論文 - 倭 剛久
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Site-selective heat current analysis of & alpha;-helical protein with linear-homopolymer-like model
Wang Tingting, Yamato Takahisa, Sugiura Wataru
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 158 巻 ( 21 ) 2023年6月
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Computational study on the thermal conductivity of a protein 査読有り 国際共著
Yamato, Takahisa; Wang, Tingting; Sugiura, Wataru; Laprévote, Olivier; Katagiri, Takahiro
Journal of Physical Chemistry B 2022年4月
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Energy Transfer across Nonpolar and Polar Contacts in Proteins: Role of Contact Fluctuations 招待有り 査読有り 国際共著
Poudel Humanath, Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 124 巻 ( 44 ) 頁: 9852 - 9861 2020年11月
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Variation of Energy Transfer Rates across Protein-Water Contacts with Equilibrium Structural Fluctuations of a Homodimeric Hemoglobin 査読有り 国際共著
Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 124 巻 ( 7 ) 頁: 1148 - 1159 2020年2月
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Structure, dynamics and energy flow that govern heme protein functions: theory and experiments. 招待有り 査読有り 国際共著
T. Yamato, D.M. Leitner
Biophysical Reviews 12 巻 頁: 291 - 292 2020年
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Recent developments in the computational study of protein structural and vibrational energy dynamics 招待有り 査読有り 国際共著
D. M. Leitner, T. Yamato
Biophysical Reviews 12 巻 頁: 317 - 322 2020年
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タンパク質内エネルギー移動ネットワーク 招待有り 査読有り
倭 剛久
生物物理 60 巻 ( 2 ) 頁: 94 - 97 2020年
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Energy Exchange Network Model Demonstrates Protein Allosteric Transition: An Application to an Oxygen Sensor Protein
Ota Kunitaka, Yamato Takahisa
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 123 巻 ( 4 ) 頁: 768 - 775 2019年1月
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Normal mode analysis and beyond
Yamato Takahisa, Laprevote Olivier
BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 16 巻 頁: 322 - 327 2019年
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Scaling of Rates of Vibrational Energy Transfer in Proteins with Equilibrium Dynamics and Entropy
Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 122 巻 ( 40 ) 頁: 9331-9339 2018年10月
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Electron Transfer Pathways of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited
Sato Ryuma, Kitoh-Nishioka Hirotaka, Ando Koji, Yamato Takahisa
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 122 巻 ( 27 ) 頁: 6912-6921 2018年7月
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Characterization of mechanical unfolding intermediates of membrane proteins by coarse grained molecular dynamics simulation
Yamada Tatsuya, Mitaku Shigeki, Yamato Takahisa
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 691 巻 頁: 276-282 2018年1月
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MAPPING ENERGY TRANSPORT NETWORKS IN PROTEINS
Leitner David M., Yamato Takahisa
REVIEWS IN COMPUTATIONAL CHEMISTRY, VOL 31 31 巻 頁: 63 - 113 2018年
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バクテリオロドプシンの強制アンフォールディング機構の粗視化分子動力学による研究 査読有り
山田達矢、倭剛久、美宅成樹
111 巻 ( 10 ) 頁: 2986-2098 2016年11月
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Forced unfolding mechanism of bacteriorhodopsin as revealed by coarse-grained molecular dynamics 査読有り
T. Yamada, T. Yamato, S. Mitaku
Biophysical Journal 111 巻 頁: 2086-2098 2016年11月
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Computational study on the roles of amino acid residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors 査読有り
R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato
Chem. Phys. Lett. 633 巻 頁: 247-251 2015年
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Energy exchange network of inter-residue interactions within a thermally fluctuating protein molecule: A computational study 査読有り
T. Ishikura, Y. Iwata, T. Hatano, T. Yamato
J. Comput. Chem. 36 巻 頁: 1709-1718 2015年
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Combinatorial approach of molecular dynamics simulations and database analysis for the studies of protein structure and function 招待有り
T. Yamato and K. Yura
