2021/04/23 更新

写真a

オカモト ユウコウ
岡本 祐幸
OKAMOTO, Yuko
所属
大学院理学研究科 物質理学専攻 分子物性学 教授
大学院担当
大学院理学研究科
学部担当
理学部
職名
教授
連絡先
メールアドレス
外部リンク

学位 2

  1. 理学士ー理学修士 ( 1979年6月   ブラウン大学 ) 

  2. 理学博士 ( 1984年8月   コーネル大学 ) 

研究キーワード 9

  1. 生物物理学

  2. 計算物理学

  3. 計算化学

  4. 分子シミュレーション

  5. タンパク質折りたたみの計算機シミュレーション

  6. 拡張アンサンブル法

  7. レプリカ交換法

  8. 焼き戻し法

  9. マルチカノニカル法

研究分野 3

  1. その他 / その他  / 生物分子科学

  2. その他 / その他  / 生物物理学

  3. その他 / その他  / 生物物理・化学物理

経歴 14

  1. 仏国物理化学生物学研究所 客員研究員

    2012年1月 - 2012年3月

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    国名:フランス共和国

  2. 英国ケンブリッジ大学化学科 客員教授

    2011年7月 - 2011年12月

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    国名:グレートブリテン・北アイルランド連合王国(英国)

  3. 名古屋大学   大学院工学研究科 附属計算科学連携教育研究センター   教授

    2011年4月 - 2021年3月

  4. 伊国有機金属化合物化学研究所 客員研究員

    2011年4月 - 2011年6月

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    国名:イタリア共和国

  5. 名古屋大学   情報基盤センター 大規模計算支援環境研究部門/情報基盤   教授

    2010年6月 - 現在

  6. 名古屋大学   大学院理学研究科 附属構造生物学研究センター   教授

    2007年2月 - 2020年3月

  7. 名古屋大学大学院理学研究科物質理学専攻(物理系) 教授

    2005年4月 - 現在

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    国名:日本国

  8. 総合研究大学院大学数物科学研究科機能分子科学専攻 助教授(併任)

    1995年10月 - 2005年3月

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    国名:日本国

  9. 岡崎国立共同研究機構(現自然科学研究機構)分子科学研究所理論研究系 助教授

    1995年4月 - 2005年3月

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    国名:日本国

  10. 米国ミネソタ大学ドゥルース校理学部物理学科 客員准教授(大学院の電磁気学の講義を担当)

    1994年3月 - 1994年5月

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    国名:アメリカ合衆国

  11. 奈良女子大学理学部物理学科 助教授

    1993年5月 - 1995年3月

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    国名:日本国

  12. 米国スタンフォード大学線型加速器研究センター 客員研究員

    1992年4月 - 1993年1月

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    国名:アメリカ合衆国

  13. 奈良女子大学理学部物理学科 助手

    1986年4月 - 1993年5月

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    国名:日本国

  14. 米国バージニア工科大学理学部物理学科 博士研究員

    1984年9月 - 1986年3月

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    国名:アメリカ合衆国

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学歴 4

  1. コーネル大学大学院   理学研究科   物理学専攻

    1979年9月 - 1984年8月

  2. ブラウン大学(財団法人グルー基金留学生)   理学部   物理学科

    1975年9月 - 1979年6月

  3. 東京大学   教養学部   理科一類(1975年入学、理科I類21組B、4ヶ月後に留学のために休学、1979年8月中途退学)

    1975年4月 - 1979年8月

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    国名: 日本国

    備考: 中途退学(コーネル大学大学院進学のため)

  4. 静岡県立浜松北高等学校

    1972年4月 - 1975年3月

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    国名: 日本国

所属学協会 7

  1. 日本物理学会

  2. 日本生物物理学会

  3. 日本化学会

  4. 分子シミュレーション研究会

  5. 日本蛋白質科学会

  6. 分子科学会

  7. 米国物理学会

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受賞 10

  1. 海外招聘研究員(ミカエル学期)

    2011年10月   英国ケンブリッジ大学セント・ジョンズ・カレッジ  

    岡本祐幸

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    受賞国:グレートブリテン・北アイルランド連合王国(英国)

    ミカエル学期

  2. 第5回内藤記念フェローシップ

    2011年3月   内藤記念科学振興財団   拡張アンサンブルシミュレーションによる アルツハイマー病の研究

    岡本祐幸

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    受賞区分:出版社・新聞社・財団等の賞  受賞国:日本国

  3. 米国物理学会フェロー表彰

    2010年11月   米国物理学会   Citation: For his invention of novel and useful computational methodologies for probing the conformational phase space of biomolecules.

    岡本祐幸

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    受賞区分:国内外の国際的学術賞  受賞国:アメリカ合衆国

    計算物理学部門(DCOMP)からの推薦

  4. 山田財団長期間海外派遣

    1992年3月   山田科学振興財団  

    岡本祐幸

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    受賞区分:出版社・新聞社・財団等の賞  受賞国:日本国

  5. The Robert Bruce Lindsay Premium for excellence in the Department of Physics

    1979年5月   米国ブラウン大学  

    岡本祐幸

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    受賞国:アメリカ合衆国

    主席卒業

  6. Sigma Xi (Associate Member)

    1979年5月   The Scientific Research Society, USA  

    岡本祐幸

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    受賞国:アメリカ合衆国

  7. The Third InterAmerican Undergraduate Conference in Theoretical Physics

    1979年3月   米国テキサス大学オースチン校   招待参加

    岡本祐幸

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    受賞国:アメリカ合衆国

    アメリカ、カナダ、メキシコの大学から物理の学生が20名招待された

  8. The Henry P. Manning Prize for excellence in Mathematics (First Prize)

    1978年5月   米国ブラウン大学   第一位

    岡本祐幸

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    受賞国:アメリカ合衆国

  9. Honorable Mention, The 37th William Lowell Putnam Mathematical Competition

    1976年12月   The Mathematical Association of America   Honorable Mention

    岡本祐幸

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    受賞国:アメリカ合衆国

    アメリカとカナダの大学生2131人の参加者中37位

  10. The Joseph C. Hartshorn Mathematical Prizes (First Prize)

    1975年11月   米国ブラウン大学   第一位

    岡本祐幸

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    受賞国:アメリカ合衆国

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論文 269

  1. Calculation of the residual entropy of Ice Ih by Monte Carlo simulation with the combination of the replica-exchange Wang-Landau algorithm and multicanonical replica-exchange method 査読有り

    Hayashi Takuya, Muguruma Chizuru, Okamoto Yuko

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   154 巻 ( 4 )   2021年1月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/5.0038157

    Web of Science

  2. Determination of the structural ensemble of the molten globule state of a protein by computer simulations 査読有り 国際共著

    Shimizu Masahiro, Kajikawa Yukihito, Kuwajima Kunihiro, Dobson Christopher M., Okamoto Yuko

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS   87 巻 ( 8 ) 頁: 635 - 645   2019年8月

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/prot.25688

    Web of Science

  3. Protein structure predictions by enhanced conformational sampling methods 招待有り 査読有り

    Okamoto Yuko

    BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY   16 巻   頁: 344 - 366   2019年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者, 最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.2142/biophysico.16.0_344

    Web of Science

  4. Enhanced Sampling Method in Molecular Simulations Using Genetic Algorithm for Biomolecular Systems 招待有り 査読有り 国際共著

    Y. Sakae, J. E. Straub, and Y. Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   40 巻   頁: 475 - 481   2018年11月

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.25735

  5. Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS 査読有り

    Ito Shingo, Fedorov Dmitri G., Okamoto Yuko, Irle Stephan

    COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS   228 巻   頁: 152 - 162   2018年7月

     詳細を見る

    担当区分:責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cpc.2018.01.014

    Web of Science

  6. Two-dimensional simulated tempering for the isobaric-isothermal ensemble with fast on-the-fly weight determination 招待有り 査読有り

    Wada Hiromune, Okamoto Yuko

    MOLECULAR PHYSICS     頁: e1904156   2021年3月

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/00268976.2021.1904156

    Web of Science

  7. Structural Characteristics of Monomeric Abeta 42 on Fibril in the Early Stage of Secondary Nucleation Process 査読有り

    Noda Kohei, Tachi Yuhei, Okamoto Yuko

    ACS CHEMICAL NEUROSCIENCE   11 巻 ( 19 ) 頁: 2989 - 2998   2020年10月

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acschemneuro.0c00163

    Web of Science

  8. Molecular movie of nucleotide binding to a motor protein 招待有り 査読有り 国際共著

    Bondar Ana-Nicoleta, Mishima Hirokazu, Okamoto Yuko

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS   1864 巻 ( 10 )   2020年10月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bbagen.2020.129654

    Web of Science

  9. Analysis of liquids, gases, and supercritical fluids by a two-dimensional replica-exchange Monte Carlo method in temperature and chemical potential space 査読有り

    Matsubara Daiki, Okamoto Yuko

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   152 巻 ( 19 )   2020年5月

     詳細を見る

    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/5.0001874

    Web of Science

  10. Efficient simulation protocol for determining the density of states: Combination of replica-exchange Wang-Landau method and multicanonical replica-exchange method 査読有り

    Hayashi Takuya, Okamoto Yuko

    PHYSICAL REVIEW E   100 巻 ( 4 )   2019年10月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1103/PhysRevE.100.043304

    Web of Science

  11. Conformational Change of Amyloid-beta 40 in Association with Binding to GM1-Glycan Cluster 査読有り

    Tachi Yuhei, Okamoto Yuko, Okumura Hisashi

    SCIENTIFIC REPORTS   9 巻   2019年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-019-43117-6

    Web of Science

  12. Structural Analysis of a Trimer of beta(2)-Microgloblin Fragment by Molecular Dynamics Simulations 査読有り

    Nishikawa Naohiro, Sakae Yoshitake, Gouda Takuya, Tsujimura Yuichiro, Okamoto Yuko

    BIOPHYSICAL JOURNAL   116 巻 ( 5 ) 頁: 781 - 790   2019年3月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.bpj.2018.11.3143

    Web of Science

  13. N+-C-H center dot center dot center dot O Hydrogen bonds in protein-ligand complexes 査読有り

    Itoh Yukihiro, Nakashima Yusuke, Tsukamoto Shuichiro, Kurohara Takashi, Suzuki Miki, Sakae Yoshitake, Oda Masayuki, Okamoto Yuko, Suzuki Takayoshi

    SCIENTIFIC REPORTS   9 巻   2019年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-018-36987-9

    Web of Science

  14. Two polyhedral frameworks of an M12L24 spherical complex revealed by replica-exchange molecular dynamics simulations 査読有り

    Tachi Yuhei, Sato Sota, Yoneya Makoto, Fujita Makoto, Okamoto Yuko

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS   714 巻   頁: 185 - 189   2019年1月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cplett.2018.10.059

    Web of Science

  15. Conformational properties of an artificial GM1 glycan cluster based on a metal-ligand complex 査読有り

    Tachi Yuhei, Okamoto Yuko, Okumura Hisashi

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   149 巻 ( 13 )   2018年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5045310

    Web of Science

  16. Quantum chemical replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulation reveal the formation mechanism of iron phthalocyanine iron and phthalonitrile

    Ito Shingo, Wang Ying, Okamoto Yuko, Irle Stephan

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   149 巻 ( 7 )   2018年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5026956

    Web of Science

  17. Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations 査読有り

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   148 巻 ( 12 )   2018年3月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.5019209

    Web of Science

  18. Structure-function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm1-Mdm12 of ERMES 査読有り 国際共著

    Kawano Shin, Tamura Yasushi, Kojima Rieko, Bala Siqin, Asai Eri, Michel Agnes H., Kornmann Benoit, Riezman Isabelle, Riezman Howard, Sakae Yoshitake, Okamoto Yuko, Endo Toshiya

    JOURNAL OF CELL BIOLOGY   217 巻 ( 3 ) 頁: 959 - 974   2018年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1083/jcb.201704119

    Web of Science

  19. Conformational effects of N-glycan core fucosylation of immunoglobulin G Fc region on its interaction with Fcγ receptor IIIa 査読有り

    Y. Sakae, T. Satoh, H. Yagi, S. Yanaka, T. Yamaguchi, Y. Isoda, S. Iida, Y. Okamoto, and K. Kato

    Scientific Reports   7 巻   頁: 13780 (10 pages)   2017年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1038/s41598-017-13845-8

  20. Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils 査読有り

    Naohiro Nishikawa, Yoshitake Sakae, Takuya Gouda, Yuichiro Tsujimura and Yuko Okamoto

    MOLECULAR SIMULATION   43 巻 ( 13-16 ) 頁: 1370-1376   2017年8月

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    記述言語:英語  

    DOI: 10.1080/08927022.2017.1359746

  21. Molecular dynamics simulation of a self-assembled complex displaying a GM1 ganglioside cluster

    Tachi Y., Okamoto Y., Okumura H.

    EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS   46 巻   頁: S319 - S319   2017年7月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Web of Science

  22. Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study

    Mori Yoshiharu, Okamoto Yuko

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY   38 巻 ( 15 ) 頁: 1167-1173   2017年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.24767

    Web of Science

  23. Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study 査読有り

    Yoshiharu Mori and Yuko Okamoto.

    Journal of Computational Chemistry   38 巻   頁: 1167-1173   2017年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.24767

  24. Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils

    Nishikawa Naohiro, Sakae Yoshitake, Gouda Takuya, Tsujimura Yuichiro, Okamoto Yuko

    MOLECULAR SIMULATION   43 巻 ( 13-16 ) 頁: 1370-1376   2017年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/08927022.2017.1359746

    Web of Science

  25. Modeling 15N NMR chemical shift changes in protein backbone with pressure 査読有り

    G. La Penna, Y. Mori, R. Kitahara, K. Akasaka, and Y. Okamoto

    Journal of Chemical Physics   145 巻   頁: 085104 (12 pages)   2016年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4961507

  26. Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB+ semiempirical quantum chemistry package 査読有り

    S. Ito, S. Irle, and Y. Okamoto

    Computer Physics Communications   204 巻   頁: 1-10   2016年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cpc.2016.02.010

  27. QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges 査読有り

    X. Lu, D. Fang, S. Ito, Y. Okamoto, V. Ovchinnikov, and Q. Cui

    Molecular Simulation   42 巻   頁: 1056-1078   2016年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/08927022.2015.1132317

  28. 分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析 査読有り

    榮慶丈,西川直宏,塚本修一朗,鈴木孝禎,岡本祐幸

      136 巻   頁: 113-120   2016年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  29. 巻頭言:計算生物物理学の将来

    岡本祐幸

    日本生物物理学会誌   56 巻 ( 2 ) 頁: 75   2016年

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    DOI: 10.2142/biophys.56.075

  30. Observation of helix associations for insertion of a retinal molecule and distortions of helix structures in bacteriorhodopsin 査読有り

    Ryo Urano and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   143 巻   頁: 235101 (10 pages)   2015年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.4935964

  31. Deterministic replica-exchange method without pseudo random numbers for simulations of complex systems

    R. Urano and Y. Okamoto

    Computer Physics Communications   197 巻   頁: 128-135   2015年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cpc.2015.08.020

  32. Designed-walk replica-exchange method for simulations of complex systems

    R. Urano and Y. Okamoto

    Computer Physics Communications   196 巻   頁: 380-383   2015年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.cpc.2015.07.007

  33. Editorial: ICMS2013

    Yuko OKAMOTO

    Molecular Simulation   41 巻 ( 10-12 ) 頁: 779   2015年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/08927022.2015.1048075

  34. Molecular dynamics simulations to clarify the concentration dependency of protein aggregation

    N. Nishikawa, Y. Sakae, and Y. Okamoto

    Proceedings of Computational Science Workshop 2014 (CSW2014) JPS Conference Proceedings   5 巻   頁: 011020   2015年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7566/JPSCP.5.011020

  35. Equilibrium molecular thermodynamics from Kirkwood sampling

    S. Somani, Y. Okamoto, A.J. Ballard, and D.J. Wales

    Journal of Physical Chemistry B   119 巻 ( 20 ) 頁: 6155-6169   2015年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b01800

