論文 - 倭　剛久

Site-selective heat current analysis of & alpha;-helical protein with linear-homopolymer-like model

Wang Tingting, Yamato Takahisa, Sugiura Wataru

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS   158 巻 ( 21 )   2023年6月

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DOI： 10.1063/5.0149362

Web of Science

Computational study on the thermal conductivity of a protein 査読有り 国際共著

Yamato, Takahisa; Wang, Tingting; Sugiura, Wataru; Laprévote, Olivier; Katagiri, Takahiro

Journal of Physical Chemistry B     2022年4月

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c00958

Energy Transfer across Nonpolar and Polar Contacts in Proteins: Role of Contact Fluctuations 招待有り 査読有り 国際共著

Poudel Humanath, Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   124 巻 ( 44 ) 頁： 9852 - 9861   2020年11月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.0c08091

Web of Science

Variation of Energy Transfer Rates across Protein-Water Contacts with Equilibrium Structural Fluctuations of a Homodimeric Hemoglobin 査読有り 国際共著

Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   124 巻 ( 7 ) 頁： 1148 - 1159   2020年2月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.9b11413

Web of Science

Structure, dynamics and energy flow that govern heme protein functions: theory and experiments. 招待有り 査読有り 国際共著

T. Yamato, D.M. Leitner

Biophysical Reviews   12 巻   頁： 291 - 292   2020年

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担当区分：筆頭著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（研究会，シンポジウム資料等）  

DOI： doi.org/10.1007/s12551-020-00625-4

Recent developments in the computational study of protein structural and vibrational energy dynamics 招待有り 査読有り 国際共著

D. M. Leitner, T. Yamato

Biophysical Reviews   12 巻   頁： 317 - 322   2020年

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担当区分：最終著者,　責任著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： doi.org/10.1007/s12551-020-00661-0

タンパク質内エネルギー移動ネットワーク 招待有り 査読有り

倭　剛久

生物物理   60 巻 ( 2 ) 頁： 94 - 97   2020年

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担当区分：筆頭著者,　最終著者,　責任著者   記述言語：日本語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： doi.org/10.2142/biophys.60.094

Energy Exchange Network Model Demonstrates Protein Allosteric Transition: An Application to an Oxygen Sensor Protein

Ota Kunitaka, Yamato Takahisa

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   123 巻 ( 4 ) 頁： 768 - 775   2019年1月

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DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b10489

Web of Science

Normal mode analysis and beyond

Yamato Takahisa, Laprevote Olivier

BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY   16 巻   頁： 322 - 327   2019年

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DOI： 10.2142/biophysico.16.0_322

Web of Science

Scaling of Rates of Vibrational Energy Transfer in Proteins with Equilibrium Dynamics and Entropy

Reid Korey M., Yamato Takahisa, Leitner David M.

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   122 巻 ( 40 ) 頁： 9331-9339   2018年10月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b07552

Web of Science

Electron Transfer Pathways of Cyclobutane Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited

Sato Ryuma, Kitoh-Nishioka Hirotaka, Ando Koji, Yamato Takahisa

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B   122 巻 ( 27 ) 頁： 6912-6921   2018年7月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b04333

Web of Science

Characterization of mechanical unfolding intermediates of membrane proteins by coarse grained molecular dynamics simulation

Yamada Tatsuya, Mitaku Shigeki, Yamato Takahisa

CHEMICAL PHYSICS LETTERS   691 巻   頁： 276-282   2018年1月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.cplett.2017.11.025

Web of Science

MAPPING ENERGY TRANSPORT NETWORKS IN PROTEINS

Leitner David M., Yamato Takahisa

REVIEWS IN COMPUTATIONAL CHEMISTRY, VOL 31   31 巻   頁： 63 - 113   2018年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Web of Science

バクテリオロドプシンの強制アンフォールディング機構の粗視化分子動力学による研究 査読有り

山田達矢、倭剛久、美宅成樹

  111 巻 ( 10 ) 頁： 2986-2098   2016年11月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.bpj.2016.09.051

Forced unfolding mechanism of bacteriorhodopsin as revealed by coarse-grained molecular dynamics 査読有り

T. Yamada, T. Yamato, S. Mitaku

Biophysical Journal   111 巻   頁： 2086-2098   2016年11月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： doi.org/10.1016/j.bpj.2016.09.051

Computational study on the roles of amino acid residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors 査読有り

R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato

Chem. Phys. Lett.   633 巻   頁： 247-251   2015年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Energy exchange network of inter-residue interactions within a thermally fluctuating protein molecule: A computational study 査読有り

T. Ishikura, Y. Iwata, T. Hatano, T. Yamato

J. Comput. Chem.   36 巻   頁： 1709-1718   2015年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Combinatorial approach of molecular dynamics simulations and database analysis for the studies of protein structure and function 招待有り

T. Yamato and K. Yura

SEIKAGAKU   85 巻 ( 8 ) 頁： 646-655   2013年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：日本語  

タンパク質の原子ストレス解析 査読有り

石倉孝一, 波多野達朗, 倭　剛久

Chemical Physics Letters   539-540 巻   頁： 144-150   2012年6月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1016/j.cplett.2012.05.005

ミオグロビンのリガンド移動：計算機紙ミュレーションとX線結晶解析による研究 査読有り

T. Tsuduki, A. Tomita, S. Koshihara, S. Adachi, T. Yamato

Journal of Chemical Physics   136 巻 ( 16 ) 頁： 16501 (9 pages)   2012年4月

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DOI： 10.1063/1.4704586