研究者詳細 - 岡田　聡史

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オカダ　サトシ

岡田　聡史

OKADA Satoshi

所属

生物機能開発利用研究センター助教

大学院担当

大学院生命農学研究科

学位 1

博士（農学）（ 2018年3月神戸大学）

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研究キーワード 3

量的形質遺伝子座
遺伝学
育種学

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研究分野 1

環境・農学 / 遺伝育種科学

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経歴 3

名古屋大学生物機能開発利用研究センター助教

2022年6月 - 現在
東海国立大学機構名古屋大学生物機能開発利用研究センター特任助教

2021年7月 - 2022年5月
岡山大学特別契約職員（助教）

2019年4月 - 2021年6月

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所属学協会 1

一般社団法人日本育種学会

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論文 13

Six-gene model underlying heterosis for culm length and flowering date in sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) (in press) 査読有り

Satoshi Okada, Shumpei Hashimoto, Tatsuki Kikuchi, Satoko Araki-Nakamura, Kozue Ohmae-Shinohara, Shigemitsu Kasuga, Takashi Sazuka

2025年

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担当区分：筆頭著者記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）
Integrated genome-wide differentiation and association analyses identify causal genes underlying breeding-selected grain quality traits in japonica rice. 国際誌

Hideki Yoshida, Satoshi Okada, Fanmiao Wang, Shohei Shiota, Masaki Mori, Mayuko Kawamura, Xue Zhao, Yiqiao Wang, Naho Nishigaki, Asako Kobayashi, Kotaro Miura, Shinya Yoshida, Masaru Ikegami, Akitoshi Ito, Lin-Tzu Huang, Yue-Ie Caroline Hsing, Yoshiyuki Yamagata, Yoichi Morinaka, Masanori Yamasaki, Toshihisa Kotake, Eiji Yamamoto, Jian Sun, Ko Hirano, Makoto Matsuoka

Molecular plant 16 巻 ( 9 ) 頁： 1460 - 1477 2023年9月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Improving grain quality is a primary objective in contemporary rice breeding. Japanese modern rice breeding has developed two different types of rice, eating and sake-brewing rice, with different grain characteristics, indicating the selection of variant gene alleles during the breeding process. Given the critical importance of promptly and efficiently identifying genes selected in past breeding for future molecular breeding, we conducted genome scans for divergence, genome-wide association studies, and map-based cloning. Consequently, we successfully identified two genes, OsMnS and OsWOX9D, both contributing to rice grain traits. OsMnS encodes a mannan synthase that increases the white core frequency in the endosperm, a desirable trait for sake brewing but decreases the grain appearance quality. OsWOX9D encodes a grass-specific homeobox-containing transcription factor, which enhances grain width for better sake brewing. Furthermore, haplotype analysis revealed that their defective alleles were selected in East Asia, but not Europe, during modern improvement. In addition, our analyses indicate that a reduction in grain mannan content during African rice domestication may also be caused a defective OsMnS allele due to breeding selection. This study not only reveals the delicate balance between grain appearance quality and nutrition in rice but also provides a new strategy for isolating causal genes underlying complex traits, based on the concept of "breeding-assisted genomics" in plants.

DOI： 10.1016/j.molp.2023.09.002

PubMed
High-Density Linkage Maps from Japanese Rice japonica Recombinant Inbred Lines Using Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct (GRAS-Di). 査読有り国際誌 Open Access

Rym Fekih, Yohei Ishimaru, Satoshi Okada, Michihiro Maeda, Ryutaro Miyagi, Takahiro Obana, Kazuyo Suzuki, Minoru Inamori, Hiroyuki Enoki, Masanori Yamasaki

Plants (Basel, Switzerland) 12 巻 ( 4 ) 2023年2月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

The genetic dissection of agronomically important traits in closely related Japanese rice cultivars is still in its infancy mainly because of the narrow genetic diversity within japonica rice cultivars. In an attempt to unveil potential polymorphism between closely related Japanese rice cultivars, we used a next-generation-sequencing-based genotyping method: genotyping by random amplicon sequencing-direct (GRAS-Di) to develop genetic linkage maps. In this study, four recombinant inbred line (RIL) populations and their parents were used. A final RIL number of 190 for RIL71, 96 for RIL98, 95 for RIL16, and 94 for RIL91 derived from crosses between a common leading Japanese rice cultivar Koshihikari and Yamadanishiki, Taichung 65, Fujisaka 5, and Futaba, respectively, and the parent plants were subjected to GRAS-Di library construction and sequencing. Approximately 438.7 Mbp, 440 Mbp, 403.1 Mbp, and 392 Mbp called bases covering 97.5%, 97.3%, 98.3%, and 96.1%, respectively, of the estimated rice genome sequence at average depth of 1× were generated. Analysis of genotypic data identified 1050, 1285, 1708, and 1704 markers for each of the above RIL populations, respectively. Markers generated by GRAS-Di were organized into linkage maps and compared with those generated by GoldenGate SNP assay of the same RIL populations; the average genetic distance between markers showed a clear decrease in the four RIL populations when we integrated markers of both linkage maps. Genetic studies using these markers successfully localized five QTLs associated with heading date on chromosomes 3, 6, and 7 and which previously were identified as Hd1, Hd2, Hd6, Hd16, and Hd17. Therefore, GRAS-Di technology provided a low cost and efficient genotyping to overcome the narrow genetic diversity in closely related Japanese rice cultivars and enabled us to generate a high density linkage map in this germplasm.

