2023/10/08 更新

写真a

オガミ　コウイチ
尾上　耕一
OGAMI Koichi
所属
大学院医学系研究科 附属神経疾患・腫瘍分子医学研究センター 腫瘍病態統御部門 助教
大学院担当
大学院医学系研究科
学部担当
医学部 医学科
職名
助教

学位 1

  1. 博士（薬学） （ 2013年3月   名古屋市立大学 ） 

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研究キーワード 3

  1. 相分離

  2. ゲノム

  3. RNA

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研究分野 5

  1. ライフサイエンス / 分子生物学

  2. ライフサイエンス / システムゲノム科学

  3. ライフサイエンス / 細胞生物学

  4. ライフサイエンス / 分子生物学

  5. ライフサイエンス / ゲノム生物学

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経歴 5

  1. 名古屋大学   大学院医学系研究科   助教

    2020年12月

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    国名：日本国

  2. 名古屋市立大学大学院   薬学研究科   助教

    2018年1月 - 2020年11月

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    国名：日本国

  3. 理化学研究所   ライフサイエンス技術基盤研究センター   研究員

    2016年11月 - 2017年12月

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    国名：日本国

  4. コロンビア大学   研究員

    2013年11月 - 2016年10月

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    国名：日本国

  5. 名古屋市立大学   薬学研究科   研究員

    2013年4月 - 2013年10月

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    国名：日本国

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学歴 2

  1. 名古屋市立大学   薬学研究科

    - 2013年3月

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    国名： 日本国

  2. 名古屋市立大学   薬学部   薬学科

    - 2008年3月

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    国名： 日本国

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受賞 1

  1. 研究奨励賞

    2022年10月   シロリムス新作用研究会  

    尾上耕一

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    受賞区分：国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国：日本国

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論文 21

  1. A Combinatorial Code for CPEB-Mediated c-myc Repression 査読有り

    Koichi Ogami, Keima Ogawa, Shoko Sanpei, Fumito Ichikawa, Tsuyoshi Udagawa, Shin-ichi Hoshino

    Cells   12 巻 ( 19 ) 頁： 2410 - 2410   2023年10月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：MDPI AG  

    During early embryonic development, the RNA-binding protein CPEB mediates cytoplasmic polyadenylation and translational activation through a combinatorial code defined by the cy-toplasmic polyadenylation element (CPE) present in maternal mRNAs. However, in non-neuronal somatic cells, CPEB accelerates deadenylation to repress translation of the target, including c-myc mRNA, through an ill-defined cis-regulatory mechanism. Using RNA mutagenesis and electrophoretic mobility shift assays, we demonstrated that a combination of tandemly arranged consensus (cCPE) and non-consensus (ncCPE) cytoplasmic polyadenylation elements (CPEs) constituted a combinatorial code for CPEB-mediated c-myc mRNA decay. CPEB binds to cCPEs with high affinity (Kd = ~250 nM), whereas it binds to ncCPEs with low affinity (Kd > ~900 nM). CPEB binding to a cCPE enhances CPEB binding to the proximal ncCPE. In contrast, while a cCPE did not activate mRNA degradation, an ncCPE was essential for the induction of degradation, and a combination of a cCPE and ncCPEs further promoted degradation. Based on these findings, we propose a model in which the high-affinity binding of CPEB to the cCPE accelerates the binding of the second CPEB to the ncCPEs, resulting in the recruitment of deadenylases, acceleration of deadenylation, and repression of c-myc mRNAs.

    DOI： 10.3390/cells12192410

  2. TUG1-mediated R-loop resolution at microsatellite loci as a prerequisite for cancer cell proliferation. 査読有り

    Suzuki MM, Iijima K, Ogami K, Shinjo K, Murofushi Y, Xie J, Wang X, Kitano Y, Mamiya A, Kibe Y, Nishimura T, Ohka F, Saito R, Sato S, Kobayashi J, Yao R, Miyata K, Kataoka K, Suzuki HI, Kondo Y

    Nature communications   14 巻 ( 1 ) 頁： 4521   2023年8月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Communications  

