Updated on 2024/09/20
博士(農学) （ 1994.10 名古屋大学 ）
wetland
protists
microbial food web
methane
水稲根圏微生物
Others / Others / Biogeochemistry
Others / Others / Plant Nutrient Science/Soil Studies
Others / Others / Microbial Ecology
水田生態系における微生物群集の生態
農耕地土壌の光合成微生物の生態
Diversity and function of protists in wetland soils
環北極陸域生態系のメタン動態
土壌生態系機能の解明を目指した人工土壌の開発
Mie University
2020.4 - 2023.3
Nagoya University
2015.4
中部大学応用生物学部 非常勤講師
2008.4 - 2012.3
Country：Japan
名古屋大学大学院生命農学研究科 講師
2007.4
Country：Japan
名古屋女子大学家政学部 非常勤講師
2005
Country：Japan
名城大学農学部非常勤講師
2003
Country：Japan
名古屋女子大学家政学部 非常勤講師
2003
Country：Japan
名古屋大学大学院生命農学研究科 助手
2001.4 - 2007.3
Country：Japan
School of Environmental Science, University of Shiga Prefecture (Assist. Prof.)
1996.4 - 2001.3
Country：Japan
名古屋大学農学研究科 日本学術振興会特別研究員
1992.4 - 1994.3
Country：Japan
Nagoya University Graduate School, Division of Agriculture
1989.4 - 1994.10
Country： Japan
Nagoya University Faculty of Agriculture
1985.4 - 1989.3
Country： Japan
日本土壌肥料学会
日本微生物生態学会 評議員
2012.1 - 2013.12
日本土壌微生物学会
日本陸水学会
International Society of Microbial Ecology
FAO Intergovernmental Technical Panel on Soils Expert
2018.6 - 2022.5
Best poster award
2013.10 Taiwan Society of Microbial Ecology
日本土壌肥料学会優秀ポスター賞
2010.9 日本土壌肥料学会
日本土壌微生物学会優秀ポスター賞
2009.6 日本土壌微生物学会
日本陸水学会 吉村賞
2001.10 日本陸水学会
Murase, J; Asiloglu, R
BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS Vol. 60 ( 2 ) page： 255 - 255 2024.2
Sawada, K; Inagaki, Y; Sugihara, S; Kunito, T; Murase, J; Toyota, K; Funakawa, S
APPLIED SOIL ECOLOGY Vol. 191 2023.11
Bacteriovory of enteric bacteria by soil isolated amoeba depends on both temperature and salinity
Das, S; Meyer, I; Alaguvel, V; Ghazaryan, L; Murase, J; Shnerb, N; Gillor, O
GEODERMA Vol. 439 2023.11
Shinjo, R; Oe, F; Nakagawa, K; Murase, J; Asakawa, S; Watanabe, T
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS Vol. 15 ( 5 ) page： 392 - 403 2023.10
Liang, MC; Sugimoto, A; Tei, S; Takano, S; Morozumi, T; Shingubara, R; Murase, J; Maximov, TC
JOURNAL OF GEOPHYSICAL RESEARCH-BIOGEOSCIENCES Vol. 128 ( 10 ) 2023.10
Arctic Plant Responses to Summer Climates and Flooding Events: A Study of Carbon and Nitrogen-Related Larch Growth and Ecosystem Parameters in Northeastern Siberia Reviewed International coauthorship
Liang, Maochang Sugimoto, Atsuko Tei, Shunsuke Takano, Shinya Morozumi, Tomoki Shingubara, Ryo Murase, Jun Maximov, Trofim C.
Journal of Geophysical Research: Biogeosciences Vol. 128 page： e2022JG007135 2023
Bascon Maria Victoria, Nakata Tomohiro, Shibata Satoshi, Takata Itsuki, Kobayashi Nanami, Kato Yusuke, Inoue Shun, Doi Kazuyuki, Murase Jun, Nishiuchi Shunsaku
AGRICULTURE-BASEL Vol. 12 ( 8 ) 2022.8
eDNA解析を利用した土壌微生物機能への太陽熱土壌消毒の影響評価法 Reviewed
浅川晋、村瀬潤、篠原陽子
日本土壌肥料学雑誌 Vol. 92 ( 6 ) page： 476 - 480 2021.12
土壌に関する政府間技術パネル(ITPS)作業グループ会合報告 Invited
村瀬 潤
日本土壌肥料学会誌 Vol. 92 ( 6 ) page： 501 - 502 2021.12
Soil texture and properties rather than irrigation water type shape the diversity and composition of soil microbial communities Reviewed International coauthorship
Obayomi Olabiyi, Seyoum Mitiku Mihiret, Ghazaryan Lusine, Tebbe Christoph C., Murase Jun, Bernstein Nirit, Gillor Osnat
APPLIED SOIL ECOLOGY Vol. 161 2021.5
Top-down effects of protists are greater than bottom-up effects of fertilisers on the formation of bacterial communities in a paddy field soil International coauthorship
Asiloglu Rasit, Kenya Kobayashi, Samuel Solomon Oloruntoba, Sevilir Bahar, Murase Jun, Suzuki Kazuki, Harada Naoki
Soil Biology and Biochemistry Vol. 156 2021.5
Effect of protists on rhizobacterial community composition and rice plant growth in a biochar amended soil Reviewed International coauthorship
Asiloglu Rasit, Sevilir Bahar, Samuel Solomon Oloruntoba, Aycan Murat, Akca Muhittin Onur, Suzuki Kazuki, Murase Jun, Turgay Oguz Can, Harada Naoki
BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS Vol. 57 ( 2 ) page： 293 - 304 2021.2
Biochar affects taxonomic and functional community composition of protists Reviewed International coauthorship
Asiloglu Rasit, Samuel Solomon Oloruntoba, Sevilir Bahar, Akca Muhittin Onur, Bozkurt Pinar Acar, Suzuki Kazuki, Murase Jun, Turgay Oguz Can, Harada Naoki
BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS Vol. 57 ( 1 ) page： 15 - 29 2021.1
Soil: the great connector of our lives now and beyond COVID-19 Reviewed International coauthorship
Poch Rosa M., dos Anjos Lucia H. C., Attia Rafla, Balks Megan, Benavides-Mendoza Adalberto, Bolanos-Benavides Martha M., Calzolari Costanza, Chabala Lydia M., de Ruiter Peter C., Francke-Campana Samuel, Prechac Fernando Garcia, Graber Ellen R., Halavatau Siosiva, Hassan Kutaiba M., Hien Edmond, Jin Ke, Khan Mohammad, Konyushkova Maria, Lobb David A., Moshia Matshwene E., Murase Jun, Nziguheba Generose, Patra Ashok K., Pierzynski Gary, Eugenio Natalia Rodriguez, Rojas Ronald Vargas
SOIL Vol. 6 ( 2 ) page： 541 - 547 2020.11
Susceptibility and resilience of the soil ciliate community to high temperatures Reviewed
Oshima Takaaki, Shinohara Yoko, Asakawa Susumu, Murase Jun
SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION Vol. 66 ( 6 ) page： 870 - 877 2020.11
Nakagawa Koki, Murase Jun, Asakawa Susumu, Watanabe Takeshi
JOURNAL OF SOILS AND SEDIMENTS Vol. 20 ( 11 ) page： 4034 - 4041 2020.11
Asiloglu Rasit, Shiroishi Keiko, Suzuki Kazuki, Turgay Oguz Can, Murase Jun, Harada Naoki
APPLIED SOIL ECOLOGY Vol. 154 page： 103599 2020.10
Methane oxidation potential of the arctic wetland soils of a taiga-tundra ecotone in northeastern Siberia Reviewed International coauthorship
Murase Jun, Sugimoto Atsuko, Shingubara Ryo, Liang Maochang, Morozumi Tomoki, Takano Shinya, Maximov Trofim C.
SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION Vol. 66 ( 4 ) page： 645 - 652 2020.7
田んぼの中の原生生物たちの暮らし Invited Reviewed
村瀬 潤
土と微生物 Vol. 74 ( 1 ) page： 26 - 31 2020.4
Maeda, Y; Mise, K; Iwasaki, W; Watanabe, A; Asakawa, S; Asiloglu, R; Murase, J
MICROBES AND ENVIRONMENTS Vol. 35 ( 4 ) 2020
Diversity of 2-MIB-Producing Cyanobacteria in Lake Ogawara: Microscopic and Molecular Ecological Approaches. Reviewed
Shizuka, K., Ikenaga, M., Murase, J., Nakayama, N., Kakino, W., Taruya, H., & Maie, N.
