論文 - 倭　剛久

Thermal boundary conductance at the myoglobin–water interface: Heme cooling mechanism in light and heavy water environments 招待有り 査読有り

Futa Yoshimura, Takahisa Yamato

The Journal of Chemical Physics   163 巻 ( 20 ) 頁： 205102-1 - 205102-16   2025年11月

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担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： https://doi.org/10.1063/5.0300164

Hidden protein disorder: Deciphering the structural organisation and dynamics of a non-canonical CP12 from the diatom Thalassiosira pseudonana 査読有り 国際共著

Alessio Bonucci, Tingting Wang, Hakima Baroudi, Emilien Etienne, Guillaume Gerbaud, Elisabetta Mileo, Goetz Parsiegla, Takahisa Yamato, Brigitte Gontero, Hélène Launay, Valérie Belle, Véronique Receveur-Bréchot

FEBS Journal   292 巻 ( 21 ) 頁： 5855 - 5870   2025年11月

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記述言語：英語  

DOI： https://doi.org/10.1111/febs.70187

Thermal Energy Transport through Nonbonded Native Contacts in Protein 査読有り Open Access

Tingting Wang, Takahisa Yamato, Wataru Sugiura

The Journal of Physical Chemistry B   128 巻 ( 36 ) 頁： 8641 - 8650   2024年8月

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担当区分：責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.4c03475

Open Access

Site-selective heat current analysis of & alpha;-helical protein with linear-homopolymer-like model

Wang Tingting, Yamato Takahisa, Sugiura Wataru

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   158 巻 ( 21 )   2023年6月

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DOI： 10.1063/5.0149362

Web of Science

Computational study on the thermal conductivity of a protein 査読有り 国際共著 Open Access

Yamato, Takahisa; Wang, Tingting; Sugiura, Wataru; Laprévote, Olivier; Katagiri, Takahiro

Journal of Physical Chemistry B     2022年4月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c00958

Open Access

Energy Transfer across Nonpolar and Polar Contacts in Proteins: Role of Contact Fluctuations 招待有り 査読有り 国際共著

Poudel Humanath, Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   124 巻 ( 44 ) 頁： 9852 - 9861   2020年11月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.0c08091

Web of Science

Variation of Energy Transfer Rates across Protein-Water Contacts with Equilibrium Structural Fluctuations of a Homodimeric Hemoglobin 査読有り 国際共著 Open Access

Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   124 巻 ( 7 ) 頁： 1148 - 1159   2020年2月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.9b11413

Web of Science

Structure, dynamics and energy flow that govern heme protein functions: theory and experiments. 招待有り 査読有り 国際共著

T. Yamato, D.M. Leitner

Biophysical Reviews   12 巻   頁： 291 - 292   2020年

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（研究会，シンポジウム資料等）  

DOI： doi.org/10.1007/s12551-020-00625-4

Recent developments in the computational study of protein structural and vibrational energy dynamics 招待有り 査読有り 国際共著

D. M. Leitner, T. Yamato

Biophysical Reviews   12 巻   頁： 317 - 322   2020年

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担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： doi.org/10.1007/s12551-020-00661-0

タンパク質内エネルギー移動ネットワーク 招待有り 査読有り Open Access

倭　剛久

生物物理   60 巻 ( 2 ) 頁： 94 - 97   2020年

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： doi.org/10.2142/biophys.60.094

Open Access

Energy Exchange Network Model Demonstrates Protein Allosteric Transition: An Application to an Oxygen Sensor Protein Open Access

Ota Kunitaka, Yamato Takahisa

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   123 巻 ( 4 ) 頁： 768 - 775   2019年1月

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DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b10489

Open Access

Web of Science

Normal mode analysis and beyond Open Access

Yamato Takahisa, Laprevote Olivier

BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY   16 巻   頁： 322 - 327   2019年

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DOI： 10.2142/biophysico.16.0_322

Open Access

Web of Science

Scaling of Rates of Vibrational Energy Transfer in Proteins with Equilibrium Dynamics and Entropy

Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   122 巻 ( 40 ) 頁： 9331-9339   2018年10月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b07552

Web of Science

Electron Transfer Pathways of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited Open Access

Sato Ryuma, Kitoh-Nishioka Hirotaka, Ando Koji, Yamato Takahisa

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   122 巻 ( 27 ) 頁： 6912-6921   2018年7月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b04333

Open Access

Web of Science

Characterization of mechanical unfolding intermediates of membrane proteins by coarse grained molecular dynamics simulation

Yamada Tatsuya, Mitaku Shigeki, Yamato Takahisa

CHEMICAL PHYSICS LETTERS   691 巻   頁： 276-282   2018年1月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.cplett.2017.11.025

Web of Science

MAPPING ENERGY TRANSPORT NETWORKS IN PROTEINS

Leitner David M., Yamato Takahisa

REVIEWS IN COMPUTATIONAL CHEMISTRY, VOL 31   31 巻   頁： 63 - 113   2018年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Web of Science

バクテリオロドプシンの強制アンフォールディング機構の粗視化分子動力学による研究 査読有り Open Access

山田達矢、倭剛久、美宅成樹

  111 巻 ( 10 ) 頁： 2986-2098   2016年11月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.bpj.2016.09.051

Open Access

Forced unfolding mechanism of bacteriorhodopsin as revealed by coarse-grained molecular dynamics 査読有り Open Access

T. Yamada, T. Yamato, S. Mitaku

Biophysical Journal   111 巻   頁： 2086-2098   2016年11月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： doi.org/10.1016/j.bpj.2016.09.051

Open Access

Computational study on the roles of amino acid residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors 査読有り

R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato

Chem. Phys. Lett.   633 巻   頁： 247-251   2015年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.cplett.2015.05.066

Energy exchange network of inter-residue interactions within a thermally fluctuating protein molecule: A computational study 査読有り

T. Ishikura, Y. Iwata, T. Hatano, T. Yamato

J. Comput. Chem.   36 巻   頁： 1709-1718   2015年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1002/jcc.23989