2021/03/15 更新

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タケダ ジュンイチ
武田 淳一
TAKEDA Jun-ichi
所属
大学院医学系研究科 特任助教
職名
特任助教
連絡先
メールアドレス

学位 1

  1. 博士(生命科学) ( 2011年3月   東京大学 ) 

研究キーワード 1

  1. ゲノム科学

研究分野 1

  1. ライフサイエンス / ゲノム生物学

所属学協会 1

  1. 日本分子生物学会

 

論文 15

  1. A set of random forest models for each amino acid substitution to predict pathogenicity of missense variants in the human genome

    Takeda J., Nanatsue K., Yamagishi R., Ito M., Ohno K.

    EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS   28 巻 ( SUPPL 1 ) 頁: 1003 - 1003   2020年12月

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  2. Gene Expression Profile at the Motor Endplate of the Neuromuscular Junction of Fast-Twitch Muscle

    Huang Kun, Li Jin, Ito Mikako, Takeda Jun-Ichi, Ohkawara Bisei, Ogi Tomoo, Masuda Akio, Ohno Kinji

    FRONTIERS IN MOLECULAR NEUROSCIENCE   13 巻   2020年9月

  3. InMeRF: prediction of pathogenicity of missense variants by individual modeling for each amino acid substitution 査読有り

    Takeda J, Nanatsue K, Yamagishi R, Ito M, Haga N, Hirata H, Ogi T, Ohno K.

    NAR Genomics and Bioinformatics   2 巻 ( 2 )   2020年5月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa038

  4. tRIP-seq reveals repression of premature polyadenylation by co-transcriptional FUS-U1 snRNP assembly

    Masuda Akio, Kawachi Toshihiko, Takeda Jun-ichi, Ohkawara Bisei, Ito Mikako, Ohno Kinji

    EMBO REPORTS   21 巻 ( 5 )   2020年5月

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  5. SRSF3 and hnRNP K Antagonistically Regulate Splicing of Large Exons

    Kawachi Toshihiko, Masuda Akio, Takeda Jun-ichi, Ito Mikako, Hamaguchi Tomonari, Ohno Kinji

    FASEB JOURNAL   34 巻   2020年4月

  6. Rules and tools to predict the splicing effects of exonic and intronic mutations

    Ohno Kinji, Takeda Jun-ichi, Masuda Akio

    WILEY INTERDISCIPLINARY REVIEWS-RNA   9 巻 ( 1 )   2018年

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  7. SRSF1 suppresses selection of intron-distal 5 ' splice site of DOK7 intron 4 to generate functional full-length Dok-7 protein

    Bin Ahsan Khalid, Masuda Akio, Rahman Mohammad Alinoor, Takeda Jun-ichi, Nazim Mohammad, Ohkawara Bisei, Ito Mikako, Ohno Kinji

    SCIENTIFIC REPORTS   7 巻   2017年9月

  8. Splicing regulation and dysregulation of cholinergic expressed at the neuromuscular junction

    Ohno Kinji, Rahman Mohammad Alinoor, Nazim Mohammad, Nasrin Farhana, Lin Yingni, Takeda Jun-ichi, Masuda Akio

    JOURNAL OF NEUROCHEMISTRY   142 巻   頁: 64 - 72   2017年8月

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  9. Six GU-rich (6GU(R)) FUS-binding motifs detected by normalization of CLIP-seq by Nascent-seq

    Takeda Jun-Ichi, Masuda Akio, Ohno Kinji

    GENE   618 巻   頁: 57 - 64   2017年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.gene.2017.04.008

    Web of Science

    PubMed

  10. Competitive regulation of alternative splicing and alternative polyadenylation by hnRNP H and CstF64 determines acetylcholinesterase isoforms

    Nazim Mohammad, Masuda Akio, Rahman Mohammad Alinoor, Nasrin Farhana, Takeda Jun-Ichi, Ohe Kenji, Ohkawara Bisei, Ito Mikako, Ohno Kinji

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH   45 巻 ( 3 ) 頁: 1455 - 1468   2017年2月

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  11. H-InvDB in 2013: an omics study platform for human functional gene and transcript discovery. 査読有り

    Takeda J, Yamasaki C, Murakami K, Nagai Y, Sera M, Hara Y, Obi N, Habara T, Gojobori T, Imanishi T.

