論文 - ジンチェンコ　アナトーリ

Single-Chain Compaction of Long Duplex DNA by Cationic Nanoparticles: Modes of Interaction and Comparison with Chromatin 査読有り

Zinchenko A. A, Sakaue T, Araki S, Yoshikawa K, Baigl D

Journal of Physical Chemistry B   111 巻   頁： 3019 -3031   2007年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

The compaction of long duplex DNA by cationic nanoparticles (NP) used as a primary model of histone core particles has been investigated. We have systematically studied the effect of salt concentration, particle size, and particle charge by means of single-molecule observations-fluorescence microscopy (FM) and transmission electron microscopy (TEM)-and molecular dynamics (MD) simulations. We have found that the large-scale DNA compaction is progressive and proceeds through the formation of beads-on-a-string structures of various morphologies. The DNA adsorbed amount per particle depends weakly on NP concentration but increases significantly with an increase in particle size and is optimal at an intermediate salt concentration. Three different complexation mechanisms have been identified depending on the correlation between DNA and NPs in terms of geometry, chain rigidity, and electrostatic interactions: free DNA adsorption onto NP surface, DNA wrapping around NP, and NP collection on DNA chain.

Compaction of DNA on nanoscale three-dimensional templates 招待有り

Zinchenko A. A., Chen N.

Journal of Physics: Condensed Matter   18 巻   頁： R453-R480   2006年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語  

Na+ more strongly inhibits DNA compaction by spermidine (3+) than K+ 査読有り

Hibino K, Yoshikawa Y, Murata S, Saito T, Zinchenko A. A, Yoshikawa K

Chemical Physics Letters   426 巻   頁： 405-409   2006年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Probing Biopolymer Conformation by Metallization with Noble Metals 査読有り

Chen N, Zinchenko A. A, Yoshikawa K

Nanotechnology   17 巻   頁： 5224-5232   2006年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

*Compaction of single-chain DNA by histone-inspired nanoparticles 査読有り

Zinchenko A. A., Yoshikawa K., Baigl D

Physical Review Letters   95 巻 ( 22 ) 頁： 228101   2005年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DNA-templated silver nanorings 査読有り

Zinchenko A. A., Yoshikawa K., Baigl D.

Adv. Mater.   17 巻 ( 23 ) 頁： 2820-2823   2005年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

How Does DNA Compaction Favor Chiral Selectivity with Cationic Species? Higher Selectivity with Lower Cationic Charge 査読有り

Zinchenko A. A., Chen N., Murata S., Yoshikawa K.

ChemBioChem   6(8) 巻   頁： 1419-1422   2005年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Specific Formation of Beads-on-a-Chain Structures on Giant DNA Using a Designed Polyamine Derivative 査読有り

Chen N., Zinchenko A. A., Murata S., Yoshikawa K.

J. Am. Chem. Soc.   127 巻   頁： 10910-10916   2005年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Na+ Shows a Markedly Higher Potential than K+ in DNA Compaction in a Crowded Environment 査読有り

Zinchenko A. A., Yoshikawa K.

Biophys. J.   88(6) 巻   頁： 4118-4123   2005年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DNA Compaction by the Divalent Cations: Structural Specificity Revealed by the Potentiality of the Designed Quaternary Diammonium Salts, 査読有り

Zinchenko A. A., Sergeyev V. G., Yamabe K., Murata S., Yoshikawa K.

ChemBioChem   5 巻 ( 3 ) 頁： 360-368   2004年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Stereoisomeric Discrimination in DNA Compaction 査読有り

Zinchenko A. A, Sergeyev V. G, Kabanov V. A, Murata S, Yoshikawa K

Angewandte Chemie International Edition   43 巻 ( 18 ) 頁： 2378-2371   2004年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

本研究成果は、DNA による極めて選択的な不斉分子識別能力を示しただけでなく、DNAの折り畳み／解きほぐしに基づくオン／オフ転移を異なる凝縮剤の添加で制御できることおよび、分子デザインを用いて凝縮剤とDNA との様々なタイプの分子間相互作用を独立して制御できる可能性を実証した点で高く評価された。

Controlling the Intrachain Segregation on a Single DNA Molecule 査読有り

Zinchenko A. A., Sergeyev V. G., Murata S., Yoshikawa K.

J. Am. Chem. Soc.   125 巻 ( 15 ) 頁： 4414 - 4415   2003年

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担当区分：筆頭著者   記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Mechanism of Interaction of DNA with Surfactants in Water-Alcohol Media and Structure of the Related Complexes 査読有り

Sergeyev V. G., Pyshkina O. A., Zinchenko A. A., Zezin S. B., Zezin A. B., Kabanov V. A.

Polymer Science, Seriya A   45 巻 ( 5 ) 頁： 814 - 822   2003年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Ascorbic acid induces a marked conformational change in long duplex DNA 査読有り

Yoshikawa Y., Suzuki M., Chen N., Zinchenko A. A., Murata S., Kanbe T., Nakai T., Oana H., Yoshikawa K.

European Journal of Biochemistry   270 巻 ( 14 ) 頁： 3101-3106   2003年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Secondary Structure of DNA is Recognized by Slightly Cross-Linked Cationic Hydrogel 査読有り

Sergeyev V. G, Novoskoltseva O. A, Zinchenko O. A, Pyshkina O. A, Rogacheva V. B, Zezin A. B, Yoshikawa K, Kabanov V. A

J. Am. Chem. Soc.   124 巻   頁： 11324-11333   2002年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

The secondary structure determines the character of DNA interaction with a slightly cross-linked cationic hydrogel 査読有り

Sergeyev V. G, Novoskoltseva O. A, Zinchenko A. A, Pyshkina O. A, Rogacheva V. B, Zezin A. B, Kabanov V. A

Doklady Physical Chemistry   116 巻   頁： 218-222   2001年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Interplay between Folding/Unfolding and Helix/Coil Transitions in Giant DNA 査読有り

Mikhailenko S. V., Sergeyev V. G., Zinchenko A. A., Gallyamov M. O., Yaminsky I. V., Yoshikawa K.

Biomacromolecules   1 巻 ( 4 ) 頁： 597-603   2000年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

DNA-surfactant complexes in a water/alcohol mixture 査読有り

Zinchenko A. A, Sergeyev V. G, Pyshkina O. A

Progress in Polymer and Colloid Science   116 巻   頁： 21-25   2000年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

Interpolyelectrolyte Complexes Formed by DNA and Astramol TM Poly(propyleneimine) Dendrimers 査読有り

Kabanov V. A, Sergeyev V. G, Pyshkina, O. A. Zinchenko A. A, Zezin A. B, Joosten J. G. H, Brackman J, Yoshikawa K

Macromolecules   33 巻 ( 26 ) 頁： 9587-9593   2000年

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記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）