論文 - 倭 剛久
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リゾチームの体積揺らぎに関する非中立説的進化の基準振動解析による研究 査読有り
三浦重文, 倭剛久, 神山匡, 月向邦彦
161 巻 頁: 39-45 2012年2月
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Molecular mechanism of long-range synergetic color tuning between multiple amino acid residues in conger rhodopsin 査読有り
Biophysics 6 巻 頁: 67-78 2010年12月
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はたらくタンパク質: エネルギー、電子、プロトン、リガンド移動の計算生物物理学 招待有り 査読有り
倭 剛久
高分子論文集 特集号 計算高分子科学 (依頼原稿) 67 巻 ( 3 ) 頁: 179-186 2010年3月
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理論計算+生命情報学で初めて見いだされた機能性残基-DNA補修酵素の場合- 招待有り 査読有り
倭 剛久、西岡宏任、由良 敬
生物物理 49 巻 ( 4 ) 頁: 196-197 2009年
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*Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin 査読有り
Ayana Tomita, Tokushi Sato, Kouhei Ichiyanagi, Shunsuke Nozawa, Hirohiko Ichikawa, Matthieu Chollet, Fumihiro Kawai, Sam-Yong Park, Takayuki Tsuduki, Takahisa Yamato, Shin-ya Koshihara, and Shin-ichi Adachi
Proceedings of the National Academy of Sciences of U.S.A 106 巻 ( 8 ) 頁: 2612-2616 2009年
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Theoretical modeling of the O-intermediate structure of bacteriorhodopsin 査読有り
Hiroshi C. Watanabe, Takakazu Ishikura, and Takahisa Yamato
PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 75 巻 ( 1 ) 頁: 53-61 2009年
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*Discrimination of class I CPD photolyase from blue light photoreceptors by single methionine residue 査読有り
Yuji Miyazawa, Hirotaka Nishioka, Kei Yura, and Takahisa Yamato
Biophysical Journal 94 巻 頁: 2194-2203 2008年3月
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Stress tensor analysis of the proteinquake of photoactive yellow protein 査読有り
Kana Koike, Kazutomo Kawaguchi, and Takahisa Yamato
Phys. Chem. Chem. Phys. 10 巻 ( 10 ) 頁: 1400-1405 2008年
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Modulation of the absorption maximum of rhodopsin by amino acids in the C-terminus 招待有り 査読有り
"S. Yokoyama, T. Tada, T. Yamato"
Photochemistry and Photobiology 83 巻 ( 2 ) 頁: 236-241 2007年3月
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Spectral tuning of photoactive yellow protein 招待有り 査読有り
"T. Yamato, T. Ishikura, T. Kakitani, K. Kawaguchi, H. Watanabe"
Photochemistry and Photobiology 83 巻 ( 2 ) 頁: 323-327 2007年3月
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Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate
"H. Nishioka, T. Yamato, T. Kakitani"
Frontiers of Computational Science. Proceedings of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2005, Y. Kaneda, H. Kawamura, M. Sasai, Eds., Springer 頁: 293-297 2007年
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*Energy transfer pathways relevant for long-range intramolecular signaling of photosensory protein revealed by microscopic energy conductivity analysis 査読有り
T. Ishikura, T. Yamato
Chemical Physics Letters 432 巻 ( 4-6 ) 頁: 533-537 2006年12月
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Theoretical prediction of optical absorption maxima for photosensory receptor mutants 査読有り
"Kazutomo Kawaguchi, and Takahisa Yamato"
Chemical Physics Letters 430 巻 ( 4-6 ) 頁: 386-390 2006年10月
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Temperature dependence of the inelastic electron tunneling 査読有り
"Hirotaka Nishioka, Takahisa Yamato, and Toshiaki Kakitani"
Molecular Simulation 32 巻 ( 9 ) 頁: 727-734 2006年8月
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Photochemical reaction of cyanobacterial BLUF domain protein PixD
"Fukushima Y, Murai Y, Okajima K, Shibata Y, Ikeuchi M, Yamato T, Itoh S"
PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 47 巻 頁: S158-S158 Supple. S 2006年
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"Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 2. Non-Condon theory for the energy gap dependence of electron transfer rate" 査読有り
"H. Nishioka, A. Kimura, T. Yamato, T. Kawatsu, T. Kakitani"
J. Phys. Chem. B. 109 巻 頁: 15621-15635 2005年8月
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"Interference, fluctuation, and alternation of electron tunneling in protein media. 1. Two tunneling routes in photosynthetic reaction center alternate due to thermal fluctuation of protein conformation" 査読有り
"H. Nishioka, A. Kimura, T. Yamato, T. Kawatsu, T. Kakitani"
J. Phys. Chem. B. 109 巻 ( 5 ) 頁: 1978-1987 2005年2月
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Spectral tuning in photoactive yellow protein
"Kawaguchi K, Yamato T"
BIOPHYSICAL JOURNAL 88 巻 ( 1 ) 頁: 508A-509A Part 2 Suppl. S 2005年1月
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Prediction of Inelastic Tunneling Mechanism from Bacteriopheophytin to the Primary Quinone in Modified Bacterial Photosynthetic Reaction Centers
"H. Nishioka, T. Kawatsu, A. Kimura, T. Yamato, T. Kakitani"
"Photosynthesis: Fundamental Aspects to Global Perspectives, Proceedings of the 13th International Congress on Photosynthesis" 1 巻 頁: 327-328 2005年
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*Role of protein in the primary step of the photoreaction of yellow protein 査読有り
"A. Yamada, T. Ishikura, T. Yamato"
"PROTEINS: Structure, Function and Bioinformatics" 55 巻 ( 5 ) 頁: 1063-1069 2004年6月