DOI： 10.3390/plants12040929

Open Access

PubMed
An analysis of sugary endosperm in sorghum: Characterization of mutant phenotypes depending on alleles of the corresponding starch debranching enzyme. 査読有り国際誌 Open Access

Shumpei Hashimoto, Satoshi Okada, Satoko Araki-Nakamura, Kozue Ohmae-Shinohara, Kotaro Miura, Hideo Kawaguchi, Chiaki Ogino, Shigemitsu Kasuga, Takashi Sazuka

Frontiers in plant science 14 巻頁： 1114935 - 1114935 2023年

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

Sorghum is the fifth most important cereal crop. Here we performed molecular genetic analyses of the 'SUGARY FETERITA' (SUF) variety, which shows typical sugary endosperm traits (e.g., wrinkled seeds, accumulation of soluble sugars, and distorted starch). Positional mapping indicated that the corresponding gene was located on the long arm of chromosome 7. Within the candidate region of 3.4 Mb, a sorghum ortholog for maize Su1 (SbSu) encoding a starch debranching enzyme ISA1 was found. Sequencing analysis of SbSu in SUF uncovered nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the coding region, containing substitutions of highly conserved amino acids. Complementation of the rice sugary-1 (osisa1) mutant line with the SbSu gene recovered the sugary endosperm phenotype. Additionally, analyzing mutants obtained from an EMS-induced mutant panel revealed novel alleles with phenotypes showing less severe wrinkles and higher Brix scores. These results suggested that SbSu was the corresponding gene for the sugary endosperm. Expression profiles of starch synthesis genes during the grain-filling stage demonstrated that a loss-of-function of SbSu affects the expression of most starch synthesis genes and revealed the fine-tuned gene regulation in the starch synthetic pathway in sorghum. Haplotype analysis using 187 diverse accessions from a sorghum panel revealed the haplotype of SUF showing severe phenotype had not been used among the landraces and modern varieties. Thus, weak alleles (showing sweet and less severe wrinkles), such as in the abovementioned EMS-induced mutants, are more valuable for grain sorghum breeding. Our study suggests that more moderate alleles (e.g. produced by genome editing) should be beneficial for improving grain sorghum.

DOI： 10.3389/fpls.2023.1114935

Open Access

PubMed
Metabolic engineering for 4-aminophenylalanine production from lignocellulosic biomass by recombinant <i>Escherichia coli</i> Open Access

Hideo Kawaguchi, Shunsuke Masuo, Keiko Wakai, Naoki Takaya, Tomohisa Hasunma, Tatsuo Kaneko, Satoshi Okada, Takashi Sazuka, Chiaki Ogino, Akihiko Kondo

RSC Sustainability 1 巻 ( 4 ) 頁： 1043 - 1054 2023年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Royal Society of Chemistry (RSC)

4-Aminophenylalanine as a diamine monomer to synthesize unique biopolyimides was produced from lignocellulosic biomass by microbial fermentation. Fermentation inhibitors present in lignocellulosic hydrolysate of sorghum bagasse were identified.

DOI： 10.1039/d3su00053b

Open Access
FE UPTAKE-INDUCING PEPTIDE1 maintains Fe translocation by controlling Fe deficiency response genes in the vascular tissue of Arabidopsis. 査読有り国際誌 Open Access

Satoshi Okada, Gui J Lei, Naoki Yamaji, Sheng Huang, Jian F Ma, Keiichi Mochida, Takashi Hirayama

Plant, cell & environment 45 巻 ( 11 ) 頁： 3322 - 3337 2022年11月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

FE UPTAKE-INDUCING PEPTIDE1 (FEP1), also named IRON MAN3 (IMA3) is a short peptide involved in the iron deficiency response in Arabidopsis thaliana. Recent studies uncovered its molecular function, but its physiological function in the systemic Fe response is not fully understood. To explore the physiological function of FEP1 in iron homoeostasis, we performed a transcriptome analysis using the FEP1 loss-of-function mutant fep1-1 and a transgenic line with oestrogen-inducible expression of FEP1. We determined that FEP1 specifically regulates several iron deficiency-responsive genes, indicating that FEP1 participates in iron translocation rather than iron uptake in roots. The iron concentration in xylem sap under iron-deficient conditions was lower in the fep1-1 mutant and higher in FEP1-induced transgenic plants compared with the wild type (WT). Perls staining revealed a greater accumulation of iron in the cortex of fep1-1 roots than in the WT root cortex, although total iron levels in roots were comparable in the two genotypes. Moreover, the fep1-1 mutation partially suppressed the iron overaccumulation phenotype in the leaves of the oligopeptide transporter3-2 (opt3-2) mutant. These data suggest that FEP1 plays a pivotal role in iron movement and in maintaining the iron quota in vascular tissues in Arabidopsis.