    Nucleic Acids Res.     2013年1月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gks1245

    PubMed

  12. H-DBAS: human-transcriptome database for alternative splicing: update 2010. 査読有り

    Takeda J, Suzuki Y, Sakate R, Sato Y, Gojobori T, Imanishi T, Sugano S.

    Nucleic Acids Res.     2010年1月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gkp984

    PubMed

  13. Low conservation and species-specific evolution of alternative splicing in humans and mice: comparative genomics analysis using well-annotated full-length cDNAs. 査読有り

    Takeda J, Suzuki Y, Sakate R, Sato Y, Seki M, Irie T, Takeuchi N, Ueda T, Nakao M, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T.

    Nucleic Acids Res.     2008年11月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1093/nar/gkn677

    PubMed

  14. H-DBAS: Alternative splicing database of completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs based on H-Invitational. 査読有り

    Takeda J, Suzuki Y, Nakao M, Kuroda T, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T.

    Nucleic Acids Res.   35 巻 ( Database issue ) 頁: D104-9   2007年1月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkl854

    PubMed

  15. Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. 査読有り

    Takeda J, Suzuki Y, Nakao M, Barrero RA, Koyanagi KO, Jin L, Motono C, Hata H, Isogai T, Nagai K, Otsuki T, Kuryshev V, Shionyu M, Yura K, Go M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Wiemann S, Nomura N, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T.

    Nucleic Acids Res.   34 巻 ( 14 ) 頁: 3917-28   2006年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkl507

    PubMed

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書籍等出版物 2

  1. 植物ゲノム科学辞典

    駒嶺穆他( 担当: 共著)

    朝倉書店  2009年 

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    記述言語:日本語

  2. 実験医学増刊「第2章RNA 1. 完全長cDNAデータベース」

    武田淳一、今西規、五條堀孝、鈴木穣、菅野純夫( 担当: 共著)

    羊土社  2008年 

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    記述言語:日本語

講演・口頭発表等 3

  1. H-InvDB(ヒト遺伝子統合データベース)と関連データベースの紹介

    武田淳一

    RNAフロンティアミーティング2011 

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    開催年月日: 2011年8月30日 - 2011年9月1日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  2. Comparative Analyses of Alternative Splicing Variants between Humans and Mice by Using Full-length cDNAs 国際会議

    SMBE2011 

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    開催年月日: 2011年7月26日 - 2011年7月30日

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  3. ヒトとマウスの完全長cDNAを用いた選択的スプライシングの比較ゲノム解析

    武田淳一

    BMB2007 

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    開催年月日: 2007年12月11日 - 2007年12月15日

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(一般)  