    Oncogene-induced DNA replication stress (RS) and consequent pathogenic R-loop formation are known to impede S phase progression. Nonetheless, cancer cells continuously proliferate under such high-stressed conditions through incompletely understood mechanisms. Here, we report taurine upregulated gene 1 (TUG1) long noncoding RNA (lncRNA), which is highly expressed in many types of cancers, as an important regulator of intrinsic R-loop in cancer cells. Under RS conditions, TUG1 is rapidly upregulated via activation of the ATR-CHK1 signaling pathway, interacts with RPA and DHX9, and engages in resolving R-loops at certain loci, particularly at the CA repeat microsatellite loci. Depletion of TUG1 leads to overabundant R-loops and enhanced RS, leading to substantial inhibition of tumor growth. Our data reveal a role of TUG1 as molecule important for resolving R-loop accumulation in cancer cells and suggest targeting TUG1 as a potent therapeutic approach for cancer treatment.

    DOI： 10.1038/s41467-023-40243-8

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

    その他リンク： https://www.nature.com/articles/s41467-023-40243-8

  3. Protocol for analyzing intact mRNA poly(A) tail length using nanopore direct RNA sequencing. 査読有り

    Ogami K, Oishi Y, Hoshino SI

    STAR protocols   4 巻 ( 2 ) 頁： 102340   2023年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.xpro.2023.102340

    PubMed

  4. Systematic characterization of seed overlap microRNA cotargeting associated with lupus pathogenesis 査読有り

    Kitai H, Kato N, Ogami K, KomatsuS, Watanabe Y, Yoshino S, Koshi E, Tsubota S, Funahashi Y, Maeda T, Furuhashi K, Ishimoto T, Kosugi T, Maruyama S, Kadomatsu K, Suzuki HI

    BMC Biology   20 巻 ( 1 )   2022年11月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1186/s12915-022-01447-4

    その他リンク： https://link.springer.com/article/10.1186/s12915-022-01447-4/fulltext.html

  5. mTOR- and LARP1-dependent regulation of TOP mRNA poly(A) tail and ribosome loading 査読有り

    Ogami K, Oishi Y, Sakamoto K, Okumura M, Yamagishi R, Inoue T, Hibino M, Nogimori T, Yamaguchi N, Furutachi K, Hosoda N, Inagaki H, Hoshino SI

    Cell Reports   41 巻 ( 4 ) 頁： 111548 - 111548   2022年10月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    DOI： 10.1016/j.celrep.2022.111548

  6. Nuclear RNA Exosome and Pervasive Transcription: Dual Sculptors of Genome Function. 査読有り

    Ogami K, Suzuki HI

    International journal of molecular sciences   22 巻 ( 24 )   2021年12月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：International Journal of Molecular Sciences  

    The genome is pervasively transcribed across various species, yielding numerous non-coding RNAs. As a counterbalance for pervasive transcription, various organisms have a nuclear RNA exosome complex, whose structure is well conserved between yeast and mammalian cells. The RNA exosome not only regulates the processing of stable RNA species, such as rRNAs, tRNAs, small nucleolar RNAs, and small nuclear RNAs, but also plays a central role in RNA surveillance by degrading many unstable RNAs and misprocessed pre-mRNAs. In addition, associated cofactors of RNA exosome direct the exosome to distinct classes of RNA substrates, suggesting divergent and/or multi-layer control of RNA quality in the cell. While the RNA exosome is essential for cell viability and influences various cellular processes, mutations and alterations in the RNA exosome components are linked to the collection of rare diseases and various diseases including cancer, respectively. The present review summarizes the relationships between pervasive transcription and RNA exosome, including evolutionary crosstalk, mechanisms of RNA exosome-mediated RNA surveillance, and physiopathological effects of perturbation of RNA exosome.

    DOI： 10.3390/ijms222413401

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  7. Widespread transcript shortening through alternative polyadenylation in secretory cell differentiation 査読有り

    Larry C. Cheng, Dinghai Zheng, Erdene Baljinnyam, Fangzheng Sun, Koichi Ogami, Percy Luk Yeung, Mainul Hoque, Chi-Wei Lu, James L. Manley, Bin Tian

    Nature Communications   11 巻 ( 1 )   2020年12月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Nature Communications  

    DOI： 10.1038/s41467-020-16959-2

    Scopus

    その他リンク： http://www.nature.com/articles/s41467-020-16959-2

  8. Efficient differentiation and purification of human induced pluripotent stem cell-derived endothelial progenitor cells and expansion with the use of inhibitors of ROCK, TGF-β, and GSK3β 査読有り

