Updated on 2024/03/22

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OHKUBO Yuri
 
Organization
Graduate School of Science Assistant Professor
Graduate School
Graduate School of Science
Undergraduate School
School of Science Department of Biological Science
Title
Assistant Professor

Research Areas 1

  1. Life Science / Plant molecular biology and physiology

Research History 3

  1. Nagoya University   Graduate School of Science   Assistant Professor

    2023.9

  2. 日本学術振興会特別研究員(PD)

    2022.4 - 2023.8

  3. 日本学術振興会特別研究員(DC1)

    2020.4 - 2022.3

Education 2

  1. Nagoya University   Graduate School of Science

    2020.4 - 2022.3

  2. Nagoya University   Graduate School of Science

    - 2017.3

Awards 2

  1. 第12回 日本学術振興会育志賞

    2022.1  

  2. 第16回 ロレアル-ユネスコ女性科学者日本奨励賞

    2021.11  

 

Papers 9

  1. A type 2C protein phosphatase activates high-affinity nitrate uptake by dephosphorylating NRT2.1 Reviewed

    Yuri Ohkubo, Keiko Kuwata, Yoshikatsu Matsubayashi

    Nature Plants   Vol. 7 ( 3 ) page: 310 - +   2021.3

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1038/s41477-021-00870-9

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  2. Shoot-to-root mobile polypeptides involved in systemic regulation of nitrogen acquisition Reviewed

    Yuri Ohkubo, Mina Tanaka, Ryo Tabata, Mari Ogawa-Ohnishi, Yoshikatsu Matsubayashi

    Nature Plants   Vol. 3 ( 4 ) page: 17029   2017.4

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)   Publisher:Springer Science and Business Media LLC  

    DOI: 10.1038/nplants.2017.29

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

    Other Link: https://www.nature.com/articles/nplants201729

  3. Peptide ligand-mediated trade-off between plant growth and stress response Reviewed

    Mari Ogawa-Ohnishi, Tomohide Yamashita, Mitsuru Kakita, Takuya Nakayama, Yuri Ohkubo, Yoko Hayashi, Yasuko Yamashita, Taizo Nomura, Saki Noda, Hidefumi Shinohara, Yoshikatsu Matsubayashi

    Science   Vol. 378 ( 6616 ) page: 175 - 180   2022.10

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1126/science.abq5735

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  4. 植物の低窒素環境における生存戦略

    大久保 祐里, 松林 嘉克, 木羽 隆敏

    化学と生物   Vol. 60 ( 7 ) page: 352 - 360   2022.7

     More details

    Language:Japanese   Publisher:公益社団法人 日本農芸化学会  

    DOI: 10.1271/kagakutoseibutsu.60.352

    CiNii Research

  5. 植物の低窒素環境における生存戦略 窒素不足に適応する巧妙な仕組み

    大久保 祐里

    化学と生物   Vol. 60   page: 352 - 360   2022

     More details

  6. An ingenious mechanism of regulating nitrogen acquisition in plants.

    Ohkubo Yuri, Matsubayashi Yoshikatsu

      Vol. 93 ( 3 ) page: 400 - 403   2021.6

     More details

  7. 窒素取り込みを制御する長距離移行ペプチド

    大久保 祐里

    アグリバイオ   Vol. 5   page: 13 - 17   2021

     More details

  8. Shoot-to-root mobile CEPD-like 2 integrates shoot nitrogen status to systemically regulate nitrate uptake in Arabidopsis Reviewed

    Ryosuke Ota, Yuri Ohkubo, Yasuko Yamashita, Mari Ogawa-Ohnishi, Yoshikatsu Matsubayashi

    Nature Communications   Vol. 11 ( 1 ) page: 641   2020.1

     More details

    Language:English   Publishing type:Research paper (scientific journal)  

    DOI: 10.1038/s41467-020-14440-8

    Web of Science

    Scopus

    PubMed

  9. Long-distance mobile peptides regulating systemic nitrogen acquisition in roots

    Tabata Ryo, Ohkubo Yuri, Matsubayashi Yoshikatsu

    Regulation of Plant Growth & Development   Vol. 53 ( 2 ) page: 93 - 97   2018

     More details

    Language:Japanese   Publisher:The Japanese Society for Chemical Regulation of Plants  

    <p>Nitrogen (N) is a critical nutrient for plants but is often distributed unevenly in the soil. Plants therefore have evolved a systemic mechanism by which N starvation on one side of the root system leads to a compensatory upregulation of nitrate uptake on the other side. However, the molecular components underlying this long-distance signaling, called systemic N-demand signaling, have long remained elusive. We identified that N starvation-induced small 15-amino-acid secreted peptide, CEP (C-terminally encoded peptide), acts as a root-derived ascending N-demand signal to the shoot via xylem. CEP is recognized in the shoot by specific LRR-receptor kinase, CEPR (CEP receptor), that leads to the production of non-secreted polypeptide, CEPD (CEP downstream), as a secondary signal. CEPD acts as a shoot-derived descending signal to the root via phloem and ultimately upregulates nitrate transporter <i>NRT2.1</i> gene in the roots. Thus, CEP family peptides induced on one side of the roots by local N starvation is able to mediate upregulation of <i>NRT2.1</i> in the distant part of the roots. Our findings provide new insights into the molecular basis of plant adaptation to a dynamically fluctuating N environment.</p>

    DOI: 10.18978/jscrp.53.2_93

    CiNii Research

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KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research) 3

  1. タンパク質リン酸化を介した植物の環境適応機構の解明

    Grant number:22KJ1616  2023.3 - 2025.3

    科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    大久保 祐里, 大久保 祐里

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    Authorship:Principal investigator 

