2024/10/03 更新

写真a

ツツミ マサト
堤 真人
TSUTSUMI Masato
所属
大学院医学系研究科 附属神経疾患・腫瘍分子医学研究センター 細胞情報統合解析部門 特任助教
職名
特任助教

研究キーワード 1

  1. 形態 機械学習 定量生物学

研究分野 1

  1. 情報通信 / 生命、健康、医療情報学  / 定量生物学

経歴 2

  1. 広島大学   大学院統合生命科学研究科   特任研究員

    2023年10月 - 2024年9月

  2. 特定国立研究開発法人理化学研究所   大学院生リサーチ・アソシエイト

    2020年4月 - 2023年3月

学歴 2

  1. 東京大学   大学院理学系研究科博士課程

    2020年4月 - 2023年9月

  2. 東京大学   大学院理学系研究科修士課程

    2018年4月 - 2020年3月

 

論文 2

  1. Deciphering the origin of developmental stability: The role of intracellular expression variability in evolutionary conservation 査読有り

    Yui Uchida, Masato Tsutsumi, Shunsuke Ichii, Naoki Irie, Chikara Furusawa

    Evolution & Development   26 巻 ( e12473 )   2024年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/ede.12473

    DOI: 10.1111/ede.12473

  2. A deep learning approach for morphological feature extraction based on variational auto-encoder: an application to mandible shape 査読有り

    Masato Tsutsumi, Nen Saito, Daisuke Koyabu, Chikara Furusawa

    npj Systems Biology and Applications   9 巻 ( 30 )   2023年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    <jats:title>Abstract</jats:title><jats:p>Shape measurements are crucial for evolutionary and developmental biology; however, they present difficulties in the objective and automatic quantification of arbitrary shapes. Conventional approaches are based on anatomically prominent landmarks, which require manual annotations by experts. Here, we develop a machine-learning approach by presenting morphological regulated variational AutoEncoder (Morpho-VAE), an image-based deep learning framework, to conduct landmark-free shape analysis. The proposed architecture combines the unsupervised and supervised learning models to reduce dimensionality by focusing on morphological features that distinguish data with different labels. We applied the method to primate mandible image data. The extracted morphological features reflected the characteristics of the families to which the organisms belonged, despite the absence of correlation between the extracted morphological features and phylogenetic distance. Furthermore, we demonstrated the reconstruction of missing segments from incomplete images. The proposed method provides a flexible and promising tool for analyzing a wide variety of image data of biological shapes even those with missing segments.</jats:p>

    DOI: 10.1038/s41540-023-00293-6

    DOI: 10.1038/s41540-023-00293-6

講演・口頭発表等 19

  1. 深層学習による生物形態定量解析手法の開発 招待有り

    堤真人, 斉藤稔, 古澤力

    日本応用数理学会2024年度 年会  2024年9月16日 

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    開催年月日: 2024年9月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  2. 深層学習による形態定量解析手法の提案

    堤 真人, 斉藤 稔, 古澤 力

    2024年度日本数理生物学会年会  2024年9月12日 

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    開催年月日: 2024年9月

    会議種別:ポスター発表  

  3. 数理モデルを用いた社会的敗北ストレス下でのマウス行動の定量化

    堤真人, 東野伊織, 福井雅也, 本田直樹

    CPSY TOKYO 2024  2024年3月28日 

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    開催年月日: 2024年3月

    会議種別:ポスター発表  

  4. 深層学習を用いた 生物形態の定量解析手法の開発 招待有り

    堤真人

    シリーズオンラインセミナー「AIが切り開く進化生物学の未来」 第1回「画像認識AIで挑む! ⾏動・形態形質定量化のレベルアップ」  2024年3月9日 

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    開催年月日: 2024年3月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  5. ベイズ推論を用いた脳内反芻思考の数理モデル