SEIKAGAKU 85 巻 ( 8 ) 頁: 646-655 2013年
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タンパク質の原子ストレス解析 査読有り
石倉孝一, 波多野達朗, 倭 剛久
Chemical Physics Letters 539-540 巻 頁: 144-150 2012年6月
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ミオグロビンのリガンド移動:計算機紙ミュレーションとX線結晶解析による研究 査読有り
T. Tsuduki, A. Tomita, S. Koshihara, S. Adachi, T. Yamato
Journal of Chemical Physics 136 巻 ( 16 ) 頁: 16501 (9 pages) 2012年4月
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リゾチームの体積揺らぎに関する非中立説的進化の基準振動解析による研究 査読有り
三浦重文, 倭剛久, 神山匡, 月向邦彦
161 巻 頁: 39-45 2012年2月
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Molecular mechanism of long-range synergetic color tuning between multiple amino acid residues in conger rhodopsin 査読有り
Biophysics 6 巻 頁: 67-78 2010年12月
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はたらくタンパク質: エネルギー、電子、プロトン、リガンド移動の計算生物物理学 招待有り 査読有り
倭 剛久
高分子論文集 特集号 計算高分子科学 (依頼原稿) 67 巻 ( 3 ) 頁: 179-186 2010年3月
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Theoretical modeling of the O-intermediate structure of bacteriorhodopsin 査読有り
Hiroshi C. Watanabe, Takakazu Ishikura, and Takahisa Yamato
PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 75 巻 ( 1 ) 頁: 53-61 2009年
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理論計算+生命情報学で初めて見いだされた機能性残基-DNA補修酵素の場合- 招待有り 査読有り
倭 剛久、西岡宏任、由良 敬
生物物理 49 巻 ( 4 ) 頁: 196-197 2009年
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*Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin 査読有り
Ayana Tomita, Tokushi Sato, Kouhei Ichiyanagi, Shunsuke Nozawa, Hirohiko Ichikawa, Matthieu Chollet, Fumihiro Kawai, Sam-Yong Park, Takayuki Tsuduki, Takahisa Yamato, Shin-ya Koshihara, and Shin-ichi Adachi
Proceedings of the National Academy of Sciences of U.S.A 106 巻 ( 8 ) 頁: 2612-2616 2009年
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*Discrimination of class I CPD photolyase from blue light photoreceptors by single methionine residue 査読有り
Yuji Miyazawa, Hirotaka Nishioka, Kei Yura, and Takahisa Yamato
Biophysical Journal 94 巻 頁: 2194-2203 2008年3月
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Stress tensor analysis of the proteinquake of photoactive yellow protein 査読有り
Kana Koike, Kazutomo Kawaguchi, and Takahisa Yamato
Phys. Chem. Chem. Phys. 10 巻 ( 10 ) 頁: 1400-1405 2008年
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Modulation of the absorption maximum of rhodopsin by amino acids in the C-terminus 招待有り 査読有り
"S. Yokoyama, T. Tada, T. Yamato"
Photochemistry and Photobiology 83 巻 ( 2 ) 頁: 236-241 2007年3月
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Spectral tuning of photoactive yellow protein 招待有り 査読有り
"T. Yamato, T. Ishikura, T. Kakitani, K. Kawaguchi, H. Watanabe"
Photochemistry and Photobiology 83 巻 ( 2 ) 頁: 323-327 2007年3月
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Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate
"H. Nishioka, T. Yamato, T. Kakitani"
Frontiers of Computational Science. Proceedings of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2005, Y. Kaneda, H. Kawamura, M. Sasai, Eds., Springer 頁: 293-297 2007年
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*Energy transfer pathways relevant for long-range intramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis 査読有り
T. Ishikura, T. Yamato
Chemical Physics Letters 432 巻 ( 4-6 ) 頁: 533-537 2006年12月
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Theoretical prediction of optical absorption maxima for photosensory receptor mutants 査読有り
"Kazutomo Kawaguchi, and Takahisa Yamato"
Chemical Physics Letters 430 巻 ( 4-6 ) 頁: 386-390 2006年10月
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Temperature dependence of the inelastic electron tunneling 査読有り
"Hirotaka Nishioka, Takahisa Yamato, and Toshiaki Kakitani"
Molecular Simulation 32 巻 ( 9 ) 頁: 727-734 2006年8月
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Photochemical reaction of cyanobacterial BLUF domain protein PixD
"Fukushima Y, Murai Y, Okajima K, Shibata Y, Ikeuchi M, Yamato T, Itoh S"
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 巻 頁: S158-S158 Supple. S 2006年
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"Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate" 査読有り
"H. Nishioka, A. Kimura, T. Yamato, T. Kawatsu, T. Kakitani"
J. Phys. Chem. B. 109 巻 頁: 15621-15635 2005年8月
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"Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation" 査読有り
