Updated on 2021/10/20

写真a

 
FUJINO Tomoshige
 
Organization
Graduate School of Engineering Materials Chemistry 2 Assistant Professor
Graduate School
Graduate School of Engineering
Undergraduate School
School of Engineering Chemistry and Biotechnology
Title
Assistant Professor

Degree 3

  1. 博士(学術) ( 2021.4   東京大学 ) 

  2. 修士(学術) ( 2014.3   東京大学 ) 

  3. 学士(教養) ( 2012.3   東京大学 ) 

Research Interests 2

  1. 進化分子工学

  2. ケミカルバイオロジー

Current Research Project and SDGs 1

  1. β-アミノ酸を導入可能な基質拡張リボソームの創製

Education 2

  1. The University of Tokyo   Graduate School, Division of General Culture

    - 2014.3

      More details

    Country: Japan

  2. The University of Tokyo   Faculty of Liberal Arts

    - 2012.3

      More details

    Country: Japan

Professional Memberships 5

  1. 日本ペプチド学会

  2. 日本生化学会

  3. 日本化学会生体機能関連部会

  4. 日本化学会

  5. 日本ケミカルバイオロジー学会

Awards 2

  1. 平成26年度東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻奨励賞

    2014.3  

  2. 日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会 ポスター賞

    2013.6  

 

Papers 12

  1. Construction of a Highly Diverse mRNA Library for in vitro Selection of Monobodies Reviewed

    Kondo Taishi, Eguchi Minori, Tsuzuki Nariaki, Murata Naoya, Fujino Tomoshige, Hayashi Gosuke, Murakami Hiroshi

    Bio-protocol   Vol. 11 ( 16 )   2021.8

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.21769/BioProtoc.4125

    Web of Science

  2. cDNA TRAP display for rapid and stable in vitro selection of antibody-like proteins Reviewed

    Kondo, T.; Eguchi, M.; Kito, S.; Fujino, T.; Hayashi, G.; Murakami, H.

    Chemical Communications   Vol. 57   page: 2416 - 2419   2021.2

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  3. An Amino Acid-Swapped Genetic Code Reviewed

    Fujino Tomoshige, Tozaki Masahiro, Murakami Hiroshi

    ACS Synthetic Biology   Vol. 9 ( 10 ) page: 2703 - 2713   2020.10

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1021/acssynbio.0c00196

    Web of Science

  4. Antibody-like proteins that capture and neutralize SARS-CoV-2 Reviewed

    Kondo T., Iwatani Y., Matsuoka K., Fujino T., Umemoto S., Yokomaku Y., Ishizaki K., Kito S., Sezaki T., Hayashi G., Murakami H.

    Science Advances   Vol. 6 ( 42 )   2020.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1126/sciadv.abd3916

    Web of Science

  5. Exploring of minimal RNA substrate of flexizymes Reviewed

    Fujino T., Kondo T., Suga H., Murakami H.

    ChemBioChem   Vol. 20 ( 15 ) page: 1959 - 1965   2019.8

     More details

    Authorship:Lead author   Language:Japanese   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1002/cbic.201900150

    Web of Science

  6. Ribosomal synthesis of peptides with multiple beta amino acids. Reviewed

    Tomoshige Fujino, Yuki Goto, Hiroaki Suga, and Hiroshi Murakami

    J. Am. Chem. Soc.   ( 138 ) page: 1962 - 1969   2016.1

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  7. In Vitro Selection Combined with Ribosomal Translation Containing Non-proteinogenic Amino Acids Reviewed

    Tomoshige Fujino and Hiroshi Murakami

    Chem. Rec.   ( 16 ) page: 365 - 377   2016.1

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  8. In vitro selection of multiple libraries created by genetic code reprogramming to discover macrocyclic peptides that antagonize VEGFR2 activity in living cells. Reviewed

    T. Kawakami, T. Ishizawa, T. Fujino, P. C. Reid, H. Suga, H. Murakami

    ACS Chem. Biol.   ( 8 ) page: 1205 - 1214   2013.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  9. Reevaluation of the D-amino acid compatibility with the elongation event in translation. Reviewed

    T. Fujino, Y. Goto, H. Suga, H. Murakami

    J. Am. Chem. Soc.   ( 135 ) page: 1830 - 1837   2013.1

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

  10. Incorporation of D-amino acids into peptides in a cell-free translation system Reviewed

    T. Fujino, Y. Goto, H. Suga, H. Murakami

    Peptide Science     page: 167 - 168   2013

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English  

  11. In vitro selection of macrocyclic peptides with a reprogrammed genetic code to discover VEGFR2 antagonists Reviewed

    T. Kawakami, T. Ishizawa, T. Fujino, H. Murakami

    Peptide Science     page: 425 - 426   2012

     More details

    Language:English  

  12. Ribosomal Synthesis of Peptides Containing β-Amino Acids Reviewed

    T. Fujino, H. Murakami

    Peptide Science     page: 47 - 48   2012

     More details

    Authorship:Lead author   Language:English  

▼display all

Books 1

  1. 創薬研究者がこれだけは知っておきたい最新のウイルス学

    近藤 太志,梅本 駿,藤野 公茂,林 剛介,村上 裕( Role: Contributor)

