2022/03/17 更新

写真a

オニマル コウ
鬼丸 洸
ONIMARU Koh
所属
大学院医学系研究科 附属神経疾患・腫瘍分子医学研究センター 腫瘍病態統御部門 助教
大学院担当
大学院医学系研究科
学部担当
医学部 医学科
職名
助教
連絡先
メールアドレス
外部リンク

学位 1

  1. 博士(理学) ( 2013年3月   東京工業大学 ) 

研究キーワード 5

  1. 進化生物学

  2. 生物学

  3. 比較ゲノミクス

  4. 機械学習

  5. システムズ生物学

研究分野 1

  1. ライフサイエンス / 進化生物学

経歴 7

  1. 名古屋大学   大学院医学系研究科   助教

    2020年12月 - 現在

      詳細を見る

    国名:日本国

    researchmap

  2. 国立研究開発法人理化学研究所   生命機能科学研究センター   基礎科学特別研究員

    2018年4月 - 2020年11月

      詳細を見る

    国名:日本国

  3. 理化学研究所 生命機能科学研究センター   基礎特別研究員

    2018年4月 - 2020年11月

      詳細を見る

  4. 国立研究開発法人理化学研究所   ライフサイエンス技術基盤研究センター   研究員

    2016年5月 - 2018年3月

      詳細を見る

    国名:日本国

  5. 理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター   研究員

    2016年5月 - 2018年3月

      詳細を見る

  6. Centre for Genomic Regulation (CRG), Spain   Systems Biology   研究員

    2013年10月 - 2016年4月

      詳細を見る

  7. 東京工業大学   研究員

    2013年4月 - 2013年9月

      詳細を見る

▼全件表示

学歴 2

  1. 東京工業大学   生命理工学研究科

    2010年4月 - 2013年3月

      詳細を見る

    国名: 日本国

  2. 東京工業大学   生命理工学部

    - 2008年3月

      詳細を見る

    国名: 日本国

所属学協会 2

  1. 日本分子生物学会

  2. 日本発生生物学会

受賞 2

  1. Paper Award

    2021年7月   Development, Growth & Differentiation  

     詳細を見る

  2. ポスター賞

    2019年9月   日本バイオインフォマティクス学会  

    鬼丸洸

     詳細を見る

 

論文 19

  1. Biomolecular condensates in cancer biology

    Suzuki Hiroshi I, Onimaru Koh

    CANCER SCIENCE   113 巻 ( 2 ) 頁: 382 - 391   2022年2月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Cancer Science  

    Understanding the characteristics of cancer cells is essential for the development of improved diagnosis and therapeutics. From a gene regulation perspective, the super-enhancer concept has been introduced to systematically understand the molecular mechanisms underlying the identities of various cell types and has been extended to the analysis of cancer cells and cancer genome alterations. In addition, several characteristic features of super-enhancers have led to the recognition of the link between gene regulation and biomolecular condensates, which is often mediated by liquid-liquid phase separation. Several lines of evidence have suggested molecular and biophysical principles and their alterations in cancer cells, which are particularly associated with gene regulation and cell signaling (“ transcriptional” and “signaling” condensates). These findings collectively suggest that the modification of biomolecular condensates represents an important mechanism by which cancer cells acquire various cancer hallmark traits and establish functional innovation for cancer initiation and progression. The condensate model also provides the molecular basis of the vulnerability of cancer cells to transcriptional perturbation and further suggests the possibility of therapeutic targeting of condensates. This review summarizes recent findings regarding the relationships between super-enhancers and biomolecular condensate models, multiple scenarios of condensate alterations in cancers, and the potential of the condensate model for therapeutic development.

