrestrial ecosystems in monsoon Asia: scaling up from shoot module to watershed.

  14. 地球環境と生態系 5.4 水系のガス代謝

    村瀬 潤・杉本敦子( 担当: 共著)

    共立出版  2006年5月 

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    記述言語:日本語

  15. 東アジアモンスーン域の湖沼と流域 3-4湖の富栄養化の現状、変動経過、原因

    坂本 充・村瀬 潤・丸尾雅啓( 担当: 共著)

    名古屋大学出版会  2006年 

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    記述言語:日本語

  16. 新・土の微生物 (5)系統分類からみた土の細菌

    村瀬潤( 編:日本土壌微生物学会編)( 担当: 共著)

    博友社  2000年 

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    記述言語:日本語

    2-7δおよびγプロテオバクテリア

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講演・口頭発表等 55

  1. 異なる水稲栽培品種の根圏微生物群集の施肥に対する応答

    天野真宏, 長谷川昂平, 森拓也, 西内俊策, 土井一行, 松岡信, 高橋宏和, 中園幹生, 村瀬潤

    日本土壌肥料学会2021年度北海道大会  2021年9月  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:北海道  

  2. Microeukaryotic community in the upland soil under the long-term fertilizer treatments.

    Sok, S., and Murase, J.

    日本土壌肥料学会2020年度倉敷大会  2020年9月  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2020年9月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:岡山  

  3. 温度は細菌を捕食する土壌原生生物の群集構成を支配する 国際共著

    大島崇彰, Gillar, O., 村瀬潤

    日本土壌肥料学会中部支部2019年名古屋大会  2019年11月27日  日本土壌肥料学会中部支部

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    開催年月日: 2019年11月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋  

  4. 土壌に導入された微生物を利用する微生物群集のStable Isotope Probing法による解析 国際共著

    南川浩樹, 大島崇彰, Gillar, O., 村瀬潤

    日本土壌肥料学会2019年度静岡大会  2019年9月3日  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2019年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:静岡  

  5. 水稲根圏の細菌群集に及ぼす原生生物の影響

    永井裕也、村瀬 潤

    日本土壌微生物学会2019年度大会  2019年6月15日  日本土壌微生物学会

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    開催年月日: 2019年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:北海道  

  6. 田んぼの中の原生生物たちの暮らし 招待有り

    村瀬 潤

    日本土壌微生物学会2019年度大会  2019年6月16日  日本土壌微生物学会

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    開催年月日: 2019年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:北海道  

  7. 湛水水田土壌表層における溶存酸素鉛直プロファイルの昼夜変動

    村瀬潤, 後藤佳介, 杉浦大輔

    日本土壌肥料学会中部支部2018年度大会  2018年11月29日  日本土壌肥料学会中部支部

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    開催年月日: 2018年11月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:静岡  

  8. 土壌繊毛虫群集に及ぼす温度環境の影響-高温に対する脆弱性と復元力

    大島崇彰、篠原陽子、村瀬 潤

    日本土壌肥料学会2018年度神奈川大会  2018年8月29日  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2018年8月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:藤沢  

  9. The effect of humic substances on the methanogenic microbial community in the artificial rice field soil 国際会議

    Maeda, Y., and Murase, J.

    17th International Symposium on Microbial Ecology  2018年8月  International Society of Microbial Ecology

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    開催年月日: 2018年8月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Leipzig   国名:ドイツ連邦共和国  

  10. Microflora in Arctic Wetland Soils of a Taiga-Tundra Ecotone in Northeastern Siberia 国際共著 国際会議

    Murase, J., Sugimoto, A., Shingubara, R., and Maximov, T. C.

    The 10th Asian Symposium in Microbial Ecology  2018年7月 

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    開催年月日: 2018年7月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

  11. 長期施肥試験圃場で生育する作物の根圏微生物群集-発病抑止性との関連-

    村瀬 潤、田原保樹、日置真優、西内俊策、北野英己、柘植尚志

    日本土壌微生物学会2018年度大会  2018年6月16日  日本土壌微生物学会

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    開催年月日: 2018年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:西条  

  12. Ecology of protists in a rice rhizosphere 招待有り 国際会議

    International Workshop of Mollisols Ecology  2018年6月8日  Chinese Academy of Science

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    開催年月日: 2018年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Harbin  

  13. Methane-driven microbial food web in the rice rhizosphere 国際会議

    Hibino, Y., Tokida, T., Okubo, T., Arai, M., Hayashi, K., Sakai, H., Hasegawa, T., and Murase, J.