    技術情報協会  2021.8 

     More details

    Total pages:601   Responsible for pages:490-499   Language:Japanese Book type:Scholarly book

MISC 3

  1. 若手研究者からのメッセージ Invited

    藤野公茂

    日本化学会バイオテクノロジー部会ニュースレター   Vol. 22 ( 1 ) page: 12 - 16   2018.8

     More details

    Authorship:Lead author   Language:Japanese  

  2. β-アミノ酸を複数個含むペプチドの翻訳合成 Invited

    藤野公茂

      Vol. 61   page: 9-13   2017.3

     More details

    Authorship:Lead author   Language:Japanese  

  3. D体アミノ酸の翻訳伸長反応への適合性 Invited

    藤野公茂, 後藤佑樹, 菅裕明, 村上裕

    ケミカルバイオロジー   Vol. 9 ( 1 ) page: 11-14   2016.6

     More details

    Authorship:Lead author   Language:Japanese  

Presentations 17

  1. 天然・転写tRNAによるSer/Leu交換遺伝暗号の翻訳高効率化

    藤野公茂,園田凌吾,村上裕

    第15回バイオ関連化学シンポジウム  2021.9.8 

     More details

    Event date: 2021.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

  2. アミノ酸入れ替え遺伝暗号の開発

    藤野公茂、戸崎将弘、村上裕

    第14回バイオ関連化学シンポジウム 

     More details

    Event date: 2020.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  3. フレキシザイムの基質となる最小RNAの探索

    藤野公茂,近藤太志,菅裕明,村上裕

    第42回日本分子生物学会年会 

     More details

    Event date: 2019.12

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  4. フレキシザイムの最小RNA基質の探索

    藤野公茂,近藤太志,菅裕明,村上裕

    第13回バイオ関連化学シンポジウム 

     More details

    Event date: 2019.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  5. β-アミノ酸を基質とする改変リボソーム選択法の確立 International conference

    藤野公茂,則武卓磨,村上裕

    第41回日本分子生物学会年会 

     More details

    Event date: 2018.11

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  6. 改変翻訳系の構築を指向した変異リボソームの迅速精製法 International conference

    藤野公茂,秋山尚輝,則武卓磨,村上 裕

    第12回バイオ関連化学シンポジウム 

     More details

    Event date: 2018.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  7. Ribosomal Synthesis of Peptides Containing Various β-Amino Acids International conference

    Tomoshige Fujino,Yuki Goto,Hiroaki Suga,Hiroshi Murakami

    the 2nd International Symposium on Biofunctional Chemistry (ISBC2017) 

     More details

    Event date: 2017.12

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  8. Convenient Method for Analyzing Flexizyme's Substrate Preference toward Various Amino Acids

     More details

    Event date: 2017.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  9. アミノアシルtRNA合成リボザイムの最小RNA基質

    藤野公茂, 近藤太志, 長江慶人, 早崎あゆみ, 村上裕

    BMB2015 

     More details

    Event date: 2015.12

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  10. リボザイムによってアシル化される最小RNA基質の探索

    藤野公茂, 近藤太志, 長江慶人, 早崎あゆみ, 村上裕

    第9回バイオ関連化学シンポジウム 

     More details

    Event date: 2015.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  11. 無細胞翻訳系による複数のβ-アミノ酸のペプチドへの導入

    藤野公茂, 村上裕

    第87回日本生化学会大会 

     More details

    Event date: 2014.10

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  12. 複数個のβ-アミノ酸を含むペプチドの翻訳合成

    藤野公茂, 村上裕

    第8回バイオ関連化学シンポジウム 

     More details

    Event date: 2014.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  13. Incorporation of D-Amino Acids into Peptides in a Cell-Free Translation System International conference

    T. Fujino, Y. Goto, H. Suga, H. Murakami

    The 4th Asia-Pacific International Peptide Symposium 

     More details

    Event date: 2013.11

    Language:English   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  14. D体アミノ酸の翻訳系への適合性に関する詳細な解析

