2022/11/01 更新

写真a

オカダ サトシ
岡田 聡史
OKADA Satoshi
所属
生物機能開発利用研究センター 助教
大学院担当
大学院生命農学研究科
職名
助教

学位 1

  1. 博士(農学) ( 2018年3月   神戸大学 ) 

研究キーワード 3

  1. 量的形質遺伝子座

  2. 遺伝学

  3. 育種学

研究分野 1

  1. 環境・農学 / 遺伝育種科学

経歴 2

  1. 東海国立大学機構名古屋大学生物機能開発利用研究センター   特任助教

    2021年7月 - 現在

  2. 岡山大学   特別契約職員(助教)

    2019年4月 - 2021年6月

所属学協会 1

  1. 一般社団法人日本育種学会

 

論文 4

  1. FE UPTAKE-INDUCING PEPTIDE1 maintains Fe translocation by controlling Fe deficiency response genes in the vascular tissue of Arabidopsis

    Okada Satoshi, Lei Gui J., Yamaji Naoki, Huang Sheng, Ma Jian F., Mochida Keiichi, Hirayama Takashi

    PLANT CELL AND ENVIRONMENT   45 巻 ( 11 ) 頁: 3322 - 3337   2022年11月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:Plant Cell and Environment  

    FE UPTAKE-INDUCING PEPTIDE1 (FEP1), also named IRON MAN3 (IMA3) is a short peptide involved in the iron deficiency response in Arabidopsis thaliana. Recent studies uncovered its molecular function, but its physiological function in the systemic Fe response is not fully understood. To explore the physiological function of FEP1 in iron homoeostasis, we performed a transcriptome analysis using the FEP1 loss-of-function mutant fep1-1 and a transgenic line with oestrogen-inducible expression of FEP1. We determined that FEP1 specifically regulates several iron deficiency-responsive genes, indicating that FEP1 participates in iron translocation rather than iron uptake in roots. The iron concentration in xylem sap under iron-deficient conditions was lower in the fep1-1 mutant and higher in FEP1-induced transgenic plants compared with the wild type (WT). Perls staining revealed a greater accumulation of iron in the cortex of fep1-1 roots than in the WT root cortex, although total iron levels in roots were comparable in the two genotypes. Moreover, the fep1-1 mutation partially suppressed the iron overaccumulation phenotype in the leaves of the oligopeptide transporter3-2 (opt3-2) mutant. These data suggest that FEP1 plays a pivotal role in iron movement and in maintaining the iron quota in vascular tissues in Arabidopsis.

    DOI: 10.1111/pce.14424

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  2. Genetic and epistatic effects for grain quality and yield of three grain-size QTLs identified in brewing rice (Oryza sativaL.). 査読有り

    Okada Satoshi, Iijima Ken, Hori Kiyosumi, Yamasaki Masanori

    MOLECULAR BREEDING   40 巻 ( 9 )   2020年9月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Molecular Breeding  

    Rice (Oryza sativa L.) in Japan is not only a food staple but also an important material for the Japanese alcoholic beverage, sake. The grain used in sake brewing has different characters from the cooking rice grain, including a large grain size and high white-core expression rate (WCE). Because large-sized grains often have a heavy grain weight and higher yield, this trait is also important for cooking rice. Chalky grains, such as white-core or white-belly grains, are not ideal as cooking rice. Here, we report that three grain-size quantitative trait loci (QTLs; qGL4-2, qGWh5, qGWh10), derived from the brewing cultivar, Yamadanishiki, affect grain shape, chalky grain rate, and yield, using near isogenic and pyramiding lines in the genetic background of the cooking cultivar, Koshihikari. First, these QTLs influenced multiple components of grain shape, where epistatic effects were detected between qGL4-2 and qGWh5, for grain width and thickness, and between qGL4-2 and qGWh10, for grain length. Therefore, these QTLs may coordinate to control grain shape. Second, lines harboring qGWh5 or qGWh10 at the Yamadanishiki allele exhibited increased WCE, whereas lines with qGL4-2 and qGWh10 exhibited decreased white-belly grain rate (WBR). Thus, grain shape is associated with the occurrence of chalky grain, where the chalky type depends on the QTL. Finally, we used total panicle weight of plants as a simplified rice yield index, and a promising line pyramiding qGL4-2 and qGWh5 emerged. In conclusion, qGL4-2 would be useful for the breeding of cooking rice, to decrease WBR, while qGWh5 and qGWh10 were definitely more beneficial for that of brewing rice, to increase grain weight and WCE.

    DOI: 10.1007/s11032-020-01166-0

    Web of Science

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  3. Life-Course Monitoring of Endogenous Phytohormone Levels under Field Conditions Reveals Diversity of Physiological States among Barley Accessions. 査読有り

    Hirayama T, Saisho D, Matsuura T, Okada S, Takahagi K, Kanatani A, Ito J, Tsuji H, Ikeda Y, Mochida K

    Plant & cell physiology   61 巻 ( 8 ) 頁: 1438 - 1448   2020年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/pcp/pcaa046

    PubMed

  4. Training instance segmentation neural network with synthetic datasets for crop seed phenotyping 査読有り 国際誌

    Toda Yosuke, Okura Fumio, Ito Jun, Okada Satoshi, Kinoshita Toshinori, Tsuji Hiroyuki, Saisho Daisuke

    COMMUNICATIONS BIOLOGY   3 巻 ( 1 ) 頁: 173 - 173   2020年4月

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Communications Biology  

    In order to train the neural network for plant phenotyping, a sufficient amount of training data must be prepared, which requires time-consuming manual data annotation process that often becomes the limiting step. Here, we show that an instance segmentation neural network aimed to phenotype the barley seed morphology of various cultivars, can be sufficiently trained purely by a synthetically generated dataset. Our attempt is based on the concept of domain randomization, where a large amount of image is generated by randomly orienting the seed object to a virtual canvas. The trained model showed 96% recall and 95% average Precision against the real-world test dataset. We show that our approach is effective also for various crops including rice, lettuce, oat, and wheat. Constructing and utilizing such synthetic data can be a powerful method to alleviate human labor costs for deploying deep learning-based analysis in the agricultural domain.