DOI： 10.1111/pce.14424

PubMed
Genetic and epistatic effects for grain quality and yield of three grain-size QTLs identified in brewing rice (Oryza sativaL.). 査読有り

Okada Satoshi, Iijima Ken, Hori Kiyosumi, Yamasaki Masanori

MOLECULAR BREEDING 40 巻 ( 9 ) 2020年9月

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Molecular Breeding

Rice (Oryza sativa L.) in Japan is not only a food staple but also an important material for the Japanese alcoholic beverage, sake. The grain used in sake brewing has different characters from the cooking rice grain, including a large grain size and high white-core expression rate (WCE). Because large-sized grains often have a heavy grain weight and higher yield, this trait is also important for cooking rice. Chalky grains, such as white-core or white-belly grains, are not ideal as cooking rice. Here, we report that three grain-size quantitative trait loci (QTLs; qGL4-2, qGWh5, qGWh10), derived from the brewing cultivar, Yamadanishiki, affect grain shape, chalky grain rate, and yield, using near isogenic and pyramiding lines in the genetic background of the cooking cultivar, Koshihikari. First, these QTLs influenced multiple components of grain shape, where epistatic effects were detected between qGL4-2 and qGWh5, for grain width and thickness, and between qGL4-2 and qGWh10, for grain length. Therefore, these QTLs may coordinate to control grain shape. Second, lines harboring qGWh5 or qGWh10 at the Yamadanishiki allele exhibited increased WCE, whereas lines with qGL4-2 and qGWh10 exhibited decreased white-belly grain rate (WBR). Thus, grain shape is associated with the occurrence of chalky grain, where the chalky type depends on the QTL. Finally, we used total panicle weight of plants as a simplified rice yield index, and a promising line pyramiding qGL4-2 and qGWh5 emerged. In conclusion, qGL4-2 would be useful for the breeding of cooking rice, to decrease WBR, while qGWh5 and qGWh10 were definitely more beneficial for that of brewing rice, to increase grain weight and WCE.

DOI： 10.1007/s11032-020-01166-0

Web of Science

Scopus

その他リンク： https://link.springer.com/article/10.1007/s11032-020-01166-0/fulltext.html
Life-Course Monitoring of Endogenous Phytohormone Levels under Field Conditions Reveals Diversity of Physiological States among Barley Accessions. 査読有り

Hirayama T, Saisho D, Matsuura T, Okada S, Takahagi K, Kanatani A, Ito J, Tsuji H, Ikeda Y, Mochida K

Plant & cell physiology 61 巻 ( 8 ) 頁： 1438 - 1448 2020年4月

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記述言語：英語掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1093/pcp/pcaa046

PubMed

その他リンク： http://academic.oup.com/pcp/article-pdf/61/8/1438/33662758/pcaa046.pdf
Training instance segmentation neural network with synthetic datasets for crop seed phenotyping 査読有り国際誌 Open Access

Toda Yosuke, Okura Fumio, Ito Jun, Okada Satoshi, Kinoshita Toshinori, Tsuji Hiroyuki, Saisho Daisuke

COMMUNICATIONS BIOLOGY 3 巻 ( 1 ) 頁： 173 - 173 2020年4月

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記述言語：日本語掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Communications Biology

In order to train the neural network for plant phenotyping, a sufficient amount of training data must be prepared, which requires time-consuming manual data annotation process that often becomes the limiting step. Here, we show that an instance segmentation neural network aimed to phenotype the barley seed morphology of various cultivars, can be sufficiently trained purely by a synthetically generated dataset. Our attempt is based on the concept of domain randomization, where a large amount of image is generated by randomly orienting the seed object to a virtual canvas. The trained model showed 96% recall and 95% average Precision against the real-world test dataset. We show that our approach is effective also for various crops including rice, lettuce, oat, and wheat. Constructing and utilizing such synthetic data can be a powerful method to alleviate human labor costs for deploying deep learning-based analysis in the agricultural domain.

DOI： 10.1038/s42003-020-0905-5

Open Access

Web of Science

Scopus

PubMed
Validation of a quantitative trait locus for the white-core expression rate of grain on chromosome 6 in a brewing rice cultivar and development of DNA markers for marker-assisted selection 査読有り

Satoshi Okada, Masanori Yamasaki

Breeding Science 69 巻 ( 3 ) 頁： 401 - 409 2019年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Japanese Society of Breeding

DOI： 10.1270/jsbbs.18166

PubMed
A novel Rice QTL qOPW11 Associated with Panicle Weight Affects Panicle and Plant Architecture 査読有り

Satoshi Okada, Megumi Sasaki, Masanori Yamasaki

Rice 11 巻 ( 1 ) 2018年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Springer Science and Business Media LLC

DOI： 10.1186/s12284-018-0246-x

PubMed

その他リンク： http://link.springer.com/article/10.1186/s12284-018-0246-x/fulltext.html
Identification of QTLs for rice grain size using a novel set of chromosomal segment substitution lines derived from Yamadanishiki in the genetic background of Koshihikari 査読有り

Satoshi Okada, Akio Onogi, Ken Iijima, Kiyosumi Hori, Hiroyoshi Iwata, Wakana Yokoyama, Miki Suehiro, Masanori Yamasaki

Breeding Science 68 巻 ( 2 ) 頁： 210 - 218 2018年

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）出版者・発行元：Japanese Society of Breeding

DOI： 10.1270/jsbbs.17112

Scopus

PubMed
Genetic dissection of grain traits in Yamadanishiki, an excellent sake-brewing rice cultivar 査読有り

Satoshi Okada, Miki Suehiro, Kaworu Ebana, Kiyosumi Hori, Akio Onogi, Hiroyoshi Iwata, Masanori Yamasaki