Aquatic Science Vol. 68 page： 9 - 23 2020
水田への魚類の遡上を促す遡上板の開発 Reviewed
皆川明子、若宮慎二、竹下邦明、佐川志朗、河口洋一、村瀬潤、都築隆禎、深澤洋二、江崎保男
応用生態工学 Vol. 23 ( 1 ) page： 79 - 84 2020
Morozumi, T; Shingubara, R; Murase, J; Nagai, S; Kobayashi, H; Takano, S; Tei, S; Fan, R; Maximov, TC; Sugimoto, A
POLAR SCIENCE Vol. 21 page： 186 - 194 2019.9
Shingubara Ryo, Sugimoto Atsuko, Murase Jun, Iwahana Go, Tei Shunsuke, Liang Maochang, Takano Shinya, Morozumi Tomoki, Maximov Trofim C.
BIOGEOSCIENCES Vol. 16 ( 3 ) page： 755 - 768 2019.2
Microhabitat segregation of heterotrophic protists in the rice (<i>Oryza sativa</i> L.) rhizosphere
Asiloglu, R; Murase, J
RHIZOSPHERE Vol. 4 page： 82 - 88 2017.12
Quest of Soil Protists in a New Era
Murase Jun
MICROBES AND ENVIRONMENTS Vol. 32 ( 2 ) page： 99 - 102 2017.6
Takenouchi Yuriko, Iwasaki Kazufumi, Murase Jun
FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY Vol. 93 ( 5 ) 2017.5
Yamagata Mina, Shinohara Yoko, Maesaka Masahiro, Murase Jun, Asakawa Susumu
SOIL SCIENCE AND PLANT NUTRITION Vol. 63 ( 5 ) page： 434 - 440 2017
Response of the protistan community of a rice field soil to different oxygen tensions Reviewed
Takenouchi, Y., Iwasaki, K., Murase, J.
FEMS Microbiology Ecology 2016
Active community structure of microeukaryotes in a rice (Oryza sativa L.) rhizosphere revealed by RNA-based PCR-DGGE Reviewed
Asiloglu, R., Murase, J.
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 62 page： 440-446 2016
Impact of long-term fertilizer treatment on the microeukaryotic community structure of a rice field soil. Reviewed
Murase, J., Hida, A., Ogawa, K., Nonoyama, T., Yoshikawa, N., Imai, K.
Soil Biology and Biochemistry Vol. 80 page： 237-243 2015
Impact of soil solarization on the ciliate community structure of a greenhouse soil. 61, 927-933 (2015) Reviewed
Yokoe, K., Maesaka, M., Murase, J., Asakawa, S
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 61 page： 641-652 2015
Impact of soil solarization on the ciliate community structure of a greenhouse soil. Reviewed
Murase, J., Shinohara, Y., Yokoe, K., Matsuda, R., Asakawa, S., Hashimoto, T.
Vol. 60 ( 4 ) page： 927-933 2015
Community structure of microeukaryotes in a rice rhizosphere revealed by DNA-based PCR-DGGE. Reviewed
Asiloglu, R., Honjo, H., Saka, N., Asakawa, S., Murase, J.
Soil Sci Plant Nutr Vol. 61 page： 761-768 2015
Abundance and composition of ammonia oxidizers in response to degradation of root cap cells of rice in soil microcosms. Reviewed
Li, Y., Watanabe, T., Murase, J., Asakawa, S., Kimura, M.
Journal of soils and sediments Vol. 14 page： 1587-1598 2014
Branched and isoprenoid glycerol dialkyl glycerol tetraethers in soils and lake/river sediments in Lake Biwa basin and implications for MBT/CBT proxies. Reviewed
Ajioka, T., Yamamoto, M., Murase, J.
Organic Geochemistry Vol. 73 page： 70-82 2014
Low nitrogen fertilization adapts rice root microbiome to low nutrient environment by changing biogeochemical functions. Reviewed
Ikeda, S., Sasaki, K., Okubo, T., Yamashita, A., Terasawa, K., Bao, Z., Liu, D., Watanabe, T., Murase, J., Asakawa, S., Eda, S., Mitsui, H., Sato, T., Minamisawa, K.
Microbes and Environments Vol. 29 page： 50-59 2014
Growth of hydrogenotrophic and acetoclastic methanogens on substrate from rice plant callus cells in anaerobic soil: an estimation to the role of slough-off root cap cells to their growth Reviewed
Li Y, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Vol. 59 page： 548-558 2013
Identification of the major capsid gene (g23) of T4-type bacteriophages that assimilate substrates from root cap cells under aerobic and anaerobic soil conditions using a DNA-SIP approach Reviewed
Li Y, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Vol. 63 page： 97-105 2013
安定同位体プロービング(SIP)法で探る水田土壌の物質動態と微生物 Invited Reviewed
村瀬 潤
土と微生物 67, 39-46 (2013) Vol. 67 page： 39-46 2013
Growth of hydrogenotrophic and acetoclastic methanogens on substrate from rice plant callus cells in anaerobic soil: an estimation to the role of slough-off root cap cells to their growth. Reviewed
Li, Y., Watanabe, T., Murase, J., Asakawa, S., Kimura, M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 59 page： 548-558 2013
Growth of methanogens in an oxic soil microcosm: Elucidation by a DNA-SIP experiment using 13C-labeled dried rice callus. Reviewed
Li, Y, Lee CG, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Vol. 58 page： 37-44 2012
Phylogenetic diversity of microturbellarians in Japanese rice paddy fields, with special attention to the genus Stenostomum. Reviewed
Yamazaki, M, Murase, J, Asakawa, S, Kimura, M
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 58 page： 11-23 2012
Incorporation of plant residue-derived carbon into the microeukaryotic community in a rice field soil revealed by DNA stable-isotope probing. Reviewed
Murase J, Shibata M, Lee CG, Watanabe T, Asakawa S, Kimura M
Vol. 79 page： 371-379 2012
北方湿地生態系からのメタン放出に及ぼす積雪の影響 Invited Reviewed
村瀬 潤
低温科学 Vol. 70 page： 131-136 2012
Strain-specific incorporation of methanotrophic biomass into eukaryotic grazers in a rice field soil revealed by PLFA-SIP. Reviewed
FEMS Microbiology Ecology Vol. 75 page： 284-290 2011
Identification of microbial communities that assimilate substrate from root cap cells in an aerobic soil using a DNA-SIP approach. Reviewed
Li, Y, Lee CG, Watanabe T, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Soil Biology & Biochemistry Vol. 43 page： 1928-1935 2011
Assimilation of glucose-derived carbon into methanogenic archaea in soil under unflooded condition. Reviewed
Watanabe T, Wang G, Taki K, Lee CG, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Applied Soil Ecology Vol. 48 page： 201-209 2011
A new thermophilic heterolobosean amoeba, Fumarolamoeba ceborucoi, gen. nov., sp. nov., isolated near a fumarole at a volcano in Mexico. Reviewed
Johan F. De Jonckheere JF, Murase J, Opperdoes FR
Vol. 50 page： 43-50 2011
Bacterial populations assimilating carbon from 13C-labeled plant residue in soil: analysis by a DNA-SIP approach. Reviewed
Lee CG, Watanabe T, Sato Y, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Vol. 43 page： 814-822 2011
Unique viral capsid assembly protein gene (g20) of cyanophages in the floodwater of a Japanese paddy field. Reviewed
Wang GH, Murase J, Asakawa S, Kimura M
Biol. Fert. Soils Vol. 46 page： 93-102 2010
Isolation of a new heterolobosean amoeba from a rice field soil: Vrihiamoeba italica gen. nov., sp. nov. Reviewed
Murase J, Kawasaki M, De Jonckheere JF
Eur. J. Protistol. Vol. 46 page： 164-170 2010
Isolation of a new heterolobosean amoeba from a rice field soil: Vrihiamoeba italica gen. nov., sp. nov. Reviewed
Murase J, Kawasaki M, De Jonckheere JF
European Jouranal of Protistology Vol. 46 page： 164-170 2010
Low diversity of T4-type bacteriophages in applied rice straw, plant residues and rice roots in Japanese rice soils: Estimation from major capsid gene (g23) composition. Reviewed
Fujihara S, Murase J, Tun CC, Matsuyama T, Ikenaga M, Asakawa S, Kimura M
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 56 page： 800-812 2010
Novel cyanophage photosynthetic gene psbA in the floodwater of a Japanese rice field. Reviewed
Wang GH, Murase J, Asakawa S, Kimura M
FEMS Microbiol. Ecol. Vol. 70 page： 79-86 2009
Methanogenic archaeal communities developed in paddy fields in the Kojima Bay polder, estimated by denaturing gradient gel electrophoresis, real-time PCR and sequencing analyses. Reviewed
Watanabe, T., Cahyani, V.R., Murase, J., Ishibashi, E., Kimura, M., Asakawa, S.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 55 page： 73-79 2009
Phyologenetic positions of Mn-oxidizing bacteria and fungi inhabiting Mn nodules in rice field subsoils. Reviewed
Cahyani, V.R., Murase, J., Ikeda, A., Taki, K., Asakawa, S., Kimura,M
Biol. Fertil. Soils Vol. 45 page： 337-346 2009
T4-type bacteriophage communities estimated from the major capsid genes (g23) in manganese nodules in Japanese paddy fields. Reviewed
Cahyani VR, Murase J, Ishibashi E, Asakawa S, Kimura M
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 55 page： 468-477 2009
Changes in major capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages with soil depth in two Japanese rice fields. Reviewed
Wang GH, Murase J, Taki K, Ohashi Y, Yoshikawa N, Asakawa S, Kimura M
Biol. Fert. Soils Vol. 45 page： 521-529 2009
Eukaryotic communities associated with the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field estimated by DGGE analysis Reviewed
HatamotoM., Tanahashi T., Murase J., Matsuya M., Hayashi M., Kimura M., Asakawa S.