    国名:日本国  

共同研究・競争的資金等の研究課題 1

  1. 血液系腫瘍を含む各種悪性腫瘍のゲノムリシークエンシングとRNA-seqの同時解析によるスプライシングシス因子の同定

    2014年04月 - 2015年03月

    名古屋大学大学院医学系研究科北村記念血液疾患研究基金 

      詳細を見る

    資金種別:競争的資金

    本研究では、血液系腫瘍を含む各種悪性腫瘍の全ゲノム配列を次世代シークエンサーによって決定し(whole genome sequencing, WGS)、同時に包括的なtranscriptomeを次世代シークエンサーによるRNA-seqで求め、ゲノム上の遺伝子変異がスプライシングパターンに与える影響を網羅的に調べる。同一サンプルのWGSとRNA-seqの次世代シークエンサーの生データは、東京大学鈴木穣教授より提供を受けている。RNA-seq解析はTopHat、Cufflinks、MISOを用いて、それぞれGRCh37ヒト配列へのマッピング、転写物構造の決定、スプライシングアイソフォームの同定を行う。WGSはBWAによるGRCh37へのマッピング、SAMtoolsによるフィルタリング、GATKによるSNVコールを行いdbSNP, COSMICを用いたアノテーションを行う。これらのツールを申請者は別プロジェクトで活用している。RNA-seqでスプライシングが有意に変化をするエクソンを同定し、WGS解析結果を用いて、そのエクソンならびに両側イントロン領域のSNVsの有無を網羅的に探索する。これらは、遺伝子変異によって特異的にexonic splicing enhancer(ESE)、exonic splicing silencer(ESS)、intronic splicing enhancer(ISE)、intronic splicing silencer(ISS)が破壊されたと考えられる。これらの解析を行うことにより、未知のスプライシングシス因子の同定が可能になるとともに、腫瘍におけるシス因子の破断を明らかにすることが可能になり、血液系腫瘍を含む各種悪性腫瘍を生じさせるスプライシング異常のメカニズム解明に役立つことが期待される。

科研費 1

  1. 一塩基置換(SNV)の統合的病因性予測システムの開発

    研究課題/研究課題番号:18K14684  2018年04月 - 2021年03月

    科学研究費補助金   若手研究

    武田 淳一

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    担当区分:研究代表者 

    配分額:2470000円 ( 直接経費:1900000円 、 間接経費:570000円 )

    本年度は、ミスセンスSNVの病因性予測ツール(InMeRF)を完成させ(https://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/InMeRF/index.html)、このツールの筆頭著者論文を投稿した。共著者論文については、2つ報告した。なお、本研究の目的は、ミスセンスSNVの病因性予測ツール、エクソン上のSNVのスプライシング効果(ESE/ESS)予測ツールおよびSNVによる偽エクソン(pseudoexon)活性化予測ツールの3つのツール開発を行い、さらにこれらの統合ツールを開発することである。研究実施計画では、本年度中に3つのツール開発を終わらせる予定であったが、完成したのはミスセンスSNVの病因性予測ツールのみであった。ただし、エクソン上のSNVのスプライシング効果予測ツールおよびSNVによる偽エクソン活性化予測ツールについては、特徴量を自動で抽出するパイプラインを構築し、予備的な機械学習モデルを作成した。これらのツールと、研究代表者の所属するグループがすでに構築した5’/3’スプライスサイト周辺配列のSNVのスプライシング効果予測ツールであるSD-ScoreおよびIntSplice(https://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/SD_Score/sd_score.htmlおよびhttps://www.med.nagoya-u.ac.jp/neurogenetics/IntSplice/index.php)とを合わせて、網羅的なSNVの機能・表現型予測ツールを完成させることにより、基礎および疾患ゲノム研究の進展に少なからず影響を及ぼすと考えられるため、なるべく早い完成を目指す。
    当初の予定では、ミスセンスSNVの病因性予測ツール、エクソン上のSNVのスプライシング効果予測ツールおよびSNVによる偽エクソン活性化予測ツールの3つのツールを完成させるつもりであったが、ミスセンスSNVの病因性予測ツールの構築、および論文作成と投稿に時間がかかり、他の2つのツール開発にあまり時間をかけることができなかった。また、Linuxサーバーの運営に関するトラブルによるツール開発時間の減少なども、予定通りに進まなかった原因の一つであった。
    今後の推進方策については、エクソン上のSNVのスプライシング効果予測ツールおよびSNVによる偽エクソン活性化予測ツールを完成させ、同時に論文を作成して投稿する。これらのツールについては、すでに特徴量を自動で抽出するパイプラインを構築し、予備的な機械学習モデルを作成している。今後はトレーニングデータを精査し、より精度の高いモデルを構築する予定である。また、来年度に新規のLinuxサーバーを購入し、ツール開発の効率化も進める予定である。