Theoretical and Applied Genetics 130 巻 ( 12 ) 頁： 2567 - 2585 2017年9月

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掲載種別：研究論文（学術雑誌）

DOI： 10.1007/s00122-017-2977-2

Web of Science

PubMed

その他リンク： http://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s00122-017-2977-2.pdf

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MISC 15

野外トランスクリプトーム解析による,オオムギ開花の新たな遺伝子制御機構の発見

KIM June-Sik, KIM June-Sik, 井藤純, 上原由紀子, 高萩航太郎, 金谷麻加, 清水みなみ, 井上小槙, 岡田聡史, 岡田聡史, 松浦恭和, 服部公央亮, 池田陽子, 最相大輔, 辻寛之, 辻寛之, 平山隆志, 佐藤和広, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一

日本植物生理学会年会(Web)65th 巻 2024年

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J-GLOBAL
シングルメリステムRNA-seq解析によるオオムギ茎頂メリステムの連続的な発生ステート推移の解明

井藤純, 野村有子, 高萩航太郎, KIM J., KIM J., 鹿島誠, 岡田聡史, 佐藤奈緒, 清水みなみ, 最相大輔, 持田恵一, 平山隆志, 辻寛之, 辻寛之

育種学研究25 巻 2023年

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J-GLOBAL
ライフコースデータを用いたデータ科学に基づく形質予測モデル構築

平山隆志, 最相大輔, 井藤純, 服部公央亮, 岡田聡史, 池田陽子, 梅崎太造, 辻寛之, 持田恵一

日本植物生理学会年会(Web)63rd 巻 2022年

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J-GLOBAL
形質予測モデル構築にむけた茎頂メリステムの連続的な発生ステート推移の解明

井藤純, 野村有子, 高萩航太郎, 岡田聡史, 久下修平, 佐藤奈緒, 新井駿一, 松本大輝, 杉村みどり, 関緑, 服部公央亮, 梅崎太造, 池田陽子, 最相大輔, 持田恵一, 平山隆志, 辻寛之

日本植物生理学会年会(Web)63rd 巻 2022年

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J-GLOBAL
オオムギのユニークな花序構造に関する遺伝子発現解析

井藤純, 佐藤奈緒, 野村有子, 新井駿一, 高萩航太郎, 岡田聡史, 岡田聡史, 武田(神谷)紀子, 豊岡公徳, 最相大輔, 平山隆志, 持田恵一, 辻寛之, 辻寛之

育種学研究24 巻 2022年

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J-GLOBAL
シングルメリステムトランスクリプトームによるオオムギ茎頂部の発生トラジェクトリ解析

井藤純, 野村有子, 佐藤奈緒, 岡田聡史, 高萩航太郎, 杉村みどり, 関緑, 最相大輔, 持田恵一, 平山隆志, 辻寛之

育種学研究23 巻 2021年

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J-GLOBAL
状態形質を利用したデータ科学に基づく新たな形質予測モデル構築手法の開発

平山隆志, 岡田聡史, 最相大輔, 井藤純, 服部公央亮, 池田陽子, 梅崎太造, 辻寛之, 持田恵一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)44th 巻 2021年

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J-GLOBAL
圃場トランスクリプトームデータを用いたオオムギ生活環の生長トラジェクトリ解析

岡田聡史, 最相大輔, 金谷麻加, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 井上小槙, 上原由紀子, 清水みなみ, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一, 平山隆志

育種学研究23 巻 2021年

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J-GLOBAL
圃場でのオオムギ生活環の擬時間変遷

最相大輔, 岡田聡史, 金谷麻加, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一, 平山隆志

育種学研究23 巻 2021年

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J-GLOBAL
先制育種’を指向する生活環横断的なオオムギのゲノム研究

最相大輔, 岡田聡史, 金谷麻加, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一, 平山隆志

育種学研究23 巻 2021年

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J-GLOBAL
オオムギの圃場生長動態の種内変異

最相大輔, 岡田聡史, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 高萩航太郎, 持田恵一, 持田恵一, 持田恵一, 平山隆志

育種学研究22 巻 2020年

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J-GLOBAL
世界のオオムギコアコレクションの複数環境下での出穂期に関する遺伝解析

岡田聡史, 最相大輔, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 持田恵一, 持田恵一, 平山隆志

育種学研究22 巻 2020年

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J-GLOBAL
水稲品種「コシヒカリ」と「山田錦」との交雑系統群を用いた粒大および心白に関するQTL解析

岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 小野木章雄, 岩田洋佳, 山崎将紀

育種学研究16 巻頁： 23 2014年9月

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記述言語：日本語

DOI： 10.1270/jsbbr.16.23

J-GLOBAL
表現形質評価システム「FieldBook」を用いたイネ稈長と穂長の計測

前田道弘, 岡田聡史, 末廣美紀, 合田喬, 伊藤田鶴子, 山本洋, 最相大輔, GARCIA Arturo, 山崎将紀

育種学研究16 巻 2014年

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J-GLOBAL
「FieldBook」を使ったオオムギ遺伝資源の大規模表現型測定

伊藤大樹, 岡田聡史, ARTURO Garcia, 石井誠, 伊藤田鶴子, 山本洋, 山崎将紀, 最相大輔, 佐藤和広

育種学研究15 巻 2013年

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J-GLOBAL

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講演・口頭発表等 57

Genome-wide association study of the sorghum root system in the early growth stage 国際会議