    13 th International Conference of The East and Southeast Asia Federation Of Soil Sciences (13 th ESAFS)  2017年12月  East and Southeast Asia Federation Of Soil Sciences

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    開催年月日: 2017年12月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Pattaya   国名:タイ王国  

  14. 水稲根圏における原生生物の生態と機能 招待有り

    村瀬 潤

    第362回生存権シンポジウム  2017年11月21日  京都大学

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    開催年月日: 2017年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:宇治  

  15. 北東シベリア湿地土壌のメタン酸化のポテンシャルと微生物叢の特性 国際共著

    村瀬潤, 杉本敦子, 新宮原諒, マキシモフ・トロフィーム・C

    日本土壌肥料学会中部支部2017年度大会  2017年10月26日  日本土壌肥料学会中部支部

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    開催年月日: 2017年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:富山  

  16. 水稲根圏におけるメタン酸化食物連鎖の安定同位体プロービング法による解析

    日比野優子, 常田岳志, 大久保卓, 荒井美和, 林健太郎, 酒井英光, 長谷川利拡, 村瀬潤

    日本土壌肥料学会2017年度仙台大会  2017年9月  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2017年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:仙台  

  17. ⽔⽥⼟壌のメタン酸化微⽣物⾷物連鎖の構造と機能 国際会議

    村瀬潤, 日比野優子, 常田岳志, 大久保卓, 荒井美和, 林健太郎, 酒井英光, 長谷川利拡

    日本地球惑星科学連合2017年大会  2017年5月24日  日本地球惑星科学連合

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    開催年月日: 2017年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:千葉  

  18. 人工水田土壌のメタン生成活性と微生物群集に及ぼす土壌構成要素の影響

    村瀬潤, 前田悠

    日本微生物生態学会第31回大会  2016年10月  日本微生物生態学会

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    開催年月日: 2016年10月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:横須賀  

  19. Diversity and ecology of microeukaryotes in rice field soil 招待有り 国際会議

    The 8th Asian Symposium on Microbial Ecology  2016年10月1日  Taiwan Society of Microbial Ecology

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    開催年月日: 2016年9月 - 2016年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  20. 北東シベリア湿地土壌のメタン酸化ポテンシャル 国際共著

    村瀬潤, 杉本敦子, 新宮原諒, マキシモフ・トロフィーム・C

    日本土壌肥料学会2016年度佐賀大会  2016年9月20日  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2016年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:佐賀  

  21. Response of the protistan community of a rice field soil to different oxygen tensions. 国際会議

    16th International Symposium on Microbial Ecology  2016年8月  International Society of Microbial Ecology

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    開催年月日: 2016年8月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:Montreal   国名:カナダ  

  22. 太陽熱土壌消毒が土壌微生物群集に及ぼす影響のeDNA解析による評価

    大島崇彰, 篠原陽子, 山野明日夏, 前坂昌宏, 横江和典, 山縣美奈, 橋本知義, 村瀬潤, 浅川晋

    日本土壌微生物学会2016年度大会  2016年6月11日  日本土壌微生物学会

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    開催年月日: 2016年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:岐阜  

  23. 有機物資材の長期施用が畑土壌の病害抑止性と微生物群集に及ぼす影響

    村瀬潤, 田原保樹, 日置真優, 西内俊策, 北野英己, 柘植尚志

    日本土壌微生物学会2016年度大会  2016年6月11日  日本土壌微生物学会

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    開催年月日: 2016年6月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:岐阜  

  24. Methane Oxidation Potential of Arctic Wetland Soil of a Taiga-Tundra Ecotone in Northeastern Siberia 国際共著 国際会議

    2016年5月26日 

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    開催年月日: 2016年5月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

  25. 水田土壌微生物の態解析を目指した人工開発 —腐植物質が微生群集およびその活性に及ぼす影響 —

    前田悠, 村瀬潤

    日本土壌肥料学会中部支部第95回例会  2016年3月3日  日本土壌肥料学会中部支部

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    開催年月日: 2016年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:三重  

  26. 水田土壌微生物の生態解析を目指した人工土壌の開発

    前田悠, 村瀬潤

    第31回日本腐植物質学会  2015年11月20日  日本腐植物質学会

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    開催年月日: 2015年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    開催地:名古屋  