  36. New implementations of replica-exchange method for simulations of complex systems: designed-walk and deterministic replica-exchange methods

    R. Urano and Y. Okamoto

    Physics Procedia   68 巻   頁: 100-104   2015年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: New implementations of replica-exchange method for simulations of complex systems: desig

  37. Conformational search simulations of Trp-cage using genetic crossover

    Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, K. Ishii, and Y. Okamoto

    Molecular Simulation   41 巻   頁: 1045-1049   2015年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/08927022.2015.1016937

  38. Molecular dynamics simulations to clarify the concentration dependency of protein aggregation

    N. Nishikawa, Y. Sakae, and Y. Okamoto

    Proceedings of Computational Science Workshop 2014 (CSW2014) JPS Conference Proceedings   5 巻   頁: 011020 (7 pages)   2015年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.7566/JPSCP.5.011020

  39. Replica-exchange molecular dynamics simulation for understanding the initial process of amyloid peptide aggregation

    N. Nishikawa, P.H. Nguyen, P. Derreumaux, and Y. Okamoto

    Molecular Simulation   41 巻   頁: 1041-1044   2015年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1080/08927022.2014.938445

  40. Predictions of tertiary structures of a-helical membrane proteins by replica-exchange method with consideration of helix deformations

    R. Urano, H. Kokubo, and Y. Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   84 巻   頁: 084802 (12 pages)   2015年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  41. Exploration of Conformational Spaces of High-Mannose-Type Oligosaccharides by an NMR-Validated Simulation 査読有り

    Takumi Yamaguchi, Yoshitake Sakae, Ying Zhang, Sayoko Yamamoto, Yuko Okamoto, and Koichi Kato

    Angewandte Chemie International Edition   53 巻   頁: 10941-10944   2014年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/anie.201406145

  42. Prediction of Ligand Binding Affinity by the Combination of Replica- Exchange Method and Double-Decoupling Method 査読有り

    Yuko Okamoto, Hironori Kokubo and Toshimasa Tanaka

    Journal of Chemical Theory and Computation   10 巻   頁: 3563-3569   2014年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1021/ct500539u

  43. A conformational search method for protein systems using genetic crossover and metropolis criterion 査読有り

    Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, K. Ishii, and Y. Okamoto

    Journal of Physics: Conference Series   487 巻   頁: 012003(5pages)   2014年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  44. A conformational search method for protein systems using genetic crossover and Metropolis criterion

    Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, K. Ishii, and Y. Okamoto

    Journal of Physics: Conference Series   487 巻   頁: 012003 (5 pages)   2014年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1088/1742-6596/487/1/012003

  45. Salt effects on hydrophobic-core formation in folding of a helical miniprotein studied by molecular dynamics simulations 査読有り

    Takao. Yoda, Yuji. Sugita, and Yuko. Okamoto

    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics   82 巻 ( 6 ) 頁: 933-943   2013年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/prot.24467

  46. Two-dimensional replica-exchange method for predicting protein-ligand binding structures 査読有り

    Hironori Kokubo, Toshimasa Tanaka, and Yuko Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   34 巻 ( 30 ) 頁: 2601-2614   2013年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/jcc.23427

  47. Prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations : application to kinase systems

    Hironori Kokubo, Tshimasa Tanaka and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Theory and Computation   9 巻 ( 10 ) 頁: 4660-4671   2013年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  48. Crossover scaling in the two-dimensional three-state Potts model

    Tetsuro Nagai, Yuko Okamoto and Janke Wolfhard

      16 巻 ( 2 ) 頁: UNSP23605(8pages)   2013年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  49. Amino-acid-dependent main-chain torsion-energy terms for protein systems

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   138 巻 ( 6 ) 頁: 064103 (8pages)   2013年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  50. Communication: Simulated tempering with fast on-the-fly weight determination

    Phuong H. Nguyen, Yuko Okamoto and Phillippe Derreumaux

    Journal of Chemical Physics   138 巻 ( 6 ) 頁: 061102   2013年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  51. Free-energy calculations of a proton transfer reaction by simulated-tempering umbrella sampling and first principles molecular dynamics simulations 査読有り

    Yoshiharu Mori and Yuko Okamoto

    Physical Review E   87 巻   頁: 023301 (4 pages)   2013年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  52. Application of simulated tempering and magnetizing to a two-dimensional Potts model

    Tetsuro Nagai, Yuko Okamoto, Janke Wolfhard

    JOURNAL OF STATISTICAL MECHANICS-THEORY AND EXPERIMENT     頁: P02039 (21 pages)   2013年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  53. Simulated tempering and magnetizing: an application of two-dimensional simulated tempering to two-dimensional Ising model and its crossover 査読有り

    Tetsuro Nagai and Yuko Okamoto

    Physical Review E   86 巻   頁: 056705 (12 pages)   2012年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  54. Molecular simulations in generalized ensemble

    Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   38 巻   頁: 1282-1296   2012年11月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  55. Improvement of the backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems by the double Fourier series expansion 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   39 巻   頁: 85-93   2012年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  56. Residual entropy of ordinary ice calculated from multicanonical Monte Carlo simulations 査読有り

    Bernd A. Berg, Chizuru Muguruma, and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   38 巻   頁: 856-860   2012年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  57. タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数

    榮慶丈,依田隆夫,杉田有治,岡本祐幸

    日本物理学会誌   67 巻   頁: 343-349(口絵は 304)   2012年5月

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    記述言語:日本語  

  58. Generalized-ensemble algorithms for studying temperature and pressure dependence of complex systems 査読有り

    Yoshiharu Mori and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   38 巻   頁: 452-457   2012年4月

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    記述言語:英語  

  59. Replica-exchange molecular dynamics simulation of a lipid bilayer system with a coarse-grained model 査読有り

    Tetsuro Nagai and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   38 巻   頁: 437-441   2012年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  60. Phase behavior of a lipid bilayer system studied by a replica-exchange molecular dynamics simulation 査読有り

    Tetsuro Nagai, Ryuichi Ueoka, and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   81 巻   頁: 024002 (9 pages)   2012年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  61. 疎水コアとα-へリックスを含む小蛋白質のフォールディングシミュレーション 査読有り

    依田隆夫,杉田有治,岡本祐幸

    生物物理 (日本生物物理学会誌)   52 巻   頁: 22-23   2012年2月

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    記述言語:日本語  

  62. Generalized-ensemble algorithms for protein folding and unfolding 査読有り

    Yuko Okamoto

    Current Physical Chemistry   2 巻   頁: 92-106   2012年2月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  63. Recent applications of replica-exchange molecular dynamics simulations of biomolecules 査読有り

    Yuji Sugita, Naoyuki Miyashita, Pai-Chi Li, Takao Yoda, Yuko Okamoto

    Current Physical Chemistry   2 巻   頁: 401-412   2012年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  64. Simulated tempering and magnetizing simulations of the Ising model 査読有り

    Tetsuro Nagai and Yuko Okamoto

    Physics Procedia   34 巻   頁: 100-104   2012年

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    記述言語:英語  

  65. Drug design by generalized-ensemble simulations 招待有り 査読有り

    Yuko Okamoto

    Current Pharmaceutical Design   17 巻   頁: 1758-1772   2011年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  66. Ab initio prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations 査読有り

    Hironori Kokubo, Toshimasa Tanaka, and Yuko Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   32 巻   頁: 2810-2821   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  67. Dynamic structure of the polytheonamide B channel studied by normal mode analysis 査読有り

    Takaharu Mori, Hironori Kokubo, Shigetoshi Oiki, and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   37 巻   頁: 975-985   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  68. Protein structure predictions by parallel simulated annealing molecular dynamics using genetic crossover 査読有り

    Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, and Yuko Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   32 巻   頁: 1353-1360   2011年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  69. New conformational search method using genetic algorithm and knot theory for proteins 査読有り

    Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, and Yuko Okamoto

    Pacific Symposium on Biocomputing   16 巻   頁: 217-228   2011年

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    記述言語:英語  

  70. 計算機シミュレーションによるアミロイド病発現原理の追求 招待有り

    岡本祐幸

    Medical Bio (10月別冊、特集「揺らぎと生体機能」)     頁: 17-20   2010年9月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  71. Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized-ensemble simulations 査読有り

    Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Biophysical Journal   99 巻   頁: 1637-1644   2010年9月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  72. Multi-dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that

    Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, and Yuko Okamoto

    Physics Procedia   4 巻   頁: 89-105   2010年8月

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    記述言語:英語  

  73. Replica-exchange molecular dynamics simulations for various constant temperature algorithms 査読有り

    Yoshiharu Mori and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   79 巻 ( 7 ) 頁: 074001(8 pages)   2010年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  74. Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble 査読有り

    Yoshiharu Mori and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   79 巻 ( 7 ) 頁: 074003 (5 pages)   2010年7月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  75. Dependency of ligand free energy landscapes on charge parameters and solvent models 査読有り

    Yuko Okamoto, Toshimasa Tanaka, and Hironori Kokubo

    Journal of Computer-Aided Molecular Design   24 巻   頁: 699-712   2010年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  76. Replica-exchange method in van der Waals radius space: overcoming steric resctirctions for biomolecules 査読有り

    Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   132 巻   頁: 134105 (8 pages)   2010年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  77. マルチカノニカルレプリカ交換分子動力学法による小蛋白質の折れ畳みシミュレーション 招待有り 査読有り

    依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸

    分子シミュレーション研究会会誌”アンサンブル”   12 巻 ( 2 ) 頁: 15-18   2010年4月

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    記述言語:日本語  

  78. 「拡張アンサンブル法」の特集にあたって 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    分子シミュレーション研究会会誌”アンサンブル”   12 巻 ( 2 ) 頁: 6-7   2010年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  79. Folding simulations of three proteins having all alpha-helix, all beta-stand and alpha/beta structures 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   36 巻   頁: 302-310   2010年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  80. Helix-hairpin transitions of a designed peptide studied by a generalized-ensemble simulation 査読有り

    Satoru G. Itoh, Atsuo Tamura, and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Theory and Computation   6 巻   頁: 979-983   2010年4月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  81. Controlling the secondary-structure-forming tendencies of proteins by a backbone torsion-energy term 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   36 巻   頁: 138-158   2010年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  82. Determination method of the balance of the secondary-structure-forming tendencies of force fields 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   36 巻   頁: 159-165   2010年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  83. Optimisation of OPLS-UA force-field parameters for protein systems using protein data bank 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   36 巻   頁: 1148-1156   2010年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  84. Thermodynamic perspective on the dock-lock growth mechanism of amyloid fibrils 査読有り

    Edward P. O'Brien, Yuko Okamoto, John E. Straub, Bernard B. Brooks, and D. Thirumalai

    Journal of Physical Chemistry B   113 巻 ( 43 ) 頁: 14421-14430   2009年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  85. Folding simulations of gramicidin A into the beta-helix conformations: simulated annealing molecular dynamics study 査読有り

    Takaharu Mori and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   131 巻 ( 16 ) 頁: 165103 (6 pages)   2009年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  86. タンパク質系のポテンシャル関数の比較と改良 招待有り 査読有り

    榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸

    分子シミュレーション研究会会誌“アンサンブル”   11 巻   頁: 8-12   2009年7月

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    記述言語:日本語  

  87. * Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems 査読有り

    Ayori Mitsutake and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   130 巻 ( 21 ) 頁: 214105 (14pages)   2009年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  88. From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering 査読有り

    Ayori Mitsutake and Yuko Okamoto

    Physical Review E   79 巻 ( 4 ) 頁: 047701 (4pages)   2009年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  89. * Analysis of helix-helix interactions of bacteriorhodopsin by replica-exchange simulations 査読有り

    Hironori Kokubo and Yuko Okamoto

    Biophysical Journal   96 巻 ( 3 ) 頁: 765-776   2009年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  90. Molecular simulations using a new torsion-energy term for protein systems 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Proceedings of the International Symposium on Frontiers of Computational Science 2008     頁: 213-220   2008年11月

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    記述言語:英語  

  91. Thermodynamics of two lattice ice model in three dimensions 査読有り

    Chizuru Muguruma, Yuko Okamoto, and B.A. Berg

    Physical Review E   78 巻   頁: 041113 (6 pages)   2008年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  92. * Temperature and pressure dependence of alanine dipeptide studied by multibaric-multithermal molecular dynamics simulations 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Journal of Physical Chemistry B   112 巻   頁: 12038-12049   2008年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  93. Monte Carlo study of first-order phase transitions of a bulk Lennard-Jones fliud system in the isobaric-multithermal ensemble 査読有り

    Chizuru Muguruma and Yuko Okamoto

    Bulletin of the Chemical Society of Japan   81 巻   頁: 697-702   2008年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  94. Monte Carlo simulation in the isobaric-multithermal ensemble of bulk Lennard-Jones fluid system: Thermodynamic quantities for pressure from P*=2.42 to 7.25 査読有り

    Chizuru Muguruma and Yuko Okamoto

    Physical Review E   77 巻   頁: 051201 (9 pages)   2008年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  95. Amyloid-beta(29-42) dimer formations studied by a multicanonical-multioverlap molecular dynamics simulation 査読有り

    Satoru G. Itoh and Yuko Okamoto

    Journal of Physical Chemistry B   112 巻   頁: 2767-2770   2008年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  96. Cooperative folding mechanism of a beta-hairpin peptide studied by a multicanonical replica-exchange molecular dynamics simulation 査読有り

    Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics   66 巻   頁: 846-859   2007年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  97. Effective sampling in the configurational space by the multicanonical-multioverlap algorithm 査読有り

    Satoru G. Itoh and Yuko Okamoto

    Physical Review E   76 巻   頁: 026705 (10 pages)   2007年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  98. Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation of alanine dipeptide 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Bulletin of the Chemical Society of Japan   80 巻   頁: 1114-1123   2007年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  99. Residual entropy of ordinary ice from multicanonical simulations 査読有り

    Bernd A. Berg, Chizuru Muguruma, and Yuko Okamoto

    Physical Review B   75 巻   頁: 092202 (4 pages)   2007年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  100. Explicit symplectic integrators of molecular dynamics algorithms for rigid-body molecules in the canonical, isobaric-isothermal, and related ensembles 査読有り

    Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   126 巻   頁: 084103 (17 pages)   2007年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  101. Combination of generalized-ensemble algorithms and one-dimensional reference interaction site model theory 招待有り 査読有り

    Ayori Mitsutake, Masahito Kinoshita, Fumio Hirata, and Yuko Okamoto

    Condensed Matter Physics   10 巻   頁: 495-508   2007年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  102. Generalized-ensemble algorithms for molecular dynamics simulations 招待有り 査読有り

    Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   33 巻   頁: 47-56   2007年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  103. A new generalized-ensemble algorithm: multicanonical-multioverlap algorithm 査読有り

    Satoru G. Itoh and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   33 巻   頁: 83-90   2007年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  104. Multicanonical Monte Carlo calculation of the first-order phase transition of Lennard-Jones fluids 査読有り

    Chizuru Muguruma, Yuko Okamoto, and Masuhiro Mikami

    Croatica Chemica Acta   80 巻   頁: 203-209   2007年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  105. Replica-exchange molecular dynamics simulation of diffracted X-ray tracking 査読有り

    Yukio Kawashima, Y.C. Sasaki, Yuji Sugita, Takao Yoda, and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   33 巻   頁: 97-102   2007年

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    記述言語:英語  

  106. Multibaric-multithermal molecular dynamics simulation: generalized Nose-Poincare-Andersen method 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   33 巻   頁: 91-96   2007年

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    記述言語:英語  

  107. タンパク質立体構造予測における遺伝的アルゴリズムの交叉の有効性の検討 査読有り

    鍵谷武宏, 廣安知之, 三木光範, 岡本裕幸

    日本機械学会 第20回計算力学講演会講演論文集 No.07-36     頁: pp.599-600   2007年

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    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  108. Guest Editorial: Nose Memorial 招待有り 査読有り

    Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   33 巻   頁: 1-3   2007年

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  109. 拡張アンサンブル法による膜タンパク質の立体構造予測特集「予測と発見」内 招待有り 査読有り

    小久保裕功、岡本祐幸

    統計数理   54 巻 ( 2 ) 頁: 211-222   2006年12月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

    拡張アンサンブル法による膜タンパク質の立体構造予測
    特集「予測と発見」内

  110. 生体系における大規模分子シミュレータ特集「地球シミュレータ」内 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    応用数理   16 巻   頁: 15-19   2006年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

    生体系における大規模分子シミュレータ

  111. Secondary-structure design of proteins by a backbone torsion energy 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   75 巻   頁: 054802 (9 pages)   2006年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  112. Theoretical studies of transition states by the multi-overlap molecular dynamics methods 査読有り

    Satoru G. Itoh and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   124 巻   頁: 104103(14pages)   2006年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  113. Multibaric-multithermal ensemble molecular dynamics simulations 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   27 巻 ( 03 ) 頁: 379-395   2006年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  114. Replica-exchange methods and predictions of helix configurations of membrane proteins 招待有り 査読有り

    Hironori Kokubo and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   32 巻   頁: 791-801   2006年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  115. マルチバーリック・マルチサーマルアンサンブルにおけるレナード・ジョーンズ流体のシミュレーション 査読有り

    奥村久士、岡本祐幸

    物性研究   85 巻   頁: 341-346   2005年11月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  116. Effects of the fixed end in single-molecule imaging techniques: A replica-exchange molecular dynamics study 査読有り

    Yukio Kawashima, Yuji Sugita, Takao Yoda, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   414 巻   頁: 449-455   2005年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  117. Structures of a peptide fragment of beta2-microglobulin studied by replica-exchange molecular dynamics simulations - towards the understanding of the mechanism of amyloid formation 査読有り

    Masamichi Nishino, Yuji Sugita, Takao Yoda, and Yuko Okamoto

    FEBS Letters   579 巻   頁: 5425-5429   2005年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  118. Replica-exchange molecular dynamics simulation of small peptide in water and in ethanol 査読有り

    Koji Yoshida, Toshio Yamaguchi, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   412 巻   頁: 280-284   2005年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  119. PDBデータベースを用いたタンパク質力場パラメータの最適化

    榮慶丈,岡本祐幸

    生物物理 (日本生物物理学会誌)   45 巻 ( 6月 ) 頁: 145-148   2005年6月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  120. Molecular mechanism for stabilizing a short helical peptide studied by generalized- ensemble simulations with explicit solvent 査読有り

    Yuji Sugita and Yuko Okamoto

    Biophysical Journal   88 巻   頁: 3180-3190   2005年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  121. タンパク質のフォールディングシミュレーションから立体構造予測問題に迫る特集「水と生体分子が織りなす生命現象」内 招待有り 査読有り

    岡本祐幸、高田彰二

    現代化学   408 巻   頁: 47-53   2005年3月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  122. Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. II. Free energy analysis 査読有り

    Katsumi Murata, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Journal of Theoretical & Computational Chemistry   4 巻   頁: 433-448   2005年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  123. Molecular dynamics simulations of DNA dimers based on replica-exchange umbrella sampling. I. Test of sampling efficiency 査読有り

    Katsumi Murata, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Journal of Theoretical & Computational Chemistry   4 巻   頁: 411-432   2005年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  124. Multibaric-multithermal ensemble simulations for fluid systems 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Physica A   350 巻   頁: 150-158   2005年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  125. Molecular simulations in the multibaric-multithemal ensembles 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Computer Physics Communications   169 巻   頁: 317-321   2005年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  126. Secondary-structure preferences of force fields for proteins evaluated by generalized-ensemble simulations 査読有り

    Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics   307 巻   頁: 269-283   2004年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  127. Combination of the replica-exchange Monte Carlo method and the reference interaction site model theory for simulating a peptide molecule in aqueous solution 査読有り

    Ayori Mitsutake, Masahito Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Journal of Physical Chemistry B   108 巻   頁: 19002-19012   2004年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  128. Liquid-gas phase transition studied by multibaric-multithermal Monte Carlo simulations 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   73 巻   頁: 3304-3311   2004年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  129. Monte Carlo simulations in generalized isobaric-isothermal ensembles 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Physical Review E   70 巻   頁: 026702(14pages)   2004年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  130. Replica-exchange extensions of simulated tempering method 査読有り

    Ayori Mitsutake and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   121 巻   頁: 2491-2504   2004年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  131. Self-assembly of transmembrane helices of bacteriorhodopsin by a replica-exchange Monte Carlo simulation 査読有り

    Hisashi Kokubo and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   392 巻   頁: 168-175   2004年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  132. Molecular dynamics simulations in the multibaric-multithermal ensemble 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   391 巻   頁: 248-253   2004年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  133. Prediction of membrane protein structures by replica-exchange Monte Carlo simulations: case of two helices 査読有り

    Hironori Kokubo and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   120 巻   頁: 10837-10847   2004年6月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  134. New approach to the first-order phase transition of Lennard-Jones fluids 査読有り

    Chizuru Muguruma, Yuko Okamoto, and Masuhiro Mikami

    Journal of Chemical Physics   120 巻   頁: 7557-7563   2004年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  135. Comparisons of force fields for proteins by generalized-ensemble simulations 査読有り

    Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   386 巻   頁: 460-467   2004年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  136. Free energy calculations for DNA base stacking by replica-exchange umbrella sampling 査読有り

    Katsumi Murata, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   385 巻   頁: 1-7   2004年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  137. Prediction of transmembrane helix configurations by replica-exchange simulations 査読有り

    Hironori Kokubo and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   383 巻   頁: 397-402   2004年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  138. Monte Carlo simulations in multibaric-multithermal ensemble 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   383 巻   頁: 391-396   2004年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  139. Multi-overlap molecular dynamics methods for biomolecular systems 査読有り

    Satoru G. Itoh and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   400 巻   頁: 308-313   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  140. Protein force-field parameters optimized with the Protein Data Bank.II. Comparisons of force fields by folding simulations of short peptides 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Journal of Theoretical & Computational Chemistry   3 巻   頁: 359-378   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  141. Protein force-field parameters optimized with the Protein Data Bank.I. Force-field optimizations 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Journal of Theoretical & Computational Chemistry   3 巻   頁: 339-358   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  142. Classification and prediction of low-energy membrane protein helix configurations by replica-exchange Monte Carlo method 査読有り

    Hironori Kokubo and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   73 巻   頁: 2571-2585   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  143. Implementation of protein tertiary structure prediction system with NetSolve 査読有り

    Yusuke Tanimura, Keiko Aoi, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Yuko Okamoto, and Jack Dongarra

    Proc. of the 7th International Conference on High Perfomance Computing and Grid in Asia Pacific Region     頁: 320-327   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  144. Monte Carlo simulations in new generalized isobaric-isothermal ensemble 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Transactions of the Materials Research Society of Japan   29 巻   頁: 3783-3786   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  145. Multibaric-multithermal ensemble simulation for simple liquids 査読有り

    Hisashi Okumura and Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   30 巻   頁: 847-852   2004年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  146. 連続最適化問題におけるシミュレーテッドアニーリングアルゴリズムの解探索性能の比較 査読有り

    三木光範, 廣安知之, 昌山 智, 岡本祐幸

    情報処理学会 第3回情報科学技術フォーラム 講演論文集, (CD-ROM)     頁: pp.47-48   2004年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  147. Generalized-ensemble algorithms: enhanced sampling techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations 招待有り 査読有り

    Yuko Okamoto

    Journal of Molecular Graphics and Modelling   22 巻   頁: 425-439   2004年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  148. Optimization of protein force-field parameters with the Protein Data Bank 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   382 巻   頁: 626-636   2003年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  149. レプリカ交換法による膜タンパク質の立体構造予測 査読有り

    小久保裕功、岡本祐幸

    物性研究   81 巻   頁: 313-314   2003年11月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  150. Molecular dynamics of C-peptide of ribonuclease A studied by replica-exchangeMonte Carlo method and diffusion theory 査読有り

    Giovanni La. Penna, Ayori Mitsutake, Masato Masuya, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   380 巻   頁: 609-619   2003年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  151. 蛋白質折り畳みの計算機シミュレーション 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    物性研究 特集「数学者のための分子生物学入門ー新しい数学を造ろう」内   81 巻   頁: 93-119   2003年10月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  152. Multioverlap simulations for transitions between reference configurations 査読有り

    Bernd A. Berg, Hiroshi Noguchi, and Yuko Okamoto

    Physical Review E   68 巻   頁: 036126(11pages)   2003年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  153. 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質立体構造のエネルギー最小化 査読有り

    廣安知之、三木光範、小椋信弥、青井桂子、吉田武史、岡本祐幸

    情報処理学会論文誌:コンピューティングシステム   44 巻 ( SIG-11 ) 頁: 277-285   2003年8月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  154. Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides.II. Application to a more complex system 査読有り

    Ayori Mitsutake, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   118 巻   頁: 6676-6688   2003年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  155. Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides.I. Formulation and benchmark test 査読有り

    Ayori Mitsutake, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   118 巻   頁: 6664-6675   2003年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  156. 第一原理からのタンパク質立体構造予測の発展 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    パリティ 特集「物理科学、この1年」内   18 巻   頁: 54-56   2003年1月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  157. Atom-level simulations of protein folding 査読有り

    Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Shingo Ogura, Keiko Aoi, Takeshi Yoshida, and Yuko Okamoto

    Proceedings of the 7th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics (SCI 2003)   XIV 巻   頁: 117-122   2003年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  158. Energy minimization of protein tertiary structures by local search algorithm based on the characteristic of alpha -helix and parallel simulated annealing using genetic crossover 査読有り

    Shinya Ogura, Keiko Aoi, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, and Yuko Okamoto

    Proc. of 2003 Congress on Evolutionary Camputation,     頁: 1933-1940   2003年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  159. Dual individual distributed genetic algorithm for minimizing the energy of protein tertiary structure-2 査読有り

    Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Takashi Iwahashi, and Yuko Okamoto

    SICE Proc. of Annual Conference 2003     頁: 1088-1093   2003年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  160. Dual individual distributed genetic algorithm for minimizing the energy of protein tertiary structure 査読有り

    Tomoyuki Hiroyasu, Takashi Iwahashi, and Yuko Okamoto

    Proc. of 2003 Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO 2003)     頁: 86-88   2003年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  161. 遺伝的交叉を用いた並列SAによるタンパク質立体構造のエネルギー最小化 査読有り

    廣安知之, 三木光範, 小椋信弥, 青井桂子, 岡本祐幸

    情報処理学会 先進的計算基盤システムシンポジウム(SACSIS 2003) 論文集     頁: pp.341-348   2003年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  162. NetSolve Systemを用いたPSA/GAcによるタンパク質立体構造予測 査読有り

    青井桂子, 廣安知之, 三木光範, 岡本祐幸

    情報処理学会 シンポジウムシリーズ MPSシンポジウム論文集, Vol. 2003, No. 14     頁: pp.74-81   2003年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  163. シミュレ-テッドアニーリングを用いたタンパク質エネルギ最小化における温度パラメータの検討

    廣安知之, 三木光範, 米田真純, 岡本祐幸

    情報処理学会 研究報告, 2003-MPS-46     頁: pp.81-84   2003年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  164. An application of the multicanonical Monte Carlo method to the bulk water system 査読有り

    Chizuru Muguruma, Yuko Okamoto, and Masuhiro Mikami

    Internet Electronic journal of Molecular Desigh   1 巻 ( 11 ) 頁: 583-592   2002年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  165. 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討

    廣安知之, 三木光範, 小掠真貴, 角美智子, 岡本祐幸

    情報処理学会 研究報告2001-MPS-33  数理モデル化と応用   ( 43 ) 頁: SIG7(TOM 6) pp70-79   2002年9月

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  166. 蛋白質折り畳みの計算機シミュレーション 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    学術月報 特集「計算科学」内   55 巻   頁: 28-32   2002年2月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  167. A pH-dependent variation in alpha-helix structure of the S-peptide of ribonuclease A studied by Monte Carlo simulated annealing 招待有り 査読有り

    Takashi Nakazawa, Sumiko Ban, Yuka Okuda, Masato Masuya, Ayori Mitsutake, and Yuko Okamoto

    Biopolymers   63 巻   頁: 273-279   2002年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  168. 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討 査読有り

    廣安知之、三木光範、小掠真貴、岡本祐幸

    情報処理学会論文誌:数理モデル化とその応用   43 巻   頁: 70-79   2002年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  169. Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems 査読有り

    Takehiro Nagasima, Yuji Sugita, Ayori Mitsutake, and Yuko Okamoto

    Conputer Physics Communications   146 巻   頁: 69-76   2002年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  170. Energy minimization of protein tertiary structure by parallel simulated annealing using genetic crossover 査読有り

    Takeshi Yoshida, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, M Ogura, and Yuko Okamoto

    Proceedings of 2002 Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO 2002)     頁: 49-51   2002年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  171. 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングによるタンパク質立体構造予測 査読有り

    小掠真貴, 廣安知之, 三木光範, 岡本祐幸, 青井桂子, 小椋信弥

    日本機械学会 第15 回計算力学講演会講演論文集, No.02-02     頁: pp.53-54   2002年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  172. 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション 査読有り

    杉田有治、光武亜代理、岡本祐幸

    日本物理学会誌   56 巻   頁: 591-599   2001年8月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  173. ポストゲノム時代の生体分子シミュレーション 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    数理科学 特集「ゲノムサイエンスの新地平:30億文字の生命設計図を探る」内   458 巻   頁: 36-43   2001年8月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  174. 水中およびアルコール中におけるペプチドの立体構造解析 招待有り 査読有り

    木下正弘、岡本祐幸、平田文男

    蛋白質 核酸 酵素   46 巻   頁: 713-718   2001年5月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  175. Replica-exchange Monte Carlo method for the isobaric-isothermal ensemble 査読有り

    Tsuneyasu Okabe, Masaki Kawata, Yuko Okamoto, and Masuhiro Mikami

    Chemical Physics Letters   335 巻   頁: 435-439   2001年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  176. Ab initio replica-exchange Monte Carlo method for cluster studies 査読有り

    Yasuyuki Ishikawa, Yuji Sugita,Takeshi Nishikawa, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   333 巻   頁: 199-206   2001年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  177. 計算機シミュレーションによるポストゲノム解析 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    Computer Today 特集「ゲノム・生命・コンピュータ:ゲノム情報理学の創成」内   101 巻   頁: 66-73   2001年1月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  178. Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses 査読有り

    Masahiro Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Journal of Molecular Liquids   90 巻   頁: 195-204   2001年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  179. Protein folding simulations and structure predictions 査読有り

    Yuko Okamoto

    Computer Physics Communications   142 巻   頁: 55-63   2001年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  180. 生命現象に計算化学がどこまで迫れるか 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    理論化学・計算化学の挑戦(日本化学会) 先端ウオッチング調査「21世紀の化学の潮流を探る」内     頁: 65-70   2001年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  181. PSA/GAcによるタンパク質の構造予測 査読有り

    廣安知之, 三木光範, 小椋信弥, 青井桂子, 小掠真貴,岡本祐幸

    情報処理学会 第8回MPSシンポジウム講演論文集     頁: pp.343-346   2001年

     詳細を見る

    記述言語:日本語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  182. Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations of biopolymers 招待有り 査読有り

    Ayori Mitsutake, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto

    Biopolymers (Peptide Science)   60 巻   頁: 96-123   2001年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  183. Replica-exchange simulated tempering method for simulations of frustrated systems 査読有り

    Ayori Mitsutake and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   332 巻   頁: 131-138   2000年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  184. タンパク質立体構造形成における溶媒効果 査読有り