    DOI: 10.1111/cas.15232

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  2. Spatial regulation by multiple Gremlin1 enhancers provides digit development with cis-regulatory robustness and evolutionary plasticity. 査読有り

    Malkmus J, Ramos Martins L, Jhanwar S, Kircher B, Palacio V, Sheth R, Leal F, Duchesne A, Lopez-Rios J, Peterson KA, Reinhardt R, Onimaru K, Cohn MJ, Zuniga A, Zeller R

    Nature communications   12 巻 ( 1 ) 頁: 5557   2021年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41467-021-25810-1

    PubMed

    researchmap

    その他リンク: https://www.nature.com/articles/s41467-021-25810-1

  3. Systems Biology Approach to the Origin of the Tetrapod Limb 招待有り 査読有り 国際共著 国際誌

    Koh Onimaru, Luciano Marcon

    Evolutionary Systems Biology     頁: 89 - 113   2021年8月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Springer International Publishing  

    DOI: 10.1007/978-3-030-71737-7_5

    researchmap

  4. Developmental hourglass and heterochronic shifts in fin and limb development 査読有り 国際誌

    Onimaru Koh, Tatsumi Kaori, Tanegashima Chiharu, Kadota Mitsutaka, Nishimura Osamu, Kuraku Shigehiro

    ELIFE   10 巻   2021年2月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7554/eLife.62865

    Web of Science

    PubMed

    researchmap

    その他リンク: https://cdn.elifesciences.org/articles/62865/elife-62865-v1.xml

  5. The evolutionary origin of developmental enhancers in vertebrates: Insights from non-model species. 招待有り 査読有り

    Onimaru K

    Development, growth & differentiation   62 巻 ( 5 ) 頁: 326 - 333   2020年6月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/dgd.12662

    PubMed

    researchmap

    その他リンク: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1111/dgd.12662

  6. Predicting gene regulatory regions with a convolutional neural network for processing double-strand genome sequence information.

    Onimaru K, Nishimura O, Kuraku S

    PloS one   15 巻 ( 7 ) 頁: e0235748   2020年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1371/journal.pone.0235748

    PubMed

  7. Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates.

    Hara Y, Yamaguchi K, Onimaru K, Kadota M, Koyanagi M, Keeley SD, Tatsumi K, Tanaka K, Motone F, Kageyama Y, Nozu R, Adachi N, Nishimura O, Nakagawa R, Tanegashima C, Kiyatake I, Matsumoto R, Murakumo K, Nishida K, Terakita A, Kuratani S, Sato K, Hyodo S, Kuraku S

    Nature ecology & evolution   2 巻 ( 11 ) 頁: 1761-1771   2018年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41559-018-0673-5

    PubMed

  8. A de novo transcriptome assembly of the zebra bullhead shark, Heterodontus zebra.

    Onimaru K, Tatsumi K, Shibagaki K, Kuraku S

    Scientific data   5 巻   頁: 180197   2018年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/sdata.2018.197

    PubMed

  9. Inference of the ancestral vertebrate phenotype through vestiges of the whole-genome duplications.

    Onimaru K, Kuraku S

    Briefings in functional genomics   17 巻 ( 5 ) 頁: 352-361   2018年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/bfgp/ely008

    PubMed

  10. A staging table for the embryonic development of the brownbanded bamboo shark (Chiloscyllium punctatum).

    Onimaru K, Motone F, Kiyatake I, Nishida K, Kuraku S

    Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists   247 巻 ( 5 ) 頁: 712-723   2018年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/dvdy.24623

    PubMed

  11. Migratory appendicular muscles precursor cells in the common ancestor to all vertebrates. 査読有り 国際誌

    Okamoto E, Kusakabe R, Kuraku S, Hyodo S, Robert-Moreno A, Onimaru K, Sharpe J, Kuratani S, Tanaka M

    Nature ecology & evolution   1 巻 ( 11 ) 頁: 1731 - 1736   2017年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41559-017-0330-4

    PubMed

    researchmap

  12. Publisher Correction: Migratory appendicular muscles precursor cells in the common ancestor to all vertebrates.

    Okamoto E, Kusakabe R, Kuraku S, Hyodo S, Robert-Moreno A, Onimaru K, Sharpe J, Kuratani S, Tanaka M

    Nature ecology & evolution   1 巻 ( 11 ) 頁: 1784   2017年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41559-017-0374-5

    PubMed

  13. The fin-to-limb transition as the re-organization of a Turing pattern.

    Onimaru K, Marcon L, Musy M, Tanaka M, Sharpe J

    Nature communications   7 巻   頁: 11582   2016年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/ncomms11582

    PubMed

  14. A shift in anterior-posterior positional information underlies the fin-to-limb evolution.

    Onimaru K, Kuraku S, Takagi W, Hyodo S, Sharpe J, Tanaka M

    eLife   4 巻   2015年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7554/eLife.07048

    PubMed

  15. Acquisition of the paired fins: a view from the sequential evolution of the lateral plate mesoderm.

    Tanaka M, Onimaru K

    Evolution & development   14 巻 ( 5 ) 頁: 412-20   2012年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/j.1525-142X.2012.00561.x

    PubMed

  16. Development and evolution of the lateral plate mesoderm: comparative analysis of amphioxus and lamprey with implications for the acquisition of paired fins.