  27. Methane oxidation potential of arctic wetland soil of a Taiga-Tundra ecotone in Northeastern Siberia. 国際共著 国際会議

    Murase, J., Sugimoto, A., Shingubara, R., and Maximov, T. C

    The 7th Japan-Taiwan-Korea International Symposium on Microbial Ecology  2015年10月18日 

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    開催年月日: 2015年10月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

  28. Methane-driven microbial food web in a rice field soil 招待有り 国際会議

    International Synposiumm "From classic to Frontiers: Methanotrophy and Meta-omics”  2015年9月21日  Chinese Academy of Science

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    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:中華人民共和国  

  29. Diversity and Ecology of Microeukaryotic Community in a Paddy Soil 国際会議

    12th International Conference of the East and Southeast Asia Federation of Soil Science Societies (ESAFS2015)  2015年9月18日  East and Southeast Asia Federation of Soil Science Societies

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    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:英語  

    国名:中華人民共和国  

  30. 異なる有機物資材の長期施用が畑土壌の細菌群集に及ぼす影響

    村瀬潤, 田原保樹, 日置真優, 西内俊策, 北野英己, 柘植尚志

    日本土壌肥料学会2015年京都大会  2015年9月  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:京都  

  31. Methane Oxidation Potential of Arctic Wetland Soil of a Taiga-Tundra Ecotone in Northeastern Siberia 国際共著 国際会議

    2015年5月26日 

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    開催年月日: 2015年5月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

  32. Assimilation of Plant-derived Carbon by Microeukaryotes in a Rice Field Soil 国際会議

    Murase, J., Lee, C. G., Li, Y., Shibata, M., Nakatani, H., Minami, H., Watanabe, T., Asakawa, S., and Kimura, M.

    15th International Symposium on Microbial Ecology  2018年8月  International Society of Microbial Ecology

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年8月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:大韓民国  

  33. Assimilation of Plant-derived Carbon by Microeukayotes in Rice Field Soil Revealed Using Stable-Isotope Probing. 国際会議

    Murase, J., Lee, C. G., Li, Y., Shibata, M., Nakatani, H., Minami, H., Watanabe, T., Asakawa, S., and Kimura, M.

    5th TKJ International Symposium in Microbial Ecology  2013年11月1日  Taiwan Society of Microbial Ecology

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    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:台湾  

  34. 長期の施肥管理が水田土壌の繊毛虫群集に及ぼす影響

    村瀬潤, 松田梨里, 飛田あづさ, 小川佳織, 今井克彦, 吉川那々子, 野々山利博, 木村眞人

    日本土壌肥料学会2013年度名古屋大会  2013年9月  日本土壌肥料学会

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    開催年月日: 2013年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    開催地:名古屋  

  35. PLFA-SIP法を用いた水田土壌の原生動物によるメタン酸化細菌の捕食解析

    村瀬 潤、Paul Bodelier

    日本土壌微生物学会 

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    開催年月日: 2010年5月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  36. 微生物食物連鎖の分子生物学的解析:メタン酸化を例として

    日本生態学会 

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    開催年月日: 2010年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  37. 水田土壌から分離された新奇Heteroloboseaアメーバの形態学的・分子系統学的解析

    村瀬 潤、Johan F. De Jonckheere

    日本陸水学会東海支部会 

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    開催年月日: 2010年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  38. 原生動物の捕食作用が水田土壌のメタン酸化細菌群集に及ぼす影響

    村瀬 潤、Peter Frenzel

    日本微生物生態学会 

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    開催年月日: 2009年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  39. 有機物施用および酸素の有無が水田土壌の真核微生物群集に及ぼす影響

    岩崎和史・村瀬 潤・木村眞人

    日本土壌肥料学会 

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    開催年月日: 2009年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  40. Impact of protozoan grazing on the community of methanotrophic bacteria in a wetland rice field soil 国際会議

    the10th InternationalSymposium on Bacterial Genetics and Ecology 

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    開催年月日: 2009年6月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

  41. 水田土壌のメタン酸化細菌群集におよぼす原生動物の影響

    村瀬 潤・Peter Frenzel

    日本土壌微生物学会 

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    開催年月日: 2009年6月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  42. 水田土壌の原生動物によるメタン酸化細菌の選択的捕食

    村瀬 潤、Paul L.E. Bodelier

    日本陸水学会東海支部会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  43. 水田土壌生態系の機能における細菌-原生生物系の役割