    Hiromasa Aoki, Misaki Yamashita, Tadahiro Hashita, Koichi Ogami, Shinichi Hoshino, Takahiro Iwao, Tamihide Matsunaga

    Heliyon   6 巻 ( 3 ) 頁： e03493 - e03493   2020年3月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Heliyon  

    DOI： 10.1016/j.heliyon.2020.e03493

    Scopus

  9. ABCE1 acts as a positive regulator of exogenous RNA decay 査読有り 国際誌

    Larry C. Cheng, Dinghai Zheng, Erdene Baljinnyam, Fangzheng Sun, Koichi Ogami, Percy Luk Yeung, Mainul Hoque, Chi-Wei Lu, James L. Manley, Bin Tian

    Viruses   12 巻 ( 2 )   2020年2月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Viruses  

    DOI： 10.3390/v12020174

    Scopus

  10. The RNA-binding protein QKI-7 recruits the poly(A) polymerase GLD-2 for 3′ adenylation and selective stabilization of microRNA-122 査読有り 国際誌

    Hiroaki Hojo, Yuka Yashiro, Yuta Noda, Koichi Ogami, Ryota Yamagishi, Shunpei Okada, Shin-Ichi Hoshino, Tsutomu Suzuki

    Journal of Biological Chemistry   295 巻 ( 2 ) 頁： 390 - 402   2020年1月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Journal of Biological Chemistry  

    DOI： 10.1074/jbc.RA119.011617

    Scopus

    PubMed

  11. Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search 査読有り 国際誌

    Brown P., RELISH consortium, Zhou Y.

    DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION   2019 巻   頁： 1 - 67   2019年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Database  

    DOI： 10.1093/database/baz085

    Web of Science

    Scopus

  12. A novel method for stabilizing microRNA mimics 査読有り 国際誌

    Takuto Nogimori, Kazuya Furutachi, Koichi Ogami, Nao Hosoda, Shin-ichi Hoshino

    Biochemical and Biophysical Research Communications   511 巻 ( 2 ) 頁： 422 - 426   2019年4月

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    掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Biochemical and Biophysical Research Communications  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2019.02.075

    Scopus

  13. NRDE-2, the human homolog of fission yeast Nrl1, prevents DNA damage accumulation in human cells 査読有り 国際誌

    Richard P*, Ogami K*, Chen Y, Feng S, Moresco JJ, Yates JR, Manley JL

    RNA Biology   15 巻 ( 7 ) 頁： 868 - 876   2018年6月

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    担当区分：筆頭著者   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：RNA Biology  

    DOI： 10.1080/15476286.2018.1467180

    Scopus

    PubMed

  14. MicroRNP-mediated translational activation of nonadenylated mRNAs in a mammalian cell-free system 査読有り 国際誌

    Motoaki Wakiyama, Koichi Ogami, Ryo Iwaoka, Kazuma Aoki, Shin-Ichi Hoshino

    Genes to Cells   23 巻 ( 5 ) 頁： 332 - 344   2018年5月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Genes to Cells  

    DOI： 10.1111/gtc.12580

    Scopus

  15. RNA surveillance by the nuclear RNA exosome: Mechanisms and significance 査読有り 国際誌

    Koichi Ogami, Yaqiong Chen, James L. Manley

    Non-coding RNA   4 巻 ( 1 ) 頁： 8   2018年3月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Non-coding RNA  

    DOI： 10.3390/ncrna4010008

    Scopus

  16. Mtr4/ZFC3H1 protects polysomes through nuclear RNA surveillance 査読有り

    Koichi Ogami, James L. Manley

    Cell Cycle   16 巻 ( 21 ) 頁： 1999 - 2000   2017年11月

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    担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Taylor and Francis Inc.  