    堤 真人, 東野 伊織, 福井 雅也, 本田 直樹

    理論生物学スプリングスクール2024  2024年2月20日 

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    開催年月日: 2024年2月

    会議種別:ポスター発表  

  6. 深層学習を用いた 生物形態の定量解析手法の開発 招待有り

    第8回理論免疫学ワークショップ  2024年2月14日 

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    開催年月日: 2024年2月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  7. 自由エネルギー原理を用いた脳内反芻思考の数理モデル

    定量生物学の会 第十一回年会  2024年1月6日 

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    開催年月日: 2024年1月

    会議種別:ポスター発表  

  8. Unveiling the enigmatic Middle Devonian vertebrate, Palaeospondylus

    Tatsuya Hirasawa, Masato Tsutsumi, Shunsuke Ichii, Shigeru Kuratani

    The 3rd Asia Evo Conference Symposium: early evolution of vertebrates from evo-devo and paleontological perspectives  2023年12月16日 

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    開催年月日: 2023年12月

    会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(公募)  

  9. Development of a quantitative analysis method for biological morphology using deep learning

    Masato Tsutsumi, Nen Saito, Daisuke Koyabu, Chikara Furusawa

    Statphys28 Satellite meeting Statistical Physics and Information-Processing in Living Systems  2023年8月8日 

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    開催年月日: 2023年8月

    会議種別:ポスター発表  

  10. 変分オートエンコーダを用いた霊長目の下顎形態特徴量抽出

    堤真人, 斉藤稔, 小薮大輔, 古澤力

    定量生物学の会第十回年会  2022年12月15日 

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    開催年月日: 2022年12月

    会議種別:ポスター発表  

  11. 機械学習を用いた様々な生物形態の定量化 招待有り

    堤真人

    広島大学数理生命科学プログラムセミナー  2022年11月10日 

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    開催年月日: 2022年11月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  12. A method for morphological feature extraction based on variational auto-encoder: an application to mandible shape

    堤真人, 斉藤稔, 小薮大輔, 古澤力

    第60回日本生物物理学会年会  2022年9月30日 

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    開催年月日: 2022年9月

    会議種別:ポスター発表  

  13. A Deep learning approach for the shape analysis of the primates mandible

    Masato Tsutsumi, Nen Saito, Daisuke Koyabu, Chikara Furusawa

    Euro Evo Devo 2022  2022年6月1日 

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    開催年月日: 2022年6月

    会議種別:ポスター発表  

  14. 機械学習を用いた生物形態の定量化とその応用について 霊長目の下顎骨を対象として 招待有り

    堤真人

    基礎生物学研究所部門セミナー  2021年10月 

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    開催年月日: 2021年10月

    会議種別:口頭発表(招待・特別)  

  15. 機械学習を用いて顎の形態を定量化する

    堤真人

    第61回生物物理若手の会夏の学校  2021年9月7日 

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    開催年月日: 2021年9月

    会議種別:ポスター発表  

  16. 機械学習を用いた生物形態の定量化とその応用

    第58回生物物理学会  2020年9月 

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    開催年月日: 2020年9月

    会議種別:ポスター発表  

  17. 2段階ネットワークを用いた2次元OCT画像の分類手法の検証

    竹村 昌彦, 堤 真人, 河合 宏紀, 袴田 和巳, 藤 秀義

    第二回 日本メディカルAI学会 学術集会  2020年1月31日 

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    開催年月日: 2020年1月 - 2020年2月

    会議種別:口頭発表(一般)  

  18. 機械学習を用いた生物形態の定量化とその応用

    第3回ExCELLSシンポジウム  2020年 

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    開催年月日: 2020年

    会議種別:ポスター発表  

  19. 機械学習を用いた生物形態の定量化とその応用

    堤 真人, 斉藤稔, 古澤力

    第20回生命科学シンポジウム  2020年10月 

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    会議種別:ポスター発表  

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産業財産権 1

  1. バッチ効果の補正システム、制御プログラム、バッチ効果の補正方法

    坂口峻太, 堤真人, 西健太郎, 本田直樹

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    出願番号:特願2024-162597  出願日:2024年9月