    木下正弘、岡本祐幸、平田文男

    生物物理(日本生物物理学会誌)   40 巻   頁: 374-378   2000年12月

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    記述言語:日本語  

  185. Multicanonical algorithm combined with the RISM theory for simulating peptides in aqueous solution 査読有り

    Ayori Mitsutake, Masahito Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Chemical Physics Letters   329 巻   頁: 295-303   2000年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  186. Multidimensional replica-exchange method for free-energy calculations 査読有り

    Yuji Sugita, Akio Kitao, and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   113 巻   頁: 6042-6051   2000年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  187. Replica-exchange multicanonical algorithm and multicanonical replica-exchange method for simulating systems with rough energy landscape 査読有り

    Yuji Sugita and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   329 巻   頁: 261-270   2000年10月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  188. 立体構造予測シミュレーション 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    生物物理(日本生物物理学会誌) 特集「ゲノム情報科学の新展開―生物物理の立場から」内   40 巻   頁: 308-309   2000年10月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  189. Helix-coil transitions of amino-acid homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical simulations 査読有り

    Ayori Mitsutake and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics   112 巻   頁: 10638-10647   2000年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  190. Peptide conformations in alcohol and water: analyses by the reference interaction site model theory 査読有り

    Masahito Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumo Hirata

    Journal of American Chemical Society   122 巻   頁: 2773-2779   2000年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  191. First-principles protein folding simulations 査読有り

    Yuko Okamoto

    Molecular Simulation   24 巻   頁: 351-368   2000年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  192. An analysis on protein folding problem by replica-exchange method 査読有り

    Yuji Sugita and Yuko Okamoto

    Progress of Theoretical Physics Supplement   138 巻   頁: 402-403   2000年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  193. Protein folding simulations by simulated annealing and generalized-ensemble algorithms 査読有り

    Yuko Okamoto

    Progress of Theoretical Physics Supplement   138 巻   頁: 301-310   2000年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  194. Replica exchange Monte Carlo method for Ar fluid 査読有り

    Takeshi Nishikawa, Hiroshi Ohtsuka, Yuji Sugita, Masuhiro Mikami, and Yuko Okamoto

    Progress of Theoretical Physics Supplement   138 巻   頁: 270-271   2000年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  195. Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding 査読有り

    Yuji Sugita and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   314 巻   頁: 141-151   1999年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  196. Classification of low-energy conformations of Met-enkephalin in the gas phase and in a model solvent based on the extended scaled particle theory 査読有り

    Ayori Mitsutake, Masayuki Irisa, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Bulletin of the Chemical Society of Japan   72 巻 ( 08 ) 頁: 1717-1729   1999年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  197. The folding funnel landscape for the peptide Met-enkephalin 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann, Yuko Okamoto, and Jose N. Onuchic

    PROTEINS: Structure, Function, and Genetics   34 巻   頁: 472-483   1999年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  198. Electrostatic effects on the alpha-helix and beta-strand formation of BPTI(16-36) studied by Monte Carlo simulated annealing 査読有り

    Takashi Nakazawa and Yuko Okamoto

    Journal of Peptide Research   54 巻   頁: 230-236   1999年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  199. Alpha-Helix propensities of homo-oligomers in aqueous solution studied bymulticanonical algorithm 査読有り

    Ayori Mitsutake and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   309 巻   頁: 95-100   1999年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  200. Effects of side-chain charges on alpha-helix stability in C-peptide of ribonuclease Astudied by multicanonical algorithm 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    The Journal of Physical Chemistry B   103 巻   頁: 1595-1604   1999年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  201. Analysis on conformational stability of C-peptide of ribonuclease A in water using the reference interaction site model theory and Monte Carlo simulated annealling 査読有り

    Masahiro Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Journal of Chemical Physics   110 巻   頁: 4090-4100   1999年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  202. Beta-Sheet formation in BPTI(16-36) by Monte Carlo simulated annealing 査読有り

    Yuko Okamoto, Masato Masuya, Miho Nabeshima, and Takashi Nakazawa

    Chemical Physics Letters   299 巻   頁: 17-24   1999年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  203. Finite-size scaling of helix-coil transitions in poly-alanine studied bymulticanonical simulations (vol 110,pg 1267, 1999) 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Journal of Chemical Physics .   111 巻 ( 3 ) 頁: 1339-1339   1999年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1063/1.479320

  204. Tackling the multiple-minima problem in protein folding by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms 査読有り

    Yuko Okamoto

    International Journal of Modern Physics   C10 巻   頁: 1571-1582   1999年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  205. New Monte Carlo algorithms for protein folding 招待有り 査読有り

    U.H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Current Opinion in Structural Biology   9 巻   頁: 177-183   1999年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  206. Tackling the protein folding problem by a generalized-ensemble approach with Tsallis statistics 招待有り 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Brazilian Journal of Physics (special issue "Nonextensive statistical mechanics and themodynamics)   29 巻   頁: 187-198   1999年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  207. Stochastic dynamics simulations in a new generalized ensemble 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann, Frank Eisenmenger, and Yuko Okamoto

    Chemical Physics Letters   297 巻   頁: 374-382   1998年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  208. 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    物性研究   71 巻   頁: 335-347   1998年12月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  209. Singular behavior of the reference interaction site model theory observed for peptide in salt solution 査読有り

    Masahiro Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Chemical Physics Letters   297 巻   頁: 433-438   1998年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  210. Calculation of solvation free energy using RISM theory for peptide in salt solution 査読有り

    Masahiro Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fimio Hirata

    Journal of Computational Chemistry   19 巻 ( 15 ) 頁: 1724-1735   1998年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  211. モンテカルロシミュレーションによるタンパク質の立体構造予測 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    生物物理(日本生物物理学会誌)   38 巻   頁: 203-207   1998年10月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  212. モンテカルロシミュレーションで探るタンパク質の折り畳み機構 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    物性研究   70 巻   頁: 719-742   1998年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  213. 複雑な系を解く新しいサンプル法 ―マルチカノ二カル分子動力法 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    化学「1998年の化学(注目の論文)」内   53 巻   頁: 66-67   1998年9月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  214. Tertiary structure prediction of C-peptide of ribonuclease A by multicanonical algorithm 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    The Journal of Physical Chemistry   B102 巻   頁: 653-656   1998年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  215. Towards the prediction of protein tertiary structures from first principles 査読有り

    Yuko Okamoto

    Physica A   254 巻   頁: 7-14   1998年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  216. Protein folding problem as studied by New simulation algorithms 招待有り 査読有り

    Yuko Okamoto

    Recent Research Developments in Pure & Applied Chemistry   2 巻   頁: 1-23   1998年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語  

  217. Temperature dependence of distributions of conformations of a small peptide 査読有り

    Ayori Mitsutake, U.H.E. Hansmann, and Yuko Okamoto

    Journal of Molecular Graphics and Modelling   16 巻   頁: 226-238, 262-263   1998年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  218. First-principle determination of peptide conformations in solvents: combinationof Monte Carlo simulated annealing and RISM theory 査読有り

    Masahito Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Journal of American Chemical Society   120 巻   頁: 1855-1863   1997年12月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  219. Characteristic temperatures of folding of a small peptide 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann, Masato Masuya, and Yuko Okamoto

    Proceedings of National Academy of Sciences USA   94 巻   頁: 10652-10656   1997年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  220. Generalized-ensemble Monte Carlo method for systems with rough energylandscape 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Physical Review E   56 巻   頁: 2228-2233   1997年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  221. Solvation structure and stability of peptides in aqueous solutions analyzedby the reference interaction site model theory

    Masahito Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Journal of Chemical Physics   107 巻   頁: 1586-1599   1997年4月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  222. Calculation of hydration free energy for a solute with many atomic sitesusing the RISM theory: robust and efficient algorithm 査読有り

    Masahito Kinoshita, Yuko Okamoto, and Fumio Hirata

    Journal of Computational Chemistry   18 巻 ( 10 ) 頁: 1320-1326   1997年2月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  223. 最適化アルゴリズムとタンパク質の立体構造決定 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    JCPE (Japan Chemistry Program Exchange) Newsletter   9 巻 ( 3 ) 頁: 3-18   1997年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  224. Monte Carlo simulations in generalized ensemble: multicanonical algorithm versus simulated tempering 査読有り

    U.H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Physical Review E   54 巻   頁: 5863-5865   1996年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  225. 最適化と蛋白質の立体構造予測シミュレーション 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    数理科学 特集「計算物理学最前線」内   401 巻   頁: 66-73   1996年11月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  226. Numerical comparisons of three recently proposed algorithms in theprotein folding problem 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   18 巻 ( 07 ) 頁: 920-933   1996年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  227. Molecular dynamics, Langevin and hybrid Monte Carlo simulationsin a multicanonical ensemble 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann, Yuko Okamoto, and Frank Eisenmenger

    Chemical Physics Letters   259 巻 ( 3-4 ) 頁: 321-330   1996年9月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  228. A method for calculating the eigenvalues of large Hermitian matrices bysecond-order recursion formulae 査読有り

    Ayori Mitsutake, Toshiaki Iitaka, and Yuko Okamoto

    Computer Physics Communications   96 巻   頁: 217-231   1996年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  229. 第一原理からのタンパク質立体構造予測へ向けて 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    日本物理学会誌   51 巻   頁: 279-287   1996年4月

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  230. Thermodynamics of helix-coil transitions in amino-acid and homopolymers studied by multicanonical algorithms 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Nuclear Physics (Proc. Suppl.)   B47 巻   頁: 842-845   1996年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  231. Alpha-Helix propensities of amino acids studied by multicanonical algorithm 査読有り

    Yuko Okamoto, Ulrich H.E. Hansmann, and Takashi Nakazawa

    Chemistry Letters   1995 巻   頁: 391-392   1995年3月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  232. Thermodynamics of helix-coil transitions studied by multicanonical algorithms 査読有り

    Yuko Okamoto and Ulrich H.E. Hansmann

    The Journal of Physical Chemistry   99 巻 ( 28 ) 頁: 11276-11287   1995年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  233. Comment on "Monte Carlo simulation of a first-order transition for protein folding" 査読有り

    Bernd A. Berg, Ulrich H.E. Hansmann, and Yuko Okamoto

    The Journal of Physical Chemistry   99 巻 ( 07 ) 頁: 2236-2237   1995年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  234. Multicanonical approach in statistical mechanics of peptides 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Nuclear Physics (Proc. Suppl.)   B42 巻   頁: 914-916   1995年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  235. Sampling ground-state configurations of a peptide by multicanonical annealing 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Journal of the Physical Society of Japan   63 巻   頁: 3945-3949   1994年11月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  236. Dependence on the dielectric model and pH in a synthetic helical peptide studied by Monte Carlo simulated annealing 査読有り

    Yuko Okamoto

    Biopolymers   34 巻   頁: 529-539   1994年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  237. スーパーコンピューターによる物理学:素粒子論から蛋白工学まで 査読有り

    岡本祐幸

    物性研究   62 巻   頁: 231-248   1994年5月

     詳細を見る

    記述言語:日本語  

  238. Helix-forming tendencies of nonpolar amino acids predicted by Monte Carlo simulated annealing 査読有り

    Yuko Okamoto

    PROTEINS: Structure, Function, and Genetics   19 巻   頁: 14-23   1994年1月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  239. Comparative study of multicanonical and simulated annealing algorithms in theprotein folding problem 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Physica A   212 巻   頁: 415-437   1994年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  240. A multicanonical study of the protein folding problem 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    International Journal of Modern Physics   C5 巻   頁: 271-273   1994年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  241. Approaching the protein folding problem 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann, Yuko Okamoto, and M. Katoot

    Nuclear Physics (Proc. Suppl.)   B34 巻   頁: 792-794   1994年

     詳細を見る

    記述言語:英語  

  242. Generalized Einstein theory on solar and galactic scales

    Masakatsu Kenmoku, Yuko Okamoto, and Kazuyasu Shigemoto

    Physical Review D   48 巻   頁: 578-582   1993年7月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  243. Prediction of peptide conformation by multicanonical algorithm: new approachto the multiple-minima problem 査読有り

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto

    Journal of Computational Chemistry   14 巻   頁: 1333-1338   1993年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  244. Rotation curves of spiral galaxies and large scale structure of universe undergeneralized Einstein action 査読有り

    Masakatsu Kenmoku, Eriko Kitajima, Yuko Okamoto, and Kazuyasu Shigemoto

    International Journal of Modern Physics D   2 巻   頁: 123-133   1993年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  245. A novel algorithm for calculation of extreme eigenvalues of large Hermitian matrices 査読有り

    Yuko Okamoto and Humphrey J. Maris

    Computer Physics Communications   76 巻   頁: 191-202   1993年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  246. ペプチドの立体構造シミュレーション:徐冷モンテカルロ法による構造予測特集 『蛋白工学とコンピューター』内 招待有り 査読有り

    岡本祐幸

    CICSJ Bulletin 日本化学会情報化学部会誌   11 巻   頁: 5-9   1993年

     詳細を見る

    担当区分:筆頭著者   記述言語:日本語  

  247. Alpha-Helix structure of parathyroid hormone fragment [1-34] predicted by Monte Carlo simulated annealing 査読有り

    Yuko Okamoto, Takeshi Kikuchi, Takashi Nakazawa, and Hikaru Kawai

    International Journal of Peptide and Protein Research   42 巻   頁: 300-303   1993年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  248. Beta-Sheet folding of fragment [16-36] of bovine pancreatic trypsin inhibitor as predicted by Monte Carlo simulated annealing 査読有り

    Takashi Nakazawa, Hikaru Kawai, Yuko Okamoto, and Masataka Fukugita

    Protein Engineering   5 巻   頁: 495-503   1992年9月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  249. On existence of non-renormalizable field theory: pure SU(2) lattice gaugetheory in five dimensions 査読有り

    Hikaru Kawai, Makiko Nio, and Yuko Okamoto

    Progress of Theoretical Physics   88 巻 ( 02 ) 頁: 341-350   1992年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  250. Protein structure predictions with Monte Carlo simulated annealing: case for the beta-sheet 査読有り

    Yuko Okamoto, Masataka Fukugita, Hikaru Kawai, and Takashi Nakazawa

    Nuclear Physics (Proc. Suppl.)   B26 巻   頁: 659-662   1992年

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    記述言語:英語  

  251. Prediction of low-energy structures of Met-enkephalin by Monte Carlosimulated annealing 査読有り

    Yuko Okamoto, Takeshi Kikuchi, and Hikaru Kawai

    Chemistry Letters   1992 巻 ( 07 ) 頁: 1275-1278   1992年

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  252. Alpha-Helix folding by Monte Carlo simulated annealing in isolated C-peptide ofribonuclease A 査読有り

    Yuko Okamoto, Masataka Fukugita, Takashi Nakazawa, and Hikaru Kawai

    Protein Engineering   4 巻   頁: 639-647   1991年8月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  253. Asymptotic photon propagator and higher-order QED Callan-Symanzik beta function 査読有り

    Hikaru Kawai, Toichiro Kinoshita, and Yuko Okamoto

    Physics Letters B   260 巻   頁: 193-198   1991年5月

     詳細を見る

    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  254. Prediction of alpha-helix folding of isolated C-peptide of ribonuclease A by MonteCarlo simulated annealing 査読有り

    Hikaru Kawai, Yuko Okamoto, Masataka Fukugita, Takashi Nakazawa, and Takeshi Kikuchi

    Chemistry Letters   1991 巻   頁: 213-216   1991年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  255. Asymptotic photon propagator in massive QED and the muon anomalous magnetic moment 査読有り

    Toichiro Kinoshita, Hikaru Kawai, and YukoOkamoto

    Physics Letters B   254 巻   頁: 235-240   1991年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  256. Monte Carlo simulation for folded structure of peptides 査読有り

    Masataka Fukugita, Hikaru Kawai, Takashi Nakazawa, and Yuko Okamoto

    Nuclear Physics (Proc. Suppl.)   B20 巻   頁: 766-770   1991年

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    記述言語:英語  

  257. Monte Carlo simulated annealing prediction of alpha-helix propensity of amino acid homopolymers 査読有り

    Masataka Fukugita, Takashi Nakazawa, Hikaru Kawai, and Yuko Okamoto

    Chemistry Letters   1991 巻 ( 07 ) 頁: 1279-1282   1991年

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  258. Eighth-order QED contribution to the anomalous magnetic moment of the muon 査読有り

