論文 - 小池 亮太郎
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Substrate-shielding and hydrolytic reaction in hydrolases. 査読有り
Kanematsu Y, Koike R, Amemiya T, Ota M.
Proteins 頁： - 2013年6月
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An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures. 査読有り Open Access
Ota M, Koike R, Amemiya T, Tenno T, Romero PR, Hiroaki H, Dunker AK, Fukuchi S.
J Struct Biol. 181 巻 頁： 29-36 2013年1月
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Influence of structural symmetry on protein dynamics. 査読有り Open Access
Matsunaga Y, Koike R, Ota M, Tame JR, Kidera A.
PLoS One 7 巻 頁： e50011 2012年11月
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PSCDB: a database for protein structural change upon ligand binding. Open Access
Amemiya T, Koike R, Kidera A, Ota M.
Nucleic Acid Res. 40 巻 頁： D554-D558 2012年1月
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IDEAL: Intrinsically Disordered proteins with Extensive Annotations and Literature. Open Access
Fukuchi S, Sakamoto S, Nobe Y, Murakami SD, Amemiya T, Hosoda K, Koike R, Hiroaki H, Ota M.
Nucleic Acid Res. 40 巻 頁： D507-D511 2012年1月
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Cover and spacer insertions: small nonhydrophobic accessories that assist protein oligomerization.
Nishi H, Koike R, Ota M.
Proteins 79 巻 頁： 2372-2379 2011年8月
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Actin capping protein and its inhibitor CARMIL: how intrinsically disordered regions function.
Takeda S, Koike R, Nitanai Y, Minakata S, Maéda Y, Ota M.
Phys Biol 8 巻 頁： 035005 2011年6月
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Classification and annotation of the relationship between protein structural change and ligand binding.
Amemiya T, Koike R, Fuchigami S, Ikeguchi M, Kidera A.
J Mol Biol 408 巻 頁： 568-584 2011年5月
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SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins. Open Access
Motono C, Nakata J, Koike R, Shimizu K, Shirota M, Amemiya T, Tomii K, Nagano N, Sakaya N, Misoo K, Sato M, Kidera A, Hiroaki H, Shirai T, Kinoshita K, Noguchi T, Ota M.
Nucleic Acid Res. 39 巻 頁： D487-D493 2011年1月
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Two distinct mechanisms for actin capping protein regulation--steric and allosteric inhibition. 査読有り Open Access
Takeda S., Minakata S., Koike R., Kawahata I., Narita A., Kitazawa M., Ota M., Yamakuni T., Maéda Y. and Nitanai Y.
PLoS Biol. 8 巻 頁： e1000416. 2010年
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Alteration of oligomeric state and domain architecture is essential for functional transformation between transferase and hydrolase with the same scaffold. 査読有り Open Access
Koike R., Kidera A. and Ota M.
Protein Sci. 10 巻 頁： 2060-2066 2009年
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Protein structural change upon ligand binding correlates with enzymatic reaction mechanism. 査読有り
Koike R., Amemiya T., Ota M. and Kidera A.
J. Mol. Biol. 379 巻 頁： 397-401 2008年
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Probabilistic alignment detects remote homology in a pair of protein sequences without homologous sequence information. 査読有り
Koike R., Kinoshita K. and Kidera A.
Proteins 66 巻 頁： 655-663 2007年
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Probabilistic description of protein alignments for sequences and structures. 査読有り
Koike R., Kinoshita K. and Kidera A.
Proteins 56 巻 頁： 157-166 2004年
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Ring and zipper formation is the key to understanding the structural variety in all-beta proteins. 査読有り
Koike R., Kinoshita K. and Kidera A.
FEBS Lett. 533 巻 頁： 9-13 2003年