論文 - 倭 剛久
-
Site-selective heat current analysis of & alpha;-helical protein with linear-homopolymer-like model
Wang Tingting, Yamato Takahisa, Sugiura Wataru
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 158 巻 ( 21 ) 2023年6月
-
Computational study on the thermal conductivity of a protein 査読有り 国際共著
Yamato, Takahisa; Wang, Tingting; Sugiura, Wataru; Laprévote, Olivier; Katagiri, Takahiro
Journal of Physical Chemistry B 2022年4月
-
Energy Transfer across Nonpolar and Polar Contacts in Proteins: Role of Contact Fluctuations 招待有り 査読有り 国際共著
Poudel Humanath, Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 124 巻 ( 44 ) 頁: 9852 - 9861 2020年11月
-
Variation of Energy Transfer Rates across Protein-Water Contacts with Equilibrium Structural Fluctuations of a Homodimeric Hemoglobin 査読有り 国際共著
Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 124 巻 ( 7 ) 頁: 1148 - 1159 2020年2月
-
Structure, dynamics and energy flow that govern heme protein functions: theory and experiments. 招待有り 査読有り 国際共著
T. Yamato, D.M. Leitner
Biophysical Reviews 12 巻 頁: 291 - 292 2020年
-
Recent developments in the computational study of protein structural and vibrational energy dynamics 招待有り 査読有り 国際共著
D. M. Leitner, T. Yamato
Biophysical Reviews 12 巻 頁: 317 - 322 2020年
-
タンパク質内エネルギー移動ネットワーク 招待有り 査読有り
倭 剛久
生物物理 60 巻 ( 2 ) 頁: 94 - 97 2020年
-
Energy Exchange Network Model Demonstrates Protein Allosteric Transition: An Application to an Oxygen Sensor Protein
Ota Kunitaka, Yamato Takahisa
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 123 巻 ( 4 ) 頁: 768 - 775 2019年1月
-
Normal mode analysis and beyond
Yamato Takahisa, Laprevote Olivier
BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY 16 巻 頁: 322 - 327 2019年
-
Scaling of Rates of Vibrational Energy Transfer in Proteins with Equilibrium Dynamics and Entropy
Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 122 巻 ( 40 ) 頁: 9331-9339 2018年10月
-
Electron Transfer Pathways of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited
Sato Ryuma, Kitoh-Nishioka Hirotaka, Ando Koji, Yamato Takahisa
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 122 巻 ( 27 ) 頁: 6912-6921 2018年7月
-
Characterization of mechanical unfolding intermediates of membrane proteins by coarse grained molecular dynamics simulation
Yamada Tatsuya, Mitaku Shigeki, Yamato Takahisa
CHEMICAL PHYSICS LETTERS 691 巻 頁: 276-282 2018年1月
-
MAPPING ENERGY TRANSPORT NETWORKS IN PROTEINS
Leitner David M., Yamato Takahisa
REVIEWS IN COMPUTATIONAL CHEMISTRY, VOL 31 31 巻 頁: 63 - 113 2018年
-
バクテリオロドプシンの強制アンフォールディング機構の粗視化分子動力学による研究 査読有り
山田達矢、倭剛久、美宅成樹
111 巻 ( 10 ) 頁: 2986-2098 2016年11月
-
Forced unfolding mechanism of bacteriorhodopsin as revealed by coarse-grained molecular dynamics 査読有り
T. Yamada, T. Yamato, S. Mitaku
Biophysical Journal 111 巻 頁: 2086-2098 2016年11月
-
Energy exchange network of inter-residue interactions within a thermally fluctuating protein molecule: A computational study 査読有り
T. Ishikura, Y. Iwata, T. Hatano, T. Yamato
J. Comput. Chem. 36 巻 頁: 1709-1718 2015年
-
Computational study on the roles of amino acid residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors 査読有り
R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato
Chem. Phys. Lett. 633 巻 頁: 247-251 2015年
-
Combinatorial approach of molecular dynamics simulations and database analysis for the studies of protein structure and function 招待有り
T. Yamato and K. Yura
SEIKAGAKU 85 巻 ( 8 ) 頁: 646-655 2013年
-
タンパク質の原子ストレス解析 査読有り
石倉孝一, 波多野達朗, 倭 剛久
Chemical Physics Letters 539-540 巻 頁: 144-150 2012年6月
-
ミオグロビンのリガンド移動:計算機紙ミュレーションとX線結晶解析による研究 査読有り
T. Tsuduki, A. Tomita, S. Koshihara, S. Adachi, T. Yamato
Journal of Chemical Physics 136 巻 ( 16 ) 頁: 16501 (9 pages) 2012年4月