Bio. Fert. Soils Vol. 44 ( 3 ) page： 527-532 2008
*Selective grazing of methanotrophs by protozoa in a rice field soil. Reviewed
Murase,J. Frenzel,P.
FEMS Microbiol. Ecol. Vol. 65 page： 408-414 2008
Phyologenetic positions of Mn-oxidizing bacteria and fungi inhabiting Mn nodules in rice field subsoils. Reviewed
Vita Ratri Cahyani, Jun Murase, Akihiro Ikeda, Katsutoshi Taki, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
Bio. Fert. Soils page： 10.1007/s00374-008-0337-8. 2008
Bacterial communities in Fe mottles in the plow pan layer of a Japanese rice field: estimation using PCR-DGGE and sequencing analyses Reviewed
Vita Ratri Cahyani, Jun Murase, Eiji Ishibasi, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 54 ( 4 ) page： doi: 10.1111/j.1747-0765.2008.00291.x 2008
*A methane-driven microbial food web in a wetland rice soil. Reviewed
Murase, J., Frenzel,P.
Environ. Microbiol. Vol. 9 ( 12 ) page： 3025-3034 2007.12
*水田土壌の細菌群集の構造と機能に及ぼす原生動物の影響 Invited
村瀬 潤
土と微生物 Vol. 61 page： 65-68 2007
Bacterial communities in manganese nodules in rice field subsoils: estimation by PCR-DGGE and sequencing analyses. Reviewed
Cahyani, V.R., Murase,J., Ishibashi,E., Asakawa,S., Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 53 page： 578-584 2007
Impact of protists on the activity and structure of the bacterialcommunity in a rice field soil Reviewed
Murase, J., Noll, M., Frenzel,P.
Applied and Environmental Microbiology Vol. 72 ( 8 ) page： 5436-5444 2006.8
土壌中の遺伝子・遺伝情報 何ができるのか、何が分かるのか９．土壌DNAの利用、新しい研究手法（その２）Stable Isotope Probing Invited Reviewed
村瀬 潤
日本土壌肥料学雑誌 Vol. 77 ( 2 ) page： 231-234 2006
*Incorporation of 13C-labeled rice straw carbon into microbial communities in submerged rice field soil and the percolating water. Reviewed
Vol. 38 page： 3483-3491 2006
Vertical Changes in Bacterial communities in percolating water of a Japanese paddy field as revealed by PCR-DGGE. Reviewed
Murase,J., Shimizu,M., Hayashi,M., Matsuya,K., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 51 page： 821-829 2005
Inhibitory effect of light on methane oxidation in the pelagic water column of a mesotrophic lake (Lake Biwa, Japan). Reviewed
Murase,J. and Sugimoto,A.
Limnol. Oceanogr. Vol. 50 page： 1339-1343 2005
Carbon cycling in rice field ecosystems in the context of input, decomposition and translocation of organic materials and the fates of their end products (CO2 and CH4). Reviewed
Kimura,M., Murase,J., and Lu,Y.
Soil Biol. Biochem. Vol. 36 page： 1399-1416 2005
Effect of rice straw amendment on dissolved organic and inorganic carbon, and cationic nutrients in percolating water from a flooded paddy soil: A microcosm experiment using 13C-enriched rice straw. Invited Reviewed
Katoh,M., Murase,J., Sugimoto,A., and Kimura,M.
Org. Geochem. Vol. 36 page： 803-811 2005
Bacterial community responsible for the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field estimated by DGGE analysis of amplified 16S rDNA and 16S rRNA fragments. Reviewed
Tanahashi,T., Murase,J., Matsuya,K., Asakawa, S., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr., 51, 351-360 (2005) Vol. 51 page： 351-360 2005
Dynamics of methane in a mesotrophic Lake Biwa, Japan. Invited Reviewed
Murase.J., Sakai,Y., Kametani,A., and Sugimoto,A.
Ecol. Res. Vol. 20 page： 377-385 2005
Analysis of communities of ammonia oxidizers, methanotrophs, and methanogens associated with microcrustaceans in the floodwater of a rice field microcosm. Reviewed
Niswati,A., Murase,J., Asakawa,S., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 50 page： 447-455 2004
Microbial communities responsible for the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field determined by phospholipid fatty acid (PLFA) analysis. Reviewed
Tanahashi,T., Murase,J., Matsuya,K., Asakawa,S., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr., 50, 1229-1236 (2004) Vol. 50 page： 1229-1236 2004
Sites and process of nutrient accumulation in the subsoil through water percolation from the plow layer in a submerged paddy soil microcosm. Reviewed
Katoh,M., Murase,J., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 50 page： 731-738 2004
Nutrient leaching from the plow layer by water percolation and accumulation in the subsoil in an irrigated paddy field. Reviewed
Katoh,M., Murase,J., Hayashi,M., Matsuya,K., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 50 page： 721-729 2004
Biotic and abiotic methane releases from Lake Biwa sediment slurry. Reviewed
Dan,J., Kumai,T., Sugimoto,A., and Murase,J.
Limnology Vol. 5 page： 149-154 2004
Linking microbial community dynamics to rhizosphere carbon flow in a wetland rice soil. Reviewed
Lu,Y., Murase,J., Watanabe,A., Sugimoto,A., and Kimura,M.
FEMS Microbiol. Ecol. Vol. 48 page： 179-186 2004
Effect of application of rice straw and compost on the community structure of bacteria associated with microcrustaceans in the floodwater of a paddy field microcosm. Reviewed
Niswati,A., Murase,J., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 49 page： 191-200 2003
Sources of dissolved methane in Lake Biwa. Reviewed
Murase,J., Sakai,Y., Sugimoto,A., Okubo,K., and Sakamoto,M.
Limnology Vol. 4 page： 91-99 2003
Molecular analysis of β-proteobacterial ammonia oxidizer populations in surface layers of a submerged paddy soil microcosm. Reviewed
Murase,J., Itoh,K., Kano,M., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 49 page： 909-913 2003
Adsorption as a methane storage process in natural lake sediment. Reviewed
Sugimoto,A., Dan,J., Kumai,T., and Murase,J.
Geophys. Res. Lett. Vol. 30 page： doi:10.1029/2003GL018162 2003
第2編第2章2.2自然特性
村瀬潤
2002.3
Resuspension of bottom sediment by an internal wave in Lake Biwa Reviewed
Sakai,Y., Murase,J., Sugimoto,A., Okubo,K., and Nakayama,E.
Lakes Reserv. Vol. 7 page： 339-344 2002
Seasonal and spatial variations of methane production in mesotrophic lake sediments (Lake Biwa, Japan).
Murase,J. and Sugimoto,A.:
Verh.Int. Ver. Limnol. Vol. 28 page： 971-974 2002
Comparison of microbial communities in percolating water from plow layer and subsoil layer estimated by phospholipid fatty acid (PLFA) analysis. Reviewed
Shimizu,M., Hayashi,M., Matsuya,K., Murase,J., and Kimura,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 48 page： 877-881 2002
Uptake of carbon and nitrogen through roots of rice and corn plants, grown in soils treated with 13C and 15N dual-labeled cattle manure compost. Reviewed
Yamamuro,S., Ueno,H., Yamada,H., Takahashi,Y., Shiga,Y., Miyahara,S., Shimonihara,T., Murase,J., Yanai,J., and Nishida,M.