"H. Nishioka, A. Kimura, T. Yamato, T. Kawatsu, T. Kakitani"
J. Phys. Chem. B. 109 巻 ( 5 ) 頁: 1978-1987 2005年2月
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Spectral tuning in photoactive yellow protein
"Kawaguchi K, Yamato T"
BIOPHYSICAL JOURNAL 88 巻 ( 1 ) 頁: 508A-509A Part 2 Suppl. S 2005年1月
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Prediction of Inelastic Tunneling Mechanism from Bacteriopheophytin to the Primary Quinone in Modified Bacterial Photosynthetic Reaction Centers
"H. Nishioka, T. Kawatsu, A. Kimura, T. Yamato, T. Kakitani"
"Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives, Proceedings of the 13th International Congress on Photosynthesis" 1 巻 頁: 327-328 2005年
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*Role of protein in the primary step of the photoreaction of yellow protein 査読有り
"A. Yamada, T. Ishikura, T. Yamato"
"PROTEINS: Structure, Function and Bioinformatics" 55 巻 ( 5 ) 頁: 1063-1069 2004年6月
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Direct measure of functional importance visualized atom-by-atom for photoactive yellow protein: Application to photoisomerization reaction 査読有り
"A. Yamada, T. Ishikura, T. Yamato"
"PROTEINS: Structure, Function and Bioinformatics" 55 巻 ( 4 ) 頁: 1070-1077 2004年6月
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Torsion potential works in rhodopsin 査読有り
"A. Yamada, T. Yamato, S. Yamamoto, T. Kakitani"
Photochemistry and Photobiology 79 巻 ( 5 ) 頁: 476-486 2004年5月
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Protein driven photoisomerization reaction: Ab initio QM/MM study of photoactive yellow protein
"Yamada A, Ishikura T, Yamato T"
BIOPHYSICAL JOURNAL 84 巻 ( 2 ) 頁: 270A-270A Part 2 Suppl. S 2003年2月
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A Computational Study on the stability of the protonated Schiff base of retinal in rhodopsin 査読有り
"A. Yamada, T. Kakitani, S. Yamamoto, and T. Yamato"
Chem. Phys. Lett. 366 巻 ( 5-6 ) 頁: 670-675 2002年12月
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Destructive interference in the electron tunneling through protein media 査読有り
"T. Kawatsu, T. Kakitani, T. Yamato"
J. Phys. Chem. B. 106 巻 ( 43 ) 頁: 11356-11366 2002年10月
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On the anomaly of the tunneling matrix element in long-range electron transfer 査読有り
"T. Kawatsu, T. Kakitani, T. Yamato"
J. Phys. Chem. B. 106 巻 ( 19 ) 頁: 5068-5074 2002年5月
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Analysis of cis-trans photoisomerization mechanism of rhodopsin based on the tertiary structure of rhodopsin 査読有り
"A. Yamada, T. Yamato, T. Kakitani, S. Yamamoto"
J. Photoscience 9 巻 頁: 51-54 2002年
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Unique mechanism of excitation energy transfer and photoisomerization in biological systems 査読有り
"T. Kakitani, T. Kawatsu, A. Kimura, A. Yamada, T. Yamato, S. Yamamoto"
J. Biol. Phys. 28 巻 ( 3 ) 頁: 367-381 2002年
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Theory of excitation energy transfer in the intermediate coupling case and its application to the photosynthetic antenna systems 査読有り
"Akihiro Kimura, Toshiaki Kakitani, Takahisa Yamato"
International Journal of Modern Physics B 15 巻 ( 28-30 ) 頁: 3833-3836 2001年12月
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Ab initio MO study on the potential energy surfaces for twisting around C15=N bond of protonated Schiff base of retinal 査読有り
"S. Yamamoto, H. Wasada, T. Kakitani, T. Yamato"
THEOCHEM 543 巻 頁: 79-87 2001年6月
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Worm Model for Electron Tunneling in Proteins: Consolidation of the Pathway Model and the Dutton Plot 査読有り
"T. Kawatsu, T. Kakitani, T.Yamato"
J. Phys. Chem. B. 105 巻 ( 19 ) 頁: 4424-4435 2001年5月
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Ab initio MO study on potential energy surfaces for twisting around C7=C8 and C4-C7 bonds of coumaric acid 査読有り
"A. Yamada, S. Yamamoto, T. Yamato, T. Kakitani"
THEOCHEM 536 巻 ( 2-3 ) 頁: 195-201 2001年2月
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Theory of excitation energy transfer in the intermediate coupling case. II. Criterion for intermediate coupling excitation energy transfer mechanism and application to the photosynthetic antenna system 査読有り