    藤野公茂, 後藤祐樹, 菅裕明, 村上裕

    第7回バイオ関連化学シンポジウム 

     More details

    Event date: 2013.9

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  15. D体アミノ酸の翻訳伸長反応への適合性

    藤野公茂, 後藤祐樹, 菅裕明, 村上裕

    日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会 

     More details

    Event date: 2013.6

    Language:Japanese   Presentation type:Poster presentation  

    Country:Japan  

  16. βアミノ酸を含むペプチドの翻訳系を用いた合成

    藤野公茂, 村上裕

    第49回ペプチド討論会 

     More details

    Event date: 2012.11

    Language:English   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

  17. βアミノ酸の無細胞翻訳系によるペプチドへの導入

    藤野公茂, 後藤祐樹, 菅裕明, 村上裕

    第92日本化学会春季年会 

     More details

    Event date: 2012.3

    Language:Japanese   Presentation type:Oral presentation (general)  

    Country:Japan  

▼display all

KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 3

  1. 転写・内在tRNAハイブリッド無細胞翻訳系を用いたアミノ酸入れ替え遺伝暗号の構築

    Grant number:21K05270  2021.4 - 2024.3

    科学研究費補助金(基盤C) 

    藤野 公茂

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

    Grant amount:\4160000 ( Direct Cost: \3200000 、 Indirect Cost:\960000 )

    申請者は、先行研究において、アミノ酸入れ替え遺伝暗号を持つ試験管内タンパク質合成系を提案した。この系は、通常の生物の持つ遺伝暗号と異なるため、万が一、組み換え遺伝子が外部に漏洩しても、実害を及ぼさないという利点がある。一方、タンパク質合成量が、通常の系の10分の1程度と低いという問題もあった。そこで、本研究では、使用するtRNAの大部分を大腸菌から抽出した天然tRNAに置き換えることで、タンパク質合成活性の高いアミノ酸入れ替え遺伝暗号の構築を目指す。本系が確立すれば、危険な遺伝子を用いずに、研究対象となるタンパク質のみを得る有用な方法となることが期待される。

  2. β-アミノ酸を導入可能な基質拡張リボソームの創製

    Grant number:18K14332  2018.4 - 2021.3

    科学研究費補助金(若手)  若手研究

    藤野 公茂

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

    Grant amount:\4160000 ( Direct Cost: \3200000 、 Indirect Cost:\960000 )

    本研究計画は、1.変異リボソームライブラリの作製、2.β-アミノ酸を導入可能な基質拡張リボソームの選択、3.基質拡張リボソームのβ-アミノ酸導入活性評価、の3段階からなる。2018年度には、段階1を完了し、さらに、アミノ酸導入活性に基づいてリボソーム選択法を開発した。2019年度には、段階1で作製したリボソームライブラリから、β-アミノ酸の導入活性に基づくリボソームの選択を試み(段階2)、得られた変異リボソームを精製したものを用いてβ-アミノ酸導入量を測定した(段階3)。その結果、野生型以上にβ-アミノ酸導入活性の改善したリボソームは得られていないものの、リボソーム選択において回収率の高いリボソームほど実際の活性も高いことが分かった。この結果は、我々の開発したリボソーム選択法が、リボソームライブラリから、活性の高いリボソームを効率的に拾い上げる方法として有効であることを示すとともに、現在使用しているライブラリには、野生型以上にβ-アミノ酸導入活性の改善したリボソームがそもそも存在しなかった可能性を示す。今後は、ライブラリの変異導入部分を拡張し、β-アミノ酸導入活性の改善したリボソームの取得を目指す。
    この研究の過程では、様々なβ-アミノ酸をtRNAにアミノアシル化する必要がり、人工リボザイムの触媒するアミノアシルtRNA合成を利用している。この際に重要なのは、事前に、β-アミノ酸毎に最適な反応条件を決定しておくことであるが、従来は酸性のβ-アミノ酸ではそのアミノアシル化効率測定が難しいという問題があった。そこで我々は、フレキシザイムの最小基質RNAを用いた、新たなアミノアシル化効率測定法を開発した。この内容については、第13回バイオ関連化学シンポジウム、第42回分子生物学会年会において、ポスター発表を行い、さらに、国際誌Chembiochemに査読付き論文として掲載された。
    本研究計画は、1.変異リボソームライブラリの作製、2.β-アミノ酸を導入可能な基質拡張リボソームの選択、3.基質拡張リボソームのβ-アミノ酸導入活性評価、の3段階からなる。段階1は、2018年に完了する予定であり、予定通り進行した。段階2.3.については、2019,2020年度に行う予定となっていた。本年は、段階1.で作製したリボソームライブラリから、β-アミノ酸の導入活性を基準とし、基質拡張リボソームの選択を試みた(段階2)。我々の開発したリボソーム選択法では、各変異リボソームのβ-アミノ酸導入活性を、選択における回収量として数値化する。そこで、これに基づいて、特にβ-アミノ酸の導入活性が高いと考えられる変異リボソームを発現し、β-アミノ酸導入量を測定した(段階3)。その結果、選択における回収量と、β-アミノ酸導入量の実測値とは、相関することが明らかになった。この結果から、我々の開発したリボソーム選択法は、非常に多様なライブラリから、活性の高いリボソームを選択する方法として有効であることを示す。しかし一方で、ライブラリ内で最も回収の高い変異リボソームでも、実際には野生型以下のβ-アミノ酸導入量しか持たないことが分かった。この結果は、今回用意したライブラリ内に野生型以上のβ-アミノ酸導入活性を持つリボソームが初めから存在しなかった可能性を示す。この原因は、ライブラリ構築において変異を導入する塩基が、1つのライブラリにつき8塩基以下と限定的な設計にしたため、野生型と大きく構造が異なる変異リボソームが存在しなかったと考えられる。この点については、新たなリボソームライブラリの準備を開始している。現在、段階2,3の手順は確立できており、リボソーム選択法が機能することも確認できているため、概ね順調に進捗しているものと言える。
    当初の研究計画は、1.変異リボソームライブラリの作製、2.β-アミノ酸を導入可能な基質拡張リボソームの選択、3.基質拡張リボソームのβ-アミノ酸導入活性評価、の3段階からなる。2020年度には、2.3.の過程を繰り返し行い、目標とするβ-アミノ酸を導入可能な基質拡張リボソームを取得する予定である。ただし、現状のリボソームライブラリには、β-アミノ酸の導入活性が野生型以上に改善した変異体は含まれていない可能性が高いことが、2019年の結果から分かった。そこで、変異を8塩基ずつに分割して導入する現在の設計を変更し、変異導入箇所を拡張した新しいリボソームライブラリの構築を開始している。
    具体的には、リボソーム活性中心の塩基から、22箇所の変異導入位置の候補を選び出し、最重要と位置付けたグループA(13塩基)から、重要度の下がるグループB(3塩基)、グループC(6塩基)と、3つのグループに分けた。重要度の判断は、先行研究での変異導入の結果と、2019年までに得られた知見をもとに行った。ここから、Aのみに変異を集中するライブラリ1、A,Bに変異導入箇所を拡張したライブラリ2、A,B,C全てに変異を最大化したライブラリ3を構築し、β-アミノ酸の導入活性の高いリボソームを選択する計画である。選択操作の有効性は、2019年にすでに確認されており、同様の手順で新しいライブラリに含まれる、最も活性の高いリボソームが取得できると考えている(段階2)。
    有望な変異リボソームに対しては、それぞれのリボソームを個別に大腸菌で発現・精製し、β-アミノ酸導入活性の詳細な評価を行う(段階3)。評価のポイントは、1) 天然リボソームで導入できない側鎖を持つβ-アミノ酸を導入できるか、2) 連続的な導入ができるか、の2点で、充分な活性が得られていれば、基質拡張リボソームの作製は完了である。

