2020/04/06 更新

写真a

ヨシイ ノリユキ
吉井 範行
YOSHII Noriyuki
所属
大学院工学研究科 附属計算科学連携教育研究センター 特任准教授
職名
特任准教授
連絡先
メールアドレス

学位 1

  1. 博士(理学) ( 1999年3月   東京工業大学 ) 

研究キーワード 2

  1. 超並列計算

  2. 分子動力学シミュレーション

現在の研究課題とSDGs 2

  1. 両親媒性分子集合体の構造安定性と物質分配

  2. 高並列汎用分子動力学計算用のアルゴリズム開発

経歴 6

  1. 姫路獨協大学 薬学部 医療薬学科 准教授

    2007年4月 - 2011年7月

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    国名:日本国

  2. 自然科学研究機構 分子科学研究所 助手

    2007年2月 - 2007年3月

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    国名:日本国

  3. 自然科学研究機構 分子科学研究所 専門研究職員

    2004年4月 - 2007年1月

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    国名:日本国

  4. 岡崎国立共同研究機構 計算科学研究センター 産学官連携研究員

    2003年9月 - 2004年3月

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    国名:日本国

  5. 財団法人 電力中央研究所 横須賀研究所 研究員・主任研究員

    2000年4月 - 2003年8月

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    国名:日本国

  6. 日本学術振興会 特別研究員 (東京工業大学)

    1998年4月 - 2000年3月

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    国名:日本国

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学歴 2

  1. 東京工業大学   総合理工学研究科   電子化学専攻

    1996年4月 - 1999年3月

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    国名: 日本国

  2. 東京工業大学   総合理工学研究科   電子化学専攻

    1994年4月 - 1996年3月

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    国名: 日本国

所属学協会 6

  1. 分子シミュレーション研究会   会員、編集委員、幹事

  2. 溶液化学研究会   会員

  3. 日本膜学会   会員

  4. 分子科学会   会員

  5. 日本化学会   会員

  6. 日本薬学会   会員

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受賞 3

  1. オレオサイエンス賞

    2012年4月   日本油化学会  

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    受賞区分:国内学会・会議・シンポジウム等の賞  受賞国:日本国

  2. 研究奨励賞

    2010年   日本膜学会  

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    受賞国:日本国

  3. Helmholtz Award

    2008年   The International Association for the Properties of Water and Steam (IAPWS)  

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    受賞国:ドイツ連邦共和国

 

論文 25

  1. Pressure tensor for electrostatic interaction calculated by fast multipole method with periodic boundary condition

    Yoshii Noriyuki, Andoh Yoshimichi, Okazaki Susumu

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY   39 巻 ( 19 ) 頁: 1192-1199   2018年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.25179

    Web of Science

  2. A thread-level parallelization of pairwise additive potential and force calculations suitable for current many-core architectures

    Andoh Yoshimichi, Suzuki Soichiro, Ohshima Satoshi, Sakashita Tatsuya, Ogino Masao, Katagiri Takahiro, Yoshii Noriyuki, Okazaki Susumu

    JOURNAL OF SUPERCOMPUTING   74 巻 ( 6 ) 頁: 2449-2469   2018年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1007/s11227-018-2272-2

    Web of Science

  3. Free Energy Change of Micelle Formation for Sodium Dodecyl Sulfate from a Dispersed State in Solution to Complete Micelles along Its Aggregation Pathways Evaluated by Chemical Species Model Combined with Molecular Dynamics Calculations

    Yoshii Noriyuki, Komori Mika, Kawada Shinji, Takabayashi Hiroaki, Fujimoto Kazushi, Okazaki Susumu

    ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA   34 巻 ( 10 ) 頁: 1163-1170   2018年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.3866/PKU.WHXB201802271

    Web of Science

  4. Molecular dynamics study of the potential of mean force of SDS aggregates

    Kawada Shinji, Fujimoto Kazushi, Yoshii Noriyuki, Okazaki Susumu

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   147 巻 ( 8 )   2017年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4998549

    Web of Science

  5. Spherical harmonics analysis of surface density fluctuations of spherical ionic SDS and nonionic C12E8 micelles: A molecular dynamics study

    Yoshii Noriyuki, Nimura Yuki, Fujimoto Kazushi, Okazaki Susumu

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   147 巻 ( 3 )   2017年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4994698

    Web of Science

  6. Evaluation of Atomic Pressure in the Multiple Time-Step Integration Algorithm

    Andoh Yoshimichi, Yoshii Noriyuki, Yamada Atsushi, Okazaki Susumu

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY   38 巻 ( 10 ) 頁: 704-713   2017年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.24731

    Web of Science

  7. Molecular dynamics study of the aggregation rate for zwitterionic dodecyldimethylamine oxide and cationic dodecyltrimethylammonium chloride micelles

