Presentations -

Free energy landscape for the Brownian motion of the leading head of myosin VI during the stepping motion

Tomoki P. Terada, Qing-Miao Nie, Masaki Sasai

The 56th Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan 

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Event date： 2018.9

Language：English   Presentation type：Oral presentation (general)  

Venue：Okayama University   Country：Japan  

ミオシンの構造変化とバイアスブラウン運動の協調的関係 Invited

寺田智樹

第三回CUTEシンポジウム：コンピュータ化学 -計算科学と実験化学との接点- 

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Event date： 2016.3

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：三重大学   Country：Japan  

ミオシンのバイアスブラウン運動を自由エネルギーランドスケープから考える Invited

寺田　智樹

自然科学研究機構計算科学研究センター スーパーコンピュータワークショップ“複雑な研究対象へと挑戦する計算分子科学“ 

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Event date： 2015.9

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：岡崎コンファレンスセンター   Country：Japan  

ミオシンのバイアスブラウン運動を自由エネルギーランドスケープから考える Invited

寺田　智樹

第5回分子モーター討論会 

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Event date： 2015.6

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：東京大学駒場キャンパス   Country：Japan  

Coupling between phosphorylation rhythm and ATP hydrolysis rate in KaiC protein studied by stochastic simulation Invited International conference

Tomoki P. Terada

2015 International Workshop on Computational Science and Engineering 

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Event date： 2015.5

Language：English   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

Stochastic simulation of coupling between phosphorylation rhythm and ATP hydrolysis in KaiC protein

Tomoki P. Terada, Kenju Narita, Masaki Sasai

The Physical Society of Japan 2015 Spring Meeting 

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Event date： 2015.3

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (general)  

Country：Japan  

Coupling of Lever Arm Swing and Biased Brownian Motion in Actomyosin

Tomoki P. Terada,Qing-Miao Nie,Akio Togashi,Takeshi N. Sasaki,Mitsunori Takano,Masaki Sasai

The Physical Society of Japan 2014 Autumn Meeting 

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Event date： 2014.9

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (general)  

Country：Japan  

Stochastic modeling of the interplay between ATPase activity and structural transition in KaiC proteins Invited International conference

Tomoki P. Terada

Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology 2014 (JSMB/SMB 2014) 

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Event date： 2014.7

Language：English   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

ES細胞の細胞運命決定における非平衡性の役割 Invited

寺田智樹

明星大学セミナー 

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Event date： 2012.12

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：明星大学理工学部   Country：Japan  

The role of non-adiabaticity in cell-fate decision of ES cells Invited International conference

Tomoki P. Terada

The 3rd International Workshop on "Multiscale Characterizations of Biological Systems: From Molecules to Networks" 

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Event date： 2012.6

Language：English   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：China  

二重最適化問題としての蛋白質フォールディングとその進化 Invited

寺田智樹

第1回協定講座シンポジウム「計算アルゴリズムと化学・生物学の融合」 

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Event date： 2012.2

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：神戸大学統合研究拠点   Country：Japan  

ゆらぎが決める蛋白質の多様な機能 Invited

寺田智樹

生物に学ぶ柔軟なシステムの探索：　ゆらぎと多様性をキーワードとして 

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Event date： 2011.9

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

The chameleon model: a novel approach to conformational transitions of proteins International conference

Tomoki P. Terada, Takahiro Yamashita, Shogo Yokota, Toru Kimura, Masaki Sasai

The 1st KIAS Conference on Subcellular Dynamics 

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Event date： 2011.7

Language：English   Presentation type：Poster presentation  

Country：Korea, Republic of  

Chameleon model: A Novel Approach to Conformational Transitions of Proteins Invited International conference

Tomoki P. Terada

The 2nd International Workshop on Multiscale Characterizations of Biological Systems: From Molecules to Networks 

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Event date： 2011.7

Language：English   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

Chameleon model: A Novel Approach to Conformational Transitions of Proteins Invited International conference

Tomoki P. Terada

Third Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: - Experiments and Simulations 

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Event date： 2011.2

Language：English   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Korea, Republic of  

タンパク質の構造転移メカニズムのカメレオンモデルによる理解 Invited

寺田智樹

生物物理の未来研究会 

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Event date： 2010.9

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Venue：名古屋大学 ベンチャービジネスラボラトリー ベンチャーホール   Country：Japan  

タンパク質が熱揺らぎで構造転移をすることが、最近の一分子測定やNMRなどの実験からわかってきた。われわれは、構造転移を記述しうる粗視化モデル相互作用として、局所的相互作用がその周囲の変化に合わせて変化すると仮定するカメレオンモデルを提唱している。このモデルをアデニル酸キナーゼに対して適用した結果、実験で観測された二状態的な構造転移が再現されるとともに、モデルで計算された構造転移速度の温度変化が実測された酵素反応速度の温度変化とよく対応することがわかった。これらの結果は、カメレオンモデルが構造転移の

カメレオンモデルによるタンパク質の二状態的構造転移の自由エネルギーランドスケープ解析 Invited

寺田智樹

第１０回日本蛋白質科学会年会 

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Event date： 2010.6

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

タンパク質がリガンド結合に伴い構造を変えることは長い間知られてきたが、近年は一定条件のもとで熱揺らぎで起こる構造転移に対しても、一分子実験やNMRなどによる実験的な特徴づけが進んできた。理論的立場からは、フォールディング研究における郷モデルの延長として、二つの結晶構造をともにエネルギー的に安定化する実効的相互作用が提唱されてきたが、二状態的な自由エネルギーランドスケープが得られるということ以上には実験事実との対応付けは行われていない。われわれはそれらの研究とは異なり、局所的相互作用がその周囲の変化

Takano-Terada-Sasai model Invited

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Event date： 2009.10

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

Contribution of hydrophobic and electrostatic interactions in the biased motion of myosin head along actin filament

45th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 

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Event date： 2007.12

Language：Japanese   Presentation type：Poster presentation  

Country：Japan  

We have simulated the motion of myosin head along the actin filament with coarse-grained molecular dynamics with introduceing the sequence-dependent water-mediated potential. This potential have three variants depending on the degree of unfolding of each protein prior to binding. The simulation with this potential elucidates the contribution of hydrophobic and electrostatic interactions in the biased motion as well as the importance of coupled folding and binding.

ミオシン滑り運動とカメレオンGoモデル Invited

寺田智樹

次世代生命体統合・分子スケール　秋のミニ集会 

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Event date： 2007.11

Language：Japanese   Presentation type：Oral presentation (invited, special)  

Country：Japan  

ミオシン頭部の一方向的な滑り運動についての粗視化モデルを用いた分子動力学計算、および、カメレオンGoモデルによるアロステリック転移の分子動力学計算について