  3. 非タンパク主鎖骨格ペプチドを合成可能な改変型リボソームの創製

    Grant number:26・9520  2014.4 - 2016.3

    特別研究員奨励費 

      More details

    Authorship:Principal investigator  Grant type:Competitive

 

Teaching Experience (On-campus) 27

  1. 卒業研究A,B

    2020

  2. 化学生命工学実験3

    2020

     詳細を見る

    後期実験3コマ x 4日 x 2回 /13 = 2コマ

  3. 化学生命工学実験1

    2020

     詳細を見る

    前期実験3コマ x 2日 x 4回 /13 = 2コマ

  4. 分子生命化学特別実験及び演習1,2,3,4

    2020

     詳細を見る

    学部セミナー1コマ/期 => 前後期で2コマ

  5. 分子生命科学セミナー 1A, B, C, D, 2A, B, C, D

    2020

     詳細を見る

    大学院のセミナー1コマ/1期=>前後期で2コマ

  6. 卒業研究A,B

    2019

  7. 化学生命工学実験3

    2019

  8. 化学生命工学実験1

    2019

  9. 分子生命化学特別実験及び演習1,2,3,4

    2019

  10. 分子生命科学セミナー 1A, B, C, D

    2019

  11. 分析化学実験第2

    2018

  12. 分析化学実験第1

    2018

  13. 卒業研究A,B

    2018

  14. 分子生命化学特別実験及び演習1,2,3,4

    2018

  15. 分子生命科学セミナー 1A, B, C, D

    2018

  16. 分析化学実験第2

    2017

  17. 無機材料・計測化学特別実験及び演習1,2,3,4

    2017

  18. 無機材料・計測化学セミナー 2A,B

    2017

  19. 卒業研究A,B

    2017

  20. 分析化学実験第1

    2017

  21. 分析化学実験第2

    2016

  22. 卒業研究A,B

    2016

  23. 無機材料・計測化学特別実験及び演習1,2

    2016

  24. 無機材料・計測化学セミナー 2A,B

    2016

  25. 分析化学実験第1

    2016

  26. 卒業研究A,B

    2015

  27. 分析化学実験第2

    2015

▼display all