Okada S, Inukai Y, Zhenyu H, Nishiuchi S, Hashimoto S, Araki-Nakamura S, Ohmae-Shinohara K, Sazuka T

PAG Australia 2023年9月21日

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開催年月日： 2023年9月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：Perth, Australia
The sixth important locus for hybrid vigor in a Japanese F1 variety of sorghum 国際会議

Okada S, Kikuchi T, Wake T, Hashimoto S, Araki-Nakamura S, Ohmae-Shinohara K, Miura K, Kawaguchi H, Ogino C, Kasuga S, Sazuka T

Sorghum in the 21st Century Global Sorghum Conference 2023年6月7日

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開催年月日： 2023年6月

記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：Montpellier, France
GRAS-Di技術を利用した日本水稲品種交雑集団の連鎖地図作成と遺伝解析

山崎将紀, 小野凌汰, Rym Fekih, 岡田聡史, 前田道弘, 堀清純, 宮城竜太郎, 尾鼻孝浩, 榎宏征

日本育種学会第143回講演会 2023年3月18日

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開催年月日： 2023年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
ソルガムの雑種強勢の一部をオーキシン輸送関連遺伝子Dw3の超優性効果で説明する試み

橋本舜平, 岡田聡史, 中村(荒木)聡子, 篠原(大前)梢, 三浦孝太郎, 川口秀夫, 荻野千秋, 春日重光, 佐塚隆志

日本育種学会第143回講演会 2023年3月18日

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開催年月日： 2023年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
ソルガムF1品種「天高」の雑種強勢に重要な第6の遺伝子

菊池樹, 岡田聡史, 橋本舜平, 中村(荒木) 聡子, 大前(篠原) 梢, 三浦孝太郎, 川口秀夫, 荻野千秋, 春日重光, 佐塚隆志

日本育種学会第143回講演会 2023年3月18日

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開催年月日： 2023年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
ソルガムF1 品種「天高」の雑種強勢に重要な第6の遺伝子座の同定

菊池樹、岡田聡史、橋本舜平、中村聡子、大前梢、三浦孝太郎、川口秀夫、荻野千秋、春日重光、佐塚隆志

第29回日本育種学会中部地区談話会 2022年12月17日

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開催年月日： 2022年12月

会議種別：口頭発表（一般）
名大ソルガムパネルを用いた根系に関するゲノムワイド関連解析

岡田聡史、胡振宇、犬飼義明、西内俊策、山内卓樹、中村 (荒木) 聡子、篠原(大前) 梢、川口秀夫、荻野千秋、三浦孝太郎、佐塚隆志

第13 回ソルガムワークショップ 2022年11月21日

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開催年月日： 2022年11月

会議種別：口頭発表（一般）
ソルガム由来成分による微生物発酵促進作用に関する網羅的遺伝子発現解析

川口秀夫、兵頭梓、吉原久美子、岡田聡史、佐塚隆志

第13 回ソルガムワークショップ 2022年11月21日

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開催年月日： 2022年11月

会議種別：口頭発表（一般）
天高の高バイオマス性を説明する第6の遺伝子

菊池樹、岡田聡史、橋本舜平、中村聡子、篠原梢、三浦孝太郎、川口秀夫、荻野千秋、春日重光、佐塚隆志

第13 回ソルガムワークショップ 2022年11月21日

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開催年月日： 2022年11月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
ソルガムの根系育種へ向けたゲノムワイド関連解析

岡田聡史, 胡振宇, 犬飼義明, 西内俊策, 山内卓樹, 中村(荒木)聡子, 篠原(大前)梢, 中村春貴, 三浦孝太郎, 春日重光, 佐塚隆志

日本育種学会第１４２回講演会 2022年9月24日

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開催年月日： 2022年9月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
‘先制育種’を指向する生活環横断的なオオムギのゲノム研究

最相大輔, 岡田聡史, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 平山隆志

日本育種学会第140講演会

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開催年月日： 2021年9月

会議種別：シンポジウム・ワークショップパネル（指名）
シングルメリステムトランスクリプト―ムによるオオムギ茎頂部の発生トラジェクトリ解析．

井藤純, 野村有子, 佐藤奈緒, 岡田聡史, 高萩航太郎, 杉村みどり, 関緑, 最相大輔, 持田恵一, 平山隆志, 辻寛之

日本育種学会第140回講演会 2021年9月

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開催年月日： 2021年9月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
圃場でのオオムギ生活環の擬時間変遷

最相大輔, 岡田聡史, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 平山隆志

日本育種学会第139回講演会

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開催年月日： 2021年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
圃場トランスクリプトームデータを用いたオオムギ生活環の生長トラジェクトリ解析

岡田聡史, 最相大輔, 金谷麻加, 池田陽子, 井藤純, 辻寛之, 井上小槙, 上原由紀子, 清水みなみ, 持田恵一, 平山隆志

日本育種学会第139回講演会

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開催年月日： 2021年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
圃場オオムギにおけるヒストン修飾と遺伝子発現のゲノムワイド時系列解析

池田陽子, 岡田聡史, 金谷麻加, 井上小槙, 最相大輔, 井藤純, 辻寛之, 持田恵一, 平山隆志

第62回日本植物生理学会年会

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開催年月日： 2021年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
圃場オオムギのライフコースモニタリングによるホルモン変動と成長および環境要因との相互作用