    日本土壌肥料学会2008年度大会 

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    開催年月日: 2008年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  44. Selective grazing of free-living naked amoeba on methane-oxidizing bacteria. (Wako, Japan) 9 2007.8-27-30 国際会議

    XIIth International Meeting on the Biology and Pathogenicity of Free-Living Amoebae 

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    開催年月日: 2007年8月

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

    Biological methane oxidation at the oxic-anoxic interface in wetland soils and sediments is a key process in methane cycle, preventing large amounts of this greenhouse gas from escaping into the atmosphere. Methane oxidizing bacteria (MOB) is the only group of aerobic bacteria that oxidize methane and assimilate methane-C. However, the fate of MOB-biomass is largely unknown. Here we demonstrate that a microbial food web can be driven by methane. Soil microcosms, in which a thin layer of water-sa

  45. 水田土壌から単離したアメーバの系統解析

    村瀬 潤・Peter Frenzel

    日本土壌肥料学会2007年度大会 

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    開催年月日: 2007年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

    原生動物は細菌群集の構造や機能に影響を及ぼす生物因子である。土壌原生動物の生残・活性は土壌の水分状態に支配されるので、湛水状態の水田土壌は原生動物にとって好適な環境であると予想される。水田土壌中の原生動物の研究は、これまで繊毛虫が主たる対象であり、細菌に対する影響が大きいといわれるアメーバ、鞭毛虫の多様性に関する知見は限られている。本研究では、水田土壌から単離したアメーバについて18SrRNA遺伝子配列に基づく系統解析を行った。

  46. メタン酸化細菌に対する原生動物の捕食選択性

    村瀬 潤・Peter Frenzel

    日本土壌微生物学会2007年度大会 

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    開催年月日: 2007年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

    水田土壌の嫌気層で生成したメタンは,大気へと放出される過程で土壌表層や好気的な根圏で大部分酸化されると考えられている。これまでに,酸化還元層を再現したモデル実験により,メタン酸化細菌以外にも細菌捕食性の原生動物がメタン由来の炭素を同化することが明らかとなり,原生動物によるメタン酸化細菌バイオマスの捕食作用が示唆された。本研究では,異なるメタン酸化細菌に対する土壌原生動物の捕食性を比較した。
    メタンを基質として培養したメタン酸化細菌10株を餌細菌に含む無機塩培地を用いて,水田土壌中の原生動物数を最

  47. The Methanotrophic Microbial Food Chain in a Rice Field Soil 国際会議

    The 10th International Symposium on Wetland Biogeochemistry 

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    開催年月日: 2007年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    Biological methane oxidation at the oxic-anoxic interface in wetland soils and sediments is a key process in methane cycle, preventing large amounts of this greenhouse gas to escape into the atmosphere. A specific group of aerobic bacteria oxidises methane and is also able to assimilate methane-C. In limnic ecosystems, MOB (methane oxidising bacteria) are responsible for most of the methane oxidation, and they are also important in the surface layer of marine sediments. However, the fate of meth

  48. 水田土壌の物質循環と原生動物の機能

    村瀬 潤

    2006年度・日本微生物生態学会 学際シンポジュウム -土壌における原生生物の多様性と微生物との相互作用- 

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    開催年月日: 2006年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  49. 原生動物が水田土壌の物質循環に及ぼす影響

    村瀬 潤・Peter Frenzel・Matthias Noll

    日本土壌肥料学会2006年度秋田大会 

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    開催年月日: 2006年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  50. 水田土壌の原生生物群集に及ぼすメタンの影響

    村瀬 潤・Peter Frenzel

    土壌微生物学会 

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    開催年月日: 2006年

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

  51. A microbial food web in a rice field soil driven by methane oxidation. 国際会議

    11th International Symposium on Microbial Ecology 

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    開催年月日: 2006年

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

  52. The impact of protists on activity and structure of bacterial community in a flooded rice field soil. 国際会議

    ASLO Summer Meeting 

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    開催年月日: 2005年

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(一般)  

  53. Methane dynamics in Lake Biwa. 国際会議

    The Goldschmidt Conference 2003 

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    開催年月日: 2003年

    記述言語:英語  

  54. Carbon dynamics in bottom sediment of Lake Biwa, Japan: origins, metabolism, and impact on the lake ecosystem. 国際会議

    The International Symposium on Response of Terrestrial Watershed Ecosystems in Monsoon Asia to Global Change (Kyoto, Japan) 