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 48 page： 787-795 2002
沿岸帯を観るキーワード －その多面的多様性－ Invited Reviewed
村瀬 潤・野崎健太郎・山田佳裕
陸水学雑誌 Vol. 63 page： 269-270 2002
Spatial distribution of methane in the Lake Biwa sediments and its carbon isotopic compositions
Jun MURASE & Atsuko SUGIMOTO
Geochemical Journal Vol. 35 page： 257-263 2001.8
Horizontal distribution of carbon and nitrogen and their isotopic compositions in the surface sediment of Lake Biwa
"Murase,J. and Sakamoto,M"
Limnology Vol. 1 page： 177-184 2000.1
琵琶湖堆積物の生元素の空間的分布
村瀬潤
1998.1
"Anaerobic reoxidation of Mn2+, Fe2+, S0 and S2- in submerged paddy soils."
"Murase,J. and Kimura,M.:"
Biol.Fert.Soil. Vol. 25 page： 302-306 1997.1
Anaerobic reoxidation of Mn2+, Fe2+, S0 and S2- in submerged poddy soils.
Biology Fertility Soil Vol. 25 page： 302-306 1997
Methane production and its fate in paddy fields. IX. Methane flux distribution and decomposition of methane in the subsoil during the growth period of rice plants.
"Murase,J. and Kimura,M."
Soil Sci. Plant Nutr. Vol. 42(1) page： 187-190 1996.1
Utilization of the feces sludge from the swine farm for rice production in the problem soils in Thailand.
"Murase,J., Korpraditskul,R., Osotsapar,Y., and Korpraditskul,V"
J. ISSAAS Vol. 2 page： 54-71 1996.1
Methane production and its fate in paddy fields. (]G0009[) Methane flux distribution and decompostition of methane in the subsoil during the growth period of rice plants
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 42 ( 1 ) page： 187-190 1996
Utilization of the faces sludge from the swine Farm for rice production in the problem soils in Thailand
Journal of International Society for Southeast Asian Agricultural Sciences(J. ISSAAS) Vol. 2 page： 54-71 1996
Methane production and its fate in paddy fields. IV. Sources of microorganisms and substrates responsible for anaerobic methane oxidation in subsoil. Reviewed
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 40 ( 1 ) page： 57-61 1994
Methane production and its fate in paddy fields. (]G0006[) Anaerobic oxidation of methane in plow layer soil
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 40 ( 3 ) page： 505-514 1994
Methane production and Its fate in paddy fields. (]G0007[) Electron Acceptors responsible for anaerobic methane oxidation
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 40 ( 4 ) page： 647-654 1994
Methane production and its fate in paddy fields. (]G0003[). Effects of percolation on methane flux distribution to the atmosphere and the subsoil
Soil Science and Plant Nutrition Vol. 39 ( 1 ) page： 63-70 1993
Practical Handbook on Soil Protists-Isolation Techniques for Amoeba International journal
Jun MURASE（ Role： Contributor , Isolation Techniques for Amoeba）
Springer US 2024.3 （ ISBN:978-1-0716-3750-0 ）
Practical Handbook on Soil Protists-Most Probable Number (MPN) Method for Enumeration of Soil Protists International journal
Jun MURASE（ Role： Contributor , Most Probable Number (MPN) Method for Enumeration of Soil Protists）
Springer US 2024.3 （ ISBN:978-1-0716-3750-0 ）
Methane emissions in livestock and rice systems – Sources, quantification, mitigation and metrics Reviewed
FAO（ Role： Joint editor）
FAO 2023.9 （ ISBN:978-92-5-138148-9 ）
原生生物学事典
村瀬 潤（ Role： Contributor , 土壌原生生物）
朝倉書店 2023.5 （ ISBN:978-4-254-17181-5 ）
原生生物学事典
村瀬 潤、松原 立真、桑田 晃、神山 孝史（ Role： Contributor , 農業・畜産業・水産業）
朝倉書店 2023.5 （ ISBN:978-4-254-17181-5 ）
身近な水の環境科学第2版
村瀬 潤（ Role： Contributor , 水田の物質循環）
朝倉書店 2022.4 （ ISBN:978-4-254-18062-6 ）
水田微生物の特徴と生産性とのかかわり
村瀬 潤（ Role： Sole author）
朝倉書店 2018.8 （ ISBN:978-4-254-43571-9 ）
最新農業技術「土壌施肥 vol.9」
村瀬 潤（ Role： Sole author , 太陽熱処理が土壌繊毛虫群集に及ぼす影響）
農文協 2017.3
土のひみつ-食料・環境・生命-
日本土壌肥料学会「土のひみつ」編集グループ（編）（ Role： Joint author）
朝倉書店 2015.9
4.1 微生物．身近な水の環境科学-実習・測定編-
日本陸水学会東海支部会（ Role： Joint author）
朝倉書店 2014.6
第16章 Stable Isotope Probing、土壌微生物実験法第３版
日本土壌微生物学会 （編）（ Role： Sole author）
養賢堂 2013.6
第10章 原生動物 (10-2～10-6節)、土壌微生物実験法第３版
日本土壌微生物学会 （編）（ Role： Sole author）
養賢堂 2013.6
12. 窒素サイクル，メタンサイクルに果たす微生物の役割、 シリーズ 現代の生態学11巻
村瀬 潤（ Role： Sole author）
共立出版 2011.3
７．水田の土壌環境と微生物相 身近な自然の保全生態学
浅川 晋、村瀬 潤 （ Role： Joint author）
培風館 2010.9 （ ISBN:978-4-563-07810-2 ）
世紀を超えて座談会を傍聴する、日本微生物生態学会編、土壌微生物通信(1962-1986)探訪(2) 「通信」の時代と現在の間
村瀬 潤（ Role： Sole author）
博友社 2010.5
7.集水域の中の水田、日本陸水学会東海支部会編、身近な水の環境科学－源流から干潟まで－
村瀬 潤（ Role： Sole author）
朝倉書店 2010.1 （ ISBN:978-4-254-18023-7 ）
*土壌の原生生物・線虫群集－その土壌生態系での役割－
橋本知義、村瀬 潤、島野智之、岡田浩明、豊田剛己、佐藤恵利華（ Role： Joint author）
博友社 2009.8
Terrestrial ecosystems in a changing world.
Kohyama,T., Urabe,J., Hikosaka,K., Shibata,H., Yoshioka,T., Konohira,E., Murase,J., Wada,E.（ Role： Joint author）
Springer 2007
地球環境と生態系 5.4 水系のガス代謝
村瀬 潤・杉本敦子（ Role： Joint author）
共立出版 2006.5
東アジアモンスーン域の湖沼と流域 3-4湖の富栄養化の現状、変動経過、原因
坂本 充・村瀬 潤・丸尾雅啓（ Role： Joint author）
名古屋大学出版会 2006
新・土の微生物 (5)系統分類からみた土の細菌
村瀬潤（ 編：日本土壌微生物学会編）（ Role： Joint author）
博友社 2000
Effect of Fertilization on Methane Oxidation and Soil Microbial Community in a Para Rubber Plantation in Thailand Invited International coauthorship International conference
6th International Conference RESOURCES, ENVIRONMENT AND REGIONAL SUSTAINABLE DEVELOPMENT IN NORTHEAST ASIA 2024.7.11 Chinese Academy of Sciences
タイ国ゴム園土壌の原核微生物群集に及ぼす施肥の影響
村瀬 潤 Sajjaphan, K. Dechjiraratthanasiri, C. Duangngam, O. Chotiphan, R. 東, 若菜. 柴田, 誠. Epron, D.
土壌微生物学会2024年名古屋大会 2024.6.15 日本土壌微生物学会
Methane oxidation potential of soils in a rubber plantation in Thailand International coauthorship International conference
Murase, J. Dechjiraratthanasiri, C. Sajjaphan, K. Duangngam, O. Chotiphan, R. Kasemsapa, P.