    DOI： 10.1080/15384101.2017.1377501

    Scopus

    PubMed

  17. An Mtr4/ZFC3H1 complex facilitates turnover of unstable nuclear RNAs to prevent their cytoplasmic transport and global translational repression 査読有り

    Koichi Ogami, Patricia Richard, Yaqiong Chen, Mainul Hoque, Wencheng Li, James J. Moresco, John R. Yates, Bin Tian, James L. Manley

    GENES & DEVELOPMENT   31 巻 ( 12 ) 頁： 1257 - 1271   2017年6月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT  

    Many long noncoding RNAs (lncRNAs) are unstable and rapidly degraded in the nucleus by the nuclear exosome. An exosome adaptor complex called NEXT (nuclear exosome targeting) functions to facilitate turnover of some of these lncRNAs. Here we show that knockdown of one NEXT subunit, Mtr4, but neither of the other two subunits, resulted in accumulation of two types of lncRNAs: prematurely terminated RNAs (ptRNAs) and upstream antisense RNAs (uaRNAs). This suggested a NEXT-independent Mtr4 function, and, consistent with this, we isolated a distinct complex containing Mtr4 and the zinc finger protein ZFC3H1. Strikingly, knockdown of either protein not only increased pt/uaRNA levels but also led to their accumulation in the cytoplasm. Furthermore, all pt/uaRNAs examined associated with active ribosomes, but, paradoxically, this correlated with a global reduction in heavy polysomes and overall repression of translation. Our findings highlight a critical role for Mtr4/ZFC3H1 in nuclear surveillance of naturally unstable lncRNAs to prevent their accumulation, transport to the cytoplasm, and resultant disruption of protein synthesis.

    DOI： 10.1101/gad.302604.117

    Web of Science

    PubMed

  18. RBBP6 isoforms regulate the human polyadenylation machinery and modulate expression of mRNAs with AU-rich 3 ' UTRs 査読有り

    Dafne Campigli Di Giammartino, Wencheng Li, Koichi Ogami, Jossie J. Yashinskie, Mainul Hoque, Bin Tian, James L. Manley

    GENES & DEVELOPMENT   28 巻 ( 20 ) 頁： 2248 - 2260   2014年10月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT  

    Polyadenylation of mRNA precursors is mediated by a large multisubunit protein complex. Here we show that RBBP6 (retinoblastoma-binding protein 6), identified initially as an Rb- and p53-binding protein, is a component of this complex and functions in 3' processing in vitro and in vivo. RBBP6 associates with other core factors, and this interaction is mediated by an unusual ubiquitin-like domain, DWNN ("domain with no name"), that is required for 3' processing activity. The DWNN is also expressed, via alternative RNA processing, as a small single-domain protein (isoform 3 [iso3]). Importantly, we show that iso3, known to be down-regulated in several cancers, competes with RBBP6 for binding to the core machinery, thereby inhibiting 3' processing. Genome-wide analyses following RBBP6 knockdown revealed decreased transcript levels, especially of mRNAs with AU-rich 3' untranslated regions (UTRs) such as c-Fos and c-Jun, and increased usage of distal poly(A) sites. Our results implicate RBBP6 and iso3 as novel regulators of 3' processing, especially of RNAs with AU-rich 3' UTRs.

    DOI： 10.1101/gad.245787.114

    Web of Science

    PubMed

  19. Antiproliferative protein Tob directly regulates c-myc proto-oncogene expression through cytoplasmic polyadenylation element-binding protein CPEB 査読有り

    K. Ogami, N. Hosoda, Y. Funakoshi, S. Hoshino

    Oncogene   33 巻 ( 1 ) 頁： 55 - 64   2014年1月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Oncogene  

    DOI： 10.1038/onc.2012.548

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  20. Molecular cloning and characterization of a novel isoform of the non-canonical poly(A) polymerase PAPD7 査読有り

    Koichi Ogami, Rihe Cho, Shin-ichi Hoshino

    Biochemical and Biophysical Research Communications   432 巻 ( 1 ) 頁： 135 - 140   2013年3月

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    担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：Biochemical and Biophysical Research Communications  

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2013.01.072

    Scopus

    PubMed

    その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-9380-9666

  21. Anti-proliferative protein Tob negatively regulates CPEB3 target by recruiting Caf1 deadenylase 査読有り

    Nao Hosoda, Yuji Funakoshi, Masato Hirasawa, Ryota Yamagishi, Yukako Asano, Ryu Miyagawa, Koichi Ogami, Masafumi Tsujimoto, Shin-ichi Hoshino

    EMBO Journal   30 巻 ( 7 ) 頁： 1311 - 1323   2011年4月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）   出版者・発行元：EMBO Journal  

    DOI： 10.1038/emboj.2011.37

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

    その他リンク： http://orcid.org/0000-0001-9380-9666

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MISC 5

  1. The RNA-binding protein QKI-7 recruits the poly(A) polymerase GLD-2 for 3′adenylation and selective stabilization of microRNA-122 査読有り