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    開催年月日: 2002年

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

    国名:日本国  

  55. Chemical determination of microbially reducible manganese and iron in paddy soils and lake sediments. 国際会議

    17th World Congress of Soil Science 

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    開催年月日: 2002年

    記述言語:英語   会議種別:ポスター発表  

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Works(作品等) 4

  1. 環境と微生物の事典編集委員

    2012年4月
    -
    2014年8月

  2. 陸水学事典

    2006年

  3. 熱帯農業事典

    2003年

  4. 琵琶湖堆積物の生元素の空間的分布  1, 52-55(1998)

    1998年

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    発表場所:エコフロンティア 1, p.52-55  

共同研究・競争的資金等の研究課題 2

  1. 水田からのメタン放出制御に向けた微生物間相互作用の解析

    2010年10月 - 2011年9月

    住友財団環境研究助成 

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    資金種別:競争的資金

  2. メタンが涵養する土壌微生物群集の解析

    2006年

科研費 16

  1. 根圏マイクロバイオームを活用した持続型農業を実現するイネ遺伝子の探索と育種利用

    研究課題/研究課題番号:21K18221  2021年7月 - 2024年3月

    科学研究費助成事業  挑戦的研究(開拓)

    中園 幹生, 村瀬 潤, 藤原 徹

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    担当区分:研究分担者 

    低投入持続型農業を実現するには、少ない施肥でも収量を維持し安定した作物生産が可能となる品種の開発が有望視されており、そのためには少肥栽培時の作物の成長と収量の維持に寄与する遺伝子の単離とその育種利用が重要である。本研究では、イネを材料に用いて、無施肥条件下での成長・収量関連形質と根圏微生物との関係性を解明し、少肥栽培時の成長を支える根圏微生物との共生に関わるイネ遺伝子を同定することで、これらを遺伝子資源として育種利用することを目指す。

  2. トウモロコシ属植物の耐湿性獲得機構の全容解明と分子育種への応用

    研究課題/研究課題番号:21H04724  2021年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(A)

    中園 幹生, 間野 吉郎, 村瀬 潤, 高橋 秀和

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    担当区分:研究分担者 

    本研究課題では、耐湿性の高いトウモロコシ属植物Zea nicaraguensis(ニカラグアテオシント)を遺伝資源として育種利用することで、トウモロコシの耐湿性の改善を目指す。まずは、ニカラグアテオシントの酸素漏出(ROL)バリア形成、地表根形成、還元耐性に関わる遺伝子に着目し、ROLバリア形成と地表根形成の制御機構の解明、還元耐性形質の責任遺伝子の同定と機能解明、還元耐性に寄与する根圏微生物叢の探索等を推進することによって、ニカラグアテオシントの耐湿性獲得機構の全容を明らかにする。さらに、これらの耐湿性遺伝子を全て集積した系統を作出し、耐湿性を強化したトウモロコシの品種育成を推進する。

  3. 遺伝型・表現型が支配する水稲根圏の微生物食物連鎖構造と機能

    研究課題/研究課題番号:20H02887  2020年4月 - 2023年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    村瀬 潤, 中園 幹生, 土井 一行, 西内 俊策

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:17940000円 ( 直接経費:13800000円 、 間接経費:4140000円 )

    根圏は植物と土壌微生物の相互作用のホットスポットである。植物根が土壌微生物に特徴的な生育環境を提供する一方、植物の良好で健全な生長は根圏微生物群集の構成やはたらきと深い関係にある。原生生物による捕食作用は、細菌・糸状菌の群集構造や活性に影響を与える重要なファクターであると認識されているが、根圏での原生生物のはたらきが他の微生物および植物の生育に与える影響はほとんど明らかにされていない。本研究では、水稲根圏における微生物食物連鎖の構造とその機能を解析し、イネの品種と根圏微生物との連関を明らかにする。

  4. 田畑輪換圃場の微生物群集動態を長期継続調査し水田土壌微生物群集の安定性を解明する

    研究課題/研究課題番号:18H02114  2018年4月 - 2023年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    浅川 晋, 村瀬 潤, 渡邉 健史