平山隆志, 最相大輔, 松浦恭和, 井藤純, 岡田聡史, 金谷麻加, 辻寛之, 持田恵一

第62回日本植物生理学会年会

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開催年月日： 2021年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
オオムギの圃場生長動態の種内変異

最相大輔, 岡田聡史, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 持田恵一, 平山隆志

日本育種学会第137回講演会

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開催年月日： 2020年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
オオムギの圃場生長動態の種内変異

最相大輔, 岡田聡史, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 持田恵一, 平山隆志

日本育種学会第137回講演会 2020年3月29日

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開催年月日： 2020年3月

記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
世界のオオムギコアコレクションの複数環境下での出穂期に関する遺伝解析

岡田聡史, 最相大輔, 井藤純, 辻寛之, 高萩航太郎, 田恵一, 平山隆志

日本育種学会第137回講演会 2020年3月29日

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開催年月日： 2020年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
圃場環境におけるオオムギ系統間の生理状態の多様性

平山隆志, 高萩航太郎, 井上小槙, 山口由紀子, 金谷麻加, 最相大輔, 松浦恭和, 岡田聡史, 井藤純, 池田陽子, 松下康弘, 辻寛之, 持田恵一

第61回日本植物生理学会年会

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開催年月日： 2020年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
一穂重 QTL である qOPW11はイネの穂の分枝と分げつ形成に影響を及ぼす

岡田聡史, 佐々木萌, 山崎将紀

日本育種学会第135回講演会

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開催年月日： 2019年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
GRAS-Di技術を用いた日本水稲組換え自殖系統群の連鎖地図作成

石丸陽平, Rym Fekih, 岡田聡史, 宮城竜太郎, 尾鼻孝浩, 鈴木一代, 稲森稔, 榎宏征, 山崎将紀

日本育種学会第135回講演会

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開催年月日： 2019年3月

記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
オオムギのユニークな花序構造に関する遺伝子発現解析

井藤純, 佐藤奈緒, 野村有子, 新井駿一, 高萩航太郎, 岡田聡史, 武田(神谷)紀子, 豊岡公徳, 最相大輔, 平山隆志, 持田恵一, 辻寛之

日本育種学会第１４２回講演会 2022年9月24日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
Verification of epistatic effects for hybrid vigor of sorghum plant height 国際会議

Satoshi Okada, Shumpei Hashimoto, Satoko Araki-Nakamura, Kozue Ohmae-Shinohara, Shigemitsu Kasuga, Takashi Sazuka

PAG32 2025年1月13日

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記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：San Diego, CA, USA
「FieldBook」を使ったオオムギ遺伝資源の大規模表現型測定.

伊藤大樹, 岡田聡史, Arturo Garcia, 石井誠, 伊藤田鶴子, 山本洋, 山崎将紀, 最相大輔, 佐藤和広

日本育種学会第124回講演会 2013年10月12日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
「アマキビ」の遺伝解析に向けた日本在来ソルガムの集団構造解析

岡田聡史、久我広太郎、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、佐塚隆志

日本育種学会第148回講演会 2025年9月25日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：札幌
「コシヒカリ」に導入した「山田錦」に由来する大粒化QTLの集積効果

岡田聡史, 横山若菜, 飯島健, 堀清純, 山崎将紀

日本育種学会第131回講演会 2017年3月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
「コシヒカリ」を遺伝的背景とした「山田錦」染色体断片置換系統の育成とQTLの検証

岡田聡史, 坂本拓也, 末廣美紀, 山崎将紀

日本育種学会第129回講演会 2016年3月

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
「山田錦」の心白と粒大に関するQTL解析

岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 小野木章雄, 岩田洋佳, 山崎将紀

若手フロンティア研究会 2014年12月25日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：神戸大学
ジョンソングラス(Sorghum halepense)の頑健性を活用した新しいエネルギー作物育種の可能性

岡田聡史、橋本舜平、山田千祥紀、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、春日重光、佐塚隆志

日本育種学会第145回講演会 2025年3月24日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：東京
ジョンソングラスの地下茎を利活用したDAC作物育種に向けて

佐塚隆志, 岡田聡史, 橋本舜平, 山田千祥紀, 中村(荒木)聡子, 篠原(大前)梢, 春日重光

草地学会企画シンポジウム 2025年6月24日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：帯広
スイートソルガムのスイート性のおもしろさと解析の難しさ

岡田聡史、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、佐塚隆志

第14回ソルガムワークショップ 2025年11月23日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋
ソルガムF1 品種「天高」の雑種強勢に重要な第6の遺伝子座の同定

菊池樹, 岡田聡史, 橋本舜平, 中村聡子, 大前梢, 三浦孝太郎, 川口秀夫, 荻野千秋, 春日重光, 佐塚隆志

第29回日本育種学会中部地区談話会 2022年12月17日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
ソルガムF1品種の純系化育種：優性アレル集積系統の高バイオマス高糖性育種.

菊池樹、岡田聡史、中村聡子、大前梢、荻野千秋、春日重光、佐塚隆志.