    Hiroaki Hojo, Yuka Yashiro, Yuta Noda, Koichi Ogami, Ryota Yamagishi, Shunpei Okada, Shin-Ichi Hoshino, Tsutomu Suzuki  

    The Journal of biological chemistry295 巻 ( 2 ) 頁： 390-402   2020年1月

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    記述言語：英語  

    MicroRNA-122 (miR-122) is highly expressed in hepatocytes, where it plays an important role in regulating cholesterol and fatty acid metabolism, and it is also a host factor required for hepatitis C virus replication. miR-122 is selectively stabilized by 3' adenylation mediated by the cytoplasmic poly(A) polymerase GLD-2 (also known as PAPD4 or TENT2). However, it is unclear how GLD-2 specifically stabilizes miR-122. Here, we show that QKI7 KH domain-containing RNA binding (QKI-7), one of three isoforms of the QKI proteins, which are members of the signal transduction and activation of RNA (STAR) family of RNA-binding proteins, is involved in miR-122 stabilization. QKI down-regulation specifically decreased the steady-state level of mature miR-122, but did not affect the pre-miR-122 level. We also found that QKI-7 uses its C-terminal region to interact with GLD-2 and its QUA2 domain to associate with the RNA-induced silencing complex protein Argonaute 2 (Ago2), indicating that the GLD-2-QKI-7 interaction recruits GLD-2 to Ago2. QKI-7 exhibited specific affinity to miR-122 and significantly promoted GLD-2-mediated 3' adenylation of miR-122 in vitro Taken together, our findings indicate that miR-122 binds Ago2-interacting QKI-7, which recruits GLD-2 for 3' adenylation and stabilization of miR-122.

    DOI： 10.1074/jbc.RA119.011617

    PubMed

  2. A novel method for stabilizing microRNA mimics 査読有り

    Takuto Nogimori, Kazuya Furutachi, Koichi Ogami, Nao Hosoda, Shin-ichi Hoshino  

    Biochemical and Biophysical Research Communications511 巻 ( 2 ) 頁： 422-426   2019年4月

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  3. miRNA生合成経路をみる

    尾上耕一, 鈴木 洋  

    実験医学別冊 リアルタイム・デジタルPCR実験スタンダード   2022年1月

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    担当区分：筆頭著者  

  4. がん抑制遺伝子産物TobによるmRNA分解を介したがん抑制と学習記憶の調節

    尾上耕一, 星野真一  

    ファルマシア51 巻 ( 1 ) 頁： 27 - 31   2015年1月

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    記述言語：英語  

  5. Research on mRNA degradation and drug discovery 査読有り

    Ogami K, Hoshino S  

    Folia Pharmacologica Japonica136 巻 ( 3 ) 頁： 150-154   2010年

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講演・口頭発表等 4

  1. Poly(A) tail length positively correlates with the extent of mRNA ribosome loading

    Koichi Ogami, Yuka Oishi, Natsumi Yamaguchi, Shin-ichi Hoshino

    Cold Spring Harbor Laboratory meeting: Translational Control (Virtual)  2020年9月 

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    開催年月日： 2020年9月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

  2. Nulcear surveillance of polyadenylated lncRNAs by Mtr4/ZFC3H1 招待有り 国際会議

    Ogami K

    The 24th Tokyo RNA Club  2017年12月11日 

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    開催年月日： 2017年12月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（招待・特別）  

  3. An Mtr4/ ZFC3H1 complex facilitates turnover of unstable nuclear RNAs to prevent their cytoplasmic transport and global translational repression 国際会議

    Ogami K, Chen Y, Richard P, Hoque M, Li W, Moresco JJ, Yates JR, Tian B, Manley JL

    Cold Spring Harbor Laboratory meeting: Eukaryotic mRNA Processing  2017年8月 

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    開催年月日： 2017年8月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