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    担当区分:研究分担者 

    水田土壌中の微生物が極めて安定で頑健な群集を形成しているメカニズムの解明を目指し、田畑輪換圃場に注目し、田畑輪換による畑転換・水田復元に伴う各種土壌微生物群集の動態を長期間にわたり調査・解析する。田畑輪換の管理で生じる畑転換と水田復元が群集の存在量と構成に及ぼす影響や、群集の動態とその変化に影響を及ぼす要因を明らかにすることを目的とする。
    農研機構東北農業研究センター大仙研究拠点(秋田県大仙市)内の長期田畑輪換試験圃場の輪換区と対照の連年水田区より、水稲あるいはダイズの生育中(6月)、収穫後(10月)の2回作土層土壌を採取し、DNAおよびRNAの抽出用試料として調製・保存した。輪換区については2019年はダイズ作後水稲作に戻され3年目の水田から再度ダイズ畑へと転換された初年目、2020年はダイズ作2年目である。2008年から2019年(2010年は除く)の12年間にわたり採取した試料について16S rRNA遺伝子を対象にした定量PCR法によりGeobacteriaceae科およびAnaeromyxobacter属鉄還元菌の存在量を調査した。輪換区はこの期間中2回の水田復元を挟み3回畑転換が行われている。輪換区のGeobacteriaceae科鉄還元菌は畑作期間に連年水田区よりも約1-2桁低下し、水田期間には連年水田区とほぼ同程度にまで増加した。輪換区の全細菌の存在量は連年水田区よりも低かったがその差は1桁以内であり、Geobacteriaceae科鉄還元菌が畑転換の影響を大きく受けていることが示された。輪換区のAnaeromyxobacter属鉄還元菌は畑作期間に連年水田区よりも低下する傾向があったがその差はほぼ1桁以内であり、Geobacteriaceae科鉄還元菌とは異なる動態を示した。以上より、鉄還元菌の中でも畑転換に対する菌群動態の応答が異なることが明らかになった。
    新型コロナウイルスの感染拡大のためダイズあるいは水稲の播種・移植前(4月)の土壌試料の採取ができなかったが、水稲あるいはダイズの生育中(6月)と収穫後(10月)には対象とする田畑輪換試験圃場より継続的に土壌試料の採取を続けることができた。また、2008年から2019年にかけて12年間にわたる試料について、畑転換の大きな影響を受けると考えられる鉄還元菌群の動態の特徴を明らかにすることができ、おおむね順調に研究が進展していると考えている。
    輪換区については2021年は畑転換3年目のダイズ畑となる予定であり、畑転換後の微生物群集の経時変化を解析するための試料採取と解析を進めていく予定である。ダイズあるいは水稲の播種・移植前の試料については、新型コロナウイルスの感染拡大による移動制限措置が厳しくなる前に出張し採取を行った。今後も感染拡大状況を勘案しながら試料採取のための出張可能時期を見極め、対象とする田畑輪換試験圃場より土壌試料の採取を継続し、得られた試料の解析を行っていく予定である。

  5. 熱帯畑作地における有機物の「質・量」統合的生態系管理による劣化土壌修復技術の創出

    研究課題/研究課題番号:18H02315  2018年4月 - 2022年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(B)

    小崎 隆, 村瀬 潤, 杉原 創, 沢田 こずえ

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    担当区分:研究分担者 

    2年目にあたる本年度は、課題1:土地利用が土壌微生物群集の多様性・機能および群集内・間の炭素利用効率に与える影響の解明、に取り組むため、昨年度に引き続き、タンザニアにおいて、土地利用が異なる4地点から採取した土壌の分析を行った。この結果、アンプリコン解析を用いた土壌微生物の群集構造の解析およびシャノン指数を用いた多様性評価の結果、炭素利用効率が高い地点で、1)特定の微生物群集が存在すること、2)微生物の多様性が高いこと、を明らかにした。以上のことは、仮説「農地化に伴う微生物群集構造の変化は炭素利用効率を低下させる」を支持している。
    これに加えて、土壌の理化学性と微生物群集構造は類似しているが、微生物の多様性と炭素利用効率には有意な差がある、畑地と乾燥林の2地点を対象に、添加した炭素を実際に体内に取り込んだ微生物の群集構造や多様性を特定するために、Stable Isotope Probe法を用いた実験を行い、試料を作成した。次年度以降、これら試料中の微生物群集を、アンプリコン解析により評価することで、実際に基質を利用している微生物群集が土地利用間でどの程度違うのか、に着目して、2地点の炭素利用効率の違いを検討する。
    また、上述した結果は熱帯酸性土壌であるタンザニアでの実験結果であるが、熱帯アルカリ性土壌であるインドでも同様の調査を実施し、類似の試験設定で各種試料を採取している。次年度以降、同様の実験を行い解析することで、より広範な生態環境条件下を対象とした仮説の検証を行う。
    上述したとおり、当初の計画通り、昨年度入手した分析試料の分析や解析が順調に進んでいる。加えて、現在までに得られた結果も仮説を支持するものとなっていることから、(2)おおむね順調に進展している、といえる。
    課題1の達成のために、引き続き1-2年目に採取・精製した試料を用いた分析を行う。具体的には、SIP法を用いた土壌微生物の群集内における炭素資源利用特性の評価(タンザニアの試料)と、土地利用ごとの土壌理化学性と土壌微生物の群集構造および炭素利用効率の関係性解明(インドの試料)である。これらの遂行により、仮説「農地化に伴う微生物群集構造の変化は炭素利用効率を低下させる」を熱帯地域において実証する。
    次に、課題2:多様な有機物の施用が有機物分解速度に与える影響の解明、に関しては、COVID-19の影響も考慮しつつ、安全第一としたうえで、慎重かつ柔軟に研究を進めることとする。具体的には、万が一、現地での圃場試験ができなかった場合には、すでに手元にある現地土壌を用いて、日本国内で類似の培養実験を実施することを検討する。
    加えて、得られた研究成果を国内外の学会で発表するとともに、投稿論文の取りまとめを行う。