    Toichiro Kinoshita, Bene Nižić, and Yuko Okamoto

    Physical Review D   41 巻   頁: 593-610   1990年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  259. A prediction of tertiary structures of peptide by the Monte Carlo simulated annealing method 査読有り

    Hikaru Kawai, Takeshi Kikuchi, and Yuko Okamoto

    Protein Engineering   3 巻   頁: 85-94   1989年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  260. Are 't Hooft indices constrained in preon models with complementarity? 査読有り

    Yuko Okamoto

    Physical Review D   39 巻   頁: 1798-1801   1989年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  261. Möbius and super-möbius gauge fixing for the closed string amplitudes on the disk 査読有り

    Masakatsu Kenmoku, Yuko Okamoto, and Kazuyasu Shigemoto

    Physics Letters B   213 巻   頁: 160-164   1988年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  262. On possible global symmetries in superstring inspired supersymmetric models 査読有り

    Yuko Okamoto and Ktsuji Yamamoto

    Physics Letters   B191 巻   頁: 103-108   1987年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  263. Constraint on 't Hooft indices in preon models with complementarity 査読有り

    Yuko Okamoto and Robert E. Marshak

    Physical Review D   34 巻   頁: 3923-3924   1986年12月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  264. A grand unification preon model with E6 metacolor 査読有り

    Yuko Okamoto and Robert E. Marshak

    Nuclear Physics   B268 巻   頁: 397-405   1986年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  265. Complementarity in preon models with E6 metacolor 査読有り

    J.-M. Gerard, Yuko Okamoto, and Robert E. Marshak

    Physics Letters   B169 巻   頁: 386-391   1986年4月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  266. The E6 X SO(10) preon model based on global SU(18) color-flavor 査読有り

    Yuko Okamoto and Robert E. Marshak

    Physics Letters B   162 巻   頁: 333-334   1985年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  267. Hadronic contributions to the anomalous magnetic moment of the muon 査読有り

    Toichiro Kinoshita, Bene Nižić, and Yuko Okamoto

    Physical Review D   31 巻   頁: 2108-2119   1985年10月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  268. Improved theory of the muon anomalous magnetic moment 査読有り

    Toichiro Kinoshita, Bene Nižić, and Yuko Okamoto

    Physical Review Letters   52 巻   頁: 717-719   1984年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

  269. Entropy of planar random surfaces on the lattice 査読有り

    Hikaru Kawai and Yuko Okamoto

    Physics Letters B   130 巻   頁: 415-419   1983年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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書籍等出版物 37

  1. Optimizations of protein force fields in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes 査読有り

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto (edited by Adam Liwo)( 担当: 共著)

    Springer Berlin Heidelberg  2019年  ( ISBN:978-3319958422

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    記述言語:英語 著書種別:学術書

  2. Conformational Dynamics of Oligosaccharides Characterized by Paramagnetism-Assisted NMR Spectroscopy in Conjunction with Molecular Dynamics Simulation, in Biochemical Roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules

    Ying Zhang, Takumi Yamaguchi, Tadashi Satoh, Maho Vagi-Utsumi, Yukiko Kamiya, Yoshitake Sakae, Yuko Okamoto, and Koichi Kato (edited by Abhijit Chakrabarti and Avadhesha Surolia) ( 担当: 共著)

    Springer  2015年  ( ISBN:978-3-319-11279-4

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    記述言語:英語

  3. Optimizations of protein force fields in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto (edited by Adam Liwo)( 担当: 共著)

    Springer Berlin Heidelberg  2014年  ( ISBN:978-3-642-28553-0

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    記述言語:英語

    Book Subtitle
    From Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics

  4. Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms, in Advances in Experimental Medicine and Biology

    Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto (edited by Ke-li Han, Xin Zhang, and Ming-jun Yang)( 担当: 共著)

    Springer, Berlin  2013年12月  ( ISBN:978-3-319-02970-2

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    記述言語:英語

  5. Enhanced sampling algorithms, in Biomolecular Simulations: Methods and Protocols

    Ayori Mitsutake, Yoshiharu Mori, and Yuko Okamoto (edited by L. Monticelli and E. Salonen)( 担当: 共著)

    Humana Press  2013年10月 

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    記述言語:英語

  6. 「生体分子の動きを探るー揺らぎと生体機能ー」 PartⅢ 生体分子反応、第12章「フォールデイングダイナミクス」12.2節

    岡本祐幸(寺嶋正秀 編集)( 担当: 単著)

    化学同人  2013年9月 

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    記述言語:日本語

    DOJIN BIOSCIENCEシリーズ

  7. 拡張アンサンブル法 「計算科学講座」第9巻「超多自由度系の最適化」第2章

    岡本祐幸(古橋武、笹井理生 編集)( 担当: 単著)

    共立出版  2013年5月 

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    記述言語:日本語

  8. Ligand docking simulations by generalized-ensemble algorithms

    Y. Okamoto, H. Kokubo, and T. Tanaka (edited by T. Karabencheva-Christova) ( 担当: 共著)

    Academic Press, Burlington, 2013(Advances in Protein Chemistry and Structural Biology)  2013年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  9. Salt Effects on Folding of Villin Headpiece Subdomain HP36 Studied by Generalized-Ensemble Simulations in Models in Bioscience and Materials Research: Molecular Dynamics and Related Techniques

    Takao Yoda, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto (edited by Kholmirzo T. Kholmurodov)( 担当: 共著)

    Nova Science, Hauppauge  2013年  ( ISBN:978-1-62808-052-0

     詳細を見る

    記述言語:英語

    Proceedings of the 5th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'12 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"

  10. Generalized isobaric-isothermal ensemble algorithms, in From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB11) - Celebrating Harold Scheraga's 90th Birthday

    Yoshiharu Mori and Yuko Okamoto (edited by P. Carloni, U. Hansmann, T. Lippert, S. Mohanty, W. Nadler, and O. Zimmermann)( 担当: 共著)

    John von Neumann Institute for Computing  2012年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  11. Generalized-ensemble algorithms for simulations of complex molecular systems, in Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends

    Hisashi Okumura, S.G. Itoh, and Yuko Okamoto (edited by J. Leszczynski and M.K. Shukla)( 担当: 共著)

    Springer  2012年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  12. Generalized-ensemble simulations in protein science, in Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"

    Yoshiharu Mori, Ayori Mitsutake, and Yuko Okamoto (edited by K. Kholmurodov)( 担当: 共著)

    Nova Science  2011年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  13. Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding, in Water and Biomolecules

    Yuko Okamoto (edited by K. Kuwajima, Y. Goto, F. Hirata, M. Kataoka, and M. Terazima)( 担当: 単著)

    Springer-Verlag  2009年5月 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  14. Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions, in Proceedings of International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences 2009 (ICCES'09)

    Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto (edited by W.H. Chen and S.N. Atluri)( 担当: 共著)

    Tech Science Press  2009年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    Proceedings article entitled "Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions" from The 2009 International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences, ICCES'09.

  15. Generalized-ensemble algorithms for protein folding simulations, in Lecture Notes in Physics Rugged Free Energy Landscapes: Common Computational Approaches to Spin Glasses, Structural Glasses and Biological Macromolecules

    Yuji Sugita, Ayori Mitsutake, and Yuko Okamoto (edited by W. Janke)( 担当: 共著)

    Springer-Verlag  2008年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  16. ナノメディシン 第3-5章「分子動力学シミュレーションによる生体情報系疾患機構解明」

    岡本祐幸 (宇理須恒雄 編集)( 担当: 単著)

    オ-ム社  2008年 

     詳細を見る

    記述言語:日本語

    「ナノメディシン」という本の第3-5章「コンピュータで巨大分子の形や性質を予測する」を執筆。

  17. 生物物理学ハンドブック

    岡本祐幸(石渡信一、桐野勲、桐野豊、美宅成樹 編集)( 担当: 単著)

    朝倉書店  2007年 

     詳細を見る

    記述言語:日本語

    生物物理学の事典の第8章に「タンパク質立体構造の第一原理からの予測法」という項目を書いた。

  18. バイオインフォマティクス事典

    岡本祐幸(日本バイオインフォマティクス学会 編集)( 担当: 単著)

    共立出版  2006年 

     詳細を見る

    記述言語:日本語

    「バイオインフォマティクス事典」の2つの項目「相転移」と「非平衡系」を担当した。

  19. タンパク質の事典

    岡本祐幸(石渡信一、桐野勲、桐野豊、美宅成樹 編集)( 担当: 単著)

    朝倉書店  2006年 

     詳細を見る

    記述言語:日本語

    「タンパク質の事典」の「へリックス・コイル転移理論」の項目を担当した。

  20. 分子科学者が挑む12の謎第11章「コンピューターで巨大分子の形や性質を予測する」

    永瀬茂、岡本祐幸(分子科学研究所30周年記念委員会 編集)( 担当: 共著)

    化学同人  2005年 

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    記述言語:日本語

    この本の第11章「コンピュータで巨大分子の形や性質を予測する」を執筆。

  21. Mega process genetic algorithm using grid MP, in Lecture Notes in Computer Science: Grid Computing in Life Science

    Yoshiko Hanada, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, and Yuko Okamoto (edited by A.Konagaya and K. Satou)( 担当: 共著)

    Springer-Verlag  2005年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

  22. Generalized-ensemble Monte Carlo algorithms for simulations of proteins, in Slow Dynamics in Complex Systems (AIP Conference Proc. Vol.708)

    Ayori Mitsutake, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto (edited by M. Tokuyama and I. Oppenheim)( 担当: 共著)

    American Institute of Physics  2004年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    Proceedings article entitled "Generalized-ensemble Monte Carlo algorithms for simulations of proteins" from an international symposium.

  23. Free energy calculations of the stacked and unstacked states for DNA dimers by replica-exchange umbrella sampling, in Slow Dynamics in Complex Systems (AIP Conference Proc. Vol.708)

    Katsumi Murata, Yuji Sugita, and Yuko Okamoto (edited by M. Tokuyama and I. Oppenheim)( 担当: 共著)

    American Institute of Physics  2004年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    Proceedings article entitled "Free energy calculations of the stacked and unstacked states for DNA dimers by replica-exchange umbrella sampling" from an international symposium.

  24. Metropolis algorithms in generalized ensemble, in The Monte Carlo Method in the Physical Sciences: Celebrating the 50th Anniversary of the Metropolis Algorithm

    Yuko Okamoto (edited by J.E. Gubernatis)( 担当: 単著)

    American Institute of Physics  2003年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    Proceedings article entitled "Metropolis algorithms in generalized ensemble" from an anniversary symposium.

  25. 先端化学シリーズIV:理論・計算化学 クラスター スペースケミストリー 「生命現象に計算化学がどこまで迫れるか」

    岡本祐幸(日本化学会編集)( 担当: 共著)

    丸善  2003年 

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    記述言語:日本語

    日本化学会の先端ウォッチング調査「21世紀の化学の潮流を探る」における講演内容の縮小版で、日本化学会125周年記念刊行として出版されたものである。

  26. 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」

    岡本祐幸(岡崎進・岡本祐幸 編集)( 担当: 単著)

    化学同人  2002年12月 

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    記述言語:日本語

    生体系の計算機シミュレーションについての総説集。全体を編集するとともに、第2章と第7章を執筆。

  27. Free-energy calculations in protein folding by generalized-ensemble algorithms, in Lecture Notes in Computational Science and Engineering: Computational Methods for Macromolecules: Challenges and Applications

    Yuji Sugita and Yuko Okamoto (edited by T. Schlick and H.H. Gan)( 担当: 共著)

    Springer-Verlag  2002年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    A review article entitled "Free-energy calculations in protein folding by generalized-ensemble algorithms" is contributed to this book as a chapter.

  28. Protein folding simulations by a generalized-ensemble algorithm based on Tsallis statistics, in Lecture Notes in Physics: Nonextensive Statistical Mechanics and Its Applications

    Yuko Okamoto and Ulrich H.E. Hansmann (edited by S. Abe and Y. Okamoto)( 担当: 共著)

    Springer-Verlag  2001年 

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    記述言語:英語

    Eight lecture notes on nonextensive statistical mechanics, especially, Tsallis statistics, are presented. I edited the book with S. Abe and wrote Ch. VⅢ.

  29. Protein folding: generalized-ensemble algorithms in protein folding, in Encyclopedia of Optimization

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto (edited by C.A. Floudas and P.M. Pardalos)( 担当: 共著)

    Kluwer Academic  2001年 

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    記述言語:英語

    A review article entitled "Protein folding: generalized-ensemble algorithms in protein folding" is contributed to this encyclopedia as a chapter.

  30. Monte Carlo simulated annealing in protein folding, in Encyclopedia of Optimization

    Yuko Okamoto (edited by C.A. Floudas and P.M. Pardalos)( 担当: 単著)

    Kluwer Academic  2001年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    A review article entitled "Monte Carlo simulated annealing in protein folding" is contributed to this encyclopedia.

  31. Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and multicanonical algorithm, in Optimization in Computational Chemistry and Molecular Biology

    Yuko Okamoto (edited by C.A. Floudas and P.M. Pardalos)( 担当: 単著)

    Kluwer Academic  2000年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    Proceedings article entitled "Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and multicanonical algorithm" from a symposium.

  32. The generalized-ensemble approach for protein folding simulations, in Annual Reviews of Computational Physics VI

    Ulrich H.E. Hansmann and Yuko Okamoto (edited by D. Stauffer)( 担当: 共著)

    World Scientific  1999年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    A review article entitled, "The generalized-ensemble approach for protein folding simulations," is contributed as a chapter of the book.

  33. Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms, in Old and New Views of Protein Folding

    Yuko Okamoto (edited by K. Kuwajima and M. Arai)( 担当: 単著)

    Elesevier Science  1999年 

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    記述言語:英語

    Proceedings article entitled "Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms" from a Taniguchi Symposium.

  34. Ab initio predictions of three-dimensional strucutres of proteins by Monte Carlo simulations in Electronic Proceedings, http://www.scri.fsu.edu/MCatSCRI/proceedings

    Yuko Okamoto( 担当: 単著)

    Florida State University, Tallahassee  1999年 

     詳細を見る

    記述言語:英語

    B.A. Berg, H. Meirovitch, M.A. Novotny, and P.A. Rikvold (eds.)

  35. Generalized ensemble simulation of peptides and proteins

    U.H.E. Hansmann and Yuko. Okamoto( 担当: 共著)

    Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics X Springer-Verlag, Berlin  1997年 

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    記述言語:英語

    D.P. Landau, K.K. Mon, and H.-B. Schüttler (eds.)

  36. A multicanonical study of nonpolar amino acids

    U.H.E. Hansmann and Yuko. Okamoto( 担当: 共著)

    Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics VII Springer-Verlag, Berlin  1994年 

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    記述言語:英語

    D.P. Landau, K.K. Mon, and H.-B. Schüttler (eds.)

  37. Prediction of peptide conformation by the multicanonical algorithm

    U.H.E. Hansmann and Yuko. Okamoto (edited by D.P. Landau, K.K. Mon, and H.-B. Schuettler)( 担当: 共著)

    Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics VI Springer-Verlag, Berlin  1993年 

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    記述言語:英語

    D.P. Landau, K.K. Mon, and H.-B. Schüttler (eds.)