  4. The RNA helicase Mtr4 regulates accumulation of multiple types of lncRNA in human cells. 国際会議

    Ogami K, Hoque M, Li W, Tian B, Manley JL

    Cold Spring Harbor Laboratory meeting: Eukaryotic mRNA Processing  2015年8月 

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    開催年月日： 2015年8月

    記述言語：英語   会議種別：口頭発表（一般）  

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共同研究・競争的資金等の研究課題 2

  1. がん細胞における高頻度なイントロン内ポリアデニル化の発生要因の解明

    2021年11月 - 現在

    武田科学振興財団  2021年度医学系研究助成（がん領域・基礎） 

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：200円 （ 直接経費：200円 ）

  2. RNAポリメラーゼIIのコンビナトリアルなCTDリン酸化状態の識別技術の基盤構築

    2021年3月 - 2022年3月

    日比野基金  令和3年度日比野基金医学系研究助成 

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    担当区分：研究代表者  資金種別：競争的資金

    配分額：50円

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科研費 3

  1. がんで蓄積する未成熟転写終結RNAの多層的ライフサイクルの全容解明

    研究課題/研究課題番号：22K06925  2022年4月 - 2025年3月

    科学研究費助成事業  基盤研究(C)

    尾上 耕一

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    担当区分：研究代表者 

    配分額：4160000円 （ 直接経費：3200000円 、 間接経費：960000円 ）

    本研究では、がん細胞で蓄積し、異常なタンパク質の産生の原因となる未成熟転写終結型RNA (ptRNA)のライフサイクルについて、転写による産生、プロセッシング、翻訳、分解まで制御ポイントを細かく分けて詳細に分析する。さらに、大規模データベースを利用したがん種横断的な解析によって、ptRNA発現上昇のリスク因子を探索する。本研究でがんにおけるptRNA発現の脱制御の理解が進めば、がん治療標的のシーズ導出につながることが期待される。

  2. mRNAポリA鎖の長さと翻訳活性の相関性解析

    研究課題/研究課題番号：20K15719  2020年4月 - 2022年3月

    若手研究

    尾上 耕一

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    担当区分：研究代表者 

    配分額：4290000円 （ 直接経費：3300000円 、 間接経費：990000円 ）

    mRNAの翻訳活性と、3'末端ポリA鎖の長さには正の相関があると古くから考えられてきた。しかし、近年の次世代シークエンサーを用いた研究では、そのような相関性について否定的な結果が発表され、議論を呼んでいる。このような報告は、これまでの遺伝子発現調節機構の解釈の根幹を揺るがすものであるにも関わらず、用いられた方法のもつ問題点から、正確性と信頼性には疑念が残る。本研究では、先行研究の手法上の問題点を克服したアプローチとして、ナノポアシークエンサーを用いたdirect RNA-seqを応用した解析に着手し、ポリA鎖長とmRNAの翻訳活性の相関に関する議論に最終的な結論を与えることを目的とする。

  3. 細胞質ポリ(A)鎖伸長因子CPEBによる多様な遺伝子発現調節の分子基盤

    研究課題/研究課題番号：18K14630  2018年4月 - 2020年3月

    若手研究

    尾上 耕一

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    担当区分：研究代表者 

    配分額：4160000円 （ 直接経費：3200000円 、 間接経費：960000円 ）

    本研究は、RNA結合タンパク質CPEBを介した負と正の両方向の遺伝子発現の調節に関わる分子メカニズムを、それぞれ癌遺伝子c-mycおよびリボヌクレオチド還元酵素RNR2のmRNAを対象に解明することを目的に実施した。CPEBによる負の制御では、CPEBによるc-myc mRNA分解の促進に関わる特徴的なRNA配列構成を初めて決定した。CPEBによる正の制御では、ポリA鎖の分解が優勢となるDNA傷害時において、RNR2 mRNAではCPEBとポリAポリメラーゼPAPD7の利用される分子メカニズムによって、選択的にポリA鎖が伸長されることを示唆する結果を得ることができた。
    転写後における遺伝子の発現制御は、mRNAの量や翻訳量を決定する重要な過程である。CPEBは、mRNAの3'末端に付加されるポリA鎖の制御によってmRNAの運命を決定する。CPEBは標的遺伝子ごとにポリA鎖短縮化によるmRNA分解促進と伸長による翻訳活性化を使い分けていると考えられるが、CPEBが標的mRNAのどのような情報を読み取って制御の方向を決定しているかなど、CPEBによる遺伝子発現に関わる分子メカニズムには不明な点が多い。本研究は、CPEBによる多様なmRNA制御に、どのような仕組みが関わるのかを完全に理解するために重要な基盤的な知見を与えるものである。

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