    Fujimoto Kazushi, Kubo Yousuke, Kawada Shinji, Yoshii Noriyuki, Okazaki Susumu

    MOLECULAR SIMULATION   43 巻 ( 13-16 ) 頁: 1331-1337   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/08927022.2017.1328557

    Web of Science

  8. A molecular dynamics study of the breathing and deforming modes of thespherical ionic SDS and nonionic C12E8 micelles 査読有り

      144 巻   頁: 034903   2016年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  9. Molecular dynamics study of the structure of anionic SDS, cationic DTAC, zwitterionic DDAO, and nonionic C12E8 spherical micelles in solution 査読有り

    N. Yoshii, K. Fujimoto, S. Okazaki

    Journal of Molecular Liquids   217 巻   頁: 99-102   2016年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  10. A molecular dynamics study of local pressures and interfacial tensions of SDS micelles and dodecane droplets in water 査読有り

    M. Kitabata, K. Fujimoto, N. Yoshii, S. Okazaki

    Journal of Chemical Physics   144 巻   頁: 224701   2016年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  11. Molecular dynamics study of the structure of anionic SDS, cationic DTAC, zwitterionic DDAO, and nonionic C12E8 spherical micelles in solution 査読有り

    N. Yoshii, K. Fujimoto, S. Okazaki

    Journal of Molecular Liquids   217 巻   頁: 99-102   2016年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  12. Molecular dynamics study of the formation mechanisms of ionic SDS andnonionic C12E8 micelles and n-dodecane droplets 査読有り

    S. Kawada, M. Komori, K. Fujimoto, N. Yoshii, S. Okazaki

      646 巻   頁: 34-40   2016年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  13. MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program 査読有り

    N. Yoshii, Y. Andoh, K. Fujimoto, H. Kojima, A. Yamada, S. Okazaki

    International Journal of Quantum Chemistry   115 巻   頁: 342–348   2015年

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    記述言語:英語  

  14. All-atom molecular dynamics calculation study of entire poliovirus empty capsids in solution 査読有り

    Y. Andoh, N. Yoshii, A. Yamada, K. Fujimoto, H. Kojima, K. Mizutani, A. Nakagawa, A. Nomoto and S. Okazaki

    J. Chem. Phys.   141 巻   頁: 165101   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4897557

  15. MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms 査読有り

    Yoshimichi Andoh, Noriyuki Yoshii, Kazushi Fujimoto, Keisuke Mizutani, Hidekazu Kojima, Atsushi Yamada, Susumu Okazaki, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao, Kensuke Iwahashi, Fumiyasu Mizutani, Kazuo Minami, Shin-ichi Ichikawa, Hidemi Komatsu, Shigeru Ishizuki, Yasuhiro Takeda, and Masao Fukushima

    J. Chem. Theory Comput.   9 巻   頁: 3201-3209   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ct400203a

  16. 2. Lateral diffusion of lipids separated from rotational and translational diffusion of a fluid Large unilamellar vesicle 査読有り

    N. Yoshii, T. Emoto, E. Okamura

    Colloid Surf. B-Biointerfaces   106 巻   頁: 22-27   2013年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 22-27

  17. Enthalpy and entropy of transfer of alkanes from water phase to the micelle core 査読有り

    K. Fujimoto, N. Yoshii, and S. Okazaki

    Molecular Simulation   38 巻 ( 5 ) 頁: 342-345   2012年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  18. Free energy profiles for penetration of methane and water molecules into spherical sodium dodecyl sulfate micelles obtained using the thermodynamic integration method combined with molecular dynamics calculations 査読有り

    K. Fujimoto, N. Yoshii, and S. Okazaki

    Journal of Chemical Physics   136 巻   頁: 014511(9pages)   2012年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  19. Molecular dynamics study of free energy of transfer of alcohol and amine from water phase to the micelle by thermodynamic integration method 査読有り

    K. Fujimoto, N. Yoshii, and S. Okazaki

    Journal of Chemical Physics   137 巻   頁: 094902(6pages)   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4747491

  20. Kinetics of binding and diffusivity of leucine-enkephaline in large unilamellar vesicle by pulsed-field-gradient 1H NMR in situ 査読有り

    N. Yoshii, T. Emoto, and E. Okamura

    Biophysics   7 巻   頁: 105-111   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  21. Binding of hydrophobic fluorinated bisphenol A to large unilamellar vesicles of egg phosphatidylcholine 査読有り

    N. Yoshii, and E. Okamura

    Journal of Physical Chemistry   B115 巻   頁: 11074-11800   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  22. Molecular dynamics study of solubilization of immiscible solutes by a micelle. Free energy of transfer of alkanes from water to the micelle core by thermodynamic integration method 査読有り