"A. Kimura, T. Kakitani, T. Yamato"
J. Phys. Chem. B. 104 巻 ( 39 ) 頁: 9276-9287 2000年10月
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Theory of excitation transfer in the intermediate coupling case 査読有り
"A. Kimura, T. Kakitani, T. Yamato"
J. Luminescence 87-89 巻 頁: 815-817 2000年5月
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A novel method for determining electron tunneling pathway in protein 査読有り
"T. Kawatsu, T. Kakitani, T. Yamato"
Inorganica Chimica Acta 300-302 巻 頁: 862-868 2000年4月
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Monte Carlo simulation study on the structure and reaction at metal-electrolyte interface. II. Mechanism of nonlinear electrode reactions 査読有り
"N. Goto, T. Kakitani, T. Yamato, Y. Hatano"
J. Phys. Soc. Jpn. 68 巻 ( 11 ) 頁: 3729-3737 1999年11月
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Ab initio MO study on the potential energy surfaces for twisting around the C11=C12 bond of the protonated Schiff base of retinal 査読有り
"Yamamoto, S., Wasada, H., Kakitani, T., Yamato, T"
THEOCHEM 461-462 巻 頁: 463-471 1999年4月
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Molecular Dynamics of a 15-Residue Poly(L-alanine)in Water : Helix Formation and Energetics 査読有り
"M. Takano, T. Yamato, J. Higo, A. Suyama, K. Nagayama"
Journal of the American Chemical Society 121 巻 ( 4 ) 頁: 605-612 1999年2月
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Molecular dynamics simulation of the excited-state dynamics of bacteriorhodopsin
"T. Yamato, T. Kakitani"
"Photosynthesis: Mechanisms and Effects, Vol. III, G. Garab, ed., Kluwer Academic Publishers, Netherlands" 頁: 1771-1774 1999年
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Novel method to detect a motif of local structures in different protein conformations 査読有り
"H. Wako, T. Yamato"
Protein Engineering 11 巻 ( 11 ) 頁: 981-990 1998年11月
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Molecular Dynamics Study of Femtosecond Events in Photoactive Yellow Protein After Photocexcitation of the Chromophore 査読有り
"T. Yamato, N. Niimura, N. Go"
"PROTEINS : Structure, Function, and Genetics" 32 巻 ( 3 ) 頁: 268-275 1998年8月
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Molecular Dynamics Simulation of the Excited-State Dynamics of Bacteriorhodopsin 査読有り
"T. Yamato, T. Kakitani"
Photochemistry and Photobiology 66 巻 ( 6 ) 頁: 735-740 1997年12月
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Mechanical Property of a TIM-Barrel Protein 査読有り
"N. Kobayashi, T. Yamato, N. Go"
"Proteins : Structure, Function, and Genetics" 28 巻 頁: 109-116 1997年
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Strain Tensor Field in Proteins 査読有り
T. Yamato
Journal of Molecular Graphics 14 巻 頁: 105-107 1996年
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Finite element study of protein structure under high pressure
T. Yamato
"High Pressure Bioscience and Biotechnology Progress in Biotechnology, 13. Elsevier, Amsterdam," 頁: 157-162 1996年
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Computer simulation approach
"T. Yamato, N. Go"
( 24 ) 頁: 25-29 1995年
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Topographical metric to analyze the theumal flucfuations of protein conformation 査読有り
"T. Yamato, M. Saito, J. Higo"
Chemical Physics Lelters 219 巻 頁: 155-159 1994年
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Dynamical properties of a beta-sheet in a tim barrel
"N. Kobayashi, T. Yamato, N. Go"
Protein Eng. 7 巻 ( 9 ) 頁: 1163-1164 1994年
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有限要素と歪みテンソル解析を用いた球状蛋白質の圧力変形の研究(共著)
第45回タンパク質構造討論会 大阪 1994年
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Computational Study of Mechanical Constructions of Protein
T. Yamato
BUTSURI 49 巻 ( 4 ) 頁: 305-307 1994年
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Conformational Deformation in Deoxymyoglobin by Hydrostafic Pressure 査読有り
"T. Yamato, J. Higo, Y. Seno, and N. Go"
"Proteins : Structure, Function and Gentics" 16 巻 ( 4 ) 頁: 327-340 1993年8月
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Conformational Deformation in Deoxymyoglobin by Hydrostafic Pressure
T.Yamato and N. Go
"Computer Aided innovation of New Materials II, Elsevier Science Publishers B. V." 頁: 1215-1218 1993年
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蛋白質のガラス状態(共著)
物性研究 59 巻 ( 5 ) 頁: 672-677 1993年