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講演・口頭発表等 240

  1. Generalized-ensemble simulation methods for complex spin and molecular systems 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    Focused Lectures on Molecular Modeling and Theory  2019年11月7日 

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    開催年月日: 2019年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:KAIST, Daejeon   国名:大韓民国  

  2. Enhanced sampling techniques for classical and quantum molecular simulations 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 5th International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2019) 

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    開催年月日: 2019年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:大韓民国  

  3. Enhanced sampling methods for complex spin and molecular systems 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    Molecular Simulation 2019 Meeting 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Hangzhou, China   国名:中華人民共和国  

  4. Enhanced sampling simulations for water and biomolecules 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 10th Toyota RIKEN International Workshop on Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Nagakute, Aichi, Japan   国名:日本国  

  5. Enhanced sampling methods for classical and quantum simulations 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 4th International Conference on Computational Science and Engineering (ICCSE-4) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    開催地:Ho Chi Minh City, Vietnam   国名:ベトナム社会主義共和国  

  6. Enhanced sampling techniques for free energy calculations 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    Free Energy Calculations: Entering the Fourth Decade of Adventure in Chemistry and Biophysics 

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    開催年月日: 2019年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Santa Fe, NM, USA   国名:アメリカ合衆国  

  7. 効率的立体構造探索法による生体分子シミュレーション 招待有り

    岡本祐幸

    平成30年度第2回構造生物学研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  8. Enhanced sampling techniques to study fluctuations and dynamics in molecular systems 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Himakajima Workshop 2019 Spring 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Telluride, Colorado, U.S.A.   国名:日本国  

  9. Enhanced sampling techniques to study fluctuations and dynamics in molecular systems 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Telluride Workshop: The Role of Fluctuations and Dynamics in Biomolecular Function 

     詳細を見る

    開催年月日: 2019年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Telluride, Colorado, U.S.A.   国名:アメリカ合衆国  

  10. Classical and quantum simulations in generalized ensemble 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Energy Landscapes 2018 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Kalamata, Greece   国名:ギリシャ共和国  

  11. Enhanced sampling methods for spin systems and biomolecular systems 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    XXX IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2018 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年7月 - 2018年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Davis, California, U.S.A.   国名:アメリカ合衆国  

  12. Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions 

     詳細を見る

    開催年月日: 2018年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Hamamatsu, Japan   国名:日本国  

  13. Classical and quantum molecular simulations in generalized ensemble 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    International Workshop on Molecular Simulations 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Nanjing, China   国名:中華人民共和国  

  14. Generalized-ensemble algorithms for materials and biomolecular simulations 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS2017) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    開催地:St. Petersburg, Russia   国名:ロシア連邦  

  15. Generalized-ensemble algorithms for advanced materials simulations 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    IUMRS-ICAM 2017, The 15th International Conference on Advanced Materials 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年8月 - 2017年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Kyoto, Japan,   国名:日本国  

  16. Biomolecular simulations in generalized ensemble 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    Frontier Bioorganization Forum 2017: Dynamical Ordering and Integrated Functions of Biomolecular Systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Taipei, Taiwan   国名:台湾  

  17. Energy landscape of biomolecular systems studied by generalized-ensemble simulations 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Energy Landscapes 2017 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Goa, India   国名:インド  

  18. Efficient Sampling Methods for Classical and Quantum Simulations 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    TSRC Workshop: Chemistry & Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  19. Biomolecular simulations in generalized ensemble 招待有り 国際会議

    Yuko Okamoto

    Frontier Bioorganization Forum 2017 Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2017年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  20. Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 16th KIAS Protein Folding Winter School 

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    開催年月日: 2017年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:High 1 Resort, Korea   国名:大韓民国  

  21. Enhanced sampling methods for classical and quantum molecular simulations 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:Gyeongju, Korea   国名:大韓民国  

  22. Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum molecular simulations 招待有り 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 4th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2016) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    開催地:Shanghai, China   国名:中華人民共和国  

  23. Generalized-ensemble algorithms and free energy calculations 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Symposium "Free Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations Based on Enhanced Conformational Sampling Algorithms"  

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  24. Energy landscape explored by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Energy Landscapes: Theory and Applications (ELAND 2016) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年6月 - 2016年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  25. Generalized-ensemble simulations of complex systems 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  26. Protein dynamics studied by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 251st American Chemical Society National Meeting Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division "30 Years of Protein Dynamics in Silico" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2016年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  27. 「拡張アンサンブル法による複雑系の計算機シミュレーション」

    岡本祐幸

    国際高等研究所 研究プロジェクト 「分子基盤に基づく生体機能ネットワークとダイナミクス の解明」第5回研究会 

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    開催年月日: 2016年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:京都府木津川市   国名:日本国  

  28. Enhanced sampling methods for exascale computational chemistry 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM2015) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

    Symposium under the Physical, Theoretical & Computational Session "Challenges and Opportunities for Exascale Computational Chemistry"

  29. Generalized-ensemble algorithms for enhanced configurational sampling 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Algorithms in Structural Bioinformatics: Sampling in Biomacromolecular Systems (AlgoSB Winter School - 2015) 

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    開催年月日: 2015年11月 - 2015年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  30. 拡張アンサンブル法による量子化学シミュレーション

    岡本祐幸

    分子研研究会「理論計算分子科学ワークショップ」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:岡崎市、日本   国名:日本国  

  31. Generalized-ensemble simulations of classical and quantum molecular systems 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 6th Japan-Czech-Slovak International Symposium on Theoretical Chemistry 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:スロバキア共和国  

  32. Generalized-ensemble simulations 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Hands-on Workshop on Computational Biophysics at Okazaki 

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    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  33. 古典系および量子系の拡張アンサンブルシミュレーション

    岡本祐幸

    スーパーコンピュータワークショップ 

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    開催年月日: 2015年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:岡崎市、日本   国名:日本国  

  34. Generalized-ensemble simulations of complex systems 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    2015 NCTS International Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  35. Generalized-ensemble algorithms for calculations of ligand binding affinity 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    BIRS Workshop: Free-Energy Calculations. A Mathematical Perspective 

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    開催年月日: 2015年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:メキシコ合衆国  

  36. Generalized-ensemble algorithms for enhanced sampling and free energy calculations 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    Summer Snowmass Biophysics Workshop Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  37. Efficient sampling methods for identifying transition states 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  38. Efficient sampling methods for complex systems 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 19th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE19) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:タイ王国  

  39. Generalized-ensemble algorithms for simulations of spin and bimolecular systems 国際会議

    Yuko OKAMOTO

    The 28th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2015年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  40. 拡張アンサンブル法による生体分子シミュレーション

    岡本祐幸

    バイオスーパーコンピューティング名古屋2015 

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    開催年月日: 2015年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:名古屋市、日本   国名:日本国  

  41. Lecture 1: An introduction to replica-exchange molecular dynamics simulation Lecture 2: Generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 11th Thai Summer School of Computational Chemistry 2015 Workshop: Replica Exchange Molecular Dynamics Simulation 

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    開催年月日: 2015年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:タイ王国  

  42. Protein folding and ligand binding simulations by generaized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulation 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  43. 分子シミュレーションにおける拡張アンサンブル法

    岡本祐幸

    第8回分子シミュレーションスクール -基礎から応用までー 

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    開催年月日: 2014年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:岡崎市、日本   国名:日本国  

  44. Protein folding and unfolding simulations by generalized-ensemble algorithms [Keynote Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences (DSCMBS-2014) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:タジキスタン共和国  

  45. Drug design by generalized-ensemble simulations [Keynote Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 6th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS-2014) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:ロシア連邦  

  46. Enhanced Sampling Techniques for Spin and Biomolecular Simulations

    Yuko OKAMOTO

    RIKEN Theoretical Science Colloquium 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  47. Computer simulations of protein folding, ligand binding, and proton transfer 国際会議

    Yuko Okamoto

    2nd International Conference on Computational Science and Engineering (2nd ICCSE 2014) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ベトナム社会主義共和国  

  48. Enhanced configurational sampling methods for spin systems and biomolecular systems[Plenary Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    XXVI IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2014 

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    開催年月日: 2014年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:アメリカ合衆国  

  49. Enhanced sampling techniques for spin and biological systems 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications  

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:スペイン  

  50. 生体分子集団の相互作用と自由エネルギー計算

    岡本祐幸

    第14回日本蛋白質科学会年会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:横浜市、日本   国名:日本国  

  51. Reweighting techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 13th KIAS Protein Folding Winter School 

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  52. Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions  

     詳細を見る

    開催年月日: 2014年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  53. Computer modeling of complex systems by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 2013 Hong Kong Workshop in Computer Modeling of Complex Processes  

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ホンコン(香港)特別行政区  

  54. Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  55. Enhanced-sampling simulations of spin and biological systems[Keynote Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    West-Lake International Workshop on Statistical Physics and Complex Systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:中華人民共和国  

  56. Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations 国際会議

    Yuko Okamoto

    16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN-16) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:中華人民共和国  

  57. Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  58. Simulational physics in generalized ensemble 国際会議

    Yuko Okamoto

    VII Brazilian Meeting on Simulational Physics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ブラジル連邦共和国  

  59. Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations 国際会議

    Yuko Okamoto

    Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  60. Generalized-ensemble simulations for biological and spin systems 国際会議

    Yuko Okamoto

    Kavli Institute of Theoretical Physics, China (KITPC) Special Program on Advanced Molecular Simulation Methods in the Physical Sciences  

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年6月 - 2013年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:中華人民共和国  

  61. 拡張アンサンブル法による複雑系の計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    国際高等研究所 研究プロジェクト 「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第1回研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年4月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:京都府木津川市   国名:日本国  

  62. Generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations

    Yuko OKAMOTO

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  63. Multidimensional generalized-ensemble simulations of biological systems 国際会議

    Yuko Okamoto

    International Symposium on Protein Folding and Its Biological Significance 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  64. Replica-exchange, simulated tempering, and multicanonical algorithms for simulations of complex systems 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 5th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  65. スピン系および分子系の拡張アンサンブルシミュレーション

    岡本祐幸

    物性研共同利用・CCMS・元素戦略合同研究会「計算物性物理学の新展開」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2013年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:柏、日本   国名:日本国  

  66. Structural fluctuations of proteins in folding, unfolding, and ligand docking studied by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions: 6th International Symposium 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  67. Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    International Workshop on Recent Advances in Computational and Theoretical Chemistry 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  68. Generalized-ensemble algorithms for simulations of bionanomaterials 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 1st International Conference on Emerging Advanced Nanomaterials (ICEAN 2012) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:オーストラリア連邦  

  69. 拡張アンサンブルシミュレーションによる バイオ単分子研究

    岡本祐幸

    2012年度第1回バイオ単分子研究会 

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    開催年月日: 2012年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:宮城県大崎市   国名:日本国  

  70. スーパーコンピューターでタンパク質の形と働きを探る

    岡本祐幸

    日本生物物理学会 公開講座 

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    開催年月日: 2012年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:名古屋、日本   国名:日本国  

  71. Generalized-ensemble simulations in materials and biological sciences [Plenary Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 5th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'12) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:ロシア連邦  

  72. Molecular simulations in generalized ensemble 国際会議

    Yuko Okamoto

    Professor N. Quirke 60th Birthday Symposium 

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    開催年月日: 2012年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:グレートブリテン・北アイルランド連合王国(英国)  

  73. Study on protein force fields, folding, and unfolding by generalized-ensemble algorithms

    Yuko OKAMOTO

    The 12th Annual Meeting of the Protein Science Society of Japan 

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    開催年月日: 2012年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  74. Computational biophysics by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 17th Biophysics Conference (The Annual Meeting of the Biophysics Society of ROC)  

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    開催年月日: 2012年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  75. Protein folding, unfolding, and ligand docking by computer simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    Seminar at INRIA, Ecole Polytechnique 

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  76. Molecular simulations of protein folding, unfolding, and ligand docking 国際会議

    Yuko Okamoto

    Seminar at Laboratoire Charles Coulomb, Universite Montpellier 2  

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  77. Generalized-ensemble algorithms for computer simulations of complex systems II 国際会議

    Yuko Okamoto

    Seminar at Laboratoire de Biochimie Theorique, Institute de Biologie Physico-Chimique  

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  78. Generalized-ensemble algorithms for computer simulations of complex systems I 国際会議

    Yuko Okamoto

    Seminar at Laboratoire de Biochimie Theorique, Institute de Biologie Physico-Chimique  

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  79. Invitation to serve as a Discussion Leader and present the following talk: Multidimensional simulated tempering simulations of spin systems 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 25th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics: Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics  

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  80. Multidimensional generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    Seminar at Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques INTS, INSERM UMR-S665  

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  81. Multicanonical, simulated tempering, and replica-exchange methods for biomolecular simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    Seminar at Laboratoire de Biochimie Theorique, Institute de Biologie Physico-Chimique  

     詳細を見る

    開催年月日: 2012年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  82. Generalized-ensemble simulations for protein folding, unfolding, and ligand binding 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 4th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations 

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    開催年月日: 2012年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  83. Generalized-ensemble algorithms for protein aggregation and ligand binding [Plenary Lecture] 国際会議

    Y. Okamoto

    The 7th International Conference: Structure and Stability of Biomacromolecules (SSB 2011)  

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:スロバキア共和国  

  84. Enhanced conformational sampling techniques in molecular simulations 国際会議

    Y. Okamoto

    Seminar at the Institute for Chemistry of Organo-Metallic Compounds (ICCOM), National Research Council (CNR) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:イタリア共和国  

  85. Generalized-ensemble algorithms and protein force field Refinement 国際会議

    Y. Okamoto

    Seminar at The Department of Chemistry 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ポーランド共和国  

  86. Biomolecular simulations in generalized ensemble 国際会議

    Y. Okamoto

    Seminar at The Institute of Physics, Polish Academy of Sciences 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ポーランド共和国  

  87. Computer simulations of protein folding and unfolding by enhanced conformational sampling techniques 国際会議

    Y. Okamoto

    Seminar at Laboratory of Theory of Biopolymers 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ポーランド共和国  

  88. Biomolecular simulations by efficient conformational sampling techniques 国際会議

    Y. Okamoto

    NTZ-Kolloquium/FOR877-Seminar 

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    開催年月日: 2011年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  89. Generalized-ensemble algorithms: efficient conformational sampling techniques for biomolecular simulations 国際会議

    Y. Okamoto

    Theoretical Chemistry Seminar 

     詳細を見る

    開催年月日: 2011年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:グレートブリテン・北アイルランド連合王国(英国)  

  90. US-Japan Workshops on Computational Physics- International Liaison Activities 国際会議

    Y. Okamoto

    American Physical Society March Meeting 2011 

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    開催年月日: 2011年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  91. Generalized-ensemble algorithms: powerful conformational sampling techniques for biomolecular simulations 国際会議

    Y. Okamoto

    Jawaharlal Nehru University International Conference, Biomolecular Simulation: Algorithm and Application  

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    開催年月日: 2011年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:インド  

  92. Multidimensional generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations 国際会議

    Y. Okamoto

    The 3rd Korea-Japan Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations 

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    開催年月日: 2011年2月 - 2011年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  93. 計算機シミュレーションによる生体分子科学研究

    岡本祐幸

    岡崎統合バイオサイエンスセンター「10周年記念シンポジウム」 

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    開催年月日: 2011年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    開催地:岡崎、愛知県   国名:日本国  

  94. Computer simulations of biomolecular systems 国際会議

    Y. Okamoto

    The 7th Asian Biophysics Association (ABA) Symposium 

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    開催年月日: 2011年1月 - 2011年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:インド  

  95. レプリカ交換法プログラム:REM

    岡本祐幸

    スーパーコンピュータワークショップ2011「分子科学プログラムライブラリの充実にむけて」 

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    開催年月日: 2011年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  96. Efficient conformational sampling techniques for biomolecular simulations 国際会議

    G-COE Symposium in Nagoya on Biochemistry and Biotechnology 

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    開催年月日: 2011年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  97. レプリカ交換法による膜蛋白質の立体構造予測

    岡本祐幸

    次世代スパコンプロジェクト連続研究会「イオンチャネル(No. 2)」 

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    開催年月日: 2010年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  98. Generalized-ensemble algorithms for multiscale biomolecular simulations 国際会議

    BioScience2010 Workshop on Expanding the Frontiers of Biomolecular Science 

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    開催年月日: 2010年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  99. 分子シミュレーションによる分子内運動の計測