Japan Geoscience Union Meeting 2024 2024.5.30
日本土壌肥料学会2023年度松山大会 Invited
村瀬 潤
日本土壌肥料学会2023年度松山大会 2023.9.11 日本土壌肥料学会
施肥条件が水稲根圏窒素固定微生物に及ぼす影響とその品種間差
天野真宏 増田曜子 西内俊策 土井一行 沢田こずえ 高橋宏和 中園 幹生 村瀬 潤
日本土壌微生物学会2023年大会 2023.6.10 日本土壌微生物学会
水稲根圏微生物叢の形成に及ぼす水稲品種、土壌タイプ、施肥の影響
天野 真宏, 長谷川 昂平, 森 拓也, 西内 俊策, 土井 一行, 勝見尚也, Rasit ASILOGLU, 高橋 宏和, 中園 幹生, 村瀬 潤
日本微生物生態学会第35回大会 2022.11 日本微生物生態学会
トウモロコシへの耐湿性遺伝子の導入が根圏微生物叢に及ぼす影響
村瀬 潤、間野吉郎、大森史恵、高橋秀和、高橋宏和、中園幹生
日本土壌肥料学会2022年度東京大会 2022.9 日本土壌肥料学会
異なる水稲栽培品種の根圏微生物群集の施肥に対する応答
天野 真宏、長谷川 昂平、森 拓也、西内 俊策、土井 一行、吉田 英樹、松岡 信、高橋 宏和、中園 幹生、村瀬 潤
日本土壌肥料学会2022年度東京大会 2022.9 日本土壌肥料学会
水田土壌表層の微生物群集に及ぼす光の影響
出水明日香、村瀬潤
日本土壌微生物学会2022 年度鹿児島大会 2022.6 日本土壌微生物学会
異なる水稲栽培品種の根圏微生物群集の施肥に対する応答
天野真宏, 長谷川昂平, 森拓也, 西内俊策, 土井一行, 松岡信, 高橋宏和, 中園幹生, 村瀬潤
日本土壌肥料学会2021年度北海道大会 2021.9 日本土壌肥料学会
Microeukaryotic community in the upland soil under the long-term fertilizer treatments.
Sok, S., and Murase, J.
日本土壌肥料学会2020年度倉敷大会 2020.9 日本土壌肥料学会
温度は細菌を捕食する土壌原生生物の群集構成を支配する International coauthorship
大島崇彰, Gillar, O., 村瀬潤
日本土壌肥料学会中部支部2019年名古屋大会 2019.11.27 日本土壌肥料学会中部支部
土壌に導入された微生物を利用する微生物群集のStable Isotope Probing法による解析 International coauthorship
南川浩樹, 大島崇彰, Gillar, O., 村瀬潤
日本土壌肥料学会2019年度静岡大会 2019.9.3 日本土壌肥料学会
水稲根圏の細菌群集に及ぼす原生生物の影響
永井裕也、村瀬 潤
日本土壌微生物学会2019年度大会 2019.6.15 日本土壌微生物学会
田んぼの中の原生生物たちの暮らし Invited
村瀬 潤
日本土壌微生物学会2019年度大会 2019.6.16 日本土壌微生物学会
湛水水田土壌表層における溶存酸素鉛直プロファイルの昼夜変動
村瀬潤, 後藤佳介, 杉浦大輔
日本土壌肥料学会中部支部2018年度大会 2018.11.29 日本土壌肥料学会中部支部
土壌繊毛虫群集に及ぼす温度環境の影響－高温に対する脆弱性と復元力
大島崇彰、篠原陽子、村瀬 潤
日本土壌肥料学会2018年度神奈川大会 2018.8.29 日本土壌肥料学会
The effect of humic substances on the methanogenic microbial community in the artificial rice field soil International conference
Maeda, Y., and Murase, J.
17th International Symposium on Microbial Ecology 2018.8 International Society of Microbial Ecology
Microflora in Arctic Wetland Soils of a Taiga-Tundra Ecotone in Northeastern Siberia International coauthorship International conference
Murase, J., Sugimoto, A., Shingubara, R., and Maximov, T. C.
The 10th Asian Symposium in Microbial Ecology 2018.7
長期施肥試験圃場で生育する作物の根圏微生物群集－発病抑止性との関連－
村瀬 潤、田原保樹、日置真優、西内俊策、北野英己、柘植尚志
日本土壌微生物学会2018年度大会 2018.6.16 日本土壌微生物学会
Ecology of protists in a rice rhizosphere Invited International conference
International Workshop of Mollisols Ecology 2018.6.8 Chinese Academy of Science
Methane-driven microbial food web in the rice rhizosphere International conference
Hibino, Y., Tokida, T., Okubo, T., Arai, M., Hayashi, K., Sakai, H., Hasegawa, T., and Murase, J.
13 th International Conference of The East and Southeast Asia Federation Of Soil Sciences (13 th ESAFS) 2017.12 East and Southeast Asia Federation Of Soil Sciences
水稲根圏における原生生物の生態と機能 Invited
村瀬 潤
第362回生存権シンポジウム 2017.11.21 京都大学
北東シベリア湿地土壌のメタン酸化のポテンシャルと微生物叢の特性 International coauthorship
村瀬潤, 杉本敦子, 新宮原諒, マキシモフ・トロフィーム・C
日本土壌肥料学会中部支部2017年度大会 2017.10.26 日本土壌肥料学会中部支部
水稲根圏におけるメタン酸化食物連鎖の安定同位体プロービング法による解析
日比野優子, 常田岳志, 大久保卓, 荒井美和, 林健太郎, 酒井英光, 長谷川利拡, 村瀬潤
日本土壌肥料学会2017年度仙台大会 2017.9 日本土壌肥料学会
⽔⽥⼟壌のメタン酸化微⽣物⾷物連鎖の構造と機能 International conference
村瀬潤, 日比野優子, 常田岳志, 大久保卓, 荒井美和, 林健太郎, 酒井英光, 長谷川利拡
日本地球惑星科学連合2017年大会 2017.5.24 日本地球惑星科学連合
人工水田土壌のメタン生成活性と微生物群集に及ぼす土壌構成要素の影響
村瀬潤, 前田悠
日本微生物生態学会第31回大会 2016.10 日本微生物生態学会
Diversity and ecology of microeukaryotes in rice field soil Invited International conference
The 8th Asian Symposium on Microbial Ecology 2016.10.1 Taiwan Society of Microbial Ecology
北東シベリア湿地土壌のメタン酸化ポテンシャル International coauthorship
村瀬潤, 杉本敦子, 新宮原諒, マキシモフ・トロフィーム・C
日本土壌肥料学会2016年度佐賀大会 2016.9.20 日本土壌肥料学会
Response of the protistan community of a rice field soil to different oxygen tensions. International conference
16th International Symposium on Microbial Ecology 2016.8 International Society of Microbial Ecology
太陽熱土壌消毒が土壌微生物群集に及ぼす影響のeDNA解析による評価
大島崇彰, 篠原陽子, 山野明日夏, 前坂昌宏, 横江和典, 山縣美奈, 橋本知義, 村瀬潤, 浅川晋
日本土壌微生物学会2016年度大会 2016.6.11 日本土壌微生物学会
有機物資材の長期施用が畑土壌の病害抑止性と微生物群集に及ぼす影響
村瀬潤, 田原保樹, 日置真優, 西内俊策, 北野英己, 柘植尚志
日本土壌微生物学会2016年度大会 2016.6.11 日本土壌微生物学会
Methane Oxidation Potential of Arctic Wetland Soil of a Taiga-Tundra Ecotone in Northeastern Siberia International coauthorship International conference
2016.5.26
水田土壌微生物の態解析を目指した人工開発 —腐植物質が微生群集およびその活性に及ぼす影響 —
前田悠, 村瀬潤
日本土壌肥料学会中部支部第95回例会 2016.3.3 日本土壌肥料学会中部支部
水田土壌微生物の生態解析を目指した人工土壌の開発
前田悠, 村瀬潤
第31回日本腐植物質学会 2015.11.20 日本腐植物質学会
Methane oxidation potential of arctic wetland soil of a Taiga-Tundra ecotone in Northeastern Siberia. International coauthorship International conference
Murase, J., Sugimoto, A., Shingubara, R., and Maximov, T. C
The 7th Japan-Taiwan-Korea International Symposium on Microbial Ecology 2015.10.18
Methane-driven microbial food web in a rice field soil Invited International conference
International Synposiumm "From classic to Frontiers: Methanotrophy and Meta-omics” 2015.9.21 Chinese Academy of Science
Diversity and Ecology of Microeukaryotic Community in a Paddy Soil International conference
12th International Conference of the East and Southeast Asia Federation of Soil Science Societies (ESAFS2015) 2015.9.18 East and Southeast Asia Federation of Soil Science Societies
異なる有機物資材の長期施用が畑土壌の細菌群集に及ぼす影響
村瀬潤, 田原保樹, 日置真優, 西内俊策, 北野英己, 柘植尚志
日本土壌肥料学会2015年京都大会 2015.9 日本土壌肥料学会
Methane Oxidation Potential of Arctic Wetland Soil of a Taiga-Tundra Ecotone in Northeastern Siberia International coauthorship International conference
2015.5.26
Assimilation of Plant-derived Carbon by Microeukaryotes in a Rice Field Soil International conference
Murase, J., Lee, C. G., Li, Y., Shibata, M., Nakatani, H., Minami, H., Watanabe, T., Asakawa, S., and Kimura, M.
