Updated on 2024/09/27

写真a

 
MAKI, Kosuke
 
Organization
Graduate School of Science Associate professor
Graduate School
Graduate School of Science
Undergraduate School
School of Science
Title
Associate professor

Degree 1

  1. 博士(理学) ( 1999.3   東京大学 ) 

Research Interests 4

  1. function

  2. structure

  3. folding

  4. protein

Research Areas 1

  1. Others / Others  / Biophysics

Research History 8

  1. Nagoya University   Graduate School of Science   Associate professor

    2007.6

      More details

    Country:Japan

  2. Okazaki Institute of Integrative Bioscience   Assistant Professor

    2007.4 - 2007.5

      More details

    Country:Japan

  3. Institute for Molecular Science, National Institutes of Natural Sciences   Assistant Professor

    2007.4 - 2007.5

  4. The Graduate University for Advanced Studies   School of Physical Sciences   Assistant Professor

    2007.4 - 2007.5

      More details

    Country:Japan

  5. The University of Tokyo   Department of Physics, Graduate School of Science   Assistant

    2003.2 - 2007.3

      More details

    Country:Japan

  6. Fox Chase Cancer Center   Postdoctoral associate

    2001.9 - 2003.1

      More details

    Country:United States

  7. New Energy and Industrial Technology Development Organization (worked at National Institute of Advanced Industrial Science and Technology)   NEDO fellow

    2000.4 - 2001.8

      More details

    Country:Japan

  8. Marine Biotechnology Institute Co., Ltd (worked at National Institute of Bioscience and Human Technology)   Postdoctoral fellow

    1999.4 - 2000.3

      More details

    Country:Japan

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Education 3

  1. The University of Tokyo   Graduate School, Division of Science   Department of Physics

    1996.4 - 1999.3

      More details

    Country: Japan

  2. The University of Tokyo   Graduate School, Division of Science   Department of Physics

    1994.4 - 1996.3

      More details

    Country: Japan

  3. The University of Tokyo   Faculty of Science   Department of Physics

    1990.4 - 1994.3

      More details

    Country: Japan

Professional Memberships 3

  1. The Physical Society of Japan

  2. Protein Science Society of Japan

  3. Biophysical Society of Japan

Committee Memberships 2

  1. 日本物理学会   領域12運営委員(生物物理)  

    2010.10 - 2011.9   

      More details

    Committee type:Academic society

  2. 日本蛋白質科学会   アーカイブ編集委員会委員  

    2007.4 - 2015.3   

      More details

    Committee type:Academic society

 

Papers 5

  1. Folding of Staphylococcal Nuclease Induced by Binding of Chemically Modified Substrate Analogues Sheds Light on Mechanisms of Coupled Folding/Binding Reactions Reviewed International coauthorship

    Mori Yujiro, Mizukami Takuya, Segawa Saho, Roder Heinrich, Maki Kosuke

    Biochemistry   Vol. 62 ( 11 ) page: 1670 - 1678   2023.5

     More details

    Authorship:Last author, Corresponding author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/acs.biochem.3c00094

    Web of Science

  2. Energetics and kinetics of substrate analog-coupled staphylococcal nuclease folding revealed by a statistical mechanical approach Reviewed International coauthorship

    Mizukami Takuya, Furuzawa Shunta, Itoh Satoru G., Segawa Saho, Ikura Teikichi, Ihara Kunio, Okumura Hisashi, Roder Heinrich, Maki Kosuke

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   Vol. 117 ( 33 ) page: 19953 - 19962   2020.8

     More details

    Authorship:Last author, Corresponding author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1073/pnas.1914349117

    DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1914349117

    Web of Science

  3. Three-Step Isomerization of the Retinal Chromophore during the Anion Pumping Cycle of Halorhodopsin Reviewed

    Kouyama Tsutomu, Ihara Kunio, Maki Kosuke, Chan Siu Kit

    Biochemistry   Vol. 57 ( 41 ) page: 6013 - 6026   2018.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/acs.biochem.8b00631

    Web of Science

  4. 統計力学モデルを用いて捉えなおす蛋白質の酸変性・フォールディング Reviewed

    水上 琢也, 槇 亙介

    日本物理学会誌   Vol. 73 ( 2 ) page: 85 - 90   2018.2

     More details

    Authorship:Last author, Corresponding author   Language:Japanese   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: https://doi.org/10.11316/butsuri.73.2_85

  5. Characterization of kinetic folding intermediates of recombinant canine milk lysozyme by stopped-flow circular dichroism. Reviewed

    Nakao, M., Maki, K., Arai, M., Koshiba, T., Nitta, K. and Kuwajima, K.

    Biochemistry   Vol. 44 ( 17 ) page: 6685 - 6692   2005.5

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/bi050082+

Books 2

  1. "Equilibrium and kinetically observed molten globule states." in Protein Folding Handbook Reviewed

    Maki, K., Kamagata, K., Kuwajima, K.( Role: Joint author)

    WILEY-VCH  2005.1  ( ISBN:9783527307845

     More details

    Total pages:1333   Responsible for pages:856-883   Language:English Book type:Scholarly book

    DOI: 10.1002/9783527619498

  2. "Early events in protein folding explored by rapid mixing methods." in Protein Folding Handbook Reviewed International journal

    Roder, H., Maki, K., Latypov, R. F., Cheng, H. and Shastry, M. C. R.( Role: Joint author)

    WILEY-VCH  2005.1  ( ISBN:9783527307845

     More details

    Total pages:1333   Responsible for pages:491-535   Language:English Book type:Scholarly book

Presentations 1

  1. Structural Insights into Switching Mechanisms between Spontaneous Folding and Ligand-Induced Folding of Staphylococcal Nuclease International coauthorship International conference

