論文 - 太田 元規
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Dual-wield NTPases: a novel protein family mined from AlphaFold protein structure database 査読有り 国際誌
K. Sakuma, R, Koike, M. Ota
Prot. Sci. in press 巻 2024年
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Koike, R; Ota, M
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 92 巻 ( 1 ) 頁: 37 - 43 2024年1月
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Prediction of chaperonin GroE substrates using small structural patterns of proteins 査読有り 国際誌
Minami Shintaro, Niwa Tatsuya, Uemura Eri, Koike Ryotaro, Taguchi Hideki, Ota Motonori
FEBS OPEN BIO 13 巻 ( 4 ) 頁: 779 - 794 2023年4月
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How AlphaFold2 predicts conditionally folding regions annotated in an intrinsically disordered protein database 査読有り 国際誌
H. Anbo, K. Sakuma, S. Fukuchi, M. Ota
Biology 12 巻 頁: 182 2023年1月
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Classification of proteins inducing liquid-liquid phase separation: sequential, structural and functional characterization 招待有り 査読有り 国際誌
Ozawa Yuhei, Anbo Hiroto, Ota Motonori, Fukuchi Satoshi
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY 2022年12月
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Structures and mechanisms of actin ATP hydrolysis 査読有り 国際誌
Kanematsu Y., Narita A., Oda T., Koike R., Ota M., Takano Y., Moritsugu K., Fujiwara I., Tanaka K., Komatsu H., Nagae T., Watanabe N., Iwasa M., Maéda Y., Takeda S.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 巻 ( 43 ) 頁: e2122641119 2022年10月
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Evaluating cepharanthine analogues as natural drugs against SARS-CoV-2 査読有り
FEBS OPEN BIO 12 巻 ( 1 ) 頁: 285 - 294 2021年11月
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Current status of structure-based drug repurposing against COVID-19 by targeting SARS-CoV-2 proteins 招待有り 査読有り
Hijikata Atsushi, Shionyu Clara, Nakae Setsu, Shionyu Masafumi, Ota Motonori, Kanaya Shigehiko, Shirai Tsuyoshi
Biophys. Physicobiol. 18 巻 ( 0 ) 頁: 226 - 240 2021年10月
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Structural Insights into the Regulation of Actin Capping Protein by Twinfilin C-terminal Tail 査読有り
Takeda Shuichi, Koike Ryotaro, Fujiwara Ikuko, Narita Akihiro, Miyata Makoto, Ota Motonori, Maeda Yuichiro
J. Mol. Biol. 433 巻 ( 9 ) 頁: 166891 2021年4月
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Crystal structure of human V-1 in the apo form 査読有り
Takeda Shuichi, Koike Ryotaro, Nagae Takayuki, Fujiwara Ikuko, Narita Akihiro, Maeda Yuichiro, Ota Motonori
77 巻 ( Pt 1 ) 頁: 13 - 21 2021年1月
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SARS-CoV-2タンパク質構造モデルによる薬剤候補予測 招待有り 査読有り
土方 敦司, 塩生 くらら, 中江 摂, 塩生 真史, 太田 元規, 金谷 重彦, 白井 剛
生物物理 61 巻 ( 2 ) 頁: 102 - 106 2021年
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Knowledge-based strutural models of SARS-CoV-2 proteins and their complexes with potential drugs 査読有り
A. Hijikata, C. Shionyu-Mitsuyama, S. Nakae, M. Shionyu, M. Ota, S. Kanaya, T. Shirai
FEBS Lett. 594 巻 頁: 1960 - 1973 2020年5月
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All Atom Motion Tree detects side chain-related motions and their coupling with domain motion in proteins 査読有り
R. Koike, M. Ota
Biophys. Physicobiol. ( 16 ) 頁: 280-286 2019年11月
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Protein kinases phosphorylate long disordered regions in intrinsically disordered proteins 査読有り
R. Koike, M. Amano, K. Kaibuchi, M. Ota
Protein Sci. 29 巻 頁: 564-571 2019年11月
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MICAN-SQ: a sequential protein structure alignment program that is applicable to monomers and all types of oligomers 査読有り
S. Minami, K. Sawada, M. Ota, G. Chikenji
Bioinformatics 34 巻 頁: 3324-3331 2018年10月
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Using 1HN amide temperature coefficients to define intrinsically disordered regions: An alternative NMR method 査読有り
H. Okazaki, N. Matsuo, T. Tenno, N. Goda, Y. Shigemitsu, M. Ota, H. Hiroaki
Protein Sci. 27 巻 頁: 1821-1830 2018年8月
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Discovery of Cryoprotective Activity in Human Genome-Derived Intrinsically Disordered Proteins 査読有り
N. Matsuo, N. Goda, K. Shimizu, S. Fukuchi, M. Ota, H. Hiroaki
Int. J. Mol. Sci. 19 巻 頁: 401 2018年1月
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Large-scale aggregation analysis of eukaryotic proteins reveals an involvement of intrinsically disordered regions in protein folding 査読有り
E. Uemura, T. Niwa, S. Minami, K. Takemoto, S. Fukuchi, K. Machida, H. Imataka, T. Ueda, M. Ota, H. Taguchi
Sci. Rep. 8 巻 頁: 678 2018年1月
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Structural changes of homodimers in the PDB 査読有り
R. Koike, T. Amemiya, T. Horii, M. Ota
J. Str. Biol. 頁: in press 2018年
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Rules for connectivity of secondary structure elements of proteins: Two-layer αβ sandwiches 査読有り
S. Minami, G. Chikenji, M. Ota
Prot. Sci. 26 巻 頁: 2257-2267 2017年11月