15th International Symposium on Microbial Ecology 2018.8 International Society of Microbial Ecology
Assimilation of Plant-derived Carbon by Microeukayotes in Rice Field Soil Revealed Using Stable-Isotope Probing. International conference
Murase, J., Lee, C. G., Li, Y., Shibata, M., Nakatani, H., Minami, H., Watanabe, T., Asakawa, S., and Kimura, M.
5th TKJ International Symposium in Microbial Ecology 2013.11.1 Taiwan Society of Microbial Ecology
長期の施肥管理が水田土壌の繊毛虫群集に及ぼす影響
村瀬潤, 松田梨里, 飛田あづさ, 小川佳織, 今井克彦, 吉川那々子, 野々山利博, 木村眞人
日本土壌肥料学会2013年度名古屋大会 2013.9 日本土壌肥料学会
PLFA-SIP法を用いた水田土壌の原生動物によるメタン酸化細菌の捕食解析
村瀬 潤、Paul Bodelier
日本土壌微生物学会
微生物食物連鎖の分子生物学的解析：メタン酸化を例として
日本生態学会
水田土壌から分離された新奇Heteroloboseaアメーバの形態学的・分子系統学的解析
村瀬 潤、Johan F. De Jonckheere
日本陸水学会東海支部会
原生動物の捕食作用が水田土壌のメタン酸化細菌群集に及ぼす影響
村瀬 潤、Peter Frenzel
日本微生物生態学会
有機物施用および酸素の有無が水田土壌の真核微生物群集に及ぼす影響
岩崎和史・村瀬 潤・木村眞人
日本土壌肥料学会
Impact of protozoan grazing on the community of methanotrophic bacteria in a wetland rice field soil International conference
the10th InternationalSymposium on Bacterial Genetics and Ecology
水田土壌のメタン酸化細菌群集におよぼす原生動物の影響
村瀬 潤・Peter Frenzel
日本土壌微生物学会
水田土壌の原生動物によるメタン酸化細菌の選択的捕食
村瀬 潤、Paul L.E. Bodelier
日本陸水学会東海支部会
水田土壌生態系の機能における細菌-原生生物系の役割
日本土壌肥料学会2008年度大会
Selective grazing of free-living naked amoeba on methane-oxidizing bacteria. (Wako, Japan) 9 2007.8-27-30 International conference
XIIth International Meeting on the Biology and Pathogenicity of Free-Living Amoebae
水田土壌から単離したアメーバの系統解析
村瀬 潤・Peter Frenzel
日本土壌肥料学会2007年度大会
メタン酸化細菌に対する原生動物の捕食選択性
村瀬 潤・Peter Frenzel
日本土壌微生物学会2007年度大会
The Methanotrophic Microbial Food Chain in a Rice Field Soil International conference
The 10th International Symposium on Wetland Biogeochemistry
水田土壌の物質循環と原生動物の機能
村瀬 潤
2006年度・日本微生物生態学会 学際シンポジュウム －土壌における原生生物の多様性と微生物との相互作用－
原生動物が水田土壌の物質循環に及ぼす影響
村瀬 潤・Peter Frenzel・Matthias Noll
日本土壌肥料学会2006年度秋田大会
水田土壌の原生生物群集に及ぼすメタンの影響
村瀬 潤・Peter Frenzel
土壌微生物学会
A microbial food web in a rice field soil driven by methane oxidation. International conference
11th International Symposium on Microbial Ecology
The impact of protists on activity and structure of bacterial community in a flooded rice field soil. International conference
ASLO Summer Meeting
Methane dynamics in Lake Biwa. International conference
The Goldschmidt Conference 2003
Carbon dynamics in bottom sediment of Lake Biwa, Japan: origins, metabolism, and impact on the lake ecosystem. International conference
The International Symposium on Response of Terrestrial Watershed Ecosystems in Monsoon Asia to Global Change (Kyoto, Japan)
Chemical determination of microbially reducible manganese and iron in paddy soils and lake sediments. International conference
17th World Congress of Soil Science
環境と微生物の事典編集委員
陸水学事典
熱帯農業事典
琵琶湖堆積物の生元素の空間的分布 1, 52-55(1998)
Study on microbial interactions in a rice field soil for controlling methane emission
2010.10 - 2011.9
Grant type：Competitive
メタンが涵養する土壌微生物群集の解析
2006
Microbial use of the greenhouse gases and its impact on material cycling in a rice field soil
Grant number：24K01654 2024.4 - 2027.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\17810000 （ Direct Cost: \13700000 、 Indirect Cost：\4110000 ）
水稲に連作障害が生じない本当の理由は何か：根圏で土壌病原菌を抑止する機作の探索
Grant number：22K19132 2022.6 - 2025.3
科学研究費助成事業 挑戦的研究(萌芽)
浅川 晋, 村瀬 潤, 渡邉 健史
Authorship：Coinvestigator(s)
湛水下で栽培されるイネ(水稲)には土壌病原菌による連作障害が起きない。従来，湛水で生じる土壌の還元・嫌気状態により好気性の土壌病原菌の活動が抑制されることがその原因とされてきたが，イネと同様に湛水下で栽培されるレンコンやクワイにはフザリウム等の好気性糸状菌による連作障害が起きるため，他に原因があると思われる。イネの根圏では地上部より送られる酸素が根から漏出し酸化的となる。このようなイネの根圏で活発化する(1)原生生物の捕食作用，(2)根周囲の酸化還元境界層における二価鉄の酸化反応によるラジカル生成，(3)非病原性の細菌・糸状菌群集の増殖が土壌病原菌を抑止していると想定し，その機作を探る。
湛水下で栽培されるイネ(水稲)には土壌病原菌による連作障害が起きない。従来，湛水で生じる土壌の還元・嫌気状態により好気性の土壌病原菌の活動が抑制されることがその原因とされてきたが，水稲と同様に湛水下で栽培されるレンコン，クワイにはフザリウム等による連作障害が起きるため，他に原因があると思われる。本研究では，地上部より送られる酸素が根から漏出し，酸化的となるイネの根圏で活発化する微生物活動と生化学反応が土壌病原菌に対する抑止性に関与していると想定する。水稲根圏において，優占して生息する原生生物の捕食作用，根周囲の酸化還元境界層の鉄酸化反応，根からの酸素と有機物で増殖する細菌・糸状菌群集に注目し，水稲が土壌病原菌に対し抑止性を発揮している機作を探ることを目的とする。
まず、実験に供試する病原菌の選定を行った。本研究ではフザリウム属菌を対象として用いることを想定している。これまで、レンコンやクワイに対して病原性を示すことが知られていたFusarium communeの菌株がイネ（インディカ種）に対しても根腐れや地上部の萎凋を引き起こすことを2021年にマレーシアの研究者が報告した。そこで、日本の水田土壌等より分離されたF. commune菌株を国内の微生物保存機関およびフザリウムの研究を行っている研究室から分譲あるいは譲受し、ジャポニカ種の日本晴の実生苗に接種し、病原性を示すかどうか確認した。供試した６菌株の全てについて、根の伸長抑制と褐変が生じることが確認でき、いずれの菌株もイネに対し病徴を示した。また、病原性の程度には菌株間で差が見られた。以上より、これらのF. commune株を水稲根に病徴を起こす病原菌として今後の実験に供試できることが明らかになった。
本研究ではフザリウム属菌を水稲に対する病原菌として用いることを想定していた。これまでイネの根に明確な病徴を生じるフザリウム属菌は国内では知られていなかった。さらに、国内で最も多くのフザリウム属菌が寄託されている微生物保存機関のそれぞれの菌株の記載を調査したが、根に対する病原性を明記している寄託株はなかった。このような状況下で、レンコンやクワイに対して病原性を示すことが知られていたFusarium communeの菌株がイネ（インディカ種）に対しても根腐れや地上部の萎凋を引き起こすことが報告された。そこで、微生物保存機関に寄託されているフザリウム菌株の記載を再度チェックし、日本の水田土壌より分離されたF. commune菌株を選抜した。これまでの研究により、F. communeの菌株がジャポニカ種のイネの根に病徴を生じることを明らかにでき、供試する菌株候補の準備を整えることができた。以上より、おおむね順調に研究が進展していると考えている。
水稲が土壌病原菌に対し抑止性を発揮している機作を探るため、今回得られた研究結果に基づき、イネの根に対する病原性の程度が異なる複数のF. communeの菌株を用いて以下の3つの観点から解析を進める予定である。原生生物による捕食作用については、イネ根圏より分離された原生生物株がF. commune株を捕食するかを調査する。根圏での鉄酸化反応による病原菌の抑止作用については、化学的および生物的鉄酸化反応に伴うヒドロキシラジカルの発生の確認とF. commune株に対する生育抑制作用を調査する。根圏に生息する微生物(細菌・糸状菌)による抑止作用については、圃場において湛水水田条件および落水畑条件でイネを栽培し、それぞれのイネから調製した根圏土壌試料について、フザリウム共培養法を用いてF. commune株に対する抑止作用の調査を行う。
Elucidation of dynamics of CO2 fixed by soil microbiome
Grant number：22H05720 2022.6 - 2024.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\9490000 （ Direct Cost: \7300000 、 Indirect Cost：\2190000 ）
Grant number：21KK0114 2021.10 - 2024.3
科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))
EPRON Daniel, 東 若菜, 村瀬 潤
Authorship：Coinvestigator(s)
The project aims at characterising the effect of fertilisation on atmospheric methane by the soil, by testing two hypotheses: (1) fertilisation increases tree water use, reducing soil water content thus increasing the diffusion and the consumption of atmospheric; and (2) fertilization increases inorganic nitrogen and available phosphorus in the soil. Mineral nitrogen is known to inhibit methanotrophic activity when concentrations become high, while phosphorus may amplify or alleviate nitrogen inhibition.