    岡本祐幸

    真空・表面科学合同講演会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2010年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  100. Generalized-ensemble simulations in protein science [Keynote Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2010年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:ロシア連邦  

  101. 研究のから騒ぎ2010

    伊藤繁、岡本祐幸、神山勉

    第50回生物物理若手の会夏の学校 

     詳細を見る

    開催年月日: 2010年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  102. Folding and Misfolding Simulations of Biomolecules 国際会議

    The 10th Taiwan International Symposium on Statistical Physics (StatPhys-Taiwan-2010) 

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    開催年月日: 2010年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  103. Computer simulations of protein folding and misfolding

    The 10th Annual Meeting of The Protein Science Society of Japan 

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    開催年月日: 2010年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  104. Molecular dynamics methods in generalized ensemble 国際会議

    The 239th American Chemical Society National Meeting. Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division "Generalized Ensemble Simulation Methods: In Honor of Dr. Bernd Berg's 60th Birthday" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2010年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  105. Biomolecular simulations by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Seminar at Michigan Technological University 

     詳細を見る

    開催年月日: 2010年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  106. Generalized-ensemble simulations of protein folding 国際会議

    The 23rd Annual Workshop "Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2010年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  107. Generalized-ensemble simulations in biomolecular science

    2nd Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  108. 分子シミュレーションにおける拡張アンサンブル法

    岡本祐幸

    第3回分子シミュレーションスクール ー基礎から応用までー 

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    開催年月日: 2009年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  109. 蛋白質立体構造予測の計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    信州大学理学部 数理科学談話会 

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    開催年月日: 2009年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  110. Generalized-ensemble simulations of bionanostructures 国際会議

    The 238th American Chemical Society National Meeting. Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division "Simulation of (Bio)Organic-Inorganic Interfaces and Nanostructures Using MD, MC, and Multiscale Approaches" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  111. 拡張アンサンブル法によるナノシミュレーション~蛋白質分子の立体構造予測~

    岡本祐幸

    日本材料学会 分子動力学部門委員会 研究会「顕微鏡によるナノスケール現象のその場観察」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  112. 拡張アンサンブル法で探るタンパク質のフォールディングとミスフォールディング

    伊藤暁、岡本祐幸(代理発表者:伊藤暁)

    大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質立体構造を基盤とするプリオン現象の解明と制御」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  113. Protein folding simulations and optimization of potential energy functions for protein systems

    The Road to ab-initio Design of Materials and Bio-Artifacts: reductionism, property prediction, and the problem of systems formation 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  114. 計算機シミュレーションによる蛋白質分子の立体構造予測

    岡本祐幸

    分子研シンポジウム2009 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  115. ゆらぎを誘起する拡張アンサンブル法によるタンパク質の折畳みシミュレーション

    岡本祐幸

    第9回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「生体分子の揺らぎと機能」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  116. Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions [Keynote Talk] 国際会議

    2009 International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences ICCES'09 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:タイ王国  

  117. 拡張アンサンブル法: 状態空間の効率的なサンプリング

    岡本祐幸

    分野横断型「アルゴリズムによる計算科学の融合と発展」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年4月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  118. Generalized-ensemble simulations of water and biomolecules 国際会議

    The 6th Open Workshop for the Scientific Research in Priority Areas: Water and Biomolecules 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  119. Protein folding simulations by enhanced sampling techniques

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  120. Generalized-ensemble simulations of biomolecular systems 国際会議

    Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年2月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  121. Protein structure predictions by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Zing Conference on Nanobiophysics, Nanochemistry, Nanomedicine and Nanotoxicology 

     詳細を見る

    開催年月日: 2009年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アンティグア・バーブーダ  

  122. Generalized-ensemble algorithms for protein folding and misfolding 国際会議

    The 8th KIAS-Yonsei Conference on Protein Structure and Function 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  123. Computer simulations of spin systems and biomolecular systems in generalized ensembles 国際会議

    The 9th Taiwan International Symposium on Statistical Physics (Statphys-Taiwan-2008) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  124. Generalized-ensemble algorithms for simulations in molecular nanoscience 国際会議

    The 1st International Conference of The Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  125. アミロイド繊維形成の理論解析

    岡本祐幸

    第8回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「アミロイド構造生物学の新たな地平」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  126. * Replica-exchange method and its generalizations 国際会議

    The 235th American Chemical Society National Meeting. Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division "Replica Exchange: New Methods and Applications to Protein Folding and Other Large Systems" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  127. 生体系の分子シミュレーション ― 古典力学の立場から

    岡本祐幸

    近畿化学協会コンピュータ化学部会・バイオ部会合同例会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2008年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  128. 蛋白質系の拡張アンサンブルシミュレーション I & II

    岡本祐幸

    第1回分子シミュレーションスクール 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  129. 拡張アンサンブルシミュレーションによるアミロイド繊維形成機構の研究

    岡本祐幸

    第一回論理創業研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  130. Computer simulations for protein structure predictions

    Workshop on Computational Biophysics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  131. 生体分子系の計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    「名大計算科学サロン」ワークショップ 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  132. タンパク質折り畳みの分子シミュレーション

    岡本祐幸

    情報計算科学生物学会(CBI学会) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  133. 拡張アンサンブル法と分子シミュレーション

    岡本祐幸

    第11回分子シミュレーション夏の学校 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  134. タンパク質折り畳みの計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    日本大学理工学部物理学教室セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  135. タンパク質折り畳みの分子シミュレーション

    岡本祐幸

    第25回関西界面科学セミナー「21世紀コロイド・界面科学の新展開 ―異文化との融合をめざして―」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  136. 拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測シミュレーション

    岡本祐幸

    科研費特定領域研究「次世代量子シミュレータ・量子デザイン手法の開発」A02班主催ミニワークショップ「大規模・高精度電子状態計算手法に関する研究会II」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  137. Protein folding simulations in generalized ensembles 国際会議

    Mainz Materials Simulation Days 2007 (MMSD2007) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  138. 生体系の拡張アンサンブルシミュレーション

    岡本祐幸

    理研シンポジウム「計算機と生物学:in Silico Biology」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  139. Generalized-ensemble simulations - Towards the Understanding of the mechanism of amyloid formations 国際会議

    1st International Symposium on Nanomedicine (ISNM2007) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  140. Structures of membrane proteins predicted by replica-exchange simulation

    Mini Symposium on Theoretical Chemistry of Condensed Phase 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  141. 生体分子系の拡張アンサンブルシミュレーション

    岡本祐幸

    分子研スーパーコンピュータワークショップ2007「計算分子科学の30年と将来」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2007年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  142. 拡張アンサンブル法とタンパク質の折り畳み問題

    岡本祐幸

    科研費特定領域研究「情報統計力学の深化と展開」平成18年度公開シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  143. 生体系の分子シミュレーション

    岡本祐幸

    核融合科学研究所セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  144. 計算機シミュレーションによる膜タンパク質の立体構造予測

    岡本祐幸

    福井大学医学部セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  145. Monte Carlo and molecular dynamics simulations of protein folding 国際会議

    The 3rd Intenational Workshop Hangzhou 2006 on Simulational Physics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:中華人民共和国  

  146. 生体系の大規模シミュレーション

    岡本祐幸

    第2回スパコンの高度利用研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  147. Transmembrane helix configurations of bacteriorhodopsin predicted by replica-exchange simulations 国際会議

    12 ICRP (International Conference on Retinal Proteins) Satellite Meeting Structure, Function & Evolution of Rhodopsins: Mechanisms of Proton Transfer and Color Tuning 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  148. Generalized-ensemble algorithms and Membrane protein structure predictions 国際会議

    NIC (John von Neumann Institut fuer Computing) Workshop: From Computational Biophysics to Systems Biology 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  149. タンパク質の折り畳みに関する最適化問題

    岡本祐幸

    ENCOUNTER with MATHEMATICS第37回「数学者のための分子生物学入門」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  150. Generalized-ensemble algorithms for molecular dynamics simulations 国際会議

    Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulations - In Memory of Professor Shuichi Nose' - 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  151. Generalized-ensemble simulations and protein force fields 国際会議

    367. WE-Heraeus-SeminarBiomolecular Simulation: From Physical Principles to Biological Function 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  152. 超高速計算機によるタンパク質の立体的構造予測

    岡本祐幸

    第2回「計算科学による新たな知の発見・統合・創出」シンポジウム「計算科学の戦略と次世代スーパーコンピュータ」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年4月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  153. Lecture 1. Generalized-ensemble algoritms for protein foldingLecture 2. Force fields for all-atom protein modelsLecture 3. Prediction of membrane protein structures by molecular simulations 国際会議

    2006 NCTS (National Center for Theoretical Sciences) Spring Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年3月 - 2006年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  154. 拡張アンサンブルシミュレーションによる膜タンパク質の立体構造予測

    岡本祐幸

    統合バイオサイエンスセンター5周年記念シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  155. タンパク質折り畳みの計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    核融合科学研究所第10回シミュレーション・サイエンス・シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2006年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  156. All-atom protein force fields for folding simulations 国際会議

    International Symposium on Frontiers of Computational Science 2005 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  157. タンパク質折り畳みの分子シミュレーション

    岡本祐幸

    第19回分子シミュレーション討論会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  158. 短いタンパク質の折り畳みシミュレーション

    岡本祐幸

    第8回横幹技術フォーラム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  159. Generalized-ensemble simulations of soft matter systems 国際会議

    International Workshop on Physics of Soft Matter Complexes 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  160. スパコンによるタンパク質折り畳みのシミュレーション

    岡本祐幸

    名古屋大学情報連携基盤センター連続講演会第一回 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  161. 短いタンパク質の折り畳みシミュレーション

    岡本祐幸

    第1回バイオナノ研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  162. 分子動力学シミュレーションー基礎から拡張アンサンブル法までー(集中講義)

    奥村久士、岡本祐幸

    第17回液体の科学夏の学校 

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    開催年月日: 2005年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  163. Rugged free energy landscapes of protein systems studied by generalized-ensemble simulations 国際会議

    CECAM Workshop: Rugged Free Energy Landscapes: Common Computational Approaches in Spin Glasses, Structural Glasses and Biological Macromolecules 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  164. Generalized-ensemble algorithms and protein folding simulations 国際会議

    The 1st CRIS International Symposium on Computational Science and Neuroscience 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  165. Nanosimulation of protein folding 国際会議

    1st NAREGI International Nanoscience Conference 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  166. Generalized-ensemble simulations of protein folding 国際会議

    US-Japan Symposium on Folding and Design 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  167. Molecular dynamics simulations of protein folding 国際会議

    2005 International Conference on Scientific Computation and Differential Equations 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  168. 計算機シミュレーションでみるタンパク質の4次元構造

    岡本祐幸

    日本物理学会名古屋支部公開講演会「物理学とはなんだろう」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  169. Comparisons and Improvements of all-atom protein force fields 国際会議

    The 2nd Open Workshop for the Scientific Research in Priority Areas: Water and Biomolecules 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  170. Transmembrane helix configurations of membrane proteins predicted by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Molecule-Based Information Transmission and Reception - Application of Membrane Protein Biofunction - (MB-ITR2005) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  171. Protein folding problem and generalized-ensemble simulations 国際会議

    The 11-th Japan-Korea Symposium: Frontier of Molecular Science 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  172. 自然に折りたたまる紐:タンパク質立体構造形成の計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    名古屋大学理学部物理学科21世紀COEプログラム公開講演会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  173. Protein folding simulations by enhanced sampling techniques 国際会議

    The 1st Symposium: Japanese Germany Frontiers of Science (JGFoS) 

     詳細を見る

    開催年月日: 2005年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  174. Generalized-ensemble simulations of soft matter systems 国際会議

    International Workshop on Physics of Soft Matter Complexes 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  175. Prediction of transmembrane helix configurations of membrane proteins by replica-exchange simulations 国際会議

    The 4th KIAS Conference on Protein Structure and Function 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  176. Comparisons of all-atom protein force fields 国際会議

    Seminar at Department of Chemistry, Seoul National University 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  177. Protein force fields: comparisons and Improvements 国際会議

    Gordon Research Conference: Computational Chemistry 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  178. Prediction of membrane protein structures by replica-exchange Monte Carlo simulations 国際会議

    National Institute of Standards and Technology (NIST) Seminar 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  179. Comparisons of protein force fields by generalized-ensemble simulations 国際会議

    National Institutes of Health(NIH) Seminar 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  180. Protein foldingと大規模計算

    岡本祐幸

    情報計算化学生物学会(CBI学会)セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年6月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  181. Computer simulations of protein folding

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  182. 拡張アンサンブルシミュレーションによる溶液化学研究

    岡本祐幸

    電気化学会年会シンポジウム「膜と溶液の化学」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  183. All-atom protein folding simulations in generalized ensemble 国際会議

    Keihanna Symposium: Physical Aspects of Protein Folding and Function 

     詳細を見る

    開催年月日: 2004年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  184. 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション

    岡本祐幸

    早稲田大学理工学部セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  185. タンパク質折り畳みの計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    第7回シミュレーション・サイエンス・シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  186. 分子シミュレーションによる生体系の理論的研究

    岡本祐幸

    電力中央研究所セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年10月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  187. タンパク質折り畳みの統計力学

    岡本祐幸

    第8回久保記念シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  188. 拡張アンサンブル法によるタンパク質の立体構造予測

    岡本祐幸

    電子情報技術産業協会バイオインフォマティックス専門委員会 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  189. Atom-level simulations of protein folding 国際会議

    The 7th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics (SCI2003) "Atom-Level Informatics, Simulations and Experiments in Materials Designing" 

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    開催年月日: 2003年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  190. Protein folding dynamics studied by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Telluride Workshop: Protein Dynamics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  191. Metropolis algorithms in generalized ensemble 国際会議

    The Monte Carlo Method in the Physical Sciences: Celebrating the 50th Anniversary of the Metropolis Algorithem 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  192. Free energy landscape of protein folding studied by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    CECAM Workshop: Metastability and Landscapes in Complex Systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  193. 拡張アンサンブルシミュレーションによる膜タンパク質の立体構造予測

    岡本祐幸

    分子研研究会「ロドプシンの分子科学」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  194. タンパク質フォールディングの計算物理学:1次構造から3次構造へ

    岡本祐幸

    日本物理学会領域12シンポジウム「生物と物理学の架け橋―田中豊一が見たもの― 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  195. Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    SOKENDAI Lectures at Singapore National University 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:シンガポール共和国  

  196. 拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測

    岡本祐幸

    日本原子力研究所生体分子シミュレーションワークショップ 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  197. タンパク質折りたたみの計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    数学者のための分子生物学入門セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2003年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  198. Protein folding simulations in generalized ensemble 国際会議

    Special Lecture at Department of Chemistry,University of Puerto Rico 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:プエルトリコ  

  199. Molecular simulations of protein folding

    The 2002 COE Conference of IMS "Dynamical Structures and Molecular Design of Metalloproteins" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  200. Free energy Calculations in protein folding by generalized-ensemble simulations [Plenary Talk] 国際会議

    Y. Okamoto

    The 11th Current Trends in Computational Chemistry 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:アメリカ合衆国  

  201. Computer simulations of protein folding by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Trilateral Symposium on Structural Biology: Japan, UK and USA 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  202. タンパク質折り畳みの計算物理学

    岡本祐幸

    物性研短期研究会「物性研究における計算物理 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  203. Protein folding simulations and structure predictions 国際会議

    KAIST Lectures 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  204. Protein folding simulations and structure predictions by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Second KIAS Conference on Protein Structure and Function: Structure and Mechanism in Protein Science 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:大韓民国  

  205. Hydrogen bonds in biopolymers studied by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Japanese-Polish Seminar "Advances in Hydrogen Bond Research" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  206. Computer simulations of spin systems and protein systems in generalized ensemble 国際会議

    StatPhys-Taiwan-2002 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年5月 - 2002年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  207. タンパク質の立体構造予測シミュレーション