日本育種学会第144回講演会 2025年9月23日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：神戸
ソルガムF₁品種「風立」の稈長における雑種強勢の遺伝解析

伊里友希、岡田聡史、橋本舜平、中村(荒木) 聡子、篠原(大前) 梢、春日重光、佐塚隆志

日本育種学会第147回講演会 2025年3月25日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：仙台
ソルガムF₁品種「風立」の稈長における雑種強勢の遺伝解析

伊里友希、岡田聡史、橋本舜平、中村 (荒木) 聡子、篠原 (大前) 梢、春日重光、佐塚隆志

第３１回日本育種学会中部地区談話会 2025年12月24日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：伊那
ソルガムの草丈に関する雑種強勢におけるエピスタシスおよび疑似超優性の検証

岡田聡史、菊池樹、橋本舜平、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、春日重光、佐塚隆志

第１６回ソルガムワークショップ 2025年10月29日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋
ソルガムの雑種強勢におけるエピスタシス効果の検証

岡田聡史、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、春日重光、佐塚隆志

日本育種学会第147回講演会 2024年9月20日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：広島
ソルガム参照ゲノム配列を複数活用したトランスクリプトーム解析による搾汁液高糖性の解明

岡田聡史、池崎未来、橋本舜平、菊池樹、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、佐塚隆志

日本育種学会第144回講演会 2025年9月23日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：神戸
ソルガム由来成分による微生物発酵促進作用に関する網羅的遺伝子発現解析

川口秀夫, 兵頭梓, 吉原久美子, 岡田聡史, 佐塚隆志

第13 回ソルガムワークショップ 2022年11月21日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
名古屋大学と信州大学によるソルガム育種の新展開へ向けて

山田千祥紀、春日重光、岡田聡史、橋本舜平、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、佐塚隆志

第１５回ソルガムワークショップ 2025年11月24日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：つくば
外来植物ジョンソングラスは栽培ソルガム育種の地下部改良の遺伝資源になり得るか？

山田千祥紀, 岡田聡史, 橋本舜平, 中村(荒木) 聡子, 篠原(大前) 梢, 春日重光, 佐塚隆志

日本育種学会第147回講演会 2024年9月20日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：広島
日本水稲Nested Association Mapping集団による農業形質の遺伝解析

前田道弘, 田宮元, 牧野悟士, 堀清純, 江花薫子, 飯島健, 西内俊策, 横山若菜, 末廣美紀, 岡田聡史, 合田喬, 佐々木萌, Garcia Arturo, 土井一行, 山崎将紀

日本育種学会第129回講演会 2016年3月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
染色体断片置換系統を用いた稲わらのバイオリファイナリー関連形質の遺伝解析

合田喬, 寺村浩, 岡田聡史, 坂本拓也, 小柳悠, 末廣美紀, 荻野千秋, 近藤昭彦, 山崎将紀

日本育種学会第129回講演会 2016年3月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
水稲品種「コシヒカリ」と「山田錦」との交雑系統群を用いた粒大および心白に関するQTL解析

岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 小野木章雄, 岩田洋佳, 山崎将紀

日本育種学会第126回講演会 2014年9月26日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
脱炭素社会構築を目指したジョンソングラスの遺伝資源調査

山田千祥紀、橋本舜平、岡田聡史、中村(荒木)聡子、篠原(大前)梢、春日重光、佐塚隆志

第30回育種学会中部地区談話会 2025年12月23日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：名古屋
酒米品種「山田錦」から同定した粒大QTLによる心白を含む白未熟粒への影響

岡田聡史, 山崎将紀

日本育種学会第134回講演会 2018年9月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
酒米品種「山田錦」が保有する心白発現QTLの同定

岡田聡史, 山崎将紀

イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ 2018年7月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表

開催地：遺伝学研究所
酒米品種「山田錦」が保有する心白発現QTLの検証

岡田聡史, 坂本拓也, 末廣美紀, 山崎将紀

日本育種学会第128回講演会 2015年9月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
酒米品種「山田錦」の心白発現QTLであるqWCY6の高精度マッピングへ向けた表現形質調査方法の検討

岡田聡史, 横山若菜, 末廣美紀, 山崎将紀

日本育種学会第132回講演会 2017年10月

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
酒米品種「山田錦」の粒大や心白に関するQTL解析(2)と心白の形成について

岡田聡史, 末廣美紀, 江花薫子, 堀清純, 山崎将紀

日本育種学会第127回講演会 2015年3月21日

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記述言語：日本語会議種別：ポスター発表
Rice nested association mapping population and its phenotyping. 国際会議

Yamasaki, M, A. Garcia, M. Maeda, S. Okada, T. Goda, T. Yoshioka, M. Suehiro, W. Yokoyama, R. Takayama, D. Saisho, H. Yamamoto, K. Hori, K. Ebana, H. Iwata, K. Doi

57nd Annual Maize Genetics Conference 2015年3月12日

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記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：St. Charles, IL, USA
天高の高バイオマス性を説明する第6の遺伝子

菊池樹, 岡田聡史, 橋本舜平, 中村聡子, 篠原梢, 三浦孝太郎, 川口秀夫, 荻野千秋, 春日重光, 佐塚隆志

第13 回ソルガムワークショップ 2022年11月21日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
名大ソルガムパネルを用いた根系に関するゲノムワイド関連解析

岡田聡史, 胡振宇, 犬飼義明, 西内俊策, 山内卓樹, 中村, 荒木) 聡子, 篠原(大前) 梢, 川口秀夫, 荻野千秋, 三浦孝太郎, 佐塚隆志

第13 回ソルガムワークショップ 2022年11月21日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）
6つの遺伝子でソルガムF1の雑種強勢を説明する

菊池樹、岡田聡史、橋本舜平、中村聡子、大前梢、荻野千秋、春日重光、佐塚隆志.