    K. Fujimoto, N. Yoshii, and S. Okazaki

    Journal of Chemical Physics   133 巻   頁: 074511 (6pages)   2010年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  23. All-atom molecular dynamics study of a spherical micelle composed of N-acetylated poly(ethylene glycol)-poly(gamma-benzyl L-glutamate) block copolymers: A potential carrier of drug delivery systems for cancer 査読有り

    H. Kuramochi, Y. Andoh, N. Yoshii, S. Okazaki

    Journal of Physical Chemistry   B113 巻   頁: 15181-15188   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  24. Kinetics of membrane binding and dissociation of 5-fluorouracil by pulsed field gradient 19F NMR 査読有り

    N. Yoshii and E. Okamura

    Chemical Physics Letters   474 巻   頁: 357-361   2009年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  25. Drug binding and mobility relating to the thermal fluctuation in fluid lipid membranes 査読有り

    E. Okamura and N. Yoshii

    Journal of Chemical Physics   129 巻   頁: 215102 (8pages)   2008年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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書籍等出版物 4

  1. 計算科学のためのHPC技術1

    下司雅章編( 担当: 共著)

    大阪大学出版会  2017年4月  ( ISBN:4872595866

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    総ページ数:300   記述言語:日本語 著書種別:教科書・概説・概論

    その他リンク: https://www.amazon.co.jp/%E8%A8%88%E7%AE%97%E7%A7%91%E5%AD%A6%E3%81%AE%E3%81%9F%E3%82%81%E3%81%AEHPC%E6%8A%80%E8%A1%931-%E4%B8%8B%E5%8F%B8%E9%9B%85%E7%AB%A0/dp/4872595866

  2. 製剤への物理化学

    斉藤博幸, 田中秀治編, 吉井範行他( 担当: 共著)

    廣川書店  2012年2月 

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    記述言語:日本語

  3. コンピュータシミュレーションの基礎(第二版)

    岡崎進、吉井範行( 担当: 共著)

    化学同人  2011年7月  ( ISBN:978-4-7598-1475-0

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    記述言語:日本語

    分子動力学シミュレーションの基礎となる力学、解析力学、統計力学の復習から、各種シミュレーション手法の詳細、さらには応用例までを一冊の本にまとめた。

  4. CBT対策と演習 物理化学

    薬学教育研究会編( 担当: 単著)

    廣川書店  2009年10月 

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    記述言語:日本語

科研費 3

  1. 脂質膜とミセルからなる複合コロイド分散系における大域分子輸送の分子機構の解明

    2017年4月 - 2020年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

    吉井範行

  2. ミセルの脂質膜への結合・融合過程の分子論的機構

    2014年4月 - 2017年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

    吉井範行

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    担当区分:研究代表者 

  3. モンテカルロ計算とNMR計測による脂質ベシクル表面の分子の制限拡散

    2011年4月 - 2014年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(C)

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    担当区分:研究代表者 

    球状ベシクルを担体としたときの分子の制限拡散に関する新規のモンテカルロ(MC)計算手法を開発する。これにより、注目する分子についてのパルス磁場勾配NMRのシグナルを予測する手法を確立する。細胞膜のモデルである脂質ベシクルを対象に、膜透過によりベシクルと結合・解離を繰り返す分子の運動を解析する。さらに、ベシクル表面に拘束されつつ運動する脂質分子についての真の側方拡散を明らかにする。
     具体的には、新規のMC計算の手法を開発し、球としてのベシクルに対する薬物分子の結合・解離運動とベシクル表面上における脂質分子の側方拡散運動に焦点を絞った解析を行う。はじめに(1)膜透過によりベシクルと結合・解離を繰り返す薬物の運動の解析として、(1A)ベシクルと結合・解離を繰り返す抗がん剤5-フルオロウラシル(5FU)の物理モデルを構築する。次に(1B)結合・解離過程のMC計算アルゴリズムの開発を行う。(1C)実際にMC計算を行い、得られた軌跡を用いてNMRシグナルの予測を行う。さらに(2)ベシクル表面上を側方拡散する脂質分子の運動の解析として、(2A)ベシクル表面上で側方拡散する脂質分子の物理モデルを構築する。(2B)ベシクル表面上の脂質分子の拡散過程を再現するMC計算アルゴリズムを構築する。(2C)実際にMC計算を実行することにより分子の軌跡を得る。この分子の軌跡を用いてNMRシグナルの予測を行う。(3)並行してNMR測定をおこない、得られたシグナルを脂質分子のベシクル上での側方拡散係数とベシクル自体の並進・回転拡散係数とに分離し、球面上の脂質分子の真の側方拡散係数を明らかにする。

 

担当経験のある科目 (本学) 7

  1. 理論・計算化学特論

    2018

  2. 基礎セミナー

    2017

  3. アドバンス物理化学

    2014

  4. 熱力学

    2012

  5. 分子物理化学特論

    2012

  6. 大規模並列数値計算特論

    2012

  7. 計算科学フロンティア連続講義

    2011

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