    Onimaru K, Shoguchi E, Kuratani S, Tanaka M

    Developmental biology   359 巻 ( 1 ) 頁: 124-136   2011年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.ydbio.2011.08.003

    PubMed

  17. Mechanisms of heart development in the Japanese lamprey, Lethenteron japonicum.

    Kokubo N, Matsuura M, Onimaru K, Tiecke E, Kuraku S, Kuratani S, Tanaka M

    Evolution & development   12 巻 ( 1 ) 頁: 34-44   2010年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1111/j.1525-142X.2009.00389.x

    PubMed

  18. Heterochronic shift in Hox-mediated activation of sonic hedgehog leads to morphological changes during fin development.

    Sakamoto K, Onimaru K, Munakata K, Suda N, Tamura M, Ochi H, Tanaka M

    PloS one   4 巻 ( 4 ) 頁: e5121   2009年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1371/journal.pone.0005121

    PubMed

  19. Identification of four Engrailed genes in the Japanese lamprey, Lethenteron japonicum. 査読有り 国際誌

    Matsuura M, Nishihara H, Onimaru K, Kokubo N, Kuraku S, Kusakabe R, Okada N, Kuratani S, Tanaka M

    Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists   237 巻 ( 6 ) 頁: 1581 - 9   2008年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/dvdy.21552

    PubMed

    researchmap

▼全件表示

書籍等出版物 1

  1. ヒレと四肢の遺伝子発現から発生において進化方向性にバイアスをかける実体を探る

    鬼丸洸、工樂樹洋( 担当: 共著)

    羊土社、実験医学 2021年7月号 Vol.39 No.11  2021年6月  ( ISBN:978-4-7581-2545-1

     詳細を見る

    総ページ数:4   担当ページ:4   記述言語:日本語 著書種別:学術書

その他研究活動 1

  1. https://github.com/koonimaru/DeepGMAP

    2018年6月

     詳細を見る

    A software to train deep learning models to predict enhancer/gene regulatory sequences in genomes (https://github.com/koonimaru/DeepGMAP).

    researchmap

科研費 1

  1. 形態形成における全ゲノム転写制御ネットワークの高精度推定方法の開発

    研究課題/研究課題番号:17K15132  2017年4月 - 2020年3月

    科学研究費助成事業  若手研究(B)

    鬼丸 洸

      詳細を見る

    担当区分:研究代表者 

    配分額:4030000円 ( 直接経費:3100000円 、 間接経費:930000円 )

    本研究では深層学習を用いた形態形成における全ゲノム転写制御ネットワークの推定方法を目的とし、 "四肢形成におけるATAC‐seqを用いた制御配列候補の同定"による深層学習用訓練データの作成、"深層学習を応用した全ゲノム転写制御ネットワーク推定方法の確立"を試みた。前者においては四肢形成におけるATAC‐seqデータの取得に成功し、形態形成に関わる制御配列の特徴を解析し、プレプリントとして公開した。後者では、遺伝子制御配列の特徴を深層学習を用いて解析するプログラムの開発を行い、先行研究のパフォーマンスを上回るものの開発に成功、論文をプリプリントとして、ソフトウェアをgithubにおいて公開した。
    本研究成果における学術的な意義は、形態形成における転写制御配列について新たな特徴、傾向を発見し、転写制御と形態の多様性について理解を深めることに貢献したことにある。また、深層学習を用いた新たなゲノム配列の解析方法の提案が出来、ゲノム配列と生物の形態を結びつける研究が発展する上で礎となることが期待される。社会貢献としては、本研究は、ヒトの個々のゲノム配列に対する新たな解釈を行う上で、基礎的な知見が得られ、技術開発のさきがけとなる成果が得られたと考えている。