  6. Cryo-TOF-SIMS/SEMによる根圏効果のサブミリスケールの可視化

    研究課題/研究課題番号:16K15075  2016年4月 - 2020年3月

    村瀬 潤

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:3640000円 ( 直接経費:2800000円 、 間接経費:840000円 )

    水稲根圏の化学環境をサブミリスケールで可視化することを試みた。軟寒天培地のミニ根箱で栽培した水稲幼苗を寒天ごと切り出して瞬間凍結し、最近開発された、飛行時間二次イオン質量分析/走査電子顕微鏡(Cryo-TOF-SIMS/SEM)システム用いて根および周辺のイオン濃度分布を数100マイクロメータの範囲で可視化することに成功した。原生生物の空間分布からも水稲根圏の微視的な環境勾配について明らかにした。また、水稲根圏の細菌群集に原生生物の捕食作用が重要な役割を果たすことを明らかにした。
    植物根からの浸出物の供給による根圏効果は広く知られた事実であるが、周辺微小生態系への影響についての空間的情報はほとんど得られていなかった。根圏の化学環境をサブミリスケールで解析した本研究の成果は、植物と土壌微生物の相互作用のホットスポットである根圏環境の研究の新たなアプローチ、またCryo-TOF-SIMS/MSのポテンシャルを提示するものである。また、本研究で開発したガラス製ミニ根箱は、化学環境と微生物環境の同時可視化を実現した。

  7. 酸化還元境界層のゆらぎが微生物の動態とガス代謝に及ぼす影響

    研究課題/研究課題番号:16H05056  2016年4月 - 2019年3月

    村瀬 潤

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:17680000円 ( 直接経費:13600000円 、 間接経費:4080000円 )

    水田土壌に焦点を当てて、酸化還元境界層のゆらぎの実態と微生物群集の応答を解析した。水田土壌表層は過飽和から完全な無酸素状態まで、溶存酸素濃度が極めて大きな変動を示した。水稲根圏でもイネの生育に応じて酸化還元電位が劇的に変動した。水田土壌に生息する原生生物は、好適な酸素濃度あるいは酸化還元電位を持つグループや広範囲の酸素濃度に適応するグループが存在し、酸化還元境界層で捕食者として重要な役割を果たすと考えられた。メタン酸化細菌はメタン酸化に酸素を必須とするものの、嫌気状態に置かれても長期間活性を維持することが可能であった。また、微好気性鉄酸化細菌が表層で活動することが明らかとなった。
    酸化還元境界層は、多くの重要な微生物代謝が進行するホットスポットであるが、厚さ数ミリの酸化還元境界層の中での劇的な化学的濃度勾配に応じた微生物の群集や活性の空間分布の詳細はほとんど分かっていなかった。本研究では、酸化還元境界層が大きなゆらぎを有していることを実証するとともに、境界層で微生物がサブミリスケールの住み分けを行なっている実態を明らかにした。また物質循環の鍵を担う微生物群集の境界層のゆらぎに対する応答を検証した。本研究の成果から、酸化還元境界層における環境変動が微生物の生態や温室効果ガスであるメタンの動態に及ぼす影響を微生物サイズの視点に立ったスケールで解析することの重要性が示された。