    岡本祐幸

    IBMライフサイエンス天城セミナー 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年5月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  208. Generalized-ensemble algorithms: enhanced sampling techniques for molecular simulations 国際会議

    The 223rd American Chemical Society National Meeting Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division "Enhanced Sampling Techniques in Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulations" 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  209. Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Okazaki Lectures (Asian Winter School): New Trends of Biochemical Physics 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  210. All-atom simulations of protein folding by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    U.S.-Japan Cooperative Science Program Workshop on Folding, Function and Funnels 

     詳細を見る

    開催年月日: 2002年1月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  211. Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems 国際会議

    STATPHYS21 Satellite Conference: Challenges in Computational Statistical Physics in the 21st Century 

     詳細を見る

    開催年月日: 2001年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  212. Protein folding simulations and structure predictions [Plenary Talk] 国際会議

    Yuko Okamoto

    The Conference on Computational Physics 2000 (CCP2000): New Challenges for the New Millennium 

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年12月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(基調)  

    国名:オーストラリア連邦  

  213. ポストゲノム時代の生体分子シミュレーション

    岡本祐幸

    IPABシンポジウム2000「21世紀のバイオインフォマティクスに向けて」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  214. 拡張アンサンブル法による蛋白質のシミュレーション

    岡本祐幸

    ミニ談話会「分子動力学の新展開 

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年11月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  215. Protein folding mechanism as studied by generalized-ensemble algorithm 国際会議

    Yuko Okamoto

    SIMU Workshop: Multiscale Modeling of Macromolecular systems 

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ドイツ連邦共和国  

  216. タンパク質折り畳みの統計物理学

    岡本祐幸

    科研費基盤研究(企画調査)研究会「統計物理学の展望」 

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  217. タンパク質折り畳みの計算機シミュレーション

    岡本祐幸

    生体機能関連化学若手の会サマースクール 

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  218. Protein Folding Simulations on a Supercomputer

     詳細を見る

    開催年月日: 2000年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  219. Protein folding simulations by simulated annealing and generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 5th International Conference on Computational Physics (ICCP5) 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年10月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  220. Protein tertiary structure predictions by generalized-ensemble simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    CECAM Workshop: Overcoming Broken Ergodicity in Simulations of Condensed Matter Systmes 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年9月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:フランス共和国  

  221. Tacking the multiple-minima problem in protein folding by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    U.S.-Japan Bilateral Seminar: Understanding and Conquering Long Time Scales in Computer Simulations 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年7月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  222. Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and multicanonical algorithm

    Yuko Okamoto

    International Conference, Optimization in Computational Chemistry and Molecular Biology: Local and Global Approaches 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年5月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  223. Ab initio predictions of three-dimensional structures of proteins by Monte Carlo simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    SCRI International Workshop on Monte Carlo and Strcture Optimization Methods for Biology, Chemistry and Physics 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:アメリカ合衆国  

  224. Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 24th Taniguchi Internaltional Symposium: Old and New Views of Protein Folding 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年3月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  225. 拡張アンサンブル法で探る蛋白質の折り畳み機構

    岡本祐幸

    京都大学基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開」 

     詳細を見る

    開催年月日: 1999年2月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  226. Protein tertiary structure predictions by Monte Carlo Simulations 国際会議

    Yuko Okamoto

    Keihanna International Workshop: Pressure Effects on Protein Dynamics and Folding. 

     詳細を見る

    開催年月日: 1998年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  227. 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション

    岡本祐幸

    第43 回物性若手夏の学校 

     詳細を見る

    開催年月日: 1998年8月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  228. Protein folding simulations by new algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    International Symposium: Protein Structure, Stability and Folding 

     詳細を見る

    開催年月日: 1998年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:ロシア連邦  

  229. 蛋白質の折り畳みのモンテカルロシミュレーション

    岡本祐幸

    筑波大学計算物理学研究センター研究会 

     詳細を見る

    開催年月日: 1998年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  230. 蛋白質のfolding simulation

    岡本祐幸

    第10 回情報化学講習会 

     詳細を見る

    開催年月日: 1998年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  231. 蛋白質の立体構造予測シミュレーション

    岡本祐幸

    第11 期CAMM フォーラム1 月例会 

     詳細を見る

    開催年月日: 1998年1月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  232. Towards the prediction of protein tertiary structures from the first principles 国際会議

    Yuko Okamoto

    Stat Phys-Taipei-1997 

     詳細を見る

    開催年月日: 1997年8月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  233. 最適化とタンパク質の立体構造予測シミュレーション

    岡本祐幸

    INSAMシンポジウム’96 

     詳細を見る

    開催年月日: 1996年12月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  234. 蛋白質折れ畳みのモンテカルロ・シミュレーション

    岡本祐幸

    第8回理論化学シンポジウム 

     詳細を見る

    開催年月日: 1996年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  235. 第一原理に基づく蛋白質立体構造予測の展望と戦略II

    岡本祐幸

    第36回生物物理若手の会夏の学校 

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    開催年月日: 1996年7月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  236. Optimization and Protein Structure Prediction

    Yuko Okamoto

    Workshop on Supercomputing at RIKEN 

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    開催年月日: 1996年6月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  237. Statistical mechanics of helix-coil transition studied by multicanonical algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    The 3rd International Conference on Computational Physics (ICCP3) 

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    開催年月日: 1995年11月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:台湾  

  238. 新モンテカルロ法による蛋白質の立体構造予測

    岡本祐幸

    日本生物物理学会年会 

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    開催年月日: 1995年9月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  239. マルチカノニカル・モンテカルロ法によるフラストレーションを持った系の研究

    岡本祐幸

    日本物理学会年会 

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    開催年月日: 1995年3月

    記述言語:日本語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

    国名:日本国  

  240. Protein structure predictions by Monte Carlo simulated annealing and multicanonical Algorithms 国際会議

    Yuko Okamoto

    Minnesota Supercomputer Institute Seminars 

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    開催年月日: 1994年4月

    記述言語:英語   会議種別:口頭発表(招待・特別)  

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共同研究・競争的資金等の研究課題 2

  1. 拡張アンサンブルシミュレーションによるタンパク質とリガンドの結合構造予測法の開発

    2011年4月 - 2014年3月

    企業からの受託研究 

    小久保裕功、田中稔祐

  2. 第一原理からのタンパク質の立体構造予測シミュレーション法の開発

    1998年4月 - 2003年3月

    日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業・理工・計算科学 

    岡本祐幸

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    資金種別:競争的資金

科研費 15

  1. 徐冷モンテカルロ法によるタンパク質の立体構造予測

    1993年4月 - 1994年3月

    科学研究費補助金  奨励研究(A) 課題番号:05854029

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  2. 新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみ機構の研究

    1995年4月 - 1996年3月

    科学研究費補助金  重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」 課題番号:07280217

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  3. 徐冷モンテカルロ法及びマルチカノニカル法によるタンパク質の立体構造予測

    1995年4月 - 1997年3月

    科学研究費補助金  一般研究(C)→基盤研究(C) 課題番号:07680722

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  4. 新最適化アルゴリズムによるタンパク質の折れたたみの研究

    1996年4月 - 1997年3月

    科学研究費補助金  重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」 課題番号:08272234

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  5. 拡張アンサンブル法による蛋白質の立体構造予測

    1997年4月 - 1998年3月

    科学研究費補助金  重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」 課題番号:09261241

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  6. マルチカノニカル法によるX線及びNMR実験デ-タに基づく生体高分子の立体構造解析

    1997年10月 - 1998年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(B) 課題番号:09480181

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  7. 拡張アンサンブル法による蛋白質折り畳み機構の研究

    2003年4月 - 2008年3月

    科学研究費補助金  特定領域研究「水と生体分子」,課題番号:15076213

    岡本 祐幸

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    担当区分:研究代表者 

    計画研究

  8. 蛋白質系分子シミュレーションのための新規エネルギー関数の開発

    2008年4月 - 2009年3月

    科学研究費補助金  特定領域研究「実在系の分子理論」,課題番号:20038025

    岡本 祐幸

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    担当区分:研究代表者 

  9. 構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算

    2008年10月 - 2013年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究「揺らぎと生体機能」

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者 

    計画研究

  10. 拡張アンサンブル法による蛋白質への小分子結合機構の研究

    研究課題/研究課題番号:25247071  2013年4月 - 2018年3月

    科学研究費補助金  基盤研究(A)

    岡本 祐幸

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:43680000円 ( 直接経費:33600000円 、 間接経費:10080000円 )

  11. 拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるATP加水分解の研究

    研究課題/研究課題番号:25104715  2013年4月 - 2015年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究(研究領域提案型)課題番号:25104715

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:1950000円 ( 直接経費:1500000円 、 間接経費:450000円 )

    研究分野:コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス

  12. 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換

    研究課題/研究課題番号:25102009  2013年6月 - 2018年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究(研究領域提案型)課題番号:25104715(計画研究)

    岡本祐幸

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    担当区分:研究代表者  資金種別:競争的資金

    配分額:96590000円 ( 直接経費:75300000円 、 間接経費:22290000円 )

    研究分野:生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現

  13. 生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究推進のための国際活動支援 国際共著

    研究課題/研究課題番号:15K21708  2015年11月 - 2019年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究(研究領域提案型)

    加藤 晃一

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

    国際活動支援班は、本領域がこれまで異なるフィールドで活躍してきた科学者の学際的な議論と連携を可能とする“知の梁山泊”として国際的に機能することを重視し、国際共同研究促進のための企画調整等を行った。具体的には、国際シンポジウムの開催を通じて、広く国内外の研究者に領域の認知と啓発を行った。さらに、国際活動支援班の経費から資金援助を行うなど、国際的な共同研究・異分野融合研究を促進するともに、領域メンバーの海外派遣や海外研究者の招聘・雇用などを実施し、若手研究者の育成にも努めた。
    本領域が主体となって創出した秩序化分子ネットワークは、生命分子科学を基軸に、生物物理学、理論・計算科学、合成化学、構造・システム生物学、さらには医学・薬学・工学・環境科学等を横断し、本領域外の研究者も交えた超域的なコミュニティを生み出した。その勢いは海外にも波及し、本領域が中心となって立ち上げたFrontier Bioorganization Forumは、アジアの研究者とともに、領域活動が終了した後も、さらなる発展を遂げつつある。また、領域の若手の国際的プレゼンスが高まり、異分野融合交流を通じて培った広い視野と人的ネットワークを基盤に、次世代を担う若手の間の異分野融合研究も既に始動している。

  14. エピジェネティクス制御化合物と標的酵素のドッキングシミュレーションスタディ

    2014年10月 - 2020年3月

    JST  CREST  CREST

    岡本祐幸

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

    配分額:67909000円 ( 直接経費:52250000円 、 間接経費:36195000円 )

  15. 生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究に関する総括

    研究課題/研究課題番号:25102001  2013年6月 - 2018年3月

    科学研究費補助金  新学術領域研究(研究領域提案型)

    加藤 晃一

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    担当区分:研究分担者  資金種別:競争的資金

    配分額:650000円 ( 直接経費:500000円 、 間接経費:150000円 )

    総括班は、本領域がこれまで異なるフィールドで活躍してきた科学者の学際的な議論と連携を可能とする“知の梁山泊”として機能することを重視し、領域の全体的な研究方針の統合的策定および企画調整等を行った。具体的には、総括班会議を開催し、領域研究の運営と方針について話し合った。合同班会議、学会におけるシンポジウムの開催を通じて、領域内はもとより議論を領域外にも拡張することを促進した。領域ホームページ、ニュースレター、アウトリーチ活動を通じて、広く国内外の研究者に領域の認知と啓発を行った。さらに、総括班の経費から資金援助を行うなど共同研究・異分野融合研究を促進するともに、若手研究者の育成にも努めた。

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担当経験のある科目 (本学) 17

  1. 基礎セミナーA

    2020

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    本セミナーのテーマは、自然科学の大発見に至った経緯を学ぶこと。このセミナーでは、利根川進氏がノーベル医学生理学賞受賞に至った研究発展の経緯を学び、自然科学の大発見がどのようにして成されていくかを考察する。文・理に関わらず、高校レベルの学力があれば、内容が理解でき、学ぶところが多いと信じる。論理的な思考法を身につけることを目指してもらう。

  2. 現代物理学序論Ⅰ

    2020

  3. 物理学概論Ⅱ

    2020

  4. 物理学概論Ⅰ

    2020

  5. 物理学セミナー第Ⅳの1

    2020

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    メトロポリスのモンテカルロ法と拡張アンサンブル法の基礎と、それらの生物物理学への応用について学ぶ。

  6. 化学物理学

    2020

  7. 理論生物化学物理講究4

    2020

  8. 分子物性学特別講義2

    2020

  9. 物理学セミナーIV

    2009

  10. 力学Ⅱ

    2009

  11. 力学Ⅰ

    2009

  12. 力学 Ⅱ

    2008

  13. 力学 Ⅰ

    2008

  14. 生物物理学

    2008

  15. 生物物理学I

    2007

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    生体系の基礎知識および分子シミュレーション手法について、基礎から応用までを詳しく講義する。

  16. 力学Ⅱ

    2007

  17. 力学Ⅰ

    2007

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担当経験のある科目 (本学以外) 12

  1. 拡張アンサンブル上のモンテカルロシミュレーション

    1997年4月 - 1998年3月 名古屋大学大学院人間情報学研究科)

  2. 蛋白質の折れ畳みのモンテカルロシミュレーション

    1998年4月 - 1999年3月 立命館大学理工学部)

  3. マルチカノニカル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション

    1998年4月 - 1999年3月 北海道大学大学院理学研究科)

  4. 生体高分子の分子シミュレーション

    2000年4月 - 2001年3月 名古屋大学大学院理学研究科)

  5. 工学部総合科目「人工生命ー生命とシステムのシミュレーションー」教養学部「蛋白質折り畳みの計算機シミュレーション」

    2000年4月 - 2001年3月 東京大学)

  6. 拡張アンサンブル法による分子シミュレーション

    2001年4月 - 2002年3月 京都大学化学研究所)

  7. 「量子科学フロンティア」 「生体分子系の計算機シミュレーション」

    2002年4月 - 2003年3月 日本大学理工学部)

  8. 基幹科目 「計算科学」 第9回「たんぱく質の立体構造の探求」(5年間放送)

    2003年4月 - 2004年3月 放送大学)

  9. 複雑系科学特別講義Ⅰ

    2004年4月 - 2005年3月 名古屋大学大学院情報科学研究科)

  10. 物理工学特別講義Ⅰ「生体系の分子シミュレーション」

    2005年4月 - 2006年3月 東京大学大学院工学系研究科)

  11. オムニバス講義シリーズ「フロンティア化学」「シミュレーションによるタンパク質の研究」

    2006年4月 - 2007年3月 東京大学工学部応用化学科)

  12. 応用化学特論第2「生体系の分子シミュレーション」

    2007年4月 - 2008年3月 東京大学大学院工学系研究科)

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社会貢献活動 6

  1. 国際学術雑誌 Chinese Journal of Physics 編集者

    役割:編集

    Elsevier Science  2016年1月 - 現在

  2. 日本物理学会領域12領域代表

    役割:運営参加・支援

    日本物理学会  2014年4月 - 2015年3月

  3. 愛知県立高蔵寺高校出前授業(年に1回)

    役割:講師

    2012年11月 - 現在

  4. 国際学術雑誌 Journal of Chemical Physics の編集アドバイス委員

    役割:編集

    American Institute of Physics  2012年1月 - 2014年12月

  5. 国際学術雑誌 Biophysics(現、Biophysics and Physicobiology)の編集

    役割:編集

    日本生物物理学会  2009年4月 - 現在

  6. 国際学術雑誌 Molecular Simulation のアジア地域編集者

    役割:編集

    Taylor & Francis  Molecular Simulation  1999年4月 - 現在

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学術貢献活動 1

  1. 第21・22期日本学術会議連携会員(基礎生物学) 国際学術貢献

    役割:学術調査立案・実施

    日本学術会議  2008年10月 - 2011年9月