    Grant amount:\5200000 ( Direct Cost: \4000000 、 Indirect Cost:\1200000 )

    リン酸化によるタンパク質の翻訳後修飾は、細胞分裂や代謝、膜輸送などあらゆるプロセスに関わっている主要なシグナル伝達経路である。申請者はタンパク質リン酸化を介した植物の環境適応機構の解明を目指しており、本研究では①硝酸イオントランスポーターNRT2.1を不活性化するリン酸化酵素の探索と、②機能未知タンパク質脱リン酸化酵素群の機能解析の2テーマを並行して実施する。
    リン酸化によるタンパク質の翻訳後修飾は、細胞分裂や代謝、膜輸送などあらゆるプロセスに関わっている主要なシグナル伝達経路である。本研究では、タンパク質リン酸化を介した植物の環境適応機構の解明を目指しており、本研究では①硝酸イオントランスポーターNRT2.1を不活性化するリン酸化酵素の探索と、②機能未知タンパク質脱リン酸化酵素群の機能解析の2テーマを並行して実施している。
    テーマ①
    NRT2.1の501番目のSerをリン酸化するタンパク質リン酸化酵素は根の細胞に局在すると考えられるが,細胞膜や細胞質などどの画分に存在するかは分かっていない.そこで今年度は501番目のSer周辺配列をミミックした合成ペプチドと質量分析計を用いたリン酸化酵素活性評価系を確立し,根の膜画分と合成ペプチドをATP含有バッファーと反応させると合成ペプチドがリン酸化されることを見出した.根の全タンパク抽出液では活性を検出できなかったのに対し,膜画分を精製した場合のみ活性を検出したことから,NRT2.1の501番目のSerを標的とするリン酸化酵素は根の膜画分に存在すると考えられる.
    テーマ②
    シロイヌナズナで最大のタンパク質脱リン酸化酵素ファミリーであるPP2Cには80遺伝子が存在しており,環境応答などに関わることが明らかにされたものもある一方で,全体の70%はまだ基質が明らかになっていない.解析対象とした機能未知PP2Cの16遺伝子のうち単独欠損株で地上部や根の矮化を確認した遺伝子A,B,Cについて,今年度は野生株と欠損株を用いた15N代謝標識による定量リン酸化プロテオミクスを実施した.各プロテオミクスにおいて欠損株でリン酸化レベルが増加したタンパク質を検出しており,遺伝子A欠損株では128個,遺伝子B欠損株では72個,遺伝子C欠損株では51個のタンパク質をそれぞれの基質候補として同定した.
    植物の主要な硝酸トランスポーターであるNRT2.1はリン酸化によって活性制御を受けることが明らかになっているが,リン酸化反応を担う酵素はまだ同定されていない.合成ペプチドを用いたリン酸化酵素活性評価系により膜画分に目的の酵素が存在すると推定しており,今後は膜画分からのキナーゼ精製を行う予定である.
    また,機能未知のタンパク質脱リン酸化酵素の解析では,変異株を用いた定量リン酸化プロテオミクスによって基質候補を複数見出した.今回対象とした脱リン酸化酵素はこれまで基質が報告されておらず,本研究で見出した候補の中に直接の基質が含まれている可能性が高い.
    テーマ①
    根の膜画分にNRT2.1をリン酸化する酵素が存在すると考えられるため,今後は合成ペプチドをプローブとしたアフィニティー精製によって膜画分から目的酵素の同定を試みる.
    テーマ②
    脱リン酸化酵素の一過的過剰発現株を用いて定量リン酸化プロテオミクスを実施し,リン酸化レベルが低下するタンパク質を網羅的に探索し,変異株での結果と合わせて基質候補を絞り込む.

  2. タンパク質リン酸化を介した植物の環境適応機構の解明

    Grant number:22J30003  2022.4 - 2025.3

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    大久保 祐里

  3. ペプチドホルモンCEPを介した全身的な窒素取り込み制御機構の解明

    Grant number:20J20049  2020.4 - 2023.3

    日本学術振興会  科学研究費助成事業  特別研究員奨励費

    大久保 祐里, 大久保 祐里

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    Authorship:Other 

    植物は土壌から窒素栄養として主に硝酸イオンを吸収しているが,自然界において土壌中の硝酸イオンは常に均一で十分に存在するわけではない.そのため植物は、根の一部が窒素欠乏を感知すると,他の根で相補的に多くの窒素栄養を取り込む仕組みを進化させてきた.本研究では,ペプチドホルモンCEPを介した全身的な窒素吸収の制御機構の解明を進め,植物の窒素恒常性維持の詳細な分子メカニズムを明らかにすることを目指している
    前年度までに,硝酸トランスポーターNRT2.1の501番目のセリンを脱リン酸化するホスファターゼCEPHを同定し,CEPHによってNRT2.1の硝酸吸収活性がONになることが明らかとなった.そこで今年度は,501番目のセリンをリン酸化して硝酸吸収活性をOFFにするキナーゼの探索を行った.高窒素条件下では501番目のセリンのリン酸化レベルが上昇することに着目し,高窒素条件で発現量が誘導されるキナーゼをトランスクリプトーム解析によって探索した.その結果,発現誘導率の高いキナーゼ遺伝子TOP10の中に同じファミリーに属する2遺伝子が含まれていた.この2遺伝子について多重欠損株および過剰発現株の作出を進めており,これらの株を用いて硝酸吸収活性やNRT2.1のリン酸化レベルの検証を行う予定である.