    Yujiro Mori, Issei Suzuki, Shingo Furuzawa, Kosuke Miki, Heinrich Roder, Kosuke Maki

    21st IUPAB Congress 2024 / The 62nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan  2024.6.26  International Union of Pure and Applied Biophysics / Biophysical Society of Japan

     More details

    Event date: 2024.6

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Venue:Kyoto   Country:Japan  

KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 4

  1. Elucidation of driving forces underlying protein folding coupled with ligand binding.

    Grant number:20K06578  2020.4 - 2024.3

    Grants-in-Aid for Scientific Research  Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

    Grant amount:\4420000 ( Direct Cost: \3400000 、 Indirect Cost:\1020000 )

  2. 物理化学に基づく球状タンパク質の動態解析

    Grant number:24570181  2012.4 - 2016.3

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

    槇亙介

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

    Grant amount:\5330000 ( Direct Cost: \4100000 、 Indirect Cost:\1230000 )

    本研究の目標は、蛋白質のフォールディングエネルギー地形を、実験の立場から定量的に記述し、蛋白質が天然状態へたどり着く機構を理解することである。スタフィロコッカル・ヌクレアーゼについて、蛍光共鳴エネルギー移動と超高速混合法とを組み合わせ、反応初期に非一様な構造形成が起こることを見いだした。これは初期中間体形成が特異的な相互作用に起因することを示唆する。アポミオグロビンについて、フォールディング反応初期に蓄積する中間体が平衡条件下において蓄積する中間体と同じ速度過程で形成することを見いだした。この結果は、これらの中間体が同一の分子種であることを示唆する。

  3. 球状蛋白質のフォールディング自由エネルギー地形と中間体構造アンサンブルの探索  

    Grant number:20570153  2008.4 - 2010.3

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

    槙 亙介

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

    Grant amount:\4940000 ( Direct Cost: \3800000 、 Indirect Cost:\1140000 )

    球状蛋白質スタフィロコッカル・ヌクレアーゼ及びウマアポミオグロビンのフォールディングを速度論的手法と変異体解析を駆使して特徴付けた。スタフィロコッカル・ヌクレアーゼはフォールディング反応初期に特にβ-バレルドメイン内で顕著な凝縮が認められた。ウマアポミオグロビンは、反応開始後100マイクロ秒以内に中間体を蓄積し、更に逐次的に少なくとも二種類の中間体を経て天然状態に至ることが明らかになった。

  4. 球状蛋白質の自由エネルギー地形とフォールディング中間体構造アンサンブルの探索

    Grant number:18770125  2006.4 - 2008.3

    科学研究費補助金  若手研究(B)

    槙亙介

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

    Grant amount:\3700000 ( Direct Cost: \3700000 )

    本研究計画の目的は、蛋白質のフォールディングの物理化学的機構を解明し、特にフォールディング中間体の役割を明らかにすることである。このために、蛋白質フォールディングの速度論的研究で現在広く用いられているストップト・フロー装置よりも不感時間が二桁以上短い超高速混合連続フロー装置を作成する。連続フロー法とストップト・フロー法とを組み合わせて用いることにより、フォールディング開始後数十マイクロ秒の反応初期から天然状態に至る構造形成過程を観測する。昨年度に引き続き、装置のさらなる不感時間の短縮を目指し、装置の不感時間は約100μsに向上した。また、1-アニリノナフタレン-8-スルホン酸の蛍光をプローブに用いることにより、トリプトファンの蛍光をプローブとする場合と比べて、遙かに低い蛋白質濃度(約5μM)で観測を行えることを確認した。
    いくつかのモデル蛋白質について、マイクロ秒領域でのフォールディングを観測することができたものの、不感時間内に於けるシグナル変化(バースト相)が観測された。また、連続フロー法とストップト・フロー法とで観測可能な時間領域に2-3msのギャップがある。今後は、より曖昧さを排除した観測を行うために、1.より短い不感時間の連続フロー装置用溶液混合装置を作成すること、2.連続フロー法で観測できる時間領域を長くするための技術の開発、3.ストップト・フロー装置の不感時間を短縮する、の三点を解決することが必要である。

 

Teaching Experience (On-campus) 40

  1. Physics Tutorial I

    2022

  2. Laboratory in Physics

    2022

  3. Chemical Physics

    2022

  4. Physics Tutorial I

    2021

  5. Laboratory in Physics

    2021

  6. Chemical Physics

    2021

  7. Laboratory in Physics

    2020

  8. Physics Tutorial I

    2020

  9. Chemical Physics

    2020

  10. 物理学演習I-1

    2018

  11. 物理学実験

    2018

  12. 化学物理学

    2018

  13. 化学物理学

    2017

  14. 物理学実験

    2017

  15. 物理学演習I-1

    2017

  16. 物理学実験

    2016

  17. 化学物理学

    2016

  18. 物理学演習I-1

    2016

  19. Chemical physics

    2015

  20. 物理学実験

    2015

  21. 物理学演習I-1

    2015

  22. Chemical physics

    2014

  23. 物理学実験

    2014

  24. 物理学演習I-1

    2014

  25. Chemical physics

    2013

  26. 物理学演習I-1

    2013

  27. 物理学実験

    2013

  28. 物理学実験

    2012

  29. 物理学演習I-1

    2012

  30. 化学物理学

    2012

  31. 物理学演習III

    2011

  32. 物理学演習I-1

    2011

  33. 化学物理学

    2011

  34. 化学物理学

    2010

  35. 物理学演習III

    2009

  36. 生体分子の物性と機能セミナー

    2009

  37. 化学物理学

    2009

  38. 化学物理学

    2008

  39. 生体分子の物性と機能セミナー

    2008

  40. 基礎セミナーA

    2008

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