The proposal has been adopted in November 2021. Due to the Covid 19 and border restrictions, the first trip in Thailand for research activity was initially scheduled in March 2022 but postponed to September 2022. However, the project is progressing smoothly and the initial delay had no impact on it owing to the good preparation and coordination between the teams in Japan and Thailand. The motivation and engagement of our Thai partner is really impressive, and the organization of field trip and field work is awesome.
Two trips were organized this year, one in September 2022 to initiate the long-term measurements (methane flux, sap flow: 2 persons) and one in February 2023 for intensive measurements and samplings (microbiology, nitrogen cycling, soil nutrient capture: 4 persons).
The first 6 months of methane flux measurements showed a very clear effect of fertilization on the soil CH4 budget of this rubber plantation, not only reducing aerobic oxidation as we hypothesized but also increasing methane production in deeper soil layers.
Our Thai partners have successfully applied for a large “Reinventing KU” program which includes our JSPS project and through which two of us could be invited Professors in this new fiscal year.
The project is progressing very smoothly compared to initially plan and despite the 6 months delay due to the Covid 19 situation.
We have installed an electric line to supply electricity to the experimental site in June. We have also asked our Thai colleagues to sample wood for us for anatomical studies that are now on going.
In September 2022, Wakana Azuma and Daniel Epron travelled to Thailand for two weeks to initiate methane flux measurement and train our Thai colleagues to perform the measurements every two weeks, which has been well done until now. We also installed 16 sap flow sensors and two data loggers to evaluate tree water use.
In February 2023, Wakana Azuma, Jun Murase and Makoto Shibata travelled to Thailand for 10 days, and Daniel Epron for an additional week (17 days). We performed intensive measurements of methane flux, maintain the sap flow sensors and add protection against thunderstorms and lightning, installed resin bags for capturing soil nutrients, perform nitrogen isotope labelling to estimate gross fluxes of nitrification, extract DNA for studying soil microbial communities (including the quantification of the abundances of the genes of the particulate CH4 monooxygenase methanotrophic bacteria and of the ammonia monooxygenase gene of the ammonia oxidizing bacteria and archaea) and collect soil samples for incubation to determine the potential of soil methane oxidation.
These two field trips were preceded by two online meetings between the Japanese and the Thai teams to prepare the field and laboratory work.
Two one-week short travels to Thailand have been planned for this fiscal year for the PI, mainly devoted to the management of the resin bags installed for capturing soil nutrients (ammonium, nitrate, phosphate and potassium mainly) at the time fertilizers are applied to the site.
In August 2023, four of us (Wakana Azuma, Jun Murase, Makoto Shibata and Daniel Epron) will travel for at least 10 days to perform intensive field studies, including the estimation of gross fluxes of nitrification using nitrogen isotope labelling, extraction DNA for studying soil microbial communities and collection soil samples for incubation to determine the potential of soil methane oxidation. It will be similar to what we did last year in February during the dry season but this time it will be during the wet season.
A fourth trip is planned in February 2024 to complete the measurements of soil methane flux, uninstall the sap flow sensors and data loggers. Between each of these trips, the Thai partner will continue to measure soil methane flux every two weeks and to take care about the sap flow sensors.
From September 2023, we will have the results of one-year measurement of soil methane flux and tree water use as well as the results of gross fluxes of nitrification and soil microbial communities at two contrasting seasons. We will be able to start writing papers and presenting results in conferences. We will also elaborate plan with our Thai partners for the continuation of this collaborative effort.
根圏マイクロバイオームを活用した持続型農業を実現するイネ遺伝子の探索と育種利用
Grant number：21K18221 2021.7 - 2024.3
科学研究費助成事業 挑戦的研究(開拓)
中園 幹生, 村瀬 潤, 藤原 徹
Authorship：Coinvestigator(s)
低投入持続型農業を実現するには、少ない施肥でも収量を維持し安定した作物生産が可能となる品種の開発が有望視されており、そのためには少肥栽培時の作物の成長と収量の維持に寄与する遺伝子の単離とその育種利用が重要である。本研究では、イネを材料に用いて、無施肥条件下での成長・収量関連形質と根圏微生物との関係性を解明し、少肥栽培時の成長を支える根圏微生物との共生に関わるイネ遺伝子を同定することで、これらを遺伝子資源として育種利用することを目指す。
低投入持続型農業を実現するには、少ない施肥でも収量を維持し安定した作物生産が可能となる品種の開発が有望視されており、そのためには少肥栽培時の作物の成長と収量の維持に寄与する遺伝子の単離とその育種利用が重要である。本研究では、イネを材料に用いて、無施肥条件下での成長・収量関連形質と根圏微生物との関係性を解明し、少肥栽培時の成長を支える根圏微生物との共生に関わるイネ遺伝子を同定することで、これらを遺伝子資源として育種利用することを目指す。
令和4年度は、日本の栽培イネ品種 120 系統の多様性に着目し、イオノーム解析を行い、施肥応答に関連のあるイネの元素動態特性の解明を試みた。施肥圃場と無施肥圃場で生育させたイネの葉のイオン含量について分析したところ、施肥の効果が多くの元素で有意な差として検出された。主成分分析の結果、第一主成分に高い寄与率を示した元素は、葉における蓄積量が経時的に変化する元素、すなわち生育初期（栄養成長期）に植物が必要とする元素と、水田土壌の還元化に伴い生育後期にかけて相対的に吸収量が増加していく元素であった。主成分分析の結果より選抜した元素イオンデータを用いて品種の階層的クラスタリングを行ったところ、5つのクラスターに分類することができた。また、イネ120品種の根圏微生物叢データを用いて、上記のクラスターごとに栄養成長期の根圏微生物存在比率を比較したところ、施肥と無施肥の条件間で大きく異なっていた。さらに、分類したクラスターごとに異なる微生物種が高い存在比率を示した。これらの結果より、イネの葉のイオノーム情報が、根圏に共生する微生物叢の情報を反映していることが示唆された。また、前年度のGWAS解析によって同定した地上部形質や根圏微生物の群構造決定に関わる候補責任遺伝子の機能解析をするために、CRISPR／Cas9によるノックアウト系統の作出を開始した。
概ね計画通りに進んでおり、日本の栽培イネ品種120系統の多様性に着目し、イオノーム解析を行い、施肥応答に関連のあるイネの元素動態特性を調査した。施肥と無施肥の違いが多くの元素で有意な差として検出され、選抜した元素イオンデータを用いて品種の階層的クラスタリングを行って分類したところ、5つのクラスターに分けることができた。また、イオノームデータと根圏微生物叢データの比較解析によって、イネの葉のイオノーム情報が、根圏に共生する微生物叢の情報を反映していることが示唆された。イネのノックアウト系統の作出も開始しており、概ね順調に本研究が進行している。
今後の研究の推進方策は以下の通りである。
GWASにより同定された無施肥区の根圏微生物叢の構成に関与する可能性がある候補遺伝子について、CRISPR/Cas9によるノックアウト系統を作出し、既にT1系統の種子を得ている。このT1系統を、標準栄養条件、貧栄養条件で栽培し、表現型解析を行う。特にこれまでの圃場実験での解析では、根系形態の解析は行なっていないため、ノックアウト系統については根系発達についても詳細に解析を行う予定である。また、根圏微生物叢についても調査することで、今回見出した候補遺伝子が実際に根圏微生物叢に影響を及ぼすかどうかを解析する。さらに、今回同定された遺伝子は遺伝子型の違いで微生物叢を変化させていたが、一部の地上部表現型においてもハプロタイプごとに有意な差があった。興味深いことに、今回の遺伝子は地上部形質のGWASでは同定されなかった。そこで今後、本遺伝子のハプロタイプに着目した圃場試験を行う予定である。
Grant number：21H04724 2021.4 - 2025.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
Authorship：Coinvestigator(s)
Grant number：20H02887 2020.4 - 2023.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
MURASE Jun
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\17940000 （ Direct Cost: \13800000 、 Indirect Cost：\4140000 ）
We have developed a nucleic acid extraction and purification method for high-throughput molecular analysis of microbial communities inhabiting plant roots. We clarified the composition and structure of the root microbial communities of 120 paddy rice varieties cultivated under fertilized and non-fertilized conditions. We analyzed the relationship between the root microbiome and the rice genotypes and phenotypes governed by fertilization conditions. Genome-wide association analysis was used to extract candidate rice genes that regulate root microbial communities. The importance of rice genotype, phenotype, and soil type on the composition of root microbial communities was comparatively analyzed. We quantified the nitrogen-fixing activity and nitrogen-fixing genes of root microorganisms. We found that rice cultivars with high fertilization efficiency showed a less intensified decrease in nitrogen-fixing activity and specific nitrogen-fixing genes due to fertilization.