第14回ソルガムワークショップ 2025年11月23日

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記述言語：日本語会議種別：口頭発表（一般）

開催地：名古屋
Genetic Analysis of White Core and Grain Size of “Yamadanishiki”, a Japanese-sake cultivar. 国際会議

Okada, S, M. Suehiro, K. Ebana, K. Hori, A. Onogi, H. Iwata, M. Yamasaki

57ndAnnual Maize Genetics Conference 2015年3月12日

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記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：St. Charles, IL, USA
QTL Analysis of White Core Grain in a Rice Cultivar, “Yamadanishiki” for Brewing Japanese Rice. 国際会議

Satoshi Okada, Kiyosumi Hori, Kaworu Ebana, Akio Onogi, Hiroyoshi Iwata, Masanori Yamasaki

Plant and Animal Genome XXIV Conference 2016年1月

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記述言語：英語会議種別：ポスター発表

開催地：own and Country Hotel, San Diego, CA

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科研費 3

量的形質遺伝子座における新しい解析アプローチによるソルガム高糖性遺伝子の解明

研究課題/研究課題番号：22K14868 2022年4月 - 2025年3月

科学研究費助成事業若手研究

岡田聡史

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担当区分：研究代表者

配分額：4420000円（直接経費：3400000円、間接経費：1020000円）

ソルガムは、高バイオマス性と高糖性（茎に糖液を蓄積する性質）を兼ね備えることができる重要なエネルギー作物の一つである。しかし、ソルガムの高糖性は環境要因や複雑な遺伝的構造が絡み合った複雑形質と考えら、これまで責任遺伝子の単離が困難であった。本研究では、①糖度と相関する発現変動を示す遺伝子群をマーカーとし、②QTL領域内の部分的な断片置換系統群とマーカー遺伝子群の発現量を比較することで領域を狭め、これを繰り返すという新しい責任遺伝子単離法（CSSLs-eQTL）を提案する。この方法を確立し、ソルガムの高糖性遺伝子を同定することで、糖蓄積メカニズム解明への基盤構築を行う。
東アジアスイートソルガムの起源と伝播及びその高糖性遺伝子座の研究

研究課題/研究課題番号：25K18218 2025年4月 - 2028年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究

岡田聡史

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担当区分：研究代表者

配分額：4680000円（直接経費：3600000円、間接経費：1080000円）

温帯で栽培できる唯一の糖料作物であるスイートソルガム（日本ではアマキビと呼ばれる）は、バイオものづくりの最適な原料である。そのため、それらの遺伝的多様性や高糖性遺伝子座の解明は、高糖性品種の育種戦略において重要である。最近、東アジアの在来スイートソルガムは、アフリカ（ソルガムの起源地）由来の系統とは異なる遺伝的背景を持つ可能性が報告された。そこで、本研究では、日本在来種（アマキビ）を加えた集団を構築し、ゲノムワイド関連解析による東アジア集団の高糖性遺伝子座を同定するとともに、東アジアの高糖性遺伝子の起源や伝播を解明することを目的とする。
酒米品種を特徴づける大粒化遺伝子の単離と遺伝的構成の解明

研究課題/研究課題番号：17J01082 2017年4月 - 2019年3月

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費

岡田聡史

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担当区分：研究代表者

配分額：1700000円（直接経費：1700000円）

まず、酒米品種の「山田錦」の粒幅と粒重を制御している2つの主要な量的形質遺伝子座(Quantitative trait locus: QTL)、qGWh5とqGWh10の高精度マッピングによる原因遺伝子同定を行った。その結果、それぞれ約80kbと約96.7kbの領域まで狭めることができ、原因遺伝子候補としてそれぞれ3つと2つの遺伝子を抽出できた。本研究では原因遺伝子の単離には至らなかったが、これらQTLに強連鎖するDNAマーカーは開発でき、酒米育成時には、これらを用いて効率的なQTLの選抜が可能となった。また、ゲノムワイド関連解析によって粒長では1箇所、粒幅では5箇所にQTLが検出された。これらの内、染色体5で検出された粒幅のアソシエーションは上記のqGWh5と同座であった。さらに、粒幅を大きくするqGWh5の対立遺伝子頻度は在来品種で69.2%、育成酒米品種で74%、育成食用米品種で22%と大きな偏りが観察された。そのため、このQTLは酒米品種を特徴づけるQTLの一つであり、今後の酒米品種育成においても優先して選抜することが肝要であることが明らかとなった。
加えて、4つの主要な粒大QTL、qGL4、qGWh5、qGWh10、qGL11をそれぞれ2つ集積した系統を用いた解析の結果、粒幅と粒厚ではqGL4、qGWh5、qGL11が同一の制御経路、qGWh10はそれ以外の経路で制御していると推察された。また、粒長ではqGL4とqGWh10、qGL11とqGWh10のそれぞれの組み合わせが関係する制御経路が予想された。このように、粒大は非常に複雑な制御経路によって支配されていた。最後に、4つのQTLを集積した系統は今年度の選抜によって1個体のみ作出できた。この個体の粒重は上記QTLを2つ集積した系統よりも大きくなく、推察された粒大制御経路の複雑さを反映しているものと示唆された。

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