    DOI: 10.1038/s42003-020-0905-5

    Web of Science

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    PubMed

講演・口頭発表等 12

  1. ソルガムの根系育種へ向けたゲノムワイド関連解析

    岡田聡史, 胡振宇, 犬飼義明, 西内俊策, 山内卓樹, 中村(荒木)聡子, 篠原(大前)梢, 中村春貴, 三浦孝太郎, 春日重光, 佐塚隆志

    日本育種学会第142回講演会  2022年9月24日 

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    開催年月日: 2022年9月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  2. ‘先制育種’を指向する生活環横断的なオオムギのゲノム研究

    最相大輔, 岡田聡史, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 平山隆志

    日本育種学会第140講演会 

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    開催年月日: 2021年9月

    会議種別:シンポジウム・ワークショップ パネル(指名)  

  3. シングルメリステムトランスクリプト―ムによるオオムギ茎頂部の発生トラジェクトリ解析.

    井藤純, 野村有子, 佐藤奈緒, 岡田聡史, 高萩航太郎, 杉村みどり, 関緑, 最相大輔, 持田恵一, 平山隆志, 辻寛之

    日本育種学会第140回講演会  2021年9月 

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    開催年月日: 2021年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  4. 圃場でのオオムギ生活環の擬時間変遷

    最相大輔, 岡田聡史, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 平山隆志

    日本育種学会第139回講演会 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  5. 圃場トランスクリプトームデータを用いたオオムギ生活環の生長トラジェクトリ解析

    岡田聡史, 最相大輔, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 井上小槙, 上原由紀子, 清水みなみ, 持田恵一, 平山隆志

    日本育種学会第139回講演会 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  6. 圃場オオムギにおけるヒストン修飾と遺伝子発現のゲノムワイド時系列解析

    池田陽子, 岡田聡史, 金谷麻加, 井上小槙, 最相大輔, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 平山隆志

    第62回日本植物生理学会年会 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  7. 圃場オオムギのライフコースモニタリングによるホルモン変動と成長および環境要因との相互作用

    平山隆志, 最相大輔, 松浦恭和, 井藤純, 岡田聡史, 金谷麻加, 辻寛之, 持田恵一

    第62回日本植物生理学会年会 

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    開催年月日: 2021年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  8. オオムギの圃場生長動態の種内変異

    最相大輔, 岡田聡史, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 持田恵一, 平山隆志

    日本育種学会第137回講演会 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  9. 世界のオオムギコアコレクションの複数環境下での出穂期に関する遺伝解析

    岡田聡史, 最相大輔, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 田恵一, 平山隆志

    日本育種学会第137回講演会  2020年3月29日 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  10. オオムギの圃場生長動態の種内変異

    最相 大輔, 岡田 聡史, 井藤 純, 辻 寛之, 高 萩 航太郎, 持田 恵一, 平山 隆志

    日本育種学会第137回講演会  2020年3月29日 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

  11. 圃場環境におけるオオムギ系統間の生理状態の多様性

    平山隆志, 高萩航太郎, 井上小槙, 山口由紀子, 金谷麻加, 最相大輔, 松浦恭和, 岡田聡史, 井藤純, 池田陽子, 松下康弘, 辻寛之, 持田恵一

    第61回日本植物生理学会年会 

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    開催年月日: 2020年3月

    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

  12. オオムギのユニークな花序構造に関する遺伝子発現解析

    井藤純, 佐藤奈緒, 野村有子, 新井駿一, 高萩航太郎, 岡田聡史, 武田(神谷)紀子, 豊岡公徳, 最相大輔, 平山隆志, 持田恵一, 辻寛之

    日本育種学会第142回講演会  2022年9月24日 

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    記述言語:日本語   会議種別:ポスター発表  

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科研費 1

  1. 量的形質遺伝子座における新しい解析アプローチによるソルガム高糖性遺伝子の解明

    研究課題/研究課題番号:22K14868  2022年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  若手研究

    岡田 聡史

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:4420000円 ( 直接経費:3400000円 、 間接経費:1020000円 )

    ソルガムは、高バイオマス性と高糖性(茎に糖液を蓄積する性質)を兼ね備えることができる重要なエネルギー作物の一つである。しかし、ソルガムの高糖性は環境要因や複雑な遺伝的構造が絡み合った複雑形質と考えら、これまで責任遺伝子の単離が困難であった。本研究では、①糖度と相関する発現変動を示す遺伝子群をマーカーとし、②QTL領域内の部分的な断片置換系統群とマーカー遺伝子群の発現量を比較することで領域を狭め、これを繰り返すという新しい責任遺伝子単離法(CSSLs-eQTL)を提案する。この方法を確立し、ソルガムの高糖性遺伝子を同定することで、糖蓄積メカニズム解明への基盤構築を行う。