Grant number：18H02114 2018.4 - 2023.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
ASAKAWA Susumu
Authorship：Coinvestigator(s)
Microbial communities in paddy field soil exhibit stable and robust traits though the field is managed with annual submergence and drainage. To elucidate the mechanisms involved in the traits of the communities, dynamics of soil microbial community was investigated for 11 years in a paddy-upland rotational field with 3-year intervals of upland conversion and return to paddy field. The abundance of microbial community, irrespective of aerobes or anaerobes, decreased after upland conversion and increased after returning to paddy field in many cases. The composition of bacterial community in the upland periods was greatly different from that in a continuous paddy field (control), but the similarity in the composition between the two fields tended to increase as the period after returning to paddy field increased from 1 to 3 years. Annual cultivation of paddy rice under flooded conditions may create and maintain the stability and robustness of the microbial community in paddy field soil.
Grant number：18H02315 2018.4 - 2022.3
Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Kosaki Takashi
Authorship：Coinvestigator(s)
The negative spiral of poverty and hunger caused by soil degradation is becoming more severe especially in tropical regions. In this research, in addition to the conventional quantitative management of organic matter, we hypothesized that the management of soil microbial functions, such as mineralization/immobilization of organic matter, should be possible to effectively rehabilitate and conserve degraded soil. We conducted the field experiments in Tanzania and India, to reveal the relationship between the soil microbial community and its function under different land managements.
The results showed that 1) the difference in the microbial carbon use efficiency caused by land use (forest and cropland) was mainly due to the difference in the fungal community, 2) In a large amount of farm yard manure application plot, soil microbial function, such as carbon mineralization, was improved, resulting in the efficient accumulation of organic matter in the soil.
Submillimeter-scale visualization of rhizosphere effect using Cryo-TOF-SIMS/SEM
Grant number：16K15075 2016.4 - 2020.3
Murase Jun
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\3640000 （ Direct Cost: \2800000 、 Indirect Cost：\840000 ）
Chemical environments of rice rhizosphere were visualized at the submillimeter scale. Roots of rice seedlings grown in soft agar media were sampled together with the surrounding media without destruction of rhizosphere structure, and the distribution of dissolve compounds in the shock frozen root and rhizosphere was analyzed by using the Cryo-TOF-SIMS/SEM system. The results successfully demonstrated the chemical gradients in the rice rhizosphere within a several hundred micrometers. Environmental gradients in the rice rhizosphere were also demonstrated from the spatial distribution of protists. In addition, we showed that protozoan grazing plays a pivotal role in shaping the bacterial community in the rice rhizosphere.
Effects of fluctuation of redox potentials on microbial dynamics and gas metabolisms of wetland soils
Grant number：16H05056 2016.4 - 2019.3
Murase Jun
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\17680000 （ Direct Cost: \13600000 、 Indirect Cost：\4080000 ）
Focusing on paddy soil, we analyzed the fluctuation of the redox boundary layer and the response of the microbial community. In the paddy soil surface layer, the dissolved oxygen concentration showed extremely large fluctuation from supersaturation to complete anoxia. The oxidation-reduction potential also changed dramatically in the paddy rice rhizosphere according to the growth of rice. Protozoa living in paddy soils are considered to play an important role as a predator in the redox boundary layer, as there are groups with suitable oxygen concentration or redox potential and a group adaptable to a wide range of oxygen concentrations. Although methane oxidation bacteria require oxygen for methane oxidation, they were able to maintain their activity for a long time even under anaerobic conditions. Microaerobic iron-oxidizing bacteria act in the surface.
Response of gas metabolism and microbial community in soil in the permafrost zone of northeastern Siberia to the environmental change
Grant number：16H05618 2016.4 - 2019.3
Murase Jun
Authorship：Principal investigator
Grant amount：\16250000 （ Direct Cost: \12500000 、 Indirect Cost：\3750000 ）
We investigated the actual conditions of the metabolism of the greenhouse gas methane in the northeastern Siberian permafrost wetland and the microbial communities involved in it and the response to environmental changes. While the methane oxidation potential, which is the key to methane emission, is found to be higher than that of the other arctic wetland soils, it has been shown that its function as a deterrent to methane emission is weak. Also, regarding the composition of the soil microbial community, the difference from the other arctic soils was clarified, and the uniqueness of this area was clarified.
Elucidating the cause of strange odor production in Lake Ogawarako
Grant number：15K07532 2015.4 - 2018.3
Maie Nagamitsu
Authorship：Coinvestigator(s)
We unveiled physical environments of water in Lake Ogawarako, and influence of extreme weather events such as strong wind and typhoons to it. A 22-63% of total nitrogen and 38-79% of total phosphorous were distributed in the water layer from 15 to 21 ｍ, which occupied only 13% of whole lake water. Their percentages significantly changed temporally, as such the layer is considered to be the major source of nitrogen and phosphorous in the upper layer. Lake Ogawarako was divided into 3 sub-region with different phytoplankton composition. Since iron concentration in lake water increased in autumn, when cyanobacteria became dominant, iron could be playing a role in the propagation of filamentous cyanobacteria. We isolated 15 strains of filamentous cyanobacteria, 5 strains of which had 2-MIB synthesis gene.
土壌生態系の解剖学的解析ツールとしての人工土壌の開発
2013.4 - 2016.3
科学研究費補助金
Authorship：Principal investigator
水稲根圏におけるメタンの動態に関わる微生物食物連鎖の構造と機能の解析
2013.4 - 2016.3
科学研究費補助金 基盤研究(B)
Authorship：Principal investigator
メタン酸化をめぐる微生物食物連鎖の機能解析
2008
科学研究費補助金 基盤研究(C)，課題番号：20580061
村瀬 潤
Authorship：Principal investigator
Diversity and function of protists in wetland soils
2003.10 - 2008.3
Grant-in-Aid for Scientific Research
Authorship：Principal investigator
微生物還元性鉄・マンガンの化学的定量法の確立と環境動態解析への応用
2001.7 - 2003.1
科学研究費補助金 奨励研究(A)
Authorship：Principal investigator
科研費
湖沼におけるガス交換
1999.7 - 2002.1
科学研究費補助金 特定領域研究(B)(2)(計画)
Authorship：Coinvestigator(s)
科研費
21世紀の環境構造変化に対応できる「琵琶湖標準モデル」の開発
1998.7 - 2000.1
科学研究費補助金 基盤研究(A)(2)(一般)
Authorship：Coinvestigator(s)
科研費
微生物生態学
2015
微生物の科学
2015
Introduction to Bioagricultural Science
2011
Environment and Human Interface
2011
環境微生物学
2010.4 - 2011.3 （中部大学）
2005.4 - 2006.3 （名古屋女子大学）
環境微生物学
2009.4 - 2010.3 （中部大学）
2003.4 - 2004.3 （名城大学）
2003.4 - 2004.3 （名古屋女子大学）
岡崎北高校連携講座
2012.8
経済学研究科オープンカレッジ
2010.4 - 2012.3