  8. 北東シベリア永久凍土地帯のガス代謝と微生物群集の環境変動に対する応答

    研究課題/研究課題番号:16H05618  2016年4月 - 2019年3月

    村瀬 潤

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:16250000円 ( 直接経費:12500000円 、 間接経費:3750000円 )

    北東シベリア永久凍土湿地帯の温室効果ガスメタンの代謝とそれに関与する微生物群集の実態と環境変動に対する応答を調査した。メタン放出の鍵となるメタン酸化ポテンシャルは他の環北極域の湿地土壌よりも高いことが明らかとなる一方で、メタン放出に対しての抑止力としての機能は弱いことが示された。また、土壌微生物群集の構成についても他の環北極域の土壌との違いが明らかとなり、本地域の独自性が明らかとなった。
    本研究では、地球環境変動の影響が最も懸念される環北極域のなかでも調査が進んでいない北東シベリアを対象に、ガス代謝と微生物叢の解析を同時に行い、永久凍土湿地土壌の物質循環とそれに関わる微生物群集を明らかにした。メタン酸化に対する温度条件の影響やメタン酸化に関わる微生物叢の知見は、温暖化に対する永久凍土帯のガス代謝の応答と将来予測に資する生物的パラメータを提供するものと期待される。

  9. 小川原湖における異臭味原因物質の発生要因の解明

    研究課題/研究課題番号:15K07532  2015年4月 - 2018年3月

    眞家 永光

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    担当区分:研究分担者 

    小川原湖水の物理環境と,冬の大風や台風などの極端な気象が物理環境に与える影響を明らかにした。湖水体積の13%を占める15~21mの層に全窒素の22-63%,全リンの38-79%が存在した。これらは経時的に大きく変動することより,浅層の窒素・リンの重要な供給源になっていると考えられた。また,小川原湖は,植物プランクトン組成の異なる3つの水域に類別された。ラン藻類が優占する秋季に鉄濃度が上昇したことから,糸状藍藻類の増殖に鉄が関与している可能性が示唆された。異臭味物質(2-MIB)産生菌として考えられている糸状藍藻類15株(うち2-MIB産生遺伝子を持つもの5株)を単離培養することに成功した。

  10. 土壌生態系の解剖学的解析ツールとしての人工土壌の開発

    2013年4月 - 2016年3月

    科学研究費補助金 

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    担当区分:研究代表者 

  11. 水稲根圏におけるメタンの動態に関わる微生物食物連鎖の構造と機能の解析

    2013年4月 - 2016年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(B)

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    担当区分:研究代表者 

  12. メタン酸化をめぐる微生物食物連鎖の機能解析                   

    2008年

    科学研究費補助金  基盤研究(C),課題番号:20580061

    村瀬 潤

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    担当区分:研究代表者 

  13. 湿地土壌における原生生物の多様性と機能

    2003年10月 - 2008年3月

    科学研究費補助金 

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    担当区分:研究代表者 

  14. 微生物還元性鉄・マンガンの化学的定量法の確立と環境動態解析への応用

    2001年7月 - 2003年1月

    科学研究費補助金  奨励研究(A)

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    担当区分:研究代表者 

    科研費

  15. 湖沼におけるガス交換

    1999年7月 - 2002年1月

    科学研究費補助金  特定領域研究(B)(2)(計画)

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    担当区分:研究分担者 

    科研費

  16. 21世紀の環境構造変化に対応できる「琵琶湖標準モデル」の開発

    1998年7月 - 2000年1月

    科学研究費補助金  基盤研究(A)(2)(一般)

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    担当区分:研究分担者 

    科研費

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担当経験のある科目 (本学) 4

  1. 微生物生態学

    2015

  2. 微生物の科学

    2015

  3. Agricultural Science

    2011

  4. 環境問題と人間

    2011

担当経験のある科目 (本学以外) 5

  1. 環境微生物学

    2010年4月 - 2011年3月 中部大学)

  2. 2005年4月 - 2006年3月

  3. 環境微生物学

    2009年4月 - 2010年3月 中部大学)

  4. 2003年4月 - 2004年3月

  5. 2003年4月 - 2004年3月

 

社会貢献活動 2

  1. 岡崎北高校連携講座

    2012年8月 - 現在

  2. 経済学研究科オープンカレッジ

    2010年4月 - 2012年3月